Forwarded from партия мёртвых
z-1418
мёртвые встретились на эльбе, чтобы отметить пересечение символического рубежа в 1418 дней - знаменательный момент, когда "сво" по длительности сравнялась с "вов", которую так хотелось повторить. только это уже не великая отечественная война, а убогая отечественная зондер-операция.
ну как, ещё не наповторялись?
можно ведь было и не повторять
(партия мёртвых + äppelwoi komitee)
#можемповторить
мёртвые встретились на эльбе, чтобы отметить пересечение символического рубежа в 1418 дней - знаменательный момент, когда "сво" по длительности сравнялась с "вов", которую так хотелось повторить. только это уже не великая отечественная война, а убогая отечественная зондер-операция.
ну как, ещё не наповторялись?
можно ведь было и не повторять
(партия мёртвых + äppelwoi komitee)
#можемповторить
🤡32❤18🕊10💩8👍5👎5
Forwarded from Pe4eneg
Всем привет, хочу поделиться нашим свежим препринтом, может кто тоже занимается похожими вещами))
https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/695c160d098cdc781ff4d62b
AMPv3-BMS25 - новый ML/MM потенциал. Модель обучена на новом датасете BMS25, который включает более 1,5 миллиона DFT/MM-расчётов с фокусом на белки, малые органические молекулы и переходные состояния.
Модель работает очень эффективно на одной GPU и хорошо масштабируется для систем с десятками тысяч ML-атомов и сотнями тысяч молекул воды.
Мы демонстрируем масштабируемость и точность модели на широком наборе бенчмарков (>23 микросекунд сэмплинга), включая энергии сольватации, структурные характеристики белков и профили свободной энергии ферментативных реакций. Примечательно, что модель также очень точно описывает газ-фазные структуры, несмотря на то что они не использовались при обучении.
https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/695c160d098cdc781ff4d62b
AMPv3-BMS25 - новый ML/MM потенциал. Модель обучена на новом датасете BMS25, который включает более 1,5 миллиона DFT/MM-расчётов с фокусом на белки, малые органические молекулы и переходные состояния.
Модель работает очень эффективно на одной GPU и хорошо масштабируется для систем с десятками тысяч ML-атомов и сотнями тысяч молекул воды.
Мы демонстрируем масштабируемость и точность модели на широком наборе бенчмарков (>23 микросекунд сэмплинга), включая энергии сольватации, структурные характеристики белков и профили свободной энергии ферментативных реакций. Примечательно, что модель также очень точно описывает газ-фазные структуры, несмотря на то что они не использовались при обучении.
ChemRxiv
AMP-BMS/MM: A Multiscale Neural Network Potential for the Fast and Accurate Simulation of Protein Dynamics and Enzymatic Reactions
We present the next generation of AMP, a neural network potential (NNP) with anisotropic message passing designed to study large biomolecular systems at DFT accuracy in the condensed phase using a multiscale approach similar to quantum-mechanics/molecular…
❤17🔥7👍2
Все, кто хоть раз сталкивался с твердотельными квантово-химическими расчётами знает какая это гадость. Если у нас идут плосковолновые расчёты, то у нас для описания остовных электронов потребуются очень большие гармоники, что сведёт простоту и удобство работы с ними к нулю. Из-за этого остовные электроны почти всегда покрываются в таких подходах псевдопотенциалами с вытекающими последствиями. Если же мы хотим использовать нашу привычную молекулярную квантовую химию с гауссовскими базисами, то нам придётся брать гигантские суперячейки, что тоже очень и очень неприятно. Есть смешанные подходы, но там тоже вылезают всякие весёлости с тем как этих ужей и ежей друг с другом подружить. Из-за этого, использовать в периодических расчётах всякие корреляционные методы — это очень дорогое удовольствие, доступное мало кому, а вместо этого все используют повсеместно методы функционала плотности первых трёх ступеней.
"Неужели нет другого варианта?" подумали исследователи из Тулузы и Болоньи, и тут заметили, что обычные периодические расчёты — это по-сути кольца в одномерном, двумерном или трёхмерном пространствах: левая и правая стенки ячейки в направлении периодичности просто замыкаются друг на друга. А если бы это заменить на что-то более хорошо себя ведущее? Например, на плоский тор Клиффорда (не путать с клиффордовскими алгебрами!)? И оказалось, что так действительно можно сделать!
В такой конфигурации всего-то меняется форма закона Кулона, из-за чего электрон-электронное взаимодействие ренормализуется в зависимости от размера ячейки. Ну и вместо обычных гауссиан можно сделать клиффордовские гауссианы, которые (спойлер!), оказываются ведут себя очень похоже на обычные гауссовы базисы. Переписав эти стандартные методы расчёта электронных интегралов с новыми выражениями, можно пользовать обычные методы молекулярной квантовой химии, хоть Хартри-Фока, хоть связанные кластеры.
Математические основания этого подхода, а также численная демонстрация на toy-модельки одномерной цепочки водородов, можно найти в свежей статье в PRL:
"Quantum Chemistry for Solids Made Simple on the Clifford Torus"
Phys. Rev. Lett. 136, 016402 (2026).
DOI: 10.1103/6hm7-13tt
Приятного прочтения! И будем надеяться, что будущее периодических расчётов всё же наступит :)
"Неужели нет другого варианта?" подумали исследователи из Тулузы и Болоньи, и тут заметили, что обычные периодические расчёты — это по-сути кольца в одномерном, двумерном или трёхмерном пространствах: левая и правая стенки ячейки в направлении периодичности просто замыкаются друг на друга. А если бы это заменить на что-то более хорошо себя ведущее? Например, на плоский тор Клиффорда (не путать с клиффордовскими алгебрами!)? И оказалось, что так действительно можно сделать!
В такой конфигурации всего-то меняется форма закона Кулона, из-за чего электрон-электронное взаимодействие ренормализуется в зависимости от размера ячейки. Ну и вместо обычных гауссиан можно сделать клиффордовские гауссианы, которые (спойлер!), оказываются ведут себя очень похоже на обычные гауссовы базисы. Переписав эти стандартные методы расчёта электронных интегралов с новыми выражениями, можно пользовать обычные методы молекулярной квантовой химии, хоть Хартри-Фока, хоть связанные кластеры.
Математические основания этого подхода, а также численная демонстрация на toy-модельки одномерной цепочки водородов, можно найти в свежей статье в PRL:
"Quantum Chemistry for Solids Made Simple on the Clifford Torus"
Phys. Rev. Lett. 136, 016402 (2026).
DOI: 10.1103/6hm7-13tt
Приятного прочтения! И будем надеяться, что будущее периодических расчётов всё же наступит :)
🔥24❤🔥6🤯6❤1🥰1
Обычно супер-пупер-мегапрогеры говорят, что этот ваш питон -- говно. Всё медленно, никакой полезный научный и юзабельный софт на нём не написать. Тем более квантовую химию. Примеры (за исключением стандартных библиотек SciPy и NumPy) написан на Python 😳
Всё, всё, всё, от вычисления интегралов до анализа результатов расчётов написано нативно в этом самом нашем любимом языке. И самое смешное, спасибо стандартным библиотекам и
Собственно, тред на Реддите здесь:
https://www.reddit.com/r/chemistry/comments/1qbo932/i_built_a_purepython_gaussianbasis_dft_code/
Репозиторий на Гитхабе:
https://github.com/manassharma07/PyFock
А официальный сайт PyFock здесь:
https://pyfock.bragitoff.com/
Приятных тестов, и будем надеяться, что у нас появился ещё один классный пакет для прототипирования нашейсвежей шизы новых квантово-химических методов.
PySCF и Psi4 как контр-примеры обычно людей не устраивают, ибо "там же самые тяжёлые штуки делаются кодами на C/C++". И вот наконец, спасибо, Reddit-у, мы узнали о новом коде PyFock, который полностью Всё, всё, всё, от вычисления интегралов до анализа результатов расчётов написано нативно в этом самом нашем любимом языке. И самое смешное, спасибо стандартным библиотекам и
Numba JIT скорость этого пакета, по утверждениям разраба, не очень сильно упала (а в некоторых вариантах и выросла) в сравнении с тем же PySCF.Собственно, тред на Реддите здесь:
https://www.reddit.com/r/chemistry/comments/1qbo932/i_built_a_purepython_gaussianbasis_dft_code/
Репозиторий на Гитхабе:
https://github.com/manassharma07/PyFock
А официальный сайт PyFock здесь:
https://pyfock.bragitoff.com/
Приятных тестов, и будем надеяться, что у нас появился ещё один классный пакет для прототипирования нашей
🔥14👍10🥰2❤1
Forwarded from Свободный университет
🖊Учитесь свободно вместе с нами. 45 курсов весеннего семестра 2026 года
Начинается двенадцатый (!) весенний семестр Свободного университета, а это значит, что вы можете отправить заявку, учиться у нас бесплатно и найти единомышленников, новых друзей или подготовиться к продолжению образования за пределами России и Беларуси.
Кто мы?
Свободный университет был создан группой преподавателей Высшей школы экономики в 2020 году как реакция на политически мотивированные увольнения. Сегодня мы объединяем более 150 преподавателей-волонтеров, которые защищают ценности свободного образования. Вместе мы прошли через вынужденную эмиграцию, работу в условиях войну и репрессий. Свободный университет остается крупнейшим проектом независимого университетского на русском языке.
Чему мы учим?
Университет работает онлайн и в нем можно найти курсы по всем дисциплинам, которые можно изучать дистанционно. Особый акцент мы делаем на гуманитарное и социальное знание как наиболее пострадавшее от цензуры в высшем образовании в России.
Куда и как я могу записаться?
В новом семестре мы предлагаем 45 курсов, вот некоторые примеры:
- AI Visual Lab: искусственный интеллект для визуального контента (преподаватель Dr. of Art, Free University of Brussels Маша Троцки)
- Постсоциалистическая и постсоветская ностальгия: культурные контексты и политические практики (преподаватели кандидаты исторических наук Александра Колесник и Александр Рубанов)
- Распад Российской империи: национальные и антиимперские движения в эпоху революции (анонимный преподаватель)
- Основы политической теории либерализма (преподаватель кандидат философских наук Андрей Железнов)
- Климат и право: роль юристов в охране окружающей среды и борьбе с изменением климата (преподаватель сотрудник университета Гетеборга Дмитрий Кузнецов)
Полный список курсов смотрите здесь.
Чтобы записаться на курсы, напишите мотивационное письмо преподавателю (формы подачи мотивационного письма находятся на страницах курсов). Заявки принимаются до 26 января включительно.
Все программы Свободного бесплатны для студентов, при этом преподаватель имеет возможность самостоятельно выбирать слушателей, с которыми он хочет работать.
Выдает ли Свободный дипломы?
Нет. Студенты, окончившие наши программы, успешно используют сертификаты и рекомендательные письма от наших преподавателей для поступления на магистерские и Ph.D. программы в университеты Европы, Великобритании и США.
Пожалуйста, помните, что российские власти считают Свободный университет “нежелательной организацией”: это значит, что если вы находитесь в России или ездите в нее, не нужно писать о нас в своих социальных сетях.
Начинается двенадцатый (!) весенний семестр Свободного университета, а это значит, что вы можете отправить заявку, учиться у нас бесплатно и найти единомышленников, новых друзей или подготовиться к продолжению образования за пределами России и Беларуси.
Кто мы?
Свободный университет был создан группой преподавателей Высшей школы экономики в 2020 году как реакция на политически мотивированные увольнения. Сегодня мы объединяем более 150 преподавателей-волонтеров, которые защищают ценности свободного образования. Вместе мы прошли через вынужденную эмиграцию, работу в условиях войну и репрессий. Свободный университет остается крупнейшим проектом независимого университетского на русском языке.
Чему мы учим?
Университет работает онлайн и в нем можно найти курсы по всем дисциплинам, которые можно изучать дистанционно. Особый акцент мы делаем на гуманитарное и социальное знание как наиболее пострадавшее от цензуры в высшем образовании в России.
Куда и как я могу записаться?
В новом семестре мы предлагаем 45 курсов, вот некоторые примеры:
- AI Visual Lab: искусственный интеллект для визуального контента (преподаватель Dr. of Art, Free University of Brussels Маша Троцки)
- Постсоциалистическая и постсоветская ностальгия: культурные контексты и политические практики (преподаватели кандидаты исторических наук Александра Колесник и Александр Рубанов)
- Распад Российской империи: национальные и антиимперские движения в эпоху революции (анонимный преподаватель)
- Основы политической теории либерализма (преподаватель кандидат философских наук Андрей Железнов)
- Климат и право: роль юристов в охране окружающей среды и борьбе с изменением климата (преподаватель сотрудник университета Гетеборга Дмитрий Кузнецов)
Полный список курсов смотрите здесь.
Чтобы записаться на курсы, напишите мотивационное письмо преподавателю (формы подачи мотивационного письма находятся на страницах курсов). Заявки принимаются до 26 января включительно.
Все программы Свободного бесплатны для студентов, при этом преподаватель имеет возможность самостоятельно выбирать слушателей, с которыми он хочет работать.
Выдает ли Свободный дипломы?
Нет. Студенты, окончившие наши программы, успешно используют сертификаты и рекомендательные письма от наших преподавателей для поступления на магистерские и Ph.D. программы в университеты Европы, Великобритании и США.
Пожалуйста, помните, что российские власти считают Свободный университет “нежелательной организацией”: это значит, что если вы находитесь в России или ездите в нее, не нужно писать о нас в своих социальных сетях.
❤6🤮3🥰2👎1