Айсберг PVS1.
Часть 1: Верхушка.
Когда интерпретатор только начинает работать с ACMG, мир критериев кажется очень запутанным и неинтуитивным. Но вот🟥 как глоток свежего воздуха. Стоп-кодон → LoF → сильный критерий → наконец-то что-то понятное!
И многие проходят через стадию: «редкий LoF вариант = вероятно патогенный вариант».
Выношу! Тут даже в OMIM похожие уши и поперечная борозда на ладони по фенотипу! Наконец-то хоть что-то кажется логичным.
Но это ощущение длится недолго. Ровно до момента, пока впервые не увидишь дерево принятия решений от ClinGen…
Со временем становится ясно:🟥 - один из самых коварных (и переоцененных) критериев. Он прост только на первый взгляд.
Почему?
Потому что настоящий🟥 начинается не со стоп-кодона или фреймшифта.
Он начинается с вопроса, на который иногда сложно ответить даже опытному интерпретатору:
А действительно ли LoF — установленный механизм развития заболевания для этого гена? И доказан ли он настолько, чтобы тянуть на🟥 ?
И здесь важно вспомнить, что в первоначальной версии ACMG/AMP 2015 критерий🟥 был описан гораздо скуднее, без уточнения силы, без подробных нюансов про механизмы, без LoF-интолерантности.
Позже ClinGen переработал и уточнил этот критерий именно потому, что практика показала: «стоп-кодон = патогенность» работает далеко не всегда.
Мы хотим предостеречь интерпретаторов, которые видят pLI = 1, o/e = 0,35 и отсутствие варианта в gnomAD и автоматически ставят вердикт «вероятно патогенный» и выносят вариант в заключение. Именно поэтому мы запускаем цикл постов про🟥 : что на самом деле стоит за LoF, как не попасть в ловушки Джокера и почему 🟥 🔣 🟧 🔣 🟠 ” давно не работает так, как раньше.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Часть 1: Верхушка.
Когда интерпретатор только начинает работать с ACMG, мир критериев кажется очень запутанным и неинтуитивным. Но вот
И многие проходят через стадию: «редкий LoF вариант = вероятно патогенный вариант».
Выношу! Тут даже в OMIM похожие уши и поперечная борозда на ладони по фенотипу! Наконец-то хоть что-то кажется логичным.
Но это ощущение длится недолго. Ровно до момента, пока впервые не увидишь дерево принятия решений от ClinGen…
Со временем становится ясно:
Почему?
Потому что настоящий
Он начинается с вопроса, на который иногда сложно ответить даже опытному интерпретатору:
А действительно ли LoF — установленный механизм развития заболевания для этого гена? И доказан ли он настолько, чтобы тянуть на
И здесь важно вспомнить, что в первоначальной версии ACMG/AMP 2015 критерий
Позже ClinGen переработал и уточнил этот критерий именно потому, что практика показала: «стоп-кодон = патогенность» работает далеко не всегда.
Мы хотим предостеречь интерпретаторов, которые видят pLI = 1, o/e = 0,35 и отсутствие варианта в gnomAD и автоматически ставят вердикт «вероятно патогенный» и выносят вариант в заключение. Именно поэтому мы запускаем цикл постов про
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥15🤯5 5
Айсберг PVS1.
Часть 2: чем LoF отличается от NMD (и при чём тут сам PVS1)
Начнем издалека. Чтобы без слез смотреть на дерево принятия решения от ClinGen, нужно разобраться в четырех независимых сущностях (в виде гномика): LoF, pLoF, NMD и PVS1. Они должны идти в связке, но совпадают далеко не всегда.
1️⃣ LoF ≠ NMD
LoF (loss-of-function) — это биологический результат: ген теряет нормальную функцию.
pLoF (predicted loss-of-function) — это варианты, которые предположительно приводят к LoF.
NMD (nonsense-mediated decay) — это клеточный механизм, уничтожающий транскрипты с преждевременными стоп-кодонами.
NMD может приводить к LoF, но LoF совсем не обязан идти через NMD.
Эти термины нельзя использовать как синонимы.
2️⃣ Не каждый стоп-кодон вызывает NMD
NMD включается, только если стоп-кодон расположен не в последнем экзоне или не ближе чем 50 п.н. к последнему экзон-экзонному переходу (классическое правило) или >10% от длины транскрипта до конца гена (критерий ClinGen).
Если условия не соблюдены, NMD не включится, и вариант может давать укороченный белок. Такой белок может давать LoF, но еще и dominant-negative (DN) effect, gain-of-function (GoF) или вообще ничего не делать (как безработный админ).
3️⃣ LoF может возникнуть и без NMD
Всмысли?😱 А вот так:
🔴 стоп-кодон в последнем экзоне;
🔴 стоп-кодон в единственном экзоне;
🔴 фреймшифт, разрушающий критически важный домен;
🔴 делеция целого гена;
🔴 нарушение канонического сайта сплайсинга (но об этом мы поговорим в одном из следующих постов…наверное).
То есть NMD — это лишь один путь к LoF, но не обязательный.
4️⃣ При чём здесь PVS1
ACMG-2015 трактовали PVS1 легко и приятно: любой pLoF-вариант в LoF-гене = очень сильная поддержка патогенности.
ClinGen полностью это пересмотрел, теперь PVS1 имеет градации: Very Strong / Strong / Moderate / Supporting. PVS1 ослабляется, когда:
🔴 вариант не вызывает NMD;
🔴 затронута нетипичная или низкоэкспрессируемая изоформа;
🔴 вариант находится в «нечувствительной» к LoF зоне гена;
🔴 укороченный белок может быть функционален;
🔴 LoF не является доказанным механизмом развития заболевания для этого гена.
5️⃣ Когда ген считается LoF-чувствительным (по ClinGen)
LoF считается доказанным механизмом развития заболевания, если выполняются следующие критерии:
1. Для гена описано как минимум несколько патогенных LoF-вариантов, обычно:
🔴 ≥3 независимых pLoF-варианта;
🔴 при одинаковом фенотипе;
🔴 у разных неродственных пациентов.
2. Варианты должны быть распределены в разных частях гена, а не все в одном экзоне.
3. Фенотип должен соответствовать потере функции, а не DN/GoF-механизму.
4. Если LoF-варианты встречаются в популяции с высокой частотой → LoF-механизм считается недостоверным.
5. Если ген имеет несколько изоформ → оценка проводится по самой биологически релевантной.
PVS1 можно применять только если LoF-механизм подтверждён по этим критериям.
6️⃣ Почему это нужно в практике
Просто увидеть стоп-кодон — недостаточно. И тут мы переходим к вопросу из предыдущего поста:
1. Запустится ли NMD? (механизм в клетке);
2. Приведёт ли этот вариант к LoF? (биология);
3. Является ли LoF доказанным механизмом развития заболевания для этого гена? (ген-фенотип).
Только если «да» на все три — можно применять PVS1 (на соответствующем уровне).
7️⃣ Главное резюме
• NMD ≠ LoF.
• LoF ≠ PVS1.
• Стоп-кодон ≠ патогенность.
Но что тогда делать, если pLoF и LoF не сходятся, но вынести вариант очень хочется? Об этом поговорим в следующий раз.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Часть 2: чем LoF отличается от NMD (и при чём тут сам PVS1)
Начнем издалека. Чтобы без слез смотреть на дерево принятия решения от ClinGen, нужно разобраться в четырех независимых сущностях (в виде гномика): LoF, pLoF, NMD и PVS1. Они должны идти в связке, но совпадают далеко не всегда.
LoF (loss-of-function) — это биологический результат: ген теряет нормальную функцию.
pLoF (predicted loss-of-function) — это варианты, которые предположительно приводят к LoF.
NMD (nonsense-mediated decay) — это клеточный механизм, уничтожающий транскрипты с преждевременными стоп-кодонами.
NMD может приводить к LoF, но LoF совсем не обязан идти через NMD.
Эти термины нельзя использовать как синонимы.
NMD включается, только если стоп-кодон расположен не в последнем экзоне или не ближе чем 50 п.н. к последнему экзон-экзонному переходу (классическое правило) или >10% от длины транскрипта до конца гена (критерий ClinGen).
Если условия не соблюдены, NMD не включится, и вариант может давать укороченный белок. Такой белок может давать LoF, но еще и dominant-negative (DN) effect, gain-of-function (GoF) или вообще ничего не делать (как безработный админ).
Всмысли?
То есть NMD — это лишь один путь к LoF, но не обязательный.
ACMG-2015 трактовали PVS1 легко и приятно: любой pLoF-вариант в LoF-гене = очень сильная поддержка патогенности.
ClinGen полностью это пересмотрел, теперь PVS1 имеет градации: Very Strong / Strong / Moderate / Supporting. PVS1 ослабляется, когда:
LoF считается доказанным механизмом развития заболевания, если выполняются следующие критерии:
1. Для гена описано как минимум несколько патогенных LoF-вариантов, обычно:
2. Варианты должны быть распределены в разных частях гена, а не все в одном экзоне.
3. Фенотип должен соответствовать потере функции, а не DN/GoF-механизму.
4. Если LoF-варианты встречаются в популяции с высокой частотой → LoF-механизм считается недостоверным.
5. Если ген имеет несколько изоформ → оценка проводится по самой биологически релевантной.
PVS1 можно применять только если LoF-механизм подтверждён по этим критериям.
Просто увидеть стоп-кодон — недостаточно. И тут мы переходим к вопросу из предыдущего поста:
1. Запустится ли NMD? (механизм в клетке);
2. Приведёт ли этот вариант к LoF? (биология);
3. Является ли LoF доказанным механизмом развития заболевания для этого гена? (ген-фенотип).
Только если «да» на все три — можно применять PVS1 (на соответствующем уровне).
• NMD ≠ LoF.
• LoF ≠ PVS1.
• Стоп-кодон ≠ патогенность.
Но что тогда делать, если pLoF и LoF не сходятся, но вынести вариант очень хочется? Об этом поговорим в следующий раз.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥15 6❤4🤔3🗿3 1
Нейминг и его последствия для психического здоровья интерпретатора
Представьте, что вы оказались в 1876 году в маленькой деревне на берегу озера в горах. Вы замечаете, что удивительно большая часть населения выглядят одинаково, и описываете новый синдром. Ничего лучше, чем назвать его в честь себя, вы не придумываете. Но есть нюанс: ваша фамилияГедиминайте-Бержанскайте-Клаусутайте .
Вот здорово, вы теперь часть истории! А вот тем, кто будет переводить ваш эпоним через полтора века, уже не так весело. Перед интерпретаторами будущего встанет целый ряд вопросов: как склонять? как транскрибировать? почему это вообще так пишется? за что мне все это?
Если вы хотя бы раз спорили с коллегами, как правильно — Элерса–Данлоса или Элерса–Данло, —присаживайтесь, этот пост для вас 🪑
Склонение фамилий в эпонимах:
😀 Мужские фамилии на согласный / -й склоняются
синдром Жильбера, синдром Дауна
✨ Женские фамилии не склоняются вне зависимости от окончания
синдром Жубер, синдром Нунан
🐼 В составных названиях склоняются только мужские фамилии
синдром Коффина–Сирис
🔎 Как быстро определить пол автора эпонима
⭐ Начать с русской/английской страницы в Википедии, возможно, ответ есть уже там
⭐ Если нет информации, открыть немецкую 🇩🇪 — по какой-то загадочной причине именно там чаще всего есть полное имя и страна автора (важно для транскрипции).
⭐ В карточке синдрома в OMIM обычно есть ссылка на PubMed (референсы к оригинальным статьям). Перейти в PubMed открыть первые описательные публикации. Посмотреть аффилиации авторов: университет, госпиталь, страна. Это укажет, какой язык-оригинал фамилии и куда дальше копать.
⭐ При необходимости загуглить фамилию и имя вместе с названием университета или госпиталя. Часто находятся биографии с фото, страницы на сайте учреждения.
🔲 Основы транскрипции фамилий
1⃣ Передаём звучание фамилии (транскрипция), а не написание (транслитерация) в соответствии с произношением в языке оригинала и в стране, откуда фамилия происходит.
2⃣ Ориентируемся на устоявшиеся формы (если фамилия часто встречается в литературе, берём вариант из авторитетных источников, например, МКБ).
3⃣ Иногда фамилии закрепились в необычной форме (например, cиндром Элерса-Данло, хотя по сути технически “правильное” название синдром Элерса-Данлоса).
4⃣ Можно просить помощь у чата GPT, однако, про пол авторов и происхождение он часто сочиняет. Но если знать язык оригинала - с транскрипцией справляется.
5⃣ Для голландских фамилий можно использовать транскриптор https://www.artlebedev.ru/transcriptor/dutch/
6⃣ Даже если сам автор в русскоязычном пространстве не засветился, можно поискать его однофамильцев. Но и тут есть сложности: голландская фамилия Де Врис (De Vries) закрепилась в русском языке как Де Фриз/Фрис, как переводить - вопрос открытый.
‼ NB! Голландские ловушки
Имя не всегда так очевидно отражает пол:
⭕ Anne Van der Woude - мужчина;
⭕ Illja J Diets - женщина.
🏥 Топонимы и названия учреждений
Названия больниц и городов также не переводятся, а транскрибируются:
Floating-Harbor syndrome → синдром Флоатинг–Харбор, а не синдром Плавающей Гавани
P.S.
Вероятно, чтобы в будущемне мучиться внести ясность, глубокоуважаемое сообщество ClinGen снова придумало СОП о том, как нужно называть генетические синдромы. Почитать можно здесь. Если кратко, предложен диадический подход к названиям (ген + фенотип), что конечно же не исключает использование фамилий - не "Baraitser-Winter syndrome 2", а "ACTG1-related Baraitser-Winter syndrome".
Думайте. Подписаться
Скука интерпретатора
Представьте, что вы оказались в 1876 году в маленькой деревне на берегу озера в горах. Вы замечаете, что удивительно большая часть населения выглядят одинаково, и описываете новый синдром. Ничего лучше, чем назвать его в честь себя, вы не придумываете. Но есть нюанс: ваша фамилия
Вот здорово, вы теперь часть истории! А вот тем, кто будет переводить ваш эпоним через полтора века, уже не так весело. Перед интерпретаторами будущего встанет целый ряд вопросов: как склонять? как транскрибировать? почему это вообще так пишется? за что мне все это?
Если вы хотя бы раз спорили с коллегами, как правильно — Элерса–Данлоса или Элерса–Данло, —присаживайтесь, этот пост для вас 🪑
Склонение фамилий в эпонимах:
синдром Жильбера, синдром Дауна
синдром Жубер, синдром Нунан
синдром Коффина–Сирис
Имя не всегда так очевидно отражает пол:
Названия больниц и городов также не переводятся, а транскрибируются:
Floating-Harbor syndrome → синдром Флоатинг–Харбор, а не синдром Плавающей Гавани
P.S.
Вероятно, чтобы в будущем
Думайте. Подписаться
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
😁14❤9 3🔥2 2💅1
Айсберг PVS1.
Часть 3: Совы и глобусы
Итак, мы обещали продолжение.
Что делать, если рука так и тянется выдать🟥 (pLoF), но по правилам нельзя. Или почти нельзя. Или можно, но с оговорками? Но только если вы морально готовы описывать новый синдром…
Причины выдать pLoF там, где не просили:
1) Ты разбаловался и просто забил на правила
Так не надо. Мы знаем, что сильно хочется. Если у вас уже есть опыт интерпретации, вы наверняка сталкивались с такими вариантами в статьях или заключениях (и пригорали). Это инструмент, который при неправильном использовании может здорово навредить пациенту и запутать следствие.
«Я так чувствую» - не критерий.
2) Ты нашёл pLoF в GUSе, но никто ничего про этот ген не знает
Вариант в загадочном гене чист как слеза и прекрасен как рассвет:
🟠 pLI = 1
🟠 o/e низкий
🟠 частоты нулевые
🟠 экспрессируется там, где надо
🟠 изоформа идеальная и единственная
🟠 идеально — есть подозрительно похожая мышиная модель
🟠 совсем идеально — вариант de novo
🟠 практически фантастика — функциональная лаборатория за углом и готова сотрудничать.
Тогда можно, но осторожно. PVS1_Moderate может случиться, если ранее описан пострадавший от рук учёных мыш, но диагноз всё равно остаётся условным, пока нет фенотипической когорты.
Помним: даже самый красивый GUS в конечном итоге «взлетит» максимум до🟣 .
3) В статьях — миссенсы AD, а у тебя — рецессивный pLoF
Гомо? Геми? Красивый компаунд в транс положении? Тогда можно, но опять с оговорками:
🟠 AD миссенсы ✨ GoF или DN (классика жанра)
🟠 AR LoF ✨ хотя бы намёк на мышиный нокаут в литературе
4) Твой pLoF не ведёт к NMD → потенциал для GoF/DN
🟠 разрушение канонического сайта сплайсинга в экзоне, кратном 3 → пропуск экзона
🟠 последний экзон → оцениваем, пострадал ли домен
🟠 удлинение белка → потенциально вредоносный хвост
В этих случаях🟥 ≠ автоматический Very Strong.
Снижаем силу (Strong/Moderate) и честно пишем, что именно творится.
5) AD синдром, механизм GoF, фенотип совпадает… но LoF туда не лезет вообще
Когда можно?
Если ген плохо описан, данных мало, и вы честно проговариваете это в заключении:
«В настоящее время недостаточно данных, что LoF-варианты вызывают заболевание. Описаны варианты другого типа».
Так где в таких ситуациях применять PVS1 в полную силу?
Да почти нигде :)
🟠 снижать силу 🟥 ,
🟠 уходить в 🟧 ,
🟠 делать трио,
🟠 складывать в коробочку «подождём данных».
Необходимо писать дисклеймер про механизм заболевания и уносить как VUS/GUS. Или выдавать пустое заключение.
И что в итоге?
1) Почти всегда без сегрегации и функционального анализа вариант так и останется🟣
Даже если pLoF выглядит идеальным.
Даже если фенотип модельного мыша похож на пациента.
2) Существуют хитрые и совсем неочевидные механизмы
🟠 аберрантный сплайсинг в стоп-кодоне
🟠 альтернативный старт ниже по течению (при стопе в первом экзоне)
🟠 разные изоформы с разной тканевой/временной экспрессией
🟠 геномный импринтинг (pLoF попал на «выключенный» аллель)
Но есть и хорошие новости: если ваш красивый LoF не тянет - это не всегда означает автоматически🟣 .
Но нужны благоприятные условия: фенотип, сегрегация, модельные животные, функциональные данные.
Думайте. Подписаться
Скука интерпретатора
Часть 3: Совы и глобусы
Итак, мы обещали продолжение.
Что делать, если рука так и тянется выдать
Причины выдать pLoF там, где не просили:
1) Ты разбаловался и просто забил на правила
Так не надо. Мы знаем, что сильно хочется. Если у вас уже есть опыт интерпретации, вы наверняка сталкивались с такими вариантами в статьях или заключениях (и пригорали). Это инструмент, который при неправильном использовании может здорово навредить пациенту и запутать следствие.
«Я так чувствую» - не критерий.
2) Ты нашёл pLoF в GUSе, но никто ничего про этот ген не знает
Вариант в загадочном гене чист как слеза и прекрасен как рассвет:
Тогда можно, но осторожно. PVS1_Moderate может случиться, если ранее описан пострадавший от рук учёных мыш, но диагноз всё равно остаётся условным, пока нет фенотипической когорты.
Помним: даже самый красивый GUS в конечном итоге «взлетит» максимум до
3) В статьях — миссенсы AD, а у тебя — рецессивный pLoF
Гомо? Геми? Красивый компаунд в транс положении? Тогда можно, но опять с оговорками:
4) Твой pLoF не ведёт к NMD → потенциал для GoF/DN
В этих случаях
Снижаем силу (Strong/Moderate) и честно пишем, что именно творится.
5) AD синдром, механизм GoF, фенотип совпадает… но LoF туда не лезет вообще
Когда можно?
Если ген плохо описан, данных мало, и вы честно проговариваете это в заключении:
«В настоящее время недостаточно данных, что LoF-варианты вызывают заболевание. Описаны варианты другого типа».
Так где в таких ситуациях применять PVS1 в полную силу?
Да почти нигде :)
Необходимо писать дисклеймер про механизм заболевания и уносить как VUS/GUS. Или выдавать пустое заключение.
И что в итоге?
1) Почти всегда без сегрегации и функционального анализа вариант так и останется
Даже если pLoF выглядит идеальным.
Даже если фенотип модельного мыша похож на пациента.
2) Существуют хитрые и совсем неочевидные механизмы
Но есть и хорошие новости: если ваш красивый LoF не тянет - это не всегда означает автоматически
Но нужны благоприятные условия: фенотип, сегрегация, модельные животные, функциональные данные.
Думайте. Подписаться
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥12🗿4❤3 3😁1💅1 1
Всем привет!
Мы очень рады видеть вас на нашем канале. Мы бы хотели познакомиться с вами, чтобы контент был полезен и интересен всем участникам, поэтому просим пройти небольшой опрос
Мы очень рады видеть вас на нашем канале. Мы бы хотели познакомиться с вами, чтобы контент был полезен и интересен всем участникам, поэтому просим пройти небольшой опрос
В данный момент я:
Anonymous Poll
27%
Опытный интерпретатор
17%
Начинающий интерпретатор
29%
Врач-генетик
7%
Врач другой специальности
7%
Биолог/генетик
12%
Биоинформатик
😁1
😁11❤1🔥1🤔1
Носительства. Часть 1.
Сегодня у нас спайси тема. Каждый интерпретатор хоть раз сталкивался с просьбой: «Можете вынести носительства ребёнку?».
Короткий ответ: нет. И уж точно — не плодам. И вы готовы к этому разговору.
Носительство (carrier status) — это наличие одной копии P/LP варианта, который может вызывать заболевание при определённых типах наследования. Сам носитель здоров, но может передать вариант детям. Поэтому скрининг носительств задуман как инструмент для взрослых, планирующих беременность, а не для детей.
Пробежимся по базе:
🔲 ESHG (European Society of Human Genetics):
🔲 AAP & ACMG (American Academy of Pediatrics + American College of Medical Genetics and Genomics)
🤩 Ачотакова? Как это может навредить?
Международные рекомендации подчёркивают несколько этических причин:
1⃣ Отсутствие медицинской пользы для ребёнка сейчас
Носительство — это состояние без симптомов, которое не требует лечения в детстве и не даёт немедленной медицинской пользы ребёнку.
2⃣ Право ребёнка на «отложенное информированное согласие»
Когда ребенок станет совершеннолетним, он должен иметь возможность сам решить (я сам решу. сам решууу!), хочет он знать о своём носительстве или нет. Досрочное раскрытие - это необратимое решение, принятое за него.
3⃣ Риск психологического вреда
Опыт прошлых лет показал, что знание о носительстве может привести к:
⭕ психологическим проблемам,
⭕ неправильной интерпретации результатов родителями,
⭕ стигматизации и изменению отношения к ребёнку.
4⃣ Опасность нарушения конфиденциальности ребёнка
Раскрытие носительства родителям может означать раскрытие информации о будущей репродуктивной жизни самого ребёнка до того, как он способен управлять этой информацией.
📌 Но есть исключения
Иногда генетический результат ребёнка имеет непосредственные репродуктивные последствия для родителей.
1⃣ Девочка — носитель патогенного/вероятно патогенного варианта на X-хромосоме
В такой ситуации с высокой вероятностью носителем является и мать. А это означает, что каждый следующий сын пары имеет высокий риск развития заболевания. Если не раскрыть эту информацию родители могут войти в новую беременность без осознания этого риска.
2⃣ Гипотетический компаунд у сибсов
Если у двух детей выявлены разные патогенные/вероятно патогенные варианты в одном и том же гене, возможен скрытый риск для будущих беременностей: родители могут быть бессимптомными носителями этих вариантов.
💬 RCPath, Genetic testing in childhood (2022):
В идеальной ситуации решения о вынесении таких вариантов должны приниматься совместно с врачом-генетиком при наличии добровольного информированного согласия и генетического консультирования, а не автоматически.
🔎 Почему тогда лаборатории могут решиться выносить носительства детям (далее домыслы):
1⃣ Желание заработать. Яркое и красочное описание нового модного теста привлекает "заказчиков" - вместо 100 долларов за билет на концерт тест можно заплатить 120 и узнать больше.
2⃣ Желание выдать "хоть что-нибудь". Как правило, заплатив деньги, людям нужен результат. Выдавать бессмысленные VUS'ы вредно и даже опасно, а вот "безвредные" носительства нет.
3⃣ "Ошибка лаборатории". Глубокоуважаемому руководству приходит в голову блестящая идея, и понеслось. Часто такое происходит, когда лаборатория работает в отрыве от практической медицины и "варится в собственном соку", не интересуясь устоявшимися этическими нормами.
А когда можно выдавать носительства? Поговорим в другой раз.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Сегодня у нас спайси тема. Каждый интерпретатор хоть раз сталкивался с просьбой: «Можете вынести носительства ребёнку?».
Короткий ответ: нет. И уж точно — не плодам. И вы готовы к этому разговору.
Носительство (carrier status) — это наличие одной копии P/LP варианта, который может вызывать заболевание при определённых типах наследования. Сам носитель здоров, но может передать вариант детям. Поэтому скрининг носительств задуман как инструмент для взрослых, планирующих беременность, а не для детей.
Пробежимся по базе:
Тестирование «здоровых» несовершеннолетних, включая тест на носительство, не следует проводить, пока ребёнок не достигнет возраста, позволяющего ему принять самостоятельное решение.
Сообщество не поддерживают рутинное тестирование на носительства у несовершеннолетних, если такое тестирование не приносит пользы для здоровья в детском возрасте.
Международные рекомендации подчёркивают несколько этических причин:
Носительство — это состояние без симптомов, которое не требует лечения в детстве и не даёт немедленной медицинской пользы ребёнку.
Когда ребенок станет совершеннолетним, он должен иметь возможность сам решить (я сам решу. сам решууу!), хочет он знать о своём носительстве или нет. Досрочное раскрытие - это необратимое решение, принятое за него.
Опыт прошлых лет показал, что знание о носительстве может привести к:
Раскрытие носительства родителям может означать раскрытие информации о будущей репродуктивной жизни самого ребёнка до того, как он способен управлять этой информацией.
Иногда генетический результат ребёнка имеет непосредственные репродуктивные последствия для родителей.
В такой ситуации с высокой вероятностью носителем является и мать. А это означает, что каждый следующий сын пары имеет высокий риск развития заболевания. Если не раскрыть эту информацию родители могут войти в новую беременность без осознания этого риска.
Если у двух детей выявлены разные патогенные/вероятно патогенные варианты в одном и том же гене, возможен скрытый риск для будущих беременностей: родители могут быть бессимптомными носителями этих вариантов.
It may sometimes be reasonable to agree to test a child for carrier status… Testing for carrier status in conditions where the risk to future children is high (50% for boys in sex-linked disorders) requires careful thought.”
В идеальной ситуации решения о вынесении таких вариантов должны приниматься совместно с врачом-генетиком при наличии добровольного информированного согласия и генетического консультирования, а не автоматически.
А когда можно выдавать носительства? Поговорим в другой раз.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥21❤13 7💅2🤔1 1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Совпадения случайны
Скука интерпретатора
Скука интерпретатора
😁22💅5 3❤1🔥1 1
Да кто такой этот ваш GUS!?
Часть 1.
Итак, у вас уже есть непроизносимая фамилия, высокоранговый GUS и непреодолимое желание попасть в OMIM. Как вообще понять, что перед вами красивый GUS? И что с ним делать дальше?
Однажды Эрнест Хемингуэй поспорил, что напишет самый короткий и грустный рассказ:"Раз синдром есть в OMIM, значит не GUS!!!" . Вместе с ним плакала вся маршрутка.
Сегодня мы отдохнем от горячих тем (всем же понравилось, да?😭 ), немного поумничаем понудим и затронем откуда вообще берутся новые синдромы.
GUS (genes of uncertain significance) - гены с неопределенной значимостью:
🔴 те, которые на момент исследования не имеют никакой связи с известным фенотипом,
🔴 те, которые на момент исследования имеют ограниченные доказательства связи генотипа и фенотипа.
По состоянию на декабрь 2025 года (по данным OMIM) генов с известной фенотипической связью зарегистрировано 5039, а значит, что ~15000 белок-кодирующих генов являются GUSами (и это мы не учли некодирующие гены, например, недавно открытый синдром ReNu).
К GUSам также относятся так называемые гены-кандидаты, которые:
🔤 не имеют связи с менделевскими заболеваниями,
🔤 уже связаны с менделевским заболеванием, но описаны с новым фенотипом или расширяют его,
🔤 приводят к развитию заболевания по новому механизму (LoF, а не GoF; AD, а не AR и тд.).
В генах-кандидатах описываются варианты-кандидаты - те самые, которые видит лаборатория и которые обладают более высоким уровнем значимости, чем варианты в уже известных генах (например, накопление de novo вариантов в одном и том же кодоне у пациентов с похожим фенотипом, как тут).
Исторически описание новых связей генотип-фенотип в большей степени основывалось на изучении локальных случаев, узких колаборациях, что точно не ускоряло появление новых синдромов. Но сейчас эта проблема решена с появлением проекта Matchmaker Exchange, а также более известного и входящего в ME - GeneMatcher.
НО! Как же велик соблазн сообщить в пустом кейсе хоть что-нибудь, да что-нибудь такое, что можно было назвать геном-кандидатом и с довольном лицом передать заключение пациенту или его врачу😊 .
И для того, чтобы ограничить такие случаи и облегчить нам жизнь, придуманы критерии выявления новых кандидатов:
🔤 Гетерозиготный pLoF вариант или миссенс-вариант, наблюдаемый de novo, в гене, для которого предсказывается чувствительность к потере функции или миссенсам (pLi, LOEUF или missense z-score). Если анализируется только больной, частота в популяционных базах должна быть нулевая.
🔤 Биаллельные варианты в гене, для которых прослеживается аутосомно-рецессивный тип наследования у больного/в семье и в базах данных нет подобных редких и "вредных" вариантов в транс-положении/неизвестной фазой (variant co-occurrence);
🔤 Гетерозиготный pLoF или миссенс вариант, косегрегирующий с заболеванием, который согласуется с доминантным типом наследования. Сила сегрегации должна быть максимальной, метрики гена зашкаливать, а также должны быть какие-либо функциональные данные (модельные организмы или биологическая функция, согласующаяся с фенотипом);
🔤 Кандидатные варианты в гене-кандидате уже были собраны кем-то, но не опубликованы (как клинические, так и функциональные данные). Или для гена-кандидата существует животная модель с согласующимся типом наследования.
🔤 Варианты в известном гене, но с новым фенотипом. При этом необходимо, чтобы также был удовлетворен хотя бы один критерий из четырех выше.
😎 Но и это еще не все.
Нужно собрать достаточное количество доказательств, чтобы признать связь гена и фенотипа окончательной. Как оценивается эта связь? Об этом в другой раз.
Думайте. Подписаться
Скука интерпретатора
Часть 1.
Итак, у вас уже есть непроизносимая фамилия, высокоранговый GUS и непреодолимое желание попасть в OMIM. Как вообще понять, что перед вами красивый GUS? И что с ним делать дальше?
Однажды Эрнест Хемингуэй поспорил, что напишет самый короткий и грустный рассказ:
Сегодня мы отдохнем от горячих тем (всем же понравилось, да?
GUS (genes of uncertain significance) - гены с неопределенной значимостью:
По состоянию на декабрь 2025 года (по данным OMIM) генов с известной фенотипической связью зарегистрировано 5039, а значит, что ~15000 белок-кодирующих генов являются GUSами (и это мы не учли некодирующие гены, например, недавно открытый синдром ReNu).
К GUSам также относятся так называемые гены-кандидаты, которые:
В генах-кандидатах описываются варианты-кандидаты - те самые, которые видит лаборатория и которые обладают более высоким уровнем значимости, чем варианты в уже известных генах (например, накопление de novo вариантов в одном и том же кодоне у пациентов с похожим фенотипом, как тут).
Исторически описание новых связей генотип-фенотип в большей степени основывалось на изучении локальных случаев, узких колаборациях, что точно не ускоряло появление новых синдромов. Но сейчас эта проблема решена с появлением проекта Matchmaker Exchange, а также более известного и входящего в ME - GeneMatcher.
НО! Как же велик соблазн сообщить в пустом кейсе хоть что-нибудь, да что-нибудь такое, что можно было назвать геном-кандидатом и с довольном лицом передать заключение пациенту или его врачу
И для того, чтобы ограничить такие случаи и облегчить нам жизнь, придуманы критерии выявления новых кандидатов:
Нужно собрать достаточное количество доказательств, чтобы признать связь гена и фенотипа окончательной. Как оценивается эта связь? Об этом в другой раз.
Думайте. Подписаться
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤14💅6 4 4🔥3🤯2
Носительства.
Часть 2.
В прошлый раз мы говорили о носительствах у детей. В комментариях справедливо заметили: бывают ситуации, когда вынесение одного гетерозиготного варианта при аутосомно-рецессивном заболевании может иметь диагностический смысл. И он иногда есть... Но обо всем по порядку.
Речь пойдёт о «голых» или одиночных гетерозиготах (single heterozygotes, ГГЗ) и о том, стоит ли их выносить пациентам с фенотипом. А если и выносить, то как классифицировать?
‼ Дисклеймер:
Официальных клинических рекомендаций, регламентирующих работу с ГГЗ, не существует. Ни ACMG, ни ClinGen не дают чётких инструкций для этих ситуаций. Только в ACGS Best Practice Guidelines (2024) есть упоминание:
Фактически мы вынуждены опираться на опыт, внутренние договорённости в командах и профессиональные личные границы, которые у всех разные.
И вот тут начинаетсядрака плюрализм мнений:
⭕ ГГЗ = носительство и их не стоит выносить в заключение;
⭕ при высокоспецифичном фенотипе может быть отправной точкой для «диагностической Одиссеи»;
⭕ выносится «на всякий случай» в неограниченном количестве и ответственность перекладывается передается в руки врача-генетика 🥳 .
💬 Наша позиция: в большинстве случаев выносить ГГЗ при AR-типе наследования - не самая хорошая идея. Но есть редкие исключения.
Когда обсуждение ГГЗ может быть оправдано (WES или панель):
1⃣ Высокоспецифичный фенотип (PP4).
Не «вроде бы похоже», а уникальный или крайне характерный для конкретного заболевания, с патогномоничными клиническими или лабораторными маркерами.
Примеры: цистиноз (CTNS), болезнь Краббе (GALC), синдром Кноблоха (COL18A1), болезнь Вильсона–Коновалова (ATP7B).
Либо есть чёткая клиническая наводка от врача-генетика.
2⃣ Реальная вероятность второго варианта.
Известные некодирующие варианты, структурные перестройки и др.
3⃣ Сам вариант убедителен.
Дополнительный плюс - если он pat/lpat. При этом ACGS подчёркивает, что VUS без второго варианта, как правило, не следует выносить:
4⃣ Подозревается новый АД-фенотип.
Тогда советуем почитать пост.
Даже при выполнении всех условий ГГЗ не является основанием для постановки диагноза. Это максимум гипотеза и повод для дообследования (переанализ, WGS, таргетный поиск SV).
⚠ Важно
Если ГГЗ всё же выносится, в заключении обязателен дисклеймер:
📍 Про классификацию
Если вариант сам по себе pat/lpat, то в контексте AR-заболевания без второго варианта его следует выносить как VUS (по нашему скромному мнению☺️ ). Клиническая интерпретация неотделима от типа наследования, а причинно-следственная связь без варианта на втором аллеле остаётся неопределённой. Вот что говорится в древнем папирусе ACMG (2013):
🔎 А что с WGS?
При геномах снимаются ограничения WES и резко растёт фоновое число ГГЗ, поэтому они почти никогда не добавляют диагностической ценности без заранее сформулированной гипотезы.
Тем не менее, даже в WGS остаются плохо покрытые регионы (повторы, псевдогены и др.). В таких случаях корректно явно указать такие области гена в заключении.
😎 Приглашаем к дискуссии в комментариях: выносите ли вы ГГЗ? Если да, то как классифицируете? И где лично для себя проводите границу?
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Часть 2.
В прошлый раз мы говорили о носительствах у детей. В комментариях справедливо заметили: бывают ситуации, когда вынесение одного гетерозиготного варианта при аутосомно-рецессивном заболевании может иметь диагностический смысл. И он иногда есть... Но обо всем по порядку.
Речь пойдёт о «голых» или одиночных гетерозиготах (single heterozygotes, ГГЗ) и о том, стоит ли их выносить пациентам с фенотипом. А если и выносить, то как классифицировать?
Официальных клинических рекомендаций, регламентирующих работу с ГГЗ, не существует. Ни ACMG, ни ClinGen не дают чётких инструкций для этих ситуаций. Только в ACGS Best Practice Guidelines (2024) есть упоминание:
Therefore, single heterozygous variants in autosomal recessive genes should not be reported unless there is additional testing that the laboratory would recommend that is likely to help confirm the diagnosis in the proband.
Фактически мы вынуждены опираться на опыт, внутренние договорённости в командах и профессиональные личные границы, которые у всех разные.
И вот тут начинается
Когда обсуждение ГГЗ может быть оправдано (WES или панель):
Не «вроде бы похоже», а уникальный или крайне характерный для конкретного заболевания, с патогномоничными клиническими или лабораторными маркерами.
Примеры: цистиноз (CTNS), болезнь Краббе (GALC), синдром Кноблоха (COL18A1), болезнь Вильсона–Коновалова (ATP7B).
Либо есть чёткая клиническая наводка от врача-генетика.
Известные некодирующие варианты, структурные перестройки и др.
Дополнительный плюс - если он pat/lpat. При этом ACGS подчёркивает, что VUS без второго варианта, как правило, не следует выносить:
There is no clinical utility in reporting a single heterozygous VUS with potential risk of misinterpretation
Тогда советуем почитать пост.
Даже при выполнении всех условий ГГЗ не является основанием для постановки диагноза. Это максимум гипотеза и повод для дообследования (переанализ, WGS, таргетный поиск SV).
Если ГГЗ всё же выносится, в заключении обязателен дисклеймер:
Вариант обнаружен в гетерозиготном состоянии при AR-типе наследования и не может объяснять фенотип.
Если вариант сам по себе pat/lpat, то в контексте AR-заболевания без второго варианта его следует выносить как VUS (по нашему скромному мнению
It is recommended that for reporting the primary findings in a targeted diagnostic test, a succinct, high-level interpretive result should be provided at the start of the interpretation consisting of findings that are “positive”, “negative”, and "inconclusive" (a clear explanation of the patient’s condition was not found either due to only variants of unknown significance being identified or due to only single heterozygous variant identified for a recessive condition).
При геномах снимаются ограничения WES и резко растёт фоновое число ГГЗ, поэтому они почти никогда не добавляют диагностической ценности без заранее сформулированной гипотезы.
Тем не менее, даже в WGS остаются плохо покрытые регионы (повторы, псевдогены и др.). В таких случаях корректно явно указать такие области гена в заключении.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤10🔥5😁3💅3 2 2
В своём канале мы часто погружаемся в тёмные воды интерпретации, где без крепкого фундамента можно быстро потерять связь с реальностью и веру в человечество. Если вы читаете посты и на регулярной основе задаетесь вопросом: «Да что у них тут происходит!?», мы неиронично хотим порекомендовать канал наших уважаемых коллег Ученый вариант 🤓 . Там Полина и Катя объясняют матчасть и выдают базу простым и понятным языком.
В нем есть:
🔵 ссылки на действительно полезные ресурсы и статьи, которыми мы сами регулярно пользуемся (спасибо за Varaico!)
🔵 разборы базовых, но критически важных вещей: CHIP, псевдогены, частоты, классификация вариантов и прочие «а почему тут так»
🔵 ну, и приятный бонус: у ребят иногда появляются вакансии и предложения по работе в интерпретации.
Если вы в начале пути в NGS или хотите лучше понимать основы интерпретации, то «Учёный вариант» - это для вас💡
Думайте. И подпишитесь на @variant_scientist
В нем есть:
Если вы в начале пути в NGS или хотите лучше понимать основы интерпретации, то «Учёный вариант» - это для вас
Думайте. И подпишитесь на @variant_scientist
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥14💅8 4 3❤2😁2
Мы очень рады видеть вас всех на нашем канале! И по такому случаю мы хотим сделать новогодний подарок.
Мы разыгрываем одну-единственную легендарную футболку GENOKEK!
Результаты 7 января в 12:00
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥10❤8💅4😁3
Дорогие друзья,
уважаемые коллеги!
Наступает Новый год, а значит пора подводить наши итоги:
И это мы с вами всего 2 месяца! Представляете, что мы готовим вам в 2026 году?
Генетическое пожелание на 2026 год: давайте коллективно отправим запрос во Вселенную на ACMG v4. Кажется, их пишет Джордж Мартин, но когда, если не сегодня, верить в чудо?
Спасибо, что читаете, поддерживаете, спорите, обсуждаете, лайкаете и хихикаете вместе с нами
Продолжаем думать и подписываться в 2026 году
Встречаемся в 12:00 7 января на розыгрыше
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥22🎄17❤13🤡1💅1 1 1