Научные журналы, как мы все знаем, это ещё то разводилово на деньги. Всем известный порочный круг: государства и частные компании выделяют деньги на исследования и оплачивают научным работникам доступ к журналам, в которых содержатся старые результаты исследований. Новые работы публикуются в тех же самых журналах, при этом научную редактуру и рецензирование осуществляют те же работники науки, естественно, за щедрое "спасибо". И круг повторяется, а спонсоры науки платят за одно и то же исследование дважды: чтобы его произвести и чтобы его потом прочитать.

Чтобы бороться с издательским злом существуют разные проекты, наиболее значимые это SciHub и LibGen. Их храбрые создатели распространяют бесплатные знания. Но силы неравны, поэтому подобное обычно очень опасно для самих героев науки, вспомним иски от всяких Elsiver-ов к Александре Элбакян, недавний арест админов LibGen-а, ну и конечно помянем Аарона Шварца...

Open Access в нынешнем платном понимании, это конечно рабочий костыль, но он не лечит нынешнего состояния системы научных публикаций. Нужны новые идеи. И по-ходу дела, в нашей любимой области знания возникла очень классная попытка решения этой проблемы.

Представляю Вам журнал Living Journal of Computational Molecular Simulation (LiveCoMS)! Журнал, посвящённый молекулярному моделированию, тому, что нам и интересно. Контент, оформление, всё это выглядит гораздо лучше, чем у многих приличных российских журналов (Журнала Физической Химии, например).

LiveCoMS представляет Diamond Open Access: никто не платит ни за публикацию, ни за чтение. Живёт же это молодое издание на донаты, что, как мы знаем, по нынешнему состоянию блоггеров и настоящих СМИ, вполне себе рабочая модель. Да, там пока нет новомодных фич, имеющихся у крупных изданий, типа (и тут я застопорился, чтобы привести пример...). Или, например, пока это издание не идексируется всякими базами, типа WoS или Scopus (ага, щас!). Но там есть крутые идеи, типа открытого доступа к коду статей на GitHub-е, а также система версий статей. Т.е. если где-то какой-то косяк, то не надо писать нудные Corrigendum или Erratum, достаточно всё пофиксить в самом коде. И там есть лог изменений и прочее.

Так что давайте поддержим этот эксперимент? Для начала репостом, чтобы как можно больше людей о такой замечательной идее узнало.

А сайт журнала, собственно, вот:

https://livecomsjournal.org/index.php/livecoms/

И, собственно, пример классной статьи из журнала Living Journal of Computational Molecular Simulation (LiveCoMS) из вчерашнего поста.

Enhanced Sampling Methods for Molecular Dynamics Simulations
[Article v1.0]

Living Journal of Computational Molecular Science, 4(1), 1583.
https://doi.org/10.33011/livecoms.4.1.1583

Всё, что Вы хотели (а может и не хотели) знать о методах ускоренного семплирования, в том числе о всяких метадинамиках и обмене репликами, всё это есть там. Монументальный манускрипт на 60 страниц Вам об этом расскажет.

Приятного чтения!

Псс, научные сотрудники. Вот полезная статья на Хабре для тех, кто хочет сделать вклад в науку, но не знает чем заняться, а кроме компьютера ничего под рукой нет :)

"Какого цвета атомы?"

Аннотация:

В этой статье мы обсудим какие бывают цветовые схемы для атомов, дальтонизм, цветовую модель RGB в контексте Python-а. А в конце мы попробуем сделать собственную цветовую схему для атомов первого и второго периодов таблицы Менделеева, исходя из того, чтобы цвета были чуточку дружелюбнее к дальтоникам.

https://habr.com/ru/post/722242/

Команда Гейдельбергского института теоретических исследований (HITS) мутят крутой воркшоп по машинному обучению в химии и мультискелинговому моделированию.
Состоится это чудесное мероприятие 2-4 мая сего года, собственно, в самом Гейдельберге (это Германия, если что).

Сайт, где есть вся инфа (и дата регистрации):

https://simplaix-workshop2023.h-its.org

Дедалайн для абстрактов - конец месяца

Крутую статью подогнали: бенчмарк по расчёту вертикальных энергий возбуждения на основе мультиреференсных пост-MCSCF-методов :)

Assessing the Performances of CASPT2 and NEVPT2 for Vertical Excitation Energies

J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 4, 2418–2436
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c01197

Для тех, кто ищет работу в области теоретической и квантовой химии, просто напоминаю о существовании следующих ресурсов.

1. CCL, раздел с работами здесь: https://ccl.net/chemistry/announcements/jobs/index.shtml
2. Psi-k, раздел https://psi-k.net/jobs/

Есть ещё неизбирательные порталы, подходящие для всех областей знания.

1. https://academicpositions.com/
2. https://academicjobsonline.org/
3. https://www.jobs.ac.uk/ (очевидно, позиции в Соединённом Королевстве).
4. Есть работы и на ResearchGate (https://www.researchgate.net/).
5. https://www.indeed.com/

Ну и рекомендую обратить внимание на проект Vandrouki: https://t.iss.one/vandroukiru 😉

Peace, yo✌️

В день космонавтики надо думать о Космосе.
Поэтому давайте вспомним про замечательный проект:
новостной вестник астрохимических исследований

=========== AstroPAH ===========

Найти свежие выпуски можно на сайте
https://astropah-news.strw.leidenuniv.nl/download.php

p.s. анимация была сделана при помощи кода отсюда.

Минутка рекламы 🙃

no comments :)

А у нас появился квантово-химический стикер-пак для Telegram!
Вот ссылочка на него:
https://t.iss.one/addstickers/QuantumChemistyRocks

Жить страшно, чего только жуткого в атмосфере не летает (помимо дронов и прочего). Вот, например, триоксиды, как тот, что изображён на картинке к посту 😰 Это как пероксиды, только с цепочкой из трёх кислородов, O-O-O... Мало того, это ещё и в экспериментах детектируют, и в атмосферной химии (например, в формировании аэрозолей) эти соединения, как выясняется, заметную роль играют. Короче, крышеснос!

А подробнее про это замечательное соединение, и про его друзей, можно почитать в статье в замечательном журнале "Наука" за 2022 год (откуда картинку к посту и слямзили).

Science (2022), Vol 376, Issue 6596, pp. 979-982
DOI: https://doi.org/10.1126/science.abn6012

Сама же PDF-ка статьи приложена к посту :)

Нам тут подогнали новость :)

Бесплатное обучение на Химфаке МГУ с гарантированным трудоустройством!

Магистратура Химфака МГУ и инновационная компания УНИХИМТЕК проводят набор на магистерскую программу «Технология композиционных материалов и малотоннажного синтеза».

❗️Бесплатное обучение
❗️Трудоустройство прямо во время обучения с зарплатой от 50 000 руб. в месяц
❗️Стипендия и гранты

Набор открыт! Переходи по ссылке и регистрируйся на программу МГУ Химфак! Построй свое будущее👇
https://odp.ucheba.ru/msu_chemical_magistracy?utm_campaign=MSU_magistracy_pr&utm_source=vk&utm_medium=partners_quant_chem_and_stuff

В этих наших научно-ориентированных интернетах, особенно в условиях отсутствия денег/наличия санкций/нежелания переплачивать за чересчур переоценённый софт, у многих периодически возникает дилемма: скачивать самую известную химическую рисовалку, ChemDraw (ныне ChemBioDraw), с торрента, и потом не иметь возможности опубликовать свои результаты в хороших журналах, или же всё же забить на науку и уйти заниматься чем-то другим...

К счастью, есть третий путь, и это использование бесплатного программного обеспечения (ПО)! Открытого или закрытого, это уже второй вопрос, забудем про него. Есть замечательные сайты, где можно ознакомиться с альтернативами, например:
https://alternativeto.net/software/chemdraw/

Использование открытого, или закрытого, но бесплатного ПО в науке, это на самом деле и хорошая инвестиция в это самое будущее науки и образования. Когда мы используем в нашей научной/образовательной деятельности софт больших корпораций, то в первую очередь для нас оно хорошо только прятным юзерским опытом. Когда же мы учим студентов использовать условный ChemDraw, пусть и скачанный с торрента, вместо его аналогов, созданных такими же энтузиастами (или хотя бы менее раскрученными конторами), то мы не всегда лишаем компанию-производителя денег. Например, 3k$ за пакет ChemBioDraw, при наличии большой клиентской базы (куча крупных фирм и богатых универов) навряд ли можно назвать честной ценой для небогатых исследователей. Поэтому от конкретного юзера, скачавшего это ПО с рутрекера, навряд ли годовые показатели PerkinElmer Inc. сильно просядут. Зато учить студентов подобному удобному софту, это как детей подсаживать на опиаты, а потом ожидать, что они будут довольствоваться более дешёвыми и доступными сигаретами и алкоголем. Поэтому молодое поколение химиков, уже приходя на производства и в богатые универы, будет закупать тот же ChemBioDraw по той самой цене в $3k (или выше)...

Поэтому не лучше ли поддержать таких же энтузиастов из науки/программирований, которые создавали свой софт, чтобы нам всем было немножечко лучше? Тем более, если речь идёт о современной науке, то часто этот свежий софт содержит такие уникальные фичи, которых нет нигде более. Так что чуть менее удобный юзерский опыт, может не такая большая цена за поддежку таких энтузиастов? А если учёных, то и накручивания им числа цитирований, своим использованием?

Чтобы не быть голословным, скажу, чем я сам пользуюсь для рисования 2D молекул и химических реакций. Раньше я использовал BKChem, но, к сожалению, этот проект написанный на Python 2, с 2010 года не поддерживается, поэтому запустить его сейчас не так тривиально. Поэтому с тех пор я перешёл на GChemPaint из Gnome Chemistry Utils. Простенько, с багами, но более чем достаточно, чтобы производить картинки публикационного качества, и не иметь претензий от разных журналов. В качестве примера, к посту приложен скрин того самого GChemPaint-а.

Так что поддерживайте пожалуйста не только крупные корпорации, но и менее известных девелоперов открытого и/или бесплатного ПО!

Немножечко восхитительных реальных историй о научной жизни химиков-теоретиков (от наших подписчиков) 🙃

*** Действующие лица ***

Джун Аспирант первого года: обучает maсhine-learning force field чтобы с помощью термодинамического интегрирования оценивать ангармоничность. Передний край науки. Сталкивается с проблемами.

Опытный джун Аспирант третьего года: считает стандартное периодическое ДФТ, испытывает сложности в том, как правильно посчитать ZPE.

Мид Постдок: считает в гауссиане на ДФТ closed schell воду, молекулярный водород и протон. Испытывает проблемы.

Сениор Профессор: Не считает ничего последние 7+ лет

*** История об одном интересном мероприятии ***

Вы скажете что старшие уровни занимаются организацией. Проводится семинар с приглашенным докладчиком.

Аспирант: нашел докладчика, пригласил докладчика, являлся единственным констактным лицом докладчика, написал практически все имейлы связанные с организацией семинара.

Постдок: сделал ряд телефонных звонков с секретарями, говорил аспиранту куда что писать, определил и зарезервировал ресторан для ужина с докладчиком.

Профессор: определил подходящие для него даты семинара, не пришел на ужин. Пообещал пиво за организацию. Постдоку.

***Занавес***