23andME выкатил апдейт и перевернул все с ног на голову!

Уже получили свои новые результаты? Если вы были в таком же шоке как я, то ждем вас на этом стриме.

Вместе с молекулярным биологом и генеалогом-любителем Екой Грачевой обсудим все новое и интересное про современное положение пользовательских генетических тестов и их способностей помочь нам понять, кто мы и откуда пришли.

На этом онлайн стриме Аня и Ека обещают обсудить:
1. Почему 23andme обанкротились, но не исчезли. И что происходит с ними сейчас. Обязательно обсудим последний шокирующий, но кажется не очень полезный апдейт предсказаний происхождения.

2. Конкуренты 23andme — Heritage и Ultima genomics тоже жгут. Неужели мы больше не хозяева своих же генетических данных? Да, но...

3. Можно ли использовать такие тесты для получения информации о своем здоровье?

3. В России стали доступны описи архивов. Как этим воспользоваться и что можно узнать о своих предках теперь.

5. А что российские сервисы пользовательских гентестов? Выбор не велик. Да, а что там опять с Генотеком?

Поговорим как всегда во всех деталях, профессиональных и популярных. Ждем вас и гарантируем, что будет полезно.

Ведущие:
Аня Иванова — биоинформатик и коммерческий медицинский Data Scientist
Ека Грачева — молекулярный биолог, phd. Тележка Еки: https://t.iss.one/vnizgolovoi

Дата:
9 ноября 2025 — 21:00 по Еревану / 20:00 по Мск / 09:00 по Сан Диего.
Смотрите на канале https://www.youtube.com/@GitaZone

Во время эфира можно будет задонатить организаторам (https://gitazone.org), так как с ваших донатов содержится проект Котопровод — спасаем и стерилизуем бездомных животных с улиц Еревана — https://kotoprovod.gitazone.org/ru/

Бактериофаги: будущее для мира без антибиотиков?

Текст для любителей множества букв ниже. А для любителей слушать, как я этот текст рассказываю словами — ссылочка тут: https://youtu.be/C485ESp5SQM

——————

Что станет с миром, когда антибиотики перестанут в нем работать? Простая плановая операция или удаление зуба из безопасной процедуры вновь станут опасными для жизни пациента. Как это было всего один век назад. Всего за несколько десятилетий бактерии выработали устойчивость почти ко всем антибиотикам, которые мы еле успеваем открывать, искать, изобретать и адаптировать. Это гонка между бактериями и учеными. И мы ее проигрываем.
Мир без антибиотиков будет страшен. Или мы все-таки найдем спасительный выход.

Для этого видео Аня и Макс (авторы GitaZone) побывали в удивительном месте.
Один из параллельных антибиотикам методов борьбы с бактериями еще сто лет назад начали придумывать в Тбилиси. В 1923 году был создан центр исследований фагов и фаговой терапии. Теперь это Институт Элиава. Назван в честь его основателя. Грузинского врача и исследователя профессора Георгия Элиавы.

Так что такое фаги и правда ли у них есть шансы сменить на посту защиты человечества привычные нам антибиотики? Фаги это вирусы. Совсем-совсем крошечные. Нам они не страшны, не мы для них объекты для создания копий самих себя и покорения мира. Фагам интересны — бактерии.
Устроен фаг совсем просто, в целом как обычный вирус — у него есть белковая оболочка (капсид), внутри которой лежит ниточка ДНК (или сильно реже ниточка РНК). Эта ниточка настолько коротенькая, то есть геном типичного бактериофага настолько маленький, что именно бактериофаг стал первым объектом в истории, ДНК которого ученые смогли прочитать на впервые изобретенном устройстве для чтения ДНК — секвенаторе. Так в 1977 году геном бактериофага Phi X 174, страшного врага бактерии Escherichia coli, стал первым в мире прочитанным и записанным учеными геномом. Вот какой он маленький. После этого ученым понадобилась еще целая четверть века, чтобы дорасти до прочтения первого человеческого генома.

Помимо капсида и информационной молекулы внутри него, у бактериофага есть белковый хвостик. Действует этот хвостик как игла у шприца. Бактериофаг приближается к бактерии, прокалывает своей «иглой» ее оболочку и как из шприца впрыскивает внутрь бактерии свой генетический материал. У бактерии внутри есть все необходимое, чтобы генетическую информацию считать и преобразовать в строящиеся новые белки. Так что фаг как диверсант подбрасывает ей свой геном и заставляет по нему строить новые фаги. Когда бактерия заканчивает свою работу по производству новых копий фага, чаще всего ее стенки разрушаются и множество новых фагов вылетают из нее наружу. Каждый из них «постарается» найти себе новую подходящую бактерию, чтобы проделать с ней тот же самый фокус: приблизиться, проколоть оболочку, впрыснуть генетический материал, использовать ее механизмы и создать множество копий самих себя.

Враг моего врага — мой друг. Гласит старая мудрость. Так рассудили и исследователи. Если нам надо бороться с вредоносными для нас бактериями, будь то в медицине или в сельском хозяйстве или в пищевой промышленности, почему бы не заставить фагов делать эту работу за нас? Долгое время у человечества были другие надежные инструменты — антибиотики. И теме фагов уделялось совсем мало внимания в мире науки. Так еще до 2001 года публиковалось не более 100 научных работ в год, которые были посвящены потенциальному использованию фагов в терапии. В 2025 году их уже вышло больше 1000. Институт Элиава одно из тех мест, где интерес к ним не терялся. А прошел через все тяжелые для этого региона времена.

Так заменят ли однажды бактериофаги современные антибиотики? Или это все наука на бумаге, которой не выйти за двери лабораторий и клеточных культур?
Поставить бактериофагов на службу медицине ученые пытались много десятилетий. Но задача это совсем не простая.

В первую очередь фаг нужно буквально создать под конкретный штамм бактерии. Если антибиотик против микоплазмы условно подействует против всех штаммов микоплазмы, то бактериофаг нужно подбирать индивидуально под каждый конкретный ее штамм. В условиях постоянных и быстрых мутаций у бактерий, создавать такие фаги придется очень быстро и постоянно в них что-то менять, настраивая фаги на мутировавшие штаммы.

Я говрила, что у каждого фага есть белковый хвостик, которым он цепляется к стенке бактерии и впрыскивает через него как через иглу свой диверсантский генетический материал. Так вот такой хвостик может присоединиться к рецепторам на поверхности бактерии, только в случае, если они идеально подходят друг другу. Состыковаться они должны также хорошо и точно, как установка для запуска космической ракеты и устанавливаемый на ней ракета носитель. А нельзя, скажем, со стартовой площадки для Энергии запустить Falcon 9. Хотя то и другое выводит на орбиту космические корабли и конструктивно не драматически отличны, этих отличий достаточно, чтобы запуск не с той площадки обернулся катастрофой.

В общем, бактерии в моей аналогии это стартовые площадки, а фаги — ракета носители. Стыковка нужна очень точная, ну вы поняли. И вот подпиливать фаг под мутировавшие рецепторы бактерии не сильно проще, чем подпиливать Энергию под диаметр Falcon 9.
Поэтому фаги сегодня считаются последней линией возможной терапии для пациентов, зараженных антибиотикорезистентными штаммами. А еще терапией очень индивидуальной. Ученым надо прочитать геном такого штамма, найти из имеющихся в наличии ученых фагов максимально подходящий, а потом дооттачивать его геном под рецепторы именно данного штамма.

Какие методы здесь для ученых доступны? В первую очередь традиционные. Это поиск в природе. Хорошая новость: разнообразие бактериофагов в мире даже выше, чем разнообразие бактерий. Так что ученые отправляются в экспедиции по всему миру, лезут под воду и в жерла вулканов, в пещеры и под слои вечной мерзлоты, под пески пустыни и на горные вершины, в канализационные стоки и канавы, открывают новые виды и подвиды животных, чтобы отовсюду принести образцы новых бактерий, а с ними и их врагов — бактериофагов. Потом такой дикий вариант фага подвергают селекции. Высевают в лаборатории на чашках бактерии, заражают их фагами, смотрят, что получилось, снова сеют, снова заражают, снова изучают результат… И так пока не подберут такой фаг, который эффективно заражает целевой бактериальный штамм.

Все собранные дикие и модифицированные образцы фагов сохраняют в коллекциях, специальных библиотеках. И одна из крупнейших таких коллекций в мире на видео за моей спиной. Именно тут, в Институте бактериофагов, микробиологии и вирусологии им. Георгия Элиавы хранится более 1000 фагов, активных против бактериальных патогенов человека, растений и животных. А еще в коллекции более 12 000 различных представителей бактерий, выделенных из различных географических регионов Грузии, а также из разных стран мира.

Насколько часто сегодня применяется такая терапия? И насколько она эффективна? В обзоре 59 исследований фаговой терапии, опубликованных в период с 2000 по 2020 год изучалась эффективность фаговой терапии при лечении инфекций с множественной лекарственной устойчивостью у пациентов, которым уже не помогли известные антибиотики. Результаты такие: почти у 79% из 1904 пациентов, получавших фаговую терапию, наблюдалось клиническое улучшение. Почти у 87% пациентов этих пациентов патоген в результатах анализов больше не обнаруживался.
В 2025 году группа ученых из США использовала терапию фагами для 9 пациентов с муковисцидозом. Это заболевание часто осложняется рецидивирующими легочными инфекциями, вызываемыми Синегно́йной па́лочкой (Pseudomonas aeruginosa). Поскольку у каждого из пациентов таких рецидивов было уже множество, антибиотики действовать для них перестали. Терапия фагами поэтому называется сострадательной терапией. Когда все, что могло работать уже попробовали, а оно не помогло. Пациенты получили свои фаги через небулайзер. В результате уже через 5 дней у некоторых снизилось количество псевдомонад в мокроте. Примерно через месяц стало понятно, что терапия работает — снизилось не только количество патогена, но у оставшихся бактерий снизилась устойчивость к антибиотикам. То есть снова можно было попробовать традиционную терапию. В этом исследовании по самой его природе не могло быть контрольной группы. Ведь это уже терапия последней линии, сострадательная. То есть совсем честно мы не можем сказать, действительно ли сработали фаги.
В общем, нам все еще надо много больше исследований, но перспективы выглядят заманчиво.

У терапии фагами есть и преимущества перед антибиотиками. Из-за их высокой специфичности, они воюют только против своей целевой бактерии и никак не вредят тем бактериям, которые живут в нас в норме. Которые формируют наш собственный микробиом, а нарушения в нем могут быть для нас опасны.

Стоит добавить, что фаги не используют по отдельности. Обычно из них собирают такой коктейль. И этим коктейлем из фагов уже и действуют на бактерию. Это позволяет повысить эффективность терапии.

Давайте итог: у терапии фагами много перспектив и много сложностей. И скорость разработки и подбора новых фагов одна из таких сложностей. Но вот тут новые прорывы связаны с шагом технологий за последние буквально несколько лет. Это и большая точность и доступность генетического редактирования, и конечно же искусственный интеллект. ИИ позволяет прогнозировать последовательности для геномов бактериофагов, которые будут наиболее эффективны против конкретных бактерий. За этим просто огромные перспективы. Так что я запасаюсь попкорном и слежу за новостями в этой области. И вы присоединяйтесь.


Некоторые источники:
J Clin Invest. 2025;135(5):e187996. https://doi.org/10.1172/JCI187996
Front. Microbiol., 19 May 2025 Sec. Phage Biology. Volume 16 - 2025 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1594533
https://eliava-institute.org/en
Chan, B.K., Stanley, G.L., Kortright, K.E. et al. Personalized inhaled bacteriophage therapy for treatment of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis. Nat Med 31, 1494–1501 (2025). https://doi.org/10.1038/s41591-025-03678-8

Уже через 2 часа начнем наш стрим! Постараемся дублировать стрим в Тг, но все-таки советуем смотреть из ютуба. Ждем вас! И вопросы обязательно задавайте. Думаю, может, на нем книжку разыграть?

Стрим будет на ютубе вот тут

Пришли новые книжки. Как известно, читать книги и покупать книги — совершенно разные хобби😅 И все-таки надеюсь дочитать те (одновременно три), что читаю сейчас:

📕 «Она смеется как мать» Циммера. На русском, местами идет тяжело. Мне кажется, перевод ее сделал тяжеловесным (оригинал нашла только в аудио. Так что когда устаю от русского глазами, включаю Английский ушами). Биологический научпоп. В целом очень хороший, но через первые страниц 100 было очень сложно продраться. Если их выдержите, дальше там сочнее.

📗 «Шоу должно продолжаться», биография Фредди Меркьюри, перевод куплен и выполнен ублюдской бомборой. Книга начинается на базе кучи научных источников о начале эпидемии ВИЧ в мире (прямо очень интересно), закручивается на хорошей историческо-геополитической справке и дает очень классный контекст жизни Меркьюри. Минусы: название. В оригинале книга называется «Somebody to love». Но какой-то идиот в издательстве бомбора решил переименовать в «Show must go on», что полностью искажает смысл книги внутри. Сверху добавляем совершенно точный перевод, которого не касалась рука литературного редактора (переводчику зачет, я нашла оригинальный текст и удивилась точности). Но как объяснить бомборе, что после перевода должна быть литературная редактура? Что без нее текст кастрированная калька с красивого в оригинале текста? К сожалению, найти полную книгу на английском не смогла, давлюсь и читаю на русском (так как содержание интересное). Рассчитываю дочитать и избавиться от книги, а на полку докупить как-нибудь нормальный оригинал. Хотите прочесть, не берите этот вариант. Бомбора как всегда сэкономила на всем, чем могла и не могла.

📘 Life as we made it. Beth Shapiro (недавно она вышла и на русском под названием «Жизнь, которую мы создали». Издательства Corpus, так что можно надеяться на нормальный перевод. Но я не проверяла). Я фанатка Бет Шапиро. Она моя заочная любовь, ролевая модель ученой, популяризатора, просветительницы. Ее первая книга «Наука воскрешения видов» стала моим компасом в мире науки — я с головой (во все оставшееся от рабочей работы время) ушла в биоинформатику древней ДНК. Окончательно втрескалась в биологию мамонтов. Так что если не читали, начните с нее. А потом вот эту, новую.

—-

Бью себя по рукам, чтобы новую стопку книг трогать только как дочитаю хоть что-то из этих трех.🙈 А вам пока ее хоть показать?

Кстати, как у вас с чтением? Мне последние годы тяжело дается сам процесс 😞

Публиковать или не публиковать статью, если результат отрицательный?

К сожалению, в научном сообществе по-прежнему не принято публиковать отрицательные результаты. Журналы менее охотно принимают такие статьи, исследователи думают, что это портит их рабочую репутацию. Плюс всем кажется, что можно было сделать что-то еще, что-то не так и так далее. Я очень рада, что уперлась рогами и настояла, что публиковать надо. Пусть хоть без заморочек с "настоящими журналами", но как минимум для доступа любых ученых в мире.

Если теперь кто-то еще захочет проверить гипотезу, можно ли предсказывать возраст палеонтологических/археологических останков, имея только выделенную ДНК, он сможет изучить результаты трех лет нашей работы и не наступать на наши грабли.

Наш отрицательный результат не говорит, что предсказывать так нельзя. Он говорит лишь "мы пробовали так и так, проверили это и это, и оно не дает достоверных результатов". А еще дает будущим исследователям идеи, что можно попробовать сделать иначе, чтобы наше "нет" превратить в "да". (Но потому что биофизические основы для гипотезы правда есть и они неплохие).

Я надеюсь в ближайшее время сделать о нашей работе несколько видео роликов, популярно рассказывая, что именно мы делали. Но будут они на английском (опытным путем, эти темы интереснее англоязычной аудитории и игнорируются русскоязычной).

А если вам любопытно, то со всеми результатами можно ознакомиться здесь: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.11.09.687346v1.full

Ну и на самом деле можете поздравить меня с точкой в работе, которой мы отдали 3 года.

записали подробное видео про эту публикацию и проблемы современной науки. И рассказала, как отстояла когда-то защищать свою магистерскую диссертацию тоже с отрицательными результатами.

Как всегда будем очень рады вашей поддержки в YouTube. Мы все еще очень надеемся его раскрутить до того, чтобы что-то капало на счет наших котиков Котопровода.

Новое видео на нашем канале о ПЦР — технологии, которая изменила диагностику, криминалистику и работу с ДНК

✨ История, в которой есть всё: горячие источники, Нобелевская премия, хардкорная биология… и даже светящийся говорящий енот.
Сегодня я расскажу, как появилась технология ПЦР — метод, на котором стоит современная наука, диагностика, криминалистика и даже работа с древней ДНК.

Это одна из самых безумных и важных историй в молекулярной биологии. А чтобы ее снять, мы в GitaZone отправились к горячим источникам Джермука.

Поддерживая наши видео, вы помогаете нашему проекту @Kotoprovod_am, где мы лечим, стерилизуем и ищем дома для животных с улиц Еревана. Помочь нам напрямую можно вот тут.

Очень напоминаю и очень жду вас на стриме сегодня вечером!

https://www.youtube.com/live/Da51KW74OsU?si=eKm1MH4GQtuU0BAL

Начнем стрим через 10 минут!! Если в вашей локации ютуб не работает, стрим будет дублироваться на нашем сайте https://gitazone.org/live/ и в телеграмм. Задавать вопросы во время стрима можно в этом посте или под трансляцией в ютуб

Ссылка на донаты для Котопровода: https://www.donationalerts.com/r/kotoprovod