Вчора ми з командою ГО "Геноміка ЮА" провели вебінар "Регуляція геному на рівні хроматину та методи її дослідження". Лекторкою була Юлія Ситнікова, постдок-дослідниця з Harvard Medical School.

Вийшло понад дві години дуже цінного контенту. Особисто для мене це був найкращий огляд по хроматину, який я зустрічав. Враховуючи, що це є сьогодні "hot topic" в дослідженнях і має неабиякий трансляційний потенціал, дуже рекомендую для перегляду.

Посилання: https://bit.ly/3d0WY9u

Сьогодні вийшла публікація в Nature Medicine про походження SARS-CoV-2: "The proximal origin of SARS-CoV-2".
Там багато про генетику вірусу, цікаве читання. Зокрема, там є таке речення:
"Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus".
Тобто, illuminati disconfirmed 👽
(чи ні?)

Features of the spike protein in human SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
a, Mutations in contact residues of the SARS-CoV-2 spike protein. The spike protein of SARS-CoV-2 (red bar at top) was aligned against the most closely related SARS-CoV-like coronaviruses and SARS-CoV itself. Key residues in the spike protein that make contact to the ACE2 receptor are marked with blue boxes in both SARS-CoV-2 and related viruses, including SARS-CoV (Urbani strain).
b, Acquisition of polybasic cleavage site and O-linked glycans. Both the polybasic cleavage site and the three adjacent predicted O-linked glycans are unique to SARS-CoV-2 and were not previously seen in lineage B betacoronaviruses.
(джерело: публікація з попереднього допису)

"Сенсація! Терміновий репост! ВООЗ офіційно заявила, що препарат Х слід/не слід призначати при COVID-19!"

У цей час особливо важливо критично ставитися до інформації із ЗМІ. Що не так з історією про ібупрофен та COVID-19, яка "заражає" уряди та великі медіакомпанії? Дізнайтеся з моєї статті "Check thy evidence: ibuprofen menace (or not)".

Прочитати можна у фейсбуці:
https://www.facebook.com/p.alexandr.od/posts/2818351914925026
Чи в LinkedIn:
https://www.linkedin.com/pulse/check-thy-evidence-ibuprofen-menace-oleksandr-petrenko/

Ілон Маск, Уляна Супрун та діяч, який надавав тренінги, де йшлося про протидію громадським активістам. В контексті того, як активісти знайшли в дитячому відділенні Інституті серця людину, яка була фігурантом справи про вбивство, пізніше засуджену.

Що з цим не так та що таке "принцип нерукостискання"? Написав у своїй останній замітці:

https://www.facebook.com/p.alexandr.od/posts/2848690221891195

🧬 В CeMM та Medizinische Universität Wien зараз діє проєкт з мутаційної динаміки SARS-CoV-2 в Австрії. Його метою є секвенування 1000 вірусних геномів австрійських пацієнтів, щоб краще зрозуміти перебіг пандемії та біологію самого патогену.

Перші 21 геномів вже просеквеновані та викладені у відповідні бази даних. Деталі тут: https://bit.ly/347MSPU.

А якщо ви раптом займаєтеся біоінформатикою, то є можливість перейти на ці бази даних й попрацювати з сіквенсами SARS-CoV-2. Мабуть, саме ви зможете зробити вклад у боротьбу с пандемією?

Тренуюся будувати та аналізувати мережі. Знайшов цікавий алгоритм, в який можна закинути текст, а вихідні дані використовувати для мереж. Використав текст з усіх публікацій на цьому каналі. Після фільтрації стоп-слів виявилося, що найбільше я пишу про PhD, лікування, пацієнтів, та гени. Схоже на правду.
Всього вийшло 4111 nodes (унікальних слів) та 11109 edges (взаємозв'язків між ними).

Мережі використовуються багато де, наприклад, для аналізу взаємодій типу "ген-ген" та "протеїн-протеїн" чи змішаних, для побудови метаболічних шляхів, тощо. Функція цього конкретного алгоритму полягає в аналізі текстів для того, щоб виявити, чи сфокусовані вони на одному об'єкті чи на різних темах, наскільки текст ймовірно упереджений, чи навпаки представляє різні позиції, тощо.

Коли-небудь напишу детальніше п,ро мережі в біології та медицині, а для тих, хто цікавиться біоінформатикою, залишаю лінк:
https://github.com/noduslabs/infranodus

P.S: якщо хтось знає, де достати перелік "стоп-слів" української мови, дайте знати, вручну їх видаляти дуже довго :)

З перших років навчання в медичному університеті я був захоплений нейронауками, і навіть зараз інколи читаю пов'язані статті (бо про транспозони при хворобах печінки, наприклад, не дуже публікують). Хоча для мене це захоплення стало лише хобі, буває цікаво дізнатися, що там відбувається в нейронауках з клінічної сторони.

Рекомендую блог Максима Розяєва, дитячого невролога, який пише доказово для пацієнтів та колег. Мені особливо сподобалася його публікація "Розлади спектру аутизму", в якій є витримка з відмінностей діагнозу МКХ-10 VS МКХ-11, критерії, та сучасні терапевтичні підходи. Я зустрічався з такими пацієнтами й знаю, що інформування про цю тему не дуже добре.

Пише він на своїй фейсбук-сторінці, на особистому сайті та на телеграм-каналі @go_neuro. FYI для тих, хто цікавиться неврологією.

P.S: якщо читаєте блоги українських доказових лікарів, поділиться лінками, давайте зробимо таку інформацію ще популярнішою.

Цієї суботи ми з командою @GenomicsUA робимо зустріч журнального клубу: Biomedical Journal Club Meeting 11/04/2020. Валерія Васильєва з КНУ зробить доклад по статті Choudhary M.N. et al. Co-opted transposons help perpetuate conserved higher-order chromosomal structures (https://doi.org/10.1186/s13059-019-1916-8).

Зустріч буде онлайн, запрошую всіх, кому цікаві хроматин, транспозони та біоінформатика. Можна приєднатися або до конференції в Zoom (тоді можна буде брати участь у дискусії та поспілкуватися зі спікеркою), або дивитися трансляцію на YouTube. Лінки будуть опубліковані за деякий час до початку на сторінці заходу (посилання вище ↑) та на телеграм-каналі @GenomicsUA.

Побачимося за кілька днів!

Менш ніж через годину розпочнеться Онлайн-наукова вечірка "Жінка та космос", де виступатиме Марія Яроцька, моя знайома, яка зараз працює радницею голови Державного космічного агентства України з питань акселерації стартапів. Думаю, буде цікаво. Зустрінемося там!

https://www.facebook.com/events/232595767857705/

UPD 13:11:
live now https://www.facebook.com/276093662559991/videos/1237482336455380

Я працював у світі медицини і часто зустрічав "первісний страх" перед технікою та програмуванням серед колег. Я був здивований, коли дізнався, що є багато людей з біологічних наук, вчених, хто не бажає використовувати програмування чи вчитися йому, щоб розв'язувати наукові задачі.

Колись я вважав, що треба мати особливий майндсет, чи щось таке, що розрізняє "звичайного смертного" та людину, яка може писати код. З часом я побачив, що це не так, принаймні на рівні моїх біоінформатичних задач, і що для навчання існує безліч онлайн-ресурсів та зручних інструментів. До того ж, така навичка значно підвищує конкурентоспроможність в науці. В моєму наборі PhD студентів я майже не знаю людей, які не могли б додати трохи автоматизації у свій проєкт, чи працювати з даними, отриманими завдяки омікам.

Знайшов спіч від Беатріс, біомедичної інженерки та PhD студентки. Вона розповідає, чому програмування — це не про магію, а про те, як ви можете спростити своє професійне життя.
"How Programming Can Save a Biologist's Life" — https://www.youtube.com/watch?v=lwDFhrNpx3M

Сьогодні мій інститут, The CeMM Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, опублікував науковий звіт за 2019-й, а разом з ним результат нашого відеоарт-експерименту "Soundtracks of Research". Ніколи не брав участь в подібному, але вийшло дуже весело. Ділюся посиланнями.

Research Report: https://bit.ly/3eEhQ76
Відео "Soundtrack of Research": https://bit.ly/3eAzRmN

До речі, сам репорт для мене вже котрий рік є прикладом того, як можна добре звітувати про свою роботу. Там і про людей, і про наукові напрями з публікаціями, і про фінансування, і про проєкти. Рекомендую глянути, навіть якщо ви не працюєте в науці.

У нас взагалі цікаво, якщо бажаєте слідкувати за новинами, то ось ресурси інституту: фейсбук та твіттер.

Так вийшло, що в мене зараз є три афіліації: LBI-RUD, CeMM та MedUni Wien. Перші два — дослідницькі інститути. В LBI в мене контракт та він мене фінансує по проєкту з дослідження рідкісних захворювань, CeMM мене зарекрутував, там проходить частина PhD програми та численні колаборації, а в MedUni зареєстрована моя PhD програма, тем територіально розташована наша лаба й саме вони мені потім нададуть диплом.

Як в будь-якого порядного PhD студента, в моєму житті є місце як для науки, так і для навчання. Взагалі, програма побудована так, що я за ~4 роки повинен мати певну кількість ECTS кредитів по категоріях:
+ Basic Seminar — короткий курс за напрямом PhD програми (в моєму випадку це формально "vascular biology"), поки що не взяв собі жодного;
+ Journal Club — тут зрозуміло, обираєш собі за цікавим напрямом, читаєш статті, береш участь у дискусії чи презентуєш по черзі. В цьому семестрі я психанув і взяв багато: CeMM'івський по молекулярній медицині, один з молекулярної гастроентерології, один з NGS та раку.
+ Thesis Seminar — PhD студенти презентують свої проєкти, отримують критику та фідбек від слухачів та професорів. Тут є лайфхак, бо в CeMM він є свій і додаткові шукати не потрібно.
+ Propedeutics — інтенсивний курс за певним напрямом, наприклад, "інтелектуальні права", "експериментальні біомедичні дослідження на тваринах", "молекулярна біологія для медиків", тощо. В цьому семестрі взяв одну з методів в біомедичних дослідженнях, і одну з експериментів з тваринами — після неї отримаю ліцензію й зможу самостійно працювати з деякими тваринами.

Карантин дещо змінив розклад, але майже всі активності були або перенесені, або перейшли в онлайн. Журнальні клуби зараз відбуваються через Zoom, дуже зручно. А пропедевтика з "методів" повністю в онлайн-системі університету, реалізовану через Moodle. Там заздалегідь виклали всі презентації та відеозаписи лекцій, запланували декілька днів для міні-лекцій, обговорень та запитань. Екзамен буде теж онлайн.

На курси ходить багато хто, на кожному формується своя група: це може бути хтось з дослідників з одного з чисельних інститутів на території кампусу, це можуть бути студенти-медики чи резиденти. Запис на курси відбувається через онлайн-систему університету, там же вся інформація щодо дат зустрічей та їх тем, дат та деталей екзамену, контактів лекторів. В деяких наприкінці відбуваються екзамени, як правило це multiple choice тести чи співбесіда. Є прохідний бал, але формальних оцінок за екзамен не виставляють.

Намагаюсь брати курси, які відповідають двом критеріям: 1) я це ніколи раніше не вивчав і мені потрібне швидке введення в тему; 2) курс йде не тільки німецькою, а ще й англійською.
З другим проблем майже не має, а от з першим іноді буває складно, наприклад, підготовка до екзамену з інтелектуального права зайняла в мене майже тиждень.

Взагалі, мені подобається така свобода та доступність інформації щодо "логістики" заздалегідь. Думаю, що в Україні б теж здорово таке реалізувати, включаючи додипломні рівні. Бо студенти, які самі складають значну частину свого розкладу, знають, що їм потрібно, і йдуть на курси мотивованими.

Щодо останнього допису: CeMM перезапустив свій журнальний клуб в онлайні під час карантину і запостив у фейсбуці наші сонні обличчя. Готуюсь щось презентувати, а на годиннику 9:00 — непростий виклик на карантині.

Вчора на сторінці "Охматдит" опублікували історію, як вони зробили трансплантацію кісткового мозку від неродинного донора пацієнту з комбінованим імунодефіцитом, спричиненим дефіцитом аденозин дезамінази.

Це було зроблено вперше в Україні, раніше робили лише трансплантації від родинних донорів, що в цьому випадку виявилося неможливим.

Повністю історію можна почитати тут: https://www.facebook.com/ndslohmatdyt/posts/2494451437532245

Привіт! Сподіваємося, ваші молекули ДНК стабільні навіть на карантині.

До речі про це, сьогодні в США проходять дії з приводу Національного дня ДНК. Він виглядає як професійне свято, адже в цей день, 67 років тому, була опублікована стаття Molecular Structure of Nucleic Acids; A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid за авторством Джеймса Уотсона та Френсіса Кріка. У цій статті в 1953-му було показано, що структура ДНК — це саме подвійна спіраль.

Цьому передували дослідження Розалінд Франклін, яка відкрила A і B-форми молекули ДНК, та Моріса Вілкінса, який перший розпочав дослідження ДНК з застосуванням рентгенокристалографії. Детальніше про внесок кожного дослідника можна прочитати тут: лінк.

Є й ще одна велика подія квітня для нашої галузі: у квітні 2003-го завершився Проєкт геному людини. Він вплинув в тому числі й на розвиток біоінформатики, якою ми її знаємо в нинішньому вигляді.

Приєднуйтесь до дій "дня ДНК", розповсюджуйте освітню інформацію і нехай всі ваші проєкти будуть успішними!

Геноміка ЮА

Ми з командою Genomics UA отримали інформацію, що в Україні бракує фахівців, які могли б залучитися до ПЛР-тестування зразків на COVID-19. Тому ми вирішили допомогти Центру громадського здоров’я МОЗ України і залучити нашу спільноту фахівців.

Якщо робити ПЛР — це про вас, долучайтеся до нашого реєстру, який ми передамо до ЦГЗ. Також просимо допомогти поширенням нашого заклику, бо взаємодопомога сильніша за COVID-19.

Роблю репост з каналу, а ось посилання на фейсбук: лінк