Мы уже как-то упоминали, что язык программирования Python появился благодаря рождественским каникулам его создателя Гвидо ван Россума. Подготовили свежую историю из серии «лучший отдых — смена занятий».

В августе 2024 года сооснователь и президент OpenAI Грэг Брокман решил взять паузу. Но отправился отнюдь не на пляж, а в «тренировочный лагерь». Правда, потел не он, а…ДНК. Брокман работал в некоммерческой исследовательской организации Arc Institute в самом центре Кремниевой долины. Он участвовал в разработке AI-модели Evo — нейросети с 7 млрд параметров, которая учится понимать структуру ДНК на уровне отдельных нуклеотидов в контексте целых геномов.

В Science от 15 ноября — еще и место на обложке выпуска ухватили — уже подробно рассказали, что умеет Evo:

— Предсказывать влияние мутаций ДНК на организм
— Генерировать синтетические CRISPR-комплексы и транспозоны, активность которых авторы валидировали в лаборатории
— Создавать геномы с правдоподобной архитектурой и длиной более 1 мегабазы

По сути, Evo — это ChatGPT для ДНК с серьезным биологическим уклоном.

Грэг поделился в своем твите:

ДНК — это язык биологии. Он и человеческая речь для нейронных сетей непонятны в равной степени. Как было бы удивительно увидеть AI-модели, «разговаривающие» на языке ДНК. Так же свободно, как они общаются с человеком уже сейчас ...

Что вызывают у вас подобные истории продуктивных каникул? Ставьте 👍, если они вдохновляют на публикации в натуре, или 😢, если фрустрируют.

От себя заметим: не стоит пугаться, что айтишники массово заглядываются на биотех и выталкивают нас, простых ребят в халатах. Лучше загодя запасаться новыми навыками и использовать свой бэкграунд для взгляда на задачи под «натуральным» углом. Кстати, и айтишники-то вовсе не айтишники, а естественники! Брокман, скажем, имеет сурьёзное прошлое в химии. В 2006 году он даже завоевал серебряную медаль на Международной олимпиаде.

🛷 Дата анализ — дело наживное. Бластим подскажет, как научиться всему необходимому. Например, можно положить себе под елочку курс по НГС…

«Talk is cheap. Show me the code», — говорил Линус Торвальдс. Ни слова больше!

Уже 18-19 января 2025 года мы вместе с вами, и правда, напишем много кода с исчерпывающими комментариями. Ведь в эти дни пройдет интенсив по Linux от Бластим. После него вы точно почувствуете себя в черном терминале как рыба пингвин в воде.

Вас ждет:
🐧 Что значит Linux для бионфы
🐧 Взаимодействие с сервером и азы синтаксиса Bash
🐧 Эффективное манипулирование файлами и папками, построение пайплайнов
🐧 Текстовый редактор vim (да, мы научим из него выходить)
🐧 Управление процессами
🐧 Бонусы: tmux, conda

Формат:
> Онлайн-интенсив на выходных: не отвлекаемся от работы
> Начальные знания не нужны: начнем с основ
> Запись остается у вас навсегда: можно пересматривать, когда удобно

Преподаватель — биоинформатик Андрей Томаровский. Он научит всем основным командам и их применению в реальной практике работы с последовательностями ДНКи.

🤩 Ссылка на линуксовую программу: u.to/OokQIQ

👨‍💻 Линуксоидом становиться необязательно. Но если войдете во вкус — ждем на нашем флагманском курсе по анализу данных NGS с персональной скидкой. Не это ли отличная возможность начать год со знакомства с курсами от Бластим по доступной цене?

Запланируйте обучение до нг с максимальной выгодой

Всех с началом рабочей недели!

☕️ Mocha Mousse — цвет 2025 года по версии Института цвета Pantone. А вы уже успели найти нежный карамельно-шоколадный оттенок у себя в лабе?

👍 — Чашка Петри, я правда все делаю стерильно…
🤩 — Йодометрия, эх, молодость
🏆 — Флаконы янтарного стекла, еще чуть-чуть и тренд
❤️ — Лабораторные животные, обожаю
💯 — Кофейный мусс каждые полчаса, мы же биоинформатики

Прошлогодний «Персиковый Пух» был для мечтателей, «Mocha Mousse» — для реалистов. Если ваш Мокка Мусс уже разлит по столу, испачкал халат или осел в чашке Петри, поздравляем — вы на пике моды 💅

Ура! Новогодняя оффлайн вечеринка Бластим 🚗

Приглашаем подвести итоги года вместе в эту субботу, 21 декабря, с 13:30 до 17:00 мск.

Стиль одежды: almost naked… mole-rat (шутка, какой угодно)

Не претендуем на звание самой эпатажной вечеринки года, но обещаем немножко формальности, достаточно научности и максимум душевности. Обсудим, как каждый закапывался в работу и выкопал ли что-то великое ❤️

Где: любимое уютное местечко-антикафе «Проспект»

Формат: гибридный — можно/нужно участвовать очно, но трансляция тоже будет

Что вас ждет:
· Подведение итогов года компании Бластим
· Нетворкинг с коллегами и командой
· Веселый квиз на новогоднюю тему
· Угощения и праздничная атмосфера
· Беспроигрышная лотерея с подарками
· Лекция про ИИ а-ля Суцкевер

Не откладывайте решение — количество очных участников ограничено размерами зала. Регистрируйтесь поскорее: u.to/BBwSIQ

Такое чудо бывает только раз в году ❄️

🏆 Хит-парад постов Бластим

Привет! В эфире рубрика «Ностальжи», и сегодня мы вспоминаем лучшие публикации на канале за уходящий 2024 год. Хорошего было много, но вот лист шедевров — они полюбились нашим зрителям и достойны пополнить золотой фонд Бластима.

Номинация «Глаз не оторвать»

Первое место по просмотрам уходит истории про мертвого лосося, который ни много ни мало научился распознавать человеческие эмоции. Пересмотреть: ссылка

Серебро достается генетическому детективу про «человека из Сомертона». Бегу перечитывать: линк

Замыкает тройку видео про самую опасную и трудную профессию на Земле — «Тыжбиолог». Гениальное видео: здеся

Номинация «Бегущие лайки»

По числу реакций впереди планеты всей пост с интригующим заголовком «Академия рвется к власти». Рассказали про президента Мексики и girl power: тутъ

А еще много эмодзи у карточек словоDNA, рекомендуем: ссылочка

Номинация «25-й кадр»

Отдельный вид искусства — это мемы в сторис. Здесь по всем мыслимым и немыслимым критериям лидирует выдающийся рилс про сильную и независимую ученую, которая сама себе накопила на отдых: клик

Далее по популярности — история о заботливом научнике, который выводит меня в свет, только посмотрите на это: поглядеть

Кстати, если вам нравятся наши видеомемы, вы всегда можете немного побустить Бластим, тогда мы сможем делать их чаще: градиентный бустинг канала

А какой пост покорил ваше сердечко? ❤️

Четверг — рыбный день

Десять лет назад, осенью 2014 года, в Nature Genetics вышла статья, где ученые из китайской академии рыбного хозяйства сообщили о сборке генома Cyprinus carpio. Обыкновенный карп имеет важное продовольственное и декоративное значение. Однако карп не стал «рыбой моей мечты», а превратился в притчу во языцех среди биоинформатиков.

После добавления генома карпа в публичные базы данных начали происходить странные дела. Многие ученые при обработке NGS-данных других организмов внезапно стали находить совпадения между своими образцами и геномом карпа. Контаминация рыбной ДНКой? Возможно, но нет: секвенирование проводили разные лаборатории в разные годы. Да и их объекты не были связаны с водоемами. Каким же образом везде затесалась рыба-карп?

Вооружившись BLAST’ом, биоинформатики-детективы провели собственное расследование. Выяснилось, что китайские специалисты допустили мальчишескую ошибку: по всей видимости, они не провели тримминг технических последовательностей. Для одних целей это не имеет серьезного значения, но для сборки генома — очень существенно. Так, база данных NCBI оказалась загрязнена «франкенкарпом» с кусками иллюминовских адаптеров в разных местах. Имеет ли смысл такой геном — жирный вопрос, но еще грустнее, что забыть вырезать адаптеры — это вообще частая оплошность. Вот так случается: сборка, на которую были потрачены месяцы или даже годы, — теперь байка на посиделках геномщиков у костра на рыбалке.

Мораль
Конечно, сегодня секвенаторы и программы усовершенствовались, да и контроль качества чтений — не бином Ньютона по сравнению с другими этапами NGS-пайплайна. Однако карпма настигает тех, кто невнимательно относится к своей работе. Чтобы не попадаться на крючок, стоит глубже погружаться в омут биоинформатики и набираться мудрости у профи. Как мы и делаем на «Анализе NGS-данных» 🐟