Компания была учреждена 20 марта 1602 года по предложению великого пенсионария Йохана ван Олденбарневелта. Решение об объединении шести небольших частных торговых компаний, которые ранее конкурировали между собой, приняли Генеральные штаты Соединённых провинций Нидерландов. Стартовый капитал составил около 6,5 млн флоринов.

Хартия предоставляла компании на 21 год (с возможностью продления) монопольное право на торговлю со странами к востоку от мыса Доброй Надежды до Магелланова пролива

На первом этапе VOC обеспечивала себе монополию на вывоз пряностей (мускатного ореха, гвоздики, корицы) из Юго-Восточной Азии и ввоз туда нидерландских товаров путём заключения договоров с местными князьями и создания факторий и фортов в важных торговых и стратегических пунктах

В первой половине XVII века компания также проникла в Африку: в 1617 году завладела мысом Зелёный в Западной Африке, в 1640 году начала колонизацию острова Маврикий, а в 1652 году по заданию ОИК была основана Капская колония (будуший Кейптаун).

Среди товаров, которыми торговала компания, — пряности, фарфор, шёлк, позже к ним добавились чай, кофе, сахар, хлопок, опиум.

Во второй половине XVII века компания перешла к прямым территориальным захватам. Центром её деятельности в Азии стала Батавия (ныне — Джакарта на острове Ява), основанная Яном Питерсзоном Куном. Здесь располагалась администрация ОИК во главе с генерал-губернатором

Упадок компании начался в первой половине XVIII века. Среди причин — растущая конкуренция с Британской Ост-Индской компанией, потеря ряда торговых факторий и крепостей, финансовый кризис на фоне снижения торговли пряностями.

Окончательный удар по компании нанесла Четвёртая англо-голландская война (1780–1784 годы). К 1796 году общий долг компании превышал 100 млн флоринов.

Указом от 17 марта 1798 года ОИК была ликвидирована, а её имущество перешло в собственность Батавской республики. После 1814 года владения компании перешли под управление нидерландского правительства