Lab Mouse
2.14K subscribers
776 photos
251 videos
6 files
365 links
Генетика 🧬 Биоинформатика 💻 Data Science
Лекции: https://gitazone.org/
Инста: https://www.instagram.com/lab.mouse
TikTok: https://www.tiktok.com/@labmousetalks
YouTube: https://www.youtube.com/@GitaZone
Download Telegram
Что будет, если доверить вам заботу о цветке в горшке? Или вот, задачка со звездочкой: согласитесь присмотреть за оставленными на время отпуска ваших друзей на ваше полное попечение парочкой мандариновых деревьев и горшков с орхидеями? Что ждет ваших друзей по возвращении: густые листья и новые побеги или чахлые корешки в редких пожелтевших листьях?

Вот тут минутка НЕскромности😎, я из тех счастливчиков с “легкой рукой”, у которых щедрыми джунглями прорастает любая сухая ветка (должны же и у меня быть бытовые достоинства, а не только диплом домашнего рукожопа года!😜) Спишем это на везение и нерепрезентативность выборки.

Но вот если дело идет о больших объемах посадок, я в соревнованиях участвовать не взялась бы. А вот мои коллеги — да.
То есть коллеги-датасайентисты, разумеется:)

А дело было так: в Китае устроили соревнования по выращиванию клубники. С одной стороны за победу сражались традиционные фермеры с традиционными методами заботы о растениях. С другой — несколько команд специалистов по искусственному интеллекту и их технические гаджеты. Полем боя стали парники, а задачей — самый лучший урожай клубники.

Команды агрономов пользовалась проверенными традиционными подходами и своим опытом.
Команды технарей — многочисленными датчиками полива, концентрации полезных веществ в почве и воздухе, влажности, температуры, освещенности… Все управление осуществлялось дистанционно, при помощи технологий Интернета Вещей. Каждая из техно-команд создала и натренировала собственный алгоритм, который и передавал указания автоматическим системам в теплицах, основываясь на собранных данных.

Как итог, в среднем техно-участники получили почти в 2 раза больше урожая (на 196% больше по весу), чем их конкуренты-традиционщики. Но вы же понимаете, что это я вам не просто интересную новость пришла пересказать😉

Мне кажется, люди очень мало задумываются о том, ЧТО на самом деле уже могут технологии. Какое количество отраслей и областей нашей жизни может быть пересмотрено, благодаря более широкому внедрению в бытовую реальность технологий искусственного интеллекта. Например, на днях мне попался интереснейший подкаст про невольный «расизм» медицинских подходов (это достойно отдельного поста). Строительство, агрокультура, медицина, разработка препаратов, производство… Сколько все это способно, нет, не лишить людей рабочих мест, а дать свободу рождению новых профессий, которые сейчас может быть сложно даже вообразить. Но все это не было бы возможно еще 50 лет назад. И дело не в малых мощностях компьютеров того времени, а в объеме накопленных данных. Данных, без которых невозможно было бы получить все то, что мы делаем даже хотя бы сегодня.

Данные — новое золото. Новая нефть. Новый уголь. И вот тут очень грустный вывод, о том, на что стоит делать ставки миру, не ковыляющему на костылях идейной традиционности.
40🔥8👍3
Подкаст про невольный расизм в медицине, для тех, кто слушает на английском и не хочет ждать пока я разрожусь постом.

https://podcasts.apple.com/am/podcast/nature-podcast/id81934659?i=1000584259749
👍17🔥1
Автор @kolm_zemlekop Илья Колмановский скоро с лекциями в Ереване!! Я уже с билетом:) Кто со мной 12 ноября?😉

Там, кстати, есть и ещё одна лекция для взрослых и лекции для детей. Надо выбрать на сайте. Но я иду вот сюда 👇
Любовь и человек глазами зоолога
🔥113
Горюшко. Не луковое, а очень даже меховое. Сейчас расскажу ее историю и точно поймёте, откуда такое имя.

В начале лета мы с Сашей шли по улице и услышали громкий котячий плач из ниоткуда. Начали искать источник. Источником оказался ма-аленький чёрный комочек с глазами, сверкающими из щели.

Щель вела под плиты тротуара, к подвальному окошку. Достать — без шансов. Вызвали МЧС. Ребята приехали, но все попытки поймать испуганный комочек тьмы щипцами ничем не закончились. К попыткам вызволить котёнка из плена присоединилась наша подруга Катя. По очереди несколько суток пытались сделать хоть что-то. В конце концов в каком-то порыве уже отчаяния Катя вместе с прохожим просто ВЫДРАЛИ плиты тротуара, залезли туда и извлекли голодное, плачущее, чумазое и перепуганное чудо. Чуду было от силы месяц-два.

Доставили в (тогда ещё наш) безопасный двор, где Катя присматривает за котами — лечит, кормит, стерилизует. Несколько дней прошли спокойно, затем двор огласил уже знакомый жалобный мяв. Откуда-то сверху 🙈

На уши встал весь двор — жители пытались звать МЧС и забираться на дерево, «успех» был только в том, что котёнок забирался в панике только выше. На счастье во дворе работала по своим делам автовышка и водитель согласился нам помочь — котёнка успешно сняли с дерева и передали нам. Как выяснилось, ещё лишь на сутки…🙈

Утром следующего дня двор встретил Катю мявом из нового место — за ночь чудовище залезло на крышу сарая и не могло найти дороги обратно 🤦‍♀️ Пришлось ей карабкаться за ним…

Так вы теперь понимаете происхождение имени Горюшко😂 А вот Катя, кстати, зовёт ее Чужачкой — принесла ее, чужую, к дворовым кото-аборигенам.

Все это время Горюшко-Чужачка росла, красивела, пушистилась и избегала больших приключений. Девчонка оказалась очень ручная и ласковая. Но как корабль назовёте…

В начале недели Чужачка не вышла привычно на Катин голос. Появилась она лишь на второй день, с порванным боком😞 Отправилась знакомиться с большим миром за границами двора и повстречалась с собаками. Оставлять на улице ее было уже нельзя. Сейчас рана под контролем врачей, малышка живет в ванной у Кати. Но долго так не получится😞

Мы вынуждены искать этой шиложопой искательнице приключений надёжных любящих хозяев и безопасный дом. Пожалуйста, помогите нам в этих поисках. Очень нужен ваш репост, а ещё лучше личный рассказ о малышке всем вашим друзьям и знакомым.

Ереван и окрестности. Можем привезти в другие города Армении. Наверное, даже сможем найти варианты отправки в другую страну. Помогите малышке, пожалуйста 💚
33
Мышка Мороз снова в деле!

Привет! 🙃 Ноябрь на пороге, нехватка хороших новостей и новогоднего настроения в крови. А это значит, что пора вновь запускать Тайного Открыточного Санту!
Мы уже играли здесь в прошлом году, так что с учётом вашего фидбека публикую немного изменённые правила. В первую очередь хочу, чтобы на этот раз минимум одна открытка дошла до каждого, независимо от капризов почты и форс мажоров у кого-то из отправителей 📮

🎅 Тайный Открыточный Санта от Мышки — это обмен ламповыми бумажными новогодними открытками с тёплыми пожеланиями между читателями. Мой специальный 🎄 алгоритм случайным образом формирует пары отправителя и получателя, а затем отправляет вам на электронную почту адрес и описание увлечений вашего адресата. Как все будет:

1️⃣ С сегодняшнего вечера и всю следующую неделю в сторис будет работать ссылка на анкету, где нужно заполнить ваш почтовый адрес, адрес электронной почты и немного про ваши увлечения и интересы. Это поле позволит вашему Санте подобрать открытку и нужные слова поздравлений.
2️⃣ В следующий четверг, 17 ноября, я закрою анкету (все оставленные вами личные данные после игры я удаляю. Не волнуйтесь за их конфиденциальность) и запущу Мышкин Алгоритм. После чего участникам начнут приходить на электронную почту письма с адресами и описанием вашИХ получателЕЙ!
3️⃣💡 Именно тут главное изменение правил: в этот раз я предлагаю каждому отправить ДВЕ открытки двум разным людям. Так мы повысим шансы получить минимум одну открытку для каждого, а не остаться совсем без сюрприза.
4️⃣ Открытки надо отправить до конца 2022 года.
❗️Если у вас форс-мажор и понимаете, что никак не сможете отправить свои открытки, сразу напишите мне.
‼️ Участвуют все! Из всех уголков шарика 🌍 (за углы у шарика я так и вижу красную двойку в журнале от нашей математички 😂) Да, сейчас не все сообщение между странами работает как надо. Если ваш адресат оказался в стране, куда именно от вас сейчас не ходит почта, сразу напишите мне. Найдём решение.

Вот и все правила:) Ну как, вы в деле?😉
И да пребудет с нами дух предвкушения праздника!💚
🔥31
Ссылка на анкету для Тайного Открыточного Санты: (анкета закрыта)
👍15
Расширяем географию!

Или больше лекций богу лекций😈 Вторая половина ноября будет активной. Планирую провести как минимум три лекции в двух городах Армении. Как всегда — у меня не бывает двух одинаковых. Я без остановки перекраиваю и дополняю свои старые лекции. Но на этот раз будет и одна принципиально новая (читать ее волнительно и немного страшно. Нужна ваша поддержка).

Подробности и описание на слайдах, а короткая выжимка тут:
🔸Генетика пола и полового поведения. 16 ноября / 19:30 / Ереван, ул. Спендиарян 5, бар Mama Jan
🔸Животные в науке и медицине. 20 ноября / 14:00 / Дилижан, ул. Максима Горького 15/2 (Туристский информационный центр). Вместе с неврологом @runeurology украдем у вас несколько часов, но вы об этом не пожалеете 😉
🔸Секреты древней ДНК: от Парка Юрского периода, до раскрытия древних эпидемий. 27 ноября / время уточняется, но вечер / Ереван, бар Релокантъ @relokant, ул. Ханджяна, 7

Очень вас жду!💚
🔥21👍2
🔥11👍1
Несу полезного для вас, коллеги. Евгений очень классный лектор, очень советую.
Кто расскажет про RNA-seq?

Евгений Герасимов больше 8 лет занимается анализом данных в биологии и специализируется на сравнительной геномике. Закончив биофак МГУ и защитив кандидатскую, он стал заниматься биоинформатикой и сейчас является старшим научным сотрудником лаборатории геномики простейших кафедры молекулярной биологии биофака МГУ.

А ещё Евгений регулярно преподает на курсах Бластим и проведет два первых занятия на программе «Анализ данных RNA-seq». Рассказываем, о чем они будут.

16 ноября в 19:00.
Вводная лекция про технологии секвенирования РНК с платформ Illumina и Oxford Nanopore. Обсудим источники данных и рассмотрим этапы планирования эксперимента по транскриптомике. После занятия вы:

— разберетесь со специфическими терминами — парноконцевые чтения, плотность кластера, fastq, индекс и т.д.;
— узнаете особенности технологии Illumina «Секвенирование путем синтеза» (SBS);
— будете знать о нюансах планирования эксперимента по секвенированию.

23 ноября в 19:00.
На этом занятии вы научитесь использовать Hisat2 и STAR для выравнивания сырых ридов на референсный транскриптом. Обсудим суть этих программ и как они соотносятся с другими методами выравнивания. По итогу вы научитесь:

— картировать данные;
— изучать референсный транскриптом из Ensembl;
— использовать Hisat2 для создания индекса к рефернсу;
— использовать STAR, чтобы сопоставить сырые риды с этим индексом;
— считать покрытие на генах и оценивать корреляцию между репликами.

Записаться на курс можно по ссылке

Посмотреть вебинар по введению в анализ NGS-данных с участием Евгения можно на нашем ютуб-канале.

#бластим_курсы
👍11