#Cython
#ODEs

@scientific_programming

#Cython
#ODEs
for solving system of odes

@scientific_programming

استفاده از پکیج DifferentialEquations.jl در پایتون
#diffeqpy
Solving differential equations in Python using DifferentialEquations.jl

- Discrete equations (function maps, discrete stochastic (Gillespie/Markov) simulations)
- Ordinary differential equations (ODEs)
- Split and Partitioned ODEs (Symplectic integrators, IMEX Methods)
- Stochastic ordinary differential equations (SODEs or SDEs)
- Random differential equations (RODEs or RDEs)
- Differential algebraic equations (DAEs)
- Delay differential equations (DDEs)
- Mixed discrete and continuous equations (Hybrid Equations, Jump Diffusions)

برای نصب از دستور

pip3 install diffeqpy
استفاده کنید. برای استفاده از پکیج لازم هست که Julia بر روی سیستم نصب شده و در مسیرهای سیستم قرار داده شده باشد. (در انتها بیشتر توضیح دادم)
در محیط پایتون این دستور رو وارد کنید:
import diffeqpy
diffeqpy.install()
سپس :
from diffeqpy import de
اگر خطایی دیدید همانطور که خطا راهنمایی می کنه از این دستورات در محیط interactive پایتون استفاده کنید:

from julia.api import Julia
jl = Julia(compiled_modules=False)

چون من از قبل Julia رو نصب کرده بودم شاید یک سری خطاها برای من نشان داده نشد.
برای نصب Julia فایل باینتری رو دانلود و extract کردم. در یک مسیر دلخواه قرار دادم و مسیر را داخل bashrc قرار دادم.
این ویديو شاید کمک کنه برای نصب جولیا.
در کل فرآیند نصب خیلی دردناک نبود و حدود ۵ دقیقه طول کشید.

@Scientific_programming

برای خطای مشاهده شده هنگام فراخوانی
from diffeqpy import de
میشه از این روش هم استفاده کرد.

Lunch IPython in Julia:
julia> import Pkg
julia>Pkg.add("IPython")
julia>IPython.start_ipython() # this bring Ipython in julia
In [1] from diffeqpy import de
# now you can import diffeqpy dynamically linked to julia

@scientific_programming

working with #python #packages from #Julia

@scientific_programming

Ketaabonline.com
کتاب هاشو رایگان کرده!

@scientific_programming

کتاب های انتشارات دانشگاه تهران رو هم شامل میشه 👍

🔆🔆🔆 Sysimages🔆🔆🔆

☘️ یک sysimage فایلی است که حاوی بسته های بارگیری شده و کدهای کامپایل شده و ... است.
با شروع جولیا همراه با یک sysimage جلسات (session) های ذخیره شده بارگیری می شوند.

مزیت استفاده از sysimage این هست که زمان بارگیری اولیه پکیجی که به sysimage اضافه شده حذف می شود.
عیب استفاده از اون هم این هست که پکیج در حالت قفل شده می ماند و امکان آپدیت کردن آن وجود ندارد. اگر پکیج مورد نظر نیاز به آپدیت داشته باشد باید پس از به روز رسانی مجدد sysimage ساخته شود.

Creating a sysimage using PackageCompiler

به طور خلاصه با استفاده از دستورات زیر میشه یک فایل sysimage.so بسازید.

یک مسیر برای فایل ایجاد کنید:
$ mkdir sysimages
$ cd sysimages
جولیا را اجرا کنید. -q فقط برای باز کردن محیط بدون بنر (به حالت quiet) هست.
$ julia -q
پکیج PackageCompiler را صدا بزنید. اگر نصب نشده ابتدا نصب کنید.


julia> using PackageCompiler

julia> ] # ptess ] to go to REPL environment
(v1.4) pkg> activate .
یک backspace بزنید تا از این محیط خارج شوید.
حالا بسته های مورد نظر رو اضافه کنید.
(v1.4) add DifferentialEquations OhMyREPL
julia> using DifferentialEquations
julia> using OhMyREPL
در انتها هم فایل sysimage.so را بسازید. این کار ممکنه چند دقیقه طول بکشد بنابراین صبور باشید.
PackageCompiler.create_sysimage([:OhMyREPL, :DifferentialEquations]; sysimage_path="sysimage.so")

☘️ برای استفاده از فایل sysimage.so هم اینطور عمل کنید:

$ julia -J[path to sysmage.so]
for example:
$ julia -J/home/abolfazl/sysimages/sysimage.so

حالا با بارگیری کردن بسته هایی که از قبل به فایل .so اضافه کرده اید تفاوت زمان بارگیری پکیج ها را احساس کنید.

میتونید به جای ایجاد فایل sysimage در یک مسیر دلخواه اون رو جایگزین حالت پیشفرض کنید. بنابراین جولیا به طور پیشفرض در هنگام شروع از اون فایل استفاده میکنه.
این ویژگی با اضافه کردن
replace_default=true
به دستور create_sysimage قابل استفاده است.
اینجا بیشتر بخوانید.
ویرگول
#sysimage
#julia
#PackageCompiler
@scientific_programming

🍀 عرض ادب خدمت تمامی پژوهشگران عزیز
🌿 ربات دریافت مقاله سای هاب
تنها کافی است این ربات را استارت زده و سپس در صفحه چت ربات ادرس مقاله را بفرستید – فایل پی دی اف در همان صفحه ظاهر می شود و شما می توانید آن را دانلود کنید.

@scihubot

عملکرد مشابه سایت سای هاب دارد.
gen.lib.rus.ec/

@scientific_programming

Free datasets and analysis of brain recordings.
@BrainDataAnalysis
🌱🌱🌱 مجموعه بانک اطلاعاتی های رایگان از داده های EEG, MEG, FMRI و معرفی بسته های نرم افزاری (متن باز) موجود برای تحلیل داده ها.
اگر بانک اطلاعاتی های دیگه ای می‌شناسید لطفا در جهت تکمیل این مجموعه مشارکت کنید.
با احترام.


#dataset
#brain
#dataanalysis

سایت data camp به مدت یک هفته تمام کورس هاش رو رایگان کرده.

An Algorithmic Introduction to Numerical Simulation of Stochastic Differential Equations
GITHUB
#SDE
#stochastic

@scientific_programming

Watch "Developing Julia Packages" on YouTube
https://youtu.be/QVmU29rCjaA

https://www.crowdcast.io/e/neuromatch2
روز آخر کنفرانس

☘️ I have added many examples, mostly about "Kuramoto model" (ODE, SDE) to the workshop Julia repository.
But the examples can be easily transformed to any arbitrary set of differential equations.
🌱 Feel free to look.
The speed up is usually one order of magnitude faster that scipy.odeint, numba and much faster that pure python equivalent.
#julia
#python
#diffeqpy
@scientific_programming