Декілька днів тому я закінчив курс з біоінформатики. Його щорічно проводить одна з лабораторій інституту для всіх охочих, зокрема для PhD студентів.

І доки мій лептоп зайнятий спілкуванням з однією публічною базою даних, я вирішив поексплуатувати сервера Google, щоб записати для вас цю гіфку і показати цим силу мови програмування Python.

P.S: курсу з римування я не знайшов, тому маємо що маємо.

Розмовляли з лікаркою-генетиком Ганною Гаврюшенко про курс з клінічної геноміки та NGS. Цікаво? Бажаєте дізнатися більше та отримати стипендію на відвідання курсу? Тоді запрошую прочитати інтерв'ю:

Посилання

P.S: І, звичайно, не забудьте репостнути/розповісти про це колегам :)

👩‍🔬👨‍🔬🔬 Колеги поділилися цікавою можливістю, триває набір на фінансовану PhD програму у лабораторії експериментальної судинної патології Маастрихтського університету.
Посилання на PI: Dr. Judith Sluimer (лінк)
Проєкт: Barcoding atherosclerotic plaque cells: single cell sequencing to reveal heterogeneity and functional impact of atherosclerotic plaque cells
Вимоги: мати ступінь у біології, науках про здоров'я чи медицині, зацікавленість у напряму кардіоваскулярних досліджень, відмінну англійську, певні персональні якості. Досвід з клітинними культурами, модельними тваринами чи біоінформатикою вітається.
Дедлайн: 9-го лютого 2020
Посилання на позицію: https://bit.ly/2020-vasc-bio

P.S: якщо ви також плануєте подаватися на PhD програму до CeMM/LBI-RUD, нагадую, що залишилося декілька днів до дедлайну, деталі тут: лінк

Запрошую на наступний івент Громадської організації @GenomicsUA. Нижче зроблю репост анонсу, а тут буде декілька слів про те, що це.

ГО "Геноміка ЮА" ми з колегами заснували та зареєстрували у 2019-му. Це мій улюблений проєкт в Україні, до якого я був чи є причетним, бо його цілі — сприяти науковому прогресу, біомедичній освіті та просуванню геномних технологій в Україні. Ми зареєстровані у ДФС як неприбуткова організація, бо ми вирішили не йти шляхом партнерства з фармою чи просувати певних виробників обладнання. Замість цього, ми заснували два біоінформатичних клуби (в Одесі та в Києві), біомедичний журнальний онлайн-клуб та вже рік робимо безкоштовні освітні івенти та створюємо українське ком'юніті з біоінформатики/секвенування/геноміки.

У зв'язку з тим, що більш ніж половина нашої початкової команди зараз працює у різних країнах (США, Австрія, Польща), майже вся робота припадає на плечі наших героїв, які організують івенти в Україні. Тому ми дуже хочемо розширити команду. Що це значить:
🧬 Якщо ви зацікавлені у NGS, біоінформатиці, медичній геноміці, оміксних технологіях та вам би хотілося, щоб в Україні ці інструменти були більш розповсюдженими у дослідженнях/клініці/DIY-русі — приєднуйтесь до нас, будемо разом це все робити.
🧬 Якщо ви маєте досвід роботи у громадських організаціях, пошуку грантового фінансування чи бажаєте отримати досвід в цьому — приєднуйтесь до нас.
🧬 Якщо вам цікавий наш напрям роботи — прочитайте про нас тут: https://genomics.org.ua/, розкажіть про нас колегам, відвідайте наші івенти.

Для контактів: Олександр (автор блогу mutation.me, Телеграм), Олександра (Телеграм), Дмитро (Телеграм), Юлія (Фейсбук), Олександр (Телеграм), Ксенія (Телеграм)

🧬 Запрошуємо вас відвідати нашу наступну зустріч, присвячену нанопорному секвенуванню. Буде дві лекції та нетворкінг. Чекаємо на вас!

Де: пр. Перемоги, 37, бібліотека КПІ, зала 1.2
Коли: 8 лютого, о 12:00.
Деталі: https://www.facebook.com/events/769531026863712/

Пропоную продуктивно провести сьогоднішній вечір, взявши участь в онлайн-зустрічі біомедичного журнального клубу.

З нами онлайн буде лекторка з Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association, а оговорювати будемо статтю 𝗧𝗵𝗲 𝘀𝗶𝗻𝗴𝗹𝗲-𝗰𝗲𝗹𝗹 𝗽𝗮𝘁𝗵𝗼𝗹𝗼𝗴𝘆 𝗹𝗮𝗻𝗱𝘀𝗰𝗮𝗽𝗲 𝗼𝗳 𝗯𝗿𝗲𝗮𝘀𝘁 𝗰𝗮𝗻𝗰𝗲𝗿 (https://www.nature.com/articles/s41586-019-1876-x).

Деталі заходу: https://www.facebook.com/events/130730721416173

А ось посилання на трансляцію, яка стане активною о 20:00 за Київським часом:
https://www.youtube.com/watch?v=9_qzQ7uuTQ0

Не відволікатися від роботи: ні
Зробити мем з Зоряних Війн: так

Вертаюсь на коротку відпустку в Україну і цієї п'ятниці буду організовувати зустріч Трансляційні дослідження: scientia vincere morbum від організації "Genomics UA". Обговоримо на прикладах те, як трансляційні дослідження змінюють клінічну медицину і чому це дуже цікаво. Деталі за посиланням.

P.S: а якщо з кимось давно не бачились і є бажання зустрітися в Одесі, пишіть :)

На своїй лекції минулої п'ятниці я розповідав, які кар'єрні можливості є у світі для тих, хто займається трансляційними дослідженнями. А зараз поширюю можливість в Україні від друзів з BioLabTech.

З людьми з компанії BioLabTech в мене особисто склалися дружні стосунки, спочатку я відвідував їх освітні заходи в Україні (наприклад, Kyiv Non-Coding Meeting 2018), а потім вони єдині допомогли одеському біоінформатичному клубу, надавши тревел-гранти для відвідування 4th RoBIoInfo Seminar у лютому 2019-го, де ми з командою показали, що в Україні є інтерес до біоінформатики, познайомилися з колегами та навчилися нюансам в роботі з геномними даними, про що потім робили зустрічі в Україні.

Зараз BioLabTech шукають собі спеціаліста на позицію Field Application Scientist in Next Generation Sequencing. Нижче прикріплюю опис позиції. Важливо: якщо ви не на 100% підходите під вимоги, проте вважаєте, що ви є гарним кандидатом на цю позицію, зв'яжіться з компанією. Можлива програма інтенсивної освіти.

Деталі у повідомленні вище. Контакт для надсилання резюме: [email protected]

Чи ви знали, що сьогодні проводяться акції, присвячені до Дня рідкісних захворювань?
Ми з колегами з інституту беремо участь в заході під егідою Pro Rare Austria.

В кожного з нас може бути рідкісна хвороба, бо "none of us is protected by statistics" © EURORDIS. Кожна людина з рідкісною хворобою заслуговує на гідну якість життя.

Ви можете дізнатися більше про рідкісні хвороби тут:


https://www.eurordis.org/content/what-rare-disease

https://rarediseases.info.nih.gov/diseases/pages/31/faqs-about-rare-diseases

https://rarediseases.org/for-patients-and-families/information-resources/rare-disease-information/

А якщо ви працюєте з пацієнтами, дізнайтеся, де в вашому місті чи області є медико-генетична консультація, щоб надати цю інформацію в разі потреби. Show your care.

PhD-студенти першого року Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases

📢 Знаю, що на канал підписані люди, які працюють у вимірі української науки. Вам може бути цікаво: МОН оголосив про початок конкурсу спільних українсько-австрійських науково-дослідних проєктів. Лінк: https://bit.ly/konkurs-ua-at

Судячи з інформації з Австрійської сторони, обсяг фінансування до € 11 000 на проєкт. Як на мене, цікава можливість.

Тому нагадаю, що наша група займається дослідженнями патології печінки (рідкісні хвороби, NAFLD, NASH, портальна гіпертензія, тощо). Якщо ви працюєте в цьому напрямі — напишіть мені, буду радий поспілкуватися.

Якщо ж ви працюєте у Biomedical Research, але у іншому напряму, то надаю посилання на інститути, з якими я афілійований:
https://cemm.at/research/groups/ (розділи "Groups" та "Adjunct PIs")
https://rud.lbg.ac.at/en/research
Інститути співпрацюють з багатьма групами в інших країнах, тому є сенс написати з пропозицією до певної групи, якщо вважаєте, що наукові напрями перетинаються.

Поширте інформацію серед колег та подавайтеся 👩‍🔬👨‍🔬🧬🔬

🖥 Мені порекомендували цікавий конкурс, ділюся.

Albert And Mary Lasker Foundation, які вручають престижну нагороду Lasker Award за досягнення в медичних науках, роблять конкурс есе. Брати участь можуть студенти-медики, інтерни, наукові співробітники, PhD студенти та постдоки, які працюють в біомедичних науках.

Переможці отримають поїздку в Нью-Йорк на 2020 Lasker Award у вересні й можливість поспілкуватися з переможцями премії. Й бонусом $10 000 отримає інститут чи університет переможця.

Есе має бути до 800 слів, написано англійською та за темою: "Describe how a notable scientist (such as a Lasker Laureate) has inspired you – through their personality or life experiences and/or through their scientific contributions.".

Дедлайн: 31 березня 2020, 15:00 EST (22:00 за Київським часом).
Посилання: https://www.laskerfoundation.org/programs/lasker-foundation-essay-contest/

Не забудьте поділитися з колегами 👨‍🔬👩‍🔬

Розповідаю про цікавий проєкт. Яна, автор цього блогу, є випускницею хіміко-біологічного класу ліцею з Хмельницького, яка цікавиться генетикою та генною інженерією. А ще вона бере участь в програмі "Дівчата STEM".

Вважаю, що її блог треба підтримати підписками, якщо вам також цікава генетика. Тобто це саме ви, бо що б ви тут інакше робили? :)
Лінк: https://bit.ly/2QgO8e1

Вчора ми з командою ГО "Геноміка ЮА" провели вебінар "Регуляція геному на рівні хроматину та методи її дослідження". Лекторкою була Юлія Ситнікова, постдок-дослідниця з Harvard Medical School.

Вийшло понад дві години дуже цінного контенту. Особисто для мене це був найкращий огляд по хроматину, який я зустрічав. Враховуючи, що це є сьогодні "hot topic" в дослідженнях і має неабиякий трансляційний потенціал, дуже рекомендую для перегляду.

Посилання: https://bit.ly/3d0WY9u

Сьогодні вийшла публікація в Nature Medicine про походження SARS-CoV-2: "The proximal origin of SARS-CoV-2".
Там багато про генетику вірусу, цікаве читання. Зокрема, там є таке речення:
"Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus".
Тобто, illuminati disconfirmed 👽
(чи ні?)

Features of the spike protein in human SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
a, Mutations in contact residues of the SARS-CoV-2 spike protein. The spike protein of SARS-CoV-2 (red bar at top) was aligned against the most closely related SARS-CoV-like coronaviruses and SARS-CoV itself. Key residues in the spike protein that make contact to the ACE2 receptor are marked with blue boxes in both SARS-CoV-2 and related viruses, including SARS-CoV (Urbani strain).
b, Acquisition of polybasic cleavage site and O-linked glycans. Both the polybasic cleavage site and the three adjacent predicted O-linked glycans are unique to SARS-CoV-2 and were not previously seen in lineage B betacoronaviruses.
(джерело: публікація з попереднього допису)

"Сенсація! Терміновий репост! ВООЗ офіційно заявила, що препарат Х слід/не слід призначати при COVID-19!"

У цей час особливо важливо критично ставитися до інформації із ЗМІ. Що не так з історією про ібупрофен та COVID-19, яка "заражає" уряди та великі медіакомпанії? Дізнайтеся з моєї статті "Check thy evidence: ibuprofen menace (or not)".

Прочитати можна у фейсбуці:
https://www.facebook.com/p.alexandr.od/posts/2818351914925026
Чи в LinkedIn:
https://www.linkedin.com/pulse/check-thy-evidence-ibuprofen-menace-oleksandr-petrenko/

Ілон Маск, Уляна Супрун та діяч, який надавав тренінги, де йшлося про протидію громадським активістам. В контексті того, як активісти знайшли в дитячому відділенні Інституті серця людину, яка була фігурантом справи про вбивство, пізніше засуджену.

Що з цим не так та що таке "принцип нерукостискання"? Написав у своїй останній замітці:

https://www.facebook.com/p.alexandr.od/posts/2848690221891195