Команда Jupyter выпустили новую версию Jupyter Lab 3.0 [1], системы для ведения научных блокнотов дата сайентистами по всему миру.

Из полезных изменений:
- визуальный дебаггер
- поддержка упрощённого интерфейса
- table of contents по умолчанию
- улучшенная работа с расширениями


В целом ощущение что всё больше движение в сторону executive papers, по крайней мере, в части подключения table of contents по умолчанию.

Лично я ещё не успел оценить все возможности по достоинству, но активно использую.

#datascience #tools

Германские исследователи Corinna Kroeber и Tobias Remschel собрали набор данных всех публикаций Германского парламента (Бундестага) с 1949 по 2017 годы и опубликовали в формате удобном для последующей текстовой обработки языком R - " Every single word - A new dataset including all parliamentary materials published in Germany " [1]. Объём набора данных в сжатом виде около 1.2 гигабайт и более 131 тысячи документов включающих текст, даты, сведения об авторах и тд.

Этот набор данных скомпилирован из ранее публиковавшихся материалов германского парламента [2].

Итоговая научная работа на основе этих данных вышла в издании Government and Opposition [3] в декабре 2020 года.

Ранее, другие исследователи, Christian Rauh и Jan Schwalbach, публиковали набор данных The ParlSpeech V2 data [4] включающем 6 миллионов выступлений в парламентах 9 стран за периоды от 21 до 32 лет и общий объём набора данных составляет 8.5 гигабайт в сжатом виде.

Обращу внимание на хорошую подготовку этих наборов данных, детальное описание всех метаданных, не избыточное, не недостаточное, а ровно необходимое документирование и привязку к научным исследованиям в рамках которых данные наборы данных создаются.

Эти данные публикуются на таких платформах как DataVerse, Zenodo и многих других в рамках долгосрочной политики Европейского союза по повышению доступности научных знаний. Открытые данные являются продолжение инициатив Open Access и результатом совместной работы нескольких исследовательских центров.

Ссылки:
[1] https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/7EJ1KI
[2] https://www.bundestag.de/services/opendata
[3] https://www.cambridge.org/core/journals/government-and-opposition/article/every-single-word-a-new-data-set-including-all-parliamentary-materials-published-in-germany/34D424C406687F7446C6F32980A4FE84
[4] https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/L4OAKN

#opendata #data #politicalscience #science #datascience

Регулярная подборка ссылок по работе с данными, открытости и приватности

На инженеров по работе с данными (data engineers) больше чем на исследователей данных (data scientists), вывод Mihail Eric по итогам анализа вакансий компаний относящихся к данным в портфеле Y-Combinator, We Don't Need Data Scientists, We Need Data Engineers [1]
Я соглашусь с этим и применительно к России тоже, сейчас много хайпа вокруг data science и ИИ, при том что есть дефицит квалифицированных специалистов и большое число джунов, но также и дефицит специалистов по инфраструктуре данных и инженерии данных.

Best-of Machine Learning with Python [2] каталог из 830 инструментов с открытым кодом по работе с данными с помощью языка Python

Открытый код мессенжера Signal для Android, iPhone, настольного приложения и сервера [3] для тех кто хочет построить собственную автономную инфраструктуру на его основе. Есть лишь сомнения в том что серверный код актуален [4] потому как новые функции в приложениях появляются, а серверный код не обновлялся несколько месяцев.

GHunt [5] - инструмент для OSINT в отношении аккаунтов на Google, извлекает Google ID, данные календаря, отзывы, общедоступную информацию и ещё много чего. Работает не только с почтой на gmail.com, но и с аккаунтами привязанными к собственным доменам. Полезен для самопроверки тем кто думает о приватности и проверке других тем кто ведет расследования.

Поддерживаемый мной список Awesome forensic tools [6] с перечнем инструментов OSINT.

GitLab получили $195 миллионов финансирования при общей оценке в $6 миллиардов [7]

Ссылки:
[1] https://www.mihaileric.com/posts/we-need-data-engineers-not-data-scientists/
[2] https://github.com/ml-tooling/best-of-ml-python
[3] https://github.com/signalapp
[4] https://github.com/signalapp/Signal-Server
[5] https://github.com/mxrch/GHunt
[6] https://github.com/ivbeg/awesome-forensicstools
[7] https://techcrunch.com/2021/01/15/gitlab-oversaw-a-195-million-secondary-sale-that-values-the-company-at-6-billion/

#data #dataengineering #datascience #privacy #opendata

Для тех кто работает с данными и хочет разнообразить свой опыт, среди многих инструментов для работы с данными применяют не только Python и, например, для Jupyter Notebook существует множество ядер на других языках, позволяющих делать исполняемые публикации с помощью любимых, а не общепринятых языков программирования.

- IJulia - ядро для языка Julia
- IRKernel - ядро для языка R
- Wolfram Language for Jupiter - ядро для языка Wolfram Script
- Almond - ядро для языка Scala
- Xeus Cling - ядро для языка C++
- Jupiter NodeJS - ядро для языка Javascript (NodeJS)
- Kotlin kernel for Jupiter - ядро для языка Kotlin

существуют также ядра для PHP, C#, Go, OCaml, Powershell и десятков других

На мой взгляд, правда, мало что сравнится с Python по гибкости и доступности инструментов и готового кода, но многое обгонит по скорости. Для команд которым Python не является основным языком использование готовых ядер для Jyupiter может помочь в аналитической работе.

#datascience #jupiter #tools #overview

Фонд Chan-Zukerberg Initiative [1] выдал грант на 190 тысяч долларов проекту Galaxy [2]. Galaxy - это платформа интенсивной работы с данными используемая, в первую очередь, для биомедицинских расчетов с 250 тысячами пользователей по всему миру, большой коллекцией больших данных и значительным числом инструментов для работы с ними [3]

В мире есть более 163 сред и инсталляций для развертывания или использования общедоступных проектов на базе Galaxy [4]. Некоторые только для внутреннего пользования, другие, как австралийский [5] поддерживаются национальным исследовательским агентством Австралии и общедоступны.

У Galaxy полностью открытый код [6] и сам проект создавался под data intesive science и пример того что часто исследователям нужны не просто данные, а сложные комплексные расширяемые среды где кроме данных есть ещё и инструменты работы с ними с учётом их специфики

Ссылки:
[1] https://chanzuckerberg.com/
[2] https://ardc.edu.au/news/chan-zuckerberg-initiative-injects-funds-into-galaxy-platform-for-biomedical-research/
[3] https://usegalaxy.org/
[4] https://galaxyproject.org/use/
[5] https://usegalaxy.org.au
[6] https://github.com/galaxyproject

#data #datascience

Современный отраслевой портал данных выглядит как Allen Brain Map Data Portal [1] и включает не только возможность скачать данные и просмотреть их наглядно, но открытый код в виде SDK, а также документацию, API, научные статьи с результатами и ещё многое другое имеющее отраслевую специфику, в данном случае, в области изучения мозга.

Ссылки:
[1] https://portal.brain-map.org/

#opendata #datascience

Дайджест полезного чтения про данные и открытые данные:
- Why So Many Data Scientists Quit Good Jobs at Great Companies [1] - мартовская заметка в Medium о том почему Data Scientist'ы так часто уходят с из компаний с большим именем. По мне так большая часть проблем поколенческая, вроде завышенных ожиданий и отсутствия готовности к работе в "кровавом энтерпрайзе", но здесь ещё важный аспект в том что дата сайентисты хотят интересных задач, а кучу времени тратят на чистку и поиск данных.
- NOAA weather data in Snowflake [2] - огромная ежедневно пополняемая база данных погодной службы США в облаке Snowflake. Продолжение тренда на то что крупные коммерческие игроки хостинга, PaaS и IaaS используют большие открытые данные чтобы снижать барьеры доступа к данным для клиентов.
- Who's downloading pirated papers? Everyone - статья 2016 года [3] за авторством John Bohannon, а к ней данные 2017 года со статистикой SciHub [4], как ни странно, ни разу не скачанные с Zenodo, скорее всего поскольку недавно только были туда загружены.

Ссылки:
[1] https://medium.com/swlh/why-so-many-data-scientists-quit-good-jobs-at-great-companies-429ea61fb566
[2] https://towardsdatascience.com/noaa-weather-data-in-snowflake-free-20e90ee916ed
[3] https://science.sciencemag.org/content/352/6285/508
[4] https://zenodo.org/record/5012994#.YN27v0xn2Ul

#opendata #datasets #data #datascience

Для тех кто интересуется "гражданской наукой" (citizen science) и данными - проект BirdNet [1] лаборатории орнитологии Корнелла в виде мобильного приложения куда каждый может загрузить часть птичьей песни для немедленной идентификации кто же её поёт.

У приложения открытый код [2] и там же возможность скачать открытую модель для распознавания.


Ссылки:
[1] https://birdnet.cornell.edu/
[2] https://github.com/kahst/BirdNET

#opensource #datascience #citizenscience

Cogram [1] ассистент программирования для задач машинного обучения. Интегрируется с Python и помогает в работе с SQL. Переводит тексты на ясном английском языке в программные директивы.

Выглядит недорого, $29 в месяц за профессиональную версию и бесплатно для личного пользования. А перспективы хорошие. Так и хочется сказать что первое что делают разработчики и инженеры инструментов на базе ИИ - это лишать работы других разработчиков и инженеров ИИ;)

Ссылки:
[1] https://www.cogram.com

#machinelerning #datascience

У DataIKU [1], платформы для совместной работы над Data Science проектами, вышел небольшой обзор 3 Keys to a Modern Data Architecture Strategy Fit For Scaling AI [2].

Как и практически все продукты на текущем рынке работы с данными, ML/AI они пишут про своё место в Modern Data Stack определяя его в блоках трансформации данных (Transform) и Data Science.

Тут важно понимать что DataIKU - это дорогая платформа для крупных компаний ещё и с сильным акцентом на ИТ безопасность, потому они и пишут в своём обзоре что миграция в облако не так уж небезопасна. Год назад я пытался у продавцов DataIKU выяснить стоимость их продукта, но даже 5 писем и 3-х созвонов с ними не хватило и ответа я так и не получил, хотя и сам продукт интересный и его бесплатную версию интересно посмотреть хотя бы для понимания как такие продукты устроены и можно ли сделать более дешёвую, дружелюбную альтернативу.

Ссылки:
[1] https://www.dataiku.com
[2] https://content.dataiku.com/modern-data-architecture/modern-data-architecture

#datascience #moderndatastack #data #dataproducts

Для тех кто ищет больших данных и побольше, Academic Torrents [1] раздает 83ТБ открытых данных, в основном для научного применения - в data science и не только. Например, там есть свежий слепок Wikidata в 109ГБ и множество климатических датасетов, датасетов по распознаванию изображений и многого другого.

Ресурс полезный как для поиска интересного так и для публикации собственных больших данных.

Ссылки:
[1] https://academictorrents.com

#opendata #datascience #openacces

Полезная подборка чтения про данные на ближайшие дни, про разное:
- 10 Hot 🔥 Data & Analytics Trends to Watch in 2022 [1] в блоге Count, о том какие тренды идут в аналитической инженерии.
- Open Archaeo [2] проект открытая археология включая открытые данные, открытый код, стандарты, руководства и протоколы работы
- The Battle for Data Engineer’s Favorite Programming Language Is Not Over Yet [3] дискуссионная статья о будущем языка программирования Rust как языка для инженеров данных
- Data diffs: Algorithms for explaining what changed in a dataset [4] статья об алгоритмах отслеживания изменений в наборах данных
- Building Python Microservices with Apache Kafka: All Gain, No Pain [5] глубоко технологическая заметка о том как делать API с помощью Python и Kafka.
- Easy data processing at scale with Optimus [6] ещё одна очень технологическая заметка о движке Optimus для Python, заменяющий Pandas и включающие многие доп возможности, например, всё то же определение семантических типов данных. В упрощённом варианте, конечно, но есть такое.
- Inside Pornhub [7] нетехническое и познавательное чтение о внутреннем устройстве PornHub'а. Побольше бы таких о крупных/интересных компаниях

Ссылки:
[1] https://blog.count.co/how-data-analytics-will-change-in-2022/
[2] https://open-archaeo.info
[3] https://betterprogramming.pub/the-battle-for-data-engineers-favorite-programming-language-is-not-over-yet-bb3cd07b14a0
[4] https://blog.marcua.net/2022/02/20/data-diffs-algorithms-for-explaining-what-changed-in-a-dataset.html
[5] https://medium.com/towards-data-science/building-python-microservices-with-apache-kafka-all-gain-no-pain-1435836a3054
[6] https://medium.com/@argenisleon/easy-data-processing-at-scale-with-optimus-f467f867d756
[7] https://www.theverge.com/c/22925906/pornhub-mindgeek-content-moderation

#data #datascience #readings #opendata

В рубрике интересных инструментов по работе с данными ploomber ("сантехник") [1] движок на Python по работе с трубами данных. Главное достоинство - работа внутри notebooks (тетрадок) и примеры такой работы [2]. В январе 2022 года авторы присоединились к Y Combinator [3], так что почти наверняка продукт будет развиваться в сторону связки: бесплатный open source + платный cloud.

У проекта четкий акцент на интеграцию с инструментами для data science, так что может и через какое-то время он нарастит популярность.

Ссылки:
[1] https://github.com/ploomber/ploomber
[2] https://ploomber.io/
[3] https://ploomber.io/blog/yc/

#datascience #opensource #data #datatools

В рубрике полезных инструментов для работы с документацией и воспроизводимостью исследований и работы с данными

Quatro [1] система с открытым кодом для подготовки научной и технической документации. Поддерживает интеграцию с Jupyter Notebook и создание dynamic documents, интерактивных публикаций, полезных в представлении многих научных результатов. Внутри Pandoc [2], умеет работать с Observable, Python, R, Julia и ещё много чего. Для полного счастья не хватает только web UI/GUI и удивительно что нет стартапа который бы подобное поверх Quatro не запилил, потому что движок также умеет делать книжки в ePub, PDF, MS Word.
В целом выглядит как удобная надстройка над Pandoc.

Курс Reproducible and Trustworthy Workflows for Data Science [3] о том как делать проекты для data science воспроизводимыми. Актуально для любых проектов на данных и аналитика без data science тоже, но тут всё подробно и конкретно. Курс полезный, стоит его пройти.

Ссылки:
[1] https://quarto.org/
[2] https://pandoc.org/
[3] https://ubc-dsci.github.io/reproducible-and-trustworthy-workflows-for-data-science/README.html

#openscience #opensource #documentation #datascience

В рубрике интересных проектов на данных Data-Driven Discovery of Models (D3M) [1], большой проект DARPA, военного ведомства США финансирующего инновационные проекты.

Проект посвящён автоматизации data science и предсказанием применения моделей данных. А главная идея в улучшении понимания предметных областей для для исследователей данных.

Они упоминают там 3 платформы в этом направлении:
- Einblick [2] система совместного исследования данных и моделирования предсказаний на их основе
- TwoRavens [3] система для моделирования предметных областей через данные и моделирования данных в этих областях
- Distil [4] система для специалистов предметных областей исследовать данные в разных формах

Фактически D3M это экосистема внутри которой финансируются многие проекты. Например, Auctus, поисковик по данным о которым я недавно писал [5] и Datamart [6] проект по анализу наборов данных с сопоставлением их с Wikidata.

А также множество проектов по направлению AutoML, помогающим автоматизировать работу отраслевых экспертов и отделяющих машинное обучение от самих специалистов по машинному обучению. Через типовые модели, через создание базы примитивов для этих моделей и многое другое.

Там много очень разных интересных идей, причём в сторону технологически продвинутых nocode/low-code инструментов внутри которых могут быть сложные алгоритмы работы с данными. Фактически это путь по значительному усилению отраслевых аналитиков в областях экономики, геополитики, промышленности и тд и для того чтобы они самостоятельно могли бы работать с большими данными.

Ссылки:
[1] https://datadrivendiscovery.org/
[2] https://www.einblick.ai/
[3] https://2ra.vn/
[4] https://d3m.uncharted.software/
[5] https://t.iss.one/begtin/3922
[6] https://datadrivendiscovery.org/augmentation/

#data #research #datascience #datadiscovery #ml

Написал большой текст на английском про спектр каталогов данных и отличия между научными репозиториями данных, порталами открытых данных и корпоративными каталогами [1]

Ссылки:
[1] https://medium.com/@ibegtin/data-catalogs-part-1-spectrum-of-data-catalogues-ba75d1dd06c9

#opendata #datacatalogs #datascience #openaccess

Многие научные журналы в мире требуют от учёных публиковать вместе со статьями так называемый DAS (Data availability statement), заявление о доступности данных. Оно включает, или ссылку на открытые опубликованные данные, или объявление о доступности данных по запросу.

Группа исследователей провела анализ того как такие заявления публиковались в ряде медицинских журналов и написали статью о том что DAS, фактически, не работает Many researchers were not compliant with their published data sharing statement: mixed-methods study[1]

Они запрашивали данные у тех кто размещал DAS с объявление о доступности данных по запросу и тех кто это не делал и в обоих случаях на их запросы получить данные реагировало не более 7% учёных. Фактически можно говорить о том что многие ученые к подходят к заявлениям о готовности предоставить данные очень формально, не будучи к этому фактически готовыми.

У Sergio Uribe [2] из Балтийского биомедицинского центра в большой серии твитов подборка примеров декларируемой доступности и фактической недоступности данных и как один из сценариев решения - чтобы журналы требовали обязательного раскрытия информации и осуществляли за этим контроль, не принимая статьи без FAIR Data.

Ссылки:
[1] https://www.jclinepi.com/article/S0895-4356(22)00141-X/fulltext
[2] https://twitter.com/sergiouribe

#opendata #openaccess