Гордость за страну.
Нейрохирурги Университетской клиники ПИМУ в Нижнем Новгороде впервые в России имплантировали пациенту с фармакорезистентной эпилепсией систему стимуляции блуждающего нерва (VNS) нового поколения, разработанную китайской компанией Rishena Medical.
Устройство отличается увеличенным сроком службы (до 10 лет), широкими параметрами стимуляции и возможностью дистанционного программирования.
VNS-терапия включает установку подкожного генератора электрического тока и электрода на блуждающий нерв, что за одну операцию позволяет подавлять эпилептогенную активность мозга. Настройка стимуляции помогает остановить приступы, сократить их длительность и облегчить восстановление.
Операция стала этапом в развитии VNS-терапии, которая помогает снижать частоту и тяжесть эпилептических приступов.
Нейрохирурги Университетской клиники ПИМУ в Нижнем Новгороде впервые в России имплантировали пациенту с фармакорезистентной эпилепсией систему стимуляции блуждающего нерва (VNS) нового поколения, разработанную китайской компанией Rishena Medical.
Устройство отличается увеличенным сроком службы (до 10 лет), широкими параметрами стимуляции и возможностью дистанционного программирования.
VNS-терапия включает установку подкожного генератора электрического тока и электрода на блуждающий нерв, что за одну операцию позволяет подавлять эпилептогенную активность мозга. Настройка стимуляции помогает остановить приступы, сократить их длительность и облегчить восстановление.
Операция стала этапом в развитии VNS-терапии, которая помогает снижать частоту и тяжесть эпилептических приступов.
pimunn.ru
Врачи Университетской клиники ПИМУ первыми в России имплантировали пациенту с эпилепсией нейростимулятор блуждающего нерва нового…
News
👍2👏1
Опухоль-ассоциированные макрофаги часто оказываются связаны с устойчивостью рака к иммунотерапии, поэтому такие клетки важно отслеживать. Учёные из Бельгии предложили нацеливать на них радиоактивно-меченные наноантитела, специфичные к поверхностному рецептору макрофагов CD163.
Учёные решили использовать в качестве маркера макрофагов их поверхностный рецептор CD163. Для получения нанотел, специфичных к этому белку, они иммунизировали двух лам его внеклеточной частью, а затем отобрали наиболее оптимальный вариант антитела с помощью скрининга связывания.
С помощью AlphaFold исследователи предсказали эпитопы связывания антитела с мышиным и человеческим CD163, а также сайт взаимодействия рецептора с природным лигандом — гемоглобином. Они показали, что участки связывания не совпадают, и антитело не влияет на связывание гемоглобина с CD163.
Учёные убедились, что полученное ими наноантитело не стимулирует иммунные клетки и не является иммуногенным. Затем они проверили его специфичность in vivo, попробовав отследить макрофаги в теле мышей. Нанотело пометили радиоактивным изотопом технеция 99m и ввели животным.
Однофотонная эмиссионная компьютерная томография (ОФЭКТ) показала, что нанотело аккумулировалось во внутренних органах, где обычно скапливаются макрофаги — шейных лимфоузлах, печени, кишечнике, костном мозге. При этом в мышах, нокаутных по CD163, оно не задерживалось. Когда численность макрофагов в организме сокращали с помощью пексидартиниба, который ингибирует рецептор колониестимулирующего фактора роста 1 (CSF1R), накопление меченого нанотела в этих органах заметно снижалось.
Авторы отметили, что ранее описанный «иммунотрекер» — антитело к СD206 — также преимущественно снижал накопление под действием пексидартиниба, в печени этого не происходило, вероятно, из-за экспрессии CD206 в эндотелии синусоидов. Таким образом, анти-CD163-нанотела оказались более специфичным способом отследить макрофаги.
Таким образом, наноантитела к рецептору макрофагов CD163 позволяют неинвазивно прижизненно визуализировать опухоль-ассоциированные макрофаги, чтобы прогнозировать или оценивать ответ опухоли на иммунотерапию.
Прим. адм.: Большой интерес представляет использование радионуклидов не только для визуализации, но и для подавления опухоли.
Учёные решили использовать в качестве маркера макрофагов их поверхностный рецептор CD163. Для получения нанотел, специфичных к этому белку, они иммунизировали двух лам его внеклеточной частью, а затем отобрали наиболее оптимальный вариант антитела с помощью скрининга связывания.
С помощью AlphaFold исследователи предсказали эпитопы связывания антитела с мышиным и человеческим CD163, а также сайт взаимодействия рецептора с природным лигандом — гемоглобином. Они показали, что участки связывания не совпадают, и антитело не влияет на связывание гемоглобина с CD163.
Учёные убедились, что полученное ими наноантитело не стимулирует иммунные клетки и не является иммуногенным. Затем они проверили его специфичность in vivo, попробовав отследить макрофаги в теле мышей. Нанотело пометили радиоактивным изотопом технеция 99m и ввели животным.
Однофотонная эмиссионная компьютерная томография (ОФЭКТ) показала, что нанотело аккумулировалось во внутренних органах, где обычно скапливаются макрофаги — шейных лимфоузлах, печени, кишечнике, костном мозге. При этом в мышах, нокаутных по CD163, оно не задерживалось. Когда численность макрофагов в организме сокращали с помощью пексидартиниба, который ингибирует рецептор колониестимулирующего фактора роста 1 (CSF1R), накопление меченого нанотела в этих органах заметно снижалось.
Авторы отметили, что ранее описанный «иммунотрекер» — антитело к СD206 — также преимущественно снижал накопление под действием пексидартиниба, в печени этого не происходило, вероятно, из-за экспрессии CD206 в эндотелии синусоидов. Таким образом, анти-CD163-нанотела оказались более специфичным способом отследить макрофаги.
Таким образом, наноантитела к рецептору макрофагов CD163 позволяют неинвазивно прижизненно визуализировать опухоль-ассоциированные макрофаги, чтобы прогнозировать или оценивать ответ опухоли на иммунотерапию.
Прим. адм.: Большой интерес представляет использование радионуклидов не только для визуализации, но и для подавления опухоли.
PNAS
Imaging of tumor-associated macrophage dynamics during immunotherapy using a CD163-specific nanobody-based immunotracer
Immunotherapies have emerged as an effective treatment option for immune-related diseases, such as cancer and inflammatory diseases. However, varia...
👍2
Forwarded from Первый университетский
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Около общежития ДСЛ МГУ в Москве была замечена лиса.
😱2
МикроРНК подавляют экспрессию генов за счет комплементарного связывания с мРНК-мишенями. Исследователи из США обнаружили, что белок ALAS1, основная функция которого заключается в биосинтезе гема, также контролирует общее число микроРНК в клетке и регулирует сборку белкового комплекса RISC. Авторы считают, что в перспективе этот эффект можно использовать для усиления действия терапии на основе РНК-интерференции.
В начале исследования авторы внесли мутации в два основных гена биосинтеза гема — ALAS1 и CPOX — в клетках HEK293T как по отдельности, так и одновременно. В клетках с нокаутом ALAS1 и с нокаутом обоих генов наблюдалось повышение общего числа транскриптов миРНК, в то время как в дефицитных только по CPOX клетках отличий не было, что говорит об избирательном эффекте ALAS1.
Также нокаут ALAS1 увеличивал уровень РНК-связывающего белка и ключевого элемента RISC-комплекса Argonaute 2 (Ago2).
С помощью метода сшивания и иммунопреципитации (CLIP), который используется для выявления сайтов связывания РНК и белков, ученые показали, что в клетках с нокаутом ALAS1 выявляется гораздо больше взаимодействий между Ago2 и различными миРНК. Это свидетельствует о том, что потеря ALAS1 способствует глобальному усилению подавления миРНК своих мишеней. Следовательно, ALAS1 не только является репрессором накопления миРНК, но и имеет цитоплазматическую роль, регулируя сборку и активность белковых комплексов Argonaute, хотя ранее он считался неактивным вне митохондрий.
Важно, что результаты исследования полезны с клинической точки зрения. Современные методы лечения острых печеночных порфирий — группы генетических заболеваний, обусловленных дефицитом специфических ферментов биосинтеза гема, направлены на подавление экспрессии печеночного ALAS1, и препарат на основе ингибирующей его малой интерферирующей РНК (siRNA) гивосиран уже одобрен FDA. Принимая во внимание результаты исследования, можно предположить, что истощение ALAS1 способно усилить подавление генов за счет активности миРНК.
В начале исследования авторы внесли мутации в два основных гена биосинтеза гема — ALAS1 и CPOX — в клетках HEK293T как по отдельности, так и одновременно. В клетках с нокаутом ALAS1 и с нокаутом обоих генов наблюдалось повышение общего числа транскриптов миРНК, в то время как в дефицитных только по CPOX клетках отличий не было, что говорит об избирательном эффекте ALAS1.
Также нокаут ALAS1 увеличивал уровень РНК-связывающего белка и ключевого элемента RISC-комплекса Argonaute 2 (Ago2).
С помощью метода сшивания и иммунопреципитации (CLIP), который используется для выявления сайтов связывания РНК и белков, ученые показали, что в клетках с нокаутом ALAS1 выявляется гораздо больше взаимодействий между Ago2 и различными миРНК. Это свидетельствует о том, что потеря ALAS1 способствует глобальному усилению подавления миРНК своих мишеней. Следовательно, ALAS1 не только является репрессором накопления миРНК, но и имеет цитоплазматическую роль, регулируя сборку и активность белковых комплексов Argonaute, хотя ранее он считался неактивным вне митохондрий.
Важно, что результаты исследования полезны с клинической точки зрения. Современные методы лечения острых печеночных порфирий — группы генетических заболеваний, обусловленных дефицитом специфических ферментов биосинтеза гема, направлены на подавление экспрессии печеночного ALAS1, и препарат на основе ингибирующей его малой интерферирующей РНК (siRNA) гивосиран уже одобрен FDA. Принимая во внимание результаты исследования, можно предположить, что истощение ALAS1 способно усилить подавление генов за счет активности миРНК.
Science
Noncanonical role of ALAS1 as a heme-independent inhibitor of small RNA–mediated silencing
microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs) are 21- to 22-nucleotide RNAs that guide Argonaute-class effectors to targets for repression. In this work, we uncover 5-aminolevulinic acid synthase 1 (ALAS1), the initiating enzyme for heme ...
👍1
Русские учёные детально проанализировали установленную ими трехмерную структуру светособирающего комплекса LH2 (от английского – light-harvesting ) из пурпурной серной бактерии Ectothiorhodospira haloalkaliphila, полученную методом криоэлектронной микроскопии с разрешением 1.7 Å – наивысшим для объектов этого класса.
Выяснение архитектуры этих сложноорганизованных молекул является ключом к пониманию деталей механизма улавливания и переноса ими солнечной энергии.
В ходе исследования выяснилось, что бактерия Ect. haloalkaliphila имеет целый кластер генов, кодирующих полипептиды, формирующие LH2. Так, в расшифрованном геноме бактерии было обнаружено шесть пар генов, кодирующих α- и β-полипептиды. Благодаря высокому разрешению была установлена конкретная пара генов, формирующих исследуемый LH2 комплекс.
Свое исследование ученые описали в статье, опубликованной в журнале Structure.
«Структура и взаимное расположение строительных блоков (полипептидов и пигментов) светособирающих комплексов определяют, в частности, спектральные свойства последних. Точное определение состава и координации составляющих комплекс молекул критично важно для детального изучения и корректного описания процессов передачи энергии. Нам удалось получить структуру с очень высоким уровнем детализации, что вкупе с проведенными дополнительными экспериментами сняло вопросы относительно архитектуры и точного состава компонентов LH2 комплекса», — объясняет один из руководителей исследования Константин Бойко, к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории инженерной энзимологии ФИЦ Биотехнологии РАН.
Выяснение архитектуры этих сложноорганизованных молекул является ключом к пониманию деталей механизма улавливания и переноса ими солнечной энергии.
В ходе исследования выяснилось, что бактерия Ect. haloalkaliphila имеет целый кластер генов, кодирующих полипептиды, формирующие LH2. Так, в расшифрованном геноме бактерии было обнаружено шесть пар генов, кодирующих α- и β-полипептиды. Благодаря высокому разрешению была установлена конкретная пара генов, формирующих исследуемый LH2 комплекс.
Свое исследование ученые описали в статье, опубликованной в журнале Structure.
«Структура и взаимное расположение строительных блоков (полипептидов и пигментов) светособирающих комплексов определяют, в частности, спектральные свойства последних. Точное определение состава и координации составляющих комплекс молекул критично важно для детального изучения и корректного описания процессов передачи энергии. Нам удалось получить структуру с очень высоким уровнем детализации, что вкупе с проведенными дополнительными экспериментами сняло вопросы относительно архитектуры и точного состава компонентов LH2 комплекса», — объясняет один из руководителей исследования Константин Бойко, к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории инженерной энзимологии ФИЦ Биотехнологии РАН.
👍1
Forwarded from LanceBio Ventures
Одобрен первый препарат по сонному апноэ
И это... конечно, тирзепатид! Обструктивное сонное апноэ — тяжелое осложнение ожирения, которое сопровождается храпом, нарушением сна и лежит в основе таких последствий, как артериальная гипертензия и рост сердечно-сосудистых рисков. Основной метод его лечения — CPAP (Continuous Positive Airway Pressure), то есть аппарат, который через маску нагнетает воздух в дыхательные пути под давлением и за счет этого устраняет апноэ.
Как пишет сомнолог Александр Мельников, «метод очень эффективный, но не самый комфортный, связанный с определенными психологическими проблемами — и в результате с невысокой комплаентностью, то есть многие пациенты предпочитают храпеть, задыхаться, не высыпаться — но не привязывать себя к аппарату. Не самое дальновидное поведение, но, увы, широко распространенное».
В клиническом исследовании тирзепатида в течение года на людях с ожирением почти у половины участников показатели дыхания во сне стали такими же, как у здоровых людей! Индекс апноэ-гипопноэ, характеризующий степень тяжести апноэ сна, снизился в среднем вдвое — и на фоне CPAP, и без (в контроле почти не изменился). Конечно, как и в других исследованиях, наблюдались нежелательные явления со стороны ЖКТ, и пока неизвестно соотношение пользы и риска при долговременном применении, а также насколько препарат сможет заменить CPAP, но это всё равно впечатляющие результаты — ни один лекарственный препарат раньше такого не добивался
И это... конечно, тирзепатид! Обструктивное сонное апноэ — тяжелое осложнение ожирения, которое сопровождается храпом, нарушением сна и лежит в основе таких последствий, как артериальная гипертензия и рост сердечно-сосудистых рисков. Основной метод его лечения — CPAP (Continuous Positive Airway Pressure), то есть аппарат, который через маску нагнетает воздух в дыхательные пути под давлением и за счет этого устраняет апноэ.
Как пишет сомнолог Александр Мельников, «метод очень эффективный, но не самый комфортный, связанный с определенными психологическими проблемами — и в результате с невысокой комплаентностью, то есть многие пациенты предпочитают храпеть, задыхаться, не высыпаться — но не привязывать себя к аппарату. Не самое дальновидное поведение, но, увы, широко распространенное».
В клиническом исследовании тирзепатида в течение года на людях с ожирением почти у половины участников показатели дыхания во сне стали такими же, как у здоровых людей! Индекс апноэ-гипопноэ, характеризующий степень тяжести апноэ сна, снизился в среднем вдвое — и на фоне CPAP, и без (в контроле почти не изменился). Конечно, как и в других исследованиях, наблюдались нежелательные явления со стороны ЖКТ, и пока неизвестно соотношение пользы и риска при долговременном применении, а также насколько препарат сможет заменить CPAP, но это всё равно впечатляющие результаты — ни один лекарственный препарат раньше такого не добивался
Исследователи из Корейского института передовых технологий (KAIST) разработали технологию, которая может возвращать раковые клетки толстой кишки в нормальное состояние, избегая их уничтожения и сопутствующих побочных эффектов.
Основываясь на анализе траекторий дифференциации клеток, учёные создали цифровой двойник генной сети и выявили молекулярные переключатели, способные восстанавливать нормальные функции клеток. Этот подход подтвердили эксперименты и исследования на животных.
Работа открывает путь к обратимой терапии рака, применимой к различным его типам, и создаёт основу для систематического определения целей лечения.
Основываясь на анализе траекторий дифференциации клеток, учёные создали цифровой двойник генной сети и выявили молекулярные переключатели, способные восстанавливать нормальные функции клеток. Этот подход подтвердили эксперименты и исследования на животных.
Работа открывает путь к обратимой терапии рака, применимой к различным его типам, и создаёт основу для систематического определения целей лечения.
The Advanced Portfolio
Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion
A computational framework, single-cell Boolean network inference and control (BENEIN), is presented. Applying BENEIN to human large intestinal single-cell transcriptome, MYB, HDAC2, and FOXA2 are ide...
👍2
Forwarded from Liza Loves Biology
С удивлением узнала, что Александр Флеминг (да-да, который пенициллин открыл) был не только прекрасным ученым, но и деятельным масоном. Он состоял во многих масонских ложах в разных должностях и даже был избран первым великим диаконом Объединенной великой ложи Англии. Так что Флеминг, помимо ученого, удостоенного многих премий и регалий, был еще и вольным каменщиком.
Forwarded from АНЧА БАРАНОВА
Что за генотерапию от гемофилии делают сейчас в НМИЦ гематологии?
Это генотерапевтическая конструкция, однократно доставляемая адено-ассоциированным вирусом прямо в печень, где от этого восстанавливается экспрессия фактора IX.
Когда этого фактора совсем нет, а такое бывает только у мальчиков, унаследовавших поврежденный ген вместе с Х-хромосомой мамы, получается заболевание под названием «гемофилия типа В». Как у царской семьи.
Вот примерно вот это все каналы уже написали. А мы дополним.
1) почему в печень? Потому что многие растворимые факторы крови делаются именно печенью. А еще потому, что доставка до печени - легкая задача, по сравнению с доставкой в мозг. Потому генотерапевтическое лечение гемофилии у нас есть, а вот, к примеры, генетически-унаследованной эпилепсии - нет.
2) полное ли излечение получается от однократной инъекции препарата? Технически — неполное. Потому что не каждая клетка печени научается делать фактор IX. Но в реальности даже если уровень фактора в крови станет всего лишь пять процентов от нормы — это уже отлично. Это небо и земля по сравнению с нулем. Риски погибнуть от малейшей травмы для больного гемофилией снижаются в разы.
3) уникальный ли препарат?
В каком-то смысле любой генотерапевтический препарат уникален, так как при создании вектора могут быть использованы не идентичные подходы. Однако, по международным патентным правилам, скорее всего, конфликт есть.
Сходный препарат от гемофилии В одобрен в США и Европе под названием “HEMGENIX”. Он производится компанией uniQure Inc. и распространяется компанией CSL Behring LLC.
Причем препарат на том же векторе, на AAV5.
Еще в параллель свой препарат допиливает Pfizer, на другом, более «хитром» векторе.
Именно потому, чтобы по патентам «разойтись».
Имеющийся препарат HEMGENIX похож на будущий российский очень. Цена пролечивания одного больного - 3.5 миллиона долларов. В 2021 году, когда его одобрили, он был самым дорогим препаратом в мире.
Это цена включает в себя кучу затрат на испытания. В России клинические испытания обходятся намного дешевле, а потому и стоимость препарата будет гораздо ниже.
Морали в этой сказке нет. Защита интеллектуальной собственности — краеугольный камень современной биотехнологии. Без нее она не сможет развиваться. Но ценовой вопрос завел систему в состояние патовое, и «развалил» мировые системы здравоохранения. Уже развалил. «Случай в Манхэттене» - яркий пример. Поскольку система некоторым больным предписывает лечение за 3.5 миллиона долларов, эти деньги должны быть съэклномлены за счет невыполнения тысяч рутинных процедур.
Поэтому в сложившейся ситуации каждый выруливает как может. Это относится и к странам, и к компаниям-разработчикам, и к отдельным людям.
А мы про этот разваливающийся клубок «сдержек и противовесов» писали и будем писать. Разбор таких полетов - важная часть работы нашего канала.
Это генотерапевтическая конструкция, однократно доставляемая адено-ассоциированным вирусом прямо в печень, где от этого восстанавливается экспрессия фактора IX.
Когда этого фактора совсем нет, а такое бывает только у мальчиков, унаследовавших поврежденный ген вместе с Х-хромосомой мамы, получается заболевание под названием «гемофилия типа В». Как у царской семьи.
Вот примерно вот это все каналы уже написали. А мы дополним.
1) почему в печень? Потому что многие растворимые факторы крови делаются именно печенью. А еще потому, что доставка до печени - легкая задача, по сравнению с доставкой в мозг. Потому генотерапевтическое лечение гемофилии у нас есть, а вот, к примеры, генетически-унаследованной эпилепсии - нет.
2) полное ли излечение получается от однократной инъекции препарата? Технически — неполное. Потому что не каждая клетка печени научается делать фактор IX. Но в реальности даже если уровень фактора в крови станет всего лишь пять процентов от нормы — это уже отлично. Это небо и земля по сравнению с нулем. Риски погибнуть от малейшей травмы для больного гемофилией снижаются в разы.
3) уникальный ли препарат?
В каком-то смысле любой генотерапевтический препарат уникален, так как при создании вектора могут быть использованы не идентичные подходы. Однако, по международным патентным правилам, скорее всего, конфликт есть.
Сходный препарат от гемофилии В одобрен в США и Европе под названием “HEMGENIX”. Он производится компанией uniQure Inc. и распространяется компанией CSL Behring LLC.
Причем препарат на том же векторе, на AAV5.
Еще в параллель свой препарат допиливает Pfizer, на другом, более «хитром» векторе.
Именно потому, чтобы по патентам «разойтись».
Имеющийся препарат HEMGENIX похож на будущий российский очень. Цена пролечивания одного больного - 3.5 миллиона долларов. В 2021 году, когда его одобрили, он был самым дорогим препаратом в мире.
Это цена включает в себя кучу затрат на испытания. В России клинические испытания обходятся намного дешевле, а потому и стоимость препарата будет гораздо ниже.
Морали в этой сказке нет. Защита интеллектуальной собственности — краеугольный камень современной биотехнологии. Без нее она не сможет развиваться. Но ценовой вопрос завел систему в состояние патовое, и «развалил» мировые системы здравоохранения. Уже развалил. «Случай в Манхэттене» - яркий пример. Поскольку система некоторым больным предписывает лечение за 3.5 миллиона долларов, эти деньги должны быть съэклномлены за счет невыполнения тысяч рутинных процедур.
Поэтому в сложившейся ситуации каждый выруливает как может. Это относится и к странам, и к компаниям-разработчикам, и к отдельным людям.
А мы про этот разваливающийся клубок «сдержек и противовесов» писали и будем писать. Разбор таких полетов - важная часть работы нашего канала.
👍1
Forwarded from Алексей Хохлов
Декабрь оказался щедрым на подарки тем, кому интересна публикационная статистика в научных журналах. В посте от 12 декабря я сообщал об обновлениях на сайте elibrary, в частности о том, что вся инфографика для оценки и анализа уровня российских научных журналов теперь находится в открытом доступе.
А сегодня пришло еще одно очень позитивное известие: в проекте CoLab появился раздел о научных журналах, который включает статистику не только по российским, но вообще по всем журналам, входящим в Web of Science, Scopus, Белый Список и иным. Вот сообщение в их ТГ-канале:
https://t.iss.one/colaboratory/1683
А вот ссылка на сам раздел «Журналы», который включает статистику по более чем 50 тысячам журналов с использованием базы данных проекта CoLab по 1.7 млрд. цитирований и 8 тысячам организаций:
https://colab.ws/journals
Я бегло познакомился с этим ресурсом – им очень удобно пользоваться, и он дает богатейшую пищу для размышлений. Так что коллеги молодцы. Проект выполнен без какого-либо финансирования из госбюджета. Особенно выигрышно все это смотрится в сравнении со страничкой Белого списка на сайте Российского центра научной информации:
https://journalrank.rcsi.science/ru/
А сегодня пришло еще одно очень позитивное известие: в проекте CoLab появился раздел о научных журналах, который включает статистику не только по российским, но вообще по всем журналам, входящим в Web of Science, Scopus, Белый Список и иным. Вот сообщение в их ТГ-канале:
https://t.iss.one/colaboratory/1683
А вот ссылка на сам раздел «Журналы», который включает статистику по более чем 50 тысячам журналов с использованием базы данных проекта CoLab по 1.7 млрд. цитирований и 8 тысячам организаций:
https://colab.ws/journals
Я бегло познакомился с этим ресурсом – им очень удобно пользоваться, и он дает богатейшую пищу для размышлений. Так что коллеги молодцы. Проект выполнен без какого-либо финансирования из госбюджета. Особенно выигрышно все это смотрится в сравнении со страничкой Белого списка на сайте Российского центра научной информации:
https://journalrank.rcsi.science/ru/
Telegram
CoLab.ws
⚡️Новый раздел на CoLab⚡️
Коллеги, рады вам представить раздел «Журналы». В этом разделе собраны научные журналы, входящие в Белый Список, WoS, Скопус, а также иные, имеющие DOI.
На странице /journals можно осуществить поиск по названию и ISSN, а также…
Коллеги, рады вам представить раздел «Журналы». В этом разделе собраны научные журналы, входящие в Белый Список, WoS, Скопус, а также иные, имеющие DOI.
На странице /journals можно осуществить поиск по названию и ISSN, а также…
Forwarded from Алексей Хохлов
Продолжаю серию постов о пяти наиболее важных научных достижениях этого года по версии данного ТГ-канала. В двух вчерашних постах и одном позавчерашнем я описал достижения, которые по моему субъективному рейтингу находятся на местах 3, 4 и 5, так что сейчас подошло время поговорить о втором месте. Это исследования в области развития инструментов искусственного интеллекта (ИИ), куда же без них.
Тут складывается любопытная ситуация. Что касается Больших Языковых Моделей (Large Language Models, LLM) – типа ChatGPT, которые столь громко прозвучали в 2023 году, нарастает общий скепсис относительно их полезности, особенно для научных исследований. Достаточно вспомнить статью с вызывающим заголовком «ChatGPT is Bullshit» (пост от 18 июня):
https://link.springer.com/article/10.1007/s10676-024-09775-5
или статью в Nature, в которой показано как инструменты ИИ на основе LLM быстро деградируют (в плане качества выдаваемых текстов), если обучение нейросети происходит на текстах, генерируемых самой этой нейросетью (пост от 26 июля). Девяти поколений применения такой процедуры достаточно, чтобы вместо осмысленного текста нейросеть начала выдавать полную «тарабарщину»:
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07566-y
В данном ТГ-канале я неоднократно писал, что инструменты ИИ смогут стать полноценными помощниками в проведении научных исследований только, если их удастся «подружить» с математикой и физикой. Как отмечал разработчик сервисов ИИ от Сбера Сергей Марков (пост от 31 июля), «Попробуйте попросить ChatGPT отсортировать тысячу чисел по возрастанию. Окажется, что такую простую задачу для человека эта языковая модель выполнить не сможет. Языковая модель довольно плохо играет в шахматы (в отличие от специально созданных под такие нужды программ), даже не может хорошо решать арифметические задачи — с этим куда лучше справляется обычный калькулятор. Модель легко нарисует астронавта, скачущего на лошади, но если попросите ее изобразить лошадь, скачущую на астронавте, то человек сделает это куда успешнее.»
В направлении разработки инструментов ИИ для науки в 2024 году произошли заметные продвижения у нескольких компаний и научных групп, из которых я бы выделил Google DeepMind. Нобелевская премии по химии присуждена сотрудникам этой компании Демису Хассабису и Джону Джамперу за разработку компьютерной программы AlphaFold2 для предсказания пространственной структуры белков по известной последовательности аминокислотных остатков с использованием инструментов ИИ. В 2024 году новый вариант этой программы AlphaFold3 перешел в категорию «open source» и ученые теперь могут непосредственно скачать соответствующий программный код и использовать его в своей работе (пост от 13 ноября):
https://www.nature.com/articles/d41586-024-03708-4
Отмечу также недавнее содержательное эссе сотрудников Google DeepMind о перспективах использования возможностей искусственного интеллекта (ИИ) в науке (пост от 10 декабря):
https://deepmind.google/public-policy/ai-for-science/
Перевод этого эссе на русский язык можно посмотреть здесь:
https://t.iss.one/abulaphia/5321
Тут складывается любопытная ситуация. Что касается Больших Языковых Моделей (Large Language Models, LLM) – типа ChatGPT, которые столь громко прозвучали в 2023 году, нарастает общий скепсис относительно их полезности, особенно для научных исследований. Достаточно вспомнить статью с вызывающим заголовком «ChatGPT is Bullshit» (пост от 18 июня):
https://link.springer.com/article/10.1007/s10676-024-09775-5
или статью в Nature, в которой показано как инструменты ИИ на основе LLM быстро деградируют (в плане качества выдаваемых текстов), если обучение нейросети происходит на текстах, генерируемых самой этой нейросетью (пост от 26 июля). Девяти поколений применения такой процедуры достаточно, чтобы вместо осмысленного текста нейросеть начала выдавать полную «тарабарщину»:
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07566-y
В данном ТГ-канале я неоднократно писал, что инструменты ИИ смогут стать полноценными помощниками в проведении научных исследований только, если их удастся «подружить» с математикой и физикой. Как отмечал разработчик сервисов ИИ от Сбера Сергей Марков (пост от 31 июля), «Попробуйте попросить ChatGPT отсортировать тысячу чисел по возрастанию. Окажется, что такую простую задачу для человека эта языковая модель выполнить не сможет. Языковая модель довольно плохо играет в шахматы (в отличие от специально созданных под такие нужды программ), даже не может хорошо решать арифметические задачи — с этим куда лучше справляется обычный калькулятор. Модель легко нарисует астронавта, скачущего на лошади, но если попросите ее изобразить лошадь, скачущую на астронавте, то человек сделает это куда успешнее.»
В направлении разработки инструментов ИИ для науки в 2024 году произошли заметные продвижения у нескольких компаний и научных групп, из которых я бы выделил Google DeepMind. Нобелевская премии по химии присуждена сотрудникам этой компании Демису Хассабису и Джону Джамперу за разработку компьютерной программы AlphaFold2 для предсказания пространственной структуры белков по известной последовательности аминокислотных остатков с использованием инструментов ИИ. В 2024 году новый вариант этой программы AlphaFold3 перешел в категорию «open source» и ученые теперь могут непосредственно скачать соответствующий программный код и использовать его в своей работе (пост от 13 ноября):
https://www.nature.com/articles/d41586-024-03708-4
Отмечу также недавнее содержательное эссе сотрудников Google DeepMind о перспективах использования возможностей искусственного интеллекта (ИИ) в науке (пост от 10 декабря):
https://deepmind.google/public-policy/ai-for-science/
Перевод этого эссе на русский язык можно посмотреть здесь:
https://t.iss.one/abulaphia/5321
Nature
AI protein-prediction tool AlphaFold3 is now more open
Nature - The code underlying the Nobel-prize-winning tool for modelling protein structures can now be downloaded by academics.
Forwarded from Алексей Хохлов
Завершаю серию постов о пяти наиболее важных научных достижениях этого года по версии данного ТГ-канала. В постах от 23, 24 и 25 декабря я назвал достижения 2024 года, которые в моем субъективно составленном рейтинге располагаются на местах 2-5. Осталось только назвать наиболее важное достижение. Считаю, что таковым является демонстрация возможности дарвиновской эволюции в биополимерном РНК-мире без какого-либо участия белковых ферментов (пост от 30 марта).
Действительно, вопрос о том, как могло возникнуть такое удивительное явление, которое мы называем «жизнь», является одним из наиболее фундаментальных вызовов для современного естествознания. В 2024 году мы продвинулись на один шаг к пониманию этого явления. 4 марта в PNAS опубликована статья Джеральда Джойса с соавторами (Институт биологических исследований Солка, США), в которой впервые удалось получить весомые доказательства возможности элементарных процессов «РНК-жизни».
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2321592121
Согласно современным воззрениям, исходные молекулярные процессы, которые впоследствии развились в явление «жизни», происходили в «РНК-мире», где еще не было ни молекул белков, ни ДНК, существовали лишь биополимеры РНК, которые выполняли как функции хранения информации, так и функции катализа важных для процессов «жизни» реакций. В опубликованной Д.Джойсом с соавторами работе удалось получить рибозим-полимеразу (молекулу РНК, размножающую рибозимы, т.е. катализаторы на основе РНК) с такой точностью, что способность к катализу не только не теряется, но улучшается в каждом следующем поколении.
Таким образом, продемонстрирована возможность дарвиновской эволюции в «РНК-мире» без какого-либо участия белковых ферментов. В каждом следующем поколении происходит накопление полезных мутаций и рост «приспособленности» размножаемых молекул. Следующим шагом должно стать достижение такой точности синтеза, который позволил бы рибозим-полимеразам воспроизводить самих себя. Думаю, что накопленный в группе Д.Джойса объем «big data» (он работает в этой области около 30 лет) мог бы позволить применить для этой решения этой проблемы инструменты искусственного интеллекта.
С подробностями обсуждаемой работы на русском языке можно также ознакомиться здесь:
https://elementy.ru/novosti_nauki/434208/Evolyutsiya_ribozimov_razmnozhaemykh_ribozimami_eshche_odin_shag_k_vossozdaniyu_RNK_zhizni_v_probirke/t379113/Aleksandr_Markov
Действительно, вопрос о том, как могло возникнуть такое удивительное явление, которое мы называем «жизнь», является одним из наиболее фундаментальных вызовов для современного естествознания. В 2024 году мы продвинулись на один шаг к пониманию этого явления. 4 марта в PNAS опубликована статья Джеральда Джойса с соавторами (Институт биологических исследований Солка, США), в которой впервые удалось получить весомые доказательства возможности элементарных процессов «РНК-жизни».
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2321592121
Согласно современным воззрениям, исходные молекулярные процессы, которые впоследствии развились в явление «жизни», происходили в «РНК-мире», где еще не было ни молекул белков, ни ДНК, существовали лишь биополимеры РНК, которые выполняли как функции хранения информации, так и функции катализа важных для процессов «жизни» реакций. В опубликованной Д.Джойсом с соавторами работе удалось получить рибозим-полимеразу (молекулу РНК, размножающую рибозимы, т.е. катализаторы на основе РНК) с такой точностью, что способность к катализу не только не теряется, но улучшается в каждом следующем поколении.
Таким образом, продемонстрирована возможность дарвиновской эволюции в «РНК-мире» без какого-либо участия белковых ферментов. В каждом следующем поколении происходит накопление полезных мутаций и рост «приспособленности» размножаемых молекул. Следующим шагом должно стать достижение такой точности синтеза, который позволил бы рибозим-полимеразам воспроизводить самих себя. Думаю, что накопленный в группе Д.Джойса объем «big data» (он работает в этой области около 30 лет) мог бы позволить применить для этой решения этой проблемы инструменты искусственного интеллекта.
С подробностями обсуждаемой работы на русском языке можно также ознакомиться здесь:
https://elementy.ru/novosti_nauki/434208/Evolyutsiya_ribozimov_razmnozhaemykh_ribozimami_eshche_odin_shag_k_vossozdaniyu_RNK_zhizni_v_probirke/t379113/Aleksandr_Markov
PNAS
RNA-catalyzed evolution of catalytic RNA | PNAS
An RNA polymerase ribozyme that was obtained by directed evolution can propagate a
functional RNA through repeated rounds of replication and select...
functional RNA through repeated rounds of replication and select...
Forwarded from Радио Sputnik
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Нейросети "оживили" последний бал Российской империи.
В феврале 1903 года в честь 290-летия дома Романовых в Зимнем дворце прошел знаменитый бал-маскарад, все участники которого нарядились в роскошные русские костюмы эпохи Ивана Грозного, созданные по эскизам театральных художников.
Энтузиасты с помощью нейросетей и сохранившихся фотографий "оживили" самое яркое придворное событие России начала 20 века.
Радио Sputnik
В феврале 1903 года в честь 290-летия дома Романовых в Зимнем дворце прошел знаменитый бал-маскарад, все участники которого нарядились в роскошные русские костюмы эпохи Ивана Грозного, созданные по эскизам театральных художников.
Энтузиасты с помощью нейросетей и сохранившихся фотографий "оживили" самое яркое придворное событие России начала 20 века.
Радио Sputnik
👍1🔥1
Синтетические белки, построенные из D-аминокислот, — это иньересный и перспективный инструмент для исследований и терапии, так как они стабильнее L-аминокислотных белков и неиммуногенны. Ученые из Германии и США синтезировали D-монотела (миметики антител) и показали, что их можно специфично нацелить на онкогенную тирозинкиназу в клетках человека.
Монотела — разновидность синтетических связывающих белков. Это небольшие (около 90 аминокислотных остатков) белки, которые удобно получать химическим синтезом.
Первым делом авторы работы получили D-вариант SH2-домена человеческой тирозинкиназы BCR::ABL1 — гибридного белка, отвечающего за онкогенную трансформацию клеток. С помощью фагового дисплея они отобрали L-монотела, специфичные к этому «зеркальному» домену.
Два наиболее оптимальных монотела ученые использовали для того, чтобы определить структурные основы распознавания D- и L-белковых структур. Они получили кристаллические структуры комплексов монотело-SH2. В обеих структурах D-аминокислотный SH2 домен формировал димеры через дисульфидный мостик. Ключевую роль со стороны монотела играла FG-петля, которая формировала β-складчатую структуру, взаимодействующая с β-структурами D-SH2. Связывание стабилизировалось ионными взаимодействиями между остатками глутамата и аргинина в составе белков.
Для каждого из двух монотел авторы оптимизировали путь синтеза его зеркального двойника. Полученные структуры — D-DAM21 и D-DAM27 — оказались способны связывать природный вариант SH2-домена тирозинкиназы (L-BCR::ABL1) c высокой селективностью. Механизм их взаимодействия подтвердили, анализируя кристаллические структуры комплексов. Затем связывание D-монотел с полноразмерной тирозинкиназой проверили в клеточных лизатах и на клетках.
Таким образом, исследователи продемонстрировали не только концептуальную перспективность, но и применимость синтетических «зеркальных» белков.
Монотела — разновидность синтетических связывающих белков. Это небольшие (около 90 аминокислотных остатков) белки, которые удобно получать химическим синтезом.
Первым делом авторы работы получили D-вариант SH2-домена человеческой тирозинкиназы BCR::ABL1 — гибридного белка, отвечающего за онкогенную трансформацию клеток. С помощью фагового дисплея они отобрали L-монотела, специфичные к этому «зеркальному» домену.
Два наиболее оптимальных монотела ученые использовали для того, чтобы определить структурные основы распознавания D- и L-белковых структур. Они получили кристаллические структуры комплексов монотело-SH2. В обеих структурах D-аминокислотный SH2 домен формировал димеры через дисульфидный мостик. Ключевую роль со стороны монотела играла FG-петля, которая формировала β-складчатую структуру, взаимодействующая с β-структурами D-SH2. Связывание стабилизировалось ионными взаимодействиями между остатками глутамата и аргинина в составе белков.
Для каждого из двух монотел авторы оптимизировали путь синтеза его зеркального двойника. Полученные структуры — D-DAM21 и D-DAM27 — оказались способны связывать природный вариант SH2-домена тирозинкиназы (L-BCR::ABL1) c высокой селективностью. Механизм их взаимодействия подтвердили, анализируя кристаллические структуры комплексов. Затем связывание D-монотел с полноразмерной тирозинкиназой проверили в клеточных лизатах и на клетках.
Таким образом, исследователи продемонстрировали не только концептуальную перспективность, но и применимость синтетических «зеркальных» белков.
pcr.news
Состоящие из D-аминокислот монотела селективно связываются с человеческим белком
🤔1
Forwarded from Сколтех
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
🍊 К важным новостям: учёные Сколтеха создали программный комплекс, который обеспечит качественные мандарины на прилавках вашего магазина.
На самом деле речь идёт об ИИ-решении для всех овощей и фруктов. В отличие от других подобных систем, изобретение может выявлять дефекты на всей поверхности плода, а не только на той его части, которая первой попадает в поле зрения камеры.
В устройстве используется мультиспектральный объектив, который «видит» процессы гниения намного раньше, чем их может заметить человек. При этом ИИ не просто сигнализирует о порче плодов, но и классифицирует ею: что-то выбрасывают или перенаправляют на вторичную переработку.
👉 Подробнее в материале Известий.
«Наша система способна с помощью мультиспектральной камеры выявлять признаки гниения на плодах до того, как они станут видимы человеческому глазу. Она работает в ближайшем инфракрасном диапазоне с длиной волны 900–950 нанометров. Если появится более чувствительное оборудование, то мы сможем делать это еще раньше. Для распознавания овощей и фруктов мы используем искусственный интеллект, который обучаем на снимках, ведь фактически видео — это высокая последовательность кадров», — рассказал младший инженер-исследователь Проектного центра агротехнологий Сколтеха Никита Стасенко.
В устройстве используется мультиспектральный объектив, который «видит» процессы гниения намного раньше, чем их может заметить человек. При этом ИИ не просто сигнализирует о порче плодов, но и классифицирует ею: что-то выбрасывают или перенаправляют на вторичную переработку.
👉 Подробнее в материале Известий.
Forwarded from Записки Cтарого Деда
Если увидите подобную новость сегодня:
https://www.yahoo.com/news/korean-researchers-cancer-undo-button-125658079.html
Не ведитесь. Это очередной скам от СМИ. Вот оригинал статьи:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202402132
Если прочесть внимательно Абстракт, то можно заметить что исследование полностью computational. Это означает что они просто взяли данные и использовали математические методы для их анализа. Они даже не предлагают метод терапии, то есть они просто представили концепцию. Все это совершенно не обещает нам что это сработает на человеке, или даже на мышах.
Я понимаю что СМИ иногда преувеличивает clinical trials, когда какая-нибудь терапия прошла первую стадию, или преувеличивает когда что-то на мышах сработало, но вот эта новость сегодняшняя — это слишком, мне кажется.
Представьте кто-нибудь сидит сейчас с раком, прочитал новость и теперь радуется что возможно он проживет не 3 года, а 30 лет. Я считаю это издевательство над людьми.
https://www.yahoo.com/news/korean-researchers-cancer-undo-button-125658079.html
Не ведитесь. Это очередной скам от СМИ. Вот оригинал статьи:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202402132
Если прочесть внимательно Абстракт, то можно заметить что исследование полностью computational. Это означает что они просто взяли данные и использовали математические методы для их анализа. Они даже не предлагают метод терапии, то есть они просто представили концепцию. Все это совершенно не обещает нам что это сработает на человеке, или даже на мышах.
Я понимаю что СМИ иногда преувеличивает clinical trials, когда какая-нибудь терапия прошла первую стадию, или преувеличивает когда что-то на мышах сработало, но вот эта новость сегодняшняя — это слишком, мне кажется.
Представьте кто-нибудь сидит сейчас с раком, прочитал новость и теперь радуется что возможно он проживет не 3 года, а 30 лет. Я считаю это издевательство над людьми.
Yahoo News
Korean researchers find cancer undo button, turn tumor cells to normal ones
This is a significant departure from traditional cancer treatments that rely on killing cancer cells, often leading to severe side effects.
Моноклональное антитело прасинезумаб улучшает моторные симптомы при быстрой прогрессии болезни Паркинсона
В патогенезе болезни Паркинсона важное значение имеет распространение агрегатов α-синуклеина. Прасинезумаб — это первое терапевтическое моноклональное антитело, которое способно связываться с агрегатами α-синуклеина, а также с его мономерами и промежуточными олигомерами. Действие прасинезумаба проверили в фазе 2 двойного слепого рандомизированного плацебо-контролируемого клинического исследования.
Учёные показали, что действие прасинезумаба приводило к улучшению моторной симптоматики в субпопуляциях пациентов с более быстрой прогрессией болезни Паркинсона.
Однако эффективность прасинезумаба в лечении ранних стадий болезни Паркинсона будет проверятся и далее.
В патогенезе болезни Паркинсона важное значение имеет распространение агрегатов α-синуклеина. Прасинезумаб — это первое терапевтическое моноклональное антитело, которое способно связываться с агрегатами α-синуклеина, а также с его мономерами и промежуточными олигомерами. Действие прасинезумаба проверили в фазе 2 двойного слепого рандомизированного плацебо-контролируемого клинического исследования.
Учёные показали, что действие прасинезумаба приводило к улучшению моторной симптоматики в субпопуляциях пациентов с более быстрой прогрессией болезни Паркинсона.
Однако эффективность прасинезумаба в лечении ранних стадий болезни Паркинсона будет проверятся и далее.
pcr.news
Прасинезумаб улучшает моторные симптомы при быстрой прогрессии болезни Паркинсона
👍1
Forwarded from Лесик
40 лет первому испытанию аналога "Бурана"
29 декабря 1984 года, на взлётной полосе в подмосковном Жуковском состоялось историческое событие — первая рулёжка самолёта-аналога космического корабля "Буран". За штурвалом БТС-002 находились заслуженный лётчик-испытатель СССР Игорь Петрович Волк и лётчик-испытатель Римантас Антанас Станкявичус.
Уникальная машина с бортовым номером "СССР-3501002" была оснащена четырьмя турбореактивными двигателями: двумя АЛ-31 и двумя АЛ-31Ф с тягой по 12,5 тонн каждый. В просторной кабине объёмом около 70 кубометров экипаж размещался в специальных аварийно-спасательных креслах К-36Л.
Первое испытание проходило на малой скорости в 40-45 км/ч, хотя сам аппарат мог развивать скорость до 600 км/ч. Его длина составляла 36,4 метра, размах крыла 24 метра и высота на стоянке 16,5 метра, а максимальный взлётный вес составлял 92 тонны . В дальнейшем БТС-002 выполнил 24 испытательных полёта и множество автоматических посадок, внеся неоценимый вклад в программу "Буран".
29 декабря 1984 года, на взлётной полосе в подмосковном Жуковском состоялось историческое событие — первая рулёжка самолёта-аналога космического корабля "Буран". За штурвалом БТС-002 находились заслуженный лётчик-испытатель СССР Игорь Петрович Волк и лётчик-испытатель Римантас Антанас Станкявичус.
Уникальная машина с бортовым номером "СССР-3501002" была оснащена четырьмя турбореактивными двигателями: двумя АЛ-31 и двумя АЛ-31Ф с тягой по 12,5 тонн каждый. В просторной кабине объёмом около 70 кубометров экипаж размещался в специальных аварийно-спасательных креслах К-36Л.
Первое испытание проходило на малой скорости в 40-45 км/ч, хотя сам аппарат мог развивать скорость до 600 км/ч. Его длина составляла 36,4 метра, размах крыла 24 метра и высота на стоянке 16,5 метра, а максимальный взлётный вес составлял 92 тонны . В дальнейшем БТС-002 выполнил 24 испытательных полёта и множество автоматических посадок, внеся неоценимый вклад в программу "Буран".
👍1