#it_is_Friday_my_fellows

Привет, коллега!

Очень короткая рабочая неделя заканчивается (вот бы всегда так быстро), но впереди нас ждёт большой рабочий год. Предлагаю сегодня хорошенько настроиться на предстоящие дела и задать рабочее настроение. И сделаем это немного магическим способом.

Данный пост заряжен сотрудниками НИИЧАВО на исполнение одного научного желания. Напиши в комментариях, чего бы ты хотел в этом году для своей карьеры и это обязательно сбудется! Я, например, загадаю, чтобы все поданные статьи успели принять к публикации до отчёта по моему РНФ. Не знаю, что, кроме чуда, им поможет 😅

А в конце года подведём итоги и напишем отчёт, а то и целую монографию

#диссероплетение

Систематизируй, цитируй, выживай

Привет, коллега!

Коль скоро в одном из недавних постов я упомянула программы для систематизации литературы, решила рассказать о том, что это такое, зачем они нужны и привести наиболее популярные примеры.

Итак, допустим ты научился искать литературу в разных базах данных, накачал себе статей и решил их все прочитать. В начале научной карьеры, я завела себе специальную статейную тетрадь, в которой для каждой статьи выписывала дизайн эксперимента, основные выводы и полезные заметки. Также видела как люди делают что-то похожее в ворде, в том числе онлайн, а также создают иерархию среди документов и оглавление с подуровнями.

Но что если я скажу, что всю эту функцию могут взять на себя специализированные программы? Ты просто добавляешь pdf статьи, она сама грузит всё в облако и распознаёт все выходные данные. Многие программы имеют даже специальный импортер статей из браузера. Далее внутри программы статьи могут быть распределены по папкам и подпапкам, можно писать заметки, выделять текст и комментировать его, ставить хештеги для облегчения поиска.

Но мало того, что такие программы позволяют навести порядок в своей библиотеке, основная причина их использования - автоматическое создание ссылок и списка литературы в практически любом стиле. Например, ты пишешь обзор к диплому и тебе нужно оформить ссылки по ГОСТу. Имея такую программу и синхронизацию с текстовым редактором, ты расставляешь ссылки в нужных местах, а система автоматически составит список литературы.

А если ты захочешь взять кусок этого текста и переделать в статью для какого-нибудь журнала, то буквально за пару кликов ты можешь изменить стиль цитирования. Причём в базах таких программ уже содержится огромное количество стилей под любые популярные журналы. В крайнем случае, для многих из них можно создать его вручную.

Надеюсь, после такой рекламы ты уже на низком старте, чтобы установить нужный софт, осталось только выбрать какой. Я кратко расскажу про самые известные программы, а под этим постом запущу голосовалку, чтобы узнать, что предпочитают подписчики АДового рисёрча.

🟢Mendeley - всё ещё пользуюсь им, хотя в последние годы он субъективно стал хуже. Раньше у них был Mendeley Desktop и к счастью его всё ещё можно скачать, но теперь основным является Mendeley Reference Manager, который на мой взгляд менее удобен. Десктопная версия есть на Windows и Linux, новая программа также работает и для MacOS. Когда-то было приложение на телефон и это позволяло, например, читать статьи по дороге на работу, но его убрали. Тем не менее, даже без установки программ, доступ к базе статей всегда есть через браузер.

🟢Zotero - внешне похож на старую версию Mendeley, хотя слышала отзывы о не интуитивно понятном интерфейсе. Доступен на Windows, MacOS и Linux, а также есть мобильная версия на iOS, обещают скоро выкатить и для Android. В общем, для тех, у кого ещё нет привычки использования какой-либо программы, я бы скорее рекомендовала Zotero, они очень хорошо развиваются. А ещё нашла интересное сравнение Mendeley и Zotero, рекомендую почитать.

🟢EndNote - обычно в таких подборках он идёт первым, да и коллеги в Европе чаще пользуются им, но лично я его не люблю, так как он платный. Совместим только с Windows и MacOS. Из плюсов - возможность шерить и синхронизировать общую библиотеку и большее количество стилей цитирования.

🟢RefWorks, Citavi - не пользовалась и отзывов коллег не слышала, но по описанию не увидела ничего выдающегося по сравнению с вышеупомянутыми программами, тем более что всё это платное. Но для общего сведения оставляю.

🟢Papers - платная программа, но имеет несколько интересных решений, например, встроенные в pdf ссылки, метрики статей и ИИ-помощник. Да что я буду описывать, на сайте они даже сделали табличку сравнения самым популярными программами.

🟢JabRef - бесплатная программа, которая подойдёт тем, кто использует LaTeX для оформления статей.

〰️〰️
Так что теперь ты можешь выбрать любую из этих программ и навести порядок в своей базе статей. Ведь с большими знаниями приходит и большой бардак в них.

#дед_инсайд

Во времена аспирантской юности я весьма неодобрительно относилась к разному околобиологическому научпопу. Имея неплохое образование за спиной, я понимала, что большинство популяризаторов упрощают материал аж до того, что говорят в целом не совсем корректные вещи. И ведь эти люди несут науку в массы! 🤬 Получается, какой-нибудь Вася их наслушается и будет транслировать вот эти ошибочные знания дальше, преподносить их как истину в последней инстанции? Ведь ему об этом рассказали кандидаты и доктора наук, да и в целом известные личности.

При этом меня абсолютно не смущало, что я читаю ровно такой же научпоп по астрофизике. Хотя думаю, что учёным в этой области осточертела история со сложенным листком бумаги, который протыкают карандашом, объясняя как работают кротовые норы. Но я-то понимаю, что данные книги это упрощение и на самом деле за этим листком стоят очень сложные модели, которые я постичь вряд ли смогу. Но хотя бы прикоснуться к этому знанию хотелось.

И вот я нахожусь в моменте, когда сама веду канал, который был охарактеризован кем-то как "простенький научпоп и нытьё про образование". Добро пожаловать 😊 Создавала я его с единственной целью: дать общую информацию о том, как начать свою жизнь в науке, тем, кто только в неё попал. Мне в своё время повезло с преподавателями, которые объяснили как пользоваться разным софтом, как спланировать эксперимент и так далее. Но будучи преподавателем я вижу, скольким студентам/аспирантам повезло гораздо меньше и на методологии науки им рассказывали про Венский кружок и Карла Поппера, но никак не про то, где найти статьи для своего диплома или как сделать презентацию. Философия науки - очень интересная вещь, но только после того, как ты этой наукой хоть сколько-то позанимался.

Для того, чтобы дать максимально общую информацию и не отпугнуть читателя множеством подробностей, я, признаюсь, часто упрощаю материал. И то, иногда мне кажется, что всё равно получается слишком перегружено 🤔 Что-то я пишу, основываясь на своём личном опыте, который вообще может быть нерелевантен для другой области. Поэтому для меня огромную ценность имеют комментарии, в которых читатели могут не соглашаться, рассказывать, как всё устроено у них, приводить ссылки на внешние ресурсы, в том числе и свои собственные. Я ни в коем случае не заявляю, что знаю абсолютно всё и посты из этого канала должны стать пошаговым руководством, от которого нельзя отступать. Хотя и то, что я пишу вымышленные вещи, не подкреплённые разными литературными источниками, тоже утверждать не буду. Тем не менее, я призываю читателей заглядывать в комментарии, кусочек паззла "Истина" может лежать и там.

Так вот, возвращаясь к научпопу, я пересмотрела своё мнение и сейчас считаю, что его первостепенная роль заключается не в том, чтобы дать какие-то истинные знания о предмете. Для этого есть серьёзные учебники (информация в которых может устаревать) и актуальные научные статьи (информация в которых может быть сфальсифицирована или сфабрикована). Для меня научпоп - это способ развлечь людей чем-то более полезным, чем тренды в нельзяграме или тиктоке. И очень здорово, что научпоп может вовлекать юные умы в науку, я лично знаю несколько таких примеров. Но для того, чтобы развлечь и вовлечь, наука сначала должна быть упрощена до листка бумаги, протыкаемого карандашом. А далее материал может усложняться и усложняться.

Проблема, конечно, может скрываться в слушателях такого контента. Бывает, что вышеупомянутый Вася наслушается популяризаторов и теперь считает, что он теперь самый умный и охренительно разбирается в предмете 😌 Но на мой взгляд это проблема Васи и эффекта Даннинга-Крюгера, но никак не тех, кто пытается принести хоть что-то из мира науки. Мракобесы будут строить свои бредовые теории и разносить их, независимо от наличия популяризаторов. Вон сколько журналов РИНЦ публикует их опусы. Поэтому никогда нельзя отключать критическое мышление, даже если речь идёт о самых топовых журналах и самых авторитетных учёных.

Коллеги, а как вы относитесь к научпопу? Смотрите ли, читаете ли? Приводите в комментариях своих любимок

#шпаргалка

Привет, коллега!

Незаметно настала середина января, а это значит, что я подготовила подборку конференций с дедлайном подачи тезисов в феврале. Найти её можно по ссылке.

〰️〰️〰️

А ещё сегодня у меня есть анонс вебинара, который может быть интересен всем, кто занимается доклиническими испытаниями или хочет соблюдать правило 3R в своей работе.

📅 21 января 2025 года в 11:00 пройдет первый ВЕБИНАР:
«Зебрафиш (Danio rerio) в доклинических исследованиях: "дешёвая мышь" или биомодель нового поколения» , который проведет к.б.н., старший научный сотрудник ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России Мизгирев Игорь Викторович.

Ссылка на регистрацию: https://my.mts-link.ru/j/2963331/1853424749

На вебинаре будут рассмотрены следующие вопросы:

⏩Зебрафиш как альтернативная модель и ее место в системе биомедицинских исследований.

⏩Общие принципы содержания рыб в лабораторных условиях.

⏩Использование модели зебрафиш в доклинических исследованиях для изучения токсичности, канцерогенности, поведенческих реакций, иммунного ответа, сердечно-сосудистой патологиии терапии злокачественных опухолей.

⏩Основные преимущества использования рыб в доклинических исследованиях.

📖 Более подробную информацию можно прочитать здесь

ПыСы: наконец-то дошла до исполнения обещания использовать картинки из комментариев к посту.

#лабжурнал

Налево пойдёшь - белок найдёшь, прямо пойдёшь - РНК получишь

Привет, коллега!

Сегодня решила рассказать тебе о нескольких методах, применяемых в молекулярной биологии для обнаружения специфических молекул в образце. Все они объединяются термином блоттинг и делятся на несколько этапов, каждый из которых имеет свою специфику в зависимости от типа блота. Ниже я опишу лишь общую схему, но для тех, кому интересно, приведу ссылку на протокол для каждого из них.

Исторически первым был изобретён метод Southern blot, который позволял находить определённые последовательности ДНК в образцах. Назван он в честь первооткрывателя Эдвина Саузерна. Далее другой группой учёных метод был быстро модифицирован под другую нуклеиновую кислоту - РНК. Они весьма креативно подошли к названию и так у нас появился Northern blot

Помимо определения нуклеиновых кислот, технология была адаптирована и под детекцию белков. Такой метод называется Western blot. Существуют и модификации вышеперечисленных методов, например, Far-Western blot, необходимый для детекции белок-белковых взаимодействий, Southwestern и Northwestern blot, фокусирующиеся на белках, связанных с ДНК и РНК, соответственно 🐿🧬

Возможно ты уже догадался, что последний метод в нашем путешествии во все стороны света - это Eastern blot. Вообще с этим термином самая большая путаница и есть мнение, что его не существует, на я чаще встречаю, что Eastern blot используют для посттрансляционных модификаций белков, а именно навешивание на них фосфатной группы, углеводов или жиров. Кстати, отдельно для детекции только липидов существует Far-eastern blot, названный так самими учёными из Японии.

Теперь, когда мы разобрались с компасом блоттингов, опишу очень общий протокол для этих методов

Первым делом нужно выделить все молекулы нужного типа из образца, иначе будет грязь. К счастью есть протоколы отдельно для выделения только РНК, ДНК, белков и так далее. Затем эти молекулы помещаются в лунки специального геля, а сам этот гель - в электрическое поле. Белки обладают положительным зарядом и двигаются от плюса к минусу, а нуклеиновые кислоты заряжены отрицательно и двигаются от минуса к плюсу. При этом плотность геля не позволят молекулам перемещаться свободно, поэтому скорость движения будет зависеть от размера молекулы и её заряда. Этот процесс называется электрофорезом и если визуализировать молекулы с помощью специальных красителей, то можно увидеть как они разделяются, формируя отдельные полоски (как на картинке). А вот для разделения жиров и малых молекул используют высокоэффективную тонкослойную хроматографию. Там нет электрического поля, но результат выглядит похожим образом.

Только разделением блоттинг не заканчивается. Используя смесь молекул с известными размерами в качестве референса (это называют маркеры), мы, конечно, сможем посчитать параметры всех выявленных полос, но мы не можем быть уверены, что, например, вот эта полоска с массой 65 кДа - это альбумин, а вот эта полоска в 2 тысячи пар нуклеотидов - нужный нам фрагмент ДНК. Поэтому нужно что-то, что будет более специфично реагировать только с нашей молекулой.

Такие штуки есть, но они не будут взаимодействовать с целью, пока она находятся в геле, так что наши молекулы необходимо перенести оттуда на специальную мембрану, где реакция состоится. Делается это также с помощью электрического поля в специальных камерах. После этого уже может осуществляться детекция. Для белков используют антитела, совсем как в иммуногистохимии, а для нуклеиновых кислот - специальный зонд, комплементарный искомой последовательности и несущий флуоресцентную или изотопную метку. И вот если наша молекула-детектор связалась с полоской в нужном месте - мы можем быть уверены, что в образце присутствует искомая молекула. Ура! 🥳

Кажущаяся простота метода скрывает за собой множество нюансов. На каждом этапе что-то может пойти не так и моё большое уважение тем, кто ставит такие протоколы с нуля или на новых китайских реактивах 🎩

А вообще, коллеги, как вам эта рубрика? Ставьте реакты, для меня она пока наименее понятна с точки зрения востребованности.