#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
В процессе нефтедобычи образуются побочные соединения, в том числе сероводород - газ мало того, что вонючий, так еще и ядовитый и вызывающий коррозию. Чтобы избавиться от него, используют разные варианты, чаще всего - метод Клауса, когда сероводород окисляется до элементарной серы и воды.
Но ищут и альтернативные пути - например, с получением водорода, который сам по себе можно использовать как топливо. Для такого процесса нужны катализаторы, которые бы работали в нужном диапазоне температуры и с поверхности которых можно было бы удалять серу. Один из вариантов - сульфиды металлов.
В свежей работе ученых из ИБХФ #РАН @ibcp_ras_news (Москва), сделанной совместно с коллегами из исследовательского центра Aramco, описано теоретическое исследование кристалла CoMo2S4 как катализатора разложения сероводорода при помощи компьютерного моделирования. Показано, что разные его поверхности будут вести себя не одинаково (анизотропия предсказуемо имеет место), причем и в самом катализе, и в смысле того, как от кристалла отваливается образующаяся твердая сера.
Статья опубликована в Applied Surface Science (IF = 6.3)
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0169433225004003
В процессе нефтедобычи образуются побочные соединения, в том числе сероводород - газ мало того, что вонючий, так еще и ядовитый и вызывающий коррозию. Чтобы избавиться от него, используют разные варианты, чаще всего - метод Клауса, когда сероводород окисляется до элементарной серы и воды.
Но ищут и альтернативные пути - например, с получением водорода, который сам по себе можно использовать как топливо. Для такого процесса нужны катализаторы, которые бы работали в нужном диапазоне температуры и с поверхности которых можно было бы удалять серу. Один из вариантов - сульфиды металлов.
В свежей работе ученых из ИБХФ #РАН @ibcp_ras_news (Москва), сделанной совместно с коллегами из исследовательского центра Aramco, описано теоретическое исследование кристалла CoMo2S4 как катализатора разложения сероводорода при помощи компьютерного моделирования. Показано, что разные его поверхности будут вести себя не одинаково (анизотропия предсказуемо имеет место), причем и в самом катализе, и в смысле того, как от кристалла отваливается образующаяся твердая сера.
Статья опубликована в Applied Surface Science (IF = 6.3)
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0169433225004003
February 21
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Изучение биохимии реликтовых растений, сохранившихся до наших дней - весьма актуальная задача, так как это позволяет находить необычные метаболиты, уникальные ферменты, отвечающие за их биосинтез и, конечно же, кодирующие их гены.
В свежей работе исследователи из Института физиологии растений РАН изучили особенности строения триацилглицеринов (ТАГ) семян реликта Третичного периода лунника оживающего, способного накапливать большое количество мононенасыщенных жирных кислот с очень длинной цепью – гондоиновую (20:1n-9), эруковую (22:1n-9) и нервоновую (24:1n-9).
Было установлено, что 20:1-24:1 жирные кислоты ацилировали исключительно sn-1 и sn-3 положения ТАГ лунника, в то время как «обычные» жирные кислоты, такие как олеиновая, линолевая и α-линоленовая ацилировали исключительно sn-2-положение углеродного атома остатка глицерина в молекуле ТАГ. На основании такой выраженной позиционной специфичности строения ТАГ, авторы делают закономерное предположение о наличии у этого растения минимум двух изоформ ферментов, проявляющих специфичность к жирным кислотам с очень длинной цепью. А именно, об изоформе глицеро-3-фосфат-ацилтрансферазы (GPAT), отвечающей за ацилирование sn-1-положения ТАГ, и диацилглицерин-3-ацилтрансферазы (DGAT), ацилирующей sn-3-положение. Более того, последний фермент должен иметь специфичность не только к ацил-КоА с очень длинной цепью, но также ко второму субстрату – диацилглицерину, содержащему в sn-1-положении очень длинный ацил.
Результаты важны не только для понимания работы ферментов биосинтеза жирного масла, но и для генной инженерии масличных культур, продуцирующих масла с необычной структурой ТАГ.
Работа опубликована в Plants (IF=4.0, Q1).
https://www.mdpi.com/2223-7747/14/4/612
Изучение биохимии реликтовых растений, сохранившихся до наших дней - весьма актуальная задача, так как это позволяет находить необычные метаболиты, уникальные ферменты, отвечающие за их биосинтез и, конечно же, кодирующие их гены.
В свежей работе исследователи из Института физиологии растений РАН изучили особенности строения триацилглицеринов (ТАГ) семян реликта Третичного периода лунника оживающего, способного накапливать большое количество мононенасыщенных жирных кислот с очень длинной цепью – гондоиновую (20:1n-9), эруковую (22:1n-9) и нервоновую (24:1n-9).
Было установлено, что 20:1-24:1 жирные кислоты ацилировали исключительно sn-1 и sn-3 положения ТАГ лунника, в то время как «обычные» жирные кислоты, такие как олеиновая, линолевая и α-линоленовая ацилировали исключительно sn-2-положение углеродного атома остатка глицерина в молекуле ТАГ. На основании такой выраженной позиционной специфичности строения ТАГ, авторы делают закономерное предположение о наличии у этого растения минимум двух изоформ ферментов, проявляющих специфичность к жирным кислотам с очень длинной цепью. А именно, об изоформе глицеро-3-фосфат-ацилтрансферазы (GPAT), отвечающей за ацилирование sn-1-положения ТАГ, и диацилглицерин-3-ацилтрансферазы (DGAT), ацилирующей sn-3-положение. Более того, последний фермент должен иметь специфичность не только к ацил-КоА с очень длинной цепью, но также ко второму субстрату – диацилглицерину, содержащему в sn-1-положении очень длинный ацил.
Результаты важны не только для понимания работы ферментов биосинтеза жирного масла, но и для генной инженерии масличных культур, продуцирующих масла с необычной структурой ТАГ.
Работа опубликована в Plants (IF=4.0, Q1).
https://www.mdpi.com/2223-7747/14/4/612
MDPI
The Structure of Storage Triacylglycerols of Mature Seeds of Lunaria rediviva L., a Hyperaccumulator of Very Long-Chain Monounsaturated…
This article represents the first consideration of the peculiarities of the fatty acid (FAs) composition and structure of storage triacylglycerols (TAGs) of the relict plant Lunaria rediviva L. The composition of storage TAGs was found to comprise 21 individual…
February 22
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
#зоопарк_одобряет
Многие уже по-любому видели этот креатив от Минобороны к 23 февраля, а поскольку наш Зоопарк старается следить за тем, что происходит в мире пиара и медиа и за пределами науки тоже, мы просто не могли пройти мимо.
Что имеем сказать: с точки зрения пяра это очень круто. Работа с вирусным контентом - это краеугольный камень smm, который в подавляющем большинстве случаев госструктуры осилить не могут вообще, то есть совсем: или не делают вообще, или сильно опаздывают, или просто получается кринжатина. В данном же случае авторы:
-не опоздали (пик интереса прошел, но тренд еще живой),
-вписались в тренд, который вызвал истерику в западных медиа. Кто не следил за событиями, "сигмабой" в исполнении двух девчуль-школьниц влетел в зарубежные чарты аки гиперзвуковая ракета, и некоторые на полном серьезе начали орать, что это был кремлевский psyop. С учетом всего этого сделать military-версию - это прям жирнющий троллинг,
-в музыкальном смысле сделали очевидные отсылки к другим более или менее вирусным историям прошлых лет (мы одни вспомнили советский марш из Red Alert 3? Думаем, не одни),
-не облажались с чисто технической точки зрения (продакшен прям на уровне),
-наконец, очень грамотно вбросили креатив по всем каналам. Тут есть куча моментов (точки вброса, время и так далее), которые выдают руку мастера.
Фиг знает, кто тут поработал, но сделано это очень профессионально - на голову выше среднего уровня креативщиков и пиарщиков госструктур.
Ну и, конечно, наш Зоопарк поздравляет всех защитников Отечества в самом широком смысле - и товарищи российские ученые в эту категорию, безусловно, попадают.
Многие уже по-любому видели этот креатив от Минобороны к 23 февраля, а поскольку наш Зоопарк старается следить за тем, что происходит в мире пиара и медиа и за пределами науки тоже, мы просто не могли пройти мимо.
Что имеем сказать: с точки зрения пяра это очень круто. Работа с вирусным контентом - это краеугольный камень smm, который в подавляющем большинстве случаев госструктуры осилить не могут вообще, то есть совсем: или не делают вообще, или сильно опаздывают, или просто получается кринжатина. В данном же случае авторы:
-не опоздали (пик интереса прошел, но тренд еще живой),
-вписались в тренд, который вызвал истерику в западных медиа. Кто не следил за событиями, "сигмабой" в исполнении двух девчуль-школьниц влетел в зарубежные чарты аки гиперзвуковая ракета, и некоторые на полном серьезе начали орать, что это был кремлевский psyop. С учетом всего этого сделать military-версию - это прям жирнющий троллинг,
-в музыкальном смысле сделали очевидные отсылки к другим более или менее вирусным историям прошлых лет (мы одни вспомнили советский марш из Red Alert 3? Думаем, не одни),
-не облажались с чисто технической точки зрения (продакшен прям на уровне),
-наконец, очень грамотно вбросили креатив по всем каналам. Тут есть куча моментов (точки вброса, время и так далее), которые выдают руку мастера.
Фиг знает, кто тут поработал, но сделано это очень профессионально - на голову выше среднего уровня креативщиков и пиарщиков госструктур.
Ну и, конечно, наш Зоопарк поздравляет всех защитников Отечества в самом широком смысле - и товарищи российские ученые в эту категорию, безусловно, попадают.
February 23
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Работа с тяжелой нефтью, да еще и богатой серой - это всегда "задача со звездочкой": у нее высокая вязкость, что создает много проблем в плане ее добычи и транспортировки. Над решением этой проблемы (не только этой, конечно) успешно работают в КФУ @kznuniversity - там находится одна из сильнейших в мире школ нефтехимии.
Коллеги подобрали хороший водорастворимый катализатор на основе железа и температурные режимы, при которых вязкость тяжёлой нефти месторождения Бока де Харуко (Куба) снизилась более чем на 85%. Более того, они разобрались с механизмом его работы, что позволит доработать этот подход и для других сортов нефти.
Результаты работы опубликованы в Energy & Fuels (IF = 5.2)
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.energyfuels.4c04833
Работа с тяжелой нефтью, да еще и богатой серой - это всегда "задача со звездочкой": у нее высокая вязкость, что создает много проблем в плане ее добычи и транспортировки. Над решением этой проблемы (не только этой, конечно) успешно работают в КФУ @kznuniversity - там находится одна из сильнейших в мире школ нефтехимии.
Коллеги подобрали хороший водорастворимый катализатор на основе железа и температурные режимы, при которых вязкость тяжёлой нефти месторождения Бока де Харуко (Куба) снизилась более чем на 85%. Более того, они разобрались с механизмом его работы, что позволит доработать этот подход и для других сортов нефти.
Результаты работы опубликованы в Energy & Fuels (IF = 5.2)
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.energyfuels.4c04833
ACS Publications
Thermal Conversion of High-Sulfur Crude Oil: Optimizing Fe-Based Catalyst Concentration for Viscosity Reduction and Upgrading Efficiency
The influence of the concentration of the water-soluble Fe(NO3)3 catalyst precursor (from 0.2 to 0.6 wt % by metal) on the properties of heavy oil during the process of aquathermolysis at 300 °C for 24 h was studied. An increase in catalyst active sites leads…
February 24
#зоопарк_одобряет
Тот самый Алферовский университет (кто в теме, тот знает, кто не в теме - это очень круто) устраивает весеннюю Школу по физике и нанобиотехнологиям, которая пройдёт в Санкт-Петербурге с 21 по 25 апреля.
Для кого: студенты 3-4 курса бакалавриата + магистранты физико-технических специальностей
Темы: полупроводники, нанофотоника, микроэлектроника, нанобиотехнологии
Участие бесплатное (но есть конкурсный отбор). Регистрация - до 20 марта.
Подробности тут: https://spbau.ru/actions/events/alfschool2025spr
Тот самый Алферовский университет (кто в теме, тот знает, кто не в теме - это очень круто) устраивает весеннюю Школу по физике и нанобиотехнологиям, которая пройдёт в Санкт-Петербурге с 21 по 25 апреля.
Для кого: студенты 3-4 курса бакалавриата + магистранты физико-технических специальностей
Темы: полупроводники, нанофотоника, микроэлектроника, нанобиотехнологии
Участие бесплатное (но есть конкурсный отбор). Регистрация - до 20 марта.
Подробности тут: https://spbau.ru/actions/events/alfschool2025spr
February 25
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Магнитокалорические материалы - это такие замечательные штуки, способные менять температуру под действием приложенного магнитного поля. По сути - еще один вариант охлаждения, причем в тех условиях, когда привычные пути невозможны или неудобны, поэтому неудивительно, что материаловеды изучают эту тему очень пристально.
Свежие интересные работы коллектива из МИСИС @nust_misis, Дагестанского ФИЦ РАН (Махачкала - как мы не раз писали, там еще с советских времен есть отличный физический центр*) и ИТЭБ #РАН (Пущино) показали, как такие материалы можно использовать и для биомедицинских задач. Регулируя температуру магнитным полем, можно управлять свойствами термочувствительного полимера поли (N-изопропилакриламида) (PNIPAM) - на его основе сделали смарт-композит, содержащий антибиотик (он же цитостатик) доксорубицин. Фишка же здесь в том, что высвобождение лекарства происходит под действием поля, то есть ровно там, где надо и когда надо, причем неинвазивно. Поле нужно, кстати, до 3 Тл - это легко достижимо на серийном медицинском оборудовании.
Результаты экспериментов опубликованы в ACS Applied Engineering Materials, а теоретических расчетов - в Journal of Composites Science.
*Кстати, вот наше старое интервью с одним из авторов - Каримом Амировым, материаловедом из "аула профессоров", как называют дагестанский Чох.
Магнитокалорические материалы - это такие замечательные штуки, способные менять температуру под действием приложенного магнитного поля. По сути - еще один вариант охлаждения, причем в тех условиях, когда привычные пути невозможны или неудобны, поэтому неудивительно, что материаловеды изучают эту тему очень пристально.
Свежие интересные работы коллектива из МИСИС @nust_misis, Дагестанского ФИЦ РАН (Махачкала - как мы не раз писали, там еще с советских времен есть отличный физический центр*) и ИТЭБ #РАН (Пущино) показали, как такие материалы можно использовать и для биомедицинских задач. Регулируя температуру магнитным полем, можно управлять свойствами термочувствительного полимера поли (N-изопропилакриламида) (PNIPAM) - на его основе сделали смарт-композит, содержащий антибиотик (он же цитостатик) доксорубицин. Фишка же здесь в том, что высвобождение лекарства происходит под действием поля, то есть ровно там, где надо и когда надо, причем неинвазивно. Поле нужно, кстати, до 3 Тл - это легко достижимо на серийном медицинском оборудовании.
Результаты экспериментов опубликованы в ACS Applied Engineering Materials, а теоретических расчетов - в Journal of Composites Science.
*Кстати, вот наше старое интервью с одним из авторов - Каримом Амировым, материаловедом из "аула профессоров", как называют дагестанский Чох.
ACS Publications
Thermoresponsive PNIPAM/FeRh Smart Composite Activated by a Magnetic Field for Doxorubicin Release
The ability to control the physical properties of the thermoresponsive polymer PNIPAM by the magnetocaloric effect was demonstrated by in situ experiments on the PNIPAM/FeRh smart composite. The concept of drug release from a smart composite under the application…
February 26
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Известно, что наши геномы по большей части различаются однонуклеотидными вариантами, и в среднем геном любого человека содержит около 4-5 миллионов таких замен, отличающих его от некоего универсального референса. Конечно, далеко не все эти варианты функциональны, и нам очень хочется уметь находить среди них биологически значимые.
Стандартный для этого подход - полногеномный поиск ассоциаций со всевозможными фенотипами, требующий сотни и тысячи образцов. Но даже если мы набрали достаточную статистику и получили значимо ассоциированные варианты, большинство из них локализуется в некодирующих областях генома и порождает больше вопросов, чем ответов. Как все-таки эти замены связаны с фенотипом?
Именно для таких случаев спасением становится аллель-специфичный анализ, заключающийся в сравнении сигнала любого высокопроизводительного эксперимента, будь то секвенирование РНК, открытого хроматина или покрытых белками участков ДНК, между альтернативными аллелями гетерозиготных вариантов. Так, если на одной из гомологичных хромосом замена нуклеотида приводит к изменению доступности данного участка хроматина, значит, эта позиция важна, и аллель-специфичный анализ на это укажет. При этом подобный анализ сразу указывает на функциональность варианта (меняет ли он экспрессию, связывание факторов транскрипции и так далее) и не требует сотен образцов, достаточно нескольких реплик.
Биологи из Института белка #РАН (Пущино), ИОГен РАН (Москва), с ФББ МГУ и из университета Сириус разработали и протестировали новый инструмент MIXALIME, позволяющий любому исследователю, имеющему на руках результаты высокопроизводительных экспериментов, провести аллель-специфичный анализ с использованием наиболее подходящей статистической модели, учитывающей овердисперсию данных и плоидность образцов.
Более того, они сами проанализировали данные более 5 тысяч экспериментов по доступности хроматина в разных тканях и клеточных линиях человека, чтобы составить базу данных UDACHA, включившей более 100 тысяч аллель-специфичных вариантов.
Результаты опубликованы в Nature Communications (IF = 14.7)
https://www.nature.com/articles/s41467-024-55513-2
Известно, что наши геномы по большей части различаются однонуклеотидными вариантами, и в среднем геном любого человека содержит около 4-5 миллионов таких замен, отличающих его от некоего универсального референса. Конечно, далеко не все эти варианты функциональны, и нам очень хочется уметь находить среди них биологически значимые.
Стандартный для этого подход - полногеномный поиск ассоциаций со всевозможными фенотипами, требующий сотни и тысячи образцов. Но даже если мы набрали достаточную статистику и получили значимо ассоциированные варианты, большинство из них локализуется в некодирующих областях генома и порождает больше вопросов, чем ответов. Как все-таки эти замены связаны с фенотипом?
Именно для таких случаев спасением становится аллель-специфичный анализ, заключающийся в сравнении сигнала любого высокопроизводительного эксперимента, будь то секвенирование РНК, открытого хроматина или покрытых белками участков ДНК, между альтернативными аллелями гетерозиготных вариантов. Так, если на одной из гомологичных хромосом замена нуклеотида приводит к изменению доступности данного участка хроматина, значит, эта позиция важна, и аллель-специфичный анализ на это укажет. При этом подобный анализ сразу указывает на функциональность варианта (меняет ли он экспрессию, связывание факторов транскрипции и так далее) и не требует сотен образцов, достаточно нескольких реплик.
Биологи из Института белка #РАН (Пущино), ИОГен РАН (Москва), с ФББ МГУ и из университета Сириус разработали и протестировали новый инструмент MIXALIME, позволяющий любому исследователю, имеющему на руках результаты высокопроизводительных экспериментов, провести аллель-специфичный анализ с использованием наиболее подходящей статистической модели, учитывающей овердисперсию данных и плоидность образцов.
Более того, они сами проанализировали данные более 5 тысяч экспериментов по доступности хроматина в разных тканях и клеточных линиях человека, чтобы составить базу данных UDACHA, включившей более 100 тысяч аллель-специфичных вариантов.
Результаты опубликованы в Nature Communications (IF = 14.7)
https://www.nature.com/articles/s41467-024-55513-2
GitHub
GitHub - autosome-ru/MixALime
Contribute to autosome-ru/MixALime development by creating an account on GitHub.
March 3
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Накопление в организме человека упорядоченных белковых агрегатов, амилоидных фибрилл, связанно с тяжелыми неизлечимыми болезнями. В последние годы внимание исследователей привлекла возможность использования в качестве потенциальных амилоид-деградирующих агентов различных лизосомальных протеаз.
Свежая работа коллег из Института цитологии #РАН (Санкт-Петербург) - как раз об этом. Коллеги изучили влияние одного из лизосомальных ферментов, аспартилпротеазы катепсина D (CTSD), на амилоидные фибриллы, накапливающиеся при инсулиновом и системном лизоцимовом амилоидозах, а также нейродегенеративных болезнях Альцгеймера и Паркинсона.
Стало ясно, что CTSD вызывает фрагментацию всех исследованных типов амилоидов путем нарушения водородных связей между бета-тяжами, образующими остов фибриллы. Более того, размер, структура и свойства продуктов деградации амилоидов свидетельствуют о возможном участии CTSD в быстром накоплении и распространении патологических амилоидов между здоровыми клетками и тканями.
Все это говорит о том, что стимулирование иммунного ответа (при иммунотерапии), приводящее к неконтролируемому воздействию ферментов на амилоиды, может привести к непредсказуемым последствиям и усугубить патологическое состояние.
Работа опубликована в International Journal of Biological Macromolecules (IF = 7.7)
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S014181302501520X
Накопление в организме человека упорядоченных белковых агрегатов, амилоидных фибрилл, связанно с тяжелыми неизлечимыми болезнями. В последние годы внимание исследователей привлекла возможность использования в качестве потенциальных амилоид-деградирующих агентов различных лизосомальных протеаз.
Свежая работа коллег из Института цитологии #РАН (Санкт-Петербург) - как раз об этом. Коллеги изучили влияние одного из лизосомальных ферментов, аспартилпротеазы катепсина D (CTSD), на амилоидные фибриллы, накапливающиеся при инсулиновом и системном лизоцимовом амилоидозах, а также нейродегенеративных болезнях Альцгеймера и Паркинсона.
Стало ясно, что CTSD вызывает фрагментацию всех исследованных типов амилоидов путем нарушения водородных связей между бета-тяжами, образующими остов фибриллы. Более того, размер, структура и свойства продуктов деградации амилоидов свидетельствуют о возможном участии CTSD в быстром накоплении и распространении патологических амилоидов между здоровыми клетками и тканями.
Все это говорит о том, что стимулирование иммунного ответа (при иммунотерапии), приводящее к неконтролируемому воздействию ферментов на амилоиды, может привести к непредсказуемым последствиям и усугубить патологическое состояние.
Работа опубликована в International Journal of Biological Macromolecules (IF = 7.7)
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S014181302501520X
March 4
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Бактериофаги - вирусы, заражающие бактериальные клетки. Чтобы противодействовать этому, бактерии выработали свои механизмы защиты. Самый распространенный вариант - системы рестрикции-модификации (R-M) и CRISPR-Cas, но есть и другие, более редкие и малоизученные (и их несколько сотен!) - например, BREX, которая использует модификацию собственной ДНК для отличения ее от ДНК вирусов.
Ученые из Сколтеха (Лаборатория анализа метагеномов) совместно с коллегами из Великобритании изучили метилтрансферазу BREX системы и смогли изменить ее специфичность к ДНК сайтам. Это позволило значительно усилить антивирусную защиту.
Интересно здесь то, что метилтрансфераза BrxX оказалась неактивной in vitro и in vivo, а "запускалась" только в условиях сборки крупного BREX комплекса - с точки зрения механизма это принципиальное отличие от "простых" R-M систем.
Работа вышла в Nature Communications (IF = 14.4); как и многие хорошие исследования, она была поддержана РНФ
Бактериофаги - вирусы, заражающие бактериальные клетки. Чтобы противодействовать этому, бактерии выработали свои механизмы защиты. Самый распространенный вариант - системы рестрикции-модификации (R-M) и CRISPR-Cas, но есть и другие, более редкие и малоизученные (и их несколько сотен!) - например, BREX, которая использует модификацию собственной ДНК для отличения ее от ДНК вирусов.
Ученые из Сколтеха (Лаборатория анализа метагеномов) совместно с коллегами из Великобритании изучили метилтрансферазу BREX системы и смогли изменить ее специфичность к ДНК сайтам. Это позволило значительно усилить антивирусную защиту.
Интересно здесь то, что метилтрансфераза BrxX оказалась неактивной in vitro и in vivo, а "запускалась" только в условиях сборки крупного BREX комплекса - с точки зрения механизма это принципиальное отличие от "простых" R-M систем.
Работа вышла в Nature Communications (IF = 14.4); как и многие хорошие исследования, она была поддержана РНФ
Nature
Molecular basis of foreign DNA recognition by BREX anti-phage immunity system
Nature Communications - BrxX methylase in complex with SAM cofactor mediates foreign DNA recognition by the BREX system. BrxX can be engineered to modify BREX specificity and enhance defense. BREX...
March 6
#зоопарк_одобряет
У «Ъ-науки» вышло большое интервью о GENA и биоинформатике с Вениамином Фишманом, доктором биологических наук, ведущим научным сотрудником группы «Биоинформатика» Института AIRI и Института цитологии и генетики СО РАН.
Фишман подробно рассказывает о первой российской нейросетке, обученной обрабатывать длинные последовательности ДНК. Разработчики GENA обучили нейросетевую модель на полной сборке генома человека и выложили ее в открытом доступе. За это время GENA из одной модели стал «семейством», а в конце января ученые AIRI опубликовали статью о разработке в Nucleic Acids Research (IF 16.6).
GENA уже сейчас способна обрабатывать входные данные длиной до 36 000 пар оснований, и благодаря интеграции недавно разработанного механизма рекуррентной памяти этот показатель можно еще нарастить.
Для интересующихся разработкой уже открыт веб-сервис https://dnalm.airi.net, в который можно ввести последовательность ДНК и получить несколько типовых аннотаций, чтобы прикинуть, насколько такой инструмент может вам вообще пригодиться. Чтобы выжать максимум функционала, потребуются навыки программирования и биоинформатики, но в целом все модели максимально упрощены в использовании. Все необходимое лежит в репозиториях на платформах Hugging Face и GitHub.
Читать тут: https://www.kommersant.ru/doc/7550813
У «Ъ-науки» вышло большое интервью о GENA и биоинформатике с Вениамином Фишманом, доктором биологических наук, ведущим научным сотрудником группы «Биоинформатика» Института AIRI и Института цитологии и генетики СО РАН.
Фишман подробно рассказывает о первой российской нейросетке, обученной обрабатывать длинные последовательности ДНК. Разработчики GENA обучили нейросетевую модель на полной сборке генома человека и выложили ее в открытом доступе. За это время GENA из одной модели стал «семейством», а в конце января ученые AIRI опубликовали статью о разработке в Nucleic Acids Research (IF 16.6).
GENA уже сейчас способна обрабатывать входные данные длиной до 36 000 пар оснований, и благодаря интеграции недавно разработанного механизма рекуррентной памяти этот показатель можно еще нарастить.
Для интересующихся разработкой уже открыт веб-сервис https://dnalm.airi.net, в который можно ввести последовательность ДНК и получить несколько типовых аннотаций, чтобы прикинуть, насколько такой инструмент может вам вообще пригодиться. Чтобы выжать максимум функционала, потребуются навыки программирования и биоинформатики, но в целом все модели максимально упрощены в использовании. Все необходимое лежит в репозиториях на платформах Hugging Face и GitHub.
Читать тут: https://www.kommersant.ru/doc/7550813
Коммерсантъ
Гена, который прочитал ДНК
Вениамин Фишман — об особенностях первой российской ИИ-модели для ДНК
March 7