Дивлюся зараз: e-школа 2020 від European Society for Gene and Cell Therapy, доповідь про синтетичні вектори для генної терапії. Ділюся для тих, кому ця тема цікава:
https://www.youtube.com/watch?v=Kfz5HlIHjKc

🧬🧬🧬

Серйозні люди: стіна біля робочого місця в сертифікатах та робочих протоколах.
Я:

Одна з лабораторій мого інституту шукає студента-магістра для написання магістерської дисертації, фінансована позиція терміном до року. Є і лабораторні, і обчислювальні проєкти. Деталі ось тут, поділиться з колегами:
https://cemm.jobbase.io/job/ichir29x

Про соціальні мережі та кар'єру

Якщо ви присутні та видимі в інтернеті, вас легше знайти потенційному рекрутеру в стартапі мрії, а вам легше підтримувати зв'язок з мережею колег. Ну, окрім випадків, якщо ви Дженніфер Дудна, тоді вас будуть всюди запрошувати незалежно від цього.
Має присутність і зворотну сторону, наприклад, якщо ви працюєте в тоталітарному бараці, або якщо вам важко втриматися від публічного розголошення конфіденційної інформації.

Після знайомства на заходах студенти часто фоловлять мене в Інстаграмі, рідше в Фейсбуці, і майже ніколи в Лінкедіні чи Твіттері, і мене це дивує, бо соціальні мережі, окрім останніх двох, навряд чи колись вплинуть на їх кар'єру. Я бачу внесок десь таким:
LinkedIn > > > Twitter > > > > > > > > > > > > > > > > Facebook > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Instagram та інше.
Пояснюю, чому.

LinkedIn — це соціальна мережа для професійних контактів. Коли в інноваційного біотех стартапу виникає потреба знайти собі спеціаліста для розробки нової генної терапії, їх HR виходить в інтернет шукати. І йдуть вони не у фейсбук, до пабліка Histopathology memes for anaplastic teens (хоча там й круті меми), а на LinkedIn. Там вони, по-перше, публікують інфу про відкриту позицію, а по-друге, шукають кандидатів, в яких вказані релевантні навички. І коли вони фоловлять того чи іншого фахівця з галузі, в рекомендаціях їм в першу чергу показуються так звані "1st connections", або "друзі". Тому має сенс зробити там аккаунт і тримати його актуальним, як міні-CV, і фоловити та френдити тих людей з вашої галузі, кого ви знаєте.
Хінт: ця соцмережа ще й добрий інструмент, щоб подивитися, а які взагалі навички та умови роботи бувають на тих позиціях, де б ви хотіли працювати. Шукати можна по конкретній країні, чи глобально (див. скріншот).

Twitter — окрім кумедних статусів, там є велика присутність вчених, інститутів, наукових журналів. Для мене це парадокс, бо найбільш інтелектуальне суспільство віддає перевагу формату спілкування з обмеженням у 280 символів, але факт є факт. Бажаєте знати, що роблять професори з сусідньої (або конкурентної) лабораторії? Великий шанс, що вони про це пишуть у Твіттері. Наукові публікації з топових журналів — анонси у Твіттері. Новини інститутів, які вам цікаві, також там. І навіть можна знайти відео того, як патолог робить вирізку з полікістозної печінки. Працюєте або цікавитеся чимось пов'язаним з наукою та технологіями — вам туди.

Ну а Інстаграм, Фесбук та інші мережі щодо кар'єри скоріш вторинні. Хоча і не зовсім непотрібні: не виключено, що моя рекомендація в цих мережах вам допоможе зафоловити в онлайні тих, хто вплине на вашу майбутню кар'єру.

Так що, реєструймося. Ну і раз вже ви тут, можемо френдитися: 1) https://twitter.com/xander_petrenko та 2) https://www.linkedin.com/in/xander-petrenko/.

Часто спілкуюся на тему того, як та що написати професорам та потенційним керівникам, якщо є бажання розпочати PhD програму в їх лабораторії. Зазвичай я не рекомендував чогось структурованого, бо писав сам такі листи без певної системи. Але ось колеги ретвітнули допис про це від Сари Еванс, професорки з Університету Мічигану:
https://docs.google.com/document/d/1QySXQInhl25Bj6CHYfElXMTFZSjTzpxvMF073QN4fWQ/edit

Якщо для вас це актуально — сподіваюся, це допоможе знайти позицію в групі, де ви зробите успішний PhD проєкт.

📼 Cup of Immunology опублікували запис нашої вечірньої зустрічі, подивитися можна тут:
https://www.facebook.com/cupofimmunology/posts/2520713074815993

Що роблять люди, які навчаються чи працюють в науках про життя:
❌ використовують останні вихідні літа, щоб насолодитися пляжем або піти в клуб;
✅ вивчають іспанську і патологію людини одночасно.

Enjoy: https://www.youtube.com/watch?v=K_TQI-bqFnQ

Написав невелику замітку про українську антарктичну станцію "Академік Вернадський" та про те, навіщо нам взагалі досліджувати Антарктику. Писав англійською, бо у світі про нас мало знають, тому можете поділитися зі своїми іноземними друзями:
1) У фейсбуці
2) На ЛінкедІн

Цікавий огляд з генетики людських хвороб і стан галузі на сьогодні, рекомендую:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7405896/

Люди з наук про життя: працюють, щоб краще зрозуміти природу і розробити нові ліки.
Люди з інтернету: роблять справжню науку.

Бажаєте працювати в передовій науці, але в вашому навчальному закладі при фразі "next generation sequencing" просять не виражатися грубо? Мрієте досліджувати долю клітин при різних захворюваннях, але на сотню тисяч студентів приходиться лише одна пристойна лабораторія клітинної біології?

Вихід є! Вчить гістологію та патологію.

Ви навіть не уявляєте, скільки досліджень у 2020 використовують гістологічні та імуногістохімічні методи. Це використовують, коли:
+ потрібно дослідити, де є вірусні антигени (інфекції? Ефективність генної терапії?);
+ потрібно підтвердити, що певні клітини експресують маркер інтересу (знайшли новий потенційний біомаркер? Треба валідувати дані секвенування?);
+ потрібно поставити гістологічний діагноз та стадію (клінічні дослідження? Формування когорти пацієнтів для basic research?);
+ потрібно дослідити, де саме в тканині відбувається певний процес (spatial/zonation дослідження)
Та багато, багато іншого.

Гарні новини: у зв'язку з тим, що технології сканування слайдів становляться розповсюдженими, ви можете вивчати гістологію та патологію навіть сидячі дома під час самоізоляції. Що потрібно:
+ Роздобути пристойний підручник, наприклад, мій улюблений: Robbins & Cotran Pathologic Basis of Disease, читати його.
+ Коли закінчили певну тему, пройдіть сюди: Whole Slide Imaging Repository. Пошукайте по репозиторіях, де є релевантні слайди для певної хвороби чи норми, вивчайте. Можна погуглити ключові мікроскопічні ознаки хвороб і потім шукати їх на слайдах.
+ Якщо ви вже досліджуєте щось чи маєте зацікавленість в певному органі, то розпочинайте відразу зі свого об'єкту. Нюанси зможете вивчити, коли будете гуглити незрозуміле (анаплазія? Пойкілоцитоз? Тільця Каунсільмена?).
+ Знайдіть стажування, де ви могли б сфокусуватися на цьому напрямі (наприклад, якщо ви студент-медик, то обміни від Ukrainian Medical Students' Association — це те, що доктор прописав, шукайте клінічні в відділеннях патології, або наукові за цим напрямом).

Знання гістології та патології свого об'єкту дослідження розширює ваші професійні можливості. Наприклад, мене нещодавно запросили у проєкт з використанням технології просторової експресії генів в печінці, бо я можу зробити анотацію слайдів печінки та класифікацію патологічних процесів. Як бонус, вчуся цій технології. Подумайте, чи може це бути корисним для вас, чи знайдіть інші напрями, які зазвичай не є common knowledge та не потребують значної інфраструктури для вивчення.

Ну і нарешті, гістологія — це цікаво. Ось, наприклад, портальна тріада печінки: портальна вена (велика судина), гілка печінкової артерії (має виражений шар з м'язових волокон) та жовчна протока (вистилається кубічним епітелієм). На межі тріади та паренхіми печінки знаходиться сполучна тканина.
В цьому випадку ще присутня незначна інфільтрація, переважно лімфоцитами, та можна знайти еозинофільні включення в перипортальних гепатоцитах. Це є ознаками рідкісної генетичної хвороби під назвою "дефіцит a1-антитрипсину".

Для уважних: в цій "тріаді" можна знайти декілька гілок артерії (на 12 годин та 4-5 годин) та декілька жовчних проток (3 години та 10-11 годин). А інколи можна знайти тріади лише з двома з трьох елементів. Все одно вважаємо це тріадою :)

Джерело: Insitute for Pathology at Heidelberg University. Забарвлення: H&E.

В цьому році 20-річний ювілей журналу Nature Reviews Genetics, з приводу цього вони запросили вчених написати про сучасний стан речей в їх напрямах генетики та геноміки. Пропоную для ознайомлення, як необхідний о 2020 набір знань для підтримання дискусії за чашкою чаю:
The road ahead in genetics and genomics. https://www.nature.com/articles/s41576-020-0272-6#Sec9

Знаю, що мене читають молоді вчені, хочу донести до вас прохання про допомогу від Ради молодих учених при МОН.

Кажуть, що їм не вистачає 60 відповідей, щоб зібрати репрезентативну вибірку для соціологічного дослідження серед молодих вчених. Обіцяють, що, базуючись на ньому, будуть розробляти рекомендації для розвитку потенціалу молодих вчених в інтеграції науки, бізнесу та освіти.

Опитування закінчується наприкінці вересня, займає близько 20 хвилин, тому якщо для вас це є релевантним і ви можете допомогти — ось посилання:
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSd-zuAWcXScb7gdLplxj0TW-4Wc6Df-nFpJGC7RkCSprB17wA/viewform

Займатися дизайном зображень для публікації — це непросто. Зображення, разом з абстрактом — це перше, що людина вивчає, коли відкриває статтю. Для мене завжди виникає питання з кольорами: як їх підібрати так, щоб було гармонійно.

Знайшов не нову, але актуальну публікацію в Nature Methods: Points of view: Color blindness (зображення з неї). В межах 5-10% всіх людей мають певний дефект сприйняття кольору, і тоді неясно, а як бути з доступністю графіки для таких людей? В публікації надають приклад, як зміна кольорів зображення може зробити його доступним і для людей з кольоровою сліпотою, і для людей, які бачать всі кольори.

Тому, ось, взяв палітру Color blind safe від IBM та додав чорний, рекомендую для невеликих графіків (код для R):

cbp <- c("#000000", "#648fff", "#785ef0", "#dc267f", "#fe6100", "#ffb000")

Вчора у твіттері побачив запрошення на цікавий захід, ділюся: X-omics festival

Буде проходити 28-го вересня онлайн, реєстрація безкоштовна. На мій погляд, дуже цікава програма як для біологів, так і для медиків. Побачимося там!

FYI, опублікували інформацію щодо вчених, які отримали Нобелівську премію з фізіології або медицини у 2020-му році. Нагородили трьох вчених за відкриття вірусу гепатиту C.

Деталі та пресреліз:
https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2020/press-release/

А з хімії Нобелівську премію надали двом дослідницям, які розробили новий метод редагування геному, CRISPR/Cas9.

Цю премію історично надають в тому числі за дослідження, які стосуються молекулярної біології. Так, саме цю премію отримали у 1993 за винахід ПЛР.

Знаю багато людей, хто вважав, що за CRISPR/Cas9 скоріше не будуть вручати Нобелівської премії. Буду стежити за реакцією спільноти.

https://www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2020/press-release/