Zmall Pharma
3.37K subscribers
2.09K photos
113 videos
207 files
1.37K links
Заметочки
Кто хочет задать вопросы, прорекламиться - [email protected] (почта с Mail.ru и корпоративных адресов может не дойти)

Место для дискуссий -
https://t.iss.one/smallpharm_talk

Место для интересностей -
https://sponsr.ru/smallpharma/
Download Telegram
Forwarded from Artem. R. Oganov
ОТ ВСЕЙ ДУШИ

желаю Америке и Израилю самого сокрушительного поражения. Такого, после которого никогда не захочется снова на кого-то нападать - ломая жизни целым странам.
💊27🔥1512👍42😘2
Forwarded from Бладсикер 2.0
Две недели назад в Иране сожгли статую Баала. Сегодня США и Израиль немедленно атаковали Иран

Думайте

Бладсикер. Подписаться
11💊8👍3
Меня тут подсадили на программу "Мужское и женское" - в чистом виде и с реактами. Мамадорогая, нахуй так жить.
У меня аж очко сжимается от количества кринжа, которое там вываливается на зрителя. Особенно запомнились АЖ 4 СЕРИИ, где пытались определить отцовство у 11 детей.
Врезки, где показывают условия жизни героев программы, я иначе как балабановщиной назвать не могу - самая густая и смачная чернуха, которую пускают на тв. (за исключением "Сети-НН" - ван лав)
💊275
Планируем покрасить клетки для цитометрии (1): контроли

Меня часто спрашивают недавно спросили, можно ли отсортировать клетки с нокаутом гена поверхностного белка, окрашивая мишень антителами. Это сложнее, чем отсортировать клетки с повышенной экспрессией, потому что требует аккуратной пробоподготовки.

Вообще любой эксперимент по цитометрии - да и с помощью других методов - включает в себя постановку задачи с выбором модели и критериями оценки результата, пробоподготовку и оптимизацию протокола измерения. Каждый этап требует оптимизации и контролей, особенно если необходимо достоверно убедиться в отсутствии экспрессии. Предположим, что мы уже выбрали клетки и антитела и хотим отработать протокол.

1️⃣Контроли для пробоподготовки
Мы можем красить клетки первичными мечеными антителами, что встречается чаще, или немечеными первичными + мечеными вторичными.

🧪 Чтобы убедиться, что сигнал пропорционален количеству мишени, необходимо оптимизировать концентрацию антител, для чего надо их оттитровать и определить индекс окрашивания (stain index). Об этом подготовительном эксперименте напишу в отдельном посте.

🧪 Для того, чтобы определить фон и выявить неспецифику, - особенно для поставленной выше задачи - имеет смысл поставить технический негативный контроль.

🔸Иногда в случае первичных меченых антител используют изотип-контроли (антитела того же изотипа и с тем же флуорохромом, которые не связывают никакие мишени в клетках), но я бы предпочла для отрицательного контроля покрасить нужным антителом клетки, не экспрессирующие мишень. В качестве примера с маленькой натяжкой могу привести окраску антителом к CD8 CD4 T-клеток. Такой контроль характеризует не только антитело, но и то, насколько оптимизирован протокол пробоподготовки.

🔸В случае непрямого окрашивания необходимо оптимизировать оба антитела. Сначала оптимизируем вторичное: окрашиваем только вторичным антителом (технический отрицательный контроль) и с первичным антителом. Выбираем концентрацию, при которой есть сигнал при окрашивании вместе с первичным антителом, но нет сигнала при окрашивании только вторичным, и уже потом титруем первичное.

2️⃣Контроли для измерения и оценки сигнала
Чтобы определить положительную популяцию, надо поставить гейт относительно отрицательной популяции, для чего используется FMO (fluorescence minus one) контроль - тот же образец, окрашенный всеми антителами, кроме интересующего. В случае непрямого окрашивания можно окрашивать негативный контроль только вторичным антителом.
Использовать для гейтирования контроли из пункта 1 (изотип и окрашенные клетки, не экспрессирующие мишень) - с моей точки зрения, неудачная идея, хотя говорили, что так делают.

#FAQs_про_FACS
#flowwithglow
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🤔1
Сортировка клеток для нокаутов

1️⃣Начать необходимо с оптимизации пробоподготовки, чтобы мы были уверены, что редактируемые клетки экспрессируют мишень и специфично и селективно окрашиваются.

2️⃣Независимо от того, вносим ли мы гиды и Cas трансфекций или лентивирусной трансдукцией, искомых клеток довольно мало и перед отбором нужных стоит обогатить популяцию трансфицированными или трансдуцированными клетки антибиотиком или сортировкой в зависимости от маркера селекции в генетических конструкциях.

3️⃣А когда клетки подрастут, уже можно отсортировать популяцию, в которой нет сигнала, ориентируясь на положительный (от окрашенной популяции дикого типа) и отрицательный (не окрашенному антителами к мишени образцу) контролям.

❗️В случае сортировки негативной популяции важно подобрать вольтаж так, чтобы поместить ее полностью в положительную область. Во-первых, на приборах BD просто не будет сортировать популяция, содержащая клетки с сигналом ниже нуля, а во-вторых, для детекции редких событий важно, чтобы сигнал от них превышал электронный шум.

#FAQs_про_FACS
#flowwithglow
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Поскольку на этой неделе на гистологии мы смотрели железы, то сегодняшняя статья про железы. Об этой работе мне рассказали мои олимпиадники пару лет назад.

#статья

В 2020 году группа нидерландских учёных совершила удивительное открытие — они обнаружили ранее неизвестную пару слюнных желёз, которую назвали «трубными слюнными железами» (tubarial salivary glands). Железы расположены в глубине носоглотки — в районе так называемой трубной складки (складки слизистой оболочки, окружающей глоточное отверстие слуховой трубы). Отсюда и их название. Они находятся за носоглоткой, вблизи основания черепа.
Открытие произошло случайно. Исследователи проводили ПЭТ‑КТ (позитронно‑эмиссионную и компьютерную томографию) у пациентов с раком простаты. На снимках учёные заметили симметричную структуру в носоглотке — она вела себя точно так же, как известные слюнные железы.
Чтобы подтвердить находку, команда изучила ткани умерших людей с помощью гистологического анализа. Результаты подтвердили: это действительно железистая ткань со всеми характерными признаками слюнной железы — протоками и клетками, вырабатывающими секрет.
Почему их не нашли раньше? Есть несколько причин.
Глубокое расположение. Железы скрыты в труднодоступном месте, их сложно рассмотреть при обычном анатомическом вскрытии.
Малый размер. По сравнению с крупными слюнными железами (околоушными, подъязычными и поднижнечелюстными) трубные железы невелики.
Отсутствие чётких границ. Они не заключены в плотную капсулу, а плавно переходят в окружающую ткань.
Хотя функции трубных желёз ещё изучаются, учёные предполагают, что они: увлажняют и защищают носоглотку и область вокруг слуховой трубы; помогают предотвратить пересыхание тканей в этой критически важной зоне; могут играть роль в иммунной защите верхних дыхательных путей.
Практическое значение открытия – это не просто академический интерес. Понимание расположения и функции желёз важно для лучевой терапии при лечении опухолей головы и шеи. Если во время облучения случайно повредить трубные железы, у пациента может развиться сильная сухость во рту и носоглотке, что резко снижает качество жизни (ксеростомия). Теперь врачи могут точнее планировать лечение, защищая эту новую структуру.
Открытие трубных слюнных желёз доказывает, что человеческое тело ещё хранит тайны. Даже в XXI веке, когда, казалось бы, анатомия изучена вдоль и поперёк, наука способна удивлять нас новыми деталями устройства нашего организма.
9
Парочка релокантов стоит в аэропорту Белграда на пограничном контроле. Офицер контроля спрашивает:
— То есть, ваша история такая: когда в феврале 22 началось на Украине, вы вместе уехали в Армению. Когда там начались события в Карабахе - вы уехали в Израиль. Когда началось в Израиле - мы умчались в Дубаи. А сейчас вы хотите попасть в Сербию?
— Да, все так.
— Вам отказано во въезде.
— Но почему?
— По правилам мы не обязаны раскрывать причину отказа. Но вам скажу. Нам кажется, вы приносите несчастья. Но мы можем вам вместо этого купить билеты в Албанию.
👍16🔥93
🥰12🔥73
В этот день, 2 марта (по старому стилю) 1917г, был убит Император Николай II.

Спите спокойно, Государь. Мы вас помним и любим.
17💊17🤔5
#обозревая_происходящее

Официально от МИД России: если вы сирота и социофоб приехали на стратсессию по развитию научно-образовательной политики в Дубай (то есть еще не фигурант уголовного дела в России и вас выпустили) и вас еще не накрыло наглухо иранской ракетой на радость вашим подчиненным, пишите в консульство РФ и готовьтесь жить в спартанских условиях. Можно в какой-нибудь рязанской или пензенской вузовской общаге. Лучше бы пожизненно, с сортиром на этаже.

Наш Зоопарк иногда злой, но мы и не обещали быть добрыми, да. Слишком хорошо помним роскошные выезды некоторых персонажей в Дубай в разгар СВО "в командировки". С важным государственным видом и осознанием собственной значимости в каждом шаге.

Нет, мы не против того, чтобы люди ездили в отпуск куда угодно на свои кровные - хоть в Сочи, хоть в Дубай, хоть Антананариву, это ваше 100% законное право. Но когда из каждого утюга сурово велят затянуть пояса, а кто-то за счет вверенного (и при этом нищего) вуза в 2022 или там 2023 г. валит в ОАЭ щупать эскортниц и тариться в Prada за госсчет под видом "развития российской научно-образовательной повестки", у нас натурально встает шерсть на загривке. Что поделать, как есть
👍6💊21
#зоопарк_одобряет

ДНК-аптамеры против рака: найден способ доставить лекарство точно в глиобластому, не задев здоровые ткани

Новости с фронта борьбы с глиобластомой, очень и очень агрессивной опухолью мозга. Как мы уже не раз писали, основная проблема, которая не дает эффективно применять химиотерапию - прицельная доставка лекарства (мозг есть мозг, ГЭБ есть ГЭБ...)

Ученые из Института высшей нервной деятельности и нейрофизиологии #РАН (Москва) сравнили два ДНК-аптамера и доказали, что их усовершенствованная версия Gol1 не только точно находит опухолевые клетки в мозге, но и запускает в них программу самоуничтожения.

Аптамеры в данном случае - это специальные короткие молекулы ДНК, которые способны связываться с белками-мишенями с точностью, сравнимой с антителами. Исходный аптамер U2 был отобран против клеток глиобластомы с высокой экспрессией мутантного рецептора EGFRvIII. Его модифицированная версия Gol1меньше (короче) и куда устойчивее.
Gol1 показал высокую EGFRvIII. В опытах на крысах с привитой глиобластомой FAM-меченый Gol1 накапливался строго в опухоли с максимальным контрастом в инвазивной зоне (край, где клетки врастают в здоровую ткань), и полностью отсутствовал в здоровой ткани.

Прелесть же тут еще и в том, что аптамеры, в отличие от антител, не иммуногенны, малы (легче проникают в ткань) и куда дешевле в биотех производстве. Ученые полагают, что Gol1 в перспективе вполне может стать универсальной платформой для тераностики глиобластомы. Ждем новых препаратов и клиниспытаний, конечно же.

Статья вышла в Pharmaceutics (IF = 5.5)
2👍1
Кто хочет чтоб ваш мемный адмем покушол шавермы, могут помочь адмему:
2200 2302 6931 6342
💊5
Zmall Pharma
Кто хочет чтоб ваш мемный адмем покушол шавермы, могут помочь адмему: 2200 2302 6931 6342
Адмему надо дотянуть до пятницы, хотя бы на шаверме и лит-энерджи((((999
💊8😘2
Forwarded from FSCP
фМРТ работала через жопу. Это если коротко. @woofnn2a принесла исследование. Там в 2016 году случился офигенный скандал.

Началось с того, что в 2009 году нейробиолог Крейг Беннетт положил в МРТ-сканер мертвого лосося из магазина и показывал ему фотографии людей. При стандартных настройках софта сканер показал, что в мозгу мертвой рыбы происходят всплески активности в ответ на эмоции людей. Он ещё раз убедился, что лосось действительно мёртв, и написал работу.

А работа вышла в 2016. Проверили самые популярные пакеты софта для анализа сигнала. Они взяли данные фМРТ здоровых людей в состоянии покоя и прогнали их через эти программы, имитируя выполнение задач. Оказалось, что статистические методы, которые использовались в этих программах последние 15 лет, давали огромное количество ложноположительных результатов.

На некоторых задачах вместо 5% ошибки было 70%. Это активность мозга там, где её на самом деле не было — просто из-за математических артефактов и неправильных допущений в алгоритмах.

Они примерно прикинули, там 40 тысяч научных работ с использованием фМРТ. Многие потом проверяли другими способами (например, узнавали про активность зоны мозга и потом херачили туда током или белковым деструктором), но некоторые нет. Если что, там много из психологии про любовь, решения и боль, потому что люди часто не дают вживлять электрод или жахать белковым деструктором.

МРТ-сканер делит мозг на тысячи объёмных пикселей — вокселей. Их около 100 000 в одном скане. Потом идёт кластеризация. Математические модели, предполагали, что шум в мозге распределяется определенным гладким образом. На деле же шум оказался гораздо более хаотичным и сложным. Программы принимали случайный шум за закономерную активность.

Методы разрабатывались 20 с лишним лет назад. Их проверяли на компьютерных симуляциях (идеальном шуме), но почти никогда не проверяли на реальных людях в таких масштабах. Плюс нашли баг в одном из пакетов — AFNI 15 лет его не фиксили, там неправильно считались размеры областей, из-за чего уровень ошибок был ещё выше.

После этой работы софт поправили. Начали срочно переписывать алгоритмы и исправлять баги. Вместо упрощённых кластеризаций стали делать метод перестановок — там надо на порядки больше вычислительных ресурсов, зато ошибки падают к тем самым заветным 5%.

Стандарты ужесточились. Теперь журналы требуют от учёных гораздо более строгой статистической отчетности. Дофига чего понадобилось перепроверить ещё раз. В 2022 году вышло ещё одно исследование, которое показало, что большинс
тво фМРТ-исследований на малых группах (20–30 человек) вообще бесполезны, так как связь между структурой мозга и поведением очень слабая и требует тысяч испытуемых для фикса

ции. Ну и стали переезжать на МЭГ.

_______
Источник | #Fourier_series
11
👍15🤯2
👍2512
#возвращаясь_к_напечатанному

Русский Рисерч, как обычно, разложил все по полочкам:

Существуют две параллельные вселенные. В одной живут люди в белых кедах и пиджаках, которые никогда ничего не внедряли. Они приезжают в красивые офисы из стекла и бетона, рисуют на флипчартах и рассказывают преподавателям или управленцам, которым нечего внедрять, про технологическое развитие. В другой вселенной узкие специалисты проектируют и делают уникальные вещи, борясь по пути с нормативной базой, закупками, поставками и дефицитом хороших сварщиков. Как правило, в некрасивых помещениях без флипчартов.


Примерно так это и выглядит - ну почти.

В России есть крутые центры, которые проектируют установки, строят заводы, делают реверс-инжиниринг (классика жанра - "скопируйте за полгода то, что японцы/немцы/американцы разрабатывали в спокойной сытой обстановке пять лет") и много чего еще. То самое импортозамещение в том числе. Не хотим приводить конкретные примеры, чтоб не навредить таким людям (деньги любят тишину, кому надо, тот знает, а мешать работать у нас, увы, умеют). И, кстати, точно так же, как какой-нибудь BASF или Siemens, эти ребята берут на субподряд ученых или целые команды из институтов с вузами и кормят их (кто поумнее, тот платит честно на организацию, кто поглупее или победнее, тот хантит более прицельно, хотя это не гуд).

Руководители (они же часто и создатели) таких центров, в дополнение к ученой степени и "боевому опыту", отлично могут как говорить по делу, так и нести всякую душеспасительную чушь про "проектные подходы" и "продуктовые логики" - но по ситуации и четко понимая, где, что и зачем. Примерно аналогичное можно сказать про людей Минпромторга и/или ближайшего их окружения: не знаем про все департаменты, но в тех, что видели, балаболы-визионеры в МПТ не выживают, надо знать матчасть.

Ну и есть все эти прекрасные "институты развития", процентов так 90 из которых описываются формулой "импотенты ведут курсы по технике секса". Так было 15 лет назад, так было после 2014го, так осталось после 2022го, когда мир стал совсем уже другим.

И дело даже не в том, что все эти структуры жрут немалые ресурсы (ладно, зависть - плохое чувство). Просто-напросто когда деньги на фундаменталку нещадно режут, едва ли не половина перспективных НИОКР-проектов от крупного бизнеса заморожена, а команды прикладников вынуждены работать человеком-оркестром, решая задачи от "10 тонн сырья застряло на китайской таможне" и до "как жить в условиях 71-го казначейского счета", то есть в режиме "на износ" последние как минимум четыре года... Дожигая последнее здоровье и нервы... Честно, слушать вот эти сладенькие визионерско-инноваторские речи становится уже просто невыносимым.

Жрете бабки - ну жрите их тихо под одеялом. Не разевайте рот и не пытайтесь с дофига умным видом учить отца е людей, которые и так уже пашут последние годы в инфарктно-аварийном режиме, как достигать вашего успешного успеха. Просто, блин, заткнитесь. Попейте вон ваш тыквенный латте, пока не остыл.

А если не можете просто вовремя завалить хлебало, то не удивляйтесь, что вам будут не рады.
8
#их_нравы

Канадский журнал Paediatrics & Child Health признал, что 138 клинических случаев, опубликованные в течение последних 25 лет, были полностью вымышленными.

Поводом для разбирательства стала статья в журнале New Yorker, где обратили внимание на кейс 2010 года под названием Baby Boy Blue - утверждалось, что у ребенка были признаки воздействия опиатов из-за грудного молока (мать принимала кодеинсодержащий препарат). Соавтор честно признался, что кейс был полностью выдуман, после чего редакция Paediatrics & Child Health провела расследование - и всплыло то, что всплыло. Кстати, по поводу опиатов в молоке ученые вообще-то выражали свои сомнения еще лет 10 назад
🔥3🥰1