связана с ранним раком молочной железы.

❗️Ладно, все еще «веселее»: многие белки имеют не одну возможную конформацию, а несколько! И ваша клетка точно знает, какую конформацию в каком случае ей нужно собрать, чтобы все в ней работало как в швейцарских часах. Клетка знает, а AlphaFold — нет.🙈

В общем, сейчас еще одна из задач, над которой бьются разработчики AlphaFold, — переделать алгоритм так, чтобы больше он не опирался на имеющуюся базу белков в процессе обучения, а научился предсказывать непосредственно по последовательности аминокислотной цепочки. Можно надеяться, что такой подход сможет преодолеть описанные выше сложности.

Да, следить за всем этим крайне интересно. Уже сейчас AlphaFold дает ученым огромные преимущества, а скорость развития возможностей предсказания и самого наполнения баз уже предсказанными (и часто уже проверенными экспериментально) моделями ужасающе-вдохновляющая. Без сомнения после новости прошлой пятницы о том, что все известное уже покрыто моделями, прогресс в медицине попрет еще более раскочегаренным локомотивом.

Но все-таки, все-таки, не стоит забывать, что AlphaFold — не серебряная пуля. И не стоит уходить на пенсию, полагая, что самая сложная задача биологии уже решена.



[1] ‘New era in digital biology’: AI reveals structures of nearly all known proteins
Advance from DeepMind’s AlphaFold software could revolutionize biology and medicine
29 JUL 202211:25 AMBYJOHN TRAVIS https://www.science.org/content/article/new-era-digital-biology-ai-reveals-structures-nearly-all-known-proteins
[2] What's next for AlphaFold and the AI protein-folding revolution
DeepMind software that can predict the 3D shape of proteins is already changing biology.
Ewen Callaway https://www.nature.com/articles/d41586-022-00997-5

Лею завтра возвращают. Я хочу материться и плакать одновременно.

Мы забрали Лею!
Сейчас она в безопасности в привычном ей месте, в семье Лики. Это самая знакомая и привычная ей среда. Приходит в себя. А я прийти в себя все ещё не могу. Потому что, ребята, это полный пиздец.

Малышка, когда они вытащили ее из машины, была будто дезориентирована, почему так непонятно. Первое время она не реагировала ни на новое имя от «хозяина», ни на свое старое. На секунду будто узнала меня и снова в панике начала метаться по сторонам. Для сравнения: я отдавала полностью социализированную собаку, которую можно было отпускать без поводка, потому что она идеально бежала ко мне или к Лике. Собаку приученную не просто ездить на машине, а спокойно переносить загородную поездку по серпантинам в жару.

Мы схватили ее с Сашей и просто скорее увели оттуда. Отходить она стала уже возле дома Лики и окончательно на привычной ей территории.

Мы отдавали с ней небольшой запас еды, несколько ее игрушек и вещей, и паспорт. Из всего нам вернули (я ещё про это напомнила) только паспорт и запасной ошейник. Остальное «потеряли», а корм «я высыпал ей все, она ела сколько хотела»🤯 Хорошо, что я подстраховалась и купила корма сегодня.

Но дальше самый $€%#£ц. Она отошла и начала играть с сыном Лики. И тут я заметила ее живот… Он красный и весь в припухлостях. Стали рассматривать — это или сплошь укусы кого-то (а ведь в среду он мне жаловался, что собака чешется и я вместе с нашим ветом подбирала ему рекомендации средств обработки. Но он все отверг и решил идти к своему врачу), или аллергическая реакция и сильная. Тогда или ее кормили не тем, что я дала и что наказала, или дали чего-то запрещённого помимо.

Сейчас у нас собака в стрессе, плановая вакцинация пропущена (я наверстаю в начале недели, как только она придёт в себя), хотя он обещал это сделать на этой неделе. Привёз ее вообще «не тот» человек, что забирал. Тому, какой привёз ее сегодня, я в жизни бы не отдала собаку. И ведь всю неделю мне слали милые фото собаки с детьми!! Постоянно рассказывали как она и что.

У меня сейчас безумное разочарование и злость на себя. И злость на таких вот «мужчин». И вина перед малышкой, что отдала ее такому.

Завтра Лее (по документам, мы ведь выбрали дату рождения примерно, как могли прикинуть вместе с врачами) исполняется 3 месяца. Ее шансы на семью становятся меньше с каждым прошедшим днём. И у неё отняли целую неделю.

И ещё: мы ожидали по динамике увидеть собаку почти размером с Булку. Но она ровно такая, как мы ее отдали… Как это вообще?! У нас каждое утро просыпалась собака на почти килограмм больше, чем была вечером.

Говорю себе и ей, что все будет хорошо. А сама не верю в свои слова.

P.s.: в доме для Люка я настолько уверена ведь не была. Но он уже месяц там и регулярно шлёт мне видео счастливой здоровой собаки. Только плановую вакцинацию пока все двигаем из-за работы хозяина.

А вот тут самое свежее видео от счастливого деревенского балбеса Люка💚

Руки прочь от овечки Долли!

— Овечка Долли родилась уже старая.
— Долли умерла молодой из-за того, что она клон, технология опасна!
— Клоны не могут иметь детей!
— У клонов нет души. И характер жуткий, как у Долли.
— Долли была первым и единственным клонированным животным, потом исследования запретили.
— Долли, это просто хороший пиар, до нее все уже сделали в СССР!

Какой еще из мифов о клонах вам доводилось слышать? Собрала самые горячие и сейчас буду по порядку их разбивать.

У технологии клонирования оказалась такая же дурная слава, как и у технологий генетической модификации. Что это за злой рок? Или неспособность нашего мозга адаптироваться к новому?

Давайте восстанавливать ей доброе имя. 👇

Без матчасти нам будет сложно, а потому ненадолго задержимся на ней:
👉Все мы состоим из клеток, как дома из кирпичей
👉Внутри каждой клетки есть ядро
👉В ядре лежат хромосомы.
👉Например, в человеке 46 хромосом: 23 достались от мамы и 23 от папы. 22 пары из них «одинаковые», а последние две хромосомы — половые, могут быть «одинаковые» ХХ (девочка) или ХY (мальчик). Такой двойной набор называется диплоидным.
👉А вот в половых клетках (сперматозоидах и яйцеклетках) набор одинарный — гаплоидный. Чтобы однажды соединиться со вторым набором второго родителя и дать начало новому диплоидному организму.
👉Хромосомы — это плотно закрученные нити ДНК — главной инструкции по сборке каждого из нас.
👉Причём в КАЖДОЙ клетке тела лежат ОДИНАКОВЫЕ «инструкции»! То есть в ядре клетки печени такой же набор таких же хромосом, что в клетке кожи или крови. Однако, клетка как-то «знает» какой она должна быть — клеткой печени или клеткой крови. За это отвечают специальные химические надстройки над ДНК — эпигенетические метки. Они дают читать те инструкции, которые должна читать определенная клетка и не дают читать те, что она читать не должна.

Как получается обычный ребенок:
1️⃣есть клетка с одним набором хромосом от мамы (яйцеклетка)
2️⃣есть клетка с одним набором хромосом от папы (сперматозоид)
3️⃣сперматозоид добрался до яйцеклетки, они слились в горячем поцелуе и схлопнулись от страсти в одну (теперь оплодотворенную) яйцеклетку с двойным набором хромосом.
4️⃣теперь начинается стадия дробления: оплодотворенная клетка делится на две новых, затем каждая еще на две, и еще. Все эти 8 новых клеточек еще не специализированы — не знают, кем им предстоит быть, клетками ли кожи, крови или стенок желудка.
5️⃣дробление продолжается и на ДНК клеток начинают восстанавливаться эпигенетические метки — так у клеток появляется специализация.
Все это ранние стадии развития самого обыкновенного эмбриона.

Итого нам по сути понадобилось:
🟡яйцеклетка
🟢два набора хромосом

Но ведь в каждой клетке тела и так набор хромосом двойной! Помните? Так почему бы не взять самую обычную клетку тела, не «сбросить» настройки ее ДНК к тем самым начальным, вставить это все в пустую яйцеклетку и… а дальше по плану.

Собственно так и производят клонирование:
1️⃣от одной самки берут яйцеклетку и извлекают из нее ее собственное ядро с ее одинарным набором хромосом
2️⃣затем берут клетку организма, который хотят клонировать, и извлекают из нее ядро с двойным набором хромосом. ДНК в этом ядре надо «сбросить» — обработать специальным составом, чтобы с нее «отвалились» все эпигенетические метки
3️⃣остается поместить извлеченное и «сброшенное» ядро в пустую яйцеклетку
4️⃣и ввести яйцеклетку в суррогатную мать
Дальше развитие плода и в дальнейшем малыша ничем не отличается от привычного.
Получившийся организм будет генетически идентичен тому, из которого взята клетка. Но может отличаться от него, например, ростом и отпечатками пальцев. Так как есть вещи, на которые помимо генетических влияют и другие факторы.

Если мы говорим о человеке, то это будет абсолютно самостоятельная личность со своими привычками, характером, мыслями. Некоторые базовые черты характера могут быть схожи, если они генетически обусловлены (про это есть отдельный пост).

Вот теперь мы можем вернуться к Долли.

Малышка Долли появилась на свет в Рослинском институте Шотландии 5 июля 1996 года. И сразу стала знаменитостью! Первое млекопитающее, клонированное из взрослой клетки другого животного. Это значит, что
👉до нее уже клонировали других не-млекопитающих животных — первой была шпорцевая лягушка, опыты 1960-х—1970-х
👉до нее уже клонировали другое млекопитающее, но перенос материала был не из взрослой клетки донора. Тогда в пустую яйцеклетку перенесли зиготный материал (как бы уже зародыша на самых начальных стадиях развития) из другой яйцеклетки. То есть «просто» «поменяли яйцеклетку» (что тоже совсем не «просто»). И вот как раз это сделали у мышки в СССР в конце 80-х, откуда и растут ноги у мифа.

«Материалом» же для создания Долли послужили эпителиальные клетки вымени другой взрослой (и в этот момент дающей

молоко) овцы. Этой овце было 6 лет на момент истории[1]. А Долли умерла в свои 6.5 лет! Совпадение? Не думаю! — не задумываясь ответил бы нам товарищ Прокопенко. Но мы — не он, мы идем разбираться.

Срок жизни овцы до 10 лет. Годам к 7 наступает старость. Долли прожила всего 6,5. Одной из первых и самых популярных теорий ранней смерти называли нетипично короткие теломеры Долли.


Отступ на матчасть: помните, что наши клетки постоянно делятся, чтобы тело могло расти и обновлять свои ткани? Каждому делению предшествует копирование и удвоение генетического материала — хромосом. Из одного двойного набора хромосом у клетки становится два двойных набора, по одному на каждую новую клетку. Но тут у эволюции была небольшая проблемка: к сожалению процесс удвоения ДНК устроен так, что идти всегда может по цепи ДНК только в одном направлении. А цепей ДНК-то у нас две, и они АНТИпараллельны друг другу. Поэтому одна цепь спокойно дает себя скопировать, а вторая — обратная ей, вынуждена копироваться отдельными фрагментами. Механизм довольно замудреный, но основная мысль в том, что в результате вторая цепь никогда не может быть скопирована до конца. То есть после каждого деления клетки, ДНК в хромосомах двух новых клеток будет чуть короче, чем была в старой клетке!
А если на этом месте в ДНК была бы записана важная информация? Важный ген. Тогда с возрастом организма этот ген просто «исчезнет» из его клеток, перестанет «работать». А это было бы уже проблемой. Но у эволюции решение нашлось и тут: давайте вместо полезной информации на этом месте в ДНК хранить бесполезную! Например, много раз повторенный один и тот же фрагмент. У овец это фрагмент TTAGGG.
То есть ДНК на концах ее хромосом выглядит так: TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG…
Тогда с каждый делением клетки будет теряться просто часть этого мусора! Вот такие «мусорные» концы хромосом называются теломерами. Получается, что с каждым годом жизни теломеры в клетках организма укорачиваются. Что как бы дает нам возможность оценивать возраст организма по их длине.
(Или нет? На самом деле все сложнее)

Для клонирования берут «взрослую» клетку с уже укороченными на текущий момент жизни теломерами. Раньше считали, что получившийся из ядра такой «старой» клетки организм имеет меньший «запас» делений и соответственно короче срок жизни. Еще в юности у Долли исследовали длину теломер и оказалось, что она соответствует возрасту донора на момент взятия материала. То есть у малышки Долли теломеры были как у 6-летней взрослой овцы![2]
Вот в этот момент процедуру клонирования и обвинили в том, что животные рождаются уже старыми!

Однако совсем скоро ученые открыли фермент теломеразу и принципы его работы. Этот фермент не работает во взрослых клетках, но работает на ранних стадиях эмбрионального развития, наращивая необходимую длину теломерных концов. И при процедуре клонирования, когда ДНК взрослого животного оказывается в эмбриональной клетке, теломераза также начинает активно работать! То есть длина теломер клонов статистически одинакова с длиной аналогичных животных, рожденных естественным путем.

Так что же было с теломерами Долли?
В начале 2000-х ученые снова взяли генетический материал у той самой овцы, у которой брали его впервые (та исходная овца умерла еще в начале 90-х годов, так что с самого первого раза брали уже ее замороженные клетки). И получили еще несколько клонов того оригинала, то есть по сути копий Долли.
Тщательно следили за длиной их теломер в разном возрасте. И она была такой, как положено! Да и новые бяшки прожили долгую здоровую жизнь и только у одной из них развился артрит (про это ниже).

В чем же причина более коротких теломер Долли? Неизвестно. Возможно это связано с более старой технологией клонирования, сейчас она точнее. Возможно, дело в первый раз было в яйцеклетке, куда помещали хромосом (в новых экспериментах был другой донор яйцеклеток). Над этой загадкой ученые еще работают.
Исследования скелета Долли в 2017-2018 году[3] показали, что в момент смерти ее физиологическое состояние отвечало нормам для такого возраста. То есть никакого преждевременного старения н