Анонс: 24 марта 2020, 9.30. "Эхо Москвы" с А. Плющенко и Е. Ляховской

"Живой гвоздь" - Михаил Гельфанд.

Задать ему вопрос
https://echo.msk.ru/programs/razvorot-morning/

Егор Базыкин:

Хорошо, что прочитан первый геном вируса COVID-19, привезенного в Россию. И очень хорошо, что он не заныкан, а выложен в открытую базу GISAID. Я признателен за это коллегам из Института гриппа (WHO National Influenza Centre RF), чьи данные мы с благодарностью используем: Андрею Комиссарову, Артему Фадееву, Анне Ивановой и Дарье Даниленко. Такие данные позволяют смотреть, какому из уже прочитанных родственен новый вирус, определять направление распространения и делать эпидемиологические выводы. Ниже – результаты такого анализа для этой последовательности.

Из аннотации следует, что РНК вируса была выделена 15-го марта в Санкт-Петербурге у госпитализированной тридцатилетней женщины. Я не знаю наверняка, был ли этот случай «завозным», и если да – то откуда она приехала. Известно, впрочем, что большинство зарегистрированных случаев в России сегодня – завозные.

Мы построили дерево всех полных последовательностей из GISAID (975 штук complete high-coverage на 20:00 23.03.2020, из них 639 прошли фильтрацию по качеству) и посмотрели, куда «легла» питерская. На рисунке она обозначена красным. Оказалось, что она находится внутри большой преимущественно европейской клады, с большим числом базальных европейских последовательностей. Внутри неё она уверенно попадает в основание меньшей клады, от корня которой её отделяют две «приватные» мутации, не встречающиеся в других последовательностях этой клады. Другие две мутации отделяют от этого корня последовательность, полученную 4-го марта у 86-летней женщины во Франции, и еще по одной мутации – каждую из двух клад, включающих множество последовательностей из Европы, США и других стран.

Преобладание базальных европейских последовательностей по соседству с нашей – сильное свидетельство в пользу завоза в Россию из Европы. При этом клада, в основание которой попала питерская последовательность, довольно интересная: в нее попадают последовательности из известной «второй» вспышки близкородственных штаммов из штата Вашингтон (напр. https://twitter.com/nextstrain/status/1238808818596921344, https://twitter.com/nextstrain/status/1239206402486345728). Похоже, что группа близких европейских штаммов распространилась в нескольких очень разных направлениях (super-spreading event в аэропорту?) Очень нужно больше секвенированных штаммов, чтобы узнать детали; по мере появления дополнительных данных картина будет уточняться.

Чем больше у нас будет прочитанных генотипов, тем лучше мы будем понимать, что происходит и что делать. Я думаю, что если удастся сделать секвенирование почти таким же быстрым, как тестирование - секвенирование станет важным ресурсом эпидемиологического контроля.

Поиграть с деревом можно здесь: https://itol.embl.de/shared/gbazykin (питерская последовательность - ближе к нижней части дерева).

Это – совместная работа с Алексеем Неверовым, Геннадием Федониным и Ksenia Safina.

"Эхо Москвы": Утро с Леной Ляховской и Сашей Плющевым / Живой гвоздь - Михаил Гельфанд // 24.03.20, 9.35-10.00. https://youtu.be/803sWO1ctq0

ВАК в темпоральном капкане ‌

В 2017 году Диссернет направил заявление о лишении ученой степени (ЗоЛУС) эксперта Рособрнадзора Юлии Аношиной. В нем указывалось как Юлия Аношина использовала в своей диссертации 2011 года без ссылок более ста страниц из диссертаций трех авторов: Ларисы Редькиной, Алевтины Гнеушевой, Наталии Астаховой. После этого решение рассматривается в Экспертном совете ВАК, а далее — в Президиуме ВАК. Невероятное с работой Аношиной начинает происходить уже на первой стадии…

https://trv-science.ru/2020/03/24/vak-v-temporalnom-kapkane/

С 300-м номером! ‌

Дмитрий Зимин и Владимир Сурдин поздравляют «Троицкий вариант» с выходом 300 номера.

https://trv-science.ru/2020/03/24/s-300-m-nomerom/

Чувство вновь обретенной свободы ‌

В начале 1990 года я получил предложение подать заявку на участие в третьем Японско-американском семинаре Японской ассоциации математических наук (JAMS). В тот год, наряду с несколькими десятками американцев и японцев, впервые пригласили троих молодых людей и одну девушку из (тогда еще) СССР. Для отбора в число участников соорганизаторы семинара из Массачусетского технологического института попросили прислать им наряду с CV эссе на произвольную тему…

https://trv-science.ru/2020/03/24/chuvstvo-vnov-obretennoj-svobody/

Наверное, каждый день есть повод вспомнить проект Диссернет - плотность высокопоставленных прощелыг с купленными или списанными диссертациями весьма высока . Сегодня такой повод, кстати, тоже имеется.
Но я не об этом, а о том, что сейчас всем трудновато, а проектам, которые работают на пожертвования сторонников - особенно. Причем, не только работают, но и развиваются.

Так что самое время поддержать Диссернет трудовой копейкой.

Неистовый профессор ‌

Как вы представляете себе гения? Как засушенного ученого, листающего при свете настольной лампы пыльный фолиант? Или как Паганеля, рассеянного чудака, постоянно путающегося в бытовых вопросах? Так вот, предлагаю вам третий вариант, знакомьтесь: Андрей Ростовцев. Знаток элитных вин и любитель женщин, ни капли не засушенный, блестящий собеседник, неутомимый путешественник по самым экзотическим уголкам земного шара, борец с несправедливостью во всех ее проявлениях. И при всем том успешный ученый…

https://trv-science.ru/2020/03/24/neistovyj-professor/

Коровье бешенство как фактор развития деменции у человека ‌

В разгар пандемии коронавируса европейцы не раз и не два поругают китайцев: мол, если бы те не ели всякую экзотику, то опасный вирус не перепрыгнул бы к нам от летучих мышей. А затем скажут: мы, европейцы, не такие. На право считаться самой высокой цивилизацией мира могли бы претендовать британцы, если бы не одно но. Знаете ли вы, почему граждане Туманного Альбиона, родившиеся и жившие в UK до 1996 года, не могут быть донорами крови в Европе?

https://trv-science.ru/2020/03/24/korove-beshenstvo-kak-faktor-razvitiya-demencii-u-cheloveka/

Существует ли российское историческое сообщество? ‌

Иван Курилла, профессор Европейского университета в Санкт-Петербурге, рассказал ТрВ-Наука о новом исследовании Вольного исторического общества.

https://trv-science.ru/2020/03/24/sushhestvuet-li-rossijskoe-istoricheskoe-soobshhestvo/

Наука в мире через 50 лет ‌

В канун юбилейного номера нашей газеты мы попросили наших авторов помечтать и сделать прогноз, какой будет наука в мире через полвека. Александр Марков и Елена Наймарк, семья научных сотрудников, решили сделать это, не подглядывая друг у друга. Похоже ли их видение? Об этом судить читателю.

https://trv-science.ru/2020/03/24/nauka-v-mire-cherez-50-let/

Геометрия Ларри Гута ‌

Национальная академия наук США вручила математическую премию имени Мариам Мирзахани за 2020 год Ларри Гуту (Larry Guth), молодому профессору Массачусетского технологического института. Его исследования разбирает по просьбе редакции ТрВ-Наука Михаил Белолипецкий, сотрудник Института чистой и прикладной математики (Рио-де-Жанейро, Бразилия), приглашенный ученый Математического института имени Макса Планка (Бонн, Германия).

https://trv-science.ru/2020/03/24/geometriya-larry-gutha/

Симон Шноль. От 0 до 90 ‌

21 марта 2020 года исполнилось 90 лет самому знаменитому члену нашей семьи – моему дяде Симону Эльевичу Шнолю. Когда ему было три года, люди в форме вошли ночью в комнату в коммунальной квартире и увели отца. Когда ему было шесть, отец вернулся и еще четыре года был жив и успел оказать на него колоссальное влияние…

https://trv-science.ru/2020/03/24/simon-shnol-ot-0-do-90/