Михаил Гельфанд

Очередной поток ерунды про злых ученых, сотворивших неладное, - это перепосты популярного (и очень талантливого - и любимого по другим поводам) блогера/поэта. Надо сказать, что его текст гораздо умнее всех предыдущих на эту тему, но все равно ерунда. Речь идет о статье 2015 года в Nature, где китайские и американские ученые исследовали рекомбинантный коронанавирус (ген spike из коронавируса летучей мыши вставили в коронавирус, размножающийся в лабораторных мышах, - чтобы можно было с ним работать в лаборатории, - и показали, что природные коронавирусы, персистирующие в популяциях летучих мышей, могут заражать широкий круг млекопитающих) и недавним обзором в Nature Medicine про естественной происхождение SARS-CoV-2 (вызвавшего пандемию).
Во-первых, статья в Nat. Med. действительно неидеальная, и логические дыры в ней (например, почему пять остатков, совпадающих с панголиновым вирусом, являются доказательством природного происхождения - тут надо было спеть мантру с примерами про параллельную эволюцию, чего авторы не сделали) можно пытаться затыкать теорией заговора/ошибки (зависит от темперамента).
Во-вторых, все равно не получится, по следующим причинам.
(А) Теория заговора: злые ученые сотворили недоброе. С этим в принципе бороться невозможно, кроме как задать вопрос - (а) представить себе американо-китайскую команду злых ученых можно только в фильме про Джеймса Бонда и (б) а за каким хером они промежуточные результаты своего злодейства публиковали на общее обозрение?
(Б) Теория бардака: у беззаботных ученых сбежал экспериментальный вирус. Это не канает, потому что у беззаботных ученых не было (и не могло) быть цели сделать что-то особо злобное. Свой point они доказали и опубликовали: в природных популяциях варится куча всего опасного; искусственно добавлять в это что-то, делающего его еще более опасным, ничего разумного не доказывает: зачем?
Далее, поэт-блогер указывает на параллельную публикацию в Nat. Med и ScienceDaily как на признак заговора. Докладываю: это выглядит как типичный случай заблаговременного ознакомления журналиста с планирующейся публикацией под мораторием - чтобы новостной ресурс мог среагировать сразу после публикации основного текста, подготовив ее заранее. Это абсолютно стандартная практика.
Заключу призывом к нормальности (он же рекламная пауза): война-войной, а обед по расписанию. Диссернет продолжает свою работу, и она требует ресурсов. Мы думали, открывать ли краудфандинг сейчас, и решили, что да - как пример хороших, духоподъемных новостей. Ужас будет продолжаться, несмотря ни на какие обстоятельства, но нам нужна ваша помощь. Спасибо.

ТрВ № 6 (300) за 2020 г.: Наука о мозге XXI века ‌

Машина времени. Научная экспертиза. На переднем крае. При пандемии нельзя игнорировать науку. Космос. Чтение «тогда» и «теперь». Книжная полка.
Весь номер газеты «Троицкий вариант — Наука» № 300 от 24 марта 2020 года в PDF
Материалы номера в HTML

https://trv-science.ru/2020/03/24/pdf300/

Научатся ли нейробиологи читать мысли и разгадают ли загадку свободы воли? ‌

Если сравнить наши знания о мозге полвека назад и сейчас, можно удивиться, как много и в то же время мало стало известно с тех пор. Очень многое стало известно и о деталях различных физиологических механизмов здорового мозга, и о том, как развиваются болезни мозга. Удалось разработать немало методов диагностики и лечения таких болезней. Но почти так же, как и 50 лет назад, мы совсем немногое можем сказать о том, какие механизмы лежат в основе внимания или памяти, и в особенности в основе логического мышления и нашего субъективного опыта — сознания…

https://trv-science.ru/2020/03/24/nauka-o-mozge-xxi-veka/

Мировой уровень океана Математика ‌

Моя исходная задача — поразмышлять о пресловутом «мировом уровне» в математике, во всех его формах, включая чудовищное его отражение в кривых зеркалах отечественной наукометрии. Начну с преподавания. Считаю аксиомой, что математик, работающий в учреждениях «мирового уровня», преподает студентам и аспирантам или по крайней мере аспирантам. Для тех, кому не очевидно, что это должно быть аксиомой, готов доказать как теорему, исходя из множества других принципов…

https://trv-science.ru/2020/03/24/mirovoj-uroven-okeana-matematika/

При пандемии нельзя игнорировать науку ‌

Михаил Фаворов, Василий Власов, Егор Воронин и Ирина Якутенко о коронавирусе.

https://trv-science.ru/2020/03/24/covid-19/

С точки зрения ученых ‌

Верный друг нашей редакции — математик Анатолий Моисеевич Вершик — к юбилейному номеру газеты подготовил мартовские тезисы об ответственности ученых за судьбу страны.

https://trv-science.ru/2020/03/24/s-tochki-zreniya-uchenyx/

Анонс: 24 марта 2020, 9.30. "Эхо Москвы" с А. Плющенко и Е. Ляховской

"Живой гвоздь" - Михаил Гельфанд.

Задать ему вопрос
https://echo.msk.ru/programs/razvorot-morning/

Егор Базыкин:

Хорошо, что прочитан первый геном вируса COVID-19, привезенного в Россию. И очень хорошо, что он не заныкан, а выложен в открытую базу GISAID. Я признателен за это коллегам из Института гриппа (WHO National Influenza Centre RF), чьи данные мы с благодарностью используем: Андрею Комиссарову, Артему Фадееву, Анне Ивановой и Дарье Даниленко. Такие данные позволяют смотреть, какому из уже прочитанных родственен новый вирус, определять направление распространения и делать эпидемиологические выводы. Ниже – результаты такого анализа для этой последовательности.

Из аннотации следует, что РНК вируса была выделена 15-го марта в Санкт-Петербурге у госпитализированной тридцатилетней женщины. Я не знаю наверняка, был ли этот случай «завозным», и если да – то откуда она приехала. Известно, впрочем, что большинство зарегистрированных случаев в России сегодня – завозные.

Мы построили дерево всех полных последовательностей из GISAID (975 штук complete high-coverage на 20:00 23.03.2020, из них 639 прошли фильтрацию по качеству) и посмотрели, куда «легла» питерская. На рисунке она обозначена красным. Оказалось, что она находится внутри большой преимущественно европейской клады, с большим числом базальных европейских последовательностей. Внутри неё она уверенно попадает в основание меньшей клады, от корня которой её отделяют две «приватные» мутации, не встречающиеся в других последовательностях этой клады. Другие две мутации отделяют от этого корня последовательность, полученную 4-го марта у 86-летней женщины во Франции, и еще по одной мутации – каждую из двух клад, включающих множество последовательностей из Европы, США и других стран.

Преобладание базальных европейских последовательностей по соседству с нашей – сильное свидетельство в пользу завоза в Россию из Европы. При этом клада, в основание которой попала питерская последовательность, довольно интересная: в нее попадают последовательности из известной «второй» вспышки близкородственных штаммов из штата Вашингтон (напр. https://twitter.com/nextstrain/status/1238808818596921344, https://twitter.com/nextstrain/status/1239206402486345728). Похоже, что группа близких европейских штаммов распространилась в нескольких очень разных направлениях (super-spreading event в аэропорту?) Очень нужно больше секвенированных штаммов, чтобы узнать детали; по мере появления дополнительных данных картина будет уточняться.

Чем больше у нас будет прочитанных генотипов, тем лучше мы будем понимать, что происходит и что делать. Я думаю, что если удастся сделать секвенирование почти таким же быстрым, как тестирование - секвенирование станет важным ресурсом эпидемиологического контроля.

Поиграть с деревом можно здесь: https://itol.embl.de/shared/gbazykin (питерская последовательность - ближе к нижней части дерева).

Это – совместная работа с Алексеем Неверовым, Геннадием Федониным и Ksenia Safina.

"Эхо Москвы": Утро с Леной Ляховской и Сашей Плющевым / Живой гвоздь - Михаил Гельфанд // 24.03.20, 9.35-10.00. https://youtu.be/803sWO1ctq0

ВАК в темпоральном капкане ‌

В 2017 году Диссернет направил заявление о лишении ученой степени (ЗоЛУС) эксперта Рособрнадзора Юлии Аношиной. В нем указывалось как Юлия Аношина использовала в своей диссертации 2011 года без ссылок более ста страниц из диссертаций трех авторов: Ларисы Редькиной, Алевтины Гнеушевой, Наталии Астаховой. После этого решение рассматривается в Экспертном совете ВАК, а далее — в Президиуме ВАК. Невероятное с работой Аношиной начинает происходить уже на первой стадии…

https://trv-science.ru/2020/03/24/vak-v-temporalnom-kapkane/

С 300-м номером! ‌

Дмитрий Зимин и Владимир Сурдин поздравляют «Троицкий вариант» с выходом 300 номера.

https://trv-science.ru/2020/03/24/s-300-m-nomerom/

Чувство вновь обретенной свободы ‌

В начале 1990 года я получил предложение подать заявку на участие в третьем Японско-американском семинаре Японской ассоциации математических наук (JAMS). В тот год, наряду с несколькими десятками американцев и японцев, впервые пригласили троих молодых людей и одну девушку из (тогда еще) СССР. Для отбора в число участников соорганизаторы семинара из Массачусетского технологического института попросили прислать им наряду с CV эссе на произвольную тему…

https://trv-science.ru/2020/03/24/chuvstvo-vnov-obretennoj-svobody/

Наверное, каждый день есть повод вспомнить проект Диссернет - плотность высокопоставленных прощелыг с купленными или списанными диссертациями весьма высока . Сегодня такой повод, кстати, тоже имеется.
Но я не об этом, а о том, что сейчас всем трудновато, а проектам, которые работают на пожертвования сторонников - особенно. Причем, не только работают, но и развиваются.

Так что самое время поддержать Диссернет трудовой копейкой.

Неистовый профессор ‌

Как вы представляете себе гения? Как засушенного ученого, листающего при свете настольной лампы пыльный фолиант? Или как Паганеля, рассеянного чудака, постоянно путающегося в бытовых вопросах? Так вот, предлагаю вам третий вариант, знакомьтесь: Андрей Ростовцев. Знаток элитных вин и любитель женщин, ни капли не засушенный, блестящий собеседник, неутомимый путешественник по самым экзотическим уголкам земного шара, борец с несправедливостью во всех ее проявлениях. И при всем том успешный ученый…

https://trv-science.ru/2020/03/24/neistovyj-professor/