Данные по ЮАР передаются в NICD с временным лагом (к счастью, не 2-3 месяца, как в некоторых других странах), так что динамика госпитализаций в сопоставлении с предыдущими волнами после апдейта выглядит так же удручающе, как и динамика новых случаев. Очень опасный вариант, очень плохая волна, и очень глупый wishful thinking опять случился с миром.

Новые данные из ЮАР, общая ситуация тремя строками:

🔸30 ноября - 4373 новых случая, 10,7% коэффициент позитивности, 2414 (+86) в стационарах, 234 (+1) в ОРИТ, 21 умерший
🔸1 декабря - 8561 новый случай, 16,5% коэффициент позитивности, 2550 (+136) в стационаре, 235 (+1) в ОРИТ, 28 умерших
🔸2 декабря - 11535 новых случаев, 22,4% коэффициент позитивности, 2904 (+274) в стационаре, 262 (+1) в ОРИТ, 44 умерших

При таком высоком коэффициенте позитивности можно предполагать высокую долю симптомных случаев - и значительное число бессимптомников/досимптомников, которых мы не видим.

Следующая неделя в ЮАР - выходные дни. Храни их Господь, конечно.

Новый отчёт об омикроне из ЮАР обнадёживает — и подводит к оптимистичным выводам. Летальность в эту волну сильно снизилась. Пациентов на кислороде стало намного меньше, а привитых среди них практически нет. И вообще людей госпитализируют по другим причинам — а коронавирус у них находят совершенно случайно.

К сожалению, с этим отчётом (и с данными, которые там приводятся) есть ряд очень серьёзных проблем. О чём нам на самом деле говорит этот отчёт и почему для оптимизма рановато — в этом тексте.

Очень мягкий рост смертности в Гаутенге, ЮАР — такой же мягкий, как и омикрон:

• Неделя 44 (1-7 ноября): 18 ковидных смертей

• Неделя 45: 18 смертей. Здесь началась вспышка в Университете Претории, позднее связанная с омикроном

• Неделя 46: 14 смертей

• Неделя 47: 25 смертей. Здесь обнаружили омикрон, а через несколько дней он обзавёлся статусом VOC и своим именем, а ЮАР — массовым трэвел-баном. Вскоре появляется Анжелика Кутзи с заявлениями про «мягкий» и добрый омикрон, с которым никто даже в больницы не попадает

• Неделя 48 (прошедшая): 43 смерти

Как я писал ещё в середине недели, начинается разворот тренда — и смертность вскоре пойдёт в рост. Я прогнозировал +75-100% по итогам недели, вышло +72% (43 ковидные смерти против 25 за неделю до этого). Источник — Минздрав ЮАР. Просто напомнить: 68% всех, кто попадает в больницы в Гаутенге — это дети и молодые до 40 лет.

Дальше, по-видимому, нам будут рассказывать, что:
1. Какие ваши доказательства, что это всё умершие от омикрона, если и в ЮАР подтверждено всего 228 случаев, и сама ВОЗ заявляет, что в мире никто от омикрона не умер? Здесь просто напомню, что уже в ноябре в Гаутенге доминирует именно омикрон, и это не артефакт смещённой выборки.

2. Разве это рост? Смертей пока немного, и вообще CFR ниже, чем в прошлые волны — что, очевидно, должно успокаивать и подводить к мысли, что у нас таки состоялось торжество эволюции и омикрон превратился в простуду. Однако чем объяснить относительно низкий пока CFR — и почему, вероятно, так продлится недолго — я подробно разобрал в сегодняшнем тексте.

Словно бы в подтверждение гипотезы о мягком, добром омикроне возникают и форсятся ещё и вот такие новости:

«Омикрон позаимствовал часть генетического материала обычной простуды. Благодаря этому коронавирус стал «человечнее» и не должен вызывать тяжёлого течения болезни».

Новость подхватили десятки СМИ — от МК до РБК, и везде сквозит одно и то же: «Это может означать, что вирусу стало проще попадать из организма в организм, но при этом заболевание будет протекать легко или бессимптомно». Как будто бы прекрасно объясняет первые сообщения из ЮАР о «мягком омикроне», да?

На деле это мало связано с реальностью. О чём на самом деле это исследование, на которое все ссылаются, и как всё обстоит на самом деле — объясняет американский генетик Дмитрий Прусс:

Это очень далеко от истины. Да, маленький кусочек S-белка Омикрона (три десятых процента этого белка) может оказаться заимствованием из аналогичного гена коронавируса простуды, только если это так, то эти "буквы кода" попали в Омикрон, перевернувшись вверх тормашками (не из той цепи РНК, которая на самом деле кодировала белок, а из противоположной). У Омикрона эта вставка в S-белок читается EPE, а у вируса простуды читалась PWS. 

Прочитать кусочек кому-то полезной инструкции вверх ногами и задом наперед, это совсем не то же самое, что использовать чей-то код с пользой.

А насчет "кражи у другого вируса" и без того есть сомнения, потому что такой же кусочек кода есть и в человеческом геноме (как авторы и сами признают), и ходить за ним далеко не надо.

Новый препринт показывает, что примерно половина вставок в разных линиях коронавируса - из человеческого генома, а другая половина - из генома самого коронавируса

О том же пишет и профессор Оксфорда Арис Кацуракис, специалист в области эволюции вирусов и геномики. Рассматривать эту гипотезу всерьёз нет никакого смысла, говорит Арис, и совпадение трёх аминокислот — это даже близко не доказательство рекомбинации между омикроном и HCoV-229E (тем самым простудным коронавирусом). «Это просто случайное совпадение короткой аминокислотной последовательности». Алексей Мерц, профессор биохимии из Орегонского университета здравоохранения и науки (OHSE), выразился короче и проще: «Эта статья — совершенный мусор».

Тем временем число госпитализаций с мягким, добрым омикроном в южноафриканском Гаутенге выросло в 12 раз за 3 недели, число пациентов на кислороде — в 3 раза за две недели, число занятых реанимационных коек — в 2,5 раза за последнюю неделю. И это ещё неполные данные — госпитальная статистика по ЮАР сильно запаздывает.

Написал для Republic колонку о том, как российские власти борются с эпидемией — и как эта борьба оборачивается фарсом и фикцией. Эпидемия пущена на самотёк, вакцинация проваливается, решения запаздывают, а вся борьба зачастую сводится к введению точечных малоэффективных мер, разворачиванию коек до предела и попыткам дотянуть до естественного спада волны. Так произошло и сейчас: ноябрьский локдаун сильно запоздал и не сбил четвёртую волну, потому что она к тому моменту и так уже пошла на спад. На самом деле Россия, похоже, прошла пик четвёртой волны ещё в октябре — на это указывет динамика госпитализаций и ковид-специфичных поисковых запросов.

Читайте подробнее в тексте (без пейволла): https://republic.ru/posts/102474

Один из грустных итогов такой «борьбы» — это рекордная российская смертность. То, что мы наблюдаем в ежедневных данных оперштаба, те самые 1200 умерших в сутки — это лишь верхушка айсберга.

Прямо сейчас, по оценкам демографа Алексея Ракши, избыточная смертность составляет около 2400 смертей в сутки — и по сравнению с октябрём-ноябрём это серьёзное снижение. За октябрь было 97 тысяч избыточных смертей, ноябрь Алексей оценивает в 116 тысяч. Мои оценки на основе госпитализаций близки: я пришёл к оценке 110-120 тысячам избыточных смертей за ноябрь.

До конца декабря Россия, вероятно, преодолеет отметку в 1 миллион избыточных смертей с начала эпидемии.

Подробнее, с графиками — у Алексея в канале.

И последнее на сегодня: у моего канала есть чат — заглядывайте, потому что где же ещё, как не там, встречать конец эпидемии.

Пока у нас омикрон радостно записали в «живые вакцины» и связали его с концом пандемии, в самой ЮАР эпидемия заканчиваться и не думает. Напротив — там ситуация всё хуже. И ухудшается уже не только провинция Гаутенг, которая первой столкнулась с омикроном.

• Госпитализации в Гаутенге продолжают интенсивно расти: за прошлую неделю рост в 2,4 раза, за две недели — в 6,4, за три недели — в 14 раз. И это только промежуточные данные: информация о госпитализациях поступает с задержкой, фактическое число госпитализированных окажется выше ещё на 30-40%.

• За два первых дня этой недели в Гаутенге госпитализировали уже 700 человек (и это промежуточные данные, которые ещё сильно вырастут). За неделю Гаутенг, вероятно, преодолеет отметку в 3000−3500 госпитализированных.

• Быстро растут и тяжёлые пациенты. Уже сейчас, по оперативным данным, в Гаутенге 179 человек в реанимации — прирост за неделю почти в 3 раза. На ИВЛ — 58 человек, вдвое больше, чем неделю назад. На кислороде — 280 человек (рост в 2,3 раза за полторы недели). Хотя доля пациентов в реанимации и на ИВЛ по-прежнему ниже, чем в прошлые волны, крайне тяжёлых пациентов становится больше — и их прирост ускоряется.

• В целом по ЮАР число пациентов в ОРИТ выросло на 57% за последнюю неделю.

• Свидетельства с мест нехорошие. Рудо Матива, завотделением реанимации крупнейшего ковидного госпиталя Йоханнесбурга, даёт регулярные интервью, которые в общем оптимистичном запале часто остаются незамеченными. Так, в своём последнем интервью Рудо рассказала, что с приходом омикрона в больницы стало попадать больше детей со средним и тяжёлым течением. И если раньше дети переносили ковид легко, то теперь им всё чаще требуется кислород и поддерживающая терапия, а в больнице они надолго задерживаются. Также Рудо отметила, что вскоре больница не сможет принимать детей: «Это серьёзная проблема — наши больницы не рассчитаны на такое количество детей. Мы не сможем всех разместить, и нам необходимо срочно принимать меры». Подробнее о детских госпитализациях и их тяжести рассказывает @coronamed, например, здесь.

• В то же время, возрастная структура постепенно смещается. На выходных я писал, что следом за детьми и молодыми будет расти число и доля госпитализированных пожилых — так и происходит. Если три недели назад на группу 0-19 приходилось 25% госпитализаций, то теперь — 16%. В свою очередь, группа 60+ теперь занимает не 11%, а 20% от всех госпитализаций. Группа 40-59 — уже 25%.

• Госпитализации ожидаемо следуют за заболеваемостью. За прошлые две недели прирост заболеваемости среди детей сильно замедлился (сильнее всего — среди 0-9), а среди пожилых и 40-59 — резко ускорился.

• Если до этого основной прирост обеспечивал округ Тшване (именно с входящего в состав округа Университета Претории началась вспышка в середине ноября), то теперь рост идёт во всех округах. Особенно в Экурхулени, Йоханнесбурге и Седибенге, о которых я писал.

• Про разворот смертности я уже писал: за прошлую неделю Гаутенг показал +72% смертей за неделю (43 против 25). Уже за понедельник-среду в Гаутенге от ковида умер 31 человек от ковида, по итогам недели ожидаю +80-110%.

• Уже неделю назад на промежуточных данных было видно, что тренд разворачивается и в других провинциях. Я прогнозировал по итогам недели рост госпитализаций ещё в пяти провинциях: в Лимпопо (итог: x6,8 за неделю), в Мпумаланге (вышло x4,1 за неделю), в Квазулу-Натал (x4 за неделю), в Северо-Западной провинции (×3,5), Фри-Стейт (x2,8 за неделю).

• Сейчас растут все — в том числе отстающие провинции Восточный (×3), Западный (x1,7) и Северный Кейп (×1,7).

• Доля положительных тестов также растёт по всей стране. В Гаутенге — уже 35% (каждый третий тест положительный), в Лимпопо — 33% (аналогично), в Мпумаланге и Северо-Западной провинции — 26-27% (каждый четвёртый тест позитивный). По стране в целом доля позитивности — 25%, ещё за неделю до этого было менее 10%. Это рекордный прирост за всю эпидемию.

Очень быстрый, очень добрый омикрон. Боюсь только, нам он совсем не понравится.

@dragan_covid

«Все случаи омикрона, про тяжесть течения которых имеется информация, протекают бессимптомно или легко», — доверительно сообщает ECDC из релиза в релиз. Такое же сообщение появилось и утром 9 декабря.

Однако за день до этого администрация немецкого района Клеве опубликовала другой пресс-релиз — куда менее оптимистичный. 19 случаев омикрона: часть подтверждено, часть на проверке. 3 с тяжёлым течением. Два среди них — это дети.

Вспышка началась с четырёх путешественников, вернувшихся из ЮАР 23 ноября: одна пара прилетела из Йоханнесбурга, где на тот момент уже доминировал омикрон, вторая — из Кейптауна. Пары познакомились друг с другом в ЮАР. Все полностью привиты. Симптомы появились после прибытия — 24 и 25 ноября, с 26 ноября больных изолировали и отправили на карантин. И стали восстанавливать их контакты.

Вскоре стало ясно, что вспышку это не остановило. От прибывших заразилось минимум 7 местных жителей, от тех — ещё 7 человек. Также из ЮАР вернулся ещё один человек, который контактировал с индексными случаями. В двух случаях омикрон уже подтверждён (один из них — контактный), остальные на проверке.

Из интересного: как отмечают в пресс-релизе, лаборатории «часто не хранят образцы», которые уже подтвердились, поэтому некоторым из заболевших потребуется сдать мазок повторно — а учитывая, что прошло уже немало времени, вирусной нагрузки для ПЦР и секвенирования может уже не хватить (о чём говорят сами чиновники).

В отличие от большинства аналогичных пресс-релизов, в этом есть информация о тяжести болезни:

«В число [заболевших] входят дети, которые не были привиты. Все взрослые прошли полный курс вакцинации. Двое детей тяжело больны. У одного взрослого также тяжёлое течение болезни.

Все остальные, получившие положительный тест, переносят болезнь относительно легко. У некоторых из них ковид протекает бессимптомно».

В предыдущем пресс-релизе, ещё 5 декабря, писали, что «сообщений о тяжёлом течении нет». Спустя несколько дней тяжёлое течение развилось уже у троих.

ECDC, впрочем, о трёх тяжелобольных в 300-тысячном Клеве не знает. И хотя формально к ECDC не придраться (у остальных заболевших омикрон пока не подтверждён секвенированием), кажется полезным лишний раз напомнить, что именно означают эти обтекаемые бюрократические формулировки о «лёгких и бессимптомных случаях, о тяжести течения которых имеется информация». Дьявол в деталях: это не «все случаи, о которых известно», как можно было бы прочитать — это все случаи с подтверждённым омикроном, «о тяжести течения которых известно».

С какими данными работает ECDC? На сайте организации сказано, что информацию она собирает из 400 различных источников: с сайтов минздравов (43% всех источников), из официальных соцсетей национальных минздравов (28%), с сайтов служб общественного здравоохранения (9%), из официальных СМИ и пр. В случае со странами Евросоюза ECDC также получает обновления через системы EWRS и TESS и через ВОЗ, а также отсматривает до 100 источников.

И важно понимать, что как лукавые заявления ВОЗ об отсутствии смертей от омикрона не учитывают быстро растущую смертность в южноафриканском Гаутенге (где, по данным секвенирования, уже в ноябре более 90% приходилось именно на омикрон), так и ECDC, очевидно, учитывает не всех.

У нас, конечно, зародился «экстремально мягкий» и «доброжелательный мутант». Однако точно ли он так безобиден?

@dragan_covid

Продолжаем с Европой. Сегодня у нас сразу три отчёта по омикрону — из Дании, Великобритании и США.

→ Что показывает датский отчёт

• Уже 1280 подтверждённых случаев. В Дании на омикрон приходится уже более 4,5% от всех выявленных случаев (за неделю до этого было 0,5%).

• Среди них 14% непривитых, 75% прошли полный курс вакцинации, ещё 9% получили бустеры, менее 3% привились однократно. При этом полностью вакцинировано в стране 77% населения (86% всех старше 12 лет).

• Большинство случаев приходится на детей и молодых. 20% — это дети и подростки (среди них 13% случаев — это когорта 15-19), 46% — молодые люди от 20 до 39, ещё 29% — люди в возрасте от 40 до 64. На когорту 65+ пока приходится всего 5%. Впрочем, такое распределение возрастов ожидаемо, если учесть, что первые вспышки произошли в кластерах среди детей и молодёжи (рождественский школьный обед, минимум два концерта, тусовка в баре).

• На сегодня в Дании уже 18 госпитализаций с омикроном (1,4% от выявленных случаев). Однако средний лаг между выявлением и госпитализацией в Дании составляет 6 дней. За 6 дней до этого было 377 случаев — при 18 госпитализаций это даёт долю госпитализированных в 4,8%. И это в 2,3 раза выше, чем в среднем по популяции: за последние две недели в больницу попадало 2−2,2% заболевших (с учётом лага в 6 дней). В Дании госпитализируют со среднетяжёлым течением.

→ Британский отчёт

• В выборку попало 256 образцов, последний приходится на 4 декабря. Среди них 60% — это образцы за последнюю неделю до этого.

• Вероятность передачи вируса в домашних условиях в 3,2 раза выше по сравнению с дельтой.

• Secondary attack rate вдвое выше по сравнению с дельтой: 21,6% против 10,7%. Вероятность того, что близкий контакт станет вторичным случаем, также вдвое выше.

• Распространение омикрона быстро растёт. Скорость роста оценивается в 35% в сутки. Ожидается, что уже через неделю омикрон может сравняться с дельтой по числу заражений.

• Предварительные данные показывают повышение риска реинфекции от 3,4 до 7,6 раз (нужно больше данных).

• Нейтрализующая активность сывороток привитых снизилась более, чем в 20 раз по сравнению с дельтой. Самое сильное снижение показывает AstraZeneca: для большинства сывороток нейтрализующая активность упала ниже предела количественного определения анализа.

• По ранним оценкам, эффективность вакцины против симптоматического ковида практически отсутствует. Наблюдается эффективность от 71 до 76% в первые два месяца после бустера.

• Оценить эффективность против тяжёлого течения рано — на это потребуется несколько недель.

• Госпитализаций с омикроном пока не было. Впрочем, авторы отмечают: «Большинство образцов совсем недавние, и в силу задержки между заражением, госпитализацией и смертью пока невозможно делать выводы о риске госпитализации».

• 37% случаев — это путешественники, ещё 3% — их близкие контакты, 34% с путешествиями не связаны. По остальным случаям статус неизвестен.

• Большинство случаев пока приходится на молодых. 10% — это дети, 49% — молодые люди от 20 до 39, ещё 35 — когорта от 40 до 59. На 60+ приходится всего 6% случаев.

→ Американский отчёт

• Охвачено 43 случая. Среди них у 93% (40 человек) ковид был симптоматический.

• Среди заболевших только 19% не привито. 33% получили бустер, 47% — две дозы. У одного человека статус вакцинации неизвестен.

• У шестерых (14%) это повторная инфекция.

• История поездок за две недели до начала болезни была у трети заболевших.

• Самые частые симптомы: кашель (89%), усталость (65%), насморк (59%), высокая температура (38%), одышка (16%), было несколько случаев с пропажей обоняния. Сравните с сообщениями из ЮАР, где, если верить анекдотическим свидетельствам, у большинства больных нет респираторных симптомов.

• Был госпитализирован один человек, через два дня его выписали.

• Как и с Данией и Великобританией, большинство случаев пока приходится на молодых: 9% — это дети до 18 лет, 58% — это молодые люди от 18 до 39, ещё 23% — когорта 40-64. На 65+ пока приходится всего 4 случая (9%).

@dragan_covid

А вот ещё один отчёт по омикрону — на этот раз у нас препринт из ЮАР. Выборка здесь скромная, всего 7 человек — зато она ценна деталями. А ещё — картиной омикрона у трижды привитых молодых людей.

• Препринт описывает 7 случаев среди приезжих немцев. Средний возраст — 27,7 лет (шестерым 25-27, ещё одному 39), без сопутствующих заболеваний. Трое путешествовали по ЮАР, четверо проходили практику в разных больницах.

• Все трижды привиты, бустеры свежие — у 6 из 7 третья доза была за месяц до омикрона, ещё у одного за два месяца. Никто ранее не болел.

• Симптомы появились с 30 ноября по 2 декабря. В первые дни возникла боль в горле (86%), усталость (71%), головные боли (57%), сухой кашель (43%), давление в груди.

• Со временем симптомы менялись: через несколько дней у 100% был сухой кашель, у 86% — заложенность носа, у 71% — насморк.

• Период наблюдения ограничился семью днями. На седьмые сутки ещё никто не был здоров, у всех сохранялись симптомы: у 100% — сухой кашель, у 71% — насморк, у 57% — боль в горле, у 43% — одышка. (А что там с ранними свидетельствами из ЮАР о том, что омикрон проходит за два-три дня, вызывает лишь чувство усталости и практически не даёт респираторных симптомов?)

• Свои симптомы заболевшие описали как «лёгкие» или «средней тяжести». Это именно субъективная оценка, а не объективная картина тяжести болезни. Сатурация ни у кого не понижалась.

• Максимум вирусной нагрузки пришёлся на 4-й день после появления симптомов. Вирусная нагрузка у всех была высокая, в среднем — 6,69 x 10^7 копий/мл (это в 100 раз выше по сравнению с уханьским вариантом).

• На начало болезни у всех был высокий уровень антител к S-белку — в среднем 23 000 Au/ml, от 15 000 до 40 000+, тест-система Abbott Quant II.

• Как авторы отмечают, период наблюдения короткий и составил всего неделю — у пациентов не исключено дальнейшее ухудшение состояние или постковидные осложнения.

• Авторы делают очевидный вывод: призывы ставить бустеры — это хорошо, но этого, вероятно, недостаточно для предотвращения симптоматического ковида. Помимо бустеров необходимы также нефармацевтические меры.

→ Что здесь настораживает?

• Сама выборка. Симптоматическая прорывная инфекция с высокой вирусной нагрузкой у семерых молодых людей без факторов риска, недавно получивших бустер, с высоким уровнем антител к спайку — это выглядит нехорошо.

• Ещё неприятнее, что спустя неделю после начала болезни у всех сохранялась симптоматика (кашель, усталость, головная боль, насморк, заложенность носа и пр.). И это — среди трижды вакцинированных здоровых 27-летних.

• Самое настораживающее — это жалобы на одышку среди троих заболевших (а одышка указывает на вероятное поражение лёгких).

В то же время, какие-то экстраполяции на основе этих данных делать нельзя. Выборка небольшая, сильно смещённая, кроме того — неизвестен принцип отбора этих больных. В таблицах в препринте приведены ID для каждого пациента, и, хотя заболевших было 7, последний ID в списке 14 (нумерация порядковая, от 1 до 14, но с пропусками). Вероятно, изначально пациентов было минимум 14, но их характеристики нам неизвестны. Были ли они исключены из-за отсутствия бустеров или вообще как непривитые? Какой была их симптоматика? Сырых данных для обработки авторы, к сожалению, не приводят.

И, будь вы хоть десять раз привиты, не забывайте о мерах — это и до омикрона было актуально, а с омикроном стало актуальней в разы.

Дистанция, меньше контактов, по возможности отказ от мероприятий и массовых встреч, респираторы. Мы ещё почти ничего не знаем и не понимаем про омикрон, кроме того, что при нём, как и при дельте, и при прочих вариантах возможен весь спектр — от бессимптомного течения до тяжёлого, и с омикроном люди и попадают в больницы, и умирают. Мы не знаем, как часто это происходит, не понимаем про тяжесть течения, серьёзность прорывных инфекций и снижение защиты после вакцин и перенесённой болезни.

Но оснований считать, что омикрон безобиден, с каждым днём всё меньше.

@dragan_covid

Ещё один презанятный отчёт по омикрону — теперь из Норвегии. Вы наверняка помните этот случай, как среди сотни участников рождественского корпоратива в Осло большинство заразилось омикроном. Норвежцы опубликовали предварительный отчёт, и там всё ещё интересней.

• На корпоратив допускались только полностью привитые. Перед мероприятием также каждый сдавал тест (принимались тесты до 72 часов). Корпоратив прошёл 26 ноября.

• Все участники молодые — от 30 до 50 лет.

• Корпоратив посетило 111 человек, у 80 из них (73%) впоследствии обнаружили ковид. У 17 омикрон уже подтвердили, остальные на проверке. Норвежский минздрав предполагает у остальных также омикрон, предварительный анализ это подтвердил.

• Кроме того, заразилось ещё 60 человек, которые посещали ресторан в тот же вечер.

• Среди 80 заболевших участников корпоратива бессимптомный случай был всего один. (А что там с заявлениями из ЮАР про повально бессимптомное течение, и это при доле позитивности свыше 50% в эпицентре?)

• Остальные перенесли ковид с симптомами. Напомню: все полностью привиты, второй компонент получили 0-6 месяцев назад.

• Большинство сообщило о появлении симптомов через 3 дня после вечеринки. Тине Равло, главный врач района, где произошла вспышка, говорит об инкубационном периоде от 2 до 4 дней.

• У 70% среди симптомов были кашель, вялость, головная боль, боли в горле. У половины — лихорадка.

• Госпитализаций не было. Но, как отмечают в NIPH, на основании этого нельзя делать выводы о тяжести болезни — заболевшие молоды и полностью привиты.

• Стоит отметить, что в Норвегии сейчас госпитализируют 0,9−1,1% заболевших. И даже на случайной выборке, где были бы представлены все возраста (а не только молодые) и разные статусы вакцинации, на 80 выявленных статистически пришлось бы менее 1 госпитализированного. Впрочем, СМИ уже разнесли благую весть: «Свет в конце тоннеля пандемии. Самая большая вспышка омикрона в Европе оказалась МЯГКОЙ»

• Вспышку связывают с сотрудником, вернувшимся из ЮАР.

Мы не знаем, насколько омикрон распространён в России — но он уже успел показать колоссальную скорость распространения и в ЮАР, и в Великобритании, и в Дании. Вероятнее всего, в Россию омикрон попал не в начале декабря — а за несколько недель до этого; и, вероятно, на омикрон приходится несколько завозов. Подробнее об этом, с расчётами, напишу позже.

У нас тем временем начинается сезон корпоративов и новогодних утренников — идеальные условия для суперспрединга.

А омикрон любит такое. В датском Выборге 150 старшеклассников посетило рождественский обед, в итоге 64 человека ушло оттуда с омикроном. В испанской Малаге проходила рождественская вечеринка на 170 человек, и после неё ковид заполучили 68 врачей и медсестёр ОРИТ региональной больницы, при этом перед мероприятием делали экспресс-тест (но омикрон у них или дельта — неизвестно). В английском Сомерсете 14 из 18 гостей дня рождения также ушли с омикроном — хотя за 24 часа до мероприятия сдавали тесты, все полностью привиты, некоторые трижды. В Португалии один футболист заразил 12 игроков из команды после возвращения из ЮАР. В Шотландии минимум девять человек заболело на частном мероприятии.

А что у нас? А у нас — парад ослабления мер и подготовка к праздникам.

Большинство российских регионов прямо сейчас ослабляет ограничения. Курская область разрешает общепиту проводить концерты, вечеринки и вообще массовые мероприятия, Ульяновская область разрешает 100% заполняемость для общепита (доступ по QR-кодам и сертификатам о вакцинации, которые так прекрасно сработали в Осло), в Ленобласти разрешили массовые мероприятия (конечно, по QR-кодам) и ослабили другие ограничения, так же поступила и Омская область. Примеры можно приводить и дальше — этот парад смягчения мер сейчас происходит повсеместно по всей России.

Новый год же, не портить же теперь людям праздник. Да и четвёртая волна отступила, можно и пожить.

@dragan_covid

Вестник омикрона: что происходит в разных странах

1. Дания:
• На 7 декабря доля омикрона достигла 8,1%. По неполным данным, к 9 декабря его доля могла вырасти уже до 15%.

• Время удвоения ~1,8 дней.

• Модели показывают, что уже во вторник, 14 декабря, омикрон станет доминировать — на него будет приходиться более 50% новых случаев.

• Дания дала детальную разбивку по госпитализациям. На сегодня с омикроном госпитализировано 19 человек, а ещё у 8 омикрон обнаружили уже после госпитализации — вероятно, они были госпитализированы не из-за ковида. Но и эти 19 человек — немало: как я уже писал, в Дании лаг между выявлением и госпитализацией — в районе 6 суток. 19 госпитализированных сегодня на 899 выявленных 6 дней назад — это 2,1%, и это соответствует среднему показателю госпитализаций с дельтой.

• Основной прирост по-прежнему приходится на молодых: 41% новых случаев — это когорта 20-29. На детей до 15 лет приходится 5% новых случаев, на 65+ — 3%. В остальных группах в среднем 11-15%. 2/3 выявленных — это люди от 20 до 49 лет.

2. Великобритания:

• Уровень эпидемиологической угрозы повысили до 4 (максимум — 5), ограничения в UK ужесточают. Уровень 4 означает высокий риск распространения вируса и серьёзную нагрузку на систему здравоохранения. Это первое с мая повышение — даже высокая и продолжительная дельта-волна не помешала ослаблять ограничения.

• «Уже происходят госпитализации с омикроном, и их число, вероятно, будет быстро расти», — говорится в заявлении британского минздрава.

• «Больницы обнаруживают омикрон у всё большего числа людей, которые обращаются в отделения неотложной помощи, и мы ожидаем рост госпитализаций», — сказала Сьюзан Хопкинс, главный советник британского минздрава.

• «Омикрон с большей вероятностью, чем предыдущие варианты, способен привести к госпитализациям среди полностью привитых», — заявление Майкла Гоува, британского министра ЖКХ, общин и местного самоуправления.

• «Прямо на нас идёт большая волна. И если даже омикрон окажется вдвое мягче, чем дельта, мы столкнёмся с очень большим числом госпитализаций и потенциальных смертей», — также слова Сьюзан Хопкинс.

• Заболеваемость в Великобритании почти достигла пикового уровня января, быстрее всего растут Шотландия и Англия. В Англии самый быстрый рост сейчас — в Лондоне, особенно интенсивный среди молодых.

• В Лондоне, как заявил министр здравоохранения Великобритании Саджид Давид, на омикрон приходится 40% всех случаев.

• В Англии число случаев с омикроном удваивается каждые 2-3 дня, в Шотландии, «возможно, ещё быстрее». В последнем британском отчёте скорость удвоения также рассчитана в 2-3 дня для всей Великобритании.

• Rt для омикрона в Великобритании оценивают в диапазоне от 2,75 до 4,4 (последние оценки показывают 2,89).

3. Канада. В Онтарио, самой населённой провинции, долю омикрона оценивают уже в 20,8%, а скорость удвоения — в 3 дня. Ещё в пятницу на омикрон приходилось 11,3% случаев. При такой скорости уже на этой неделе омикрон будет доминировать в Онтарио. Первые случаи здесь обнаружили 2 недели назад — омикрон завезли из Нигерии (и неоднократно).

4. В немецком районе Клеве, о котором я рассказывал, тяжёлое течение омикрона у полностью привитого взрослого и маленького ребёнка (сейчас ребёнок идёт на поправку). Ещё у одного ребёнка с тяжёлым течением омикрон не подтвердился. Всего в Клеве 23 случая ковида с подозрением на омикрон, оба случая с тяжёлым течением приходятся на один небольшой кластер.

5. В Южной Корее подтвердили омикрон у прилетевшего из России 27 ноября. До этого его обнаруживали у прилетевших из ЮАР, Нигерии (от индексного случая заразилось уже 60 человек), Мозамбика, Эфиопии, ДР Конго и Великобритании. В самой России подтверждено всего 16 случаев омикрона (это из 177 прибывших из ЮАР). Подробностей о прибывшем в Корею из России пока нет, но, похоже, это верхушка айсберга, и омикрон, по моим оценкам, распространяется у нас по меньшей мере 2−3 недели.

6. А в Израиле отловили омикрон у прибывшего из Беларуси туриста. К вопросу о внутренней передаче.

Следующим постом — несколько новостей из ЮАР ⬇️⬇️⬇️

А что в ЮАР с омикроном?

• А в ЮАР — курьёзы. В конце недели в республике стали падать выявленные случаи и процент позитивных тестов. В субботу позитивность упала до 16%, а выявили всего 17 тысяч случаев.

«Обнадёживающие данные», «повод для оптимизма», «очень хорошие новости», «две самые удивительные вещи за всю мою карьеру эпидемиолога: стремительный рост ковида в ЮАР и такой же стремительный спад» — пока многие поспешили отпраздновать победу над эпидемией в ЮАР, южноафриканский NICD сделал не замеченное многими заявление о том, что часть случаев в статистику не вошло из-за обновления ПО — некоторые лаборатории не передали информацию о заболевших.

Как итог — вчера объявили о рекордных 37,8 тысячах случаев и о 60% позитивности (но среди этих случаев половина приходится на прошлые дни). И пока неизвестно, все ли потерянные случаи учтены.

• Рост за неделю +62%, позитивность 29% (почти каждый третий тест положительный). Быстрый рост идёт во всех провинциях, и растут не только случаи, но и госпитализации.

• Особенно быстро ухудшается Квазулу-Натал — вторая по численности населения провинции ЮАР. Здесь госпитализации за неделю выросли уже более, чем в 2 раза, за две недели — в 9 раз (и это пока неполные данные).

• У президента ЮАР — ковид. Он полностью привит. Приведу замечательное официальное заявление:

«Президент почувствовал себя плохо сегодня утром. Сейчас президент проходит курс лечения с лёгкими симптомами ковида. Президент в хорошем расположении духа, но он находится под наблюдением врачей Южноафриканской военно-медицинской службы Национальных сил обороны ЮАР. Президент ушёл на самоизоляцию в Кейптауне и передал все дела своему заместителю».

• Анжелика Кутзее, первая заявившая про «лёгкий омикрон», продолжает давать интервью и утверждать, что паника ничем не подкреплена, а в ограничениях необходимости нет, и Великобритании так паниковать не стоит:

«Омикрон — это лёгкое заболевание. Все выздоравливают в течение пяти дней, и неважно — дети это или 80-летние, привитые или нет. Необходимости госпитализировать больных нет. Наши отделения реанимации не заполнены. Это действительно лёгкая болезнь».

Интересно, знают ли 222 пациента в реанимациях Гаутенга, что у них лёгкая болезнь?

• Несмотря на «мягкий вариант» и «лёгкую болезнь», жители ЮАР, как сообщают с мест, стали сильно беречься. Об этом рассказывает Эйдер Перальта, корреспондент NPR из Кейптауна:

«У людей возникло ощутимое чувство страха. На прошлой неделе я увидел, как у южноафриканцев поменялось поведение. Они снова надели маски. Прекратили обниматься. Стали назначать встречи на улице. И темпы вакцинации пошли вверх. Такое ощущение, что люди глубоко вздохнули и стали делать то, что от них требуется — то, что, как мы все знаем, хорошо работает».

И это в Кейптауне, где ситуация пока заметно лучше, чем в других провинциях.

• В Гаутенге тем временем продолжается постепенный прирост смертности: только официальная ковидная смертность за прошедшую неделю выросла на 79% (я прогнозировал +80-110).

Ещё интереснее, что больничная смертность от ковида в Гаутенге за прошлую неделю уже превышает официальную ковидную (83 против 77), и по мере обновлений она будет расти. Для примера: ровно неделю назад дашборд NICD показывал 27 больничных смертей; за прошедшие дни добавили ещё 24 (+88%). С учётом этой задержки реальное число смертей от ковида в больницах, по-видимому, окажется минимум втрое выше, чем на позапрошлой неделе.

В абсолютных числах, впрочем, пока немного — но дождёмся избыточной смертности.

@dragan_covid

Премьер-министр Великобритании Борис Джонсон про мягкий, добрый омикрон:

«К сожалению, омикрон даёт госпитализации. И к сожалению, как минимум один человек с подтверждённым омикроном уже умер.

Поэтому я думаю, что мы должны отложить в сторону идею о том, что это какая-то более мягкая версия вируса, и просто признать фантастическую скорость, с которой он распространяется среди населения. Так что лучшее, что мы можем сейчас сделать — это получить бустерную дозу вакцины».

А мог бы послушать южноафриканского врача Анжелику Кутзее, которая убеждает, что с омикроном все выздоравливают за пять дней — и младенцы, и 80-летние старики, и привитые, и непривитые, и перестал бы нагнетать почём зря.

Ещё одни алармисты, теперь из Норвежского института общественного здравоохранения (NIPH), выпустили большой отчёт с оценкой рисков, связанных с эпидемией. О чём пишут:

• Ситуация становится всё серьёзнее. Число выявленных случаев быстро растёт, за этим следует и рост госпитализаций. Система здравоохранения, больницы, клиники, семейные врачи, дома престарелых испытывают постоянно растущую нагрузку из-за увеличения числа пациентов и из-за болезней медперсонала.

• Омикрон быстро распространяется по Норвегии. Уже в декабре из-за омикрона резко вырастет число больных и госпитализаций, а система здравоохранения и общество станут испытывать значительную нагрузку.

• Число случаев омикрона быстро растёт. На сегодня подтверждённых и предполагаемых случаев уже более 950.

• До прошлой недели большинство случаев было связано с завозами из других стран и отдельными крупными вспышками. Теперь идёт внутреннее распространение, а некоторые зарегистрированные случаи относятся уже к третьему или четвёртому звену цепочек заражения на основе известных вспышек.

• Предварительные оценки показывают, что в Норвегии омикрон растёт так же быстро, как в Дании, Великобритании и других странах. Время удвоения омикрона — от 2 до 3 дней (но возможны искажения, связанные с отбором проб и с относительно небольшим количеством подтверждённых случаев).

• Если такой рост сохранится, то уже между 18 и 23 декабря на омикрон будет приходиться более 50% случаев заражения.

• Надёжные прогнозы сейчас невозможны, поскольку есть большая неопределённость относительно наиболее важных свойств омикрона: тяжести его течения и эффективности вакцин против тяжёлого течения. Но возможно моделирование.

• Если строить упрощённую модель, в которой предполагается, что омикрон так же серьёзен и летален, как и исходный коронавирус, а вакцин обеспечивают высокую защиту от тяжёлого течения (85% против госпитализации), то через 3 недели можно ожидать от 20 до 100 госпитализаций в сутки. Это в дополнение к 25-85 ежедневным госпитализациям, вызванным дельтой. (Для сравнения: сейчас в Норвегии госпитализируют по 200 человек в неделю.)

• Даже если бы омикрон вызывал более лёгкое течение болезни, его стремительное распространение привело бы к большему числу госпитализаций, чем сегодня.

• Прямо сейчас есть острая необходимость обуздать эпидемию и принять серьёзные меры. Бездействие может привести к серьёзным негативным последствиям для общества.