Учасниця спільноти Геноміка ЮА шукає помічника/помічницю у найбіоінформатичному українському науковому проєкті!

Оце так шанс розширити свій біоінформатичний toolkit 😲

📢 We're Hiring! MSc in Bioinformatics

Systems Biology Group at IMBG, Kyiv is looking for a Master student 🧠, who would work on creating robust and automated pangenome-driven pipeline for prokaryotic genomes annotation 🧬. The pipeline aims to be fast and scalable, thus being able to process thousands of assembled genomes for a reasonable amount of time. The pangenome-centric annotation would require research on efficient data structures and graph architecture (e.g. gene-centric vs de Bruijn graph of k-mers). The project is supposed to be conducted as part of Master thesis 🔬 (Bachelor is still possible, but you should allocate enough time and meet the requirements).

Requirements:
🐍 Solid knowledge of Python
👨‍💻 Linux, Git, upper-intermediate English, troubleshooting/debugging skills.

Optional:
✅ NextFlow, Bakta, understanding of genomic data formats.

📅 Deadline: 21 Apr 2025

🚀For more details, please write to [email protected]

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace, де відбуваються ключові анонси й спілкування. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

Ви теж пам'ятаєте це фото? А давай повторимо цьогоріч у Польщі🌟

Наші друзі Bioinformatics for Ukraine організують East European Bioinformatics and Computational Genomics Workshop

EEBG 2025 підготує учасників до вдосконалення своїх навичок у галузі геномних досліджень, персоналізованої медицини та обчислювальної біології в науковому співтоваристві.

А точніше:
✔️Практичні заняття з використанням наборів геномних даних
✔️Навчання пошуку геномних варіантів, визначенню походження за ДНК, та біомедичним методологіям на основі ШІ
✔️Можливості для встановлення міжнародних зв'язків і спільних досліджень

Коли: 7 -12 липня 2025
Де: Kraków
Реєстрація: до 12-го травня за посиланням (https://eebg2025.edu.pl/register/)
💶Є можливість податися на стипендію, що покриває витрати на реєстрацію та проживання.

-Класно! Але я не можу приїхати :(
-Тоді подавайся на віртуальну участь ;)

Якщо таки їдете, зробіть фото! Вам не складно - нам приємно 🤗

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace, де відбуваються ключові анонси й спілкування. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

Запрошуємо на відкритий захист командних курсових проєктів курсу Геноміки ЮА з біології поодиноких клітин та просторової біології!

Під час зустрічі учасники курсу презентують мету аналізу наборів даних, хід аналізу, знахідки та їх інтерпретації. Наприкінці кожної презентації інструктори та відвідувачі зможуть ставити учасникам запитання.

Теми курсових проєктів, представлених на захист, наступні:
К1 ("Арррр") - Spatially resolved cell types and signatures in INPP5D-deficient Alzheimer’s mice
К2 - Просторова транскриптоміка в контексті біомедичних досліджень: методи stemness, Xenium, Merfish та Visium
К3 - Функціональна гетерогенність фібробластів у шкірі людини: одноклітинний транскриптомний аналіз та вікові зміни
К4 - Differential gene expression in single cells between preclinical and clinical stages of Alzheimer's disease.
К5 - Аналіз даних секвенування РНК поодиноких клітин гліобластоми людини
К6 - Single-Cell Transcriptomic Analysis of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Acute Myeloid Leukemia and Chemotherapy Response
К7 - Дослідження змін, спричинених опроміненням
К8 - Просторовий аналіз клітин у багатоканальних зображеннях: сегментація та оцінка експресії маркерів
К9 - Вплив перебування в космосі на клітини мозку: аналіз за допомогою просторової транскриптоміки

Розклад: в коментарі до цієї новини.
Коли: 2025-04-23 та 2025-04-27, початок о 19:00 (київський час)
Посилання: 2025-04-23 (https://youtube.com/live/tgIMlGe7_3k) та 2025-04-27 (https://youtube.com/live/J1BRSe4vrN0)

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace, де відбуваються ключові анонси й спілкування. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

Професорка, Dr. Renata Konrad, шукає до себе аспіранта-українця(ку) в Worcester Polytechnic Institute, США

Проєкт чудово підійде студентам із спеціалізацією в Data Science/Optimization, тим паче захисникам природи 🦈

📉Дослідження матиме на меті викриття мереж незаконної торгівлі дикими тваринами під загрозою зникнення.
✅Наявне фінансування на 3 роки.
🏃🏻‍♀️Початок з січня 2026-го року.

Деталі оголошення на сайті 😉

Будемо вдячні за поширення!

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace, де відбуваються ключові анонси й спілкування. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

🧳 Як і для багатьох науковців, літо для Геноміки ЮА — це час конференцій

Активна учасниця нашої спільноти Аліна Фролова представила надбання та перепони на шляху формування української біоінформатичної спільноти на ISMB/ECCB 2025 у Ліверпулі.

4 стовпи української біоінформатики

🏛 NGO Genomics UA
🏛 Bioinformatics for Ukraine
🏛 UBDS^3: Ukrainian Biological Data Science Summer School
🏛 NGO Geneticly Modified Organisation

об'єдналися, щоб на міжнародному рівні поділитися унікальним досвідом розвитку біоінформатичної освіти, дізнатися про нові можливості для членів спільнот і подякувати за неймовірну підтримку українських науковців.
🔥Потужна колаба — потужний виступ — 1000% профіту для спільноти!

📜Ознайомтеся з абстрактом виступу "The emerging ecosystem of competitive educational programs in bioinformatics in Ukraine".

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

Плануєте будувати кар'єру біоінформатика в індустрії?🤔
Тоді запрошуємо на лекцію від пані Валентини Зінченко, PhD!

Валентина — міждисциплінарна науковиця з досвідом в аналізі біологічних зображень, молекулярній динаміці та мультиоміці. Валентина закінчила магістратуру та аспірантуру в Max Planck Institut for Multidisciplinary Science та European Molecular Biology Laboratory й наразі застосовує отриманий досвід у компанії «Bayer».

Valentyna will talk about:
🔹Her transition from Biology to Deep Learning.
🔹Her transition from Academia to Big Pharma.
🔹The basics of perturbation screening.
🔹Opportunities and limitations of accelerating perturbation screening with Deep Learning.

🇬🇧 Мова: англійська
📅 Коли: 1 листопада, 17:00 по Києву
🔗 Де: за посиланням в Genomics UA Workspace і трансляція на YouTube
Заходьте за логіном genomics.org.ua👇

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

А ми починаємо зустріч за менше ніж 30 хвилин 🍵
Чекаємо на вас!

🚨Через непередбачувані обставини лекція переноситься.
🙇‍♀️Дуже перепрошуємо за незручності!
Скоро анонсуємо нову дату 😉

Обіцяна лекція повертається!

Valentyna will talk about:
🔹Her transition from Biology to Deep Learning.
🔹Her transition from Academia to Big Pharma.
🔹The basics of perturbation screening.
🔹Opportunities and limitations of accelerating perturbation screening with Deep Learning.

🇬🇧 Мова: англійська
📅 Коли: 22 листопада, 17:00 по Києву
🔗 Де: за посиланням в Genomics UA Workspace і трансляція на YouTube.
Заходьте за логіном genomics.org.ua👇

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn

Вебсайт нашої організації наразі не працює коректно, натомість переправляє на ресурс, що не належить нашій організації. Ми працюємо над виправленням ситуації і триматимемо вас у курсі. Тим часом просимо не користуватися вебсайтом.

Stay tuned.

Оголошення - два в одному 😮

Наші друзі з ГО «Bioinformatics for Ukraine» мають дві захопливі пропозиції, повз які неможливо пройти 🌠

🔹 Хочете тісно співпрацювати з науковцями для посилення біоінформатичної спільноти?
🔹 Або ж потребуєте менторства для побудови власного шляху в науці?

💎 Bio4UA шукає ентузіастів у сферах дизайну, підтримки соціальних мереж та планування освітніх подій. Детальніше тут:
https://forms.gle/CjQS8K4AFsBvcMjW7

🆘 Перший геномний біобанк України потребує вашої допомоги.

🔺 Через постійні відключення електроенергії зразки колекції «T1 diabetes» перебувають під загрозою псування. Тому необхідно якнайшвидше придбати потужну батарею для підтримки роботи холодильників.
🔺 Ця безцінна колекція має величезний потенціал для розвитку біоінформатичної екосистеми в Україні. У вас теж засвербіли руки проаналізувати ці дані?

Навіщо і як допомогти біобанку - детальніше в дописі засновника Тараса Олексика.

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn