В журнале Chemical Science совсем недавно вышла статья с загадочным названием " Aromaticity: Quo Vadis", что по-нашенски значит "Ароматичность, куда ж ты прёшся?".
В сим опусе за авторством многих человеков, в виде некоего диалога между выдающимися учеными, изучающих и использующих ароматичность, рассматриваются вопросы о том, что есть ароматичность, как её охарактеризовать, и куда мы с этой концепцией движемся. Спойлер: похоже, что в тёмное и неприятное место, а именно а очередную научную революцию по Томасу Куну (это буквально есть в статье), когда вместо устаревшей эклектической концепции ароматичности придет что-то новое и более последовательное и адекватное. Данная статья рекомендуется к прочтению всем, кто хочет понять, что же за clusterfuck (лучше слова подобрать не могу, простите) творится с нашим повседневным понятием теоретической и практической химии.
https://doi.org/10.1039/D2SC04998H
Сама статья приложена к посту.
В сим опусе за авторством многих человеков, в виде некоего диалога между выдающимися учеными, изучающих и использующих ароматичность, рассматриваются вопросы о том, что есть ароматичность, как её охарактеризовать, и куда мы с этой концепцией движемся. Спойлер: похоже, что в тёмное и неприятное место, а именно а очередную научную революцию по Томасу Куну (это буквально есть в статье), когда вместо устаревшей эклектической концепции ароматичности придет что-то новое и более последовательное и адекватное. Данная статья рекомендуется к прочтению всем, кто хочет понять, что же за clusterfuck (лучше слова подобрать не могу, простите) творится с нашим повседневным понятием теоретической и практической химии.
https://doi.org/10.1039/D2SC04998H
Сама статья приложена к посту.
pubs.rsc.org
Aromaticity: Quo Vadis
Aromaticity is one of the most deeply rooted concepts in chemistry. But why, if two-thirds of existing compounds can be classified as aromatic, is there no consensus on what aromaticity is? σ−, π−, δ−, spherical, Möbius, or all-metal aromaticity… why are…
Квантовые ядерные эффекты, отвечающие, например, за размазывание протонов по системе, важные, в частности, в процессах переноса протона, всё прочнее и прочнее входят в мир молекулярной динамики.
И вот в Journal of Theoretical and Computational Chemistry (JCTC) вышла статья от Тинкеровцев, где они заимплементировали два метода учёта квантовых эффектов в движениях ядер: интегралы по траекториям в виде цепочечного полимера и адаптивную квантовую термическую ванну (по-сути, подкрученный Ланжевен). Всё это хозяйство дружит со всем арсеналом методов, включая всякие машинно-обученные поля, а также параллелится на видюхах. Короче, мечта да и только!
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c01233
А PDFка статьи прикреплена к посту :) Приятного чтения!
Ну и конечно с наступившейаллергией весной!
И вот в Journal of Theoretical and Computational Chemistry (JCTC) вышла статья от Тинкеровцев, где они заимплементировали два метода учёта квантовых эффектов в движениях ядер: интегралы по траекториям в виде цепочечного полимера и адаптивную квантовую термическую ванну (по-сути, подкрученный Ланжевен). Всё это хозяйство дружит со всем арсеналом методов, включая всякие машинно-обученные поля, а также параллелится на видюхах. Короче, мечта да и только!
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c01233
А PDFка статьи прикреплена к посту :) Приятного чтения!
Ну и конечно с наступившей
ACS Publications
Routine Molecular Dynamics Simulations Including Nuclear Quantum Effects: From Force Fields to Machine Learning Potentials
We report the implementation of a multi-CPU and multi-GPU massively parallel platform dedicated to the explicit inclusion of nuclear quantum effects (NQEs) in the Tinker-HP molecular dynamics (MD) package. The platform, denoted Quantum-HP, exploits two simulation…
🔥1
Всё что Вы хотели знать о long-range и стеснялись спросить, всё это есть в свежеопубликованной статье
"Long-range interactions of aromatic molecules with alkali-metal and alkaline-earth-metal atoms"
в, пожалуй самом уважаемом журнале по химфизике, Journal of Chemical Physics. В этой работе, как понятно из названия, обсуждаются взаимодействия разных щелочных (Li, Na, K, Rb, Cs) и щелочноземельных (Be, Mg, Ca, Sr, Ba) с разными ароматическими молекулами (бензол, пиридин, фуран и пиррол).
А вот и сами данные о статье:
J. Chem. Phys. 158, 094109 (2023);
https://doi.org/10.1063/5.0135929
"Long-range interactions of aromatic molecules with alkali-metal and alkaline-earth-metal atoms"
в, пожалуй самом уважаемом журнале по химфизике, Journal of Chemical Physics. В этой работе, как понятно из названия, обсуждаются взаимодействия разных щелочных (Li, Na, K, Rb, Cs) и щелочноземельных (Be, Mg, Ca, Sr, Ba) с разными ароматическими молекулами (бензол, пиридин, фуран и пиррол).
А вот и сами данные о статье:
J. Chem. Phys. 158, 094109 (2023);
https://doi.org/10.1063/5.0135929
👍1🔥1
С Международным Женским Днём поздравляем всех наших подписчиц (и Администраторок)! Успехов и много-много научных свершений!
И в соответствии со справедливым утверждением о бесполезности мужиков, держите подарок от Алисы Горислав. Замечательная статья в замечательном журнале Journal of Chemical Information and Modeling:
Advancing Women in Chemistry: A Step Toward Gender Parity
J. Chem. Inf. Model. 2022, 62, 6386−6397
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00535
И конечно же, сама статья приложена к посту :) С 8м марта!👩🔬
И в соответствии со справедливым утверждением о бесполезности мужиков, держите подарок от Алисы Горислав. Замечательная статья в замечательном журнале Journal of Chemical Information and Modeling:
Advancing Women in Chemistry: A Step Toward Gender Parity
J. Chem. Inf. Model. 2022, 62, 6386−6397
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00535
И конечно же, сама статья приложена к посту :) С 8м марта!👩🔬
Научные журналы, как мы все знаем, это ещё то разводилово на деньги. Всем известный порочный круг: государства и частные компании выделяют деньги на исследования и оплачивают научным работникам доступ к журналам, в которых содержатся старые результаты исследований. Новые работы публикуются в тех же самых журналах, при этом научную редактуру и рецензирование осуществляют те же работники науки, естественно, за щедрое "спасибо". И круг повторяется, а спонсоры науки платят за одно и то же исследование дважды: чтобы его произвести и чтобы его потом прочитать.
Чтобы бороться с издательским злом существуют разные проекты, наиболее значимые это SciHub и LibGen. Их храбрые создатели распространяют бесплатные знания. Но силы неравны, поэтому подобное обычно очень опасно для самих героев науки, вспомним иски от всяких Elsiver-ов к Александре Элбакян, недавний арест админов LibGen-а, ну и конечно помянем Аарона Шварца...
Open Access в нынешнем платном понимании, это конечно рабочий костыль, но он не лечит нынешнего состояния системы научных публикаций. Нужны новые идеи. И по-ходу дела, в нашей любимой области знания возникла очень классная попытка решения этой проблемы.
Представляю Вам журнал Living Journal of Computational Molecular Simulation (LiveCoMS)! Журнал, посвящённый молекулярному моделированию, тому, что нам и интересно. Контент, оформление, всё это выглядит гораздо лучше, чем у многих приличных российских журналов (Журнала Физической Химии, например).
LiveCoMS представляет Diamond Open Access: никто не платит ни за публикацию, ни за чтение. Живёт же это молодое издание на донаты, что, как мы знаем, по нынешнему состоянию блоггеров и настоящих СМИ, вполне себе рабочая модель. Да, там пока нет новомодных фич, имеющихся у крупных изданий, типа (и тут я застопорился, чтобы привести пример...). Или, например, пока это издание не идексируется всякими базами, типа WoS или Scopus (ага, щас!). Но там есть крутые идеи, типа открытого доступа к коду статей на GitHub-е, а также система версий статей. Т.е. если где-то какой-то косяк, то не надо писать нудные Corrigendum или Erratum, достаточно всё пофиксить в самом коде. И там есть лог изменений и прочее.
Так что давайте поддержим этот эксперимент? Для начала репостом, чтобы как можно больше людей о такой замечательной идее узнало.
А сайт журнала, собственно, вот:
https://livecomsjournal.org/index.php/livecoms/
Чтобы бороться с издательским злом существуют разные проекты, наиболее значимые это SciHub и LibGen. Их храбрые создатели распространяют бесплатные знания. Но силы неравны, поэтому подобное обычно очень опасно для самих героев науки, вспомним иски от всяких Elsiver-ов к Александре Элбакян, недавний арест админов LibGen-а, ну и конечно помянем Аарона Шварца...
Open Access в нынешнем платном понимании, это конечно рабочий костыль, но он не лечит нынешнего состояния системы научных публикаций. Нужны новые идеи. И по-ходу дела, в нашей любимой области знания возникла очень классная попытка решения этой проблемы.
Представляю Вам журнал Living Journal of Computational Molecular Simulation (LiveCoMS)! Журнал, посвящённый молекулярному моделированию, тому, что нам и интересно. Контент, оформление, всё это выглядит гораздо лучше, чем у многих приличных российских журналов (Журнала Физической Химии, например).
LiveCoMS представляет Diamond Open Access: никто не платит ни за публикацию, ни за чтение. Живёт же это молодое издание на донаты, что, как мы знаем, по нынешнему состоянию блоггеров и настоящих СМИ, вполне себе рабочая модель. Да, там пока нет новомодных фич, имеющихся у крупных изданий, типа (и тут я застопорился, чтобы привести пример...). Или, например, пока это издание не идексируется всякими базами, типа WoS или Scopus (ага, щас!). Но там есть крутые идеи, типа открытого доступа к коду статей на GitHub-е, а также система версий статей. Т.е. если где-то какой-то косяк, то не надо писать нудные Corrigendum или Erratum, достаточно всё пофиксить в самом коде. И там есть лог изменений и прочее.
Так что давайте поддержим этот эксперимент? Для начала репостом, чтобы как можно больше людей о такой замечательной идее узнало.
А сайт журнала, собственно, вот:
https://livecomsjournal.org/index.php/livecoms/
👍5
И, собственно, пример классной статьи из журнала Living Journal of Computational Molecular Simulation (LiveCoMS) из вчерашнего поста.
Enhanced Sampling Methods for Molecular Dynamics Simulations
[Article v1.0]
Living Journal of Computational Molecular Science, 4(1), 1583.
https://doi.org/10.33011/livecoms.4.1.1583
Всё, что Вы хотели (а может и не хотели) знать о методах ускоренного семплирования, в том числе о всяких метадинамиках и обмене репликами, всё это есть там. Монументальный манускрипт на 60 страниц Вам об этом расскажет.
Приятного чтения!
Enhanced Sampling Methods for Molecular Dynamics Simulations
[Article v1.0]
Living Journal of Computational Molecular Science, 4(1), 1583.
https://doi.org/10.33011/livecoms.4.1.1583
Всё, что Вы хотели (а может и не хотели) знать о методах ускоренного семплирования, в том числе о всяких метадинамиках и обмене репликами, всё это есть там. Монументальный манускрипт на 60 страниц Вам об этом расскажет.
Приятного чтения!
🔥1
Псс, научные сотрудники. Вот полезная статья на Хабре для тех, кто хочет сделать вклад в науку, но не знает чем заняться, а кроме компьютера ничего под рукой нет :)
"Какого цвета атомы?"
Аннотация:
В этой статье мы обсудим какие бывают цветовые схемы для атомов, дальтонизм, цветовую модель RGB в контексте Python-а. А в конце мы попробуем сделать собственную цветовую схему для атомов первого и второго периодов таблицы Менделеева, исходя из того, чтобы цвета были чуточку дружелюбнее к дальтоникам.
https://habr.com/ru/post/722242/
"Какого цвета атомы?"
Аннотация:
В этой статье мы обсудим какие бывают цветовые схемы для атомов, дальтонизм, цветовую модель RGB в контексте Python-а. А в конце мы попробуем сделать собственную цветовую схему для атомов первого и второго периодов таблицы Менделеева, исходя из того, чтобы цвета были чуточку дружелюбнее к дальтоникам.
https://habr.com/ru/post/722242/
Хабр
Какого цвета атомы?
В этой статье мы обсудим какие бывают цветовые схемы для атомов, дальтонизм, цветовую модель RGB в контексте Python-а. А в конце мы попробуем сделать собственную цветовую схему для атомов первого и...
👍2
Команда Гейдельбергского института теоретических исследований (HITS) мутят крутой воркшоп по машинному обучению в химии и мультискелинговому моделированию.
Состоится это чудесное мероприятие 2-4 мая сего года, собственно, в самом Гейдельберге (это Германия, если что).
Сайт, где есть вся инфа (и дата регистрации):
https://simplaix-workshop2023.h-its.org
Дедалайн для абстрактов - конец месяца
Состоится это чудесное мероприятие 2-4 мая сего года, собственно, в самом Гейдельберге (это Германия, если что).
Сайт, где есть вся инфа (и дата регистрации):
https://simplaix-workshop2023.h-its.org
Дедалайн для абстрактов - конец месяца
❤2
Крутую статью подогнали: бенчмарк по расчёту вертикальных энергий возбуждения на основе мультиреференсных пост-MCSCF-методов :)
Assessing the Performances of CASPT2 and NEVPT2 for Vertical Excitation Energies
J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 4, 2418–2436
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c01197
Assessing the Performances of CASPT2 and NEVPT2 for Vertical Excitation Energies
J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 4, 2418–2436
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c01197
ACS Publications
Assessing the Performances of CASPT2 and NEVPT2 for Vertical Excitation Energies
Methods able to simultaneously account for both static and dynamic electron correlations have often been employed, not only to model photochemical events but also to provide reference values for vertical transition energies, hence allowing benchmarking of…
Для тех, кто ищет работу в области теоретической и квантовой химии, просто напоминаю о существовании следующих ресурсов.
1. CCL, раздел с работами здесь: https://ccl.net/chemistry/announcements/jobs/index.shtml
2. Psi-k, раздел https://psi-k.net/jobs/
Есть ещё неизбирательные порталы, подходящие для всех областей знания.
1. https://academicpositions.com/
2. https://academicjobsonline.org/
3. https://www.jobs.ac.uk/ (очевидно, позиции в Соединённом Королевстве).
4. Есть работы и на ResearchGate (https://www.researchgate.net/).
5. https://www.indeed.com/
Ну и рекомендую обратить внимание на проект Vandrouki: https://t.iss.one/vandroukiru 😉
Peace, yo✌️
1. CCL, раздел с работами здесь: https://ccl.net/chemistry/announcements/jobs/index.shtml
2. Psi-k, раздел https://psi-k.net/jobs/
Есть ещё неизбирательные порталы, подходящие для всех областей знания.
1. https://academicpositions.com/
2. https://academicjobsonline.org/
3. https://www.jobs.ac.uk/ (очевидно, позиции в Соединённом Королевстве).
4. Есть работы и на ResearchGate (https://www.researchgate.net/).
5. https://www.indeed.com/
Ну и рекомендую обратить внимание на проект Vandrouki: https://t.iss.one/vandroukiru 😉
Peace, yo✌️
❤3👍1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
В день космонавтики надо думать о Космосе.
Поэтому давайте вспомним про замечательный проект:
новостной вестник астрохимических исследований
=========== AstroPAH ===========
Найти свежие выпуски можно на сайте
https://astropah-news.strw.leidenuniv.nl/download.php
p.s. анимация была сделана при помощи кода отсюда.
Поэтому давайте вспомним про замечательный проект:
новостной вестник астрохимических исследований
=========== AstroPAH ===========
Найти свежие выпуски можно на сайте
https://astropah-news.strw.leidenuniv.nl/download.php
p.s. анимация была сделана при помощи кода отсюда.
А у нас появился квантово-химический стикер-пак для Telegram!
Вот ссылочка на него:
https://t.iss.one/addstickers/QuantumChemistyRocks
Вот ссылочка на него:
https://t.iss.one/addstickers/QuantumChemistyRocks
🔥3👍2