«Гепард — это животное, которое охотится ночью. Но не только». Вот сто тыщ лет назад прочитала эту фразу (и возможно там даже был не гепард), с тех пор и жалею, что источник не записала (и найти не могу). А это самый идеальный эпиграф ко всей науке биологии ж, блин. Лучше не придумаешь.

Но сегодня я весь день (опять) матерюсь и кручу в голове эту цитату в контексте человеческой ту… неспособности договориться о стандартах. Так скажем. Чтоб вежливо. Короче, дальше маленький, наверное, очень узкоспециализированный, злой текст. На популярность не надеюсь, но высказаться хочу 😂 Ибо ЗАДОЛБАЛАСЬ. Про «настоящую биоинформатику» пост.

Когда-то на заре времен, когда каждый выпускник чего-нибудь технического считал чуть ли не своим долгом написать собственный язык программирования (разумеется с блэкджеком и ш… шашечками), была полная неразбериха с тем, от чего начинать отсчет. Одни первые программисты с пеной у рта кричали, что список должен выглядеть как 1, 2, 3…, другие обнажали шашки и готовы были жизнь положить, но убедить всех, что надо 0, 1, 2. Ну вы поняли. Война длилась не очень долго и окончилась почти полной победой второго лагеря. Поэтому почти все НОРМАЛЬНЫЕ языки программирования (сейчас на меня нападает лагерь аRистов, и я уползаю под стол, но не сдаюсь в своем наглом заявлении) сегодня начинаются с 0.

Почему победу одержали именно «нулевики» истории доподлинно неизвестно (хотя теорий в интернетах вы найдете кучу). Но так или иначе, мы живем в мире, где один программист на языке Х может взять код другого программиста, написанный на языке Y, и переписать его безболезненно, не заморачиваясь на пересчет всех операций с массивами и неравенствами. Для того и нужна стандартизация — делать жизнь легче, проще, веселее.

Но наступил новый день творения мира, и из ребра программиста был создан биоинформатик.

Точнее так: по задумке лепить биоинформатика надо было из ребра программиста. Но под рукой оказался только биолог. И вот стаи свежесотворенных биолого-информатиков облепили древо познания языков программирования, понадгрызали на нем все яблоки, что смогли достать, и ка-ак начали писать свои программы для своей биологии… Так что когда на фабрике все же опомнились и начали штамповать биоинформатиков по ГОСТу — из ребер программистов, разгребать этим новым ребятам пришлось уже по-олный безумия зоопарк. Но многие биоинформатические программы и созданные с их помощью уже тогда гигантские базы данных настолько вошли в употребление и где-то даже стали стандартами, что поддерживать это оказалось намного проще, чем переписать все заново и как надо.

Так и живем мы теперь в 21 веке с все более огромными базами данных всякой генетики-биологии, каждая из которых начинается по-разному.🙈 Но ведь и этого мало! Чаще всего в документации к этим базам никто не потрудился указать, с 0 или 1 начинается в ней отсчет. Ведь «все итак знают, как правильно!». А теперь учтем, что для любого исследования между собой надо соединять данные из этой вот кучи разных файлов и баз. Но ты никогда заранее не уверен, что мутация на хромосоме 1 в позиции 45457 из одной базы это та же самая мутация, что и на позиции 45457 в другой базе. И так по десяткам миллиардов строчек…

Пятиминутка нытья, страданий и дискриминации окончена. Пойду дальше соединять свои базы и плакать.🤪
(Дорогие биологи и биолого-биоинформатики, я вас все равно очень люблю. Даже если вы пишете на R. Но последнее не точно 😜)

А вот еще небольшое объявление для тех, кто ищет сейчас жилье в Ереване. Знакомые ребята ищут соседей на второую половину дома. Новый ремонт, пет-френдли (у самих ребят пара небольших песов и пара кошек). За подробностями и фото, если вам оно актуально, пишите мне
@thornni

Круто, что вам оказалось это интересно. Значит, скоро приду тут плакаться и материться о том, как я заколебалась из-за разных названий хромосом в датасетах 🤪

Но за книжками то я вчера зашла случайно. Попросили подождать в клинике, когда пришла навестить Бурундука. Ну вот и подождала на свою голову😂, все в одном дворе по сути. А у Бурундука все хорошо. Бочок трогать не дает совсем (где шов стерилки), но выглядит все хорошо и сухо. Рана на шее тоже сухая, лечение подкорректировали. В общем, все идет хорошо. Завтра вечером временно переселяется ко мне в квартиру, арендует Булочкин бокс 😎. Сегодня снова ее навещу.

Еще раз всем огромное спасибо за помощь! Денег сейчас достаточно и даже чуть с запасом💚 У нее будет все, что ей нужно. И впереди только хорошее.

К нам едет Илья Колмановский! Да, снова! И да, я снова хочу сходить. Кто со мной, Ереван?:)

В конце дам ссылку на все лекции Ильи в его большом туре по городам и странам. А ниже три, на которые я сама хочу сходить и ищу себе хорошую компанию 😁 Кто со мной?

(это не все лекции в Ереване, смотрите на сайте сами. Это те, куда хочу сходить я)

1. Самая дружелюбная обезьяна. Кто нас одомашнил и зачем - 10 марта | 20:00–21:30

Как человек стал самым дружелюбным и самым жестоким существом на планете? Почему мы похожи на чернобурых лисиц? Что собаки рассказывают нам о происхождении цивилизации? И кто нас одомашнил?
‌
‌А также: как пропаганда нажимает на самые древние кнопки у нас в мозге и причем тут хоровое пение?

2. Стволовые клетки, смерть и бессмертие - 11 марта | 19:00–20:30
В последние годы сразу несколько областей биологии развиваются со взрывообразной скоростью.

Ученые научились перепрограммировать клетки взрослых организмов, возвращать их в эмбриональное состояние и делать органы на запчасти.

Как эти открытия коренным образом влияют на нашу жизнь, наши отношения и даже мораль?
‌
‌‌‌Об этом, а также о других важных открытиях в теме продления жизни поговорим на новой лекции.

3. Эра новой генетики. Человек 2.0 - 12 марта | 19:00–20:30

Китайский ученый Хи Джанкуй впервые отредактировал ДНК трех зародышей человека. Этим девочкам уже 4 года, а сам он только что вышел из тюрьмы.
‌
‌Как биологи будут создавать новую породу людей, почему в Германии запрещено выбирать пол ребенка, и когда наступит эра новой евгеники.


Определиться и купить билеты выгоднее до 1 марта (и сильно я бы не тянула, зал в прошлый раз был полный). Так что пишите кто со мной и куда:)

Еще лекций в Ереване, Берлине, Амстердаме, Вене, Праге можно найти вот тут.

Привет всем от Бурундука:) Вчера забрала ее из клиники и временно она живет у нас — в боксе нашей Булки. Он точно больше клетки в клинике. А еще наконец-то ее лапки больше не страдают — на улице она жила под стеклом на решетке вентиляции; в клинике от решетки клетки лапки отделяла только пеленка. Теперь у нее мягкий пол-пеленочка на твердом полу бокса.

Вчера сделали тесты на коронавирус и чумку — отрицательно. В понедельник по совету @dr_lady_evil сделаем еще на лейкоз и ВИК.

Малышка просто невероятно ласковая и ручная — лезет на коленки и на ручки при первой возможности. Мои Куся и Булка в шоке караулят чужачку под дверью 🙈 Куся вчера охраняла закрытую дверь до самой ночи. Сегодня при свете начнем делать хорошие фото и выставлять для поисков дома.

В комментариях выложу кучу видео про нее и ее быт сейчас. Спасибо всем огромное еще раз за помощь 💚💚💚

Ребята, привет! Готовы шикарные фото нашей маленькой гостьи от @blackbird1212

Помогите, пожалуйста, распространить объявление о поиске для нее дома 🙏