Гриша Тагильцев
3.35K subscribers
6 photos
9 videos
147 links
Занимаюсь биологией в институте Макса Планка в Мюнхене. Пишу о науке и образовании.
.
Написать мне (на ты): @TagiltsevSupportBot
.
Навигация: https://telegra.ph/tgblog-navigate-06-06
Download Telegram
​​Фотография 51 — SCOOPED

Довольно емкое английское слово scooped трудно перевести на русский язык. Scoop — это эксклюзивная информация, которую журналист успевает опубликовать раньше своих конкурентов.

В научной среде оно имеет свой оттенок: to get scooped — когда тебя кинули коллеги, подсмотрели идею, украли данные и быстро опубликовали под своим именем.

Воровство идей и данных в науке встречается все чаще. Причина понятна — по оценкеCongressional Research Service мировые затраты на R&D в 2018 году составили 2 трлн долларов. Этот показатель вырос более чем в три раза с 2000 года. Количество ученых тоже неуклонно растет.

Денег много, людей много, идей мало — вот и имеем…

В истории науки есть фееричные сюжеты воровства (не всегда намеренного):

История первая

1986 год. Сотрудник Института Биофизики в Красноярске Виктор Охонин патентует STED-микроскопию — прорывной метод, который позволяет преодолеть дифракционный предел (из-за этого нельзя было различить два объекта на расстоянии 200 нм). Ура! Дифирамбы! Еще один природный барьер пал! — нет. Не знаю, что произошло тогда в Красноярске, но открытие почему-то осталось незамеченным.

1994 год. немец Штефан Хелль с коллегами в Финляндии публикует свою новую разработку — STED-микроскопию. И вот теперь: Ура! Дифирамбы! Еще один природный барьер пал!

В 2014 году Хелль получил Нобелевскую по химии совместно с Бетцигом и Мернером (они тоже работали над подобными методами). Бетциг создал Janelia, наикрутейший институт с самыми модными микроскопами. Хелль основал Abberior Instruments — компанию по разработке микроскопов. Охонин перебрался в Университет Оттавы. Не могу судить, не зная подробностей, но выглядит, как очень странная и неприятная история.

История вторая

Еще эпичнее первой. Картинка из предыдущего поста — известна как фотография 51 — это рентгенограмма кристаллов ДНК. Получена аспирантом из научной группы Розалинд Франклин (Розалинд на фото). Вскоре этот аспирант перешел к новому руководителю — Морису Уилкинсу — и тайком принес ему эту фотку. Уилкинс тайком показал ее Уотсону и Крику — ребятам, пытавшимся узнать структуру ДНК. Во многом на основе этой фотки, Уотсон и Крик опубликовали в 1953 году структуру двойной спирали ДНК. За это открытие Уотсон, Крик и Уилкинс получили Нобелевскую в 1962 году. Это одна из самых знаковых Нобелевских в истории.

Розалинд умрет от рака еще в 1958. Среди ее бумаг найдут неопубликованный черновик статьи, в которой она сама по своим данным (которые украл Уилкинс) додумалась до структуры ДНК, но, видимо, не успела опубликовать.

История с фотографией довольно поучительна. Не случайно на всех более-менее солидных научных конференциях запрещено фотографировать. Тем не менее все время встречаются индивиды, которые втихаря, раком, через подмышку просовывают камеру смартфона, чтобы незаметно сфотографировать ваши результаты. Наверно у каждого ученого есть пара знакомых, у которых или пытались стащить методику конкуренты, или рецензент без спроса пересылал рукопись статьи знакомым или искусственно тормозил продвижение статьи, чтобы самому опубликовать похожий результат первым.

Есть и хорошие новости. Если у вас пытаются что-то украсть — значит есть что воровать, и ваша работа чего-то стоит.

От воровства не спасут ни законодательство, ни влиятельные университеты/компании. Один мой препод в МГУ как-то сказал, что единственный верный способ защиты от воровства — бежать быстрее других.

Так что хватит залипать в телегу, бегом доделывать свои проекты)

Всем продуктивности,
Тг

#научпоп
​​Гендерный вопрос

Несколько раз угораздило меня присутствовать во время споров о трансгендерности. Если грубо, стороны две: за и против бинарной классификации полов.

Меня звали на эти разборки для “научного мнения”. Точнее мнение у сторон уже было. Они лишь хотели разузнать какие-нибудь заумный факт в их пользу. Из серии: “у нас уже есть позиция, придумай-ка нам ее обоснование”.

Какие аргументы я слышал чаще всего:

“У всех есть и мужские, и женские гормоны, значит нет четких границ пола”
— Эти гормоны действительно есть у всех, но “мужскими” и “женскими” мы назначили их сами.

“Среди животных нет трансгендеров, у них все по старинке”
— Опять нет. Например у голубоголовых губанов (рыбка такая) при отсутствии самца одна из самок меняет пол. Она превращается в полноценного самца за 10 дней, но например мозг полностью “самцовым” не становится. Люди так не умеют, но у разных животных не все так однозначно. На фото самец слева, самки справа (фото Kevin Bryant).

“У каждого пола есть свой набор хромосом: у мужчин XY, у женщин XX.”
— Так-то оно так. Но например есть ген SRY, который определяет пол на определенных стадиях созревания эмбриона. Изначально он сидит на Y-хромосоме, но в процессе образования плода может перескочить на X-хромосому. Тогда у мужчины недоразовьются половые органы. А мутации в ассоциированном белке SOX9 могут вызвать формирование яичников. Есть и другие сюжеты всего этого дела.

Если убрать шелуху, в вопросе есть два важных аспекта: научный и медицинский.

— Научный

Из-за табуированости темы ее толком не исследовали до недавнего времени. Никто бы и не дал на это деньги лет 50 назад.

На фоне скудности наших знаний люди из лагерей “за” и “против” бинарности выдирают научные исследования из контекста, чтобы доказать свою правоту. К науке это не имеет никакого отношения.

— Медицинский

Если наука не сильно зависит от социальных классификаций, то медицина — вполне себе социальный продукт, причем с ограниченными ресурсами. Существует медицинская бюрократия, которая составляет список патологий. Цель — увеличить качество и продолжительность жизни людей, а не составить список “юродивых”, на которых нужно показывать пальцем.

Например у людей с перескочившим на X-хромосому геном SRY наблюдается предрасположенность к раку половых органов. Вместо того, чтобы толерантно называть это нормой или озлобленно отправлять таких людей в психушку, надо выбирать стратегию, исходя из увеличения продолжительности и качества жизни.

В общем сложный вопрос. И если его накачивать предрассудками, легче не становится. Ну а вне науки и медицины все просто: каждый дрочит, как он хочет.

Тему сегодняшний поста предложил читатель. Спасибо за идею)

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Рейтинги-хуейтинги. Часть 2

Недавно вышел рейтинг ВУЗов от QS на 2021 год. Кстати почему они нумеруются на год вперед? Это же не FIFA, в конце концов…

МГУ на 74 месте (поднялся с 84), Корнеллский университет на 18 как и в прошлом году. Мы уже обсуждали, почему эти рейтинги не являются объективными, а российские вузы там занижены.

В одном из новостных выпусков Артемий Лебедев назвал одну из причин. Если краток: в России научные статьи в основном производится в НИИ, а универы сфокусированы на образовании. На Западе же и науку, и образование производят университеты, что дает им больше баллов в рейтингах.

Это не совсем так. И в США, и во Франции, и в Германии есть огромные сети научных институтов, которые производят львиную долю топовой науки и ни как не связаны с университетами. Эти западные НИИ не являются учебными заведениями и отсутствуют в рейтингах ВУЗов, точно так же, как и российские институты.

Возникает вопрос: как сравнить научную состоятельность и НИИ и универов?

На то есть свои рейтинги. Например журнал Nature регулярно публикует Nature Index, который оценивает научный вклад всех НИИ и университетов мира.

Смотрим топ-500 научных заведений: 139 из США, 109 из Китая, 42 из Германии, 4 из России.

МГУ на 347 месте, Корнелл на 24-м. Российская Академия Наук (то есть все НИИ РАН суммарно) на 58 строчке — это единственная российская организация в топ-100. Впереди планеты всей Китайская Академия Наук, за ней Гарвард и немецкий Макс Планк.

Из-за разной цитируемости и частоты публикаций честнее сравнивать по предметам. Сразу бросается в глаза, что РАН вперед тянут физики (22 место в Physical Sciences), а та же биология (Life Science) сильно проседает — даже не входит в топ 100.

Помимо всем известных университетов в рейтинге действительно очень много НИИ, не входящих в рейтинг ВУЗов:

В том же Life Science на втором месте Национальный Институт Здоровья США (NIH) — огромный исследовательский центр в городе Бетесда, штат Мэриленд. Или например французский институт INSERM — 44-й (скорее сеть институтов, я там работал 4 года назад).

Интересно выглядит топ-100 институтов по скорости развития: 92 из 100 находятся в Китае.

Но на этих рейтингах тоже не стоит зацикливаться. По корявости они не уступают рейтингам ВУЗов:

Во-первых целые академии наук (типа РАН или китайской АН) сравниваются в перемешку с локальными топовыми НИИ типа Scripps Research. Хотелось бы какой-то нормализации, например производительность на лабораторию или на ученого.

Во-вторых не очень понятно, как учитываются публикации вне издательства Nature. Те же физики скажут, что у них котируется Physical Review Letters, в котором опубликована большая часть нобелевских работ по физике.

Тем не менее рейтинги типа Nature Index позволяют примерно оценит производительность научных заведений (1-е место явно лучше 500-го).

Напоследок зацените, как выглядит главная площадь в Salk Institute (еще один топовый американский НИИ, тоже отсутствует в рейтинге ВУЗов). Сфоткал, когда был проездом на конференции в Сан-Диего.

Всем добра,
Тг

#научпоп
#образование
Самодостаточность

Сегодня редкий пост не про науку.

Два года назад я ездил в Питер на матчи ЧМ2018. В перерывах между футбиком была плотная культурная программа. Вот три примера типовых экскурсий:

Экскурсия 1, Кронштадт: Маленький клочок земли в Финском заливе напичкан крутейшими техническими решениями 18 века. При этом экскурсовод всю дорогу виновато оправдывалась: “Наши технологии при Петре I не уступали голландским, наш форт “Александр I” не хуже французского…”

Экскурсия 2, Кунсткамера: Местный экскурсовод подхватил ту же песню: “…наша коллекция не уступает другим коллекциям … даже глобус есть”

Экскурсия 3, кораблик по Неве: Не мог оторвать глаз от изумительной красоты города. Но тут включился аудиогид, и началось: “Санкт-Петербург — Вторая столица, Третья Венеция, Десятый Амстердам…”

Мне как бы намекали, что перед СПб надо съездить в Венецию, Амстердам и еще десяток европейских городов.

После переездов во Францию и в США посыл “у нас не хуже” на контрасте все сильнее бросается в глаза во многих аспектах. Питер лишь попал под горячую руку как пример.

Тот же Нью-Йорк не является ни столицей США, ни даже столицей штата. Ньюйоркцев это вообще не парит. Для них это самый главный город в мире. Остальных они на шпиле Эмпайр-Стейт вертели.

Если сообщить эту информацию парижанам, они от изумления подавятся круассаном и прочими стереотипами. Ведь для них Париж — вообще единственный город в мире, остальное — бескультурная провинция. Они их на Эйфелевой башне вертели.

Недостаток самодостаточности всегда порождает вторичность. Питер — не вторая Венеция, а один из самых красивых городов в Европе и самый красивый в России. Надо позиционировать его так, чтобы туда ехали не после Венеции, а вместо Венеции.

Вот такая незамысловатая получилась аллегория. Распространяется не только на города;)

Напоследок зацените, как корейцы забивали немцам в Казани два года назад.

Всем добра,
Тг

#советдня
​​Curiosity

Настанет день, когда физики покорят атом и освоят самые отдаленные части Галактики, химики создадут материалы с невероятными свойствами, а биологи придумают таблетку от всех болезней. Ведь так?

Может быть, когда-нибудь… Давайте будем честными: у большей части науки нет и не будет никакого применения (имею ввиду фундаментальную науку).

Идеальный пример — астрономия. Открытие новых звезд не приводит к созданию новых продуктов. И вряд ли мы до этих звезд когда-нибудь долетим.

Пока вы читаете этот пост, где-то далеко на Марсе трудится легендарный марсоход, чем-то напоминающий Валл-И. Curiosity обошелся американцам в 2.5 млрд долларов (примерно как весь космодром Восточный).

Зачем в кусок железа размером с Ладу Калину влили столько денег? Наличие дорогой штуковины на Марсе не отражается на качестве жизни рядовых американских налогоплательщиков.

Ответ кроется в названии самого марсохода. Любопытство — основная причина, по который мы вытворяем все эти научные выкрутасы. Когда ученый ставит новый опыт, им движет желание ткнуть пальцем в неизвестное. В это время он не думает ни спасении человечества, ни о коммерческом применении.

Тыкание в неизвестное стоит денег. Их выдают в виде грантов. Отвечая на вопрос “зачем нам это финансировать?”, многие ученые начинают лукавить про грандиозные достижения из первого абзаца. Почему не быть честными: “Мы можем узнать, как это работает. Если вам тоже интересно, вот ценник”.

Безусловно у всего этого есть побочный эффект. Иногда фундаментальные открытия приводят к созданию новых инженерных решений. Научные центры обрастают стартапами, туда приходят фармкомпании и IT-гиганты. Далее все это размывается в Research and Development (R&D), который уже реально приводит к строительству самолетов и лечению болезней.

Но все же единственный гарантированный продукт фундаментальной науки — это новые знания.

Ну и в таком посте нельзя не вспомнить, как Nasa нарисовали огромный писюн на Марсе…))

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Новая этика

Через пару дней после переезда в Нью-Йорк я впервые оказался в Центральном парке. 5-я авеню была забита людьми со странными розовыми штуками на голове (на фото, источник - NYT). “Какие интересные шапочки” — подумал я и полез гуглить. Выяснилось, что это был марш женщин, выступающих против Трампа и его сексистских наклонностей. Розовые шапки олицетворяли вязаные вагины.

В последние годы появляется все больше вопросов, бросающих вызов устоявшимся этическим нормам: от уже банального “Можно ли подмигивать женщинам? А мужчинам?”, до неожиданного “Можно ли обижать роботов?”. Все эти вопросы объединяют в так называемую новую этику.

Ранее новая этика была локальной историей и существовала лишь в кулуарах интеллигенции и шуме активистов. Сейчас она меняет политику, определяет корпоративную этику и приводит к созданию новых смыслов в IT.

У изначально чисто социального явления появилась вполне себе утилитарная подоплека. Из соображений репутации все солидные университеты и крупные компании стали активно декларировать свою позицию, когда случается очередной metoo или BLM. Поэтому, если вы делаете карьеру, быть в курсе основных тем и публичной позиции вашей компании как минимум полезно.

Лично мне особенно интересна IT-составляющая новой этики. Мое любимое — эффект “зловещей долины” и стоит ли делать роботов, похожих на людей.

В этом блоге я мало касаюсь новой этики по двум причинам:

1. Во многих вопросах не шарю и еще не сформировал собственного мнения.
2. По моему опыту лучшие материалы по новой этике — всегда диалог двух людей. Все монологи и личные статьи, кем бы ни был автор, уступают в емкости.

[абзац удален]

Ну и про ту же “зловещую долину” есть у Себранта (тык).

Понятия не имею, как удобно давать ссылки на подкасты, поэтому даю ссылки на сайты. Или ищите ручками в вашем приложении для подкастов.

Всем добра,
Тг

#карьера
Обо всем понемногу

Накопилось новостей, ковидных и нековидных. Выложу их в один пост.

Про ковид:

Наш универ не будет повышать аренду в предстоящем учебном году. При этом стипендия выросла чуть больше, чем обычно. В норме и аренду, и стипу увеличивают на 3-4% каждый год.
-
Так как в госпиталь жертвовали много еды, нас бесплатно кормили 3 раза в день до конца июля. Несмотря на то, что я занимаюсь исследованиями, кормили и врачей и ученых.
-
Вообще часто стали перепадать какие-то плюшки. Я постоянно забываю снять бейдж госпиталя при выходе с работы. При виде бейджика многие бары делают скидку, в каких-то магазинах перепадает бесплатная выпечка. Каждый раз я объясняю, что вообще не врач, и в госпитале занимаюсь наукой. Но плюшки все равно навязывают, потому что это “для всех работников госпиталя”.
-
Меры предосторожности все те же: маски обязательны на работе, все встречи по зуму. Маски выдают на входе в госпиталь. Санитайзера вокруг столько, что можно полы мыть. Помимо этого нам надо заполнять ковидную анкету каждый день перед входом в госпиталь. В специальном приложении надо просто подтвердить, что симптомов нет, больных не облизывал. Так как я все еще долечиваю свой перелом, мне надо чекиниться и как сотруднику, и как пациенту.

Не про ковид:

На этой неделе к нам в госпиталь поступил брат Трампа Роберт. В пятницу Дональд Трамп решил навестить его. Из-за этого перед госпиталем перекрыли минимум километр дороги. Многие сотрудники забили соцсети призывами к импичменту президента, потому что тот мешает им перейти дорогу. Я как раз шел домой по тротуару и снял проезжающий кортеж Трампа (видео под этим постом, Трамп вроде бы в последнем черном джипе). Вчера Роберт скончался.
-
Вчера был на митинге против жестокости силовиков в Беларуси. Люди (в основном белорусы) приносили цветы к посольству РБ и в сквер напротив Генассамблеи ООН. Кто-то принес большие колонки — постоянно включали Ляписа. Иногда сигналили проезжающие мимо машины. За процессом со скучным видом наблюдали пятеро полицейских.

В конце с разрешения полиции несколько человек под крики “Уходи!” прямо перед зданием ООН запустили карикатуру на Лукашенко на красно-белых воздушных шариках (видео под этим постом).

🤍❤️🤍
​​Изобретаем лекарства на игровых приставках

Не знаю, с чего начать, поэтому начну с середины. Скорость производства науки все время растет. Но даже в последние последние годы на публикацию нормального качества в биологии уходило минимум полгода.

И тут ковид все сломал. Смотрите сами:

Декабрь. Мы узнали про вирус.
Конец января. Опубликован геном вируса.
Март. Опубликованы структуры вирусной протеазы и пепломера (красные пипки на самой известной фотке коронавируса).
Апрель. Протестированы сотни потенциальных ингибиторов протеазы. На момент написания поста их уже 940.
Май. Опубликованы десятки структур протеазы с ингибиторами (сейчас уже 188).
Конец мая. Насчитаны какие-то конские десятки миллисекунд симуляций молекулярной динамики (это очень много).

Год назад я бы оценил длительность такой работы минимум в 2-3 года (реалистичнее лет 5). Но никак не полгода.

Такая скорость стала возможна благодаря совместным усилиям — очень много лабораторий очень быстро скооперировались. Особенно на этой волне выстрелил проект Folding@home.

В чем суть:
Обычно для симуляции биомолекул с потенциальными лекарствами используют суперкомпьютеры. Но суперкомпьютеры дико дорогие и не такие умные, как хотелось бы. Запущенный 20 лет назад проект folding@home предлагает вместо одного дорогого суперкомпьютера объединить все домашние компы и ноутбуки мира.

Когда ваш ноут стоит без дела, вы можете подключить его к сети folding@home, и на нем тоже будут рассчитываться симуляции. Получается мировая сеть из обычных компьютеров. Вроде раньше можно было даже PlayStation подключить.

Пару месяцев назад этот “виртуальный суперкомпьютер” превысил вычислительную мощность 1 экзафлопс в секунду (это прям много, такого еще не удавалось ни одному суперкомпьютеру). Сейчас эта махина обходит по мощности 10 топовых суперкомпьютеров вместе взятых.

Конечно, у проекта есть и подводные камни — стоимость электричества и износ процессора вам никто возмещать не будет (хотя там небольшие затраты). То есть авторы не просто получили самый быстрый комп в мире, но и на электричестве и расходниках сэкономили. И сейчас они просчитывают сотни вариантов ингибиторов коронавирусной протеазы.

Кстати зацените, как работает роботизированный лабораторный стол (на видео). Одна лаборатория из нашего универа, участвующая в этом проекте, запилила себе такой прямо перед карантином. Вот уже полгода как сотрудники сидят с ноутами дома на диване или на пляже в Калифорнии, пока робот пашет за них в режиме 24/7. Странно, что они все еще нанимают лаборантов.

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Ежедневный пророк

Помните в Гарри Поттере была газета “Ежедневный пророк”? У издания была крутая фича, отличающая ее от магловских газет — живые фотографии, напечатанные на бумаге. Скорее это напоминало гифки — люди на фотографиях совершали повторяющиеся движения.

Этой фичи жутко не хватает научным журналам. Сегодня мы обложились микроскопами, модными симуляциями, 3D-моделированием и тп. Чтобы полноценно показывать результаты этих методов требуется анимация.

Но в научных статьях вы можете публиковать только неподвижные картинки (в основном тексте). Это ограничение ужасно бесит, особенно в 2020 году — когда все статьи в интернете, можно обложиться анимациями.

Научный журнал eLife пофиксил эту проблему. Печатать видосы на бумаге как в Гарри Поттере они еще не научились. Но зато они сделали статьи интерактивными.

Как это выглядит:
Авторы публикуют текст статьи и исходные данные. Далее изображения в статье генерятся из этих исходных данных на основе прикрепленного кода, написанного на питоне. Вы можете править этот код прямо в статье в браузере: чтобы листать картинки, двигать шкалы на графиках, пробовать построить свои уравнения.

Дальше лучше: все рассчитанные значения в тексте статьи тоже посчитаны вживую из исходных данных. Нажав на результат расчета какой-нибудь формулы, вам покажут код питона, который его посчитал. Это дико удобно, теперь можно делать всякие статистические тесты прямо в статьях!

Ну и вишенка на торте: статью можно запустить, как программу. То есть при запуске все коды, вкрапленные в статью последовательно запустятся и обновят содержание. Даже в Гарри Поттере такого не было.

Пример интерактива снизу: я открыл первую попавшуюся статью и поменял цвет левого столбца с красного на зеленый прямо на сайте журнала. То есть я могу переделать графики под себя, скажем, для презентации (например убрать лишние данные, поменять шкалы и тп). По сути это напоминает стандартный питоновский notebook, оформленный в статью.

Не могу не напомнить, как я 100500 раз призывал всех учиться программировать (тык1, тык2). И это не только про студентов. Многие профессора, которые “слишком старые для этого дерьма”, берут студентов, чтобы те им кодили. Скоро они и статьи полноценно читать не смогут?

Теперь осталось дождаться, когда постеры на научных конференциях будут показывать на экранах, а не на бумаге. А то печатать видео мы пока не научились.

ЗЫ. Теперь на этом канале нативные комментарии. Если у вас не работает - обновляйте телегу.

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Сколько стоит сломать ногу в Нью-Йорке

Данный пост не является медицинской рекомендацией. Лечитесь у врачей, а не у блогеров.

В середине мая я упал на тренировке и услышал до боли знакомый хруст. На следующий день пошел в наш ортопедический госпиталь (не пошел в больницу в день травмы из-за ковида, подробнее тут: тык). Сразу же сделали рентген. Врач принял через 15 минут.

Дико боялся, что улетела какая-нибудь связка. Оказалось — перелом малой берцовой — с облегчением выдохнул (кости заживают почти без последствий). Врач сказал, что с большой вероятностью срастется без операции — смещение небольшое, и кость сама выровняется. Прям день хороших новостей)))

Прогноз: буду бегать через 2-3 месяца (забегая вперед, прогноз не сбылся).

Дальше я ходил к врачу раз в 2-3 недели. Каждый раз рентген, и прием через 15 минут. Каждый прием врача и каждый рентген стоил $25 с моей страховкой. Всего $50 за визит. Всего было 5 визитов.

Итого за приемы врача и рентгены — $250.

На пятой неделе я начал физиотерапию. Сеанс физиотерапии с моей страховкой — тоже $25. Первый месяц — два раза в неделю, второй месяц — раз в неделю. Далее — два раза в месяц. Физиотерапевт сказал, что врачи все время переоценивают восстановление — на деле я смогу ходить через 2 месяца, бегать через 4. Так и случилось.

Итого за физиотерапию на момент, когда начал ходить — $250, когда начал бегать — около $400.

Здесь надо объяснить, как работает американская страховка. После оказания медуслуг госпиталь выставляет счет вашей страховой компании. Эта сумма всегда завышена, так как страховка будет торговаться. Например за первый прием мой госпиталь запросил $1700. Далее страховка перенаправляет этот чек третей конторе, которая оценивает адекватность услуг и самой цены. В результате этой “экспертизы” страховка сообщает госпиталю, сколько она готова заплатить на самом деле. Разницу госпиталь может потребовать с вас.

Если у врача и страховой компании есть договоренность о сотрудничестве, независимо от их внутренних споров о цене, вы будете платить фиксированную стоимость — co-pay. Для меня этот co-pay составляет $25 на большинство услуг. На сайте каждого врача есть список страховок, с которыми он работает.

Также есть out-of-pocket cost — сумма, которую бы я заплатил, если бы вообще не использовал страховку. Эта цена как правило фиксирована. Например первый прием физиотерапевта out-of-pocket обошелся бы в $560, последующие — $280.

По восстановлению: начал ходить через 2 месяца, легкий бег — через 4 месяца, футбол — 5 месяцев. Голеностоп все еще слабый, никак не получается вернуться в форму, но прогресс на лицо.

Стоит оговориться, что это лучший спортивный ортопедический госпиталь в США и один из лучших в мире (тык), так что не стоит оценивать по нему средний уровень медицины. Я лечил здесь 2 перелома, каждый раз меня отлично восстанавливали. В госпитале работают крутейшие врачи и физиотерапевты. Например мой врач работал в клубе New York Jets, физиотерапевт работал в Brooklyn Nets. Моя знакомая недавно повредила связки — ее лечила врач, которая была терапевтом женской сборной США на Олимпиаде в Сочи.

К счасть этот госпиталь — часть нашего кампуса, и университет оплачивает студентам страховку, которая действует в этом госпитале.

Всем добра,
Тг

#чёпочём
​​Коллективный разум

Моим первым курсом в аспирантуре была биофизика. Рассказывая структуру курса на первом занятии, лектор посоветовал делать домашние задания в группах:

“Working in groups is strongly encouraged. Make friends with the other people in the class, work together, talk to each other, make use of each other’s intelligence.”

Этот курс был не исключением: все последующие предметы в аспирантуре включали работу в группах.

До переезда в США у меня был другой опыт — над большинством домашек все работали поодиночке. Коллективная работа ограничивалась простым списыванием (пост про списывание тут).

Действительно, может сложиться впечатление, что если разрешить работу в группах, то один отличник будет делать всю работу за двух-трех троечников. Но бороться со списыванием надо не разделением студентов, а нулевой толерантностью к списыванию. У нас в Корнелле за списанные работы просто ставят ноль баллов без возможности пересдачи.

Но даже без прямого списывания при работе группах кто-то всегда делает чуть больше. В этом нет ничего страшного. За счет разных подходов и обсуждения работы выигрывают все.

Фраза “…make use of each other’s intelligence” идеально это описывает.

Например, сейчас я прохожу курс, в котором довольно много программирования. И я мог бы в одиночку написать все проекты по программированию. Но каждый строит алгоритмы и пишет код по-своему. За счет работы в группе я узнаю варианты решения, до которых не додумался сам, и делюсь своими вариантами с другими. А обсуждение позволяет найти оптимальное решение.

Кстати подобный подход заложен в основе школы 42 — французского феномена в образовании, про который я рассказывал ранее (тык).

Ну и по традиции медиафайл к посту опять не в тему. Недавно был в парке Секвойя — зацените, как выглядит “Генерал Шерман” — одно из крупнейших деревьев в мире. Эта 83х метровая махина пустила корни еще до появления Римской империи.

Всем добра,
Тг

#образование
​​Менторство

Вы часто присылаете вопросы по поступлению в магистратуру/аспирантуру и науку за рубежом в целом. Кому-то нужен конкретный совет, кого-то просто мотивировать к действию. Для меня это тоже хороший нетворкинг — в итоге все довольны.

Взаимопомощь — очень сильная черта академической среды: вы все время у кого-то учитесь, а кто-то учится у вас.

Этим летом мне написал парень из Принстона и предложил поучаствовать в программе Science Mentors.

Он — Саша Кауров (астрофизик из Принстона) и еще два организатора, Виктория Коржова (менеджер по продукту в Product People) и Михаил Крещук (занимается quantuum computing в Tufts University) — замутили очень крутую историю. В чем суть:

В программу набирают мотивированных студентов, которые уже успели соприкоснуться с наукой, но столкнулись с какими-то сложностями, и их надо немного подтолкнуть к следующему шагу. Также набирают группу менторов, которые уже выпустились и имеют опыт работы в академии/индустрии. Среди студентов отбирают тех, кому программа реально может помочь исходя из текущего набора доступных менторов.

После набора составляют пары: 1 студент — 1 ментор. Они выявляют проблему и обсуждают цели на программу. И далее встречаются/созваниваются шесть раз по часу с перерывами в две недели. На каждой встрече студент и ментор смотрят на текущий прогресс и обсуждают дальнейшие действия.

Например, в предыдущем наборе мне назначили студентку, которая хочет продолжить академическую карьеру, но сомневалась, куда идти дальше. Мы обсудили потенциальные лаборатории, рассмотрели разные программы и как лучше оформить заявку. Сейчас она активно подается в аспирантуры в разных странах. На самом деле она бы и без меня справилась, я скорее был группой поддержки.

Вообщем отличная инициатива, организация супер. Ну и в целом ребята занимаются важным делом. Сейчас идет новый набор.

Подробнее о программе можно почитать на сайте: ➡️ клик.
Там же есть формы заявок для студентов и для менторов.

Следующая программа начинается 1 февраля.
Прием заявок открыт до 17 января.

Участие бесплатное: студенты не платят, менторам не платят.

Если вы студент, которому нужна помощь, или потенциальный ментор, который хочет помочь — велкоме. Я уже записался в менторы.

А если этот пост не для вас, то просто с наступающим Новым Годом!
ЗЫ. Мы с друзьями по приколу взяли тест-драйв Теслы. Оказывается, машина за $80К умеет пукать))

Всем добра,
Тг

#образование
​​Идеальное разрешение

Каждый декабрь разные издания публикуют топы научных достижений уходящего года. Сегодня расскажу о нескольких достижениях, которые особо не заметили в широких новостях, но горячо обсуждались в научных кругах. Думаю, именно они сыграют важную роль в будущем.

Дело в том, что сразу два популярных вида микроскопии: флуоресцентная и электронная — приблизились к своему идеальному разрешению.

Начну издалека. Откройте карты на телефоне и посмотрите на вашу геолокацию. Технически телефон измеряет свое местоположение, а не ваше. В каком случае геолокация телефона определена с идеальным разрешением? — когда погрешность геолокации равна размеру телефона (а точнее чипа GPS).

Флуоресцентная микроскопия чем-то напоминает определение геолокации. Вы прикрепляете флуоресцентную (светящуюся) метку, например, к какому-нибудь белку в клетке. Далее флуоресцентный микроскоп позволяет увидеть, в какой именно части клетки находится эта метка (а значит и сам белок). Задача похожа на определение геолокации, где вы - это белок, а телефон с GPS — флуоресцентная метка.

С развитием метода точность поиска метки все время росла. И вот Abberior Instruments — компания Штефана Хелля (я его уже упоминал: тык) — показали микроскоп Minflux, разрешение которого равно размеру флуоресцентной метки. На фото видно его разрешение по сравнению с конфокальным микроскопом (больше фоток на сайте - тык). Судя по соцсетям, Minflux расходится как горячие пирожки. Уже выходят первые исследования, сделанные на этом микроскопе. And there are more to come…

Теперь про электронную микроскопию:

Единственное отличие от обычного светового микроскопа — на образец светят пучком электронов — это позволяет увеличить разрешение на порядки. Улучшенная версия — криоэлектронная микроскопия — даже позволяет определять структуру белков, то есть найти координату каждого атома белка в 3D.

Но в случае со структурами белков задача чуть сложнее, чем с геолокацией. Микроскоп может делать только двухмерные фотографии. Таким образом вы фотографируете двухмерную “тень” трехмерного объекта. А дальше комп собирает из этих “теней” 3D-структуру. Идеальное разрешение структуры белка должно быть соизмеримо с размером атома (сильно утрирую).

Лет 10 назад многие бы сказали, что это нереально. Но в этом году сразу две лаборатории (раз, два) за счет ряда улучшений смогли достичь разрешения структуры белка с точностью в один атом!.. Один атом, Карл!

Хорошо, увеличилось разрешение: и что с того? — Дело в том, что большая часть новых данных об устройстве живой клетки производится именно этими методами. Современная физиология клетки уже кардинально отличается от физиологии 10 лет назад. Судя по последним улучшениям разных методов, скоро физиология окончательно покроется уравнениями и расчетами и превратится в биофизику на стероидах.

Казалось, что год можно заканчивать, но тут отличились ребята из Google Deepmind (та самая компания, чья нейросеть обыграла человека в го). Они заявили, что им вообще не нужен никакой микроскоп, чтобы узнать структуру белка.

Они показали нейросеть AlphaFold, которая с довольно высокой точностью предсказывает структуру белка всего лишь по его аминокислотной последовательности. Разрешение ниже, чем в криоэлектронной микроскопии, но, думаю, это вопрос времени. Если эта штука заработает рутинно, то для получения структуры белка вместо многомиллионного оборудования и недель работы достаточно будет иметь ноут с инетом, и вы получите структуру в один клик. То есть предсказание потенциальных лекарств будет занимать два клика. Заслуженно многие отзывы об этой работе начинались со слов “It’s a game changer”.

Бонус:

Deepmind вообще феерили в этом году. Например они показали нейросеть, которая лучше живых врачей предсказывает рак груди по маммограммам. Сейчас есть куча лаб, которые пытаются научить комп ставить диагнозы по рентгеновским снимкам, МРТ или УЗИ. Но таких убедительных результатов я еще не видел.

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Дойная корова

Давайте на секунду забудем про высокие цели и обсудим академическую карьеру с утилитарной точки зрения.

В науке есть устоявшаяся лестница карьерного роста: студент -> аспирант -> постдок -> временный профессор -> постоянный профессор (tenured). После постдока могут быть всякие пертурбации типа инструктора или senior research associate. Но, как правило, постдоки, которые хотят остаться в академии, метят в профессора. Эту ступень и обсудим.

При поиске профессорской позиции и создании лаборатории важно грамотно выбрать тему. Если из вас как из рога изобилия валят гениальные идеи, или вы прост забираете тему с постдока в свою лабу, то все хорошо. Если темы нет, то нужно ее искать.

Как вариант можно сделать лабу, основанную на каком-то методе и превратиться в часть инфраструктуры универа. Про этот вариант я уже рассказывал (тык).

Если это не для вас, то надо искать тему исследования. Как вариант можно почитать ревью. Обычно в конце авторы пишут, что именно в данной области еще не известно, и на какие вопросы предстоит ответить. Если ничего не нашли, можно самому почитать статьи и сложить из них общую картину — по-любому найдутся пробелы.

Но есть и читерский ход — заглянуть в базу данных грантов. Например у NIH — одного из крупнейших источников финансирования биомеда в США — есть система грантов NIH RePORTER. Там есть все: институты и фамилии исследователей, сколько им дали денег, и на какую тему. Даже абстракты прилагаются. Подобные базы данных есть во многих странах.

Допустим, вы хотите заниматься структурой рецепторов, но не знаете, какой именно рецептор выбрать для исследований. Ищете несколько разных рецепторов в NIH RePORTER. При первом же поиске можно оценить востребованность темы по количеству грантов в целом, и в каждом институте по отдельности. Если вас не берут в условный Гарвард, где вся поляна занята, то через несколько минут поиска можно найти, что криоэлектронный микроскоп для исследования структуры рецепторов есть и в далеком университете Монтаны, где конкуренция гораздо ниже.

Также можно прикинуть конкуренцию по количеству выпавших фамилий. Возможно многих вы уже знаете, если вы раньше крутились в этой области. Скорее всего эти же люди будут оценивать ваши заявки на гранты и давать отзывы на научные статьи.

И здесь надо найти золотую середину: чтобы ваша работа была востребована, но не захлебнуться в конкуренции. Многие профессора, которые удачно выбрали тему и смогли хорошо опубликоваться в первые годы, потом могут десятилетиями доить ее как корову, обновляя гранты раз за разом. Знаю таких лично, и в базе данных грантов их не сложно отследить.

Ну и надо отметить, что я сам еще аспирант: до профессора мне пахать и пахать. Умозаключения выше основаны на личных наблюдениях за карьерами старших знакомых: кто как делал, и у кого как получилось.

Снизу статистика по выдачам очень популярного гранта для профессоров — NIH-RO1. Больше статистики по грантам NIH на NIH Data Book.

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Признак хорошей аспирантуры

Сформулировал для себя один важный признак хорошей аспы: высокое соотношение числа профессоров и аспирантов. Чем больше профессоров на одного аспиранта, тем лучше.

Да, так просто.

Основная цель аспы — сделать из всезнающих и ничего не умеющих студентов профессиональных ученых. Для этого аспирант должен выполнить большой (3-5 лет) научный проект — диссертацию. Попадать пипеткой в пробирку и включать микроскоп можно научиться за пару месяцев. А все остальное — от гипотезы и плана работы до обсуждение результатов и оформления исследования в научную статью — требует внимания профессора.

Или нескольких. Чем больше глаз критически оценят вашу работу, тем лучше.

Я понял, насколько это важно, когда попал в Корнелл. Только на нашем факультете на 45-50 профессоров приходится 50-60 аспирантов (набирают около 10 аспирантов в год) — получается почти один к одному. Это много, учитывая, что наш факультет не набирает бакалавров. Соответственно они не отнимают профессорское время.

Еще есть други факультеты. Также в наш кампус входят Rockefeller University и MSK Cancer Center — мы буквально обставлены профессурой. Все — известные ученые с тысячами и десятками тысяч цитирований. И все готовы выделять нам время. Плюсом это отличный нетворкинг. Благодаря аспирантуре я лично знаком или в одном рукопожатии с практически всеми крутыми учеными в моей области.

Это правило можно расширить и на бакалавриат. Но в бакалавриате один интересный лектор может читать материал сотням студентов студентов одновременно. Так что скорее важно число семинаристов. В аспирантуре же нужны именно крутые ученые.

Об этом же говорил Сергей Гуриев. Сейчас он часто выступает экономическим комментатором. Но вообще он был ректором РЭШ, а сейчас заведует аспирантурой в Sciences Po — наверно самом престижном дипломатическом ВУЗе Франции. Так что в организации образования он что-то понимает.

Конечно, это не единственный параметр хорошей аспирантуры. Важно учитывать ресуры лаборатории, связи/престиж универа. Но часто это сопутствующие вещи.

На сладкое можете послушать пару выступлений Сергея Гуриева про образование:
раз
два (не нашел полную версию)
- в тему пост про набор в аспирантуру (тык)

Всем добра,
Тг

#образование
Роторная турбина внутри тебя

Иногда рассказываешь человеку не из научной среды про свои исследования. Он внимательно слушает. Далее всегда тот же вопрос: погоди, так это физика или химия?

Сегодня расскажу о крутой штуке, в которой и физика, и химия, и биология.

Скучное вступление:
В каждом учебнике биологии написано: “митохондрия — это энергетическая станция клетки”. Эту мысль расписывают в следующую картину: митохондрии — загадочные пузырьки внутри клетки. Магическим образом они создают молекулы АТФ. Дальше энергозатратные части клетки расщепляют эту АТФ, что приводит к выделению энергии.

В углубленном курсе биологии оказывается, что в митохондриях творится вовсе не магия, а сложные цепочки химических реакций: цикл Кребса и дыхательная цепь. Их реально рисуют как цепи из стрелок. Над каждой реакцией подписывают фермент, который ее катализирует.

Реакция, в результате которой генерится сама АТФ:
АДФ + фосфат ион = АТФ

Интересная часть:
Эту реакцию катализирует фермент АТФ-синтаза. Это и есть та самая крутая штука, о которой я хотел рассказать.

Этот белок (на видео сразу два белка) напоминает собой жернова (сверху), в которые воткнут ротор с лопастями. Сами лопасти воткнуты в мембрану митохондрии (фиолетовые, снизу). Когда концентрация кислоты с двух сторон мембраны меняется, кислота (ионы водорода) начинает просачиваться между лопастей сквозь мембрану, тем самым раскручивая ротор. Вращающийся ротор приводит в движение жернова. Эти жернова хватают АДФ и фосфат ион, физически их “сминают”, и выплевывают АТФ.

Эта штука может крутиться со скоростью 350 оборотов в секунду. Причем есть подвиды АТФ-синтазы, которые, наоборот, могут рвать АТФ, тем самым раскручивая ротор и качая кислоту в другую сторону.

АТФ-синтазы расставлены в отсеках митохондрий как роторные турбины Ток кислоты для них создают специальные насосы. Также внутри полно других белковых машин, которые управляют процессом. В итоге имеем: митохондрия вполне себе напоминает энергетическую станцию.

Все это происходит в каждой клетке вашего организма, пока вы читаете этот пост.

Кстати, эксперимент, который впервые показал вращение ротора — вообще топ. Взяли АТФ-синтазу, оторвали лопасти у ее ротора, вместо них прицепили длинную светящуюся палку. Эту конструкцию приклеили жерновами к твердой поверхности и налили сверху раствор АТФ. Светящаяся палка начала крутиться, как стрелка часов.

Изначально я писал этот пост, чтобы рассказать о проблеме разделения физики, химии и биологии в образовании. Но увлекся рассказом про АТФ-синтазу. Так что о разделении предметов в другой раз. Фермент — огонь, согласитесь же?

Если понравилось, можете почитать старый пост про молекулярные лифты и датчики холода (тык).

Всем добра,
Тг

#научпоп
ЗЫ. Пора вводить новый хэштег #огненныебелки
​​Don’t be a jerk

В декабре я публиковал пост про менторскую программу, которая сейчас уже вовсю идет. Судя по просмотрам и количеству заявок тема востребована. Поэтому некоторые мысли буду выкладывать сюда с хэштегом #менторство.

Одним из ключевых шагов в научной карьере является выбор научного руководителя. Очевидно при выборе надо обратить внимание на тему, scientific record, ресурсы лабы и тп. Но один из основных параметров — как в анекдоте, “главное, чтобы человек был хороший”. К сожалению в научной среде у профессуры слишком много власти над подопечными. Вам не просто придется работать с этим человеком 2-5 лет. Ваша будущая научная карьера во многом в его руках еще лет пять после того, как вы закончили с ним работать. Многие мои знакомые, ушедшие из науки, сделали это именно из-за научника.

Самое жесткое из того, что слышал: у знакомого в институте был один научник-мудак: орал, обзывался… Однажды один постдок не выдержал и втащил ему между глаз (нет, это мы тоже не поощряем). Решили спустить на тормозах, при условии, что этот постдок уволится по собственному, уедет из страны и закроет визу.

Итак задача: как вычислить научника-мудака?

Первая мысль — пообщаться с ним лично. Но это не совсем подходит: часто профессора вне лаборатории, на публике пытаются казаться лучше, чем они есть. Помните, им надо нанять очень квалифицированных кадров на очень маленькую зарплату.

Второй вариант — расспросить людей, которые с ним работают. Но они не всегда скажут все как есть. Ведь это уже их научник, который уже влияет на их карьеру. Вывод: надо найти тех, кто говорить не боится. Только где их взять?

Лезем на сайт лаборатории. Заходим на вкладку сотрудники и скролим до списка alumni (выпускников). Обычно профессора публикуют список выпускников и их текущее место работы, чтобы прорекламировать свою лабу как удачное место для карьерного роста. Но нам эти люди нужны, чтобы найти всех скелетов в лабораторном шкафу. Если списка выпускников на сайте нет, можно поискать в списке авторов по старым статьям научника.

Дальше ищем, где эти люди работают сейчас, находим емэйл и пишем с просьбой созвониться. Как правило большинство соглашаются и даже рады новому знакомству. Во время звонка сначала познакомьтесь — нетворкинг всегда, нетворкинг во всем — и потом расспросите про научника. Список вопросов подготовьте заранее. Может получиться, что научник — в целом человек хороший, но не подходит вам по стилю работы. Так что это тоже лучше обсудить.

Ну и в конце напомню, что требования, которые вы выдвигаете к другим, надо применять и к себе. Однажды нам проводили экскурсию по стартап-инкубатору в CornellTech. На входе стояла доска, на которой маркером был накарябан устав инкубатора. Последним пунктом было “Don’t be a jerk”. Начальник инкубатора пояснил:

“Мы смогли создать комфортную рабочую атмосферу в нашем коллективе и очень ценим это. Некоторые люди думают, что их высокий интеллект является оправданием их стремного характера. Может быть так было раньше, но сейчас это не так. Сейчас на рынке интеллектуального труда достаточно высокая конкуренция, и мы можем себе позволить не нанимать мудаков”.

Кстати зацените, какой крутой кампус себе забабахал CornellTech. По ссылке виртуальный тур по кампусу в 3D.

Всем добра,
Тг

#научпоп
#менторство
Просветительская деятельность

Пришла беда, откуда ждали. Госдума в третьем чтении приняла закон о просветительской деятельности. Далее его одобрил Совфед. Текст на сайте госдумы: тык.

Не могу сказать ничего нового про этот закон: он вредный и ненужный. Иллюзии о его пользе окончательно пропадают после прочтения пояснительной записки.

На этой неделе вДудь выпустил очень важный видос про kruzhok.io. Ребята из Кружка ездят по небольшим селам и проводят крутые учебные программы с местными детьми. Мне эта история показалась очень личной, хотя сам я не из маленького города (из Екатеринбурга), и учился в сильной школе (привет всем из девятки).

Но я увлекся наукой и могу ей заниматься в одном из сильнейших университетов мира во многом благодаря тому, что в нужное время мне попадались люди типа ребят из Кружка. Это могли быть короткие программы или внеурочные занятия, иногда случайные встречи. Но порой даже несколько фраз могли повлиять на мое мировоззрение.

Если у организаций типа Кружка начнутся проблемы, потеряют в первую очередь не “просветители”, а потребители этого самого просвещения. Поэтому предлагаю популяризировать популяризаторов. Если вам попадаются интересные статьи/блоги/подкасты про науку — не стесняйтесь делиться ими с друзьями. Кого-то может завлечь космос, кого-то генетика, кого-то лингвистика. Рассказывайте про интересные учебные программы и курсы — пусть знают, у кого вы научились делать сайты.

Я тоже буду стараться подсвечивать больше ресурсов, популяризирующих науку на русском языке. Благо их полно. Если вы сами вещаете про науку, можете прорекламироваться в комментариях — буду чистить только дичь и оффтоп. А сегодня отмечу Илью Колмановского. Можете начать с его лекции про опасность массового ожирения.

Всем просвещения,
Тг

#образование