Образ жизни

❓ Что меняется в самом коронавирусе?

🔬 Изменения в геноме нового коронавируса SARS-CoV-2 могут приводить к заменам в аминокислотных последовательностях, что в свою очередь скажется на структуре и функции кодируемых белков, в ряде случаев придавая им новые свойства. Часто эти замены не дают вирусу преимущества и не закрепляются в популяции. Часть мутаций фатальна, и такое изменение ДНК исчезает само собой вместе с его носителем. Некоторые изменения в геноме могут приводить к тому, что вирус получает удачные для него свойства, давая ему преимущество перед другими штаммами.

Примером является «британская» мутация N501Y. Доля вирусных изолятов с такой мутацией в мире быстро растёт с декабря 2020 года. Ещё пример — замена E484K, присущая штаммам из ЮАР и Бразилии, которая снижает защитное действие нейтрализующих антител, и потому также активно распространяется.

❓ Как понять, на что мутация влияет?

🔬 Первичным для понимания, на что влияет мутация, является проведение постоянного мониторинга за генетической изменчивостью вируса и отслеживание именно тех изменений в геноме, частота которых увеличивается со временем. Это означает, что такая мутация придает вирусу «удачные» свойства и может свидетельствовать о высокой эпидемиологической значимости такого варианта. После выявления подобных изменений применяется целый ряд различных (эпидемиологических, молекулярно-биологических, биоинформатических) методов и подходов для того, чтобы стало возможно понять роль того или иного варианта.

❓ Как оценивают эффективность вакцин и тест-систем против мутаций?

🔬 Вирус SARS-CoV-2 мутирует, что ведёт к постоянным генетическим изменениям в популяции циркулирующих вирусных штаммов, и при любом молекулярном тесте для обнаружения РНК SARS-CoV-2 возможны ложноотрицательные результаты, если в исследуемой части генома вируса происходит мутация. Это может кардинально снижать эффективность анализа. Для этого разработчики стараются использовать наиболее консервативные (мало изменяемые) фрагменты генома и постоянно отслеживать, не происходят ли новые мутации в этих регионах. Так, например, область гена S-белка крайне неудачна для использования в тестах, поскольку именно в ней часто происходят замены, которые выгодны для патогена, и потому их частота будет расти, что снизит эффективность тестов.

Молекулярные тесты, предназначенные для обнаружения сразу нескольких генетических мишеней SARS-CoV-2, менее подвержены влиянию генетической изменчивости, чем тесты, предназначенные для обнаружения одного участка гена, хотя это может несколько увеличивать себестоимость таких тестов.

❓ Как отслеживают мутации?

🔬 Основной способ отслеживать мутации — проводить масштабное секвенирование геномов нового коронавируса, особенно от пациентов, попадающих под определённые критерии отбора. К таким можно отнести случаи повторного инфицирования, заболевания после вакцинации, с тяжёлым протеканием болезни — всё, что может хотя бы косвенно намекать на новые необычные свойства патогена. При этом полногеномное секвенирование вируса с помощью технологий NGS (Next Generation Sequencing), безусловно, является наиболее детальным способом анализа патогена, хотя такой подход финансово достаточно затратен.

Если важно снизить себестоимость и увеличить скорость, то можно также проводить секвенирование отдельных, наиболее значимых фрагментов генома вируса, например гена S-белка. Для этой цели обычно используются таргетные (целевые) панели или же прямое секвенирование по методу Сенгера. Такой подход позволяет существенно экономить средства, хотя и даёт лишь часть информации о геноме, несколько снижая возможности биоинформатического анализа.

В ряде случаев и он может быть оправдан: например, подавляющее большинство эпидемиологически значимых мутаций вируса происходят во фрагменте генома, составляющем менее 10% всей его длины. То есть, за ~10% стоимости можно получить более 90% всей необходимой информации.

💉 Самой эффективной защитой от COVID-19 является вакцинация. Защитите себя и близких, запишитесь на прививку по ссылке.

#стопкоронавирус #здоровьевприоритете #coronavirus

22.5K viewsedited 15:33