Ivan Begtin
7.98K subscribers
1.85K photos
3 videos
101 files
4.55K links
I write about Open Data, Data Engineering, Government, Privacy, Digital Preservation and other gov related and tech stuff.

Founder of Dateno https://dateno.io

Telegram @ibegtin
Facebook - https://facebook.com/ibegtin
Secure contacts [email protected]
Download Telegram
В рубрике крупнейших наборов данных в мире GenBank [1] база геномной информации о человеке от Национального центра биотехнологической информации США. В общей сложности размер последней 263 версии базы GenBank составляет около 6.4 ТБ первичных данных и около 2.7 ТБ данных закодированных по ASN.1 [2]. Все эти данные доступны на сайте через веб интерфейс и для скачивания через FTP сервер.

В общей сложности база GenBank включает 5.13 миллиардов записей и 36.5 триллионов атрибутов/значений.

Много ли это? Да, безусловно это большие данные требующие существенных ресурсов для их обработки и анализа. И в мире геномной информации это далеко не единственный крупный архив данных.

Если сравнить его с открытыми данными публикуемыми на госпорталах открытых данных, то GenBank будет больше их всех вместе взятых, за исключением порталов с геоданными.

Ссылки:
[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
[2] https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2024/10/24/genbank-release-263/

#opendata #datasets #openaccess #genetics
В рубрике больших интересных наборов данных Annual National Land Cover Database (NLCD) [1] датасет с измерениями покрытия почвы в США с 1985 по 2023 годы, почти 40 лет.

Распространяется в виде GeoJSON, GeoTIF, SHP файлов и с помощью разных инструментов выгрузки и онлайн доступа.

В общей сложности это десятки гигабайт геоданных.

Ранее этот датасет охватывал только период 2001-2021 годов с шагом в 3 года, а теперь охватывает 38 лет с шагом в один год.

Для любых практических исследований в области сельского хозяйства и изменения климата - это бесценный датасет. Жаль лишь что он не охватывает весь мир, а только одну страну.

Ссылки:
[1] https://www.usgs.gov/news/national-news-release/usgs-releases-new-products-map-four-decades-land-cover-change

#opendata #datasets #geodata
В рубрике как это устроено у них один из крупнейших научных репозиториев данных в мире ScienceBase.gov [1] поддерживается Геологической службой США (USGS) и содержит более чем 18.7 миллионов записей включающих наборы данных, точки подключения к API, файлы данных тайлов и многие другие относящиеся к геологии, геодезии, географии и другим гео наукам в США.

Большая часть записей там это разрезанные по регионам очень крупные базы данных такие как: National Elevation Dataset (NED) - 7.4 миллиона записей и
3D Elevation Program (3DEP) - 6.1 миллион записей и так далее.

Многие датасеты в этом репозитории - это описания физических объектов и содержан они, как машиночитаемое представление, так и многочисленные фотографии. Почти у всех датасетов есть геопривязка в форме точки на карте или полигон где находится множество точек/объектов.

Этот каталог по масштабам можно сравнить с Data.one и Pangaea, но по объёму и числу датасетов он гораздо больше.

При этом у него, как и у многих предметно тематических научных репозиториев, собственные API для доступа и форматы публикации метаданных. Это и собственная схема описания данных, и стандарт FGDC используемый в США, и стандарт ISO TC 211.

Важно и то что USGS требует от исследователей публиковать данные в этом репозитории и он непрерывно наполняется результатами профинансированных ими проектами, данных геофондов на уровне штатов и результатами работ научных институтов.

А с точки зрения поиска, это довольно хорошо структурированный репозиторий, с возможностью фасетного поиска. Из видимых недостатков у него нет bulk выгрузки метаданных, так чтобы была возможность выгрузить все записи целиком, да и некоторые датасеты тоже. Это кажется очень логичным, изучая практики публикации геномных данных, с одной стороны, с другой стороны в геологии нет такой всеобъемлющей широты использования онтологий и бесконечного числа идентификаторов. Датасеты менее гомогенны, но и в этом направлении явно идёт постепенная работа.

Ссылки:
[1] https://www.sciencebase.gov

#opendata #datasets #datacatalogs #geology #geography #geodata
Лично я постоянно ищу какие есть поисковики по данным, глобальные и национальные, а недавно обнаружил что оказывается такой поисковик есть у правительства Шотландии find.data.gov.scot и по многим параметрам он напоминает Dateno, что хорошо😜, но тысячу раз меньше поэтому не конкурент😂.

Итак, в Шотландии пр-во достаточно давно планирует осуществить открытие портала открытых данных data.gov.scot, но пока они этого не сделали они пошли по австралийскому пути создания национального поисковика по данным.

Всего на портале на главной странице декларируется что присутствует 17 тысяч датасетов, а на странице поиска только 11 тысяч. Метаданные о них собираются из примерно 60 источников данных (data hosts) через парсеры нескольких видов API.

Что мне нравится, ребята явно идут нашим путём и проанализировали не меньше пары сотен источников данных, систематизировали их API, идентифицировали ПО некоторых каталогов данных о которых я не знал (MetadataWorks, USmart и др.), но при этом про наш каталог Dateno registry явно не знали. Плюс у них в источниках данных многое что каталогами данных назвать нельзя, публикации файлов отдельными ведомствами, но для сбора датасетов на региональном уровне явно полезно..

В итоге поисковик у них получается, на самом деле, не совсем поисковик, поскольку у каждого датасета есть веб страница с метаданными.

Из всего что я видел - это, пока, наибольшее приближение к подходу в Dateno, за исключением, масштаба, конечно.

Если делать внутристрановой поисковик по данным то на их проект стоит обратить внимание. Они явно писали HTML парсеры под разделы статистики на многих сайтах и значительная часть датасетов там - это PDF файлы статистики нескольких инспекций.

В любом случае любопытно, в том числе как референсные оценки числа датасетов в Шотландии. В Dateno их сейчас около 8 тысяч, в этом местном поисковике их около 11 тысяч. Есть куда стремиться 🛠

#opendata #scotland #datasets #data #datasearch #dateno
Я довольно давно думаю о разных возможностях и подходах в удешевлении создания машиночитаемых/структурированных данных из неструктурированных потому что задача создания качественных датасетов из всякого мусора неструктурированных присутствует давно и до конца никем не решена, но есть некоторые приближения.

И здесь можно вспомнить как создавались первые порталы открытых данных в мире. В основном путём закачки на них большого объёма статистики и табличных файлов из банков документов госорганов.

Почему так? Потому что переводя смысл существования государственных порталов данных на современный язык - он заключается в том чтобы обеспечивать доступ к дата продуктам госорганов для профессионалов и общественности. Дата продукты бывают проработанные, изначально с машиночитаемыми данными или API, а бывают, скажем так не осознаваемые как дата продукты. И вот последние являются, чаще всего, частью публикационной активности, они выкладываются как документы, в лучшей форме как Excel, в худшей как сканы.

Между этими крайностями есть много промежуточных вариантов: в виде файлов MS Word, в PDF документах и так далее.

При этом из Excel файлов таблицы выделяются естественным образом, из MS Word с небольшими усилиями, из PDF уже сложнее, нужна человеческая валидация, но всё это возможно и всё это автоматизируемо.

Так вот, как можно было бы создать быстро портал открытых данных из таких продуктов? Давайте я приведу в пример Минфин России. На его сайте в разделе Документы размещено 29 594 документов. Из которых только 45% 12 349 - это PDF файлы,а всё остальное - это XLS, XLSX, DOC, DOCX и ZIP файлы. При этом в ZIP файлах, как правило, десятки DOC/DOCX/XLSX файлов (не PDF).

Весь этот банк документов буквально за короткий срок превращается в банк открытых данных. Не идеальных, не самых востребованных, но куда более полезных чем даже публиковалось на портале data.gov.ru до его исчезновения.

Разумеется это только один из примеров. Точно также можно превратить в банк данных документы Минфина Казахстана или Минфина Армении.

И так справедливо в отношении большей части госорганов. Особенно в отношении статистических служб, министерств финансов и налоговых служб. Для таких задач я когда-то делал простую утилитку по извлечению таблиц из .docx файлов - docx2csv.

Можно ли сейчас создать таким образом десятки и сотни тысяч датасетов? Конечно же можно

#opendata #opengov #datasets #data
Примерно с апреля 2024 года Минздрав РФ более не публикует открытые данные на своём официальном сайте [1] и сейчас данные также недоступны.

При этом ещё в марте этот раздел был открыт [2] хотя данные и не обновлялись. Например, данные реестра
лекарственных средств не обновлялись с марта 2017 года [3], как и оставшиеся датасеты, их также прекратили обновлять в 2017 году.

Ссылки:
[1] https://minzdrav.gov.ru/opendata
[2] https://web.archive.org/web/20240328094829/https://minzdrav.gov.ru/opendata
[3] https://web.archive.org/web/20240520083814/https://minzdrav.gov.ru/opendata

#opendata #datasets #data #russia #closeddata
Common Corpus [1] свежий дата продукт от Hugging Face с данными для обучения.

Внутри 2 триллиона токенов, а сам он построен на:

📦 OpenCulture: 926 миллиардов токенов из книг в открытом доступе
📦 OpenGovernment: 388 миллиардов токенов из финансовых и юридических документов
📦 OpenSource: 334 миллиарда токенов открытого кода, отфильтрованного по критериям качества
📦 OpenScience: 221 миллиард токенов из репозиториев открытой науки
📦 OpenWeb: 132 миллиарда токенов на контенте из сайтов с пермиссивной лицензией (Википедия и др.)

Можно обратить внимание что открытых данных нет в списке, но там был бы обучающий набор поменьше.

Корпус это огромен, в нём около 40% английского языка и много других язык.

Внутри всё состоит из бесконечно числа parquet файлов.

Ссылки:
[1] https://huggingface.co/blog/Pclanglais/two-trillion-tokens-open

#opendata #ai #datasets
К вопросу о том что есть и чего нет в Dateno в контексте того доступно через наше API и того что исследователи уже искали по наукометрии. Есть специфика данных в Dateno в том что пока ещё исследовательских данных в нём маловато и по очень объективным причинам.

В реестре каталогов данных Dateno сейчас 874 репозитория научных данных из которых проиндексировано пока только 99 репозиториев, а это чуть более 11% источников метаданных такого типа. И даже эти 874 репозитория - это не все репозитории научных данных в мире, а наиболее очевидные. Точное число, скорее всего, никто не знает потому что реестры вроде Re3Data и Fairsharing более широко трактуют научные дата-ресурсы и включают туда не только каталоги данных, но и базы данных.

Возвращаясь к источникам, в чём с ними сложность:
1. Коммерческие каталоги научных данных вроде облачных продуктов Elsevier и Figshare значительно ограничивают возможности их индексирования. Проиндексировать их можно, но высока вероятность блокировок с их стороны. это примерно 34% каталогов научных данных в реестре Dateno.
2. Каталоги результатов научной деятельности на DSpace легко индексируются, но устроены так что невозможно отдельно индексировать только датасеты. Чтобы проиндексировать их надо скачать все метаданные всех объектов и далее уже фильтровать датасеты. Причем последних будет не более 5% от всего общего числа материалов
3. Некоторые каталоги научных данных вроде тех что основаны Thredds или Galaxy имеют очень скудный набор метаданных, по сути они выглядят как большие научные файлохранилища. Правда и области применения у них узкие: метеорология и биоинформатика, поэтому они пока отложены
4. Для научных репозиториев данных главное API до сих пор это OAI-PMH 2.0. Очень унаследованное, очень неудобное по многим критериям, очень стандартизированное и обладающее критическим недостатком: оно не отдаёт ссылки на файлы в метаданных. Иначе говоря карточку датасета получить можно с базовыми полями метаданных, но метаданных связанных с ним файлов нельзя. Это решается, но тем не менее.
5. Есть очень крупные источники научных наборов данных в OpenAIRE, ScienceDB, ScienceBase, DataCite, BASE и ещё ряде других. Проиндексировав даже парочку из них можно добавить сразу +10-20 миллионов записей, но..., качество датасетов будет посредственное. Честно говоря я тяну с их подключением так долго как могу не потому что это сложно, а потому что качество содержания поискового индекса снизится, у этих источников нет ссылок на ресурсы. Потому что все они агрегируют через OAI-PMH 2.0 Если бы единственным критерием качества в Dateno было бы только число записей, то вопросов бы не было.

Итого это развёрнутый ответ на невысказанный вопрос "Почему в Dateno так мало научных данных, всего 488 тысяч датасетов?" Краткий ответ: из-за качества данных, а более полный ответ выше.

В любом случае крайне важно что ключевой продукт Dateno, резко отличающий его от Google Dataset Search, - это открытый индекс. Помимо открытого API к поиску это ещё и открытый реестр каталогов данных и открытая статистика.

При этом открытый индекс - это большая ответственность потому что все косяки вылезают наружу достаточно быстро, ошибки находятся, также очень быстро.

Открытый индекс - это, также, дата-продукт и у него куча метрик качества о которых я когда-нибудь расскажу в подробностях, но скорее это будет в форме выступления на конференции чем короткая заметка.

А пока покажу некоторые существенные отличия и сравнение GDS (Google Dataset Search) и Dateno.

#opendata #dateno #thoughts #datacatalogs #datasets
В качестве некоторых, самых очевидных примеров почему Dateno эффективнее поиска данных через GDS. Разница ощущается когда ищешь запросы связанные с экономикой и наиболее популярные у SEO'шников коммерческих сервисов. Например, поиск по ключевым словам "andorra population" и многим другим.

Google, даже в режиме поиска по бесплатным датасетам (режим Free) выдаёт в первой 20 результатов:
- tradingeconomics.com
- theglobaleconomy.com
- napoleoncat.com

Ни один из них ни открытым, ни свободным не является. Надо платить деньги и регистрироваться. Иначе говоря разметка Schema.org для этих датасетов на этих сайтах - недостоверная.

И среди них только где-то в глубине есть в глубине ссылка на data.humdata.org (проект ООН с данными статистики).

В Dateno первыми результатами идут данные Всемирного банка, данные ВОЗ, данные data.humdata.org и данные сообщества AmeriGEOSS.

А если мы изменим текст и напишем его на испанском Poblacion Andorra (Население Андорры) , то GDS не вернет результатов вовсе, а в Dateno результат найдётся.

Почему так? Потому что Google не индексирует каталоги геоданных потому что они не поддерживают Schema.org

Это один пример из многих, по мере индексации национальных статистических баз данных результаты поиска Dateno будут даже лучше.

#opendata #datasets #gds #dateno #andorra #statistics