#конференции

📌Всероссийская конференция им. академика В.И. Овчаренко «Органические радикалы и органическая электрохимия: фундаментальные и прикладные аспекты» (2023)

🏛Место проведения — Москва, ИОХ РАН🏛;
🗓Даты проведения — 13-15 ноября 2023;
⏰Сроки подачи тезисов — до 15 октября 2023;
👥Способ проведения — офлайн;
🔗Подробнее — по ссылке

Российская база данных позволит обучить ИИ для помощи геологам

Определить, какой минерал находится перед геологом – достаточно сложная и трудоемкая задача. Анализ пробы может занять от 30 минут до нескольких дней. Ситуация осложняется тем, что не все минералы изучены одинаково хорошо. В природе существует около 6000 минералов, а подробно описаны только несколько сотен породообразующих и представляющих интерес для промышленности типов.

Визуальная диагностика – первый и наиболее распространенный метод анализа горных пород и минералов. Она позволяет отделить образцы, которые можно обрабатывать автоматически, от образцов, требующих ручного контроля. В то же время, именно этот подход больше всего подвержен человеческому фактору. Научные группы по всему миру работают над изучением методик визуальной диагностики с помощью ИИ, чтобы понизить процент ошибок при внешней оценке образцов. Это значительно экономит время на рутинных задачах, позволяя исключить из процесса дорогостоящие спектроскопию или химический анализ в случаях, когда они выполняются для подстраховки.

В то же время, в литературе отсутствуют четкие ориентиры для анализа изображений минералов и общепринятая система сравнительного анализа. Чтобы решить эту проблему, научные группы «FusionBrain» и «Глубокое обучение в науках о жизни» Института искусственного интеллекта AIRI создали проект «MineralImage5k». Совместно с коллегами из SberAI и МГУ им. Ломоносова🏛 ученые собрали базу данных из 44 тысяч изображений более чем 5 тысяч видов минералов. Внутри этой базы содержатся подмножества данных для классификации, сегментации и оценки размера образцов. Работа была проведена при поддержке Минералогического музея им. А.Е. Ферсмана, в фондах которого хранится более 170 тысяч образцов горных пород и минералов.

Созданная база, хоть и уступает по размеру самому большому в мире датасету Mindat из миллиона изображений, является более однородной по условиям съемки, состоит из необработанных образцов, близких к минералам в дикой природе, и формирует более широкий взгляд на минеральное разнообразие. Совокупность этих факторов обеспечивает лучшее качество обучения моделей ИИ. Кроме того, «MineralImage5k» привязан к коллекции музея и позволяет провести дополнительное изучение любого образца.

Работа опубликована в журнале 📕Computers and Geosciences (IF = 5.17)

Также рекомендуем подписаться на телеграм-канал научно-исследовательского Института искусственного интеллекта AIRI👾

Читать новость на сайте👇🏻
https://colab.ws/news/744
#новости

Центр квантовых метаматериалов, НИУ ВШЭ

📍Организация:
Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»🏛
🧑🏻‍🔬Области науки: Физика конденсированного состояния

Чем мы занимаемся:
Целью создания и деятельности Центра являются исследования физических свойств метаматериалов, на которые существенное влияние оказывают квантовые эффекты. Название «метаматериалы» происходит от греческого «мета», означающего «за пределами». Метаматериалы обладают свойствами, не присущими ни одному из материалов, входящих в их состав. Технологии сегодняшнего дня позволяют создавать структуры с характерными масштабами в несколько нанометров и даже меньше. На таких масштабах решающую роль играют квантовые эффекты. Эти эффекты могут помогать, а могут мешать, поэтому крайне важно «сделать их нашими друзьями». Для этого их необходимо исследовать и понимать, как они влияют на физические свойства метаматериалов.

🔬Направления исследований:

— Влияние беспорядка и примесей на сверхпроводящие свойства материалов

— Магнетизм и сверхпроводимость

— Низкоразмерные и композитные сверхпроводящие метаматериалы

— Свойства межтиповых сверхпроводников

— Сверхпроводники с конденсатом состоящим из многих компонент

— Двухмерные полупроводниковые струкруры

— Полупроводниковые квантовые точки

👇🏻Подробнее на странице лаборатории
https://colab.ws/labs/557

#лаборатории

Капсид циповируса может быть использован для доставки лекарств

Большинство вирусов покрыты белковой оболочкой — капсидом, который защищает вирусный геном от пагубного воздействия окружающей среды и транспортирует его в заражаемую клетку. Вирусные и другие подобные белковые оболочки можно модифицировать и использовать для адресной доставки лекарств в поврежденные ткани и органы. Однако для этого необходимо хорошо понимать законы и механизмы, определяющие их структуру и свойства, включая механизм саморазборки вирусных оболочек при инфицировании.

Ученые из Южного федерального университета🏛 с коллегами из Китая исследовали сложные белковые оболочки циповирусов, вызывающих кишечные инфекции у насекомых, включая знаменитого тутового шелкопряда. Эти вирусы уникальным тем, что их геном помимо капсида защищен еще и внешней оболочкой из белка полиэдрина, которую также называют вирусным полиэдром. Полиэдрин в больших количествах вырабатывается зараженными клетками и образует кристаллы в форме куба, напоминающие по форме кристаллы обычной поваренной соли. При сборке вирусных частиц капсиды циповирусов встраиваются внутрь этих белковых кристаллов, тем самым обретая дополнительную защиту от неблагоприятных факторов внешней среды, например экстремальных температур и моющих средств, уничтожающих большинство других вирусов. При этом, когда циповирус попадает в желудок насекомого, он сбрасывает полиэдриновую «броню» и получает возможность инфицировать клетки насекомого.

Предыдущие исследования показали, что полиэдриновые кристаллы растворяются в щелочной среде желудка насекомых, однако почему это происходит и как именно капсиды встраиваются в полиэдры, оставалось неясным.

Авторы новой работы с помощью математических расчетов и 3D-моделирования белковых молекул смогли впервые определить детальное устройство вирусных полиэдров со встроенными в них капсидами циповирусов, что не удавалось другим исследовательским группам, полагающимся лишь на современную микроскопию. Несмотря на то, что капсиды циповирусов имеют форму двадцатигранников, а вирусные полиэдры — кубическую форму, оболочка из полиэдрина, как установили исследователи, плотно прилегает к капсиду вируса. Такой плотный контакт — одна из причин невероятной стабильности образующейся структуры. Разработанная учеными модель показала, что внутри полиэдров могут образовываться полости или «гнезда», форма которых как раз подходит для размещения капсидов.

Работа опубликована в журнале 📕Nanoscale Advances (IF = 5.60)

Читать новость на сайте👇🏻
https://colab.ws/news/745
#новости

Группа эмбриофизиологии

📍Организация:
Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН🏛
🧑🏻‍🔬Области науки: Нейрохимия, Эмбриология, Клеточная биология

Чем мы занимаемся:
Классические нейротрансмиттеры, такие как серотонин, катехоламины и ацетилхолин, обладают функциональной активностью уже на самых ранних стадиях онтогенеза, еще до формирования первых нервных клеток. Они выполняют широкий спектр функций, регулируя и модулируя различные процессы. Так, биогенные амины участвуют в индукции созревания яйцеклеток, контроле клеточного цикла во время делений дробления, регуляции активности ресничных движений и установлении лево-правой асимметрии. Это лишь некоторые из описанных эмбриональных функций, которые выполняют эти вещества. Интересно то, что донервная активность нейротрансмиттеров была описана в эмбриональном развитии представителей самых разных групп животного царства, в том числе губок и простейших, не имеющих нервной системы. Это свидетельствует о широкой распространенности и эволюционной значимости нейротрансмиттеров в эмбриональном развитии. Группа эмбриофизиологии занимается исследованием механизмов, посредством которых нейротрансмиттеры регулируют ранние стадии эмбрионального развития и оогенеза. Коллектив изучает взаимодействие нейротрансмиттеров с другими сигнальными путями и факторами, чтобы определить, каким образом эти вещества координируют и настраивают процессы эмбриогенеза. Результаты этих исследований помогают нам лучше понять активность нейротрансмиттеров на ранних стадиях развития и оценить их значение для нормального развития организма.

🔬Направления исследований:

— Механизмы действия трансмиттеров и их функциональных аналогов в раннем эмбриональном развитии

— Структурно-функциональная организация трансмиттерных сигнальных систем в клетках ранних эмбрионов

— Роль серотонина в регуляции процессов оогенеза и овариального фолликулогенеза млекопитающих

👇🏻Подробнее на странице лаборатории
https://colab.ws/labs/558

#лаборатории

⚡️НАУЧНЫЙ ПОИСКОВИК COBALT⚡️

Мы рады сообщить о запуске бета-версии собственного поисковика по научной литературе Cobalt — CoLab base
of literature 🔥

Поисковик работает на основе собранной нами базы из метаданных 112млн+ научных публикаций и 1.5млрд цитирований.

В заглавной строке доступен поиск по:
— названиям публикаций
— ФАМИЛИЯМ авторов
— DOI

Результаты поиска можно отсортировать по релевантности, по дате или по цитируемости, а также добавить в избранное.

Также доступна фильтрация по:
— Годам
— Квартилям
— Open Access
— Обзор/не обзор
— Типу публикации
— Организации (Россия, Беларусь, Казахстан)
— Стране
— Издательству
— Журналу

Интерфейс Cobalt 🔥 доступен на двух языках: русском и английском. В поисковик также можно зайти с главной страницы профиля на CoLab.

👉🏻Приглашаем всех к использованию по ссылке https://cobalt.colab.ws/ и будем рады обратной связи!

В следующих постах мы подробно расскажем о том, какие задачи можно решать с помощью нашей поисковой системы, а также разберем систему фильтрации и добавление в избранное.

Команда CoLab.ws 🔥

🔥 В дополнение к предыдущему посту несколько комментариев:

1) Сейчас работает только поиск по ФАМИЛИИ авторов. Уже работаем над тем, чтобы можно было дополнительно указывать имя, инициалы или ORCID 🔥

2) Запросы с AND, OR, * и т.д, также в разработке

3) Если не хватает каких-то журналов или издательств — пишите, мы добавим в базу

4) Лучше использовать запросы на английском языке — база преимущественно состоит из публикаций на английском языке. На русском тоже есть, но их меньше

5) Также в следующих обновлениях добавим автодополнение и возможность подписки на запрос

ВОЗМОЖНОСТИ ПОИСКОВИКА COBALT (часть 1) 🔥

Сегодня мы хотим поделиться некоторыми вариантами использования поисковика для решения разных задач:

— При ознакомлении с новой для вас темой исследований наиболее полезной будет функция фильтрации обзорных статей. Например, можно изучить обзоры по MOFs

— Использование сортировки по дате поможет при изучении наиболее важных новых статей по интересующей тематике. Например, можно узнать свежие статьи, связанные с AlphaFold

— Используя фильтр по журналу можно просматривать самые цитируемые или самые новые статьи выбранного журнала. Например, доступен список самых новых статей в JACS📕

— С помощью фильтра по организациям можно посмотреть самые цитируемые публикации каждой организации. Например, можно изучить самые цитируемые публикации ИОХ РАН🏛 или ИК СО РАН🏛

📥Мы улучшаем Cobalt 🔥 ежедневно и будем рады вашей обратной связи! Присылайте свои комментарии или пожелания по работе поисковика нам на почту [email protected] или в телеграм-чат технической поддержки.

Команда CoLab.ws 🔥

ИЗБРАННЫЕ ПУБЛИКАЦИИ📑

⚡️Теперь пользователям, зарегистрированным на платформе доступна функция, позволяющая сохранять избранные публикации.

Чтобы сохранить публикацию в избранное, нужно нажать на синюю звездочку слева от публикации, либо сверху справа на странице публикации⭐️

Для того чтобы посмотреть список сохраненных материалов, необходимо нажать на иконку Профиля, расположенную в правом верхнем углу и перейти во вкладку «Избранное». Чтобы удалить неактуальную публикацию, необходимо отжать синюю звёздочку.

🔜В следующем обновлении для большего удобства использования поисковика🔥 мы планируем добавить возможность сохранять публикации в папки.

Присоединяйтесь и следите за обновлениями!

Команда CoLab.ws 🔥

Анализ распространения растения Воронец помог изучению широколиственных лесов

Листопадно-широколиственные леса простираются от субтропических высокогорных районов до умеренных широт Северного полушария. В таких лесах произрастает большое количество видов растений, среди которых есть эндемики — то есть организмы, живущие на ограниченных территориях и больше нигде не встречающиеся, например, камнеломка супротивнолистная и астрагал Городкова, и реликтовые — сохранившиеся с древнейших времен — формы, такие как бруннера сибирская и недотрога. Однако мало известно о том, как растительность широколиственных лесов в Северном полушарии развивалась с течением времени и как она связана с эволюцией остальных видов животных и растений.

Биолог из Центрального Сибирского ботанического сада РАН с коллегами из Института ботаники Китайской академии наук и Национального ботанического сада Китая исследовали происхождение и разнообразие растений из рода Воронец (Actaea), чтобы понять, как исторически формировались широколиственные леса в Северном полушарии.

Род Воронец включает 32 вида травянистых растений, которые произрастают в подлеске листопадных широколиственных лесов северного полушария, за исключением воронца японского, который распространен в субтропических вечнозеленых лесах. Поскольку естественный ареал воронца связан с широколиственными лесами, поняв историю этого растения, можно узнать и о распространении самих лесов с течением времени.

Для изучения родственных связей внутри рода Actaea ученые выделили из листьев хлоропластную и ядерную ДНК, после чего сравнили их наборы генов. Поскольку ДНК в хлоропластах досталась растениям от цианобактерий — более древних одноклеточных организмов, — она может рассказать об эволюции в те времена, когда растений как таковых еще не существовало. Всего для анализа авторы выбрали пять генетических последовательностей, которые оказались наиболее информативными по результатам полногеномного секвенирования (расшифровки последовательности нуклеотидов): четыре хлоропластные и одну ядерную.

Генетический анализ позволил ученым восстановить полное филогенетическое дерево рода Actaea и определить степень родства и время возникновения отдельных видов, а также понять историю их географического распространения.

Работа опубликована в журнале 📕Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 5.02)

Читать новость на сайте👇🏻
https://colab.ws/news/746
#новости