💉 Избранные новости вакцинации

🤖 В конце апреля OpenAI объявила о старте тесной коллаборации с Moderna — известным разработчиком мРНК-препаратов. На самом деле сотрудничество началось еще в начале 2023 г, когда Moderna получила чат-бот с искусственным интеллектом mChat для внутренних нужд. Но теперь партнерство выходит на новый уровень: OpenAI предоставит доступ 3 тыс сотрудникам биотех-компании к ChatGPT Enterprise — передовому корпоративному инструменту на базе GPT4. Руководство Moderna мечтает внедрить ИИ во все бизнес-процессы. Например, ее специалисты уже создали программу Dose ID, которая позволит оптимизировать подбор доз для клинических испытаний. Другое приложение Regulator GPT поможет команде юристов готовить ответы на запросы регуляторов. Moderna планирует реализовать с помощью языковых моделей амбициозные задачи: выйти за рамки вакцин от ковида, которые остаются единственным успешным продуктом компании. А еще за ближайшие 5 лет вывести на рынок 15 новых лекарств: от вакцины против RSV до персонализированных методов терапии рака. Для Сэма Альтмана же и его коллег это первый серьезный заход в биотех.

🦠 Пока Moderna пытается выделиться с помощью генеративного ИИ, AstraZeneca добровольно изымает из продажи по всему миру Vaxzevria. Вакцина от COVID-19 на основе аденовируса шимпанзе была разработана вместе с Оксфордским университетом и одобрена в Соединенном Королевстве в декабре 2020 г. В отличие от препаратов Pfizer и Moderna она оказалась наиболее дешевой ($4-8 за укол) и была доступна жителям развивающихся стран. По оценкам экспертов, благодаря оксфордской вакцине удалось предотвратить 6,5 млн смертей на начальных этапах пандемии, а всего компания поставила более 3 млрд доз! Официальная версия отзыва лицензии сегодня — невостребованность. Логично, если эпидемия закончилась, то и вакцина не нужна. Выручка от препарата, правда, за два года упала с $1,8 млрд до $12 млн. К тому же, векторную вакцину гораздо труднее приспосабливать к новым мутантным штаммам вируса по сравнению с РНК-вакцинами конкурентов. Но, возможно, главная причина кроется в том, что Vaxzevria вызывает редкие, но смертельно опасные побочки — тромбоз с тромбоцитопенией (TTS), из-за чего в британском суде против компании рассматривается коллективный иск.

🌳 Какие-то вакцины теряют высоту, зато растет спрос на адъюванты — усиливающие иммунный ответ компоненты вакцин. Один из набирающих популярность — сапонин QS-21, который уже применяют в вакцине Mosquirix против малярии или Novavax от ковида. Вещество либо экстрагируют из коры чилийского мыльного дерева, либо получают путем химсинтеза, который архисложен и неэффективен. Ввиду этого стоимость за кг QS-21 достигает сотен миллионов долларов. Но синтетическим биологам всё по зубам. Ученые из Калифорнийского университета и лаборатории Беркли под руководством авторитета в области биоинженерии Джея Кислинга сообщают в Nature, что им удалось создать ГМ-дрожжи, продуцирующих полезный сапонин. Для этого ученые перенесли в сахаромицетов 38 генов из 6 разных организмов! Теперь синтез адъюванта должен стать дешевле (дрожжи растут просто на глюкозе) и экологичнее (что остановит вырубку мыльного дерева в Чили). А еще тонкой настройкой биосинтеза биологи надеются получать в дрожжах аналоги QS-21, потенциально более сильнодействующие, чем растительная молекула.

#бластим_технологии

🫣ОСТАЛСЯ ОДИН ДЕНЬ ДО ОКОНЧАНИЯ ПРИЁМА ЗАЯВОК…

…на Летнюю школу в НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера

📌 Вы — студент медико-биологической специальности?

📌 Хотите получить опыт в научной сфере, понять важные проблемы медицины и биологии?

📌 Хотите научиться их решать, усилить свои практические навыки?

Регистрируйтесь на Летнюю школу «Наука — врачам будущего»

Когда? 8-15 июля 2024 г.
Где? г. Санкт-Петербург, Научно-исследовательский Институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
Для кого? Для студентов медицинских и биологических специальностей (предпочтение студентам 4-6 курсов)

⏰ ПРИЕМ ЗАЯВОК ДО 17 МАЯ (включительно)

‼️ УЧАСТИЕ БЕСПЛАТНОЕ ‼️

🌐 Подробная информация и регистрация на сайте

📲 Telegram-канал школы

📲 Группа в ВК

Главный научный сотрудник покинул OpenAI. Кто такой Илья Суцкевер и почему о нем стоит знать?

Суцкевер родился в Горьком (СССР) в 1986 г., позже его семья переехала в Израиль, а затем в Канаду. Во время учебы в Университете Торонто Илья попросился в лабораторию Джеффри Хинтона — крестного отца современного искусственного интеллекта. Тот поручил ему улучшить алгоритм t-SNE: Суцкевер справился.

В 2012 г. Илья c другим аспирантом Хинтона Алексом Крижевским создали AlexNet — нейросеть из 5 сверточных и 3 полносвязных слоев, которая не просто выиграла конкурс по распознаванию изображений ImageNet, но и показала мощь глубокого обучения.

По окончании учебы Суцкевер немного побыл в Стэнфорде. А потом присоединился к стартапу своего научника DNNResearch, который почти сразу купил GoogleBrain. И Суцкевер стал сотрудником Гугла, переключившись с компьютерного зрения на машинный перевод. Он занимался алгоритмом Seq2Seq, библиотекой для диплернинга на Python TensorFlow, приложил руку к программе AlphaGo, победившей чемпиона мира по го!

В июле 2015 г. в ресторане на Сэнд-Хилл-Роуд Суцкевер ужинал с Маском, Альтманом и Брокманом. Они договорились создать новую некоммерческую организацию по исследованию ИИ. Уже в декабре появилась OpenAI: Суцкевер выступил соучредителем компании, миссия которой — подготовить человечество к неизбежному распространению ИИ.

Суцкевер проработал в OpenAI почти 10 лет и был ее мозгом. Именно он первым понял, что нужны огромные данные и вычислительные ресурсы, чтобы радикально улучшить версию GPT-1, вышедшую в 2018 г. и обученную на книгах. Компания обратилась за помощью к Microsoft, что принесло плоды. Мир услышал о ChatGPT. Также Суцкевер всегда думал о безопасности и возглавил проект «Superalignment» по контролю над ИИ. В 2023 г. он попал в топ 10 людей науки Nature вместе со своим творением — чат-ботом!

На этой неделе случилось 2 сенсации: OpenAI представила мультимодальный GPT-4 Omni, а Суцкевер ушел в отставку. За будущее Ильи точно не волнуемся, а за OpenAI — очень.

#выходные_у_бластим

🔥 Эти технологии вызывают восторг

Друзья, мы с удовольствием рассказываем о чудесах, на которые способны нейротехнологии. Сейчас многие делают акцент на разработках Neuralink Илона Маска — при этом сколковские стартапы трудятся над решениями, которые впечатляют не меньше, посудите сами:

👀 «Сенсор-Тех» приблизился к выпуску нейроимпланта, который сможет вернуть зрение абсолютно незрячим людям. Лаборатория планирует начать исследования на добровольцах уже в 2025-м!

🧠 Инновация от «Нейрочат» уже сейчас выручает пациентов по всей стране — разработка компании позволяет людям печатать слова силой мысли и тем самым общаться с окружающими.

🚶«Лифт центр» создает нейроимпланты для восстановления двигательной активности и других утерянных функций организма. Сейчас они проходят испытания на приматах.

❤️‍🔥 Как всегда рассчитываем на обратную связь — поделитесь в комментариях, знали ли вы об этих разработках раньше и какая вам кажется интересней всего?

#бластим_технологии

Друзья, вы знали, что Анна Иванова @lab_mouse, которая многим знакома как эксперт в научных интервью и автор крутейшей книжки про ГМО, прошла нетривиальный путь, чтобы стать биоинформатиком?

А еще Анна — верный друг Бластим, чем мы безумно гордимся! Вдохновляясь примером Анны, мы даже занялись «мышиным» обучением 🐭 и всякими нейросетями!

Бластим не устает повторять: «Каждый может найти себя в биоинформатике», а история Анны тому яркое подтверждение. Смотрите новое видео в нашей рубрике #про_карьеру_по_субботам и... никогда не дочитывайте тексты на баннерах до конца 💙

🧬 И снова 3 сентября: коварный T9 для генов

Недавно мы рассказывали про шуточные аббревиатуры генов. Правда, в прошлом фантазии ученых в их наименовании ограничивали разве что правила приличий. Но сейчас в эпоху компьютеризации появились другие вызовы. Сегодня поведаем о мучительной боли генетиков и биоинформатиков.

20 лет назад фармаколог Барри Зиберг с коллегами выпустили статью, где впервые заговорили об опасности Excel. Разработанный для бухгалтеров и экономистов Эксель — мегапопулярный инструмент электронных таблиц. Программа подкупает и лайфсайнс-ученых приятным, многофункциональным интерфейсом. Но с ней же оказалась связана и проблема — по умолчанию Эксель конвертировал аббревиатуры генов, похожие на даты, в даты! И функцию было невозможно запретить.

В 2016 году австралийские исследователи под руководством Марка Цимана оценили всё количественно. Они проанализировали 35 тыс. дополнительных файлов к статьям по генетике и выяснили, что каждая пятая публикация содержала автокорректы! Например, ген септина SEPT3 превращался в 3 сентября, а убиквитин лигазы MARCH1 в 1 марта. Кроме того, символы генов вроде NAN или NA становились пропущенными значениями, а сокращения наподобие 2E4 (ген каптина) — числами. Среди журналов, которые тиражировали нелепости, фигурировали уважаемые Nature Communications, eLife, PLoS и др. Любопытно, число ошибок положительно коррелировало с импакт-фактором. Это связано с тем, что именно в топовых изданиях публикуются статьи, где анализируют огромные массивы данных, проверить которые крайне сложно.

Экселевский беспредел негативно повлиял на науку. Если Эксель переводил название в дату, то гены терялись при передаче таблиц в другие программы. А если ошибки уже попали в статью, другие авторы начинали ссылаться на искаженные данные. Можно было вручную бороться с Экселем: скажем, ставить апострофы перед названиями генов. Но когда ячеек десятки тысяч, «глазами» уследить за ошибками попросту нереально. Более того, если ученый отправлял исправленную табличку коллеге, то на другом компьютере дефолтные настройки всё равно побеждали.

С 2017 года научное сообщество пыталось разрешить кризис. Но к 2020 комитет HUGO, стандартизирующий названия генов человека, устав ждать ответа от Майкрософт, выпустил обновленные рекомендации по номенклатуре и пошел на радикальный шаг — переименовал 27 генов. Во-первых, попали под раздачу неблагозвучные имена, а во-вторых, целая группа генов, которые конвертировались Экселем в даты. Так, вышеупомянутый MARCH1 трансформировался в MARCHF1.

Можно было ожидать, что меры всё изменят, но увы. В 2021 году тот же Циман с коллегами выпустили обзор с говорящим заглавием «Gene name errors: Lessons not learned», где они проверили 11 тыс. рукописей из PubMed за последние 6 лет. Количество ошибок увеличилось с 20% в 2016 до 30% в 2020! Циман и после этого продолжил с помощью Bash-скрипта сканировать тысячи публикаций и составлять антирейтинг журналов по числу ляпов.

Только в октябре прошлого года Майкрософт наконец-то позволил отключать автоисправление. Всё это время единственными инструментами, которые 100% снимали проблему автозамен, оставались языки программирования, Python или R. Именно для того, чтобы не полагаться на непригодный для научных задач софт и не наступать на одни и те же грабли, мы и зовем всех учиться кодить!

#бластим_технологии