Обычно рассказ об этом сопровождает фото слепой девушки.
По данным на 2004 год 667 771 детей в возрасте до 5 лет умерли или навсегда остались инвалидами в результате нехватки витамина А[1]. Реальная картина еще страшнее. Некоторые источники называют цифру в 2 миллиона жертв в год.

На нашем земном шарике для 70% населения #рис - это главное и часто единственное блюдо на столе. Их гречка-картошка-хлеб в одном. Но дело в том, что в этом продукте, нет витамина А. При его нехватке человек сначала начинает терять зрение при переходах между светом и полумраком, его слезные каналы забиваются и перестают работать. Потом он необратимо теряет зрение. А потом все, смерть.

Эти же 70% живут в "странах третьего" мира. Об аптеке с рядами витаминов на соседней улице мечтать не будем. Гуманитарные организации с проблемой такого масштаба справиться тоже не могут. А вот генетики смогли! Они создали “золотой рис”!

Разберемся.
Предшественником витамина А является вещество бета-каротин. В обычном рисе он тоже есть, так как нужен растениям для фотосинтеза. Но фотосинтез - он где? В листьях. Вот и бета-каротин растение рис производит только в листьях. А листья-то у него мы не едим…
Упс.
Поэтому задача перед учеными стояла такая: добиться синтеза бета-каротина в съедобной части растения!

В первых экспериментах в геном риса добавили ген psy из нарцисса и ген crt1, взятый у почвенной бактерии Erwinia uredovora. Эти гены были помещены под управление промотора (забыли, что такое промотор? Смотрите предыдущий пост про “паучье” молоко и гм-коз), специфического только для съедобной части риса - эндосперма. Напомним: это значит, что такие внедренные гены могут работать только в эндосперме.

Эксперименты показали, что концентрация бета-каротина в получившихся зернышках риса была довольно малой: в сутки человеку потребовалось бы 10 кг золотого риса, чтобы покрыть норму.

Тогда ученые пошли другим путем: в золотой рис первой модификации (куда добавляли ген crt1) добавили ген из кукурузы. “Золотой рис 2” производил в 23 раза больше каротиноидов, чем первый!

Всего 100-150гр такого риса покрывали 60% суточной потребности организма в витамине А. Экспериментально установлено, что каротин «золотого риса» эффективно перерабатывается в витамин А организмом человека, и что бета-каротин из золотого риса усваивается с той же эффективностью, что и чистый бета-каротин, растворённый в масле. И даже с большей эффективностью, чем каротин из шпината![2]
Но на этом ученые не останавливаются. Исследования продолжаются.

Немного о грустном: бедные страны нуждаются в этом рисе больше всего. И именно там происходит вандализм в отношении ГМ-культур. В августе 2013 группа протестующих, представляющихся как организация фермеров, уничтожила опытное поле на Филиппинах. Знаете, что самое дикое в этой истории? Среди них не было фермеров!
История золотого риса столкнулась с нападками Гринписа, радикалов, экстремистов. Они обвиняли ученых в пособничестве корпорациям и давили на то, что фермеры будут вынуждены платить за гм-сорта огромные деньги. Вот только “корпорации” постановили бесплатное распространение семян золотого риса для фермеров, чей доход не превышает 10 000$ в год (для бедных стран это очень много).

А сейчас я закончу этот пост на внезапно радостной ноте. Еще год назад, в первой редакции этого текста, ничего подобного не могло быть, а сегодня я узнала… Ребята, в мае 2018 года FDA дало разрешение на производство золотого риса! Вся бюрократия пройдена, все разрешения получены. Это победа разума над мракобесием. Официально золотой рис можно выращивать в Австралии, Канаде, Новой Зеландии и теперь в США! И я пошла это отмечать, не обессудьте:))

#ГоворящаяМышкаОдобряет
#золотойрис #генетика

[1] Black R. E., Allen L. H., Bhutta Z. A., Caulfield L. E., de Onis M., Ezzati M., Mathers C., Rivera J. Maternal and child undernutrition: global and regional exposures and health consequences (англ.) // The Lancet. — 2008. — Vol. 371, no. 9608. — P. 243—260. — DOI:10.

1016/S0140-6736(07)61690-0. — PMID 18207566.
[2] Norton, Amy (15 August 2012) Genetically modified rice a good vitamin A source Reuters, Retrieved 20 August 2012

Привет, друзья. К сожалению, на этот канал пока у нас не остается времени и вся активность Lab mouse происходит в инстраграм.

Хотим сообщить вам, что в эту субботу будет живая лекция от нашего проекта. Афиша мероприятия:

Привет! Как проходит ваш карантин? Наш — очень продуктивно. Мы стараемся максимально использовать его так, чтобы «выйти на волю» с новыми знаниями и умениями. Сегодня хотим поделиться с вами подборкой видео о биоинформатике, которые помогут вам сначала понять, что это такое, потом по уши влюбиться в эту науку (кстати, безумно актуальную именно сейчас), ну а потом, возможно, тоже «отправиться во все тяжкие» и связать с нею свою жизнь 😉
Сохраняйте в закладки, ставьте 💚и спешите смотреть:)
Ссылки можно получить в директ или на нашем (временно оживленном) телеграмм канале (ссылка в био).
.
1️⃣Очень короткий, но ОООЧЕНЬ классный рисованный "мультик" о том, что такое биоинформатика, от ФКН ВШЭ
https://www.youtube.com/watch?v=nsYS47jFF8o
.
2️⃣Классная лекция о том, как делается моделирование и зачем это все нужно. Разработка лекарств и борьба с химическим оружием, понимание болезней и создание молекулярных машин.

С этой лекцией биоинформатика становится ближе, а желание связать с ней жизнь острее 😉
"Хватит медитировать — пора моделировать"
https://www.youtube.com/watch?v=WSLZBD04N5k&feature=youtu.be&t=1016
.
3️⃣Набор небольших интервью от человека, вдохновившего когда-то Аню удариться в биоинфу. Михаил Сергеевич Гельфанд рассказывает о том, какие задачи стоят перед современной биоинформатикой и как она пытается их решать.
https://postnauka.ru/courses/42433
Вообще на странице курсов ПостНауки я дрожу от восторга! Я хочу там все от "Биоэтики" до "Краткой истории жизни"! И чтоб все сразу!
.
4️⃣Хорошая лекция о том, куда можно пойти работать, если выбрал путь самурая (зачеркнуто) биоинформатика, какие направления, компании и стартапы существуют и что предлагают миру — "Как устроен рынок биоинформатики"
https://www.youtube.com/watch?v=KSqnm3oZbG8
Эта лекция — часть всего, что устраивает Институт Биоинформатики. С огромным уважением отношусь к ним и их проектам. У них же много классных (и бесплатных) курсов на платформе Stepik.
.
5️⃣Итак, вы перешли на темную сторону и решили, что биоинформатика — это ваше?:) Тогда рекомендую лекции Виктории Коржовой о том, как попасть на учебу/стажировку/работу, как писать резюме и какие документы вам понадобятся, какие soft и hard skills будут полезны.
Начать можно с лекции "Карьера в биоинформатике, часть 1"
https://www.youtube.com/watch?v=tosBbeImaS8
.
Пока все, ффух!:)


Текст: @annie_thornni
Иллюстрация: @mariya_ivolga
#ГоворящаяМышкаРекомендует
#биоинформатика

Источники:

[1] https://www.nhs.uk/conditions/melanoma-skin-cancer/
[2] https://www.nhs.uk/conditions/non-melanoma-skin-cancer/
[3] https://www.wcrf.org/dietandcancer/skin-cancer-statistics/
[4] https://www.bannerhealth.com/healthcareblog/teach-me/skin-cancer-men-vs-women#:~:text=Compared%20to%20women%2C%20men%20are,more%20likely%20to%20develop%20it.
[5] Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries https://doi.org/10.3322/caac.21660
[6] https://www.skincancer.org/skin-cancer-information/skin-cancer-facts/
[7] Skin Cancer Prevention Strategy. 2017 to 2020
https://www.health.qld.gov.au/__data/assets/pdf_file/0020/663032/health-wellbeing-strategic-framework-skin-cancer.pdf
[8] https://www.sunsmart.com.au/about-sunsmart/sunsmart-program
[9] https://www.skincancer.org/skin-cancer-prevention/sun-protection/sunscreen/

К посту:
https://www.instagram.com/p/CQ2vXuylwrv/

А также:
1️⃣канал Аси в телеграм https://t.iss.one/chemcream

2️⃣ Канал Еки в телеграм:

Материалы к посту о том, как ультрафиолет повреждает клетки

Этот пост – итог эфира и проекта «Наука против Солнца», который мы провели вместе с Аней из lab.mouse и Асей, которая ведет замечательный инстаграм и телеграм-канал о косметической химии.

Мой пост о том, как ДНК повреждается ультрафиолетом. Я уже много писала на тему того, как клетка справляется с такими повреждениями, и что происходит, если все же справиться не удается. Об этом – в подборке постов гайда «Молекулярная онкология».
В этом посте подробней о прямом и непрямом повреждении ДНК.
Тут – о механизме образования реактивных форм кислорода и роли меланина.
Одна из статей, которую я упоминала в первой части эфира (которая, к сожалению, не сохранилась..) – статья, показавшая, что меланин может способствовать повреждению ДНК.

Кроме того, я разобрала одну из статей, которая якобы показывает, что использование санскрина приводит к раку кожи. Но это не единственный источник мифов. Я нашла целую книгу о том, какие якобы опасные солнцезащитные средства. На амазоне есть чуток текста, и я уже фэйспалмлю, но более полный обзор на нее можно найти тут.

У Ани пост о статистике рака кожи, и почему солнцезащитные средства реально работают.
У Аси – о том, какие бывают средства и как ими пользоваться.

1 сентября 2016 года я снова села за парту. Мне вот-вот должно было исполниться 29, а за плечами был долгий путь в профессию, которую в этот день я планировала оставить в прошлом.
За те прошедшие почти 10 лет я прошла путь от установщика программного обеспечения и специалиста техподдержки до старшего системного администратора и правой руки руководителей компаний, на которые работала. Это были не простые 10 лет. Годы, когда девушки в ИТ считались экзотикой, на собеседования в кабинет забегали все сотрудники компании, просто чтобы посмотреть на это «шоу», а многие компании звали на собеседование только из любопытства. За эти годы я обросла связями в профессиональной сфере, а отлаженная работа требовала все меньше и меньше затрат сил. Это была комфортная позиция.
Слишком комфортная.

В один день, 1 сентября 2016, из квалифицированного специалиста я стала «всего лишь» студентом. А спустя еще немного времени из «серверов начальника и юзверей командира» — младшим аналитиком без особых знаний, опыта работы по профессии, связей и в новом незнакомом городе.

Было ли мне страшно? Да.
Хорошо ли я понимала, что делаю? Скорее нет.
Решилась бы я снова, если бы машина времени доставила меня обратно в весну 2016-го, когда было принято это решение? Я не знаю.

Мне часто (действительно часто, а не просто блогерский оборот) приходят вопросы: смогу ли я, если мне уже 30? 40? Смогу ли я перейти из медицины? Лаборатории? Смогу ли заняться биоинформатикой, если я программист? Лингвист?
И вот он, честный ответ: Я НЕ ЗНАЮ.

Если бы эту страницу вел коуч, он ответил бы: Конечно да! Нужно только твердо решиться!
Но так это не работает.

Каждая ситуация уникальна. И даже при наличии самой сильной мотивации у человека может быть дома ребенок, которого просто реально не с кем оставить. Или долги, которые надо отдавать, и нельзя позволить себе потерять в заработке хотя бы на время. Не корите себя, если сейчас желаемое невозможно. Так действительно бывает.
Я не знаю, есть ли свет в конце вашего тоннеля. И лишь могу мысленно обнять вас и пожелать, чтобы он там появился.
Поддержка хоть кого-то из близких тоже важна и не стоит ее недооценивать. А вот бэкграунд знаний нарастить можно точно, так что во всем списке необходимого — это то единственное, что действительно не проблема.

Так вот. Сегодня, 1 сентября 2021 года я могу точно сказать: со мной все это было не зря. Отправляясь в то плавание, я не знала, что меня прибьет к берегам биоинформатики и биомедицинской аналитики, и не могла представить, что найду в этом свое самое любимое дело.

1 сентября многие традиционно дают себе обещание начать учить что-то новое. Поэтому:
Если вы ждали знака, то считайте, что этот пост — он.
Если искали поддержки, то я здесь, чтобы дать ее.
Если ждали идеального времени, то скажу честно: его не существует.
А если ждали подсказки, с чего начать, то ниже я составила для вас полноценный learning path — три подборки БЕСПЛАТНЫХ материалов по погружению в Data Science, необходимую математику и доменную область — биологию и генетику. Каждая позиция в списке сопровождается моими комментариями о том, как, когда и кому следует это смотреть/читать.

Курсы по программированию и науке о данных. Выстроены в порядке возрастания сложности. Как learning path.

0. Малый ШАД - Что такое Big Data и почему это страшно интересно - Андрей Себрант
https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=TEHdfPa1eJA

Под чай с тортиком и чисто для вдохновения. Чтобы понять, зачем вам нужно все то, о чем будут курсы из списка ниже.

1. Python: основы и применение
https://stepik.org/course/512/

Это лучшее введение в программирование на питоне, в котором толково и глубоко объясняются важные базовые вещи.

Шаг в сторону: если при прохождении “Python: основы и применение” возникает слишком много сложностей, его можно отложить и начать с “Программирование на Python” https://stepik.org/course/67
Совет: не стоит обязательно “добивать” курс до конца. Лучше использовать его для тех моментов, которые вызвали сложности в курсе “Python: основы и применение”. То есть как бы проходить два курса параллельно, но с целью второй закончить полностью, а первый использовать как некий конспект или тренажер к нему.

2. Математика и Python для анализа данных
https://www.coursera.org/learn/mathematics-and-python
Первый курс из специализации. Сама специализация тоже очень хорошая и курсы стоящие. Важно! В нем же вы найдете теорию из дифуров и матана, которой будет достаточно для начала.

Совет: пройти первый курс и начать поиски позиции джуниора. Остальные курсы специализации (и любые другие) будет полезнее проходить уже в рамках подготовки к собеседованию или параллельно с первой работой. Но без практического опыта применения полученные на курсе знания быстро пропадут.

3. Открытый курс машинного обучения. От ODS
https://habr.com/ru/company/ods/blog/322626/

Можно проходить как курс, а можно использовать как справочник, который всегда должен быть под рукой. На странице можно найти ссылки на видео, дополнительные статьи и материалы, но главное, на хаб сообщества в слаке. Там есть каналы с вакансиями, каналы для поисков стажировок, помощи, обучения и просто общения.

4. Введение в Data Science и машинное обучение
https://stepik.org/course/4852/syllabus
Прекрасный, достаточно легкий, но емкий курс. Много обзорных тем. Внутри курса есть интервью с людьми из бизнеса, которые рассказывают о своем опыте работы в ДС.

5. Свободное погружение в СУБД
https://stepik.org/course/70710/promo
Курс про SQL и архитектуру баз данных. Основной стек дата-аналитика это питон + sql, так что без этого никуда.
Этот курс не совсем для новичков, кое-что нужно знать. Но, скажу честно, не нашла ни одного приличного, не нудного и реально практического курса по БД для полных новичков. Везде очень много воды и теории, которая без приложения ничего не дает.
Совет: какой бы у вас не был опыт, начните неспешно проходить этот курс. А если какая-то тема, термин или решение вызывает у вас вопрос, просто гуглите материалы конкретно по нему отдельно.
Пригодится может такая шпаргалка: https://proglib.io/p/sql-for-20-minutes

6. Hadoop. Система для обработки больших объемов данных
https://stepik.org/course/150/
Великолепный, подробный, фундаментальный и практический курс. Особо рекомендую внимательно читать комменты под каждым модулем. Там много интересного.
Совет: не проходите этот курс просто так. Система хадуп используется далеко не каждой компанией и не на каждом проекте. Вполне может быть так, что вы никогда не столкнетесь с нею в практике, но сейчас потратите на курс много времени. Советую обратиться к данному курсу только в случае, если вы целитесь на вакансию, где указан хадуп или он требуется в рамках вашего текущего или потенциального проекта. Для общего понимания будет эффективнее с точки зрения времени как ресурса просто прочесть пару популярных статей на том же хабре.

Математика

1. Основы статистики
https://stepik.org/course/76/
Бесконечно любимый и бесконечно рекомендуемый курс Анатолия Карпова от Института биоинформатики. Ничего лучше я не нашла за последние много лет. Просто, практично, понятно, с крайне прикладными примерами. Курс ориентирован на биологов и медиков, а не на математиков.
У курса вышли также продолжение (части 2 и 3),