Да кто такой этот ваш GUS!?
Часть 1.

Итак, у вас уже есть непроизносимая фамилия, высокоранговый GUS и непреодолимое желание попасть в OMIM. Как вообще понять, что перед вами красивый GUS? И что с ним делать дальше?
Однажды Эрнест Хемингуэй поспорил, что напишет самый короткий и грустный рассказ: "Раз синдром есть в OMIM, значит не GUS!!!". Вместе с ним плакала вся маршрутка.

Сегодня мы отдохнем от горячих тем (всем же понравилось, да?😭), немного поумничаем понудим и затронем откуда вообще берутся новые синдромы.

GUS (genes of uncertain significance) - гены с неопределенной значимостью:
🔴те, которые на момент исследования не имеют никакой связи с известным фенотипом,
🔴те, которые на момент исследования имеют ограниченные доказательства связи генотипа и фенотипа.

По состоянию на декабрь 2025 года (по данным OMIM) генов с известной фенотипической связью зарегистрировано 5039, а значит, что ~15000 белок-кодирующих генов являются GUSами (и это мы не учли некодирующие гены, например, недавно открытый синдром ReNu).

К GUSам также относятся так называемые гены-кандидаты, которые:
🔤не имеют связи с менделевскими заболеваниями,
🔤уже связаны с менделевским заболеванием, но описаны с новым фенотипом или расширяют его,
🔤 приводят к развитию заболевания по новому механизму (LoF, а не GoF; AD, а не AR и тд.).

В генах-кандидатах описываются варианты-кандидаты - те самые, которые видит лаборатория и которые обладают более высоким уровнем значимости, чем варианты в уже известных генах (например, накопление de novo вариантов в одном и том же кодоне у пациентов с похожим фенотипом, как тут).

Исторически описание новых связей генотип-фенотип в большей степени основывалось на изучении локальных случаев, узких колаборациях, что точно не ускоряло появление новых синдромов. Но сейчас эта проблема решена с появлением проекта Matchmaker Exchange, а также более известного и входящего в ME - GeneMatcher.

НО! Как же велик соблазн сообщить в пустом кейсе хоть что-нибудь, да что-нибудь такое, что можно было назвать геном-кандидатом и с довольном лицом передать заключение пациенту или его врачу 😊.
И для того, чтобы ограничить такие случаи и облегчить нам жизнь, придуманы критерии выявления новых кандидатов:

🔤Гетерозиготный pLoF вариант или миссенс-вариант, наблюдаемый de novo, в гене, для которого предсказывается чувствительность к потере функции или миссенсам (pLi, LOEUF или missense z-score). Если анализируется только больной, частота в популяционных базах должна быть нулевая.

🔤Биаллельные варианты в гене, для которых прослеживается аутосомно-рецессивный тип наследования у больного/в семье и в базах данных нет подобных редких и "вредных" вариантов в транс-положении/неизвестной фазой (variant co-occurrence);

🔤Гетерозиготный pLoF или миссенс вариант, косегрегирующий с заболеванием, который согласуется с доминантным типом наследования. Сила сегрегации должна быть максимальной, метрики гена зашкаливать, а также должны быть какие-либо функциональные данные (модельные организмы или биологическая функция, согласующаяся с фенотипом);

🔤 Кандидатные варианты в гене-кандидате уже были собраны кем-то, но не опубликованы (как клинические, так и функциональные данные). Или для гена-кандидата существует животная модель с согласующимся типом наследования.

🔤Варианты в известном гене, но с новым фенотипом. При этом необходимо, чтобы также был удовлетворен хотя бы один критерий из четырех выше.

😎Но и это еще не все.

Нужно собрать достаточное количество доказательств, чтобы признать связь гена и фенотипа окончательной. Как оценивается эта связь? Об этом в другой раз.

Думайте. Подписаться

Скука интерпретатора

Носительства.
Часть 2.

В прошлый раз мы говорили о носительствах у детей. В комментариях справедливо заметили: бывают ситуации, когда вынесение одного гетерозиготного варианта при аутосомно-рецессивном заболевании может иметь диагностический смысл. И он иногда есть... Но обо всем по порядку.
Речь пойдёт о «голых» или одиночных гетерозиготах (single heterozygotes, ГГЗ) и о том, стоит ли их выносить пациентам с фенотипом. А если и выносить, то как классифицировать?

‼Дисклеймер:
Официальных клинических рекомендаций, регламентирующих работу с ГГЗ, не существует. Ни ACMG, ни ClinGen не дают чётких инструкций для этих ситуаций. Только в ACGS Best Practice Guidelines (2024) есть упоминание:

Therefore, single heterozygous variants in autosomal recessive genes should not be reported unless there is additional testing that the laboratory would recommend that is likely to help confirm the diagnosis in the proband.

Фактически мы вынуждены опираться на опыт, внутренние договорённости в командах и профессиональные личные границы, которые у всех разные.

И вот тут начинается драка плюрализм мнений:
⭕ ГГЗ = носительство и их не стоит выносить в заключение;
⭕ при высокоспецифичном фенотипе может быть отправной точкой для «диагностической Одиссеи»;
⭕ выносится «на всякий случай» в неограниченном количестве и ответственность перекладывается передается в руки врача-генетика 🥳.

💬Наша позиция: в большинстве случаев выносить ГГЗ при AR-типе наследования - не самая хорошая идея. Но есть редкие исключения.

Когда обсуждение ГГЗ может быть оправдано (WES или панель):

1⃣Высокоспецифичный фенотип (PP4).
Не «вроде бы похоже», а уникальный или крайне характерный для конкретного заболевания, с патогномоничными клиническими или лабораторными маркерами.
Примеры: цистиноз (CTNS), болезнь Краббе (GALC), синдром Кноблоха (COL18A1), болезнь Вильсона–Коновалова (ATP7B).
Либо есть чёткая клиническая наводка от врача-генетика.

2⃣ Реальная вероятность второго варианта.
Известные некодирующие варианты, структурные перестройки и др.

3⃣Сам вариант убедителен.
Дополнительный плюс - если он pat/lpat. При этом ACGS подчёркивает, что VUS без второго варианта, как правило, не следует выносить:

There is no clinical utility in reporting a single heterozygous VUS with potential risk of misinterpretation

4⃣Подозревается новый АД-фенотип.
Тогда советуем почитать пост.

Даже при выполнении всех условий ГГЗ не является основанием для постановки диагноза. Это максимум гипотеза и повод для дообследования (переанализ, WGS, таргетный поиск SV).

⚠ Важно
Если ГГЗ всё же выносится, в заключении обязателен дисклеймер:

Вариант обнаружен в гетерозиготном состоянии при AR-типе наследования и не может объяснять фенотип.

📍Про классификацию
Если вариант сам по себе pat/lpat, то в контексте AR-заболевания без второго варианта его следует выносить как VUS (по нашему скромному мнению☺️). Клиническая интерпретация неотделима от типа наследования, а причинно-следственная связь без варианта на втором аллеле остаётся неопределённой. Вот что говорится в древнем папирусе ACMG (2013):

It is recommended that for reporting the primary findings in a targeted diagnostic test, a succinct, high-level interpretive result should be provided at the start of the interpretation consisting of findings that are “positive”, “negative”, and "inconclusive" (a clear explanation of the patient’s condition was not found either due to only variants of unknown significance being identified or due to only single heterozygous variant identified for a recessive condition).

🔎А что с WGS?
При геномах снимаются ограничения WES и резко растёт фоновое число ГГЗ, поэтому они почти никогда не добавляют диагностической ценности без заранее сформулированной гипотезы.
Тем не менее, даже в WGS остаются плохо покрытые регионы (повторы, псевдогены и др.). В таких случаях корректно явно указать такие области гена в заключении.

😎 Приглашаем к дискуссии в комментариях: выносите ли вы ГГЗ? Если да, то как классифицируете? И где лично для себя проводите границу?

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

В своём канале мы часто погружаемся в тёмные воды интерпретации, где без крепкого фундамента можно быстро потерять связь с реальностью и веру в человечество. Если вы читаете посты и на регулярной основе задаетесь вопросом: «Да что у них тут происходит!?», мы неиронично хотим порекомендовать канал наших уважаемых коллег Ученый вариант 🤓. Там Полина и Катя объясняют матчасть и выдают базу простым и понятным языком.

В нем есть:
🔵ссылки на действительно полезные ресурсы и статьи, которыми мы сами регулярно пользуемся (спасибо за Varaico!)
🔵разборы базовых, но критически важных вещей: CHIP, псевдогены, частоты, классификация вариантов и прочие «а почему тут так»
🔵ну, и приятный бонус: у ребят иногда появляются вакансии и предложения по работе в интерпретации.

Если вы в начале пути в NGS или хотите лучше понимать основы интерпретации, то «Учёный вариант» - это для вас💡

Думайте. И подпишитесь на @variant_scientist

▫️▫️▫️3⃣0⃣0⃣❗▫️▫️▫️

Мы очень рады видеть вас всех на нашем канале! И по такому случаю мы хотим сделать новогодний подарок.🍪
Мы разыгрываем одну-единственную легендарную футболку GENOKEK! 🧥

❄СОП по розыгрышу❄

1⃣Напишите здесь в комментариях тему для нашего следующего поста.

2⃣Тема должна быть связана с интепретацией. Любая, какую вы только можете вообразить. Количество комментариев не ограничено.

3⃣Лайкайте понравившиеся комментарии.

4⃣Автор самого залайканного комментария получит эксклюзивную единственную в мире футболку GENOKEK! 😱

Результаты 7 января в 12:00 🎄
💡💡💡💡💡💡💡💡💡💡

18+. Не является публичной офертой.

✴️✴️✴️✴️✴️✴️
🍬🍬🍬🍬🍬🍬
Дорогие друзья,
уважаемые коллеги!😎
Наступает Новый год, а значит пора подводить наши итоги:

🥰 +31400% рост подписчиков (вы лучшие!)

😎 60+ горячих комментариев, где вы не боялись спорить и выражать мнение

🙂 20 мемов для качественного усвоения материала

🙂 10 постов, в которых мы наконец смогли вдоволь поумничать

😄 8 бустов канала (поднажмем, посты станут ещё лучше)

😊 2 тиктока (вы их пересылаете, мы всё видим!)

😢 2 админа, но один в отставке (давайте поможем Даше найти работу на удаленке)

🤡 1 канал на все времена

И это мы с вами всего 2 месяца! Представляете, что мы готовим вам в 2026 году?🎅

Генетическое пожелание на 2026 год: давайте коллективно отправим запрос во Вселенную на ACMG v4. Кажется, их пишет Джордж Мартин, но когда, если не сегодня, верить в чудо?

Спасибо, что читаете, поддерживаете, спорите, обсуждаете, лайкаете и хихикаете вместе с нами 🧤🫶

Продолжаем думать и подписываться в 2026 году❄
💡💡💡💡💡💡💡💡💡💡
Встречаемся в 12:00 7 января на розыгрыше футболки GENOKEK☺️

🤩♥️♥️♥️♥️♥️♥️♥️♥️🤩
🤩 ♥️♥️♥️♥️♥️♥️♥️ 🤩

Наступило Рождество, а значит пора объявить победителя аттракциона невиданной щедрости!😎

И футболка достается Екатерине Алексеевне Померанцевой с темой про наши косяки, факапы и миссдиагностику (все-таки вы любите спайси темы 😀).
Мы напишем в личные сообщения победителю для дальнейшей координации❤️

Отдельно скажем: вы подкинули реально классные идеи. Поэтому мы приняли волевое решение разобрать большую часть предложенных тем в течение года.

На этой приятной ноте мы желаем всем спокойно и
приятно доотдыхать оставшиеся выходные ❤
Расходимся! До 12 числа тут ничего умного не будет (ну, разве что мем).
💡💡💡💡💡💡💡💡💡
Обняли, подумали, подписались.

Акелла промахнулся.
Часть 1.

Мы вернулись (будто бы мы уходили 😀)! А значит, пора наконец поднять вопрос, который приличные интерпретаторы обычно аккуратно заметают под коврик.

В этот раз речь пойдёт не про про то, какие мы крутые и как лихо справляемся с трудностями 😎. Сегодня мы частично ответим на вопрос уважаемых зрителей нашей телепередачи про ошибки и миссдиагностику.

Но сначала о том, какие ошибки вообще бывают в интерпретации:

🤩Неточности и ограничения пайплайнов и аннотаций.
Инструменты меняются, версии обновляются. Например, потеря экзонов как low impact у VEP. Или один и тот же ген может фигурировать под разными названиями в OMIM и в аннотации, а при фильтрации он загадочным образом пропадает.

🤩Ошибка новичка.
Болезненно, неприятно, но неизбежно.

🤩Невнимательность.
Поток образцов, дедлайны, рутина. «Потом пересмотрю» – как невыполненное обещание.

🤩Недостаточная профессиональная компетентность.
Формальное знание ACMG и спецификаций, работа по шорт-листу аннотированных вариантов, вера в автоматическую аннотацию и игнорирование факта существования BAM-файла.

🤩Технические и лабораторные ошибки, которые интерпретатору сложно или невозможно отследить: перепутанные пробирки, контаминация плода материнским материалом на 80+%, отсутствие критически важной клинической информации в направлении и ещё много-много другого.

Ошибаются все. Вопрос лишь в том, какие выводы вы делаете и как потом с этим работаете. Но об этом позже, а пока – кейс.

Ребёнок с поражением нескольких органов и специфической клиникой, очень похожей на конкретный синдром. Назначение эффективной терапии напрямую зависит от «генетики»:
есть синдром – есть терапия, нет синдрома – нет терапии. Пациенту выполняется WES.
По результатам – находок нет, диагноза нет.
Через год пациенту делают ХМА. Обнаруживается небольшая CNV с вовлечением нескольких экзонов того самого специфичного гена.
При пересмотре данных WES руками и глазами как минимум в пределах искомого гена CNV вполне себе видно.

Никто не умер. Диагноз поставлен. Но время потеряно.

Простые истины (задним числом), как этого можно было избежать:

🤩Посмотреть литературу. Если для гена описаны CNV – это уже повод целенаправленно поискать их.

🤩Ходить «пешком» по BAM и сравнивать покрытие с другими образцами (в идеале – из того же запуска).

🤩Иметь под рукой CNV-пайплайн для WES. Во многих лабораториях он формально есть. Очень хочется верить, что не только «для галочки».

Это не единственный факап, который может случиться. В следующем посте поговорим о другой легендарной и популярной категории ошибок: варианты с низким качеством 💩, в которые очень хотелось поверить, но в итоге на Сэнгере не подтвердились.

А пока приглашаем в комментарии покаяться🥰.
Рассказывайте:
🤩про свои ошибки,
🤩про чужие ошибки,
🤩про кейсы, которые до сих пор преследуют в кошмарах.

Мы слушаем и мы не осуждаем! Осуждать будут в закрытых чатах 😀

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Носительства. Часть 3.

В предыдущих сериях (раз, два) мы обсуждали кому не стоит выдавать носительства. Теперь про исследование, где вынесение ГГЗ и есть цель: скрининг носительства (он же преконцепционный).

Идея такая: каждый тестируемый несёт от нуля до десятка вариантов, может встретить партнёра с вариантом в том же гене и получить ненулевой риск рождения ребёнка с заболеванием.
Главное - дать паре репродуктивный выбор.
Казалось бы, но тут-то какие сложности? Неси все, что не приколочено, и дело сделано!

По-хорошему, тут можно писать гайд, а не пост.
Но сегодня мы пробежимся по верхам.

На что вообще делать скрининг

Используются два подхода:
⭕ по частоте (этнический [но сначала придется сделать тест в генотеке😀] или панэтнический скрининг);
⭕ по тяжести - независимо от распространённости.

И вот тут ключевой момент, который часто упускают:

💡Тяжесть заболевания должна быть такой, что на него в принципе имело бы смысл делать ПГТ-М.
Подходит ли сюда носительство вариантов генах нарушения репродуктивной функции?

Кому и когда

⭕в первую очередь парам, планирующим беременность, и донорам (привет Паше Дурову!)

⭕оптимально - до беременности, но и во время беременности допустимо (ACMG не возражает).

Современный консенсус:
клиническое значение имеет не одиночное носительство, а совпадение у пары в одном гене.

Возраст

Возраст должен быть «репродуктивным», а пациент - способным дать информированное согласие (есть даже упоминание подростков, планирующих беременность). Но те же гайды рекомендуют откладывать тестирование несовершеннолетних, пока результат не принесёт практической пользы здесь и сейчас.

Что дальше?

Если мы делаем скрининг, должны существовать опции:
⭕ПГТ-М;
⭕прерывание беременности;
⭕или осознанное «ничего не делать» (да, это тоже репродуктивный выбор).

А что выдавать?

⭕Парам без отягощённого семейного анамнеза стоит выносить только патогенные и вероятно патогенные варианты.

⭕Парам с отягощённым семейным анамнезом допустимо обсуждать VUS, а иногда и GUS, потому что здесь скрининг фактически смещается в сторону поиска причины.

🔲Отдельная скользкая зона - гипоморфные варианты. Такие варианты частично сохраняют функцию гена, а их вклад в фенотип зависит от второго аллеля и контекста. В результате сложно предсказать тяжесть заболевания и решить, является ли состояние достаточной целью для ПГТ-М, что делает такие варианты особенно проблемными в скрининге носительства.

По-хорошему, нужен не просто список-табличка, а качественное описание вариантов в заключении с указанием патогенности, фенотипов, пенетрантности и других нюансов. Это становится задачей со звездочкой, когда таких вариантов 10+.

Кроме того, если скрининг проводится посредством NGS (WES или WGS), мы получаем больше данных, и что тогда делать с доминантными заболеваниями и CNV в этих рамках? Предполагается, что ничего, ведь пресимптоматическое тестирование не рекомендуется, но все ли так однозначно?..

А что думаете Вы? Давайте поругаемся обсудим в комментариях 😎.

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Акела промахнулся (еще раз)

Один маленький, но очень самоуверенный анонимный интерпретатор увидел вариант, идеально подходящий по фенотипу и к тому же 🟠. Интерпретатор настолько поверил в себя, что закрыл глаза на то, что у варианта всего два прочтения (пусть и разнонаправленных). Долго томить не будем: вариант не подтвердился на Сэнгере😓.

И вот тут самое время растечься мыслью по древу и начать душный философский разговор про «хороший, плохой, злой» вариант, а заодно - про качество, насмотренность и самоуверенность.

🥰 «Хороший вариант»

Качественный вариант - это не «многа ридаф», а совокупность признаков:
💛поддержка с обеих цепей без strand bias,
💛адекватные метрики качества и нормальное выравнивание,
💛отсутствие систематических/технических ограничений и ошибок в регионе,
💛поведение на BAM воспроизводимо и понятно,
💛он согласуется с клиникой и типом наследования.

🤬 «Плохой» вариант

Когда вариант низкокачественный? Загибаем пальцы:
💛1-2 прочтения,
💛VAF на грани чувствительности,
💛шумный или сложный регион (повторы, псевдогены, GC-безумие),
💛strand bias,
💛грязный BAM и слабые метрики.

Такой вариант:
💛держится только на честном слове интерпретатора,
💛«как будто похож» по фенотипу», но фенотип не специфичный,
💛выносится по принципу «ну мало ли? мы ж всей клиники не видим!!!»,
💛иногда просто проигнорирован на BAM,
💛еще хуже, если это слабый VUS.

😡 «Злой» вариант

Не тот, за кого себя выдает! Это вариант, который:
💛выглядит как мусор,
💛имеет низкий VAF,
💛может не подтверждаться Сэнгером,
💛сидит в плохо покрытом и/или сложном регионе,

...но при этом реально существует и является причиной заболевания.

Чаще всего это:
💛мозаицизм <10%,
💛технические ограничения (например, WGS и его ~30х),
💛«не та» ткань.
И если в лаборатории нет способа это проверить, многие предпочитают такие варианты просто не выносить.

🧷Когда можно рискнуть?

Если есть биологический смысл, клиническая гипотеза и способ обойти ограничения метода (глубокий таргетный NGS, другая ткань). Но нужно быть готовым отстаивать его место под солнцем перед лабораторией и врачом-генетиком. Правда заключается в том, что большинство таких вариантов - это просто шум.

🔖 Вместо выводов

1-2 прочтения - чаще всего «мусорный» вариант💩. Если в каждом одиноком нуклеотиде видеть потенциал, можно быстро сойти с ума. После истории с неподтвердившимся «идеальным» вариантом и подзатыльника от лаборатории обычно долго не хочется выносить ничего подобного.

Но иногда… можно прислушаться к шепоту голосов в голове, обсудить идею с клиническим генетиком и всё-таки разгадать загадку.

Дружеское напоминание: такие случаи редки. Но это не значит, что их не бывает 😎

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Бро, LOH, ROH, AOH и тд...

LOH (loss of heterozygosity) участки потери гетерозиготности или они же ROH (large regions of homozygosity) «длинные» участки гомозиготности - это протяженные области, где нет гетерозиготных вариантов, сплошные гомозиготы 😎

Сразу дисклеймер: LOH в данном посте мы будем рассматривать только в контексте диагностики орфанных заболеваний. Онкологию затрагивать не будем (не наша поляна).

LOH могут быть как копийно-нейтральными (LOH-CN), так и свидетельствовать о наличии делеции в области LOH. Мы поговорим о первых (далее LOH-CN) в контексте интерпретации.

О чем наличие LOH-CN может нам говорить:

🔘Ни о чем - иногда это просто «нормальный фон». LOH малого размера распространены в геноме;

🔘Однородительская дисомия (UPD) - в зависимости от размера и локализации, может быть как изодисомия, так и гетеродисомия;

🔘Близкородственный брак - оставим без комментариев, ибо можно неосторожно влезть в область, которая не касается интерпретации 💩. Но отметим, что в этом контексте искать UPD на WES или WGS - задача почти неподъемная.

Важно: LOH ≠ UPD. Это алгоритмический результат пайплайна и лишь гипотеза, требующая интерпретации и дальнейшего подтверждения.

Какие LOH ACMG и другие предлагают сообщать:

🔘интерстициальные >10 МБ;
🔘терминальные >5 МБ;
🔘суммарную долю LOH по всему геному >3%.

Зачем их искать и как интерпретировать?

В первую очередь, следует искать LOH в областях, где локализованы известные импринтинговые синдромы, особенно если это подходит под фенотип (или был запрос на поиск от направившего врача). Без клиники и подтверждения LOH не мамонт - это не диагноз.

Ключевые регионы, на которые стоит обращать внимание:

🔘15q11–q13 синдром Прадера-Вилли/синдром Ангельмана;

🔘11p15 синдром Беквита-Видемана/синдром Сильвера-Рассела;

🔘7q32 синдром Сильвера-Рассела;

🔘14q32 синдром Тэмпл/синдром Кагами-Огата;

🔘6q24 транзиторный неонатальный диабет;

🔘20q13 GNAS-ассоциированные заболевания.

Кроме того, в протяженных LOH могут находиться гомозиготные рецессивные варианты известных или ещё не описанных синдромов.

Остались вопросы..? Приходите на Genetico.FBI 12 февраля (не реклама конференции! она ещё и платная 👎), где Дима подробнее разберет эту тему.

Думайте. Подписаться.

Скука интерпретатора

Внеплановое подключение. Рекомендуем поучаствовать, если еще не зарегистрировались 😎 .