Всем привет! По свежим следам рассказываем о вышедшей статье Low-Cost Microalgae Cell Concentration Estimation in Hydrochemistry Applications Using Computer Vision в журнале Sensors (Q1).

Работа посвящена методике подсчета концентрации клеток микроводорослей с помощью CV.

Эти культуры уже во всю используются для очищения водоемов, синтеза биомассы и в качестве альтернативных источников топлива. Экологи из ИТМО (GreenTech) занимаются этой темой с точки зрения оптимизации условий их культивации в лаборатории. При этом лаборанты тратят уйму времени на ежедневный ручной подсчет клеток и прочую обработку образцов.

Казалось бы идея считать клетки по снимкам с микроскопа давно избита, но просто пронумеровать объекты недостаточно, чтобы получить концентрацию для всего образца.

Мы предложили коллегам метод, который будет 1) сам считать клетки вместо лаборанта и 2) сам считать концентрацию на основе характеристик оборудования (увеличения микроскопа, объема счетной камеры, разрешения снимков).

Клетки микроводорослей (Chlorella vulgaris) имеют круглую форму, поэтому классическое CV справилось лучше нейросетей (еще и в условиях ограниченности размеченных данных для обучения).

В результате получился автоматизированный (и легковесный) метод подсчета концентрации, позволяющий лаборантам работать быстрее - код доступен на GitHub. Использование счетных камер распространено в микроскопии разных предметных областей, так что метод универсальный, будем искать на чем еще его можно апробировать 🌿🌿🌿

В приложении небольшой фотоотчет из мокрой лаборатории (той где люди ходят в халатах и соблюдают стерильность))

Команда проекта: Борисова Юлия, Иван Морщинин, Вероника Назарова, Нелли Молодкина и Николай Никитин