AL-views
105 subscribers
218 photos
35 videos
11 files
44 links
News, thoughts and comments from a Russian biologist.
Download Telegram
"В те годы [ок 1911] путешествия не были таким хлопотным делом, как сейчас: в любую страну можно было въехать и из любой выехать без лишних формальностей; любую границу легко пересечь без всякого паспорта, без предъявления какого бы то ни было удостоверения личности, без необходимости менять валюту: франк, фунт, доллар везде и всегда стоили одинаково. Умеренность цен на морские рейсы не означала плохих условий во время путешествия: билет первого класса от Марселя до Буэноса-Айреса обходился пассажиру в шестьсот франков, вдобавок судоходная компания оплачивала ему дорогу от дома до порта."

– Меня зовут Миккель, – объявляет толстенький подросток. – Разрешите задать вопрос.
Нурланн пожимает плечами.
– Задавай.
– Что такое, по-вашему, прогресс?

А и Б Стругацкие
Ну вот, только избавились от белых медведей на улицах города, как новая напасть приползла.
🐍 Кобра укусила девушку в парке Подмосковья.

Она набросилась на пострадавшую из её рюкзака. Куда, судя по всему, заползла случайно. Змея укусила девушку в руку и уползла в траву.

К счастью, медики сработали оперативно.
К вопросу о кобре в подмосковном парке вспомнил о корке хлеба, упавшей на пол. Попалась мне тут вчера новость, что некие ученые заявили, что быстро поднятое всё - таки остается упавшим, и если с'есть кусок хлеба, упавший на пол, можно встретиться с чертом и Каутским сальмонеллой, кишечной палкой и даже шигеллой Зонне. Я ни в коей мере не стану давать гигиенических контр-рекомендаций, но замечу, что практика восприятия новостей стала постепенно превращать ученых в недоврачей. Еще в ковидную эпоху я писал несколько раз, что если для врача главное "не навреди", то для ученого "не изреки х...ни". Но аккуратный анализ рисков, связанных с употреблением быстро поднятого бутерброда вызывает ужас, ибо кто-то, словивший ту же шига-токсигенную кишнчную палку с поверхности хорошо прополостнутого огурца (мы же знаем, что врачи всегда моют овощи с мылом и щеткой и обязательно запивают спиртом ), обвинит бутерброд и ученого вместе с радиостанцией.

P. S. В 1860х житель Манхэтена проглатывал порядка чайной ложки чистого дерьма в день. Такие уж были тогда водоисточники и туалеты. От кишечных инфекций они, конечно, бывало мерли, но только лишь далеко не все.
На прошедшей неделе в Nature вышла статья, ключевые авторы которой работают в ИБГ РАН, в МГУ, а также в лаборатории нашего соотечественника в США. Коллеги сделали, не более и не менее, как высокоразрешающую (до 10 н.п.!) карту пространственной организации генома E. coli.
https://www.nature.com/articles/s41586-025-09396-y
3
Я еще не прочитал статью внимательно, но идея в том, что с помощью кросс-линкеров пространственно контактирующие фрагменты ДНК объединяются ковалентно и потом массово секвенируются, чтобы можно было нанести на одномерную карту генома (кольцо) существующие в пространстве связи.
Помимо того, что сама по себе работа очень интересная – в молекулярной биологии много данных об изменении компактизации бактериальной хромосомы в разных состояниях, значения пространственной структуры для экспрессии генов и пр. приятно, что наши коллеги, пусть пока и в равноправной колаборации с зарубежными могут потянуть технически очень сложный и кропотливый проект.

Опубликовать статью в топовом журнале сложно не только потому, что нужно совершить достаточно важное открытие (при этом понимание важности редакции должно совпасть с вашим), но и закрыть все дырки и выемки в работе, что на самом деле очень сложно.
Иногда удается пролезть наверх журнальных рейтингов за счет красивой идеи, воплощенной в компактной серии элегантных экспериментов или наблюдений. Это легче (не проще, а именно легче физически и финансово). Но в данном случае мы имеем дело с технически довольно сложным проектом, который удалось закатить на гору не расплескав. Коллегам большой респект!

P.S. Может показаться, что я считаю, что отсутствие международной колаборации лучше, чем ее наличие. Ни в коем случае! Как раз наоборот. Мысль была в том, что технология и культура "закатывания на высокую гору" проектов сложной формы в России гораздо менее развита по множеству причин, поэтому, если кому-то это удается без помощи иностранцев, то это отдельный повод для гордости, но не научной, а скорее спортивной.
👍2
#для_фанатов, #лаборатория_на_таинственном_острове

Помните, у Жюля Верна его Таинственный остров посещали пираты, корабль которых был оснащен ультрасовременной нарезной артиллерией. Им это, правда, не особо помогло. Их прищучили торпедой, которую подкинул кэп Нэмо из своего рояля в кустах Наутилуса из пещеры.
Так вот, на нашем уютном островке вечер в бухте О-антигенного барьера стремительно перестает быть томным: к нам едет ревизор приплыли китайские ветеринары из провинции Сихуань.

Коллеги из Шенду опубликовали офигенную и очень сложную работу по распознаванию рецепторов умеренным лямбдоидным фагом сальмонелл. В отличие от академиков-американцев (старожилы помнят, как я с ними ругался), китайские борцы за здоровье животных корректно процитировали и правильно поняли несколько наших работ и, осознав матчасть (не только нашу, разумеется) решительно двинулись вперед. Читая их статью я испытал даже зависть – исследование вполне в нашем стиле, и в принципе все методы нам доступны. Но осуществить настолько плотный проект, где все кирпичики на месте, все мутанты получены, все нужные белки проэкспрессированы и связываются с чем положено мне лично никогда не удавалось. Все-таки лаборатория на необитаемом острове и фрегат из цивилизованного мира (хе-хе) отличаются по ресурсам и классу организации.
К вопросу о торпреде. Хотя работа выглядит практически безупречно, основной вывод (точнее один из двух) скорее всего ошибочный. Но это ничего, китайские коллеги большие молодцы, надо попробовать найти их гнездо и подружиться!

P.S. Китайские партия и правительство создали условия для выполнения в ветеринарных институтах сложного и дорого проекта, посвященного подробностям жизни фажочка, который сам по себе не имеет никакого очевидного практического значения даже для фаговой терапии. Рот-Фронт, товарищ Си!
P.P.S. Ах да, забыл синопсис работы. Фаг похож на лямбду, и атакуя "лысые" (rough) штаммы Salmonella он связывается с конечным белковым рецептором OmpC, а еще распознает несколько вспомогательных, причем как осевой фибриллой, так и боковой, которая цепляется за кор-олигосахарид ЛПС в районе второго бокового остатка галактозы. Но на штамме, которые продуцирует О-полисахарид все волшебным образом меняется. OmpC вообще перестает быть важным, а связывание с упомянутой галактозой оказывается критичным для инфекции, а не вспомогательным. Коллеги делают вывод, что на гладких (ОПС+) штаммах конечный рецептор меняется вся инфекция зиждется на распознавании боковыми фибриллами кор-олигосахарида.


https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1013352
На специализированных форумах много говорят о низкой зарплате вузовских ППС, а также исследователей в регионах, что приводит де к неоптимальной географии научно-образовательной жизни в стране. Не претендуя на «знаю как надо», вспомнил о том, что 20 лет назад во Франции существовали (наверное и поныне есть) национальные позиции типа условного снс и выше. Они заполнялись на основе национального конкурса, после чего их обладатель мог работать в любом государственном учреждении, получая свою неплохую зарплату. То есть, выиграв конкурс, можно переезжать, забирая свою ставку с собой.
#осторожно_политика
Итак Зе на прессухе в Брюсселе отверг предложения Трампа-Путина (как он их, видимо понял). Это было ожидаемо, но я полагаю, что теоретически он мог бы здорово подставить ВВП, если бы сказал, что в принципе согласен. Количество и размер репутационных потерь для нашего президента были бы таковы, что ему пришлось бы самому срочно придумывать как слить эту затею. Но, видимо, внутренние издержки у Зе были еще сильнее. Так что, возможно, у мира есть шанс на диссипацию потенциала большой войны, ценой чего будет еще год-два СВО
Судя по прогнозу погоды, сегодня был последний день Московского лета 2025, во всяком случае для нас, кто последнюю неделю августа намерен провести в другом месте. Таким он был, воскресный день 17 августа.
👌2
Иногда и циклопы улыбаются. А одному из коллег в нашей лаборатории довольно часто улыбается удача получить занятные изображения наших объектов и связанных с этим явлений. Суть эксперимента, давшего немного неожиданный результат, пояснять пока не буду, просто залипательная картинка (для тех, кто в теме).
👍2
Из Википедии:
За 1890—1898 годы приват-доцент Вернадский воспитал более двадцати учеников, ставших известными минералогами (С. П. Попов, В. Г. Орловский, И. Ф. Сиома, Н. А. Скрицкий, Я. В. Самойлов, П. П. Пилипенко, В. В. Карандеев, Л. Л. Иванов, Н. И. Сургунов, А. А. Ауновский, А. О. Шкляревский, Н. Н. Тихонович, Б. А. Лури, В. Н. Мамонтов, П. К. Алексат, Г. И. Касперович, В. В. Аршинов, А. Е. Ферсман, В. С. Гулевич, Л. В. Яковлев).

Звучит как приговор научно-образовательной деятельности большинства из нас. Подавляющего. Но еще не вечер, во всяком случае, есть основания на это надеяться.
В науке декларируется примат научного метода для познания предметов исследования, в том числе и самой науки, если исследователь занимается самокопанием науковедением.
Однако оценка качества (уровня) работ или проектов производится совершенно другим местом методом, который иногда называют экстатическим (это крутая работа, говорим мы, проглядев абстракт, без всяких обоснований в моменте, они могут быть добавлены потом ... иногда).
Но когда мы пытаемся эти обоснования сформулировать до того, получается смешное.
Я, как эксперт одного всем известного фонда, никогда не мог понять, почему для них "научная новизна" прямо связана с разработкой новых методов (правда, есть еще и т.н. подходы, которые определить сложнее).
А что такое на самом деле научная новизна? Когда она уже есть, ее довольно легко описать, но вот в общем виде получается плоховато.
tg_image_227017457.jpeg
36.1 KB
Господь услышал наши молитвы? В экспертных критериях появился вариант, которого раньше не было. Интересно, сколько баллов приносит заявителю такой ответ в сравнении с ответом о непосредственной практической значимости?