Разработанная неформальной коллаборацией ИППИ и Сколтеха образовательная программа по высокопроизводительному секвенированию (NGS) в генетике и селекции растений не закончилась на летней школе и прошла на этот раз в углубленном формате в Санкт-Петербурге. В течение четырех месяцев сорок ученых и специалистов из нескольких институтов и университетов осваивали биоинформатические методы, применяющиеся в биологии растений, чтобы использовать их в своих исследованиях.

Занятия проходили в историческом здании Гербария высших растений БИН РАН, находящемся на живописной территории Ботанического сада Петра Великого. Каждый четверг с января по март, преподаватели — сотрудники ИППИ РАН и Сколтеха — приезжали из Москвы и вели занятия с 11 до 19 часов. Программа получилась очень интенсивной. За время обучения участниками был освоен процесс обработки данных высокопроизводительного секвенирования (NGS) с момента планирования и подготовки эксперимента до непосредственно анализа данных.

Подробнее о том, как проходила Школа

#семинары_ИППИ на этой неделе

◼️ЧЕТВЕРГ, 15:00, зал заседаний ученого совета ИППИ

Семинар лаборатории зрительных систем

Докладчик: Анастасия Ингачева

Тема: Smart Tomo Engine: рыночный продукт, созданный учеными

Аннотация: Smart Tomo Engine (STE) — программная часть рентгеновского томографа. Рентгеновская томография не зря называется вычислительной — программная часть в ней является ключевой. Группа ученых, в том числе из Лаборатории зрительных систем, 20 лет исследовала вопросы точности и быстродействия классических и авторских алгоритмов томографической реконструкции. 4 года назад под эгидой компании Smart Engines эта же группа приступила к созданию промышленного ПО, в котором, согласно задумке, должны найти практическое воплощение ранее сформулированные и совсем новые идеи. На сегодняшний день реализована уже вторая версия STE, которая включает ряд базовых методов реконструкции, многочисленные инструменты улучшения качества и/или быстродействия их работы, а также развитую функциональность визуализации.

▪️В первой части доклада будет рассказано о функциональности STE с точки зрения пользователя.
▪️Вторая часть доклада будет посвящена системным и программным решениям, легшим в основу STE, а также схематически представлен пройденный в разработке путь с точки зрения управления проектом и объема проделанных работ.
▪️В заключительной части будет представлено несколько практических применений.

Онлайн-трансляция семинара в Zoom доступна по ссылке

Уже через полчаса начнется семинар, на котором Анастасия Ингачева расскажет про программное обеспечение для рентгеновского томографа Smart Tomo Engine,над которым работает научная группа из ИППИ и Smart Engines. Приглашаются все желающие! (внимание, изменена ссылка на онлайн-подключение! Трансляция пройдет в Zoom)

Кстати, кто еще не смотрел сюжет Максима Горшенина о компьютерной томографии, снятый в лаборатории зрительных систем, обязательно посмотрите!

Дорогие коллеги,

78 лет назад победой нашей общей родины — Советского Союза — над гитлеровской Германией закончилась Великая Отечественная война. И в нашей стране, и во всей затронутой Второй мировой войной части планеты эта победа положила начало периоду послевоенного восстановления и роста.

При всех тяжелейших трудностях, которые пришлось преодолевать, те годы ознаменовались беспрецедентным в истории оптимизмом и массовым творческим подъёмом. Именно тогда были созданы многие из несущих конструкций глобальной социальной, политической, технологической и культурной действительности, в которой мы привыкли жить — от космоса, энергетики и связи до массовой науки и системы образования. В те годы был создан наш Институт и получены замечательные результаты первых его сотрудников, многие из которых прошли войну.

Встреча с каждым Днём Победы - это ещё и напоминание об этом подъёме, наследниками которого выпало быть нам. Последний из сотрудников Института - участников войны, Юрий Львович Сагалович, ушёл совсем недавно, он был современником даже самых молодых сотрудников сегодняшнего ИППИ. То, как прожили жизнь и то, что сделали в жизни он и его сверстники - для нас не только эталон и пример, но и источник сил и веры в то, что мы делаем.

С праздником, с днем великой Победы!

И.о. директора ИППИ РАН Андрей Соболевский

Иллюстрация: Николай Репин "С Победой!" (1976)

Сегодня мы с особо острым чувством вспоминаем наших дорогих ветеранов, замечательных специалистов, героических людей. Никого больше не осталось, а, кажется, только вчера мы могли поговорить с ними, сидя рядышком.

Эти три интервью были записаны в 2015 году. В кадре — сотрудники ИППИ, ветераны ВОВ Владимир Нейман, Юрий Сагалович и Семён Цериковский.

Из монолога Юрия Львовича Сагаловича (с 21:21 минуты):

«Меня охватило такое чувство совершенно неописуемое: утро теплое, небо синее, тишина, выстрелов нету, и мы живые. Потом я этой мысли устыдился через много лет. Потому что мы-то живы, и я радуюсь, а сколько до нас полегло людей».

«С тех пор прошло 70 лет. Что за это время произошло? Учеба, женитьба, рождение дочери, сама работа в Институте, публикации, диссертации — масса событий, очень значимых на самом деле. Но ничего более яркого, чем было у меня на войне, никаких таких воспоминаний нет. Любой эпизод, любая минута, которую я могу выхватить из своей жизни на фронте, она стоит всей остальной жизни».

Александр Гасников — герой документального фильма «Человек труда»

Сотрудник сектора математических методов предсказательного моделирования ИППИ РАН; заведующий лабораторией математических методов оптимизации и профессор МФТИ Александр Гасников снялся в документальном фильме «Человек труда» творческого объединения «Яблоня». Режиссер фильма — Ольга Ажнакина. Трейлер фильма.

Фильм показывает один день из жизни шести героев, каждый из которых занимается важным делом: пожарного, фельдшера скорой помощи, математика, рабочего завода, учителя, водителя трамвая. Профессия для них — это образ жизни.

Александр рассказал, почему он согласился сняться в фильме: «Не скрою, что меня вдохновляло несколько обстоятельств. Во-первых, что фильм посмотрят мои родители, близкие. Очень хотелось, чтобы им было приятно за меня. Ведь очень много сил было вложено родителями в свое время, чтобы у меня что-то начало получаться в науке. Во-вторых, мне очень хотелось показать, какая у нас замечательная молодежь. Показать, что несмотря на объективные трудности, есть много молодых и талантливых ребят, которые хотят жить и работать в России». Полный текст комментария Александра Гасникова.

#семинары_ИППИ на этой неделе

◼️ВТОРНИК, 14:00, Zoom
«Вероятность и математическая статистика» или «Семинар трёх городов»

Докладчик: Андрей Люлинцев (СПбГУ)

Тема: Непрерывные ветвящиеся марковские процессы на Z_+: подход с использованием ортогональных многочленов

◼️ВТОРНИК, 16:00, аудитория 307 ИППИ
Семинар Добрушинской математической лаборатории

Докладчик: Сеня Шлосман (ИППИ РАН)

Тема: Why do pedestal matrices have integer eigenvalues?

Аннотация: The pedestals were introduced in order to understand the MacMahon formula. It enumerates plane partitions (3D Young diagrams), and pedestals allow one to extend the formula to higher dimensions. Pedestals can naturally be arranged into square matrices, with entries being certain monomials. It was observed experimentally that the eigenvalues of any such matrix are polynomials (!) in the corresponding variables, with integer coefficients. After many years this phenomenon was explained in the paper "The miracle of integer eigenvalues, by Richard Kenyon, Maxim Konsevich, Oleg Ogievetsky, Andrei Pohoata, Will Sawin, and myself.

◼️ЧЕТВЕРГ, 14:30, малый конференц-зал ИПЭЭ + онлайн-трансляция
Совместный семинар ИПЭЭ и ИППИ по проблемам сенсорной физиологии

Докладчик: Александр Горкин (лаборатория психофизиологии им. В.Б. Швыркова Института психологии РАН)

Тема: Специализация корковых нейронов в научении

Аннотация: Будут представлены результаты исследований активности одиночных корковых нейронов в свободном инструментальном поведении крыс и кроликов. Будут даны экспериментальные и методологические основания понятия поведенческой специализации нейронов и рассмотрены возможные механизмы появления специализированной нейронной активности.

#семинары_ИППИ: UPD на завтра

ЧЕТВЕРГ

◼️14:30, малый конференц-зал ИПЭЭ + онлайн-трансляция
Совместный семинар ИПЭЭ и ИППИ по проблемам сенсорной физиологии

Докладчик: Александр Горкин (лаборатория психофизиологии им. В.Б. Швыркова Института психологии РАН)

Тема: Специализация корковых нейронов в научении

Аннотация: Будут представлены результаты исследований активности одиночных корковых нейронов в свободном инструментальном поведении крыс и кроликов. Будут даны экспериментальные и методологические основания понятия поведенческой специализации нейронов и рассмотрены возможные механизмы появления специализированной нейронной активности.


◼️15:40, аудитория 401 НМУ (Большой Власьевский пер., д. 11)
+ трансляция в YouTube
Общемосковский междисциплинарный семинар «Глобус»

Докладчик: Александр Гайфуллин

Тема: Триангуляции многообразий, похожих на проективные плоскости

Аннотация:
В 1987 году Брем и Кюнель доказали следующую оценку: всякая комбинаторная триангуляция отличного от сферы d-мерного многообразия (без края) должна иметь не менее 3d/2+3 вершин. Более того, наличие у многообразия M, отличного от сферы, триангуляции ровно с 3d/2+3 вершинами накладывает на это многообразие очень жесткие условия. Во-первых, размерность d может быть равна только 2, 4, 8 или 16; во-вторых, M должно допускать (кусочно линейную) функцию Морса ровно с тремя критическими точками. (Илс и Койпер назвали многообразия, удовлетворяющие этим свойствам, многообразиями, похожими на проективные плоскости.) До недавнего времени было известно ровно 5 примеров различных (3d/2+3)-вершинных триангуляций d-мерных многообразий, отличных от сферы:

1) d=2: единственная 6-вершинная триангуляция вещественной проективной плоскости (фактор границы икосаэдра по антиподальной инволюции);
2) d=4: единственная 9-вершинная триангуляция комплексной проективной плоскости (Кюнель, 1983);
3) d=8: три 15-вершинные триангуляции кватернионной проективной плоскости (построение триангуляций - Брем и Кюнель, 1992; доказательство, что эти триангуляции действительно гомеоморфны кватернионной проективной плоскости - Городков, 2016).

Случай d=16 оставался полностью открытым: не было известно никаких 27-вершинных триангуляций 16-мерных многообразий, отличных от сферы. В докладе я расскажу о построении таких триангуляций. А именно, будет предъявлено четыре таких симплициальных многообразия с группой симметрий порядка 351 и на их основе построено очень много (более 10^{103}) таких симплициальных многообразий с меньшими группами симметрий. Слово "предъявлено" означает следующее. Четыре симплициальных многообразия с группой симметрий порядка 351 были найдены при помощи специального компьютерного алгоритма и ответом для каждой из них является список из 286 орбит 16-мерных симплексов.

Естественная гипотеза состоит в том, что все построенные симплициальные многообразия кусочно линейно гомеоморфны октавной проективной плоскости. Однако попытки доказательства этой гипотезы упираются в необходимость вычисления второго класса Понтрягина построенных симплициальных многообразий. В настоящее время не известно эффективного способа такого вычисления.

Через час на общемосковском семинаре «Глобус» в Независимом московском университете начнется доклад Александр Гайфуллина о триангуляциях многообразий, похожих на проективные плоскости. В Youtube можно будет смотреть трансляцию доклада.

Удивительные факты о докладчике: докторскую диссертацию Александр Гайфуллин защитил в 26 (!!) лет, а в 32 года он уже стал членом-корреспондентом и профессором РАН. В том же 2016 году Александр получил Премию Президента РФ молодым ученым за серию работ по так называемым изгибаемым многогранникам. Об этом цикле работ Александр рассказывает в своем интервью «Научной России» за 2017 год.

А о триангуляциях многообразий можно попытаться что-то понять из прошлогодней статьи на N+1 (успех предприятия не гарантируем)