Гостевой пост

Пробуем новый формат 😎

Авторы (внесли равный вклад):
Мирьям Спектор - клинический интерпретатор лаборатории анализа геномных данных, Центр Кулакова
Даня Чернявский - Senior Variant Scientist, BostonGene

прим. админа: орижинал орфография и пунктуация сохранены

В сфере онкологии помимо герминальных вариантов, которые присутствуют во всех клетках организма, особое значение имеют соматические варианты, присутствующие только в опухолевых клетках. Там их тоже огромное разнообразие – и малые варианты (SNV, delins), и большие варианты изменения копийности (CNV), и даже фьюжены (слияния начала одного гена с концом другого) и другие SV. Сегодня поговорим только про соматические “малые” варианты.

1️⃣ AMP-ASCO-CAP рекомендации
Первые рекомендации (на мой скромный вкус, абсолютно confusing и не самые удачные). Они в первую очередь про классификацию вариантов (а честнее сказать – генов) по клинической значимости в контексте прогноза, предиктивности (влияния на ответ на терапию) и диагностики (иногда альтерация может уточнить или даже изменить диагноз!). Но конфьюзят эти реки ровно потому, что там смешивается понятие драйверности и клинической значимости (actionability). Видимо, осознание того, что эти понятия необходимо разделять, пришло в область немного позже.

2️⃣ ESCAT рекомендации
Данная статья – европейская версия реков по уровням клинической значимости. Разница в том, что там меньше мешанины между драйверностью (=онкогенностью) и клинической actionability. А еще в том, что данные реки посвящены только предиктивным альтерациям.

3️⃣ ClinGen-CGC-VICC рекомендации
Жемчужинка в сфере интерпретации соматических вариантов. Разделяет понятия онкогенности и клинической значимости. Дает подробную инструкцию, как оценивать онкогенность по критериям. По вайбу похожа на ACMG/AMP герминальные гайды (также 5 классов, только заменяем слово “патогенный” на слово “онкогенный”). Из отличий стоит заметить, что сила критерия выражается в баллах, а не просто “уровнях силы”, при этом итоговый вердикт строится по простой сумме этих баллов. Статья имеет огромный supplement, в котором проанализированы десятки вариантов, что помогает въехать в гайд и детали применимости критериев. Важные поинты:
🔵Онкогенные и вероятно онкогенные варианты могут иметь клиническую значимость от Tier I до Tier III в терминологии ACMG/AMP. VUS-ы – всегда Tier III (есть одно исключение – см. следующий пункт). Доброкачественные/вероятно доброкачественные – всегда Tier IV.
🔵Мутации резистентности, которые не влияют на проопухолевые свойства раковых клеток, но влияют на афинность к таргетному препарату, чаще всего не дотянут до онкогенности, но всё равно являются клинически значимыми. Это единственное общепринятое исключение, когда VUS может иметь Tier I или Tier II.
🔵Функциональные исследования (OS2/SBS2) должны иметь разный вес в зависимости от их дизайна. Их роль особенно велика для соматических вариантов, часто определяя их итоговую классификацию.
🔵Большая роль (и сила критериев) имеется и у хотспотности по таким базам как CancerHotspots и Cosmic, также значительно влияя на итоговую классификацию
🔵VUS-ы в генах, ассоциированных с наследственными опухолевыми синдромами, следует реклассифицировать по гермлайн-рекам (ClinGen ген-специфичным при наличии или ACMG-AMP при отсутствии).
🔵Стоит отметить, что даже в рамках опухолей один и тот же ген может выступать как онкогеном, так и онкосупрессором, в зависимости от диагноза (к примеру, EZH2 или NOTCH1), что значительно влияет на flow интерпретации.

4️⃣ ACGS рекомендации SVIG-UK
Самые свежие рекомендации (британские): написаны на базе реков ClinGen-CGC-VICC, но в попытках подсветить и закрыть некоторые серые зоны “оригинала”.

Таким образом, за последние годы поле соматической интерпретации заметно повзрослело: от confusing попыток совместить всё в одном - к более четкому разделению онкогенности и клинической значимости. Сейчас у нас есть вполне рабочий фреймворк, но серые зоны всё ещё остаются – и именно там начинается самое интересное для интерпретатора.

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Всем привет, на связи админы.

Как вы могли заметить, предыдущий пост написан не нами - а это значит, что мы открыты как площадка 😎

Если вы знаете и понимаете какую-то тему, касающуюся интерпретации, медицинской генетики и NGS (например, соматика, геномы, митохондрии, длинные прочтения, отдельные подвиды подвидов критериев и т.д.), других технологий и готовы об этом рассказать, то наши ЛС открыты для ваших предложений.

Это совсем не значит, что постов от нас не будет.
Это значит, что мы хотели бы освещать вопросы генетики с разных сторон и дать вам возможность высказаться 😭

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

🧬 Обзор вакансий в медицинской генетике и биоинформатике🧬

🏥 Genokek Labs ищет Верховного интерпретатора
🤑 Формат: удалённо
💵Заработная плата: всегда задерживается

Нужно будет:
🔘интерпретировать варианты, которые «точно что-то значат, просто пока непонятно что»,
🔘использовать основные инструменты: мышь, клавиатура, MS EXCEL,
🔘мочь открывать сайты без VPN (OMIM), а Mastermind без оплаты,
🔘писать заключения, которые одновременно понятны врачу, пациенту и дяде прокурору.

Требования:
🔘высшее образование в биологии/медицине/биоинформатике,
🔘плюсом будет умение быть виноватым в любой спорной ситуации и психологическая устойчивость к формулировке «А там точно ничего нет?».

Условия:
🔘удаленка: работа сильно удалена от станции м. Большие Пупки (еще строится); гибкий график (необходимо работать по выходным, быть на связи в отпуске и даже декрете).

✨Плюсы компании:
🔘можно унижать среднего и нижнего интерпретаторов.

Подробнее читайте в полном описании вакансии
___

🏥 Bimbotechnology ищет Клинического генетика-биоинформатика (Senior Everything)
🤑 Формат: удалённо + очно + ментально всегда на работе
💵Заработная плата: Оклад МРОТ + премия по результатам KPI (ее порежут штрафами)

Нужно будет:
🔘консультировать пациентов так, чтобы они поняли, приняли и не подавали в суд,
🔘интерпретировать варианты по ACMG,
🔘цитировать СОПы Clingen наизусть,
🔘отвечать коллегам на «посмотри, там что-то странное» (там всегда что-то странное),
🔘писать научные статьи по результатам работы (желательно в свободное время, на работе времени не будет!).

Требования:
🔘PhD etc.,
🔘опыт клинической интерпретации от 3 лет,
🔘опыт преподавания (объяснять придётся всем: студентам, врачам, пациентам),
🔘опыт написания и поддержки пайплайнов, пока биоинформатик в отпуске (в декрете уже третий год),
🔘опыт написания научных статей,
🔘опыт Bash/Python.

Условия:
🔘гибкий график (можно работать в любое время, потому что дедлайны всегда вчера),
🔘удалёнка с элементами допроса и внезапных созвонов «на 5 минут» (на час),
🔘корпоративный психолог (он тоже уже не справляется).

✨Плюсы компании:
🔘оборудованное место для отдыха в подсобке (чайник и микроволновка),
🔘иногда есть чай (на него надо скинуться),
🔘карьерный рост (доп. обязанности без повышения заработной платы),
🔘атмосфера стартапа: вы сами себе и начальник, и IT-отдел, и отдел кадров, и отдел качества. Отличная возможность прокачать навыки тайм-менеджмента и стрессоустойчивости.

Подробнее читайте в полном описании вакансии
___

🏥 Epigenetics & Esoterics ищет Интегративного генетика-нутрициолога-шамана
🤑 Формат: гибридный (удалёнка + личные встречи с клиентами в антикафе за их счёт)
💵 Заработная плата: проценты с продаж БАДов + роялти с каждой проданной легенды о происхождении

Нужно будет:
🔘интерпретировать «глубокий генетический тест» (микроматрица по параллельному импорту),
🔘объяснять клиентам, почему MTHFR C677T - это не просто вариант, а «ключевая поломка детокс-системы»,
🔘доказывать, что если клиент «на 12% скандинав», то ему подходит скандинавская ходьба,
🔘внедрять персональные рекомендации по питанию (по партнёрским ссылкам),
🔘проводить вебинары «Как расшифровать свой ДНК-отчёт за 3 дня до того, как врач скажет, что это всё не доказано».

Требования:
🔘любое образование, но желательно не профильное,
🔘уверенное проговаривание терминов: «метилирование», «окислительный стресс», «митохондриальная недостаточность»,
🔘наличие генетического паспорта будет преимуществом.

Условия:
🔘график свободный, но быть в ресурсе нужно даже на ретрите,
🔘доступ к закрытому телеграм-каналу с контентом (аудиосообщения по 10 минут).

✨Плюсы компании:
🔘бесплатный тест для сотрудников «Генетическая совместимость с домашними животными» или «Ваш родственник из знаменитостей».

Подробнее читайте в полном описании вакансии

Скука интерпретатора

Мы ждём 😎

Скука интерпретатора

Коллеги! 😎
Хорошая возможность бесплатно послушать вебинар от команды Blastim х Genetico.
Рекомендуем, анонс и ссылка на регистрацию - ниже:

«NGS — забивать гвозди микроскопом?

Последние десятилетия стоимость секвенирования падала быстрее закона Мура. Поэтому теперь далеко не экзотика, если врач направляет пациента на полный экзом или даже геном. Но всегда ли это целесообразно? Или часто такие исследования избыточны, особенно когда в арсенале медицинской генетики остаются другие отточенные методы?

🔬Об этом и поговорим 17 апреля в 19:00 мск на вебинаре «Не NGS-ом единым: спектр методов в медицинской генетике» от команды Бластима и экспертов Genetico. Спикеры пройдут путь от классической цитогенетики до NGS и разберут:

• как сегодня выстраивается диагностическая воронка в медицинской практике
• что скрывается за аббревиатурами FISH, aCGH, CMA, MLPA, WES, WGS
• чем отличаются технологии по разрешающей способности• сильные и слабые стороны каждого подхода
• в каких случаях достаточно кариотипирования, а когда нужен полный экзом

А можно ли обойтись без молекулярно-генетических методов? Спойлер: да.

Будет полезно медикам, клиническим интерпретаторам, биоинформатикам и всем, кто так или иначе сталкивается с генетической диагностикой

🔗 Регистрация по ссылке: https://s.salebot.pro/ngs170426_1

💬 Обязательно готовьте свои вопросы. Спикеры будут щедро делиться практическими кейсами и опытом»

GDV. Часть 1

Каждый интерпретатор при анализе данных сталкивался с абсурдной ситуацией: в OMIM - одно заболевание, в Orphanet - другое, в DECIPHER - их вообще два😓. Почему так? Потому что базы наполняли в разные годы разными людьми с разным чувством прекрасного. А еще - информацией очень разного качества (иногда - сомнительного). Поэтому задача разобраться какой ген с каким заболеванием связан и насколько надежно иногда превращается в детектив.

Чтобы облегчить задачу, наши лучшие друзья из ClinGen придумали курировать клиническую валидность пар ген-заболевание (Gene-Disease Clinical Validity, GDV). Суть GDV в том, чтобы собрать воедино все факты и ответить на вопрос: насколько убедительны доказательства того, что варианты в конкретном гене вызывают (или не вызывают) конкретное генетическое заболевание?

И хотелось бы дальше рассказать про силу GDV, критерии и баллы, но нет!

Вы обращали внимание, что некоторые пары ген-заболевание объединены в одну нозологию как спектр, а другие - разделены на несколько? Зачем это?
А затем, чтобы выделить для каких генов-заболеваний оценивается GDV.
Этот процесс ClinGen назвали "Lumping and Splitting" ("объединение и разделение") - предварительная курация генов и заболеваний.
Чуть-чуть углубимся, просто не будет.

Ключевые критерии оценки:

1. Определение нозологической единицы
Одно или несколько заболеваний связано с данным геном (OMIM, GeneReview, Orphanet, литература и тд)?

2. Определение молекулярного механизма
Если нозологий несколько, единый или разный механизм развития (LoF, GoF, etc)?

3. Определение вариабельности фенотипа
Проявляется ли одинаково фенотип у пациентов внутри одной семьи и в разных семьях или по-разному?

4. Определение типа наследования
Для разных нозологий определяется один тип наследования или разные? Возможно, это континуум?

Когда объединяют?

💛Описана только одна нозология.
💛Механизм развития заболевания единый для разных нозологий.
💛Внутрисемейная вариабельность клиники выражена сильнее межсемейной.
💛Отличия в типах наследования объясняются спектром клиники (легкая клиника у носителей гетерозигот при АР синдромах, тяжелая клиника у гомозигот при АД синдромах).
💛Разные нозологии поражают один и тот же орган.

Когда разделяют?

💛Описано больше одной нозологии, и у каждой - свой механизм.
💛Типы наследования четко различаются, и фенотипы при этом разные.

Например, для гена MED12 произошло объединение трех из четырех фенотипов в одну нозологию - MED12-related intellectual disability syndrome, потому что выделяется основной фенотип, отмечается один тип наследования и механизм развития.
А для гена RET фенотипы MEN2A и MEN2B были разделены (хотя и в OMIM они разделены) - для них наблюдается разный фенотип и механизм развития.

Сложно? Да. Муторно? Да. Будет ли рядовой интерпретатор разбираться с этим? Нет 😎, но очень интересно. И крайне важно для врачей и пациентов.

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Мы почувствовали запрос коллективного генетического бессознательного и создали закрытый чат для интерпретаторов 🤑

Будем неформально общаться, хихикать, обсуждать кейсы, спорные варианты и сложные находки в кругу своих без осуждения и стеснения 😎

Если вам этого не хватало - добро пожаловать (пишите в личные сообщения админам или сообщения паблика).

Сегодня пост-коллаборация!
У нас в гостях Эля Шнайдер (лаб. молекулярной гематологии, «Шаарей цедек», Иерусалим).

OMG, что тут за circos творится?! 🤡 Или как посмотреть на хромосомные вечеринки не в дверную щелку, а в распахнутую дверь. Часть 1.

Технологии для детекции SNV и небольших инделей у всех на слуху и широко используются в разных степенях разрешения: от аллель-специфического ПЦР до NGS. А как обстоят дела с не очень маленькими, но и не огромными структурными вариантами (SV) и копийностью (CNV), с которыми обычный NGS плохо справляется, а на Нанопор и Пакбайо никакого бюджета не хватит?
Медицинская цитогеномика, которая часто идет рука об руку с классическими молекулярными тестами и NGS, тоже недавно обрела своего высокопроизводительного зверя - оптическое картирование генома, или OGM.

Sic! Так как технология по сути монополизирована, то далее речь пойдет о платформе компании Bionano. (Но есть и другие похожие технологии с тем же типом выходных данных! Например, EGM от Nabsys)

1⃣ Как это работает?
Сверхдлинная ДНК помечается флуоресцентными метками по специальным мотивам, похожим на рестрикционные, которые раскиданы по геному на расстоянии 6-15 тпн друг от друга. Фактически, это ник-трансляция.

📌Очень важный момент: это не секвенирование, а именно карта генома!

Затем ДНК распутывается и протягивается по специальным нано-каналам, где метки на них фиксируются аппаратом, который по сути большой микроскоп.
Дальнейшая сборка этих «просмотренных» молекул в хромосомы зависит от задачи.
Как и в NGS, есть несколько концептуально разных подходов к сборке, от которых потом зависит клиническая интерпретация:

⭕de novo
Собирает по меткам молекулы в консенсус‑карты генома без опоры на референс, а потом (главное отличие от классической de novo сборки в NGS) сравнивает эти карты с референсом.
Применяется в основном для герминальных вариантов и для соматических, если ДНК было недостаточно, а получить еще нет возможности или для поиска очень крупных SV

⭕Rare Variant Analysis(RVA)
Выравнивает отдельные молекулы на референс и ищет редкие/соматические отклонения по паттерну меток.
Заточен под онкологию и мозаицизм: чувствительнее к низкой доле клона, но сильнее зависит от качества образца, выделения ДНК и состояния самого прибора.

⭕Guided assembly
Совсем свежий алгоритм в арсенале Bionano. Компромисс между двумя предыдущими: сборка консенсус‑карт выполняется, но каждая область собирается «подсказками» от референсного генома.

2⃣ Карта собрана, а что дальше?
Алгоритмы Bionano Solve (отдельные для SV, CNV и детекции анеуплоидии - это важно, так как иногда порождает путаницу в интерпретации) занимаются концептуальным аналогом снип-коллинга в NGS, а именно выискивают приблизительные (помним, что разрешение не до нуклеотидов!) координаты:
⭕делеции
⭕инсерции (вот тут интересный момент: можно узнать приблизительное место, но не что конкретно вставилось)
⭕тандемные дупликации
⭕инверсии
⭕меж- и внутрихромосомные транслокации
⭕Gain и Loss больших и не очень участков
⭕AOH и Allelic imbalance
⭕анеуплоидии

А также технология дает возможность узнать направление SV, что очень важно, например, для фьюжен-генов типа CBFB-MYH11.

🔎 Но как интерпретировать всю эту хромосомную вечеринку? Узнаем в следующей серии.

➖➖➖➖➖➖➖➖➖➖
P.S.: если вы хотите опубликовать свой интересный пост - пишите в ЛС канала или админам.

Напоминаем, у нас теперь есть чат - чтобы туда попасть напишите в ЛС паблика или админам.

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Критерии доброкачественности.
Часть 1.

Добрый день, дорогие вайб-интерпретаторы!
Тема нашей новой рубрики - критерии доброкачественности ACMG.
Есть такой bias - все пытаются натянуть свои VUSы на Lpatы, но почти никто не хочет доказывать, что вариант доброкачественный. Эта тема часто обходится стороной в курсах, в рабочих процессах, никому не интересны статьи в "Journal of negative results" (да и kpi, хочется диагноз выставить, ЧСВ интерпретатора, etc).
Если бóльшая часть pat-критериев худо-бедно применяется, то из benign-критериев используют в основном частоту:
🔘вариант частый (насколько частый? Ну, Франклин так сказал!) → benign
🔘редкий → VUS до скончания времён
Хотя критериев доброкачественности в ACMG… целых 12.
Да, тема достаточно тягомотная. И да, надо всё-таки считать баллы. Но она поможет разобраться в многообразии фауны VUSов (да-да, в следующих сериях ☺️).

🌈 Добрая арифметика по Tavtigian et al. 2020:

🔘Stand-Alone (BA): баллов нет.

🔘Strong (BS1-BS4): −4 балла.

🔘Supporting (BP1-BP7): −1 балл.

Напоминаем вердикт по сумме баллов:
🟢 ≤ −7 баллов
🟩 −1 до −6 баллов
🟣 0-5 баллов

В этой части мы пробежимся по популяционным "добрым" критериям.

🏴BA1 или «стоп-слово» в интерпретации

Если вариант соответствует этому критерию, он может считаться доброкачественным без необходимости оценки других доказательств. У BA1 нет баллов (спасибо, хоть где-то считать не надо!). Tavtigian et al. 2018 сознательно исключили критерий из Байесовской модели, потому что он работает как абсолютное доказательство доброкачественности.

Когда применяется BA1:

🔘MAF (minor allele frequency) > 0,05 (5%) в проверенных популяционных БД.
🔘Отсутствуют специфические рекомендации, устанавливающие иной порог.
🔘Исключена ситуация эффекта основателя (например, финны, ашкенази).
🔘Не менее 2000 наблюдаемых аллелей.

Модель BA1 разработана экспертами Clingen для всего ядерного генома, но порог частоты может варьироваться в зависимости от гено-специфических рекомендаций. Если заболевание плохо изучено, а надёжных данных для расчёта порога нет, следует применять универсальные рекомендации - стандартный порог 0.05 (5%).

❗️Важно:

🔘Гипоморфные аллели. В определённом генетическом контексте они вызывают заболевание и могут присутствовать в популяции с частотой >5%. ClinGen утвердил список исключений, однако, он не обновляется с 2018, но авторы разрешают вести свой внутрилабораторный список. Если вариант есть в этом листе, BA1 отключается, и интерпретация продолжается.

🏴BS1 (-4 балла) - частота выше ожидаемой для заболевания (вариант не настолько частый, чтобы применить BA1 и остановиться, но все еще частый)

Когда включается:
🔘MAF варианта превышает максимальную правдоподобную частоту для заболевания.
🔘Расчёт проводится с учётом распространённости, пенетрантности и генетической гетерогенности (CardioDB Allele Frequency App или ClinGen Calc)

❗️Нюансы:

🔘Будьте осторожны с регионами низкого покрытия, псевдогенами и паралогами.
🔘Популяционные БД ≠ здоровые. Из gnomAD исключали только тяжёлые детские заболевания. Позднее начало или мягкий фенотип могут там присутствовать.

Для высокопенетрантного АД-заболевания BS1 может быть самостоятельным доказательством для классификации lben.

🏴BS2 (-4 балла) - вариант наблюдается у здорового взрослого при заболевании с полной пенетрантностью в раннем возрасте

Когда включается (ACGS-2024):
🔘АД: ≥2 здоровых гетерозигот (фенотипированных) или ≥2 гомозигот в gnomAD (фенотип неизвестен, но болезнь тяжёлая/детская).
🔘АР: ≥2 здоровых гомозигот.
🔘X-сцепленное: ≥2 здоровых гемизигот.

❗️Опять нюансы:

🔘Возраст: Для заболеваний с поздним началом требуется большее количество индивидов и/или более старший возраст.
🔘Неполная пенетрантность: BS2 следует применять осторожно, если пенетрантность заведомо неполная.

❗️ Если для гена существуют собственные пороги частоты (ClinGen VCEP), необходимо использовать их, а не универсальные пороги, указанные выше. Эти отсечки имеют приоритет.

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора