#крамольные_мысли

Стык зимы и весны - два дня, когда заканчивается прием заявок от университетов на новую волну Приоритета 2036. Но сейчас мы хотим сказать пару слов не о самой программе и даже не об обслуживающих ее организационно структурах.

Сейчас мы хотим напрямую обратиться к тем людям - нашим коллегам из сотен университетов по всей стране, кто потратил последние 10 дней своей жизни на то, чтобы, по сути, спроектировать видение развития вуза на 10+ лет вперед в совершенно невозможных хотя бы просто по таймингу условиях.

Мы не будем говорить, что вы все однозначно молодцы и вы справились. Про себя вы знаете это всё сами. Но нам кажется очень важным сказать вам сейчас то, что, скорее всего, так и не скажут вам коллеги и/или ваше руководство. Они увидят итог решений, которые вы приняли, но никто не увидит:

ваших переживаний
чего стоил выбор
потраченного времени
разочарований
ощущения ответственности, которая больше вас самих
как вас пытались прогнуть
безразличности других
важных дел, которые пришлось отложить
минут отчаяния и стресса
потерянных часов сна
бесконечных поисков решений
интеллектуального напряжения
количества черновиков
упущенного времени с детьми
уроков, которые вы извлекли

#зоопарк_из_слоновой_кости

Reference managers: что это такое, почему оно нужно и как этим пользоваться (1/2)

Что-то мы давно ничего не постили в рубрику, с которой наш (и, надеемся, ваш) любимый Зоопарк и начинался. Она так и называется - #зоопарк_из_слоновой_кости (предыдущие серии см. по тегу, их много), и представляет она собой сборник гайдлайнов, мануалов, наставлений и иных выс наших мыслей, полезных (ну как нам кажется) для юных и не очень падаванов - как выжить в науке и постарацца не быть там УГ. Мы писали много про что - про выбор научрука, о публикационной этике, как писать литобзор и много чего еще, см. по хэштегу.

Сегодня о том, о чем обещали пост уже давно - reference managers. Сразу три оговорки:

-это то, что должен знать и уметь каждый, но, как показывает практика, хотя число таких коллег растет, оно далеко от 100%, а в некоторых местах нашей Родины про это вообще не слышали - собсна, для них в том числе мы щас и пишем. Хотя в некоторых продвинутых вузах (в той же Вышке) об этом рассказывали в т.ч. студентам еще лет 5 назад.

-Смотрители пользуются референс-менеджерами (далее РМ) давно и подходят к ним по принципу "работает - не трогай", поэтому могли упустить что-то интересное, что появилось за последние 2-3 года. Если кто видит, что мы о чем-то таком не написали - вэлкам в комменты и заранее спасибо.

-любителям BibTeX дальше можно не читать - у них там своя атмосфера, уважаем, но все-таки это извра подходит это не всем.

Итак, reference managers, они же "системы управления библиографической информацией" - это софт, который позволяет:

-расставлять ссылки на источники в тексте, автоматически их перенумеровывая, если что-то меняется,
-сразу оформлять их в нужном стиле.

Зачем оно нужно?

Во-первых, когда ты пишешь статью/диссер/отчет, очень часто возникает ситуация, когда тебе надо вставить кусок текста куда-нибудь в середину, и если там есть ссылки, то, естественно, их все придется перенумеровывать (типичная причина - рецензент хочет, чтобы ты сослался на его работы и прокачал ему хирша какие-нибудь статьи, которые он считает релевантными). Если ссылок в рукописи десяток, это, конечно, можно сделать и вручную, а если их хотя бы 50, да еще и упоминаются они в тексте не один раз, то перенумеровка превращается в задачку на внимательность. Отличная профилактика Альцгеймера, но в остальном - совершенно бессмысленная трата рабочего времени. РМ решают эту проблему - делают все это автоматически.

Во-вторых, в разных местах требуют разный стиль оформления ссылок. Где-то вначале инициалы, потом фамилия, где-то наоборот, где-то название журнала жирным, где-то курсивом, где-то надо полное название статьи, где-то нет - короче, вариантов множество. Ок, есть Elsevier с любовным и прельстивым подходом "your paper your way", где им вообще пофигу на оформление рукописи, лишь бы было понятно, что в ней к чему относится, но обычно в журналах все-таки есть свой стиль, и его требуют соблюдать (душнилы). Соответственно, если рукопись выперли из одного журнала и ты уходишь в другой, переделывание файла может сожрать кучу времени. Мы щас даже не говорим про диссеры с их стилем ГОСТ, который придумал какой-то большой мизантроп - по наблюдениям, на оформление списка литературы раньше убивался минимум один рабочий день (для кандидатской), а обычно больше. Если же ты пользуешься РМ, смена стиля ссылок делается в один-два клика мышки - магия!

РМ есть много, самые распространенные - Mendeley, Zotero и EndNote. Каким из них пользоваться - дело вкуса, но есть некоторые мелкие нюансы, см. ниже (мы юзаем Менделей). Как это все работает:

1) Качаешь и ставишь прогу (это бесплатно - ну, по крайней мере, было). Заводишь аккаунт в системе - это нужно, чтобы хранить накопленную коллекцию ссылок (см. ниже) в облаке и подгружать ее на разные компы, где тебе хочется поработать.

#зоопарк_из_слоновой_кости

Reference managers: что это такое, почему оно нужно и как этим пользоваться (2/2)

Начало тут.

2) Начинаешь пополнять коллекцию библиографических данных, то есть записей о статьях, на которые мы потом будем ссылаться. Они хранятся и переносятся в виде маленьких файлов, есть разные форматы (самый распространенный и универсальный - .ris), а потом уже компилируются в библиотеку.

Механизмов сбора такой коллекции несколько - вот основные:

а) с помощью плагина для браузера (качается с сайта референс-менеджера), который позволяет, находясь на страничке статьи, добавить ее к себе в библиотеку в один клик. Очень удобный вариант, большинство РМ поддерживает все основные браузеры, и не только для винды.
Нюанс: это работает с основными издательствами, но не со всеми - тут есть отличия по РМ. Например, раньше Zotero умел вытаскивать данные с eLIBRARY, а Mendeley - нет (как щас, не знаем).

б) импорт из рукописи статьи. Если коллега прислал тебе файл, где уже есть расставленные ссылки, твой РМ предложит тебе добавить их в коллекцию автоматически (плюс проверит наличие дублирующихся записей),

в) из библиографической БД: нашел нужные статьи, выделил, кликнул - они добавились в твою библиотеку. Вот тут начинаются отличия, связанные с тем, какая компания какой софт делала. Mendeley - детище Elsevier, он позволяет очень легко и приятно перетаскивать данные Scopus (за это мы его и любим). Соответственно, EndNote дает те же возможности, но в Web of Science.

г) некоторые РМ (менделей точно) позволяют создавать онлайн-рабочие группы и расшаривать внутри них коллекции ссылок - удобно, когда есть устойчивая группа коллабораторов,

д) наконец, запись можно сделать в ручном режиме, заполнив авторов-журнал-страницы и сохранив эту запись. Неудобно, но иногда приходится, особенно для старых неоцифрованных источников.

3) Расставляешь ссылки в тексте. Для этого ставится еще один плагин, уже для текстового редактора (Word, LibreOffice - большинство РМ дружат с разными вариантами софта). Кликаем в нужное место текста, нажимаем на плагин, выбираем ссылку из окошка, добавляем.

4) Генерируешь список литературы в нужном месте текста (по умолчанию в конце). Все, теперь он будет меняться по мере того, как ты будешь что-то делать с текстом (переносить разные куски с места на место, докидывать новые ссылки, удалять текст вместе со ссылками) - достаточно просто нажать на "обновить"/"refresh" в плагине).

5) Если нужно поменять стиль ссылок, заходишь в плагин, выбираешь нужный и кликаешь - все переделывается автоматически. По умолчанию стилей у тебя не так много, но их можно (и нужно) качать и устанавливать - вот, например, коллекция стилей для менделея, включая несколько версий ГОСТ.

Пара мелких замечаний:

-лучше использовать старые версии менделея (здесь мы объясняли, почему, там же см. ссылку на правильную версию),
-редактировать уже сгенерированный РМ список литературы вручную можно (и иногда нужно, т.к. бывают косячки оформления), но все эти исправления слетят при любом обновлении (т.е. если ты потом докинешь еще ссылочку, например).

На этом завершаем очередную серию цикла #зоопарк_из_слоновой_кости - пишите комменты, если есть что добавить, ну и распространение, как всегда, приветствуется :)

#обозревая_происходящее

Итак, вчера завершился прием заявок на аспирантские "мегастипендии" (которые по 75 тыр в месяц). Подано 4669 заявок, но, как мы понимаем, это еще не окончательное число, потому что еще должны отсеяться те, кто накосячил с документами (такие есть всегда, хотя хочется верить, что на этот раз их меньше). Напомним, в прошлом году срезалось 136 заявок, а допущено к экспертизе было 4641, то есть цифры очень похожи.

Желаем удачи участникам забега и надеемся на то, что в следующем году призовых мест будет больше. Конечно, 500 - это немного, расширение программы раза так в полтора было бы очень и очень кстати. Поглядим...

#кросскультурная_коммуникация

Мы как-то пропустили в прошлом году классный цифровой проект Гарвардского университета Digital Giza, а штука это правда залипательная, особенно, если вы любите эстетику и поэтику цветика-семицветика Древнего Египта.

На сайте можно, не отрываясь от экрана и кофе, побродить в 3D по раскопкам, навестить Большого Сфинкса, рассмотреть поэтажные планы гробниц царей и цариц и вообще повращать пирамиды на все 360°.

Отдельная же круть — полноценные экскурсионные прогулки по некрополю Гизы с возможностью заглянуть во все тоннели и помещения. При этом проект знакомит и с современным состоянием гробниц, и показывает 3D-модели того, как они могли бы выглядеть в момент создания. Вот, например, совершенно потрясающая анимационная 3D-реконструкция гробницы Мересанх III, царицы Египта, жившей каких-то 4500 лет тому назад.

Всё тут: https://giza.fas.harvard.edu/

#пост_по_регламенту

Итак, вот она - та самая долгожданная компактная (всего 17), но хорошая папка каналов о науке и образовании, которые мы считаем в той или иной степени интересными и полезными и которые читаем сами.

Смотрите, добавляйте каналы по вкусу и наслаждайтесь :)

#нетленка

Мы уже писали про некогда существовавший, а потом уничтоженный сатирический канал "Шварценгольд", иронично и хлестко описывавший быт и нравы вымышленного университета ГУКУ, да так, что, похоже, некоторые узнали в героях себя.
Ведение этого канала стоило автору работы - после деанона его уволили из небезызвестного университета на юге России (подробности по ссылке), как говорят, решение принимал чуть ли не ректор лично. Дело было ещё в 2020 году.

Пепел Шварценгольда стучит в наше сердце. Добрые люди перезалили старые посты в канал @shvartzarchive - наслаждайтесь. Если вдруг там не весь архив нетленки и есть что добавить, админы вроде как запилили бот для обратной связи.

Рукописи не горят.

P.S. А если аффтар оригинального канала живой и нас читает, будем рады пообщаться в ЛС. Просто за жизнь.

#обозревая_происходящее

Важные новости в части регуляторики образования: принят закон, согласно которому дистанционное обучение медиков и фармацевтов запрещается (кроме случаев, определенных ФГОСами и типовыми программами ДПО).

Новость замечательная, и тут нашим законодателям реально стоит сказать большое человеческое спасибо. Потому что даже на фоне общей махновщины с платным ВО и, в особенности, с ДПО, где зачастую ни о какой учебе речи не идет, а дипломы с сертификатами фактически просто продаются, это было явно ту мач. Фиг с ними, со всякими маркетологами, манагерами и специалистам по связями с общественностью, но "учить" так врачей - это своими руками закладывать под здравоохранение бомбу замедленного действия.

Штош, ждем закрытия кучи мутных ДПОшных контор, а заодно и нескольких специальностей в частных вузах (в том числе в том, который физически находится к Кремлю ближе всего). А также, разумеется, воя, плача и скрежета зубовного от тех, кто привык просто покупать себе нужные сертификаты онлайн.

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Известно, что наши геномы по большей части различаются однонуклеотидными вариантами, и в среднем геном любого человека содержит около 4-5 миллионов таких замен, отличающих его от некоего универсального референса. Конечно, далеко не все эти варианты функциональны, и нам очень хочется уметь находить среди них биологически значимые.

Стандартный для этого подход - полногеномный поиск ассоциаций со всевозможными фенотипами, требующий сотни и тысячи образцов. Но даже если мы набрали достаточную статистику и получили значимо ассоциированные варианты, большинство из них локализуется в некодирующих областях генома и порождает больше вопросов, чем ответов. Как все-таки эти замены связаны с фенотипом?

Именно для таких случаев спасением становится аллель-специфичный анализ, заключающийся в сравнении сигнала любого высокопроизводительного эксперимента, будь то секвенирование РНК, открытого хроматина или покрытых белками участков ДНК, между альтернативными аллелями гетерозиготных вариантов. Так, если на одной из гомологичных хромосом замена нуклеотида приводит к изменению доступности данного участка хроматина, значит, эта позиция важна, и аллель-специфичный анализ на это укажет. При этом подобный анализ сразу указывает на функциональность варианта (меняет ли он экспрессию, связывание факторов транскрипции и так далее) и не требует сотен образцов, достаточно нескольких реплик.

Биологи из Института белка #РАН (Пущино), ИОГен РАН (Москва), с ФББ МГУ и из университета Сириус разработали и протестировали новый инструмент MIXALIME, позволяющий любому исследователю, имеющему на руках результаты высокопроизводительных экспериментов, провести аллель-специфичный анализ с использованием наиболее подходящей статистической модели, учитывающей овердисперсию данных и плоидность образцов.

Более того, они сами проанализировали данные более 5 тысяч экспериментов по доступности хроматина в разных тканях и клеточных линиях человека, чтобы составить базу данных UDACHA, включившей более 100 тысяч аллель-специфичных вариантов.

Результаты опубликованы в Nature Communications (IF = 14.7)

https://www.nature.com/articles/s41467-024-55513-2

#зоопарк_из_слоновой_кости

Жизненное: тебе прислали диссер на оппонирование и, чтобы отправить отзыв вовремя, ты таскаешь этот увесистый и здоровенный кирпич в рюкзаке все время. Так точно фиг забудешь

#пост_по_регламенту

По весне некоторые Смотрители хотят новое платьишко и на ручки чего-то новенького. Пока из всех сравнительно легальных, более-менее безопасных для здоровья и относительно не порицаемых обществом вариантов сошлись на "пусть у нас будут свои собственные реакции под постами".

А чтоб это случилось (и чтобы нам открылись прочие фичи последних обновлений телеги), нам надо набрать голоса подписчиков с премиумом. Среди посетителей нашего Зоопарка таких много, так что если хотите, чтобы у нашего Зоопарка появились свои реакции - голосуйте вот тута, на всякий случай уточняем, что это бесплатно, если чО.

#кросскультурная_коммуникация

У авторитетного среди медийщиков/копирайтеров всея Руси Максима Ильяхова (бывший редактор "Кода" Яндекса, "Т-Ж" Тинькофф банка, соавтор культовой книги "Пиши сокращай") вышла забавная заметка-наблюдение о фотографиях из лабораторий: они не впечатляют, потому что в них ни хрена не понятно. Все картинки на нейросетях, чтобы подчеркнуть абсурдность: https://visual-storytelling.ru/all/lab-unimpressed/

Вряд ли кого это остановит от картинок в духе "салат, ты такой смешной" - #асы_пиара верны себе. Но вдруг?

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Накопление в организме человека упорядоченных белковых агрегатов, амилоидных фибрилл, связанно с тяжелыми неизлечимыми болезнями. В последние годы внимание исследователей привлекла возможность использования в качестве потенциальных амилоид-деградирующих агентов различных лизосомальных протеаз.

Свежая работа коллег из Института цитологии #РАН (Санкт-Петербург) - как раз об этом. Коллеги изучили влияние одного из лизосомальных ферментов, аспартилпротеазы катепсина D (CTSD), на амилоидные фибриллы, накапливающиеся при инсулиновом и системном лизоцимовом амилоидозах, а также нейродегенеративных болезнях Альцгеймера и Паркинсона.
Стало ясно, что CTSD вызывает фрагментацию всех исследованных типов амилоидов путем нарушения водородных связей между бета-тяжами, образующими остов фибриллы. Более того, размер, структура и свойства продуктов деградации амилоидов свидетельствуют о возможном участии CTSD в быстром накоплении и распространении патологических амилоидов между здоровыми клетками и тканями.

Все это говорит о том, что стимулирование иммунного ответа (при иммунотерапии), приводящее к неконтролируемому воздействию ферментов на амилоиды, может привести к непредсказуемым последствиям и усугубить патологическое состояние.

Работа опубликована в International Journal of Biological Macromolecules (IF = 7.7)

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S014181302501520X

#дорогая_редакция

Нам пишут:

Здравствуйте, уважаемые смотрители! Давно хочу задать вопрос, вы можете рассказать про ситуацию с общежитиями РАН в Москве?
Суть проблемы состоит в том, что общежития эти (в первую очередь на ул. Дмитрия Ульянова, д. 5) после некоторых событий, происходивших примерно в 2018 году, переквалифицировали в гостиницы и сказали, что они должны приносить прибыль. Такое пожелание отразилось в том, что цена аренды начала экспоненциально расти. По состоянию на сегодняшний день цена за койко-место стоит порядка 11к в трёхместной комнате в месяц (для аспирантов, а для сотрудников 15к), а если ты вдруг возомнил себя барином и решил в 23+ лет жить один, то будь добр, выкупай все места в комнате. Это приводит к тому, что многие аспиранты снимают квартиры/комнаты в обычных домах, потому что это банально дешевле, чем жить в этом общежитии (не говоря уже о приводе гостей, противопожарной безопасности (не включайте чайник в розетку, а то вся проводка сгорит) и т.д. и т.п). Можете ли Вы рассказать конкретику по данной ситуации? Что произошло в том 2018? Информации очень мало, приходится собирать по крупицам, может, вам известно больше? Спасибо!

Мы не в курсе, что произошло в 2018м и как там обстоят дела вообще, поэтому просим помощь зала. Но в любом случае 33 тыр за комнату, пусть и в хорошем районе - это и близко не похоже на вменяемый вариант, за эти деньги гораздо проще снять напополам с коллегой двушку в Беляево или Коньково и косплеить Холмса с Ватсоном. И если все реально так, как указано выше, то логичный вопрос, на кой черт нужна такая заботушка в виде якобы служебного жилья и зачем государству в этом участвовать.

В общем, кто что знает, пишите в комменты или в ЛС, интересно

#конференции

Что: II Симпозиум "Структура почв, пород и грунтов: актуальные исследования, теория и практика – 2025"

Где: Москва, Почвенный институт им. Докучаева

Когда: 29 мая 2025

Когда дедлайн: 29 апреля 2025

Подробности и ссылка на регистрацию: тут

#обозревая_происходящее

⚡️РНФ выложил итоги региональных конкурсов (100 и 101).

«Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами» (региональный конкурс) (он же 100)


Конкурс по приоритетному направлению деятельности РНФ «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами» (региональный конкурс) (он же 101)

#обозревая_происходящее

⚡️РНФ выложил итоги еще трех конкурсов:

«Проведение исследований на базе существующей научной инфраструктуры мирового уровня» (108)

«Проведение исследований научными лабораториями мирового уровня в рамках реализации приоритетов научно-технологического развития Российской Федерации» (107)

«Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований по поручениям (указаниям) Президента Российской Федерации» (генетические исследования) (106)

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Бактериофаги - вирусы, заражающие бактериальные клетки. Чтобы противодействовать этому, бактерии выработали свои механизмы защиты. Самый распространенный вариант - системы рестрикции-модификации (R-M) и CRISPR-Cas, но есть и другие, более редкие и малоизученные (и их несколько сотен!) - например, BREX, которая использует модификацию собственной ДНК для отличения ее от ДНК вирусов.

Ученые из Сколтеха (Лаборатория анализа метагеномов) совместно с коллегами из Великобритании изучили метилтрансферазу BREX системы и смогли изменить ее специфичность к ДНК сайтам. Это позволило значительно усилить антивирусную защиту.

Интересно здесь то, что метилтрансфераза BrxX оказалась неактивной in vitro и in vivo, а "запускалась" только в условиях сборки крупного BREX комплекса - с точки зрения механизма это принципиальное отличие от "простых" R-M систем.

Работа вышла в Nature Communications (IF = 14.4); как и многие хорошие исследования, она была поддержана РНФ