Несу полезного для вас, коллеги. Евгений очень классный лектор, очень советую.
Forwarded from Бластим: курсы и работа в биотехе
Кто расскажет про RNA-seq?
Евгений Герасимов больше 8 лет занимается анализом данных в биологии и специализируется на сравнительной геномике. Закончив биофак МГУ и защитив кандидатскую, он стал заниматься биоинформатикой и сейчас является старшим научным сотрудником лаборатории геномики простейших кафедры молекулярной биологии биофака МГУ.
А ещё Евгений регулярно преподает на курсах Бластим и проведет два первых занятия на программе «Анализ данных RNA-seq». Рассказываем, о чем они будут.
16 ноября в 19:00.
Вводная лекция про технологии секвенирования РНК с платформ Illumina и Oxford Nanopore. Обсудим источники данных и рассмотрим этапы планирования эксперимента по транскриптомике. После занятия вы:
— разберетесь со специфическими терминами — парноконцевые чтения, плотность кластера, fastq, индекс и т.д.;
— узнаете особенности технологии Illumina «Секвенирование путем синтеза» (SBS);
— будете знать о нюансах планирования эксперимента по секвенированию.
23 ноября в 19:00.
На этом занятии вы научитесь использовать Hisat2 и STAR для выравнивания сырых ридов на референсный транскриптом. Обсудим суть этих программ и как они соотносятся с другими методами выравнивания. По итогу вы научитесь:
— картировать данные;
— изучать референсный транскриптом из Ensembl;
— использовать Hisat2 для создания индекса к рефернсу;
— использовать STAR, чтобы сопоставить сырые риды с этим индексом;
— считать покрытие на генах и оценивать корреляцию между репликами.
Записаться на курс можно по ссылке
Посмотреть вебинар по введению в анализ NGS-данных с участием Евгения можно на нашем ютуб-канале.
#бластим_курсы
Евгений Герасимов больше 8 лет занимается анализом данных в биологии и специализируется на сравнительной геномике. Закончив биофак МГУ и защитив кандидатскую, он стал заниматься биоинформатикой и сейчас является старшим научным сотрудником лаборатории геномики простейших кафедры молекулярной биологии биофака МГУ.
А ещё Евгений регулярно преподает на курсах Бластим и проведет два первых занятия на программе «Анализ данных RNA-seq». Рассказываем, о чем они будут.
16 ноября в 19:00.
Вводная лекция про технологии секвенирования РНК с платформ Illumina и Oxford Nanopore. Обсудим источники данных и рассмотрим этапы планирования эксперимента по транскриптомике. После занятия вы:
— разберетесь со специфическими терминами — парноконцевые чтения, плотность кластера, fastq, индекс и т.д.;
— узнаете особенности технологии Illumina «Секвенирование путем синтеза» (SBS);
— будете знать о нюансах планирования эксперимента по секвенированию.
23 ноября в 19:00.
На этом занятии вы научитесь использовать Hisat2 и STAR для выравнивания сырых ридов на референсный транскриптом. Обсудим суть этих программ и как они соотносятся с другими методами выравнивания. По итогу вы научитесь:
— картировать данные;
— изучать референсный транскриптом из Ensembl;
— использовать Hisat2 для создания индекса к рефернсу;
— использовать STAR, чтобы сопоставить сырые риды с этим индексом;
— считать покрытие на генах и оценивать корреляцию между репликами.
Записаться на курс можно по ссылке
Посмотреть вебинар по введению в анализ NGS-данных с участием Евгения можно на нашем ютуб-канале.
#бластим_курсы
👍11
Вот тут можно зарегистрироваться на лекцию в Дилижане. Говорят, места улетают мгновенно. Лучше поторопиться.
Forwarded from YouKnow | Дилижан
Животные в науке и медицине
Генетики, биологи, токсикологи, этологи, фармацевты, хирурги — лишь малый список специалистов, которые используют живые организмы для развития своих областей. Первые опыты над животными упоминаются еще в сочинениях, написанных до нашей эры, а с ХХ века почти любое достижение в медицине сопровождается исследованиями на самых разных обитателях нашей планеты. В рамках первого ивента образовательного проекта YouKnow вы узнаете роль позвоночных и беспозвоночных в современных научных открытиях и обсудите гуманность и необходимость таких экспериментов.
Программа:
1. Лекция «ГМО-животные в науке и медицине. От светящихся котят до пересадки свиного сердца человеку»
• Как создают ГМ-зверей?
• Зачем ученым светящиеся звери?
• Что можно узнать у светящегося мозга? А кожи?
• Клонирование — это нормально?
Спикер — Анна Иванова. Ученый-биоинформатик, Data Scientist. Автор инстаграм-блога и телеграм-канала Lab Mouse.
2. Лекция «Кто помогает нам изучать человеческий мозг?»
Прижизненное изучение мозга дает ограниченный объем данных для понимания работы нервной системы человека. В то же время изучение мозга после смерти не отражает динамических процессов в живом мозге. По этой причине исследователи используют биологические модели — лабораторных животных вроде шимпанзе, рыб и червей. Но как именно они помогают нам, и почему мы думаем, что мозг биологических моделей отражает работу мозга человека?
Спикер — Денис Туряница. Врач-невролог клиники «Чайка» (Россия) и Dilijan MC (Армения). Автор телеграм-канала Turitz's Neurology и ведущий одноименного подкаста.
3. Дискуссия «Моральные и этические нормы в работе с животными»
Участники — спикеры и все присутствующие в зале.
Информация о встрече:
🗓 Дата и время — 20 ноября (воскресенье) в 14:00
⏱ Продолжительность — 3 часа
📍 Адрес — ул. Максима Горького, 15/2 (коворкинг Туристского информационного центра)
💰 Вход — 1000 драм (оплата на стойке). В стоимость входят аренда помещения и кофе-брейк
Количество мест ограничено, поэтому требуется предварительная регистрация. Если вы заполнили форму, но по каким-то причинам не сможете прийти — пожалуйста, предупредите нас, чтобы другие желающие смогли заменить вас на мероприятии.
По всем вопросам и предложениям пишите @v_p_love.
Генетики, биологи, токсикологи, этологи, фармацевты, хирурги — лишь малый список специалистов, которые используют живые организмы для развития своих областей. Первые опыты над животными упоминаются еще в сочинениях, написанных до нашей эры, а с ХХ века почти любое достижение в медицине сопровождается исследованиями на самых разных обитателях нашей планеты. В рамках первого ивента образовательного проекта YouKnow вы узнаете роль позвоночных и беспозвоночных в современных научных открытиях и обсудите гуманность и необходимость таких экспериментов.
Программа:
1. Лекция «ГМО-животные в науке и медицине. От светящихся котят до пересадки свиного сердца человеку»
• Как создают ГМ-зверей?
• Зачем ученым светящиеся звери?
• Что можно узнать у светящегося мозга? А кожи?
• Клонирование — это нормально?
Спикер — Анна Иванова. Ученый-биоинформатик, Data Scientist. Автор инстаграм-блога и телеграм-канала Lab Mouse.
2. Лекция «Кто помогает нам изучать человеческий мозг?»
Прижизненное изучение мозга дает ограниченный объем данных для понимания работы нервной системы человека. В то же время изучение мозга после смерти не отражает динамических процессов в живом мозге. По этой причине исследователи используют биологические модели — лабораторных животных вроде шимпанзе, рыб и червей. Но как именно они помогают нам, и почему мы думаем, что мозг биологических моделей отражает работу мозга человека?
Спикер — Денис Туряница. Врач-невролог клиники «Чайка» (Россия) и Dilijan MC (Армения). Автор телеграм-канала Turitz's Neurology и ведущий одноименного подкаста.
3. Дискуссия «Моральные и этические нормы в работе с животными»
Участники — спикеры и все присутствующие в зале.
Информация о встрече:
🗓 Дата и время — 20 ноября (воскресенье) в 14:00
⏱ Продолжительность — 3 часа
📍 Адрес — ул. Максима Горького, 15/2 (коворкинг Туристского информационного центра)
💰 Вход — 1000 драм (оплата на стойке). В стоимость входят аренда помещения и кофе-брейк
Количество мест ограничено, поэтому требуется предварительная регистрация. Если вы заполнили форму, но по каким-то причинам не сможете прийти — пожалуйста, предупредите нас, чтобы другие желающие смогли заменить вас на мероприятии.
По всем вопросам и предложениям пишите @v_p_love.
Telegram
YouKnow | Дилижан
Образовательная площадка в Дилижане
По всем вопросам и предложениям пишите @v_p_love
По всем вопросам и предложениям пишите @v_p_love
❤9
Смотрите, с кем я сегодня увиделась! У малышки был приём у врача (из-за проблем на мордашке)и последующая стерилизация.
Она меня узнала сразу 💚 Как же я по ней соскучилась!!
Операция прошла хорошо, малышка Лея уже едет сейчас домой на коленках у любимой хозяйки.
😞Запасы ваших переводов на содержание этих собак у меня уже закончились. За операцию и прочие процедуры я отдала сейчас 99000 драм (это более 15000 рублей). Если есть желание и возможность, буду рада небольшой вашей помощи. Перевести можно по номеру +79511710658 сбер/тиньков с пометкой «собакам». С этих переводов продолжу оплачивать и содержание Твигги в приюте. Чеки и отчёты как всегда будут в телеге
Она меня узнала сразу 💚 Как же я по ней соскучилась!!
Операция прошла хорошо, малышка Лея уже едет сейчас домой на коленках у любимой хозяйки.
😞Запасы ваших переводов на содержание этих собак у меня уже закончились. За операцию и прочие процедуры я отдала сейчас 99000 драм (это более 15000 рублей). Если есть желание и возможность, буду рада небольшой вашей помощи. Перевести можно по номеру +79511710658 сбер/тиньков с пометкой «собакам». С этих переводов продолжу оплачивать и содержание Твигги в приюте. Чеки и отчёты как всегда будут в телеге
❤29
Lab Mouse
Расширяем географию! Или больше лекций богу лекций😈 Вторая половина ноября будет активной. Планирую провести как минимум три лекции в двух городах Армении. Как всегда — у меня не бывает двух одинаковых. Я без остановки перекраиваю и дополняю свои старые лекции.…
Лекция о генетике пола уже сегодня. Подробности 👆
Жду вас!
Жду вас!
❤11
Вечер лекции «Генетика пола и полового поведения» прошёл просто обалденно! Под завязку полный зал, интересные вопросы и дискуссии, взаимное уважение и тёплая атмосфера. Спасибо всем, кто пришёл 💚
Спасибо за фото дорогому @blackbird1212 💚
Ищите себя на фото в папке: https://drive.google.com/drive/folders/17GJTq9mNgXdwFpvHl1ntQkQEHpZPh1Hk
Спасибо за фото дорогому @blackbird1212 💚
Ищите себя на фото в папке: https://drive.google.com/drive/folders/17GJTq9mNgXdwFpvHl1ntQkQEHpZPh1Hk
👍33👏2
Lab Mouse
Ссылка на анкету для Тайного Открыточного Санты: (анкета закрыта)
Последний день, когда можно зарегистрироваться на игру в Тайного Открыточного Санту!
А что если завтра конец света?
Книги и кино предлагают нам широкий выбор сценариев, по которым наше милое человечество успешно уничтожает самих себя и все живое вокруг (да что там книги и кино, вживую мы тоже очень хорошо с этой задачей справляемся. Просто в реальной жизни оно не выглядит так эффектно на коротком интервале наблюдения). Вот поезд мчится без остановки, увозя остатки человечества по бесконечному кругу вокруг планеты, а за стенами вагонов почти минус 200 по Цельсию. Вот пылевая буря накрывает планету, уничтожая урожаи, а остатки человечества ищут во вселенной новые миры, которые можно было бы еще испортить. Выбирай — не хочу.
А я вот смотрю на все эти сюжеты и удивляюсь, как редко в них всплывает, что помимо спасения/возрождения человечества, неплохо бы еще о флоре и фауне подумать, которые эту планету для человека пригодной и делают. Уж вот хоть бы из таких практических соображений. (Редкие исключения тут тоже есть, например, любимый мною дотошный «Семиевие»)
Возможно, вы слышали уже про Хранилище Судного Дня. И нет, это не очередная выдумка голливудских сценаристов, а реальное хранилище, расположенное почти в полуторастах метрах под землей на территории Норвегии. Хранилище основали в начале 2000-х, а по задумке в нем должен храниться «бэкап» растений со всех стран[1].
Вообще-то хранилища образцов семян есть у каждого государства на их территории. Но именно это — бэкап бэкапов. И с момента своего основания такая двойная перестраховка человечеству уже однажды пригодилась: во время войны в Сирии собственное хранилище страны пострадало. Специальная комиссия одобрила запрос на изъятие образцов семян из Хранилища Судного Дня, их высадили на территории Ливана и Марокко, а после получения урожая люди вновь пополнили коллекцию Хранилища и собственного хранилища Сирии. Это была первая и единственная история, когда люди обратились к самой защищенной «резервной копии» нашей растительной планеты.
Но если об этой истории еще хоть кто-то знает, то есть ли у человечества «бэкап» животного мира?
Есть ли у человечества «бэкап» животного мира? А если есть, то как он выглядит? А вот вопрос еще интереснее: приходилось ли нам уже к нему обращаться?
В 1972 году немецко-американский ученый Курт Бениршке начал собирать образцы кожи редких и находящихся под угрозой исчезновения животных. В то время он занимался исследованиями в Калифорнийском университете Сан-Диего. Конечно, тогда не было еще никаких технологий, чтобы надеяться из этого получить что-то практическое. Даже привычное нам секвенирование геномов придумали только несколько лет спустя (и следующие два десятилетия они были очень малопроизводительные, больше бактерии особо прочесть ими было нельзя). Но ученый был уверен, что однажды будут разработаны инструменты для спасения видов животных, которые уже на тот момент стремительно исчезали с лица планеты. Позднее он перевез свою коллекцию в зоопарк Сан-Диего и назвал его Frozen Zoo (обычно это переводят как «Замороженный зоопарк»).
Бениршке не стало в 2018 году. А вот его дело из небольшой коллекции выросло в настоящий архив живых существ.
Сегодня Frozen Zoo — это крупнейший в мире криобанк животных, где хранятся образцы более 10 500 особей животных от 1220 видов. В специальных контейнерах при очень низкой температуре ученые сохраняют образцы тканей от еще живых и недавно погибших животных. Такой подход позволяет сохранить не только ДНК в клетках, но и сами клетки со всей их сложной структурой, которую мы пока воспроизводить с нуля не умеем. Таким образом, при наличии технологии вынашивания (или подходящих суррогатных матерей) из каждого образца Замороженного зоопарка однажды может «вылупиться» возможно уже давно исчезнувший зверек.
Книги и кино предлагают нам широкий выбор сценариев, по которым наше милое человечество успешно уничтожает самих себя и все живое вокруг (да что там книги и кино, вживую мы тоже очень хорошо с этой задачей справляемся. Просто в реальной жизни оно не выглядит так эффектно на коротком интервале наблюдения). Вот поезд мчится без остановки, увозя остатки человечества по бесконечному кругу вокруг планеты, а за стенами вагонов почти минус 200 по Цельсию. Вот пылевая буря накрывает планету, уничтожая урожаи, а остатки человечества ищут во вселенной новые миры, которые можно было бы еще испортить. Выбирай — не хочу.
А я вот смотрю на все эти сюжеты и удивляюсь, как редко в них всплывает, что помимо спасения/возрождения человечества, неплохо бы еще о флоре и фауне подумать, которые эту планету для человека пригодной и делают. Уж вот хоть бы из таких практических соображений. (Редкие исключения тут тоже есть, например, любимый мною дотошный «Семиевие»)
Возможно, вы слышали уже про Хранилище Судного Дня. И нет, это не очередная выдумка голливудских сценаристов, а реальное хранилище, расположенное почти в полуторастах метрах под землей на территории Норвегии. Хранилище основали в начале 2000-х, а по задумке в нем должен храниться «бэкап» растений со всех стран[1].
Вообще-то хранилища образцов семян есть у каждого государства на их территории. Но именно это — бэкап бэкапов. И с момента своего основания такая двойная перестраховка человечеству уже однажды пригодилась: во время войны в Сирии собственное хранилище страны пострадало. Специальная комиссия одобрила запрос на изъятие образцов семян из Хранилища Судного Дня, их высадили на территории Ливана и Марокко, а после получения урожая люди вновь пополнили коллекцию Хранилища и собственного хранилища Сирии. Это была первая и единственная история, когда люди обратились к самой защищенной «резервной копии» нашей растительной планеты.
Но если об этой истории еще хоть кто-то знает, то есть ли у человечества «бэкап» животного мира?
Есть ли у человечества «бэкап» животного мира? А если есть, то как он выглядит? А вот вопрос еще интереснее: приходилось ли нам уже к нему обращаться?
В 1972 году немецко-американский ученый Курт Бениршке начал собирать образцы кожи редких и находящихся под угрозой исчезновения животных. В то время он занимался исследованиями в Калифорнийском университете Сан-Диего. Конечно, тогда не было еще никаких технологий, чтобы надеяться из этого получить что-то практическое. Даже привычное нам секвенирование геномов придумали только несколько лет спустя (и следующие два десятилетия они были очень малопроизводительные, больше бактерии особо прочесть ими было нельзя). Но ученый был уверен, что однажды будут разработаны инструменты для спасения видов животных, которые уже на тот момент стремительно исчезали с лица планеты. Позднее он перевез свою коллекцию в зоопарк Сан-Диего и назвал его Frozen Zoo (обычно это переводят как «Замороженный зоопарк»).
Бениршке не стало в 2018 году. А вот его дело из небольшой коллекции выросло в настоящий архив живых существ.
Сегодня Frozen Zoo — это крупнейший в мире криобанк животных, где хранятся образцы более 10 500 особей животных от 1220 видов. В специальных контейнерах при очень низкой температуре ученые сохраняют образцы тканей от еще живых и недавно погибших животных. Такой подход позволяет сохранить не только ДНК в клетках, но и сами клетки со всей их сложной структурой, которую мы пока воспроизводить с нуля не умеем. Таким образом, при наличии технологии вынашивания (или подходящих суррогатных матерей) из каждого образца Замороженного зоопарка однажды может «вылупиться» возможно уже давно исчезнувший зверек.
👍29🔥17❤7
Начиная с 2001 года, четыре исчезающих вида были клонированы с использованием генетического материала из Замороженного зоопарка:
индийский гаур, горбатый азиатский дикий бык (ПРОЖИЛ ТОЛЬКО 48 ЧАСОВ);
бантенг, вид крупного рогатого скота из Юго-Восточной Азии;
лошадь Пржевальского;
и черноногий хорек
Эти 4 истории я рассказываю на лекции о воскрешении вымерших видов (и не только их, конечно).
А есть что-то еще? Да!
Например, Frozen Ark .
Этот проект был основан в 2004 году с той же целью, что и Frozen Zoo. Но его структура совсем другая — это не отдельная коллекция, привязанная к одному учреждению, а распределенная сеть из более чем двух десятков учреждений, таких как зоопарки, музеи и университеты. по всему миру, каждый делится своей коллекцией и знаниями. А все вместе они образуют «распределенную систему бэкапа» мира животных.
Хотя в Frozen Ark больше образцов, чем в Frozen Zoo — 48 000 от 5500 видов — около 90% из них состоят из отдельно ДНК, а не из живых клеток. ДНК требует других условий хранения, более низких температур.
Так как здесь нет живых клеток, то и использовать эти образцы для клонирования животного нельзя. Так что этот бэкап скорее информационный, исследовательский. Но все же, кто знает, как скоро мы научимся воссоздавать живую клетку, чтобы исправить этот недостаток?.
Еще один проект — Nature’s SAFE.
Это одно из специализированных сооружений в Европе, предназначенное для длительного хранения живых клеток видов животных, которым грозит наибольшая опасность исчезновения. В банке 40 000 животных.
Кроме таких вот глобальных проектов есть еще и много специализированных. Например, для сохранения образцов пород домашних животных. Ведь кто знает, когда понадобится взять образец какого-нибудь орловского рысака, потому что «что-то современные селекционеры перемудрили не туда» (кто видел когда-нибудь современного английского бульдога, тот понял, о чем это я).
К таким хранилищам относится проект Калмыцкого государственного университета — научно-производственный центр воспроизводства сельскохозяйственных животных. В нем ученые занимаются сохранением пород коров и быков.
В общем, пока голливудские режиссеры придумывают, каким бы новым экзотическим способом сначала уничтожить, а затем спасти человечество, ученые совершенно практично думают о том, как бы этому самому человечеству не остаться на своей планете однажды в полном одиночестве.
Надеюсь, этот рассказ был для вас интересен:) А вы знали что-то о таких хранилищах?
индийский гаур, горбатый азиатский дикий бык (ПРОЖИЛ ТОЛЬКО 48 ЧАСОВ);
бантенг, вид крупного рогатого скота из Юго-Восточной Азии;
лошадь Пржевальского;
и черноногий хорек
Эти 4 истории я рассказываю на лекции о воскрешении вымерших видов (и не только их, конечно).
А есть что-то еще? Да!
Например, Frozen Ark .
Этот проект был основан в 2004 году с той же целью, что и Frozen Zoo. Но его структура совсем другая — это не отдельная коллекция, привязанная к одному учреждению, а распределенная сеть из более чем двух десятков учреждений, таких как зоопарки, музеи и университеты. по всему миру, каждый делится своей коллекцией и знаниями. А все вместе они образуют «распределенную систему бэкапа» мира животных.
Хотя в Frozen Ark больше образцов, чем в Frozen Zoo — 48 000 от 5500 видов — около 90% из них состоят из отдельно ДНК, а не из живых клеток. ДНК требует других условий хранения, более низких температур.
Так как здесь нет живых клеток, то и использовать эти образцы для клонирования животного нельзя. Так что этот бэкап скорее информационный, исследовательский. Но все же, кто знает, как скоро мы научимся воссоздавать живую клетку, чтобы исправить этот недостаток?.
Еще один проект — Nature’s SAFE.
Это одно из специализированных сооружений в Европе, предназначенное для длительного хранения живых клеток видов животных, которым грозит наибольшая опасность исчезновения. В банке 40 000 животных.
Кроме таких вот глобальных проектов есть еще и много специализированных. Например, для сохранения образцов пород домашних животных. Ведь кто знает, когда понадобится взять образец какого-нибудь орловского рысака, потому что «что-то современные селекционеры перемудрили не туда» (кто видел когда-нибудь современного английского бульдога, тот понял, о чем это я).
К таким хранилищам относится проект Калмыцкого государственного университета — научно-производственный центр воспроизводства сельскохозяйственных животных. В нем ученые занимаются сохранением пород коров и быков.
В общем, пока голливудские режиссеры придумывают, каким бы новым экзотическим способом сначала уничтожить, а затем спасти человечество, ученые совершенно практично думают о том, как бы этому самому человечеству не остаться на своей планете однажды в полном одиночестве.
Надеюсь, этот рассказ был для вас интересен:) А вы знали что-то о таких хранилищах?
🔥49❤11👍8👏7