Все мы любим бенчмарки разных DFT функционалов в разных прикладных задачах и вот появился ещё один.

На этот раз несчастными подопытными мышками для расчётчиков стали карбонилы металлов (марганца и рения). Люди сравнили кучу функционалов с результатами DLPNO-связанных кластеров и получили результат, что гибридные и чистые мета-GGA функционалы (TPSSh-D3zero, r2SCAN-D3BJ и r2SCAN-D4) работают точно и адекватно по вычислительной стоимости.

Сама статья вот:

V. Glitz, V. C. Port, E. Nordlander, R. A. Peralta, and G. F. Caramori,
“Choose Your Level Wisely: Assessing Density Functionals and Dispersion Corrections for Metal Carbonyl Compounds,”
Journal of Computational Chemistry 46, no. 27 (2025): e70245,
https://doi.org/10.1002/jcc.70245

Приятного прочтения!

👩‍🔬👨‍🔬Беларускія навукоўцы, даследчыцы і даследчыкі!

Пачаўся прыём заявак на Fulbright Visiting Scholar Program - праграму, што прапануе поўныя стыпендыі на правядзенне даследаванняў і/або выкладанне ва ўніверсітэтах ЗША цягам 3–6 месяцаў.

📝 Для ўдзелу неабходна

• Мець грамадзянства Беларусі
• Мець ступень кандыдата або доктара навук (аналаг PhD)
• Працаваць ва ўстановах вышэйшай адукацыі або ў даследчых арганізацыях (у тым ліку НДА) у Беларусі ці іншых краінах
• Добра валодаць англійскай мовай

🎓 Праграма прапануе

• Візавую падтрымку і аплату міжнародных пералётаў
• Штомесячную стыпендыю і магчымасць атрымаць дадатковыя выплаты для  членаў сям’і, калі яны далучаюцца да паездкі
• Медыцынскую страхоўку

🗓 Тэрмін падачы заяўкі 1 студзеня 2026 года

🔗https://apply.iie.org/fvsp2026

Больш пра праграму: https://www.belarus.americancouncils.org/fulbright-blr/fvsp

Пытанні: [email protected]

Вышла первая версия программы для управления миром процессами молекулярного моделирования - Mir Commander!

Уже реализованы:
- визуализация структур из файлов множества форматов,
- построение изоповерхностей из куб-файлов,
- интерактивное вычисление геом. параметров молекул,
- синхронные операции с множеством визуализаторов,
- сохранение изображений с огромным разрешением.

Заходи на сайт https://mircmd.com, смотри скриншоты и следи за новостями на нашем канале!

We are waiting for a new meeting in early January in the mountains. In the program:

1) Storytelling for Activists Laboratory - we will learn how to use a three-part structure to create strong, emotional and convincing presentations using examples of Hollywood films. Let's discuss how this tool works in activism: together we will analyze the selected plot and assemble one presentation.
2) A walk through the historical sites of the former anti-fascist struggle
3) Joint reading and discussion of the roadmap for the committee, formed as a result of several rounds of debates

Ждем на новую встречу в начале января в горах. В программе:

1) Лаборатория «Сторителлинг для активистов» - будем учиться использовать трехчастную структуру для создания сильных, эмоциональных и убедительных презентаций на примерах голивудских фильмов. Обсуждим, как этот инструмент работает в активизме: вместе разберем выбранный сюжет и собирем одну презентацию.
2) Прогулка по историческим места былой антифашисткой борьбы
3) Совместное прочтение и обсуждение дорожной карты для комитета, сформированной по итогам нескольких раундов дебатов.

Больше информации в Istagram.

Часто нам нужно достать примеры молекулярных структур, а потом их визуализировать. Где их брать? И чем визуализировать? Не руками же собирать?

И на оба эти вопроса есть ответы. В случае кристаллических структур, процитируем старенькую статью с Хабра:

⋅ Inorganic Crystal Structure Database (ICSD). Это не совсем про молекулы, там в основном можно найти структуры разных солей, металлов, керамики и т.д. Поддерживается эта база Карлсруэвским Технологическим Универом, поэтому доступ к ней платный и недешёвый. Но если что, сайт её.
⋅ Cambridge Structural Database (CSD). Пожалуй, самая большая кристаллографическая база в Мире. Почти миллион структур! В основном это органические и элементорганические молекулярные кристаллы. И эта база бесплатная! За доп. плату, конечно, можно получить клёвый опционал, типа поиска по нарисованной структуре молекулы, но это уже излишки. Сайт.
⋅ Crystallography Open Database (COD). Ну тоже какая-то база данных. Что там есть, я особо не знаю, но она, по крайней мере, существует. Сайт.
⋅ Ну и для тех, кого интересует биология, есть Protein Data Bank (PDB). Открытая база данных, откуда можно скачать структуры огромных и страшных белков (но в кристаллах). Сайт.

А вот и списочек (бесплатных!) визуализаторов:
⋅ UCSF Chimera
⋅ VMD
⋅ Jmol
⋅ Molden
⋅ Avogadro
⋅ Mir Commander
⋅ Rasmol

Приятного поиска структур и визуализаций!

P.S. Постик навеян недавно воскрешённой темой на форуме dxdy.

https://csd-web.ru/web/
Кстати здесь более 2 миллионов!)

А давайте мы расскажем вам о том, что вы будете делать следующим летом. Вы поедете в невероятно красивую Армению, чтобы участвовать в школе-конференции по вычислительной химии, где вы будете жить в палатке и наслаждаться невероятными видами, новыми знаниями, вкусной едой и приятной компанией. По крайней мере это то, чего хотелось бы нам, но будет это так или нет зависит, к сожалению, не только от нас.

Уже пару лет у некоторых из нас зреет идея сделать именно такой воркшоп. В России нет недостатка в замечательных мероприятиях такого рода, например, взять только «Вычислительные методы в материаловедении и химии», который крайний (четвёртый уже!) раз проходил на базе Вышки. Но идея наша заключалась в том, чтобы объединить студентов, аспирантов и научных сотрудников, живущих по обе стороны границы, и кто (по разным причинам) не может приехать в страны ЕС или в Россию.

Естественно, всё всегда упиралось в наличие денег… Разумеется, хотелось бы снять самый пафосный отель, заказать лобстеров и шампанское и предоставить каждому по новейшему макбуку, но в наших реалиях это не очень достижимо. Поэтому в качестве рабочего варианта был принят самый дешёвый - летний палаточный лагерь с готовкой и уборкой по графику (свежая оценка стоимости это порядка 3-4 тысяч евро). Ну и естественно, мы хотим полностью убрать оргвзнос, т.к. требовать денег со студентов ещё за это – это варварство. Собственно, проект этого мероприятия вы можете найти по ссылкам (на русском и на английском).

Взять финансирование в европейских фондах и организациях мы, к сожалению, не можем, т.к. 1) у нас нет никакого влияния; 2) кто вообще из них даст денег на такое в четвертый год полномасштабной войны? С российскими университетами и компаниями аналогичная история, плюс ещё санкции со стороны ЕС и США и внутренние запреты заграничных организаций, типа общества Гельмгольца, отсекут кучу участников. В частности, исходя из личного опыта участия без аффилиации в химической конференции в Армении в свой отпуск и за свои деньги (с полным оргвзносом, что в разы был больше, чем для российских участников), могу сказать, что не каждый на такое подпишется.

К сожалению, обращения к разного рода нежелательным организациям и иноагентам (единственным, кто в принципе мог бы финансировать) не привело ни к чему, ибо денег нет ни у кого. Последний оплот надежды на хоть какое-то официальное финансирование – это Академия наук Республики Армении, но пока там всё тоже не очень понятно. За свои деньги, к сожалению, проводить сейчас тоже нет возможности, т.к. будущее туманно, а прошлое мероприятие, из-за моих сильных организационных косяков, оставило заметную дыру в персональном бюджете, которая ещё не до конца затянулась.

Поэтому мы подумали, что если мы действительно хотим организовать наше мероприятие, то можно попробовать опереться на общество. Краудфандинг в данном случае мы отвергаем как возможность, т.к. мероприятие рассчитано на ограниченное число людей, а принцип “скидываются все, а едут некоторые счастливчики” в данном случае не кажется уместным (в отличие от того же медстрахования, где речь идёт о жизни и смерти людей). Поэтому думаем делать мерч, где за донаты жертвующий получает хоть что-то 🙂

В связи с этим, мы хотим оценить принципиальную возможность такого варианта и потенциальный финансовый выхлоп (заказывать его и рассылать всё равно будем сами за свои деньги). Поэтому просим вас пройти вот этот вот опрос:

https://forms.gle/gwpVa68Ww9SEcDwU7

Там же вы можете ещё оставить своё отношение, идеи и мнение обо всей этой затее. Если хотите, можете связаться и с нами лично, контакты есть в заявках по ссылкам выше.

Если вам кажется, что это хорошая идея, то можете поддержать это лайком, репостом и другими способами распространения.

В связи с добиванием и так вполне себе мёртвой ЖЖшечки, посты А.Я. Фрейдзон (“Кругом квантЫ! лирические записки о квантовой химии”), по которым уже не одно поколение квантовых химиков погружается в мир вычислительной фотохимии и мультирефа, теперь есть и на другом ресурсе:
https://photon190573.dreamwidth.org/
Приятного прочтения живой классики! Ждём новые посты, и будем надеяться, что старые интернет точно не забудет!

Вот и подходит к концу 2025-й, год столетнего юбилея квантовой механики. В этом году у нас в сообществе было много всякого. Мы заканчивали старые и начинали новые научные проекты на базе нашего онлайн-сообщества. Мы делились научными мемасиками и путешествовали на Гельголенд, место зарождения квантовой механики. И в этом году наконец появилось ещё две хорошие методички для изучения квантовой химии:
1. "Современные методы компьютерной химии" (или “томская методичка”), перевод известной статьи Штефана Гримме, со включением материалов нашего сообщества.
2. И наша англоязычная “The Hitchhiker’s Guide to the Conformational Search”.
Спасибо, что были с нами рядом, чтобы разделить все эти моменты! В новом году мы будем стараться продолжать радовать вас новостями и разными мануалами из мира теоретической, вычислительной и квантовой химии.

В уходящем году мы также провели осенний научный палаточный лагерь в кэмпинге под Дюссельдорфом (Германия), где мы слушали много разных докладов по квантовой химии, молекулярной биологии, демографии, философии, литературоведении, и по переносу научных разработок в индустриальный сектор.

Как продолжение таких реальных встреч, летом 2026 года мы хотим организовать настоящую школу-конференцию по вычислительной химии в Армении. В этом нам всё ещё требуется ваша помощь с идеями и распространением информации об этой встрече, поскольку финансировать нам это скорее всего придётся самостоятельно. Узнать больше о наших планах можно по этой ссылке.

Напомним ещё про все наши связанные ресурсы:
1. Наш Телеграм-канал: https://t.iss.one/quant_chem_and_stuff
2. Наша (всё ещё живая) группа в VK: https://vk.com/quant_chem_and_stuff
3. Наша (совместно с сообществом “Хемоинформатика и Молекулярное Моделирование”) чатилка: https://t.iss.one/theorchemchat
В постах и обсуждениях прошлых лет можно всё ещё найти много полезного и интересного!

Желаем вам хорошего, доброго, мирного, познавательного и научно-продуктивного наступающего 2026 года! Увидимся в новом году!

Ну мы иногда делимся штуками не совсем по нашей основной тематике. Есть очень крутой арт-проект "Партия мёртвых" (все мы всё равно в ней окажемся). Зацените как-нибудь 😉