Хижацькі журнали

Бувають різні "листи щастя". В одних вам пропонують отримати у спадок від Нігерійського принца мільярд грошей, а в інших — опублікуватися у Scopus/WoS/ДАК виданні дуже швидко й за певну суму. Хоча останні листи схожі на такі, що мають відношення до науки, насправді ці два різновиди приблизно однакові.

Хижацькі журнали — це такі, де майже відсутні редакторська політика та peer review. Вони існують лише для того, щоб заробити грошей на довірливих авторах чи псевдонауковцях, закритися, а потім відкритися під новим ім'ям.

Іноді вчені тролять такі журнали. Ось, наприклад, журнал "IOSR Journal of Pharmacy and Biological Sciences" прийняв до публікації статтю "Новітні засоби боротьби з міжгалактичними паразитами та їх передача в моделюванні Зігеріона".

Фанати серіалу "Рік та Морті" вже здогадалися, про що ця стаття, а для всіх інших наведу декілька цитат:
-"We introduce the Magnetic Oddities Radiation TherapY (MORTY) which has never been explored by the scientific community"
-"The Inter-galactic parasitic infection Schlodomoniasis can be chemically induced by Tartaric acid (chemo-convulsants agent). "
-"Inter-galactic parasites carry a whole lot of turbulent juice which can cause several health complications. "
Повна версія статті: https://bit.ly/2BdfRUR

Скоріш за все, справжнє дослідження з подібного журналу ніколи не прочитають та не процитують. На жаль, в Україні таких журналів дуже багато. Журналів, які взагалі хоча б індексуються Scopus/WoS на всю країну біля 118, з них сім медичних, а найбільший показник цитування серед них — 0,366. Це означає, що за останні два роки кожну статтю процитували в середньому 0,366 рази. (https://bit.ly/2MyOutC)

Тому, коли ви бачите поважних професорів чи молодих вчених, які пишуть, що мають 100500 публікацій і кілограм патентів, перед тим, як кланятися науковому божеству, перевірте, в яких саме журналах опубліковані їх роботи.

Бажаю вам публікацій лише в гарних журналах і не хворіти.

🔬🧬💊 Доволі часто друзі та колеги запитують про мою PhD програму. Вирішив написати лонгрід про це на каналі.

Розпочну з того, що в цей інститут, Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences (далі — CeMM), я пройшов з другої спроби. У 2018-му році я не пройшов через один з етапів відбору. Хоча паралельно я подавався до інших місць, а у 2019-му отримав ще одне запрошення, я вирішив працювати в CeMM. Чому?

Я добре розумію власні професійні сильні та слабкі сторони. Хоча ступень M.D. дає певних переваг щодо участі у трансляційних дослідженнях (тобто таких, де фундаментальні дослідження проводяться для наступного використання їх результатів у клінічній медицині), я в певних речах слабкіший кандидат за, скажемо, молекулярного біолога чи біохіміка. Одною з причин мого фокусу на CeMM було те, що PhD програма тут включає вступний курс, щоб знайти пропуски у знаннях та дізнатися, що відбувається у суміжних напрямах.

Взагалі, це один з небагатьох інститутів, де відверто писали, що зацікавлені в кандидатах з дуже різним профілем. Так, один інститут у Франції, де у 2018-му шукали кандидатів на PhD програму з вимогою "MSc in life sciences or related fields", відмовив мені, бо, як виявилося, їм на цю позицію підходив лише біолог, а чого хтось таке написав — не знають. Буває і таке. У CeMM разом зі мною почали програму люди із наступними бекграундами: біологія, медицина, біомедична інженерія, математика, хімія.

Хоча я і є частиною CeMM, я відношусь до Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases. Це партнерський інститут, до напряму якого належить тематика мого проєкту. А ще я зареєстрований у Medical University of Vienna, бо там я проходжу частину курсів і моя програма формальна акредитована через цей університет. Перші декілька тижнів я намагався зрозуміти цю потрійну афіліацію, проте зараз мені здається ця система цілком логічною.

Відразу після приїзду в серпні я зміг попрацювати в експерименті з PhD проєкту моїх колег з лабораторії, а до кінця жовтня мій розклад виглядає так: з 9:00 до 17:00 вступний курс з семінарами та лекціями в CeMM, з 17:00 до 19:00 — обов'язковий курс по клітинній та молекулярній біології для медиків у MedUni, на який також ходять лікарі-резиденти та MD-PhD. Все це я намагаюсь балансувати із курсами німецької, зустрічами в лабораторії та додатковим журнальним клубом, який я вирішив взяти у цьому семестрі. А з листопаду в мене розпочнеться ротація в іншій лабораторії.

Ідея така, що, окрім PhD тези та публікацій, в мене за чотири роки повинна бути набрана певна кількість ECTS, які враховуються за курси, семінари та журнальні клуби. Перший семестр більш-менш детермінований, проте далі свобода і можна обирати найбільш релевантні курси.

Зараз я працюю над планом проєкту, перші кроки буду робити ближче до кінця року, а навесні буду захищати його перед PhD committee, від рішення якого буде залежить, чи продовжать мені контракт, чи буде проєкт саме таким, як я запланував, тощо.

Мені подобається такий графік, бо завжди продуктивно зайнятий. А ще подобається те, що цей інститут — це не "палац страху", який я часто бачив раніше, а місце із потужною робочою культурою. Деякі речі в мене, як у людини зі Східної Європи, й досі викликають розрив шаблону. Наприклад, сьогодні вечірню лекцію по протеоміці читав науковий директор інституту, якій, в розмові після заходу, подякував за те, що відвідав його лекцію.

На сьогодні все, на добраніч. Піду аналізувати статтю для завтрашнього журнального клубу та буду радий новим запитанням!

PhD позиція: де шукати та що робити?

Про наукову кар'єру я почав думати після третього курсу, коли в медичному університеті закінчилися фундаментальні дисципліни та почалися клінічні. З якоїсь причини мені було цікавіше вивчати мутації в генах, що кодують аквапоріни, ніж резекцію шлунку за Більрот-2. Публікую посилання на кращі, на мій погляд, ресурси для пошуку PhD позиції.

1. academicpositions.com — простий сайт з доволі детальними фільтрами, де є позиції з багатьох університетів ЄС. Власне, там свою позицію і знайшов.
2. linkedin.com — професійна соціальна мережа, де, серед інших робіт, можна знайти багато пропозицій PhD чи research assistant. Проте, переважно з США. Якщо в вас ще немає там акаунту, дуже рекомендую.
3. ec.europa.eu — PhD позиції для дослідників початкового рівня, які фінансуються програмою ЄС "Marie Skłodowska-Curie Actions".
4. daad.de — якщо шукаєте позицію у Німеччині. Є багато англомовних PhD.
5. google.com — звучить банально, проте там ви точно не пропустите жодного інституту. Зверніть увагу: щоб підвісити шанси щось знайти, шукати потрібно з операторами пошуку (погуглить їх). Наприклад: "PhD position" AND "liver" AND ("rare diseases" OR "genetic diseases") із фільтром за часом публікації.
6. ncbi.nlm.nih.gov/pubmed — більш неформальний спосіб, проте багато моїх знайомих дослідників його рекомендували. Якщо ви шукаєте позицію за дуже специфічним напрямом, ви можете написати напряму науковим керівникам, з лабораторії яких була зроблена публікація, й сказати, що хотіли б працювати в їх групі. Зазвичай керівник є останнім у списку авторів.

Хоча цей перелік не є абсолютним, інші ресурси для мене не були результативними. До того ж, має сенс визначити групи, де ви бажали б працювати, та моніторити їх сайти/сайти їх інститутів. Й ще декілька порад:

- Заздалегідь плануйте, як будете презентувати себе, якщо дійдете до інтерв'ю. Якщо ви медик, навіть не сумнівайтесь, що одне з питань може бути: "чому ми повинні взяти вас, а не біолога?";
- Навчитися лабораторним навичкам — ваша відповідальність. Іноді має сенс спочатку заробити грошей та поїздити на стажування, щоб навчитися тому, що не розповсюджене в Україні (NGS, single cell, CRISPR screen, flow cytometry, нові різновиди мікроскопії, тощо). Можете навіть не сумніватися, що майже всі кандидати з ЄС будуть володіти базовими техніками, а деякі вищеперелічені навички можуть надати вам переваг;
- Проте і в Україні ви можете багато чому навчитися (наприклад, можете приєднатися до нас у GenomicsUA та вивчати біоінформатику);
- Подавати лише правдиву інформацію, бо, якщо пройдете, вам з цими людьми ще ~4 роки працювати;
- Напрям проєкту, що вам цікавий > можливості поїхати за принципом "будь-куди".
- Починати шукати рано, планувати, що пошук може зайняти декілька років й не дуже сильно розчаровуватися після відмов. Наприклад, в мене було біля 30 відмов, що, за сучасним розумінням, відносно небагато.

На цьому все. Якщо бажаєте робити кар'єру в науці, бажаю вам успіхів з пошуком позиції!
А свої запитання можете писати мені сюди: @a_petrenko

Щойно з'явився вільний час, вирішив почитати щось із відкладеного. Ділюся посиланням на одну з найцікавіших оглядових робіт, що я читав: "Why nature chose phosphates." (Westheimer FH., Science, 1987). https://bit.ly/32sFlto

Хоча ця стаття опублікована декілька десятків років тому, я отримав багато інформації стосовно питань, що з'явилися в мене за останні декілька років. Наприклад, в чому еволюційна перевага від використання іонізованих метаболітів? Чому РНК-віруси досі існують, хоча РНК менш стабільна за ДНК? Чому наші клітини використовують багато фосфатної кислоти, а не силікатної, хоча останньої більше у природі?

Якщо любите біохімію, отримаєте задоволення від статті. А мені тепер доведеться читати огляд від 2013-го року "Why nature really chose phosphate." (https://bit.ly/2pzHSDr), щоб дізнатися, що змінилося в нашому розумінні за цей проміжок часу.

У мене доволі хаотичний розподіл робочого часу, бо мені здається, що ввечері чи вночі я працюю більш продуктивно. Тому креативні чи складні завдання я намагаюсь залишити на цей час.

Мені зазвичай щастить на керівників. Так, під час стажування у лабораторії з молекулярної генетики, мій ДНК-сенсей сказав: "праймери не працюють до 10:00, тому можеш не приходити раніше".

Наразі проходжу ротацію в лабораторії, де працюють з біологічними мережами/теорією графів. Мені цей принцип ще ніхто не озвучив, але, як я зрозумів, раніше 9 години будь-який написаний код буде містити помилки, тому не має сенсу починати надто рано.

Добре висипайтеся й адекватних вам керівників, а не усе це "сидіти-з-9-до-17" (коли це можливо).

І тримайте ще мем з Грегором Менделем.

Хвилинка (де)мотивації, коли сидиш (буквально) над статтею для журнального клубу на вихідних, а десь там, за вікном, бігають діти, тече Дунай та погода ще не така погана 😈

Кожній лабі по біговій доріжці!

Я люблю нові технології.

Наприклад, мій додаток для перевірки правопису, проаналізувавши конспект лекції, визначив, що я займаюся якоюсь печальною дурницею 😿

Певні результати фундаментальних досліджень не вдається транслювати у клінічну медицину. Тому є багато причин: відмінності метаболічних шляхів людини та лабораторних тварин, неправильно підібрана модель хвороби, щось досі нам невідоме про її перебіг, тощо.

Хоча фундаментальні дослідження стоять за майже будь-яким медичним втручанням, пам'ятайте, що завжди є ризик невдачі далі. Навіть у самих "хайпових" випадках.

Бо багато чого може вбити клітини у чашці. Наприклад, вогнепальна зброя.

Джерело зображення: xkcd.com

Летимо на Марс? 🚀

Написав невеличку замітку-опитування, цікаві ваші коментарі:
https://www.facebook.com/photo.php?fbid=2562156483877905

Чудова назва для чудового дослідження! 🦠🔬

Посилання: https://www.nature.com/articles/cdd201456

Колега з Інституту фізіології ім.О.О. Богомольця розповіла про захід, ділюся.

У грудні ГО "Українська вища медична школа" проводить у "Добробуті" в Києві курс з імунології, обіцяють фундаментальні лекції та клінічні кейси. Приблизно половину лекторів я знаю особисто, думаю, буде якісний курс.

Якщо вам цікава імунологія, то ось посилання:
https://www.facebook.com/events/2180510828925070/

Щойно побачив препринт публікації про повногеномний пошук асоціацій (GWAS) при право- та ліворукості.

Погані новини, у цьому дослідженні знайшли позитивну кореляцію між варіантами, що характерні для ліворукості, та деякими психіатричними розладами 🙀

GWAS-дослідження треба інтерпретувати дуже обережно, тим більше це поки що лише препринт. Проте цікаво.

(а взагалі, чи існує цей канал насправді, чи моя свідомість вас вигадала?)

Посилання: Genome-wide association study identifies 48 common genetic variants associated with handedness

Цього п'ятничного вечора сприймаю корисну інформацію на конференції з Single Cell Analysis, ділюся з вами двома цікавими інсайтами.

1. Цитата Льюїса Волперта, який досліджував біологію розвитку: "Насправді найважливіший час вашого життя - це не народження, весілля чи смерть, а гаструляція". Першоджерело: "An interview with Lewis Wolpert."

2. Цитата одного зі спікерів (коментує експеримент): "we didn't do it really right, since I don't know how to do it right, so we did it somehow". Це те, за що я люблю науку.

Сподіваюся, що ваш вечір п'ятниці не менш продуктивний!
👩‍🔬👨‍🔬🔬🧬🦠🍻

👨‍🔬👩‍🔬 В інституті, де я працюю, розпочався набір на PhD програму 2020. Цього року маємо 15 повністю профінансованих позицій у партнерських інститутах Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences (CeMM) та Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases (LBI-RUD).

Загальний напрям програми: "Molecular Technologies and Systems Medicine". Фокус на тематичних напрямах: Infection, Immunity, Metabolism, Cancer, Rare Diseases, Network Medicine, та Design Chemistry.

Ви можете подаватися, якщо вам цікавий напрям, ви володієте відмінною розмовною та письмовою англійською, та маєте бекграунд у медицині, біології, хімії, біоінформатиці, Computer Science, інженерії, фізиці, математиці, чи будь-яку іншу наукову/технічну релевантну освіту. Так, це насправді дуже мультидисциплінарне місце.

Дедлайн: 31 січня 2020. Більше деталей за посиланням: https://bit.ly/phd-2020-molmed

Пишіть, якщо у вас є запитання. І не забудьте поділитися з колегами.

Коли ти працюєш, але Google Docs налаштований романтично 😻

Багато з моїх підписників є студентами, тому ділюся інформацією. Влітку у вас є можливість приєднатися на 10 тижнів до досліджень в лабораторії одного з інститутів Відня. Ця програма зветься "The Vienna Biocenter Summer School 2020" й реєстрація вже розпочалася.

Зокрема, можна постажуватися в лабораторії, де я працюю (Thomas Reiberger lab, CeMM & LBI-RUD).

Вимоги: до 30-го червня 2020 завершити щонайменш два роки навчання в університеті, мати досвід досліджень, високу академічну успішність та вільну англійську. Дедлайн: 31 січня 2020.

Більше деталей за посиланням: https://bit.ly/viennaschool2020

P.S: за моїми спостереженнями, багато студентів з України схильні недооцінювати свої навички і шанси на проходження у різні програми. Я дуже рекомендую подаватися. І, звичайно, поділиться з колегами цією можливістю.

Спінальна м'язова атрофія (СМА), частина друга: лікування. Для кращого розуміння рекомендую попередній допис про СМА: лінк.

Раніше при 5q формі СМА, яка пов'язана із зниженням чи втратою експресії SMN1, існувало лише симптоматичне лікування, проте в попередні роки були cхвалені два препарати, що здатні модифікувати перебіг хвороби.

💉 Nusinersen (комерційна назва: Spinraza) — це перший препарат для лікування СМА, який отримав авторизацію FDA (2016 рік) та EMA (2017 рік). Раніше був відкритий intronic splicing silencer N1 (ISS-N1), фактор, який призводить до сплайсингу сьомого екзону пре-мРНК гену SMN2, через що цей ген сам не може продукувати достатню кількість функціонального білка SMN. Nusinersen є антисенс олігонуклеотидом до ISS-N1, через його блокування сьомий екзон залишається у складі мРНК, яка потім транслюється у повноцінний SMN.

💉 Onasemnogene abeparvovec (комерційна назва: Zolgensma) — це генна терапія, авторизована FDA (2019 рік) та яка розглядається EMA (лінк). Препарат є генетичним вектором, що базується на адено-асоційованому вірусі, і доставляє у клітини копію гена, здатну продукувати функціональний SMN. Цей вектор не є патогенним для людини та має тропізм до нейронів.

Чи є лікування СМА закритим питанням? На жаль, ні. Ефективність препаратів не є стовідсотковою, найбільш ефективні вони при ранньому призначенні. для дітей старше 12 років призначення Nusinersen може мати переваги, ефективність іншого препарату для дітей старше двох років невідома. Перший препарат вимагає введення раз на чотири місяці інтратекально протягом усього життя, обидва препараті мають серйозні побічні ефекти, зокрема у spinraza - нефротоксичність (лінк), у zolgensma - гостре враження печінки (лінк). Ціна spinraza за одну дозу - приблизно $125,000, ціна zolgensma за єдину необхідну дозу - більш за $2,000,000. Проте, це єдине доступне лікування, яке може запобігти розвитку симптомів хвороби.

🖥 Згідно з clinicaltrials.gov, наразі активні 11 досліджень в фазі І та ІІ, тому, можливо, терапевтичних засобів у найближчі роки стане більше. До того ж, ціна на наявну терапію, скоріш за все, знизиться з часом. Проте, можливо, це станеться лише після завершення терміну дії патенту.

Джерела:
1. Olaf A Bodamer Spinal muscular atrophy. UpToDate 2019
https://bit.ly/2rX9Z0X
2. Eric W. Ottesen ISS-N1 makes the First FDA-approved Drug for Spinal Muscular Atrophy. Transl Neurosci. 2017; 8: 1–6
https://bit.ly/2PsQDtI

#генетичні_хвороби