⚡️ С Днем Науки

В честь праздника наши читатели просто не могут остаться без подарка 🎁 Известно, что наука — вещь одновременно и захватывающая, и непростая, потому что делают ее — люди (хотя и ИИ-роботы есть), которым тоже очень нужна поддержка, чтобы оставаться любопытными и смелыми в познании мира.

Специально для ученых вместе с прекрасной Олей Введенской мы сделали страничку, где собрали множество ссылок на гайды, статьи, личные истории, видео и прочие ресурсы, которые помогут сохранить ментальное здоровье в самых разных ситуациях. Там вы найдете, на первый взгляд, простые, но не всегда очевидные подсказки и ответы на насущные вопросы: как бороться с буллингом? как общаться с научником? как выбрать лабу? как быть с выгоранием? как построить свое комфортное комьюнити?

👉 Все материалы тут: https://agency.blastim.ru/mentalhelp 👈

Будем рады, если вы сможете почерпнуть для себя полезное и поделитесь с друзьями и коллегами!

P.S. Эта волшебная страничка не появилась бы без вашего участия, потому что на ее создание нас вдохновили вопросы, которые задавали участники вебинаров в прошлом году ❤️

Вечер пятницы: хочется чего-то глубокомысленного? 😇

Обсудим нейросети от DeepMind! Компания постоянно радует нас новинками, и мы решили вспомнить впечатляющие продукты, о которых вы могли не слышать.

📐 AlphaGeometry (2024)
Нейросимволическая система решает задачки по геометрии на уровне золотого медалиста Международной олимпиады по математике. Ранее геометрические задачи LLM давались с трудом. AlphaGeometry с нуля обучили на 100 млн синтетических теорем и доказательств: ИИ стал мыслить логически и понимать, какие дополнительные линии нужно добавить на чертеж, чтобы найти ответ.

🌦 GraphCast (2023)
Модель предоставляет высокоточный прогноз погоды на 10 дней за 1 минуту, а также предупреждает об экстремальных явлениях. Вместо традиционных алгоритмов для прогнозирования, запускаемых на суперкомпьютерах, GraphCast обучается на исторических данных и выдает прогнозы за короткое время на обычных ПК.

🧬 AlphaMissense (2023)
Мутации в белок-кодирующих генах приводят к нарушению структуры белка и могут иметь клиническое значение. Новаторский инструмент построен на основе AlphaFold2, но не предсказывает, как изменится белок при замене аминокислоты, зато отлично классифицирует мутации в геноме на патогенные и доброкачественные. Точность составила 90% на данных ClinVar.

💎 GNoME (2023)
Графовая нейросеть, которая предсказывает неизвестные кристаллы и может привести к революции в материаловедении. ИИ-инструмент уже нашел 2,2 млн новых неорганических кристаллов, 380 тыс. из которых оказались стабильны, а значит многообещающи для создания сверхпроводников, батарей для электромобилей, чипов. Такое же количество кристаллов люди нашли за 800 лет!

🩻 Med-PaLM (2022)
Это большая генеративная модель для здравоохранения, ставшая первой моделью, которая набрала проходной балл на получение медицинской лицензии в США. Приложение интерпретирует биомедицинскую информацию разной модальности (рентгенограммы, медкарты), помогая врачам ставить диагноз.

🌐 Продолжение следует! А больше нейросеток скоро у нас на курсе

#бластим_подборка

🪝Уловка-22 — логическая коллизия, состоящая в том, что попытка соблюдения правила автоматически означает его нарушение. Примерно такая ситуация складывается с разработкой новых антибиотиков...

Правда, создавать их мало кто хочет: RnD антибиотика de novo по цене будет стоить как лекарство от рака. Но если онкопрепарат принимают месяцами, то антибиотик — наоборот, краткосрочно, а в наши дни клиницисты и вовсе стараются их не прописывать.💰Финансовые стимулы для фармы отсутствуют, новых групп антибиотиков нет уже десятилетия. Между тем, резистентность распространяется, и к 2050 приведет к 10 млн смертей в год.

Возможно, всё исправит ИИ?! Именно так предположил Джеймс Коллинз из MIT. Его группа открыла проект Antibiotic-AI, став искать антимикробные препараты с помощью искусственного интеллекта, который, по задумке лаборатории Коллинза, должен снова сделать RnD антибиотиков быстрым и привлекательным.

🧫 И в 2020 году ученые удивили. Коллинз с коллегами применяли модель Chemprop, оперирующую представлением веществ в виде молекулярных графов. Нейросеть предсказывала ингибирующее действие молекул на кишечную палочку. В результате скрининга библиотеки из 6 тыс. всяких разных лекарств неожиданную антимикробную активность продемонстрировало вещество SU-3327 — в прошлом неудачный антидиабетический препарат. Разработчики переименовали его в галицин в честь ИИ из фильма Кубрика «Космическая одиссея 2001 года». В опытах на мышах галицин показал мощное бактерицидное действие на широкий спектр патогенов. Кстати: такой подход, когда старому лекарству находят другое применение, называется repurposing, а пример с галицином приводится теперь на любой лекции про графовые нейросети (GNN).

😖 25 мая 2023 года вышла еще одна статья лаборатории, где предложили следующий антибиотик — абауцин. Он направлен против супербактерии Acinetobacter baumannii, которая ответственна за внутрибольничную пневмонию и менингит. Уже существуют штаммы, устойчивые почти ко всем антибиотикам. Группа Коллинза подействовала in vitro 7500 соединений на микроба и на этих экспериментальных данных учила нейросетку. А потом проверила 6800 других структур. Буквально за несколько часов алгоритм классифицировал неизвестные молекулы, сузив выборку до 240 антибиотиков, которые затем тестировали в мокрой лабе. Найденный в итоге абауцин разрушает мембрану ацинетобактера, вмешиваясь в транспорт липопротеинов, при этом практически не задевая здоровую микробиоту.

💊 Наконец, в декабре прошлого года команда представила антибиотик, уничтожающий метициллин-резистентного золотистого стафилококка (MRSA), который вызывает смертельно опасные инфекции. В отличие от предыдущих исследований они использовали так называемый объяснимый ИИ (XAI), чтобы приоткрыть «черный ящик» работы нейросетей и понять, на каком основании ИИ принимает решения. Это нужно, чтобы еще улучшить предсказания. Проверив экспериментально 39 тыс. соединений на антибиотическую активность и цитотоксичность, специалисты обучили ансамбли GNN для прогнозирования этих же свойств у 12 млн молекул! Удалось отобрать 280 соединений, 2 из которых оказались перспективными кандидатами в антибиотики: они убивали стафилококка, разрушая его мембранный потенциал. Важно, что нашли не отдельные интересные молекулы, а принципиально новый структурный класс!

Конечная миссия проекта Antibiotic-AI — за 7 лет открыть 7 антибиотиков, поэтому следим за их прорывами. Вот так ИИ помогает путешествовать по химическому пространству и делать драг дискавери 👽

#выходные_у_бластим

Рабочая неделя началась

А мы обнаружили, что забыли поздравить с прошедшим вчера Международным днем женщин и девочек в науке! По данным проведенного в 2018 году крупномасштабного метаанализа, дети, когда их просят нарисовать ученого, все чаще и чаще рисуют именно женщин-ученых! В ходе исследования было проанализировано более 20 тыс детских рисунков — на фото один из шедевров 🎨

За последние 50 лет представительство женщин в науке существенно выросло, что даже нашло отражение в воображении детей. Это радует. Поздравляем!🌺

Напоминаем, что у нас в воскресенье вышел классный текст про то, как ищут антибиотики с помощью ИИ. Рекомендуем прочитать, если вы еще не! Кстати, мы будем рассказывать про распространение антибиотикорезистентности, а также рассматривать примеры структурного моделирования в фармакологии на курсе по машинному обучению 🙏

❗️И в дополнение ко вчерашнему посту делимся любопытным материалом от коллег из «Алло, это Фарма?» про лучших работодателей России. Из него вы узнаете, какие фармкомпании вошли в топ 👇

Еще у «Алло, это Фарма?» постоянно обновляется дайджест профессий, где емко и понятно разъясняются задачи и функционал разных специалистов + приводятся интервью с реальными людьми. Если вы планируете строить свой карьерный трек в отрасли, то вам точно стоит следить за каналом: https://t.iss.one/pharmfm

⚡️ Вакансия дня: сотрудник в лабораторию ЛИМА

Лаборатория исследования механизмов апоптоза ФФМ МГУ ищет сотрудника со степенью кандидата наук для реализации научного проекта, связанного с исследованием молекулярных механизмов различных форм программируемой гибели клеток с целью применения полученных знаний в терапии опухолевых заболеваний.

Требования
▫️ кандидат наук (строго не более 5 лет после защиты)
▫️ за последние 3-5 лет не менее 3 статей в журналах Q1/Q2 по Scopus/Web of Science
▫️ владение методами Вестерн-блота, проточной цитометрии, флуоресцентной микроскопии, работа с нуклеиновыми кислотами, PCR, культурами клеток эукариот
▫️ знание английского языка (не ниже уровня upper-intermediate)
▫️ желательно знание биоинформатических методов
▫️ опыт написания научных текстов

Приветствуется опыт работы с лабораторными животными 🐭

Зарплата в зависимости от квалификации

Условия
▫️ испытательный срок
▫️ выплаты из грантов лаборатории
▫️ интересный проект высокого международного уровня
▫️ участие в международных конференциях
▫️ дружный и молодой коллектив

👉 Узнать подробности о вакансии, посмотреть список публикаций лаборатории и откликнуться можно на Бластим: https://blastim.ru/job/5326/

#бластим_вакансии

Точно не хуже, чем с Такером Карлсоном 🎙

Бластим стремится улучшить курс по статистике и приглашает абсолютно всех на интервью! Нашей команде важно узнать, с какими сложностями вы столкнулись, изучая статистику и какие задачи, возможно, планируете решать при помощи языка R.

🎁 Если вы найдете время поговорить, то окажете Бластиму неоценимую помощь. А мы уже подготовили для вас приятные подарки!

Ссылка, чтобы записаться

Мы готовы слушать вас бесконечно! ❤️

Миф или Правда про Python? 🤔

Итак, Python:

🥇 неоднократно занимал верхние строчки в различных рейтингах языков программирования, а его TIOBE-индекс популярности в веб-разработке, науке, обработке данных на февраль 2024 остается на первом месте?
🧘‍♀️ обладает философией, изложенной в «Дзене Python» и состоящей из «руководящих принципов» для написания программ?
🎭 назван не в честь змеи, а британской комедийной группы «Monty Python»?
🎄 создан как хобби-проект во время рождественских каникул?

Невероятно, но это всё правда!

Если ваш мир крутится вокруг биологических последовательностей и вы думаете, что программирование — что-то исключительное для айтишников и сложное, то вот это действительно миф! 🚫

26 февраля стартует наш курс, который позволит биологам и медикам повысить свою эффективность, автоматизировать рутину и убедиться, что всё проще, чем кажется 🌟

Кому идти?
✅ новичкам в кодинге и тем, кто хочет освежить и углубить знания
✅ желающим освоить наиболее востребованный язык в современной науке
✅ «карьеристам», кто ищет возможности в биоинформатике

Курс включает:
🔑 основы Python и Bash, от простейших типов данных до параллельных вычислений
🔑 работу с Jupyter, Colab, Visual Studio Code
🔑 модули для биоинформатики: Biopython, Prody, Pybedtools
🔑 датасайнс с Numpy, Pandas, Matplotlib, Seaborn

В чем фишки?
🐞 курс для естественников
🙂 практика на реальных кейсах из молекулярной и структурной биологии
🖥 распределенный вечерний формат
💯 полноценный онлайн с интерактивами, вопросами и обсуждениями

Факты про Python подчеркивают не только технические достоинства языка, но и неповторимую культуру и сообщество вокруг него. Даже принцип «простое лучше, чем сложное» из «Дзена Python» намекает, что этот язык создан для удобства и доступности решения, казалось бы, труднейших задач. Сложите это со всем известной поддержкой от Blastim, где вы не просто учитесь, а становитесь частью огромной биоинформатической семьи, и приготовьтесь к открытию удивительных возможностей! 💫

🐍 Клик: clck.ru/38q9YM

Огромное спасибо Blastim за то, что вы есть!) Отдельное спасибо за проведение конкурсов на розыгрыш мест обучения — это очень классная инициатива, которая редко встречается в наше время!) Радует, что биоинформационное сообщество нашей страны расширяется за счет таких ребят, как вы!) Желаю, как и прежде процветания и появления новых курсов и преподавателей)

© Никита

Друзья! У нас на сайте по питону появился отзыв Никиты, о том, как здорово, что на Бластим есть розыгрыши на обучение. Почитайте его и другие!

Мы рады, что вам нравится, и сегодня хотим предложить принять участие в новой классной акции! Условия просты: репостните наш пост про мифы и правду о питоне в свой публичный канал в телеграме или на страничку вк и/или поделитесь своей мотивацией изучать питон в комментариях к посту. Если и то, и другое, шансы выиграть увеличиваются в 2️⃣ раза

🎰 В четверг 22 февраля с помощью генератора случайных чисел мы определим победителя, который получит 5️⃣0️⃣🔤 скидку на курс. Но подарки гарантированы абсолютно всем участникам.

Ждем вашу активность! ❤️‍🔥

🔤🔤 года 🎂

Ровно столько исполняется сегодня питону! Именно 20 февраля 1991 программист Гвидо ван Россум опубликовал первый выпуск Python, и так началась великая история ⭐️

В честь Дня рождения любимого языка программирования и большого интереса аудитории мы решили поделиться с вами записью недавно прошедшего у нас вебинара по GPT-4. Видео снабжено таймкодом, в описании к ролику есть ссылки на Jupyter, так что вы сможете повторить весь пайплайн!

Почему еще стоит смотреть: вы услышите о профессии промпт-инженера, познакомитесь с single cell данными и инструментом для их анализа на питоне — scanpy, а также узнаете, как вообще складывается дружба ИИ с биологией.

И если вдруг после просмотра вы захотите научиться кодить как Дмитрий и упростить свою работу с помощью скриптов и чат-ботов, то мы рекомендуем пойти на курс питон для новичков, где вы быстро освоите основы программирования и, главное, разовьете биоинформатическое мышление на нескучных задачках.

👉 Ссылка на ютуб

Подписывайтесь на канал Бластима!

⚡️Друзья, итоги розыгрыша!

Мы собрали все ваши активности в табличку по хронологии, и присвоили им случайные номера. Далее генератор сделал выбор — смотрите на видео! А еще у нас приятная новость: в связи с огромным ажиотажем мы разыграли сразу ТРИ промокода на 50%-скидку на питон! Искренне поздравляем победителей, которыми стали: Мяудицина, Юлия Буланович и Алексей Кузнецов! 🎉

❗️Все остальные участники также не остаются без подарков и получают от Бластим 20%-скидку на курс и шаблон кода для обработки данных дифэкспресии генов!

Мы свяжемся со всеми участниками в ближайшее время. Но вы можете написать нам сами на почту [email protected] или в личные сообщения, чтобы поскорее забрать заслуженные призы!

С любовью, команда Бластима ❤️

Alexa, а что там p53?

Ученые представили виртуального помощника Melvin, который дает возможность запрашивать разнообразную информацию по геномике рака голосом!

🧬 Секвенирование позволило собрать обширные объемы данных по онкогеномике, однако их использование в клинике затруднено. Врачи, многие из которых не знают биоинформатики, хотят иметь под рукой интуитивно понятные инструменты, без погружения в технические нюансы. Все привыкли к графическим интерфейсам, однако вбивать руками запросы тоже непросто. Поэтому лаборатория Джейсона Питта из Национального университета Сингапура разработала голосовой интерфейс, который позволяет спрашивать о геномике рака на естественном языке и в ходе диалога получать оперативные ответы.

К Melvin можно обратиться через любое устройство «умного дома», поддерживающее Amazon Alexa. Он содержит информацию о 33 типах рака из базы данных Атласа генома рака (TCGA) и другие дополнительные наборы. Melvin оперирует тремя атрибутами: ген, тип рака, тип данных. Пользователи могут задавать вопросы о соматических мутациях, вариациях числа копий, уровнях экспрессии генов.

💬 Понятно, что одним предложением сформулировать вопрос о геномике и мутациях невозможно. Поэтому Melvin поддерживает диалоговый процесс и «натренирован» постепенно уточнять интересующие вещи — он запоминает контекст. Например, можно попросить: «Расскажи мне о мутациях». Потом: «Покажи мне рак молочной железы». Затем: «Какова частота мутаций PIK3CA?» Melvin отвечает голосом, выводит статистику на экран, рисует понятные графики (кстати, не без помощи Python). И, если надо, мгновенно отправит результаты на электронную почту. А еще создатели предусмотрели краудсорсинговый веб-портал, где каждый может добавлять аудио со своим произношением названий генов для улучшения качества распознавания речи.

Диалоговый агент Melvin призван облегчить работу исследователей и онкологов по интерпретации данных секвенирования опухолей. Буквально: скоро будем слушать о геномике из каждого утюга! 🗣

#бластим_технологии

Друзья! Вас в понедельник тоже накрыло обязательствами, делами и дедлайнами? 🌊🐟

Возможно, пора что-то оптимизировать! Вот и мы на Бластим обновили страничку Учебного центра: теперь там есть разделение программ на уровни, удобный календарь курсов, главные принципы эффективного обучения, ответы на самые частые вопросы и ссылки на бесплатные материалы. Всё, что нужно, чтобы начать менять карьеру, жизнь и успевать.

👉 Зацените удобный красивый сайт: clck.ru/394KRC

⚡️ С появлением технологий массового параллельного секвенирования многие эксперименты, о которых долгие годы мечтали ученые, стали реальностью! К примеру, за счет возможности прочтения метилированной ДНК, а также открытых участков хроматина и сайтов связывания различных белков, бурно начала развиваться эпигенетика, отвечающая за надгеномную регуляцию экспрессии генов.

Бластим приглашает всех желающих в ближайшее воскресенье посетить онлайн мастер-класс и познакомиться с одним из самых популярных направлений секвенирования ДНК для изучения мест посадки транскрипционных факторов или гистоновых белков — ChIP-seq 🧬

На вебинаре биоинформатик и преподаватель курсов Бластим по NGS и статистике Дарья Бородко в деталях расскажет про:

🔍 стратегии подготовки библиотек и планирование эксперимента
🔍 биоинформатические подходы к анализу уже полученных с прибора сырых данных: от fastq-файлов до пиков, регионов дифференциального связывания и мотивов посадки трансфакторов

Мастер-класс будет полезен всем, кто: изучает биологию развития, исследует молекулярные механизмы изменения метаболизма, занимается транскриптомикой и даже планирует идти в мультиомики!

❗️ Встречаемся в прямом эфире 3 марта в 11:00 мск. Встреча будет идти 4 часа с обеденным перерывом.

🔗 Регистрация по ссылке: clck.ru/396L2M

Погрузитесь в чипсек вместе с Бластим!

Високосное предложение, от которого невозможно отказаться!

В 2021 году Бластим выпускал обзор зарплат в биотехе, на который все до сих пор ссылаются💰Сейчас настало время обновиться. Бластим очень хочет сделать очередной такой обзор, но у нас не хватает рук. Может быть, кто-то из вас, наших постоянных читателей, готов нам с этим помочь?

Помимо того, что вы сделаете классное дело, документ, который интересен и нужен всем, если мы с вами сработаемся, то возьмем вас в команду Бластима на должность продакт-менеджера! 💻

Что именно надо сделать:
— покопаться в наших архивах, собрать информацию о зарплатах
— систематизировать и почистить данные
— наладить работу Ивана Позднякова по визуализации и верстальщика на верстку по шаблону

Что мы предлагаем:
оплату за вашу работу, вам обзор бесплатно (естественно!), если справитесь на отлично — примем в тим Бластим 📈

Если это то, что вам интересно, скорее пишите на почту [email protected]

#бластим_вакансии