Молекулярна медицина та мережі
654 subscribers
143 photos
1 video
1 file
183 links
Автор: Олександр Петренко, дослідник @ Medical University of Vienna та CeMM.

Тематика: молекулярна медицина, системна біологія та біоінформатика, здобутки вчених-українців, важливе про науку. Усе буде 🇺🇦.

Зв'язок: @xander_petrenko
https://mutation.me
Download Telegram
Друзі, хочу поділилися посиланням на канал, на який я підписаний.

🧬🔬👩‍⚕️"Генетика курильщика" - канал від медичного генетика з Рівненського медико-генетичного центру. Люблю читати, бо там про "клінічне життя", а ще там смішні меми.
Ось така проста ілюстрація із декількома цифрами про рідкісні хвороби від організації з UK.

Джерело зображення: https://www.genomicseducation.hee.nhs.uk/
Попереду вихідні для нас (але не для наших клітин), тому тримайте позитивне про клітинну комунікацію
Сьогодні було оголошено лауреатів Нобелівської премії 2019-го року. В категорії "Фізіологія чи медицина" премію розділили троє вчених: William G. Kaelin Jr, Sir Peter J. Ratcliffe та Gregg L. Semenza.

Нагороджені вони "за їх відкриття того, як клітини відчувають і пристосовуються до наявності кисню".

Подивитися пряму трансляцію анонсу, стислу презентацію про відкриття та інтерв'ю можна на офіційному сайті Фонду Нобеля:
https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2019/summary/
Хижацькі журнали

Бувають різні "листи щастя". В одних вам пропонують отримати у спадок від Нігерійського принца мільярд грошей, а в інших — опублікуватися у Scopus/WoS/ДАК виданні дуже швидко й за певну суму. Хоча останні листи схожі на такі, що мають відношення до науки, насправді ці два різновиди приблизно однакові.

Хижацькі журнали — це такі, де майже відсутні редакторська політика та peer review. Вони існують лише для того, щоб заробити грошей на довірливих авторах чи псевдонауковцях, закритися, а потім відкритися під новим ім'ям.

Іноді вчені тролять такі журнали. Ось, наприклад, журнал "IOSR Journal of Pharmacy and Biological Sciences" прийняв до публікації статтю "Новітні засоби боротьби з міжгалактичними паразитами та їх передача в моделюванні Зігеріона".

Фанати серіалу "Рік та Морті" вже здогадалися, про що ця стаття, а для всіх інших наведу декілька цитат:
-"We introduce the Magnetic Oddities Radiation TherapY (MORTY) which has never been explored by the scientific community"
-"The Inter-galactic parasitic infection Schlodomoniasis can be chemically induced by Tartaric acid (chemo-convulsants agent). "
-"Inter-galactic parasites carry a whole lot of turbulent juice which can cause several health complications. "
Повна версія статті: https://bit.ly/2BdfRUR

Скоріш за все, справжнє дослідження з подібного журналу ніколи не прочитають та не процитують. На жаль, в Україні таких журналів дуже багато. Журналів, які взагалі хоча б індексуються Scopus/WoS на всю країну біля 118, з них сім медичних, а найбільший показник цитування серед них — 0,366. Це означає, що за останні два роки кожну статтю процитували в середньому 0,366 рази. (https://bit.ly/2MyOutC)

Тому, коли ви бачите поважних професорів чи молодих вчених, які пишуть, що мають 100500 публікацій і кілограм патентів, перед тим, як кланятися науковому божеству, перевірте, в яких саме журналах опубліковані їх роботи.

Бажаю вам публікацій лише в гарних журналах і не хворіти.
🔬🧬💊 Доволі часто друзі та колеги запитують про мою PhD програму. Вирішив написати лонгрід про це на каналі.

Розпочну з того, що в цей інститут, Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences (далі — CeMM), я пройшов з другої спроби. У 2018-му році я не пройшов через один з етапів відбору. Хоча паралельно я подавався до інших місць, а у 2019-му отримав ще одне запрошення, я вирішив працювати в CeMM. Чому?

Я добре розумію власні професійні сильні та слабкі сторони. Хоча ступень M.D. дає певних переваг щодо участі у трансляційних дослідженнях (тобто таких, де фундаментальні дослідження проводяться для наступного використання їх результатів у клінічній медицині), я в певних речах слабкіший кандидат за, скажемо, молекулярного біолога чи біохіміка. Одною з причин мого фокусу на CeMM було те, що PhD програма тут включає вступний курс, щоб знайти пропуски у знаннях та дізнатися, що відбувається у суміжних напрямах.

Взагалі, це один з небагатьох інститутів, де відверто писали, що зацікавлені в кандидатах з дуже різним профілем. Так, один інститут у Франції, де у 2018-му шукали кандидатів на PhD програму з вимогою "MSc in life sciences or related fields", відмовив мені, бо, як виявилося, їм на цю позицію підходив лише біолог, а чого хтось таке написав — не знають. Буває і таке. У CeMM разом зі мною почали програму люди із наступними бекграундами: біологія, медицина, біомедична інженерія, математика, хімія.

Хоча я і є частиною CeMM, я відношусь до Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases. Це партнерський інститут, до напряму якого належить тематика мого проєкту. А ще я зареєстрований у Medical University of Vienna, бо там я проходжу частину курсів і моя програма формальна акредитована через цей університет. Перші декілька тижнів я намагався зрозуміти цю потрійну афіліацію, проте зараз мені здається ця система цілком логічною.

Відразу після приїзду в серпні я зміг попрацювати в експерименті з PhD проєкту моїх колег з лабораторії, а до кінця жовтня мій розклад виглядає так: з 9:00 до 17:00 вступний курс з семінарами та лекціями в CeMM, з 17:00 до 19:00 — обов'язковий курс по клітинній та молекулярній біології для медиків у MedUni, на який також ходять лікарі-резиденти та MD-PhD. Все це я намагаюсь балансувати із курсами німецької, зустрічами в лабораторії та додатковим журнальним клубом, який я вирішив взяти у цьому семестрі. А з листопаду в мене розпочнеться ротація в іншій лабораторії.

Ідея така, що, окрім PhD тези та публікацій, в мене за чотири роки повинна бути набрана певна кількість ECTS, які враховуються за курси, семінари та журнальні клуби. Перший семестр більш-менш детермінований, проте далі свобода і можна обирати найбільш релевантні курси.

Зараз я працюю над планом проєкту, перші кроки буду робити ближче до кінця року, а навесні буду захищати його перед PhD committee, від рішення якого буде залежить, чи продовжать мені контракт, чи буде проєкт саме таким, як я запланував, тощо.

Мені подобається такий графік, бо завжди продуктивно зайнятий. А ще подобається те, що цей інститут — це не "палац страху", який я часто бачив раніше, а місце із потужною робочою культурою. Деякі речі в мене, як у людини зі Східної Європи, й досі викликають розрив шаблону. Наприклад, сьогодні вечірню лекцію по протеоміці читав науковий директор інституту, якій, в розмові після заходу, подякував за те, що відвідав його лекцію.

На сьогодні все, на добраніч. Піду аналізувати статтю для завтрашнього журнального клубу та буду радий новим запитанням!
🧠❤️👐💻👨‍🔬
PhD позиція: де шукати та що робити?

Про наукову кар'єру я почав думати після третього курсу, коли в медичному університеті закінчилися фундаментальні дисципліни та почалися клінічні. З якоїсь причини мені було цікавіше вивчати мутації в генах, що кодують аквапоріни, ніж резекцію шлунку за Більрот-2. Публікую посилання на кращі, на мій погляд, ресурси для пошуку PhD позиції.

1. academicpositions.com — простий сайт з доволі детальними фільтрами, де є позиції з багатьох університетів ЄС. Власне, там свою позицію і знайшов.
2. linkedin.com — професійна соціальна мережа, де, серед інших робіт, можна знайти багато пропозицій PhD чи research assistant. Проте, переважно з США. Якщо в вас ще немає там акаунту, дуже рекомендую.
3. ec.europa.eu — PhD позиції для дослідників початкового рівня, які фінансуються програмою ЄС "Marie Skłodowska-Curie Actions".
4. daad.de — якщо шукаєте позицію у Німеччині. Є багато англомовних PhD.
5. google.com — звучить банально, проте там ви точно не пропустите жодного інституту. Зверніть увагу: щоб підвісити шанси щось знайти, шукати потрібно з операторами пошуку (погуглить їх). Наприклад: "PhD position" AND "liver" AND ("rare diseases" OR "genetic diseases") із фільтром за часом публікації.
6. ncbi.nlm.nih.gov/pubmed — більш неформальний спосіб, проте багато моїх знайомих дослідників його рекомендували. Якщо ви шукаєте позицію за дуже специфічним напрямом, ви можете написати напряму науковим керівникам, з лабораторії яких була зроблена публікація, й сказати, що хотіли б працювати в їх групі. Зазвичай керівник є останнім у списку авторів.

Хоча цей перелік не є абсолютним, інші ресурси для мене не були результативними. До того ж, має сенс визначити групи, де ви бажали б працювати, та моніторити їх сайти/сайти їх інститутів. Й ще декілька порад:

- Заздалегідь плануйте, як будете презентувати себе, якщо дійдете до інтерв'ю. Якщо ви медик, навіть не сумнівайтесь, що одне з питань може бути: "чому ми повинні взяти вас, а не біолога?";
- Навчитися лабораторним навичкам — ваша відповідальність. Іноді має сенс спочатку заробити грошей та поїздити на стажування, щоб навчитися тому, що не розповсюджене в Україні (NGS, single cell, CRISPR screen, flow cytometry, нові різновиди мікроскопії, тощо). Можете навіть не сумніватися, що майже всі кандидати з ЄС будуть володіти базовими техніками, а деякі вищеперелічені навички можуть надати вам переваг;
- Проте і в Україні ви можете багато чому навчитися (наприклад, можете приєднатися до нас у GenomicsUA та вивчати біоінформатику);
- Подавати лише правдиву інформацію, бо, якщо пройдете, вам з цими людьми ще ~4 роки працювати;
- Напрям проєкту, що вам цікавий > можливості поїхати за принципом "будь-куди".
- Починати шукати рано, планувати, що пошук може зайняти декілька років й не дуже сильно розчаровуватися після відмов. Наприклад, в мене було біля 30 відмов, що, за сучасним розумінням, відносно небагато.

На цьому все. Якщо бажаєте робити кар'єру в науці, бажаю вам успіхів з пошуком позиції!
А свої запитання можете писати мені сюди: @a_petrenko
Щойно з'явився вільний час, вирішив почитати щось із відкладеного. Ділюся посиланням на одну з найцікавіших оглядових робіт, що я читав: "Why nature chose phosphates." (Westheimer FH., Science, 1987). https://bit.ly/32sFlto

Хоча ця стаття опублікована декілька десятків років тому, я отримав багато інформації стосовно питань, що з'явилися в мене за останні декілька років. Наприклад, в чому еволюційна перевага від використання іонізованих метаболітів? Чому РНК-віруси досі існують, хоча РНК менш стабільна за ДНК? Чому наші клітини використовують багато фосфатної кислоти, а не силікатної, хоча останньої більше у природі?

Якщо любите біохімію, отримаєте задоволення від статті. А мені тепер доведеться читати огляд від 2013-го року "Why nature really chose phosphate." (https://bit.ly/2pzHSDr), щоб дізнатися, що змінилося в нашому розумінні за цей проміжок часу.
У мене доволі хаотичний розподіл робочого часу, бо мені здається, що ввечері чи вночі я працюю більш продуктивно. Тому креативні чи складні завдання я намагаюсь залишити на цей час.

Мені зазвичай щастить на керівників. Так, під час стажування у лабораторії з молекулярної генетики, мій ДНК-сенсей сказав: "праймери не працюють до 10:00, тому можеш не приходити раніше".

Наразі проходжу ротацію в лабораторії, де працюють з біологічними мережами/теорією графів. Мені цей принцип ще ніхто не озвучив, але, як я зрозумів, раніше 9 години будь-який написаний код буде містити помилки, тому не має сенсу починати надто рано.

Добре висипайтеся й адекватних вам керівників, а не усе це "сидіти-з-9-до-17" (коли це можливо).

І тримайте ще мем з Грегором Менделем.
Хвилинка (де)мотивації, коли сидиш (буквально) над статтею для журнального клубу на вихідних, а десь там, за вікном, бігають діти, тече Дунай та погода ще не така погана 😈

Кожній лабі по біговій доріжці!
Я люблю нові технології.

Наприклад, мій додаток для перевірки правопису, проаналізувавши конспект лекції, визначив, що я займаюся якоюсь печальною дурницею 😿
Певні результати фундаментальних досліджень не вдається транслювати у клінічну медицину. Тому є багато причин: відмінності метаболічних шляхів людини та лабораторних тварин, неправильно підібрана модель хвороби, щось досі нам невідоме про її перебіг, тощо.

Хоча фундаментальні дослідження стоять за майже будь-яким медичним втручанням, пам'ятайте, що завжди є ризик невдачі далі. Навіть у самих "хайпових" випадках.

Бо багато чого може вбити клітини у чашці. Наприклад, вогнепальна зброя.

Джерело зображення: xkcd.com
Чудова назва для чудового дослідження! 🦠🔬

Посилання: https://www.nature.com/articles/cdd201456
Колега з Інституту фізіології ім.О.О. Богомольця розповіла про захід, ділюся.

У грудні ГО "Українська вища медична школа" проводить у "Добробуті" в Києві курс з імунології, обіцяють фундаментальні лекції та клінічні кейси. Приблизно половину лекторів я знаю особисто, думаю, буде якісний курс.

Якщо вам цікава імунологія, то ось посилання:
https://www.facebook.com/events/2180510828925070/
Щойно побачив препринт публікації про повногеномний пошук асоціацій (GWAS) при право- та ліворукості.

Погані новини, у цьому дослідженні знайшли позитивну кореляцію між варіантами, що характерні для ліворукості, та деякими психіатричними розладами 🙀

GWAS-дослідження треба інтерпретувати дуже обережно, тим більше це поки що лише препринт. Проте цікаво.

(а взагалі, чи існує цей канал насправді, чи моя свідомість вас вигадала?)

Посилання: Genome-wide association study identifies 48 common genetic variants associated with handedness
Цього п'ятничного вечора сприймаю корисну інформацію на конференції з Single Cell Analysis, ділюся з вами двома цікавими інсайтами.

1. Цитата Льюїса Волперта, який досліджував біологію розвитку: "Насправді найважливіший час вашого життя - це не народження, весілля чи смерть, а гаструляція". Першоджерело: "An interview with Lewis Wolpert."

2. Цитата одного зі спікерів (коментує експеримент): "we didn't do it really right, since I don't know how to do it right, so we did it somehow". Це те, за що я люблю науку.

Сподіваюся, що ваш вечір п'ятниці не менш продуктивний!
👩‍🔬👨‍🔬🔬🧬🦠🍻
👨‍🔬👩‍🔬 В інституті, де я працюю, розпочався набір на PhD програму 2020. Цього року маємо 15 повністю профінансованих позицій у партнерських інститутах Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences (CeMM) та Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases (LBI-RUD).

Загальний напрям програми: "Molecular Technologies and Systems Medicine". Фокус на тематичних напрямах: Infection, Immunity, Metabolism, Cancer, Rare Diseases, Network Medicine, та Design Chemistry.

Ви можете подаватися, якщо вам цікавий напрям, ви володієте відмінною розмовною та письмовою англійською, та маєте бекграунд у медицині, біології, хімії, біоінформатиці, Computer Science, інженерії, фізиці, математиці, чи будь-яку іншу наукову/технічну релевантну освіту. Так, це насправді дуже мультидисциплінарне місце.

Дедлайн: 31 січня 2020. Більше деталей за посиланням: https://bit.ly/phd-2020-molmed

Пишіть, якщо у вас є запитання. І не забудьте поділитися з колегами.
Коли ти працюєш, але Google Docs налаштований романтично 😻