#АДский_труд
Нам иногда приходят ссылки на опросы от отдела HR про удовлетворённость и тд. По заверениям абсолютно анонимные. Первые вопросы: укажите ваш возраст, подразделение, должность.
Я, конечно, всё прекрасно понимаю про то, что это даёт более детальный анализ, в каком подразделении что не так, как та или иная возрастная группа чувствует себя, но зачем тогда про анонимность? В моём подразделении ровно один человек моего возраста 😐
Для того, чтобы сохранить анонимность и получить честные ответы, сохранив при этом аналитику, можно использовать диапазоны возрастов и как-то классифицировать должность, хотя бы стандартными ППС, НПР и АУП. Тоже самое можно сделать с подразделениями, научная лаборатория, кафедра и тд. Это лишь один из способов, первый, что приходят на ум.
В общем, вариантов немало. У меня есть несколько теорий на тему, почему их не используют, но хотелось бы верить, что они все неправильные и я просто не вижу какой-то рациональной причины.
Нам иногда приходят ссылки на опросы от отдела HR про удовлетворённость и тд. По заверениям абсолютно анонимные. Первые вопросы: укажите ваш возраст, подразделение, должность.
Я, конечно, всё прекрасно понимаю про то, что это даёт более детальный анализ, в каком подразделении что не так, как та или иная возрастная группа чувствует себя, но зачем тогда про анонимность? В моём подразделении ровно один человек моего возраста 😐
Для того, чтобы сохранить анонимность и получить честные ответы, сохранив при этом аналитику, можно использовать диапазоны возрастов и как-то классифицировать должность, хотя бы стандартными ППС, НПР и АУП. Тоже самое можно сделать с подразделениями, научная лаборатория, кафедра и тд. Это лишь один из способов, первый, что приходят на ум.
В общем, вариантов немало. У меня есть несколько теорий на тему, почему их не используют, но хотелось бы верить, что они все неправильные и я просто не вижу какой-то рациональной причины.
❤29🤝18👍9🔥6🫡1
#методичка
Повторяй за мной: Же ма пель! — Ми пу пу!
Привет, коллега!
Помнишь, я обещала написать про источники невоспроизводимости результатов, помимо собственно фальсификации в том или ином виде? Так вот держи список таких причин по версии Nature(я взяла не всё оттуда, так что рекомендую прочитать статью отдельно) и меня.
🔵 Неполное описание методик. Конечно, в статье нельзя указать вообще все детали и нюансы эксперимента, которые добросовестный исследователь вносит в свой лабораторный журнал и тем более нельзя указать те, что по каким-то причинам посчитали неважными. Например, я как-то не могла повторить свою же методику выделения тучных клеток в новой лаборатории. Через месяц расследования выяснилось, что это потому что там была центрифуга с другим ротором и другие автоматические пипетки с менее плавным ходом.
🔵 Работа оборудования. В производственной практике требуется обязательная поверка оборудования, однако в лабораториях за этим не особо следят. Вот как часто в твоей лабе калибруют пипетки? А весы? Хроматографы? И, конечно, все эти погрешности могут также влиять на финальный результат. Тут капнул больше, тут меньше и оп-ля, значимые различия 🥳 . А если не делать несколько независимых экспериментов, то вероятность обнаружить этот косяк стремится к нулю.
🔵 Малые выборки. В большинстве экспериментальных работ в области биомедицины размер выборок редко перебирается за 20 единиц, особенно касательно экспериментов на животных. Учитывая гетерогенность генеральной совокупности, скорее всего эта выборка слишком мала, чтобы быть репрезентативной. А значит, что другая такая же выборка может обладать вообще другими свойствами. Что кстати можно хорошо оценить, если делать несколько независимых экспериментов.
🔵 Нестандартизованные клеточные линии и штаммы. Клеточные линии, как правило, у каждой лабы свои и пассируются примерно бесконечное количество раз, накапливая мутации и становясь всё более и более различающимися. Также они могут быть заражены микоплазмой, контаминированы другими типами клеток и так далее. А если линии получены из первичных культур, как, например, мезенхимальные стволовые клетки, то там один только донор вносит огромный вклад в гетерогенность, а помимо этого есть разные протоколы выделения, разные протоколы культивирования и так далее. Лично я столкнулась с тем, что культура мышиных фибробластов 3Т3, на которой мы к счастью только отрабатывали методики, оказалась перепассированой и уже перестала быть 3Т3.
🔵 Работа с большими датасетами. Я не очень большой специалист в data science или биоинформатическом анализе, но иногда за неимением большего именно такие профаны как я дорываются до больших данных 🫠 . Результаты такого анализа могут быть некорректны и невоспроизводимы. Сейчас журналы просят авторов выкладывать датасеты при публикации, но часто данные не сырые, а как-то уже процессированы и нормированы. А значит где-то там могла засесть та самая ошибка/особенность обработки, определяющая невоспроизводимость результата.
🔵 Человеческий фактор. Ну куда без него. Студент что-то пролил и побоялся рассказать, а потом на ПЦР вылез пик искомого гена. Плюс иногда ненамеренно допускаются разнообразные ошибки отбора и когнитивные искажения, во многом из-за политики непринятия отрицательного результата. И даже если несколько независимых экспериментов было сделано - не все могут пойти в финальную статью.
😊 Мне стало интересно воспроизвести результаты, которые я упоминала в предыдущем посте на эту тему. Так что ниже будут опросы, прошу проголосовать честно.
Повторяй за мной: Же ма пель! — Ми пу пу!
Привет, коллега!
Помнишь, я обещала написать про источники невоспроизводимости результатов, помимо собственно фальсификации в том или ином виде? Так вот держи список таких причин по версии Nature
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍26🔥12❤8
У меня не получалось повторить результат хотя бы из одной чужой работы
Anonymous Poll
58%
Да
7%
Нет
35%
Никогда не пробовал(а)
👍3
У меня не получалось повторить результат хотя бы одного своего эксперимента
Anonymous Poll
55%
Да
25%
Нет
19%
Никогда не пробовал(а)
🤣9🤓1
#статистика_для_котиков
Ты ешь капусту, твой начальник мясо, а в среднем вы едите голубцы
Привет, коллега!
В прошлый раз мы формировали выборки, а значит настало время описательной статистики. И в ней принято различать меры центральной тенденции, то есть параметры, характеризующие центр распределения данных выборки.
▶️ Среднее арифметическое. Величина, знакомая всем ещё со школы. Не рекомендуется к использованию на дискретных данных, иначе можно случайно получить полтора землекопа. Среднее является очень коварной величиной, если распределение имеет ассиметричную форму, то есть больших или малых значений в нём больше. И также среднее очень чувствительно к выбросам. Допустим, у нас есть небольшая лаборатория, заведующий которой имеет зарплату 500к рублей, ведущий научный сотрудник получает 60к, младший - 40к, а два лаборанта - 10к. Средняя зарплата составит 124 тысячи, вполне можно жить и публиковать в отчётах. Но есть нюанс 🤔
▶️ Медиана. Представляет собой значение, при котором половина выборки больше него и половина выборки меньше. Гораздо меньше чувствительна к выбросам и лучше показывает центр несимметричного распределения. В нашем гипотетическом институте медиана будет равна 40 тысячам рублей. Уже не так радужно, поэтому медианные зарплаты в отчётах не любят 😰
▶️ Мода. Наиболее часто встречающееся значение в выборке. Единственная из всех мер, которая может применяться к качественным данным. Но в целом, биологами мода используется не очень часто ввиду малого размера выборок: на таких повторения значений редки, а если и случаются, то не всегда в центре распределения. В вышеупомянутом институте моду задают лаборанты и она будет равна 10 тысячам рублей.
Это три самые популярные меры центральной тенденции. Но что если я скажу тебе, что существуют и другие? Например,
▶️ Среднее геометрическое. Используется для расчёта среднего роста или изменения показателя во времени, когда важна пропорциональность. Возьмём нашего младшего научного сотрудника с зарплатой в 40к. Когда он три года назад устраивался на работу его зарплата была 35к. После первого года её проиндексировали на 7%, на второй год ещё на 4%, а в этом на 3%. Можно подумать, что среднегодовой прирост зарплаты составляет 4,7%, но на самом деле он равен 4.4%. Мелочь, а неприятно.
▶️ Среднее гармоническое. Используется, если есть отличия в характеристиках значений. Допустим, наши лаборанты работают 4 часа, а несчастный завлаб пашет 14 часов. Можно, конечно, посчитать среднее арифметическое от почасовой оплаты (472 руб/час), но среднее гармоническое будет корректнее (191 руб/час), поскольку оно учитывает, что большая часть часов оплачивается по меньшей ставке. Опять лаборанты испортили статистику по оплате труда в лаборатории 👊
▶️ Среднее взвешенное. Используют, если разные величины имеют разную важность. Бухгалтеры считают средневзвешенную зарплату вместо обычной средней арифметической, чтобы учитывать количество человек на более низкооплачиваемых должностях. В нашем случае средневзвешенная зарплата составит 122 тысячи рублей. Всё ещё не так плохо, как медиана и мода, потому что лаборанта с низкой зп всего два. Я, кстати, использую среднее взвешенное для расчёта оценки за доклады: оценке преподавателя присваивается больший вес по сравнению со студентами. Тогда даже если вся группа сговорилась и ставит 100 баллов друг другу - мнение преподавателя всё равно перевесит. Кстати, "веса" можно добавлять не только в расчёт среднего арифметического, как это сделала я в примерах выше, но и в формулы других средних.
▶️ Среднее квадратическое. В статистике чаще используется для расчёта отклонений и называется среднеквадратичным (стандартным) отклонением. Это характеризует разброс данных , что в целом является спойлером к следующему посту.
Так что ставь реакцию и подписывайся, если хочешь узнать, какие меры разброса существуют😏
Ты ешь капусту, твой начальник мясо, а в среднем вы едите голубцы
Привет, коллега!
В прошлый раз мы формировали выборки, а значит настало время описательной статистики. И в ней принято различать меры центральной тенденции, то есть параметры, характеризующие центр распределения данных выборки.
Это три самые популярные меры центральной тенденции. Но что если я скажу тебе, что существуют и другие? Например,
Так что ставь реакцию и подписывайся, если хочешь узнать, какие меры разброса существуют
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🤝59👍34❤30🔥18
АДовый рисёрч
#АДский_труд Нам иногда приходят ссылки на опросы от отдела HR про удовлетворённость и тд. По заверениям абсолютно анонимные. Первые вопросы: укажите ваш возраст, подразделение, должность. Я, конечно, всё прекрасно понимаю про то, что это даёт более детальный…
Кажется возмущение сотрудников мнимой анонимностью в опросниках дошло до адресата и сегодня пришла рассылка от HR, что пункты про должность и подразделение убрали. Проверила: действительно убрали. Моё уважение 👏 Интересно было бы сравнить ответы до этого решения и после)
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍40❤9🔥5❤🔥3
❤️ Три самых залайканных фото я использую для сопровождения постов. Пока не знаю как, но обязательно придумаю)
И начну со своих окорочков. Слева кошечка Изида, её я нашла по объявлению на Авито ещё будучи в аспирантуре. Справа кот Лордик, его мы с мужем забрали из приюта Муркоша 3 года назад. В этом году у обоих юбилей 10 лет. Друг друга они скорее терпят, в качестве компромисса поделили кожаных рабов и очень ревнуют, если их человек гладит чужого кота
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤61🔥6🥰3👍2😁2
Коллеги из Зоопарка подготовили ещё советов к началу учебного года, так что прочитай их и заглядывай в комментарии под постом - там тоже много полезных рекомендаций.
ПыСы: Надеюсь, ты уже подписан на Зоопарк из слоновой кости. Если нет - немедленно исправляй это упущение, там всё самое сочное и интересное из мира науки.
ПыСы: Надеюсь, ты уже подписан на Зоопарк из слоновой кости. Если нет - немедленно исправляй это упущение, там всё самое сочное и интересное из мира науки.
Telegram
Зоопарк из слоновой кости
Руководство по выживанию в науке, полезные советы начинающим, новости из научной жизни и просто околонаучный треп
Версия VK: https://vk.com/ivory_zoo
Вопросы? Предложения? @ivory_zoo
Версия VK: https://vk.com/ivory_zoo
Вопросы? Предложения? @ivory_zoo
❤10👎2🫡1
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#зоопарк_из_слоновой_кости
АДовый рисёрч дает советы студентам по случаю начала очередного учебного года - причем с позиции как экс-студента, так и нынешнего препода (кстати, еще раз советуем, канал реально прикольный).
Спорить с чужим мнением не будем (в чем-то согласны, в чем-то таки нет), но идея попробовать накидать наставлений россыпью нам по нраву, так что ловите - тем более что когда-то именно ради этого Зоопарк и создавался (тащемта хэштег #зоопарк_из_слоновой_кости - это как раз и есть всякие гайдлайны для нубов и не только).
Итак:
Забей на красный диплом. В науке и серьезных профессиях он не решает (ну если ты не напорешься на кадровика... ой, ну конечно же, ЭйчАра с фимозом головного мозга) и никаких плюшек, кроме крайне сомнительного почесывания ЧСВ, не дает. Если оно получается само - ок. Если нет - фиг с ним. Универ - это в том числе про то, чтобы научиться расставлять приоритеты, делай это правильно.
Больше общайся со старшекурами. Даже если вуз типа развивается семимильными шагами, они тебе скажут гораздо больше полезной и правдивой инфы, чем любые официальные ресурсы. Особенно ок, если получается наладить связь еще и с кем-то из свежих выпускников, которые уже устроились на работу.
Ты можешь ниасилить какую-то дисциплину - это нормально. Главное - чтобы пробелы в знаниях не оказались фатальными для освоения чего-то на следующем шаге (см. выше про советы старшекуров, они таки про это знают) и чтобы ты сам понимал свои слабые стороны. Если реально потом понадобится, то лет до 25-27 как минимум мозги (если они есть, бгг) еще достаточно в тонусе (если они в нем были в принципе, бгг), чтобы это исправить. Если нет - фиг с ним.
Помни: даже в самых продвинутых вузах программа может быть неоптимальной, ну или как минимум не подходить лично тебе. Зависит от направления: это у медиков человеческая тушка не менялась много-много лет, а у технарей все куда разнообразнее (мы не про матан с сопроматом).
Не давай взяток, а лучше - не поступай в вузы с говнорепутацией (такие есть, про них обычно известно заранее). Хочешь жить в нормальной стране, где соблюдают законы - начни с себя.
Если уже попал в гадюшник - переводись в нормальное место.
Если есть вариант пожить в общаге, лучше соглашайся. Отличная школа жизни на минималках плюс более интенсивное (гусары, молчать!) общение с одногруппниками/однопоточниками/старшекурами (см. выше).
Больше общайся с однокашниками и старайся быть в стае. Если ты не волк-одиночка по жизни, идеально, когда есть компания норм чуваков с круговой порукой и взаимопомощью, особенно по учебе (в том числе всякого рода списывание, чего уж там). Главное - чтобы норм были все или большинство, чистые халявщики - это не ок.
Одному из Смотрителей повезло - он учился в группе, где принцип "один за всех и все за одного" соблюдался ну если не на 100%, то все-таки в большей части случаев. В итоге до диплома дожили практически все, хотя норма отсева в то время была от трети до двух третей.
Академ иногда неизбежен, но лучше в него не уходить: потеряешь год, рискуешь выпасть из тусовки, но что куда опаснее - можешь не "набраться сил и подумать", а выбиться из рабочего ритма окончательно.
Если есть проблемы с учебой, лучше их разруливать вместе с друзьями (см. выше про взаимную выручку). Если уж совсем никак - стоит подумать, а туда ли ты поступил (менять вуз тоже норм, ну не всем дано быть физтехами да МГУшниками, но это вовсе не значит, что ты лузер, просто это не твое).
Try everything (из не запрещенного законом). Щас вариантов всякого интересного времяпровождения в вузах стало в разы больше, чем раньше - от спорта и КВН, которые были плюс-минус всегда, и до всяких плавучих университетов, ловли рыбы на Камчатке и лютой экзотики, о которой бумеры могли только мечтать.
Кстати, можно попробовать себя в том числе и в науке. Оставаться там не обязательно (если поймешь, что не твое, то точно), но попробовать стоит. См. наши посты по тегу #зоопарк_из_слоновой_кости - там, напомним, мы попытались собрать всякие советы типа "как выбрать научрука", поглядим, может, что пригодицца (мы старались!)
АДовый рисёрч дает советы студентам по случаю начала очередного учебного года - причем с позиции как экс-студента, так и нынешнего препода (кстати, еще раз советуем, канал реально прикольный).
Спорить с чужим мнением не будем (в чем-то согласны, в чем-то таки нет), но идея попробовать накидать наставлений россыпью нам по нраву, так что ловите - тем более что когда-то именно ради этого Зоопарк и создавался (тащемта хэштег #зоопарк_из_слоновой_кости - это как раз и есть всякие гайдлайны для нубов и не только).
Итак:
Забей на красный диплом. В науке и серьезных профессиях он не решает (ну если ты не напорешься на кадровика... ой, ну конечно же, ЭйчАра с фимозом головного мозга) и никаких плюшек, кроме крайне сомнительного почесывания ЧСВ, не дает. Если оно получается само - ок. Если нет - фиг с ним. Универ - это в том числе про то, чтобы научиться расставлять приоритеты, делай это правильно.
Больше общайся со старшекурами. Даже если вуз типа развивается семимильными шагами, они тебе скажут гораздо больше полезной и правдивой инфы, чем любые официальные ресурсы. Особенно ок, если получается наладить связь еще и с кем-то из свежих выпускников, которые уже устроились на работу.
Ты можешь ниасилить какую-то дисциплину - это нормально. Главное - чтобы пробелы в знаниях не оказались фатальными для освоения чего-то на следующем шаге (см. выше про советы старшекуров, они таки про это знают) и чтобы ты сам понимал свои слабые стороны. Если реально потом понадобится, то лет до 25-27 как минимум мозги (если они есть, бгг) еще достаточно в тонусе (если они в нем были в принципе, бгг), чтобы это исправить. Если нет - фиг с ним.
Помни: даже в самых продвинутых вузах программа может быть неоптимальной, ну или как минимум не подходить лично тебе. Зависит от направления: это у медиков человеческая тушка не менялась много-много лет, а у технарей все куда разнообразнее (мы не про матан с сопроматом).
Не давай взяток, а лучше - не поступай в вузы с говнорепутацией (такие есть, про них обычно известно заранее). Хочешь жить в нормальной стране, где соблюдают законы - начни с себя.
Если уже попал в гадюшник - переводись в нормальное место.
Если есть вариант пожить в общаге, лучше соглашайся. Отличная школа жизни на минималках плюс более интенсивное (гусары, молчать!) общение с одногруппниками/однопоточниками/старшекурами (см. выше).
Больше общайся с однокашниками и старайся быть в стае. Если ты не волк-одиночка по жизни, идеально, когда есть компания норм чуваков с круговой порукой и взаимопомощью, особенно по учебе (в том числе всякого рода списывание, чего уж там). Главное - чтобы норм были все или большинство, чистые халявщики - это не ок.
Одному из Смотрителей повезло - он учился в группе, где принцип "один за всех и все за одного" соблюдался ну если не на 100%, то все-таки в большей части случаев. В итоге до диплома дожили практически все, хотя норма отсева в то время была от трети до двух третей.
Академ иногда неизбежен, но лучше в него не уходить: потеряешь год, рискуешь выпасть из тусовки, но что куда опаснее - можешь не "набраться сил и подумать", а выбиться из рабочего ритма окончательно.
Если есть проблемы с учебой, лучше их разруливать вместе с друзьями (см. выше про взаимную выручку). Если уж совсем никак - стоит подумать, а туда ли ты поступил (менять вуз тоже норм, ну не всем дано быть физтехами да МГУшниками, но это вовсе не значит, что ты лузер, просто это не твое).
Try everything (из не запрещенного законом). Щас вариантов всякого интересного времяпровождения в вузах стало в разы больше, чем раньше - от спорта и КВН, которые были плюс-минус всегда, и до всяких плавучих университетов, ловли рыбы на Камчатке и лютой экзотики, о которой бумеры могли только мечтать.
Кстати, можно попробовать себя в том числе и в науке. Оставаться там не обязательно (если поймешь, что не твое, то точно), но попробовать стоит. См. наши посты по тегу #зоопарк_из_слоновой_кости - там, напомним, мы попытались собрать всякие советы типа "как выбрать научрука", поглядим, может, что пригодицца (мы старались!)
Telegram
АДовый рисёрч
Привет, коллега!
Ну штош, вот и новый учебный год начался. Позволю себе высказать несколько не самых популярных советов для студентов на основе опыта как в роли учащегося, так и в роли преподавателя. Не претендую на роль гуру, так что следовать им вовсе…
Ну штош, вот и новый учебный год начался. Позволю себе высказать несколько не самых популярных советов для студентов на основе опыта как в роли учащегося, так и в роли преподавателя. Не претендую на роль гуру, так что следовать им вовсе…
🔥23👍11❤4🐳1
#дед_инсайд
Прохожу тут конкурс Знание.Лектор, там примерно несколько тысяч этапов и один из них - чтение лекций в разных локациях. Сегодня вот ездила в одну частную школу с весьма впечатляющим ценником. И вспомнила свою.
Окончила я Тульский химический лицей. Те, кто вращается в кругах всероссийской олимпиады, как правило, что-то о нём да слышали. По крайней мере так было, когда я там училась. В лицей можно было поступить любому человеку через вступительный экзамен. За обучение мы не платили, да и "на шторы" вроде тоже поборов не было.
При этом у нас была химическая лаборатория, микроскопы и препараты в кабинете биологии, полевая практика, а самое главное у нас были потрясающие учителя. Учителя, цель которых была вложить знания в наши головы, а не формально отчитать урок. Причём мы изучали не только школьную программу, я до третьего курса на многих предметах выезжала за счёт знаний, полученных в лицее.
И я подумала, что качество образования определяет не финансирование. Конечно, какая-то граница существует, когда даже самый талантливый учитель бессилен. Но в целом, ты можешь обставить своё заведение всеми возможными приборами за много миллионов денег, но если преподаватель не готов включаться в работу с обучающимся, то это бессмысленно потраченные деньги. Собери команду профессионалов и даже с ограниченным бюджетом они сделают интересную программу. И не будут тыкать в лицо опережающими компетенциями, бесшовными переходами и прочим новоязом.
И эта история не только про образование. Погоня за деньгами часто ухудшает качество товара. Желание получить больше грантов и надбавок за статьи приводит к обману в науке. Так есть ли граница, при которой можно понять, что людьми начинает двигать жадность, а не благие намерения?
UPD: ввела в заблуждение, за учёбу в лицее мы всё таки платили, аж полторы тысячи рублей в месяц. В целом сумма вполне подъёмная для среднего класса, то есть хорошее образование было доступно не только избранным.
Прохожу тут конкурс Знание.Лектор, там примерно несколько тысяч этапов и один из них - чтение лекций в разных локациях. Сегодня вот ездила в одну частную школу с весьма впечатляющим ценником. И вспомнила свою.
Окончила я Тульский химический лицей. Те, кто вращается в кругах всероссийской олимпиады, как правило, что-то о нём да слышали. По крайней мере так было, когда я там училась. В лицей можно было поступить любому человеку через вступительный экзамен. За обучение мы не платили, да и "на шторы" вроде тоже поборов не было.
При этом у нас была химическая лаборатория, микроскопы и препараты в кабинете биологии, полевая практика, а самое главное у нас были потрясающие учителя. Учителя, цель которых была вложить знания в наши головы, а не формально отчитать урок. Причём мы изучали не только школьную программу, я до третьего курса на многих предметах выезжала за счёт знаний, полученных в лицее.
И я подумала, что качество образования определяет не финансирование. Конечно, какая-то граница существует, когда даже самый талантливый учитель бессилен. Но в целом, ты можешь обставить своё заведение всеми возможными приборами за много миллионов денег, но если преподаватель не готов включаться в работу с обучающимся, то это бессмысленно потраченные деньги. Собери команду профессионалов и даже с ограниченным бюджетом они сделают интересную программу. И не будут тыкать в лицо опережающими компетенциями, бесшовными переходами и прочим новоязом.
И эта история не только про образование. Погоня за деньгами часто ухудшает качество товара. Желание получить больше грантов и надбавок за статьи приводит к обману в науке. Так есть ли граница, при которой можно понять, что людьми начинает двигать жадность, а не благие намерения?
UPD: ввела в заблуждение, за учёбу в лицее мы всё таки платили, аж полторы тысячи рублей в месяц. В целом сумма вполне подъёмная для среднего класса, то есть хорошее образование было доступно не только избранным.
👍64💯14🔥6❤4❤🔥2
#лабжурнал
Мы гибридизовали, гибридизовали, да не выгибридизовали
Привет, коллега!
Раз в предыдущем посте запросов на какие-то приборы и методы не было, расскажу про метод in situ HCR (Hybridization Chain Reaction). Обычно для определения экспрессии генов используется ПЦР, однако в этом случае оценка проводится для вообще всех клеток и мы получаем среднюю температуру по больнице с учётом морга. Можно предварительно отсортировать клетки и получить искомую популяцию, но большой риск, что за это время профиль экспрессии сильно изменится. Также можно сделать single-cell transcriptomics, но это для очень богатых лабораторий🤱 . Метод HCR подешевле и позволяет на гистологических срезах визуализировать экспрессию генов. Таком образом можно понять пространственное расположение синтеза отдельных мРНК, а также косвенно оценить величину экспрессии.
Протокол HCR весьма замороченный😱 , процедура занимает несколько дней и проводится в стерильных условиях, чтобы ни одна РНКаза не попала на образцы. У самой реакции можно выделить две стадии.
1️⃣ На первом этапе происходит связывание зондов (probe) с целевой последовательностью мРНК. Зонд предоставляет из себя комплементарную конкретному гену последовательность ДНК или РНК. В разных поколениях HCR он немного отличается. Самые первые зонды были связаны с нуклеотидной последовательностью-инициатором дальнейшей реакции. Но такая система давала много неспецифического сигнала. Затем систему зонд+инициатор стали делать в виде шпилек, которые раскрывались при совпадении с последовательностью. Это позволило убрать сигнал от несвязанных зондов, но не исключало неспецифического связывания с субстратом.
В третьем поколении HCR зондов два. Есть вариант, при котором каждый из зондов содержит половинку инициатора и только если они оба садятся на нужный ген - реакция запускается. Как вариант каждый зонд может содержать половину последовательности, к которой уже комплементарна цепочка, содержащая инициатор. Такая сложная система позволяет отсечь случайное связывание с нецелевыми генами, поскольку для инициации требуется связывание двух зондов.
2️⃣ После того как происходит связывание зонда с целевой РНК и инициатор становится открыт для взаимодействия, в систему добавляются так называемые шпильки: последовательности нуклеотидов, содержащие флуоресцентную метку. Шпилек два типа и они комплементарны, поэтому они залипают друг на друга, пока не закончатся. Это усиливает сигнал во много раз и мы можем детектировать его на флуоресцентном или конфокальном микроскопе. Важно, что шпильки можно использовать для разных генов, по сути они определяются последовательностью инициатора.
👍 В целом, метод топ за свои деньги, если продраться через протокол, то можно получить очень красивые и показательные изображения. Его любят зоологи и биологи развития, и делают в том числе и в России, вот, например, в этом году вышла статья у коллег. Ну и плюс HCR - относительно новая история, не успевшая всем надоесть, так что часто выводит статьи на новый методологический уровень, а значит, повышает шансы на публикацию в высокорейтинговом журнале 😉
Мы гибридизовали, гибридизовали, да не выгибридизовали
Привет, коллега!
Раз в предыдущем посте запросов на какие-то приборы и методы не было, расскажу про метод in situ HCR (Hybridization Chain Reaction). Обычно для определения экспрессии генов используется ПЦР, однако в этом случае оценка проводится для вообще всех клеток и мы получаем среднюю температуру по больнице с учётом морга. Можно предварительно отсортировать клетки и получить искомую популяцию, но большой риск, что за это время профиль экспрессии сильно изменится. Также можно сделать single-cell transcriptomics, но это для очень богатых лабораторий
Протокол HCR весьма замороченный
В третьем поколении HCR зондов два. Есть вариант, при котором каждый из зондов содержит половинку инициатора и только если они оба садятся на нужный ген - реакция запускается. Как вариант каждый зонд может содержать половину последовательности, к которой уже комплементарна цепочка, содержащая инициатор. Такая сложная система позволяет отсечь случайное связывание с нецелевыми генами, поскольку для инициации требуется связывание двух зондов.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤22🔥14👍6✍2