Деякі факти про муковісцидоз (МВ):
📌 генетична хвороба, виникає коли обидві копії гену CFTR представлені патогенними варіантами;
📌 хворіють біля 70000 людей у світі;
📌 симптоми виникають тому, що білок CFTR втрачає можливість ефективно пропускати іони хлору;
📌 вражається багато органів, зміна складу слизи спричиняє розвиток хронічних персистуючих інфекцій, що є ведучою причиною смерті;
📌 людям з МВ рекомендується обмежити контакти один з одним, аби зменшити ризик перехресної контамінації.
Але чи знаєте ви, що люди з МВ ризикують також, коли відвідують заходи, пов'язані з МВ?

Організація Cystic Fibrosis Worldwide розробила гігієнічні рекомендації для людей з МВ, щоб знизити ризики інфікування.
Читати:
🇺🇦 Українською https://bit.ly/2Lv3Ro8
🇬🇧 In English: https://bit.ly/2KWl7mD

👩‍🔬👨‍🔬 Не забудь поділитися з колегами та знайомими!

🖥 Long-Read Sequencing Emerging in Medical Genetics T. Mantere, S. Kersten and A. Hoischen
Журнал: Frontiers in Genetics
https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00426

Цьогорічна оглядова стаття про використання секвенування з довгими рідами в медичній генетиці. Деякі повтори та складні елементи геному важко проаналізувати, використовуючи методи з короткими рідами. Автори приводять, в яких ситуаціях технології з довгими рідами (в середньому >10кб) мають перевагу.

Я люблю лонгріди й скоро підготую один для каналу.
Про що б ви хотіли прочитати найбільш?

💊 — клінічний випадок
🧬 — про споживчу геноміку (consumer genomics)
🔬 — про дуже рідкісну хворобу
🦠 — про древні віруси, що інтегрувалися в наш геном

P.S: через баг деякі опції реверснулися та йдуть в негативну сторону, буває :)

Знайшов цікавий подкаст. Інтерв'ю з людиною, яка займається адвокацією для пацієнтів з рідкісними хворобами, має випадок хвороби Гантінгтона у родині та сам є носієм патогенного варіанту.

Прослухати можна тут:
https://www.google.com/podcasts?feed=aHR0cDovL3d3dy5kbmFwb2RjYXN0LmNvbS9lcGlzb2Rlcy9yc3MueG1s&episode=NGZmYjQ1ZjZlNGIwNjIwY2FmOTBkOGI2OjU3ODQ2MTBmM2Y0MDU4MTQyMmVhYmM5Mzo1YzljMWE1NWViMzkzMTMwOWEwZmFhY2Q

В моєму опитуванні у квітні 2018-го лише близько однієї п'ятої з невеликої вибірки були проти редагування генів ембріонів. А в опитуванні на каналі проти на цей момент не проголосував взагалі ніхто, розділилися лише за принципом чи в цілому дозволити, або використовувати в дуже обмежених випадках.

Хотілося б зробити висновок, що наша спільнота, взагалі, прогресивна в питаннях нових технологій та генної інженерії, але моя вибірка не є репрезентативною. Скоріш за все, ви просто полюбляєте генетику і слідкуєте за новинами 🐶🐱

До речі, я робив невеличку публікацію в одеському журналі з приводу народження перших дітей, генетично модифікованих за допомогою CRISPR. Даю лінк. Якщо цікаво, в майбутньому опублікую мій погляд на "за" та "проти" редагування генів людських ембріонів.

Стаття "В Китае родились первые генетически модифицированные дети. И это вызывает вопросы" для журналу "Про|странство": https://bit.ly/2YvIWF3

У науково-популярних лекціях про рідкісні хвороби я часто посилаюся на це дослідження. Воно про мітохондріальні хвороби, але надає інформацію, як складно взагалі пацієнтам з рідкісними хворобами буває отримати правильний діагноз.

Які симптоми мали найчастіше пацієнти з підозрою на таки хвороби? Хто зміг встановити вірний діагноз? Скільки всього лікарів їм прийшлося пройти до правильної діагностики?

Про це читайте в статті "Діагностична одіссея пацієнтів з мітохондріальними захворюваннями. Що з діагностикою, хто ставить діагноз і деякі цифри"

🇺🇦 https://bit.ly/2LBA516
🇬🇧 https://bit.ly/2RV7GnL

👩‍🔬👨‍🔬 Поділись з колегами!

Генетичні вихідні 🔬🧬
Щоб вихідні пройшли з користю, пропоную підбірку тематичних матеріалів з генетики.

1. 🖥 Careers in Genetics: Genetic Counseling - https://www.youtube.com/watch?v=QZgbhDKGCGk
Чи знали ви, що в певних країнах є окремі ступені: клінічний генетик та генетичний консультант? Ми обов'язково поспілкуємося про це на каналі в майбутньому, а поки що пропоную подивитися лекцію про генетичних консультантів: хто це, які функції такого фахівця та як отримати цю ступінь в країнах, де вона наявна.

2. 🎙 Bibaswan Ghoshal on the Human Microbiome https://bit.ly/2XrgMyM
Це подкаст з біоінформатиком з Торонто про мікробіом людини: чому це важливо, які техніки використовуються для його вивчення, які проєкти та дослідження найбільш цікаві в вивченні мікробіому.

3. 📋 Ilio Vitale et al. Macrophages and Metabolism in the Tumor Microenvironment
https://doi.org/10.1016/j.cmet.2019.06.001
Важливу роль задля пухлинної прогресії грають пухлино-асоційовані макрофаги (ПАМ), які є складовою мікрооточення пухлин. Але ПАМ також можуть бути ключем до протипухлинної терапії. В цій оглядовій публікації наводяться данні про біологію ПАМ та пояснення, чому вони можуть бути важливою ціллю протипухлинної терапії.
Якщо немає доступу до цієї публікації, спитайте про pdf-ку у автора каналу.

👩‍🔬👨‍🔬 Поділись з колегами!

У лабораторію в Німеччині терміново шукають PhD студента. Напрям досліджень: вторинні месенджери ціанобактерій.

Деталі у pdf-файлі. Вакансію буде закрито у найближчий час, тож, подавайтесь, або поділиться з колегами, яким це може бути цікаво.

🧬🔬 Сьогодні на біологічному факультеті ОНУ ім. Мечникова розпочнеться літня школа "Perspectives in Biomedicine with a Focus on Cancer Immunotherapy", яка проводиться за підтримки організації German Academic Exchange Service (DAAD). Сайт школи: https://daadschool.onu.edu.ua/

Реєстрація на місці розпочнеться о 14 годині, я не пройшов попередню реєстрацію, тому буду вільним слухачем :)
Хто ще буде — пишіть, зустрінемося.

Спінальна м'язова атрофія (СМА) — це рідкісне захворювання, що успадковується за аутосомно-рецесивним типом. Пов'язано з порушенням функції гену SMN1.

Генетика цього захворювання незвичайна та пов'язана з функціями двох генів, втрата яких є летальною. Гени SMN1 та SMN2 ідентичні на 99,9 відсотків: функціональною різницею є заміна одного нуклеотиду в сьомому екзомі. В гені SMN1 присутній нуклеотид C, а в SMN2 — нуклеотид T. Це важливо для сплайсингу і призводить до того, що мРНК, експресовані з гену SMN2, не містять в собі інформації з сьомого екзону. Білок з такої мРНК буде менш стабільним і його активність буде знижена. Тому генетичні варіанти, яки призводять до значного зниження чи втрати функції SMN1, будуть призводити до виникнення СМА, попри те, що з гену SMN2 буде експресуватися невелика кількість білку.

Цей білок називається SMN (survival of motor neurons). Він присутній у багатьох клітинах і особливо важливий для функціонування і виживання мотонейронів, зокрема від здатен пов'язуватися з невеликими ядерними рибонуклеопротеїнами (snRNPs) та забезпечувати їх збірку. Саме недостатком цього характеризуються особливості хвороби: загибель мотонейронів та пов'язана з цим атрофія м'язів. Виділяють різні типи СМА, які відрізняються за прогнозом, віком початку симптомів, ураженням груп м'язів. Прочитати про типи можна детальніше на сайті National Organization for Rare Disorders (США).

В наступних публікаціях розберемо сучасні дослідження щодо лікування.

Зображення з публікації "Therapeutic strategies for spinal muscular atrophy: SMN and beyond". Пояснення: FL — full lenght, білок з повною послідовністю; SMNΔ7 — білок без інформації з сьомого екзому.

#генетичні_хвороби

Заява на фінансування наукового проєкту.

Коли ти PhD студент: "мій проєкт унікальний тому, що... цю методику ще ніхто не застосовував... раніше ми розробили новий підхід..."

Коли ти Нобелівський лауреат Отто Варбург: "мені потрібно 10 000 марок"
(судячи з публікації в Nature, фінансування було надано).

В одній з лабораторій інституту, де я буду працювати з серпня, відкрита позиція в магістратурі. Дуже рекомендую подаватися.

Тема: Biomedical Informatics and Precision Medicine
Де: Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Vienna
Дедлайн: 31-го серпня.
Зверніть увагу: для аплікації треба надати декілька рекомендацій, враховуйте це і не чекайте останнього дня, щоб встигнути.
Деталі: https://cemm.jobbase.io/job/gaw4on1f

❔Варіант, поліморфізм, мутація?

Напевно, ви зустрічали в літературі інформацію щодо цих термінів. Де мутацією називалася стійка заміна у послідовності нуклеотидів, а поліморфізмом — варіант гену, який зустрічається в популяції з частотою понад 1% та зазвичай не призводить до захворювань.

American College of Medical Genetics and Genomics, разом з Association for Molecular Pathology опублікували у 2015 році стандарти та рекомендації з інтерпретації варіантів, отриманих після секвенування.

При аналізі отриманих після секвенування данних пропонується замінити ці терміни на термін "варіант". Варіанти бувають наступні:
1️⃣ Патогенний;
2️⃣ Ймовірно патогенний;
3️⃣ Неясного значення;
4️⃣ Ймовірно доброякісний;
5️⃣ Доброякісний;

Тобто, коли ви працюєте з людиною з мутацією F508del у гені CFTR (найчастіша мутація, що призводить до муковісцидозу, коли вражаються обидві копії гену), це значить, що у пацієнта є патогенний варіант гену CFTR. Щоб дізнатися це, потрібно скористуватися базою даних, наприклад, ClinVar: https://bit.ly/2JvOKZ3 (посилання на інформацію про F508del).

Рекомендую проглянути цю публікацію, де вказані критерії різних варіантів та наведені приклади:
https://bit.ly/2Xx9ERr

👩‍🔬👨‍🔬 Не забудьте поділитися з колегами!

На DAAD-школі з імунотерапії в Одесі наразі йде лекція про кар'єрні шляхи після отримання ступеню в life sciences. Побачив там цікаве зображення. Не є абсолютним переліком, але вам може бути цікаво.

Джерело: University Affairs, "Academe and industry are not your only career choices as a life sciences scholar"

Ранкова розминка на звичайній конференції: колеги, встаньмо у коло, зробимо декілька фізичних вправ.

Ранкова розминка на конференції з імунології: колеги, я бачу, ще не всі прокинулися. Давайте швиденько перерахуємо кластери диференціації та цитокіни...

P.S: а щоб канал не був цілком у меми, тримайте ще оглядову публікацію про цитокіни:
📋M. Akdis et al. Interleukins (from IL-1 to IL-38), interferons, transforming growth factor b, and TNF-a: Receptors, functions, and roles in diseases

Декілька днів тому відвідав зустріч з кар'єрного консультування. Між іншого, почув про #цікаве і тепер ділюся.

Вочевидь, усі люди різні. Ваші колеги-науковці у лабі чи клінічному відділенні, скоріш за все, мають різні цілі та бажання. Я передивився декілька публікацій з "класифікаціями" науковців і пропоную вам мій допис на цю тему.

(дисклеймер: таких "класифікацій" є over 9000 й це не варто сприймати серйозно; за доказовістю це близько до астрологічного прогнозу, а реальність, вочевидь, складніша за них)

💼Дослідник-підприємець. Використовує підходи і інструменти для керування проєктами, які є також характерними для комерційних компаній. Прагне до лідерства, звертає увагу на фінансові показники роботи, намагається зрозуміти, що бажає споживач, будь то клієнт компанії чи платник податків. Може прагнути відкрити R&D-компанію, стартап чи інакше комерціалізувати розробки.

🎭Дослідник-публічна особа. Читали науковий блог чи бачили виступ вченого на TED? Скоріш за все, це такі люди. З одного боку, вони підвищують інформованість людей про свою галузь науки, з іншого — платник податків, можливо, зрозуміє, навіщо взагалі фінансується наука. Це можуть бути інфлюенсери чи відомі особи, яких часто запрошують для коментарів на ток-шоу.

👨‍🏫Дослідник-вчитель. Для такого дослідника трансфер знань є дуже важливим, отримує особливе задоволення від роботи зі студентами, аспірантами, чи з непрофесіональною аудиторію через освітні проєкти. Деякі, після певного кар'єрного етапу, вирішають працювати у школі чи як лектор в інституті.

🏛Дослідник-регулятор. Крім власне досліджень, цікавиться регуляцією нових технологій і, взагалі, політичними аспектами науки. Такі вчені можуть йти у політику чи працювати у біоетичних комітетах, брати участь у робочих групах парламенту, тощо.

📐Дослідник-розробник. Такому вченому важливо, щоб наукові проєкти якомога частіше знаходили використання: нова молекула з терапевтичним потенціалом, нові матеріали, що дозволять будувати більш ефективно. Пошук наукового надихання розпочинає з аналізу проблем, на які, можливо неефективно, витрачається багато ресурсів чи які взагалі ще не розв'язані.

🔬Дослідник допитливий. Понад усе інше, цікавиться роботою у своїй лабораторії, бо бажає дізнатися, як працює щось раніше невідоме. Підтвердити чи спростувати гіпотезу — основні кар'єрні пріоритети, буде думати про це і після роботи.

А до якої категорії найближче ви?

Написано за мотивами "10 types of scientist" від The Science Council (UK)

#генетичне.
❓Коли спілкуюсь з пацієнтами чи колегами-лікарями, часто звучить питання: "навіщо тестуватися, якщо все одно нема лікування?". Маю дещо про це сказати.

1️⃣По-перше, для певних генетичних станів лікування існує. Приклади:
- лист препаратів для орфанних захворювань, схвалених FDA USA: https://bit.ly/2SlH3Zn
- перелік захворювань, для яких характерно порушення інтелекту, і для яких існує лікування: https://bit.ly/2XS0CJT (цей систематичний огляд ведуть лікарки з дитячого госпіталю у Ванкувері, Канада)
- перелік клінічних досліджень генної терапії, кожне з яких потенційно може вилитися у дозволене лікування певного генетичного стану: https://bit.ly/2Sk2TMQ

2️⃣По-друге, розрахувати ризики. Часто буває так, що батьки планують наступні вагітності, чи сам пробанд, щодо якого виконується тестування, бажає знати ризики для власних дітей у майбутньому. Якщо дізнатися причину генетичного стану, можна надати консультацію такому пацієнту задля більш зваженого рішення. Зокрема, існують опції запліднення in vitro з подальшим генетичним тестування ембріонів, щоб виключити настання вагітності ембріоном, який є носієм патогенного варіанту. Це може бути важливим, коли прогноз для життя несприятливий.

3️⃣По-третє, пробанду та батькам важливий прогноз щодо працездатності і життя. Не всі генетичні стани мають несприятливий прогноз, тому варто надати достовірну інформацію пацієнтам під час консультування.

❓Буває, що діагностика генетичних станів потребує використання дорогих методів (наприклад, секвенування екзому дитини та батьків). Чи завжди вдається знайти причину?

Ні. Наприклад, ми ще не маємо даних, чи може бути пов'язаний певний генетичний варіант з наявними симптомами. Чи ми знайшли генетичний варіант неясного значення і неможливо дослідити матеріал батьків, щоб порівняти. Тоді є сенс зробити повторний біоінформатичний аналіз отриманих даних через певний час, наприклад, через рік: можуть бути опубліковані нові дані про цей варіант.

Ще може бути так, що варіант не знайдено через технічні обмеження наявних методів. Наприклад, причина генетичного стану є через мутації ділянки геному, який складно секвенувати чи аналізувати (тандемні повтори, тощо). Також можуть бути помилки під час підготовки бібліотек для секвенування і обробці даних.

🧬У будь-якому разі, пацієнти мають право отримати інформацію щодо можливостей тестування, можливих результатів, можливих опцій лікування, а також бути консультованими щодо ймовірностей не знайти причину чи не мати наявного лікування.

Цієї неділі ми з командою хостимо вебінар "Сучасна біотехнологія і фарміндустрія. Можливості для біологів, хіміків та математиків". У прямому етері буде Юлія Ситнікова, постдок-дослідниця з Harvard Medical School.

Більше деталей щодо трансляції буде написано на каналі нашої організації, @GenomicsUA. Ну і я ще раз вам кину анонс за певний час до початку.

Друзі, нагадую, що сьогодні о 20:00 відбудеться вебінар з кар'єрних можливостей у біотех/фарм.індустрії.

Посилання на трансляцію: https://youtu.be/MSuzlQqV9yo
Чат трансляції: t.iss.one/genomicsuawork

Під час вебінару залюбки будемо відповідати на ваші запитання, щоб ми їх точно побачили пишіть у коментарях під трансляцією чи в чаті Telegram. Чи мені на @a_petrenko, бо я буду допомогати Юлії вести трансляцію.

Побачимось ввечері!

P.S: для лікарів, які працюють у дослідженнях та якім цікаве R&D, теж актуально :)

P.P.S: запис трансляції буде доступний за тим самим лінком.

Химерний ген —> химерний білок. А що це, взагалі?

Час від часу в клітинах відбуваються хромосомні аберації, наслідком яких є відхилення кількості хромосомної ДНК. Структурні порушення хромосом, у першу чергу транслокації, можуть привезти до формування гібридних генів та білків. В літературі ви знайдете їх під назвою "fusion gene" та "fusion protein" відповідно.

Як це виглядає? Представмо собі звичайну хромосому 9, на якій розташований ген ABL1, і звичайну хромосому 22, на якій розташований BCR.
🧬Chr9, p.34, екзони ABL1:
b1—b2—b3—b...
🧬Chr22, q.11, екзони BCR:
a1—a2—a3—a...
🧬Через транслокацію, яка буде записана як t(9;22)(q34;q11), сформується химерний ген, BCR-ABL1:
b1—b2—b3—a2—a3—a...
Цей ген буде мати варіант b3-a2, відповідно до точки поєднання. Певні варіанти мають кращій чи гірший прогноз для перебігу хвороби.

Продукт BCR є серин/треонін-кіназою, функції якої вивчаються, а продукт ABL1 є тирозин-кіназою, яка має значення, зокрема, для поділу клітини. Білок BCR-ABL1 є тирозин-кіназою, який впливає на сигнальні шляхи, наприклад JAK/STAT, RAS/MAPK/ERK, стимулює проліферативну активність клітини та пригнічує апоптоз, впливає на регуляцію транскрипції, репарацію ДНК, тощо.

У даному прикладі описане формування "філадельфійської хромосоми", яка впливає на розвиток декількох різновидів лейкемій, зокрема хронічної мієлоїдної лейкемії. Її наявність має значення для постановки діагнозу та для тестування пацієнтів з мінімальною резидуальною хворобою (тобто задля пошуку злоякісних клітин, які можуть залишатися після лікування). Також у пацієнтів з лейкемією, в яких наявний BCR-ABL1, є додаткові опції лікування за допомогою інгібіторів тирозинкіназ, зокрема іматинібом, дазатинібом, нілотинібом, тощо.

🖥На сьогодні описано біля прикладів 22000 химерних генів, існують бази з їх описом та клінічними випадками: Mitelman Database of Chromosome Aberrations and Gene Fusions in Cancer та FusionGDB. Роль багатьох з них ще не вивчена достатньо, так що ви можете знайти щось цікаве вивчаючи їх.

Сподобалось? Поділись з колегами! 👨‍⚕️👩‍⚕️
Є питання? Пиши: @a_petrenko 📲
#генетичне