#чума #палеогенетика #news

Истоки «Черной смерти» отследили по древней ДНК.

Геномное исследование, которое провела международная группа ученых, показало, что бактерия-возбудитель чумы, выделенная из древнего захоронения в Киргизии, прямой предок той, что вызвала средневековую пандемию. Как пишет Nature News, эпицентром одной из самых катастрофических пандемий в истории человечества мог быть пункт следования вдоль Великого шелкового пути. Люди, умершие во время вспышки инфекции в XIV веке на территории современной Киргизии, были заражены тем же штаммом бактерии Yersinia pestis, от которой пошли патогены, вызвавшие несколько лет спустя, знаменитую «Черную смерть», средневековую европейскую чуму. В период между 1346 и 1353 годом «Черная смерть» опустошила западную Евразию, убив в некоторых местах до 60% населения. Исторические записи предполагают, что бубонная чума вышла с востока: Кафа на Крымском полуострове, древний город в черте нынешней Феодосии, испытала одну из самых ранних зарегистрированных вспышек чумы во время осады армией Монгольской империи в 1346 году.

Несколько лет назад Филип Славин (Philip Slavin), экономист и историк окружающей среды из Университета Стирлинга (University of Stirling) в Великобритании, начал изучать документацию из двух кладбищ XIV века, расположенных в Киргизии. Эти кладбища, известные как Кара-Джигач и Бурана, отличались необычно большим количеством надгробий с датами смерти в 1338 и 1339 годах, и 10 из них напрямую указывали на эпидемию чумы. Славин сообщил об этом Йоханнесу Краузе (Johannes Krause), известному палеогенетику из Института эволюционной антропологии Макса Планка (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology) в Лейпциге, Германия, и вместе они обратились к останкам из киргизских кладбищ, которые были откопаны в 1880-х и 1890-х годах и перевезены в Санкт-Петербург. Группа под руководством археогенетика Марии Спайроу (Maria Spyrou) из Университета Тюбингена (University of Tübingen) в Германии, получив образцы этих останков, установила последовательность ДНК семи людей, и у троих из них с кладбища Кара-Джигач ученые нашли ДНК Y. pestis. Два полных генома бактерии оказались прямыми предками штамма-причины «Черной смерти», включая образец, полученный у жертвы чумы в Лондоне и проанализированный Краузе в 2011 году. Новое исследование опубликовано в Nature, и его данные подтверждают выдвинутую ранее идею о центрально-азиатском происхождении «Черной смерти.

#иммуннаясистема #денисовцы #папуасы #палеогенетика #news

Загадочные денисовцы могли передать папуасам необходимые для жизни на Новой Гвинее особенности иммунной системы

Аборигены Папуа-Новой Гвинеи унаследовали 5% своего генома от вымершего вида архаичных людей, денисовцев. Денисовцы как вид были установлены в 2010 году, когда ученым под руководством будущего Нобелевского лауреата Сванте Паабо (Svante Pääbo) удалось выделить из фаланги пальца, найденной в пещере Денисова на Алтае, ДНК и определить ее последовательность. «Взаимодействия между денисовцами, неандертальцами и Homo sapiens, имевшие место 50-60 000 лет назад, были просто захватывающими», цитирует Ирен Галлего Ромеро из Мельбурнского университета издание Technology Networks.

На выявлении роли предковой ДНК в геноме современных людей сфокусированы многие исследования. В прошлом году палеогенетики продемонстрировали защитную функцию неандертальского генетического вклада против ВИЧ, хотя те же генетические варианты, похоже, определяют предрасположенность к более тяжелому течению COVID-19. В исследовании, о котором идет речь сейчас, Ромеро с коллегами анализировали те пять процентов папуасской ДНК, которая имеет денисовское происхождение.

Группа под ее руководством определила геномные последовательности 56 папуасов, которые предоставили свой генетический материал для другого проекта, реализуемого теми же учеными. «Образцы собирали в двух разных метах острова Новая Гвинея, на индонезийской стороне и на территории Папуа-Новой Гвинеи, то есть они представляют две разные популяции в пределах одного острова», поясняет Ромеро.

Авторы обнаружили, что ДНК, доставшаяся от денисовцев – но не неандертальская ДНК – находится в участках, которые регулируют экспрессию генов, «включая» и «выключая» те или иные гены в тех или иных клетках в зависимости от потребностей организма и условий, в которых он функционирует. Денисовские варианты в геноме папуасов оказались в участках, регулирующих гены, важные для иммунной системы. Синтезировав небольшие сегменты ДНК, которые содержали «денисовскую» последовательность, ученые затем вносили их в линии В-клеток иммунной системы, выделенные из тех же папуасских популяций. И помещали этот материал в определенное место: непосредственно перед зеленым флуоресцентным белком. Это позволяло судить об активности вносимых сегментов: если они «включали» ген, то белок начинал флуоресцировать. ДНК денисовцев действительно регулировала соседствующие с ней гены в клеточной культуре в отличие от аналогичных сегментов ДНК Homo sapiens. Авторы предполагают, что денисовская ДНК могла поддерживать адаптацию ранних людей, достигших Новой Гвинеи, к местной окружающей среде.