Коронавирусная статистика Татарстана и заявления местных чиновников — это мечта ковид-диссидента. Ковидом здесь не болеют, от ковида не умирают, а избыточная смертность, как здесь утверждают, происходит из-за паники, малоподвижного образа жизни, ожирения, да и просто от старости.

Так было с начала эпидемии. А недавно у оперштаба что-то сломалось — и Татарстан показал вертикальный взлёт: выявленные случаи выросли почти в 6 раз за месяц с копейками. Вместе с тем, все независимые показатели (400+ ковид-специфичных поисковых запросов и госпитализации) показывают, что на самом деле Татарстан прошёл пик четвёртой волны ещё до середины октября.

Разобрался, что на самом деле происходит в Татарстане — и как можно объяснить такой рост официальной статистики в то время, как реальная заболеваемость быстро снижается.

В Татарстане — QR-коды на общественном транспорте.

В ХМАО объявили строгий локдаун для непривитых.

В Хабаровском крае со следующей недели начинают действовать QR-коды для внутренних перелётов (пока внутри региона).

В Москве же QR-коды оставили только для театров, музеев и мероприятий более 500 человек.

В Ивановской области тем временем отменили QR-коды для посещения ТЦ.

А Чувашия готовится запустить региональные QR-коды для жителей с высоких титром антител.

Можно подумать, что эти регионы отличается заболеваемостью: где хуже обстановка — там и меры жёстче. Но на самом деле, это и близко не так.

Если оценить госпитализации и ковид-специфичные поисковые запросы в Яндексе (ниже), то видно:
• Что прямо сейчас во всех этих регионах заболеваемость снижается

• Все, кроме Хабаровского края, прошли пик ещё месяц назад

• Нет кардинальных отличий по доле ковидных запросов в разных регионах. И, например, в Ивановской области, которая ослабляет ограничения, доля запросов на четверть меньше, чем в ХМАО с локдауном для непривитых. К слову, уровень госпитализаций на 100 тыс. населения в Ивановской области на 42% выше, чем в ХМАО.

Проще говоря, зависимости между заболеваемостью и строгостью мер нет.

Если бы я верил в умный подход, то происходящее сейчас с QR-кодами в разных регионах назвал бы прекрасным A/B-тестом, где есть контрольная группа (это большинство регионов с общими правилами), а есть несколько тестовых. И эти тестовые группы — это пилотные регионы, которые пробуют принципиально разные подходы с QR-кодами.

Что в этом случае стоило бы оценить?
• Реакцию людей на эти меры и изменение общественных настроений

• Готовность инфраструктуры к конкретным мерам (и сложность её доработки)

• Влияние конкретных мер на темпы вакцинации

• Влияние конкретных мер на заболеваемость

На деле в такой подход я не верю. Это было бы слишком изящно и сложно — особенно если вспомнить, что все решения по ковиду давно децентрализованы (за редкими исключениями), федеральный центр самоустранился ещё в прошлом году, а вся ответственность за непопулярные решения лежит на главах регионов (а в скором времени эту ответственность спихнут на главных санитарных врачей, так что и губернаторы окажутся ни при чём).

Да и изящество вкупе с умным подходом — это, к сожалению, не про российский Роспотребнадзор, который больше предпочитает ходить по одним и тем же граблям.

Молимся на Сан-Марино: ещё с весны эта крохотная республика стала олицетворением мечты о коллективном иммунитете. Сан-Марино похоже на образцовый пример того, что могло бы быть в России с заболеваемостью, если бы удалось привить большинство.

Скоро, впрочем, всё поменяется — нынешняя европейская волна до Сан-Марино тоже доберётся; но ущерб от неё, вероятно, окажется очень умеренным благодаря вакцинации. Но речь сейчас о другом.

Интересно, что в России есть свои, отечественные Сан-Марино, где давно привили большинство населения. Я сейчас про Белгородскую область — именно здесь есть районы, которые ещё в июне объявили свободными от ковида: здесь первыми в России привили больше половины взрослых, а на протяжении нескольких недель не выявляли ни одного случая. А уже в октябре говорили о четырёх районах, где было привито 80% взрослых.

И изучать необходимо именно такие территории — вместо того, чтобы бесконечно кивать на Сан-Марино.

Однако что происходит в этих районах — мы не знаем. Данных о госпитализациях нет. Отчётов ЗАГС и информации об избыточной смертности оттуда нет. Последние новости из этих районов были ещё в июне, до прихода дельты.

Всё, что нам доступно — это статистика оперштаба с разбивкой по районам. Осенью в районах, прививших по 80% взрослых, официальная заболеваемость оказалась минимум на 30−50% ниже в пересчёте на население, чем в других районах области. Но насколько это имеет отношение к реальности — неизвестно.

Данные из Белгородской области демонстрируют статистические аномалии с красивыми ровными полочками заболеваемости, и с этим попросту нельзя работать: эта статистика ненадёжна. А ещё она совсем оторвалась от динамики госпитализаций и ковид-специфичных поисковых запросов, которые показывают прохождение пика ещё в конце октября.

Надёжных данных нет. И отчётов никаких нет. А ведь эти районы могли стать прекрасным примером того, как на практике работает вакцинация — вместо бесполезных и неосмысленных «в Липецкой области в больницах привитые составляют менее 1%, в Белгородской области 12%, в Подмосковье — 18%».

В идеальном мире мы должны были увидеть детальные отчёты из этих районов. С разбором числа обращений к врачу, диагнозов ОРВИ, подтверждённых ПЦР, доли позитивных тестов, госпитализаций, случаев тяжёлого течения и смертей. Всё — с разбивкой по вакцинному статусу, в идеале — ещё с анализом разных возрастных когорт.

Но этого никто не публикует, не озвучивает и, предположу, даже не собирает.

Почему?

Есть одна крохотная территория, которая поголовно привила всё население, причём одной из лучших в мире вакцин — «Файзером». Если где и должен был возникнуть коллективный иммунитет, так это там. Однако сейчас здесь переживают худшую за последний год вспышку, а 25% всех умерших с марта от ковида умерло за последний месяц.

Как стало известно из СМИ, «учёные не знают, что делать, и с чем связано такое резкое ухудшение ситуации». Я, конечно, не учёный, но я попробовал разобраться в том, что на самом деле происходит в Гибралтаре — ещё недавно «самой защищённой территории мира».

Тем временем у нас вылупился новый пренеприятный вариант — B.1.1.529. Видимо, уже завтра ВОЗ присвоит ему новую букву: ню. И если верно всё то, что о нём пишут сейчас, он может оказаться куда хуже дельты.

→ Главное

• У этого варианта сумасшедшее число мутаций: только в S-белке — 32 мутации (это куда больше, чем в дельте и бете, вместе взятых).

• Самое неприятное: у этого варианта много мутаций, которые помогают ускользать от иммунитета. Но если прошлые ускользающие варианты обычно плохо закреплялись и обладали сравнительно невысокой инфекционностью, то у B.1.1.529, вероятно, с этим всё в порядке, и распространяется он, судя по первым эпидемиологическим данным, прекрасно.

• С большой вероятностью B.1.1.529 лучше передаётся и прекрасно ускользает от иммунного ответа. От этого варианта следует ожидать ухода от большинства моноклональных антител и резкое ухудшение эффективности вакцин.

• В случае с B.1.1.529 мы имеем дело уже не с отдельными кластерными вспышками, а с передачей и распространением внутри популяции — среди разных кластеров, в разных обстоятельствах и с разной географией вспышек.

→ Распространение

• А как он распространяется? Впервые вариант обнаружили в Ботсване. Образцы совсем свежие: им по 10-15 дней. Также B.1.1.529 обнаружили в ЮАР и в Гонконге. Все три образца очень разные: в одном случае заболел младенец (что означает передачу внутри популяции), в другом — произошла прорывная инфекция у привитого, в третьем случае вариант выявили в Гонконге у путешественника, вернувшегося из ЮАР и сдавшего тест по возвращении.

• Вариант активно распространяется в ЮАР. Больше всего образцов сейчас в провинции Гаутенг. Но рост не только там — B.1.1.529 быстро растёт и в других провинциях (особенно в Лимпопо и в Северо-Западной провинции).

• Детально известно про географию трёх эпизодов из ЮАР: два случая приходится на г.о. Экурхулени (а там международный аэропорт), ещё один — в Йоханнесбурге, всё это на расстоянии в 70 км друг от друга.

• Тем временем в ЮАР начался подъём заболеваемости. В абсолютных числах случаев пока немного (1275 за сутки, скользящее среднее 774), но относительный рост быстрый: +100% за последнюю неделю. Впрочем, пока неизвестно, связан ли рост в ЮАР с новым вариантом.

→ Мутации

• У B.1.1.529 — множество мутаций в двух ключевых частях шиповидного белка: в RBD и в NTD.

• Есть кластер из трёх мутаций (H655Y + N679K + P681H) в фуриновом сайте — части, которая отвечает за возможность входа вируса в клетку. За счёт этих мутаций вирус легче проникает в клетку и куда лучше передаётся. К слову, P681H — одна из худших мутаций дельты, во многом именно благодаря ей дельта обладает такой заразностью. Такое сочетание мутаций в фуриновом сайте встречается впервые.

• Есть ещё делеция NSP6, которая также повышает трансмиссивность. Ранее эту делецию обнаруживали в альфа, бета, гамма и лямбда вариантах.

• Есть мутации R203+G204R в N-белке, которые тоже связывают с повышенной инфекционностью.

• И хотя часть мутаций и их свойства хорошо известны по другим вариантам, в B.1.1.529 представлено много мутаций, которые до этого встречались совсем редко — поэтому с их свойствами мало что понятно.

• По всей видимости, этот вариант развился у пациента с иммунодефицитом или на иммуносупрессии и с хроническим ковидом.

Учёные встревожены. Так, вирусолог Рави Гупта, профессор Кембриджского университета, заявил, что впервые так сильно обеспокоен с момента появления дельты, и призвал привиться и носить маски — потому что этот вариант, вероятно, будет прекрасно уходить от нейтрализующих антител. Вирусолог Том Пикок говорит об очень длинной ветви мутаций и «по-настоящему ужасном» наборе мутаций в шиповидном белке.

Среди вакциноскептиков есть убеждение, что вакцинация только разгоняет эволюцию и позволяет вырастить наиболее опасные варианты. Пока, как мы видим, это не так: дельта-вариант впервые возник ещё в октябре 2020, распространился в марте 2021 в невакцинированной Индии, а B.1.1.529, по-видимому, родом из Африки, где полностью привито всего 7,1% населения (в ЮАР 24%, в Ботсване — 20%).

Предварительные данные из ЮАР с динамикой разных вариантов. Синенький справа — это наш новорождённый вариант.

Тем временем в ЮАР подтвердили уже 100 случаев нового опасного варианта B.1.1.529 (подробнее о нём тут).

Новых заболевших за последние сутки в ЮАР — 2465, максимум за последние два месяца, из них 80% приходится на провинцию Гаутанг. В прошлый четверг было почти в 5 раз меньше — 569. Вчера в ЮАР было 1275 случаев. Скользящее среднее выросло до 1042 — и это втрое (!) больше, чем неделю назад, когда было 362.

И если в октябре в провинции Гаутанг 83% приходилось на дельту, то теперь дельта здесь вообще не выявляется. Ноль случаев. Сейчас все геномы приходятся на B.1.1.529. И если это так, то это означает потенциальное колоссальное преимущество перед дельтой (что не означает, что этот вариант получит такое же преимущество на других территориях). В провинции Квазулу-Натал на новый вариант приходится уже 20%.

И самое неприятное: как отмечает генетик Дима Прусс, это не выглядит артефактами лабораторной диагностики.

«Новый вариант омикрон вызывает лёгкое течение с мягкими симптомами», — эти слова южноафриканского врача Анжелики Кутзи разлетелись по интернету. Казалось бы: кому ещё верить, как не врачу из эпицентра событий, который «первым забил тревогу по поводу омикрона»?

Все обрадовались и второй день обсуждают, как нам повезло: наконец-то появился добрый вариант с лёгким течением, которое проходит за два-три дня. Он ещё и сверхзаразный — сейчас вытеснит дельту по миру, и наконец заживём.

СМИ также пошли разносить информацию о симптоматике омикрона — с ссылками всё на ту же Кутзи:

Симптомы нетипичные: никакой потери обоняния и вкуса, лишь повышенная температура и усталость. У большинства заболевших пульс становится учащенным.

Однако если смотреть первоисточник, можно выяснить следующее:
• Вся выборка Анжелики Кутзи — это около 20 пациентов

• В основном это были молодые и здоровые мужчины

• Учащённый пульс наблюдался только в одном случае — у 6-летнего ребёнка

• Анжелика Кутзи сама подчёркивает: её наблюдения носят очень ограниченный характер, речь только о полностью здоровых прежде людях.

И какие выводы все сделали из частных наблюдений за 20 молодыми и здоровыми пациентами? Все заговорили о снижении вирулентности и об аттенуировании коронавируса, а оптимисты всех мастей отправились в крестовый поход против паникёров, которые только нагнетают и игнорируют хорошие новости.

И когда СМИ перепечатывают, что «инфицированным омикрон-штаммом не нужен больничный уход и кислород», а выздоровление наступает «через 2-3 дня», стоит вспомнить, что речь о крохотной и нелеревантной выборке. И изучить что-то за пределами своего оптимистичного пузыря: например, из той же ЮАР поступают и куда более тревожные новости. И те самые «молодые и здоровые», которые у Анжелики Кутзи отделываются лишь сильной усталостью, у других врачей попадают в больницы и реанимации.

А ещё можно посмотреть на статистику. И там уже всё не так радужно (графики ниже):
• Резкий рост выявленных случаев в провинции Гаутенг, где сейчас доминирует омикрон, начался с 10 ноября. Заболеваемость растёт экспоненциально — и тут стоит вспомнить, что госпитализации и утяжеление пациентов всегда следуют с задержкой.

• Но и госпитализации в провинции Гаутенг также пошли в рост: две недели назад было 135, неделю спустя 268, за последнюю неделю уже 414. Рост трёхкратный.

Так может, стоит пока подождать с оптимизмом?

P.S. Сегодня позже будет большой текст про омикрон: что о нём стало известно за последние дни, о чём говорят выявленные случаи, какова вероятность омикрона в России. Stay tuned.

Пока лонгрид про омикрон на подходе — держите немного алармизма от Кристиана Дростена, одного из самых именитых вирусологов мира, специалиста по коронавирусам, одного из первооткрывателей SARS-CoV:

«Я очень встревожен».

Ниже — выдержки из его свежего интервью телеканалу ZDF:

• Омикрон может усугубить ситуацию. Должен сказать, что сейчас я очень встревожен. Я удивлён видеть столько мутаций в этом вирусе.

• Сейчас в СМИ появляются сообщения о лёгком течении болезни. Я не думаю, что эти сообщения имеют смысл. Мы пока выявили мало случаев, и у нас недостаточно информации о клиническом течении. Надо наблюдать и быть готовыми ко всему.

• Что можно сказать уже сейчас, так это то, что с омикроном люди заболевают повторно — по второму или третьему разу, и заболевают с симптомами.

• В настоящий момент никто не может сказать, что нас ждёт. Но что я могу сказать точно: лучше сделать прививку.

• Меня сильно беспокоит, что, возможно, мы имеем дело с первым мутантом, который по-настоящему ускользает от иммунитета. У остальных вариантов и близко такого не было. Уже в ближайшие две-три недели мы поймём, насколько снижается защита привитых и переболевших, и нужно ли менять вакцины.

• Технически обновить вакцину несложно. Но на то, чтобы выпустить первые партии, потребуются месяцы.

• Мы не можем судить о течении болезни и о тяжести. Кроме того, у нас [в Европе] у вируса совсем другие условия, чем в ЮАР. У нас мало переболело и много привилось.

• Прямо сейчас мы не знаем, чего ожидать. Но первая информация об омикроне сильно отличается от первых сведений об альфа- и дельта-вариантах. Мы должны сейчас отнестись к этому крайне серьёзно.

• Если окажется, что болезнь стала легче, а симптомы мягче, мы просто все облегчённо выдохнем. Но сейчас я очень далёк от этой точки зрения.

• Независимо от того, как хорошо омикрон ускользает от иммунитета, важно прививаться здесь и сейчас. Вакцины могут защитить от тяжёлого течения. И нашей главной проблемой сейчас остаётся дельта и нынешняя волна.

Кто-нибудь, передайте Кристиану, что он зря переживает, алармизм не оправдан, надо сначала подождать, собрать побольше данных — и только потом начинать беспокоиться.

Пока все радостно обсуждают, как аттенуировался коронавирус, и как же нам повезло, что омикрон превратился в безобидную простуду с мягкими симптомами на два дня и отсутствием госпитализаций, в Гаутенге (ЮАР) всё не так радужно.

• Обновились данные по госпитализациям за прошлую неделю. Там нехорошо: госпитализации выросли в 4,8 раза за 2 недели, со 136 до 647. Темпы роста пока рекордные с начала эпидемии (более 100-130% в неделю, все графики ниже), идёт ускорение.

• На середину вторника уже 200 новых госпитализаций — 31% от всех госпитализированных за всю прошлую неделю. Ускорение продолжается.

• 2/3 госпитализированных (68%) — это дети и молодёжь до 39 лет. Исторически в Гаутенге на эту группу приходилось в среднем 31% госпитализированных, в 2,2 раза меньше, чем сейчас. Чаще всего сейчас попадают в больницы дети до 2 лет и люди 28-38 лет.

• И это не госпитализации «на всякий случай». В округе Тшване, где сейчас эпицентр вспышки, 25-30% попадают в больницу с тяжёлым течением — и это во всех группах до 60 лет. В группе старше 60 таких 35-45%.

• В самом Тшване 10% госпитализированных — это дети до 2 лет, и для них в округе уже готовятся разворачивать дополнительные педиатрические койки.

Если это и friendly mutant, как его радостно окрестили СМИ, то не для всех, и ни на какой «very good Christmas present» он не тянет.

Ситуация в ЮАР быстро ухудшается:

• Вчера выявили 8,5 тысяч случаев — это вдвое больше, чем за день до этого, и в 3,7 раза больше, чем неделей ранее. Скользящее среднее выросло за неделю в 4,9 раз.

• И дело не в том, что тестировать стали больше: доля позитивных тестов за вчера выросла до 16,5%. Ещё на выходных было 9%, неделей ранее — 3,6%, две недели назад — 1,6%. Это говорит о том, что заболеваемость растёт ещё интенсивнее — много случаев не попадает в статистику, и мы недооцениваем крутизну волны.

• Эпицентр по-прежнему в провинции Гаутенг: она даёт 70-75% от всех новых случаев. Но в рост пошли и остальные провинции: и выявленные случаи, и позитивность тестов.

• В Гаутенге, по последним данным, доминирует омикрон (исходная выборка случайная — более сотни образцов из 30 больниц).

• Динамика нехорошая. В провинции идёт рекордный прирост доли позитивных тестов: за последнюю неделю +238%, за неделю до этого +327%. Прошлый рекорд был в июне 2020 — тогда было +115%.

• Рост выявленных случаев также рекордный за всю эпидемию.

• График госпитализаций в Гаутенге также показывает удвоение каждую неделю (на прошлой неделе x2,5) — такого не было в прошлые волны.

• Уже сейчас видно, что четвёртая волна — круче прошлых трёх, в том числе рекордной дельта-волны, из которой ЮАР вышла всего 2,5−3 месяца назад.

• Вспышка омикрона начиналась с округа Тшване в провинции Гаутенг — именно на этот округ в последние недели приходилось 70-80% всех госпитализаций в провинции. Если смотреть на то, как менялась позитивность тестов в других округах, то хорошо видно, как вспышка движется с севера на юг: растут выявленные случаи, доля положительных тестов, а за ними — и госпитализации.

• Сейчас в Тшване позитивность достигла 50% — положительным оказывается каждый второй тест, что говорит о серьёзном недотестировании. Позитивность быстро растёт в соседних округах, особенно в Экурхулени и Йоханнесбурге.

• Анализ сточных вод на вирусную нагрузку также указывает на интенсивный рост заражений. С 43 недели (последняя неделя октября) начала быстро расти вирусная нагрузка в сточных водах в Тшване — причём рост идёт в несколько раз быстрее, чем при дельта-волне. С 45 недели начался рост в Экурхулени.

• Последовательность следующая: сначала растёт вирусная нагрузка в сточных водах → затем следует рост кейсов и доли позитивности → затем госпитализации → затем смерти.

• Про нехорошую динамику госпитализаций в Гаутенге я писал несколько дней назад (последнее обновление: ×5,5 за две недели, много молодых и детей с тяжёлым течением без коморбидных факторов). Предварительные данные понедельника-среды показывают, что быстрый рост продолжается — уже за первую половину этой недели госпитализировали больше, чем за всю прошлую.

• К слову, в Гаутенге уже начинает расти смертность — на основе неполных данных за понедельник-среду я ожидаю минимум +75-100% умерших по итогам недели.

• Виден разворот тренда и начало роста госпитализаций ещё в пяти провинциях. Активнее всего — в провинциях Лимпопо, Мпумаланга и в Северо-Западной провинции. В меньшей мере — в Квазулу-Натал и Фри-Стейт.

• По-видимому, в ближайшие недели две пойдут в рост госпитализации в оставшихся провинциях: в Северном, Западном и Восточном Кейпе.

Extremely mild increase.