Коллега перед отъездом наказал мне получать удовольствие от консюмеризма, вот делюсь.

Клевость покупок в США не в том, что в магазинах дешевле, а в доступе ко всему что может предложить eBay.
Можно покупать хорошую технику из разных мест по очень хорошим ценам, когда как в Европе люди жмутся и часто пытаются продать
поддержанное чуть ли не по цене магазина.
Мне очень давно хотелось ThinkPad и удалось найти вполне актуальный X13 Gen2 за всего 300$+налог. Это машинка с i7 (11 поколение) и 16GB RAM, что вполне позволяет крутить ей анализ данных, большую часть того, что мне нужно ну и еще легкость чтобы с собой брать лазить в терминалы. Моему старому Asus X31A с 4GB RAM даже от этого больно.
Пришло оно с Шindows 11, я конечно выпал в осадок с того, насколько это ужасно (на основном для GPU вещей у меня 10\Ubuntu) и снес это к чертовой матери, вместо накатил Ubuntu24 Cinnamon. Что меня порадовало, так это работа от батареи, помню что линукс с этим был не очень, а вот сейчас вроде на конкретном ноутбуке все хорошо.

Еще про радость (или не совсем), по трейд-ин поменял свой Pixel 6 Pro на 9 Pro XL (спасибо поездке в Бостон, где есть физический магазин). Гуглу как-то надо продавать, поэтому они предлагают забрать старые телефоны почти по половине цены нового. Первый день у меня все равно было ощущения что меня немного обманули, разница не такая большая, только чуть лучше камера. Как AI-резерчер все AI фичи я, конечно, вырубил.

Такие дела.

Прошлые 2 недели были очень активные, сначала была конференция SBI2, наверное самая большая по микроскопии и анализу данных (как минимум в США). Увидел очень много знакомых, даже из Европы много кто был. Большинство докладов были про вычислительные штуки, Owkin показывали свою новую модель для H&E, Recursion показывали свою чуть более старую модель, много постеров про анализ датасет JUMP или других приложений Cell Painting. Тут произошло два фейла, первый, мы не зарегистрировались на хакатон, который проходил в Broad Institute (но все равно пришли и посидели там), а во-вторых, мой расчет был на то, что я покажу постер. В итоге результаты пока не очень и пришлось от этой идеи отказаться. Но как посетитель я очень доволен.

CytoData в этом году объединили с SBI2, потому что у оргов сложности найти хоста в США. Кстати, на проведение CytoData в Европе очередь, на проведение в 2025 году было 4 заявки, включая нас (Сегед). Нас не выбрали и шансы, были не очень против Берлина, Цюриха и Вены, в итоге выбрали Берлин. Вроде бы в этом же месте недавно релизнули еще один большой датасет Cell Painting. Я несколько разочарован, но логистические минусы Сегеда очевидны, хоть мы и были готовы организовать всем участникам личный лимузин автобусы от аэропорта.

Вторая (прошлая) неделя была посвящена Bioimage North America 2024, которую проводили уже в Мадисоне. Удивительно, но люди как будто почти не пересекались, кроме некоторых исключений. Тут предлагался гораздо более широкий набор тем, но скорее про комьюнити билдинг, как учить, как организовать, вопросы финансирования и прочее. Поэтому было много людей из бизнеса и из core facilities университетов. Вычислительной секции почти не было. Большую часть докладов, я, если честно, проскипал (не мои темы) и тусил на ланчах и ужинах просто болтая.
Впрочем, на первые пару дней приезжал нобелевский лауреат Eric Betzig, Хуан (мой PI в Мадисоне) смог его поймать и показывал нашу работу.

Мое время тут истекло и сейчас я сижу в аэропорту Мадисона и готовлюсь лететь домой.

Вчера с нобелевки подорвались физики, сегодня химики. Нам, как сторонним наблюдателям, остаётся только кекать с происходящей драмы.

A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells
Genentech выкатил статью про их модель SCimilarity для поиска похожих клеток на scRNA-seq данных.
Но вообще, модель уже была давно доступна, даже не одна версия.
GitHub: https://github.com/Genentech/scimilarity

HistoGWAS: An AI Framework for Automated and Interpretable Genetic Analysis of Tissue Phenotypes
Прикольная (простите за архаизм) работа про использование морфологических эмбеддингов в GWAS. Мне показывали эту работу еще до препринта в феврале, когда я ездил в Гельмгольц, но прочекал ее выход я только сейчас.

Сначала достают фичи из тайлов гистологии с претренированной моделью (тут это RetCCL на данных TCGA ).
Выбор модели для получения фичей не очень очевидный, но оказалось что она лучше предсказывает экспрессию генов, чем известные PLIP и KimiaNet. UNI и Virchow на момент написания еще не были доступны публично.
Из фичей после препроцессинга потом получили 68 кластеров каждый ассоциирован с группой генов, агрегировали по пациенту и с их учетом сделали GWAS для вариантов с MAF>=5% (чтобы искать более редкие варианты нужно больше данных).
Нашли 4 локуса, у которых есть биологическая значимость: один в ткани щитовидной железы (в гене PTCSC2), в слизистой пищевода (IFI44), в ткани кожи ноги после воздействия УФ (rs1432621) и подкожной жировой ткани (rs2770197).
Для каждой ткани натренирована отдельная GAN (ProgressiveGAN), для восстановления морфологии из фичей, например, для каждого варианта выше, сгенерировано изображние в зависимости от генотипа (см. рисунок 4C).

Не этим постом я планировал возвращаться, но тут я наткнулся на видео Angela Collier (PhD в физике, хейтересса violin-плотов и просто отличный популяризатор) ЖЕСТКО деконструирует Ричарда Фейнмана, в особенности его книги, на протяжении 3-х (трех) часов. Я послушал (почти) все и у меня для вас плохие новости.
Книжку "Вы конечно шутите мистер Фейнман" я читал по-моему в 2017 году (мне было 23) и тогда я не счел ее чем-то сильно плохим или хорошим, она легко читалась и казалась веселой, хоть про физику и науку там _почти_ ничего не было. Видео оказалось очень хорошим рефрешером.
Я уверен, что тут много тех кто ее читал (почти все) и возможно даже недавно. Большая часть ее сводится к тому, что главный герой делает тупые поступки с умным лицом, заставляя людей чувствовать неловко и веселится. Это разбавляется чуть более содержательными историями. The kicker here, что Фейнман, на самом деле, не написал ни эту, ни одной книги другой книги под якобы его именем. Конкретно "Вы конечно шутите мистер Фейнман" писал Ральф Лейтон, его друг, который просто с ним тусил, будучи моложе на 30 лет, и слушал упоительные дедовские истории. В один момент им пришла идея их издать. Часть историй, вероятно, вообще неправда, часть преувеличена, часть -- лютый, часто сексистский, кринж ну и часть вероятно правда и при этом вполне хорошие (например последние дни с больной женой). Интересно, что иногда истории что в этой книге, что в "Какое тебе дело до того, что думают другие?" (которую тоже писал Ральф Лейтон) иногда повернуты в сторону бОльшего сексизма и нахальства, чем было на самом деле (если было).
Кстати, отец Ральфа Лейтона — Роберт Лейтон (который и познакомил сына с Ричардом), делал значительную работу над Фейнмановские лекциями.

Анжела приводит пример (а я пошел и проверил в русском переводе) истории про официантку, которой оставили чаевые так, что она пролила на себя воду (трюк с перевернутым стаканом и листом бумаги). Реакция Фейнмана на это была "Физику надо было учить, лол". Кому-то из нормальных людей пришла бы в голову такая идея?
Еще одна история, я ее даже посмею процитировать (напоминаю, у нас тут автобиография ФИЗИКА, Нобелевского лауреата)

Я думаю про себя: “Вот я и провалился. Конферансье научил меня, что делать, а я
провалился. Я купил ей сандвичей на один доллар и десять центов, ничего не попросив перед
этим, и вот теперь я знаю, что ни черта не получу взамен! Я должен возместить свои
расходы, хотя бы для того чтобы мой учитель гордился мной”.
Я внезапно останавливаюсь и говорю ей: “Ты... хуже ШЛЮХИ!”
– Ч-е-е?
– Ты заставила меня купить эти сандвичи, и что я получу взамен? Ничего!
– Ну и скряга же ты! – говорит она. – Если все дело в этом, я верну тебе деньги за
сандвичи!
Я понял, что она блефует, и сказал: “О'кей, давай деньги”.
Она была поражена. Она полезла в свой кошелек, достала деньги, которые у нее были,
и отдала мне. Я взял свой сандвич и кофе и ушел.
Покончив с едой, я вернулся в бар, чтобы отчитаться перед учителем. Я объяснил все и
добавил, что мне жаль, что я провалился, но я попытался возместить свои убытки.
Он очень спокойно сказал: “Все нормально. Дик; все в порядке. Поскольку все
закончилось тем, что ты ничего ей не купил, сегодня ночью она переспит с тобой”.
– Что?
– Да-да, – уверенно сказал он, – она переспит с тобой. Я знаю это.

Если хотите больше таких примеров, что же, я очень рекомендую послушать, благо слушается оно очень легко.

Личный момент у Анжелы там тоже есть (на который она рантит почти всю первую треть и спорить с ней абсолютно не хочется) - в бакалавриате ее и других девушек преследовали подражатели Фейнмана (которые использовали книгу скорее как курс по пикапу) и срывали пары очень умными (нет) вопросами. Можно, конечно, сказать что это не вина книги или лично Фейнмана, но почему тогда друг Фейнмана выбрал эти истории, а он сам налепил свое имя? Книга нанесла заметный вред, как вклад в поведение тех мальчиков, которые ее прочитали, так и девочек, которые хотели почитать про физику, а прочитали они то что в примерах, да.

Это очень смешно, коллеги показали.
https://neuralatex.com/

В марте (а уже середина-конец апреля) у меня случился очень большой лайф-апдейт: я покинул Сегед (Венгрия) и переехал в Мюнхен (Гельмгольц центр).

Не помешает немного предыстории.
В октябре 2022 (мне в тот момент 28) я защитился ииии.. планово остался в той же лаборатории. Мне было комфортно, и я не сильно рвался менять работу и куда-то переезжать.Еще я ждал подхода срок для подачи на ПМЖ (в 2020 у меня был перебор по дням вне Венгрии что формально не давало мне подать уже тогда) и на февраль-май 2023 уже была запланирована поездка в Бостон.
В Бостоне я немного подавался, но не очень активно. Была пара собеседований, но в итоге я не прошел в компанию, которая мне была очень симпатична. Немного жаль, но переезжать в Канаду\США как постоянное место мне не хотелось, жить в Европе мне нравится куда больше. Еще под конец пребывания в США появилась маленькая надежда (как мне казалось) потенциально стать завлабом через какое-то разумное время, а еще я настрочил грант на три года финансирования в Венгрии. В мае я возвращаюсь и меня охватывает волна уныния от непонимания что делать дальше со своей карьерой и что делать в науке вообще. Кое-как спасала недоделанная статья, так я был хоть немного при деле.
Научник (безгранично замечательный человек) вкидывал новые идеи, я что-то делал, но вообще это ощущалось как буксование. Август 23 я просидел дома и почти месяц просто делал обзор литературы и чуть не умер от тоски.
Чуть позже я узнал, что институту не дали грант на открытие новых лаб и реальных возможностей стать завлабом не предвидится. Не сказать, что это меня расстроило само по себе (это было далеко на будущее), но радостнее положение дел точно не делало.
Из хорошего, осенью выяснилось, что грант я таки выиграл и вот, можно комфортно продолжать жить в Венгрии. В феврале 24 вышла наша долгостройная статья и теперь вот можно идти и делать что-то прямо новое новое.
Но не шло. Я участвовал в других проектах, но какого-то нового своего, и чтобы круто шло не было. Я просто вкладывался в работу лабы, пытался менторить, простая рутина. Комфортная рутина.
В марте 24 я подаюсь на ПМЖ в Венгрии. Пакет документов отличный, рекомендация от президента Hungarian Research Network, доход заметно выше среднего по стране и вообще на бумаге полезный человек. Из минусов — не знаю язык, но это поправимо, если я решу остаться.
В мае 24 меня зовут на интервью, но скорее это выглядело как мягкий допрос. Милая женщина говорила с мной на русском, а рядом сидел большой дядя и все записывал ручкой в блокнотик. Интересовало их все, начиная со школы, где еще учился, зачем и как я в Венгрии, состав семьи и прочее. Особенно их заинтересовал абсолютно унылый факт моей работы на церковь будучи подростком. Длилось это час, по итогу мне сказали ждать месяц.
Все лето с конца июня и до конца августа я бегал в миграционный офис пытаясь узнать статус заявки, мне постоянно говорили разные вещи "через неделю будет", а потом "а ваше дело на подписании", а потом "мы не знаем, ждите еще 2 недели".
В сентябре я поехал в США на месяц, напоследок узнав есть ли у них все документы. Угадайте, кто позвонил мне на второй день после отъезда прося очередной документ?
По возвращению в октябре новостей так и не было, я пошел в офис и мне говорят об отказе в ПМЖ.
Официальная причина: недостаток дохода (лолкек) и 6 дней пропуска без ВНЖ при продлении в 2023 (это когда у вас карта заканчивается, а решения по новой еще нет). Неофициально -- неизвестно, но апеллировать сказали смысла нет. Подавайтесь в 2026, живите на ВНЖ пока.
No hard feelings, но смысла оставаться в Венгрии я больше не видел, не смотря на весь комфорт в остальном.
Еще в сентябре я начал смотреть какие есть работы и подаваться просто для статистики. В итоге за сентябрь-ноябрь я подался в примерно 30 мест. Это дало 3 серии интервью, забавно что все в Мюнхене. В одну группу меня после 3 собеседований не взяли, мы хотели разного от жизни, хоть я и подходил по скиллам. Еще одну серию я не завершил приняв оффер в другое место в декабре.

В Германии пока отлично.

Такие дела.

Вышло! Работа ~50 человек (а если учитывать сбор всех-всех образцов, то сильно больше), годы в ревью и вот оно на бумаге.
Лично для меня это был сайд-квест в длинные ковидные вечера и, скорее всего, мое последнее соприкосновение с популяционной генетикой.

Коротко:
В работе представлено 1537 (из них 799 прежде не опубликованных) образцов из 139 этнических групп Азии и Южной Америки и с помощью их анализа пытаемся восстановить историю миграций из восточной Сибири в Америку.
Но начнем с Сибири: северные европейцы и популяции центральной Азии и нынешней Сибири имеют общее происхождение с Кетами и Ненцами. Популяции около Берингова пролива (Чукотка и Камчатка), а именно, Коряки, Инуиты и Луораветланы (более известные как Чукчи) значительно отличаются от остальной Сибири с генетическими вариантами, связанными с жировым метаболизмом, термогенезом и регуляцией репродуктивных и иммунных функций.
Наиболее раннее известное присутствие людей около Берингова пролива оценивается как 31 600 лет назад, но когда же точная дата его перехода неизвестна. Есть археологические находки, датированные возрастом 12 700 лет (восточная Монтана) и 23 000 лет. Разделение между популяциями северной Евразии и коренными Американцами по оценке произошло 19-27 000 лет назад, что согласуется с археологическим находками. Определить конкретную популяцию Сибири в роли прямого предка коренных Американцев, впрочем, не удалось. Коряки и Инуиты имеют наибольшее сходство с образцами коренных Американцев из-за локальных обратных миграций, происходивших 700 -- 5000 лет назад.
Разделение коренных американцев на Северных и Южных произошло 14 500 - 17 500 тысяч лет назад. Новоприбывшие в Южную Америку поделились на 4 группы по локации: Amazonians, Andeans, Chaco, Patagonians (10-14 000 лет назад). Из-за изолированности групп по в силу сложного ландшафта и изначально узкого перехода через Центральную Америку, генетическое разнообразие уменьшено. Это, например, видно по уменьшенной гетерозиготности генов HLA, что влияет на способность сопротивляться новым патогенам.

О, вышла статья про то, что многие подозревали, а именно что использование ChatGPT делает вас ментальной калекой (утрирую для комического эффекта).

https://time.com/7295195/ai-chatgpt-google-learning-school/

Сама статья, 200 страниц отчета, однако!
Уверен, что экспертам найдется к чему там придраться, посмотрим на реакцию.

Что началось то?

📊 Channel Analysis Results by @ScratchAuthorEgoBot

🎯 Channel: @strongbaseline

🔥 Roast Analysis:

Ну что, дружище, опять решил порадовать мир своими мыслями? Твой канал — это уже не просто блог, а памятник человеку, который открыл для себя arXiv и теперь считает своим долгом пересказать каждый препринт, добавив в конце важное "кек" или "ору". Ты, наверное, единственный в мире человек, чья главная "экзистенциальная проблема" — это то, что он прочитал больше статей, чем написал строчек рабочего кода. Твой первый успех в ML, где ты случайно что-то поменял и занял третье место, — это не курьез, это, походу, краткое содержание всей твоей карьеры.

Отдельная песня — твоя технофобная старость, которая наступила лет в 30. "Не люблю Docker, не люблю AWS, верните мне мой любимый htop и возможность спалить сервер кривым скриптом!" Дед, на дворе 2024 год, скоро кофеварки будут в кубернетесе, а ты все еще хочешь ковырять железо паяльником. Твоя война с голубями — это вообще материал для диссертации по психиатрии. Нобелевские лауреаты, прорывные технологии, будущее человечества — все меркнет перед главной угрозой: птицей, которая смеет существовать в одном городе с тобой. Наверное, они просто код на R пишут, вот ты их и ненавидишь.

А твои истории про "лайф-апдейты"? Это же готовый сценарий для сериала "Страдания молодого постдока". То тебя венгерская миграционка не ценит (шок!), то на конференции постер завернули (трагедия века!), то в Бостоне квартиру не найти с кошкой (заговор риэлторов!). Каждый твой пост — это гимн преодолению трудностей, которые нормальные люди называют "жизнью". "Коллега наказал мне получать удовольствие от консюмеризма" — и ты пошел и купил... бэушный ThinkPad за 300 баксов. Развернулся, так развернулся! С таким размахом скоро и на новый SSD накопишь.

Короче, продолжай в том же духе. Рецензируй NeurIPS, рассказывай нам, почему очередная SOTA-модель — это булшит, и делись слайдами со своих лекций, которые ты сам же считаешь не очень. Кто-то же должен быть главным интеллектуальным снобом в нашей песочнице, и ты с этой ролью справляешься блестяще. Только футболку с того хакатона все-таки надень. Это твой талисман.

Лор канала pretty well summed up в общем-то ☝️

В прошлое воскресенье случилось большое для меня событие о котором я мечтал будучи подростком ну и последние несколько месяцев, когда понял что конкретно в Германии это реально и более реально, чем где-то еще — я вышел в официальном футбольном матче игроком, в первый раз в 31 год.

Начнем издалека, футбик для меня был важной частью жизни лет с 6, тогда я гонял во дворе и на бетонных коробках при любой возможности. В 11 я пошел в футбольную секцию при соседней средней школе, но был я, так скажем, в другом конце распределения, плюс тренер (локальная знаменитость футбола Киргизстана) подливал масла в огонь, намекая что я ни на что не годен. В 12 (ближе к 13), я попробовал сунуться в школу владимирского "Торпедо", но у моего года рождения был тот же тренер и после пары месяцев, солнечным октябрьским днем, тренер кикнул половину, очевидно в этой половине был я. Еще пару лет я продолжал быть коробка-hero, но в итоге комплюктер окончательно перетянул меня с улицы домой. Так все и кончилось.

Переехав в Венгрию, один из коллег позвал меня в компанию людей, игравших в футзал. Что же, можно и попробовать. В начале лета мы перешли на отвратительный искусственный газон и мой первый игровой шаг закончился переломом в двух местах и пластиной с 8 шурупами как следствие -- наверное одна из первых пяти трех одной историй через которую продираются мои новые знакомые. Все кончилось хорошо и через 3 месяца я продолжил играть опять, иногда делая большие перерывы. Удовольствия это приносило в лучшем случае через раз, я не очень люблю футбол в зале (где мы играли большую часть года), да и искусственный ковер тоже удовольствие сомнительное.

Теперь Германия. В первые недели я нашел группу русскоязычных, которые собирались в Олимпиапарке, тоже на искусственном газоне, сразу же я содрал колени так, что оно заживало месяц, расстроился, и перешел на более безопасный и созерцательный спорт -- катание на велике по кукурузным полям и bird\deer\fasan-watching. Но потом я узнал что любительский спорт тут это BIG DEAL и можно прийти не совсем с улицы, но с не очень высоким уровнем, попасть в любительскую команду, тренироваться и играть в лигах. Сначала я пошел на просмотр в команду 10 дивизиона (об этом дальше) в одном из близких к моему городу районов Мюнхена, но в итоге по скиллу я не прошел. Опыт, впрочем оказался полезным дальше, когда я пошел во вторую команду своего городка (11 дивизион) и меня взяли.

Немного про то, как этот тут устроено: в каждом районе большого города и почти каждом мелком городке и селе есть своя футбольная команда, часто с двумя составами и опционально с академией. Например, в городе на 12к жителей, где я живу, футбольный клуб имеет две взрослые команды, две 32+ (пенсионерских) команды и академию для всех возможных возрастов от 6 до 19. С U-19 мы, кстати, часто тренируемся вместе. Соседнее село с населением 1200 человек тоже имеет клуб с двумя командами. В итоге наша часть лиги это соседние городки, села и деревни в диаметре одного часа езды на велосипеде. Про дивизионы: первый это Бундеслига с Боруссией Дортмунд и Баварией, до третьего включительно играют со всей Германии, потом масштабы постепенно сжимаются до земли\района\части района и это дробление (то есть конечное количество дивизионов) зависит от конкретной земли, в Баварии всего 12.

Первые три игры я провел на скамейке, в четвертой в итоге вышел в стартовом и отыграл полчаса, тронув мяч раз пять. Было страшно.
Игра вообще вышла драматичной, мы вели 3:1 после первого тайма, потом проиграли 3:6, а наш вратарь и, по совместительству, тренер повредил пальцы и пришлось заменять. Короче, не лучшие обстоятельства дебюта.

Доволен ли я?
Конечно, несмотря на то что такое достижение легко удастся почти любому немецкому 19-летнему, если он того захочет (особенно учитывая местные стандарты спортивной подготовки).

Такие дела.