Добрые научные новости украшают ленту на выходных

🥺 Ах, эти карие глаза
Одомашнивание собак началось, возможно, уже 20 тыс. лет назад. Люди отбирали животных дружелюбных и послушных. А такими человеку казались собаки с неотеническими чертами: крупной головой и большими глазами. Еще отбору подвергся цвет глаз. 90% современных пород имеют карие глаза. Японский зоолог-бихевиорист решил проверить, почему. Он раскрасил на фото глаза собак в разные цвета и показал их 142 добровольцам. Люди считали, что у песиков с темной радужкой, глаза кажутся больше, взгляд щенячий, ласковый. У волков радужка имеет желтый цвет, что нужно в дикой природе: так четко видно направление взгляда, который должен демонстрировать доминирование над сородичами. Холодный волчий взор отпугивает человека. Конечно, среди собак есть исключения: например, у хаски глаза голубые. Результаты исследования любопытные, но пока всё же не до конца ясно: люди изначально одомашнили темноглазых питомцев или это следствие того, что заводчики за последние столетия старались строго соответствовать стандартам пород.

🤠 По заветам дядюшки Вентера
Бактерии и дрожжи с синтетическими геномами — таким сегодня никого не удивишь. А как насчет продвинутых организмов? «Пожалуйста!» — говорят ученые и создают первое растение с (частично) искусственной хромосомой. Вообще, за высших эукариот ранее как-то не брались: их геномы огромные, эпигенетика нехилая, транспозонов много. Но китайские биологи смогли заменить внутренний фрагмент короткого плеча 18 хромосомы мха Physcomitrium patens на синтетический. Исследователи специально выбрали мох, а не арабидопсис, потому что с ним проще: достаточно модифицировать одну клетку, чтобы получить целое растение, легче идет интеграция синтетических фрагментов. Ученые удалили из натурального участка хромосомы «мусорную ДНК», восстановили рамки считывания, добавили метки и вернули сокращенную на 56% структуру назад. Полученные растения были нормальным, размножались, а исчезновение транспозонов не помешало функционированию генома! На следующее десятилетие проект, получивший наименование SynMoss, ставит целью полностью сконструировать геном мха и превратить его в фабрику по производству лекарств.

☕️ Почувствуй аберрации на вкус
На арабику приходится 60% рынка кофе. Главный в кофе, как известно, — кофеин, но гурманы могут чувствовать тонкие нотки разных сортов, обусловленные и другими факторами. Недавно коллектив из Италии ресеквенировал с помощью нанопора и глубоко изучил геном Coffea arabica, обнаружив интригующие вещи. Арабика — это гибрид, получившийся в результате скрещивания робусты и еще одного вида кофе. И полиплоид, из-за чего с прародителями он с тех пор не скрещивался. Так получилось, что внутривидовое разнообразие низкое, снипов в геноме мало, и различия в отдельных генах не годятся для объяснения разницы во вкусах. По-видимому, разгадка кроется в недавних хромосомных перестройках: делециях, дупликациях, обменах, а также анеуплоидии. Некоторых хромосом по 3 копии, где-то по 5. Эта генетическая изменчивость ценна производителям: для поиска устойчивых к грибкам растений или даже с разным уровнем кофеина. Благодаря NGS раскрылись новые тайны обожаемого напитка!

#выходные_у_бластим

🗳 Выбор за вами

Друзья, мы готовим совершенно новый курс по применению GPT в науке, где расскажем о нетривиальных вещах и лайфхаках использования AI на реальных тасках. Рабочее название курса «AI для успешного ученого» кажется нам скучноватым, поэтому мы попросили ChatGPT сгенерировать альтернативные.

Проголосуйте за наиболее оригинальное название или предложите свой вариант в комментариях. Ждем ваши креативы!

✅ Если же вы хотите поучаствовать в разработке программы, рассказать о своих успехах или болях во взаимодействии с чат-ботами на вашем рабочем месте, то напоминаем, что у нас открыта GoogleФорма для записи на короткое интервью в удобном для вас формате. Пожалуйста, не стесняйтесь и делитесь вашим видением! За самые ценные советы мы подарим подписку на GPT-4 на месяц 😍

Из студентов в преподы 🎓

Делимся кейсом Игоря Евсюкова. Игорь — выпускник кафедры генетики и биотехнологии Биологического факультета СПбГУ, сейчас биоинформатик, занимается транскриптомикой и биологией рака. На Бластим кто-то знает его как замечательного преподавателя на недавно прошедшем суперинтенсиве экспресс-Линукс, а кто-то знаком с Игорем как с прилежным студентом курса по машинному обучению на Python!

Да, у нас такое возможно: сегодня вы обучаетесь на курсах, подтягиваете знания и становитесь всё профессиональнее, а завтра запросто преподаете и помогаете новым ученикам.

Чтобы найти знания, поддержку и друзей, тоже вливайтесь в комьюнити Бластима 🐝

⚡️ С Днем Науки

В честь праздника наши читатели просто не могут остаться без подарка 🎁 Известно, что наука — вещь одновременно и захватывающая, и непростая, потому что делают ее — люди (хотя и ИИ-роботы есть), которым тоже очень нужна поддержка, чтобы оставаться любопытными и смелыми в познании мира.

Специально для ученых вместе с прекрасной Олей Введенской мы сделали страничку, где собрали множество ссылок на гайды, статьи, личные истории, видео и прочие ресурсы, которые помогут сохранить ментальное здоровье в самых разных ситуациях. Там вы найдете, на первый взгляд, простые, но не всегда очевидные подсказки и ответы на насущные вопросы: как бороться с буллингом? как общаться с научником? как выбрать лабу? как быть с выгоранием? как построить свое комфортное комьюнити?

👉 Все материалы тут: https://agency.blastim.ru/mentalhelp 👈

Будем рады, если вы сможете почерпнуть для себя полезное и поделитесь с друзьями и коллегами!

P.S. Эта волшебная страничка не появилась бы без вашего участия, потому что на ее создание нас вдохновили вопросы, которые задавали участники вебинаров в прошлом году ❤️

Вечер пятницы: хочется чего-то глубокомысленного? 😇

Обсудим нейросети от DeepMind! Компания постоянно радует нас новинками, и мы решили вспомнить впечатляющие продукты, о которых вы могли не слышать.

📐 AlphaGeometry (2024)
Нейросимволическая система решает задачки по геометрии на уровне золотого медалиста Международной олимпиады по математике. Ранее геометрические задачи LLM давались с трудом. AlphaGeometry с нуля обучили на 100 млн синтетических теорем и доказательств: ИИ стал мыслить логически и понимать, какие дополнительные линии нужно добавить на чертеж, чтобы найти ответ.

🌦 GraphCast (2023)
Модель предоставляет высокоточный прогноз погоды на 10 дней за 1 минуту, а также предупреждает об экстремальных явлениях. Вместо традиционных алгоритмов для прогнозирования, запускаемых на суперкомпьютерах, GraphCast обучается на исторических данных и выдает прогнозы за короткое время на обычных ПК.

🧬 AlphaMissense (2023)
Мутации в белок-кодирующих генах приводят к нарушению структуры белка и могут иметь клиническое значение. Новаторский инструмент построен на основе AlphaFold2, но не предсказывает, как изменится белок при замене аминокислоты, зато отлично классифицирует мутации в геноме на патогенные и доброкачественные. Точность составила 90% на данных ClinVar.

💎 GNoME (2023)
Графовая нейросеть, которая предсказывает неизвестные кристаллы и может привести к революции в материаловедении. ИИ-инструмент уже нашел 2,2 млн новых неорганических кристаллов, 380 тыс. из которых оказались стабильны, а значит многообещающи для создания сверхпроводников, батарей для электромобилей, чипов. Такое же количество кристаллов люди нашли за 800 лет!

🩻 Med-PaLM (2022)
Это большая генеративная модель для здравоохранения, ставшая первой моделью, которая набрала проходной балл на получение медицинской лицензии в США. Приложение интерпретирует биомедицинскую информацию разной модальности (рентгенограммы, медкарты), помогая врачам ставить диагноз.

🌐 Продолжение следует! А больше нейросеток скоро у нас на курсе

#бластим_подборка

🪝Уловка-22 — логическая коллизия, состоящая в том, что попытка соблюдения правила автоматически означает его нарушение. Примерно такая ситуация складывается с разработкой новых антибиотиков...

Правда, создавать их мало кто хочет: RnD антибиотика de novo по цене будет стоить как лекарство от рака. Но если онкопрепарат принимают месяцами, то антибиотик — наоборот, краткосрочно, а в наши дни клиницисты и вовсе стараются их не прописывать.💰Финансовые стимулы для фармы отсутствуют, новых групп антибиотиков нет уже десятилетия. Между тем, резистентность распространяется, и к 2050 приведет к 10 млн смертей в год.

Возможно, всё исправит ИИ?! Именно так предположил Джеймс Коллинз из MIT. Его группа открыла проект Antibiotic-AI, став искать антимикробные препараты с помощью искусственного интеллекта, который, по задумке лаборатории Коллинза, должен снова сделать RnD антибиотиков быстрым и привлекательным.

🧫 И в 2020 году ученые удивили. Коллинз с коллегами применяли модель Chemprop, оперирующую представлением веществ в виде молекулярных графов. Нейросеть предсказывала ингибирующее действие молекул на кишечную палочку. В результате скрининга библиотеки из 6 тыс. всяких разных лекарств неожиданную антимикробную активность продемонстрировало вещество SU-3327 — в прошлом неудачный антидиабетический препарат. Разработчики переименовали его в галицин в честь ИИ из фильма Кубрика «Космическая одиссея 2001 года». В опытах на мышах галицин показал мощное бактерицидное действие на широкий спектр патогенов. Кстати: такой подход, когда старому лекарству находят другое применение, называется repurposing, а пример с галицином приводится теперь на любой лекции про графовые нейросети (GNN).

😖 25 мая 2023 года вышла еще одна статья лаборатории, где предложили следующий антибиотик — абауцин. Он направлен против супербактерии Acinetobacter baumannii, которая ответственна за внутрибольничную пневмонию и менингит. Уже существуют штаммы, устойчивые почти ко всем антибиотикам. Группа Коллинза подействовала in vitro 7500 соединений на микроба и на этих экспериментальных данных учила нейросетку. А потом проверила 6800 других структур. Буквально за несколько часов алгоритм классифицировал неизвестные молекулы, сузив выборку до 240 антибиотиков, которые затем тестировали в мокрой лабе. Найденный в итоге абауцин разрушает мембрану ацинетобактера, вмешиваясь в транспорт липопротеинов, при этом практически не задевая здоровую микробиоту.

💊 Наконец, в декабре прошлого года команда представила антибиотик, уничтожающий метициллин-резистентного золотистого стафилококка (MRSA), который вызывает смертельно опасные инфекции. В отличие от предыдущих исследований они использовали так называемый объяснимый ИИ (XAI), чтобы приоткрыть «черный ящик» работы нейросетей и понять, на каком основании ИИ принимает решения. Это нужно, чтобы еще улучшить предсказания. Проверив экспериментально 39 тыс. соединений на антибиотическую активность и цитотоксичность, специалисты обучили ансамбли GNN для прогнозирования этих же свойств у 12 млн молекул! Удалось отобрать 280 соединений, 2 из которых оказались перспективными кандидатами в антибиотики: они убивали стафилококка, разрушая его мембранный потенциал. Важно, что нашли не отдельные интересные молекулы, а принципиально новый структурный класс!

Конечная миссия проекта Antibiotic-AI — за 7 лет открыть 7 антибиотиков, поэтому следим за их прорывами. Вот так ИИ помогает путешествовать по химическому пространству и делать драг дискавери 👽

#выходные_у_бластим

Рабочая неделя началась

А мы обнаружили, что забыли поздравить с прошедшим вчера Международным днем женщин и девочек в науке! По данным проведенного в 2018 году крупномасштабного метаанализа, дети, когда их просят нарисовать ученого, все чаще и чаще рисуют именно женщин-ученых! В ходе исследования было проанализировано более 20 тыс детских рисунков — на фото один из шедевров 🎨

За последние 50 лет представительство женщин в науке существенно выросло, что даже нашло отражение в воображении детей. Это радует. Поздравляем!🌺

Напоминаем, что у нас в воскресенье вышел классный текст про то, как ищут антибиотики с помощью ИИ. Рекомендуем прочитать, если вы еще не! Кстати, мы будем рассказывать про распространение антибиотикорезистентности, а также рассматривать примеры структурного моделирования в фармакологии на курсе по машинному обучению 🙏

❗️И в дополнение ко вчерашнему посту делимся любопытным материалом от коллег из «Алло, это Фарма?» про лучших работодателей России. Из него вы узнаете, какие фармкомпании вошли в топ 👇

Еще у «Алло, это Фарма?» постоянно обновляется дайджест профессий, где емко и понятно разъясняются задачи и функционал разных специалистов + приводятся интервью с реальными людьми. Если вы планируете строить свой карьерный трек в отрасли, то вам точно стоит следить за каналом: https://t.iss.one/pharmfm

⚡️ Вакансия дня: сотрудник в лабораторию ЛИМА

Лаборатория исследования механизмов апоптоза ФФМ МГУ ищет сотрудника со степенью кандидата наук для реализации научного проекта, связанного с исследованием молекулярных механизмов различных форм программируемой гибели клеток с целью применения полученных знаний в терапии опухолевых заболеваний.

Требования
▫️ кандидат наук (строго не более 5 лет после защиты)
▫️ за последние 3-5 лет не менее 3 статей в журналах Q1/Q2 по Scopus/Web of Science
▫️ владение методами Вестерн-блота, проточной цитометрии, флуоресцентной микроскопии, работа с нуклеиновыми кислотами, PCR, культурами клеток эукариот
▫️ знание английского языка (не ниже уровня upper-intermediate)
▫️ желательно знание биоинформатических методов
▫️ опыт написания научных текстов

Приветствуется опыт работы с лабораторными животными 🐭

Зарплата в зависимости от квалификации

Условия
▫️ испытательный срок
▫️ выплаты из грантов лаборатории
▫️ интересный проект высокого международного уровня
▫️ участие в международных конференциях
▫️ дружный и молодой коллектив

👉 Узнать подробности о вакансии, посмотреть список публикаций лаборатории и откликнуться можно на Бластим: https://blastim.ru/job/5326/

#бластим_вакансии

Точно не хуже, чем с Такером Карлсоном 🎙

Бластим стремится улучшить курс по статистике и приглашает абсолютно всех на интервью! Нашей команде важно узнать, с какими сложностями вы столкнулись, изучая статистику и какие задачи, возможно, планируете решать при помощи языка R.

🎁 Если вы найдете время поговорить, то окажете Бластиму неоценимую помощь. А мы уже подготовили для вас приятные подарки!

Ссылка, чтобы записаться

Мы готовы слушать вас бесконечно! ❤️

Миф или Правда про Python? 🤔

Итак, Python:

🥇 неоднократно занимал верхние строчки в различных рейтингах языков программирования, а его TIOBE-индекс популярности в веб-разработке, науке, обработке данных на февраль 2024 остается на первом месте?
🧘‍♀️ обладает философией, изложенной в «Дзене Python» и состоящей из «руководящих принципов» для написания программ?
🎭 назван не в честь змеи, а британской комедийной группы «Monty Python»?
🎄 создан как хобби-проект во время рождественских каникул?

Невероятно, но это всё правда!

Если ваш мир крутится вокруг биологических последовательностей и вы думаете, что программирование — что-то исключительное для айтишников и сложное, то вот это действительно миф! 🚫

26 февраля стартует наш курс, который позволит биологам и медикам повысить свою эффективность, автоматизировать рутину и убедиться, что всё проще, чем кажется 🌟

Кому идти?
✅ новичкам в кодинге и тем, кто хочет освежить и углубить знания
✅ желающим освоить наиболее востребованный язык в современной науке
✅ «карьеристам», кто ищет возможности в биоинформатике

Курс включает:
🔑 основы Python и Bash, от простейших типов данных до параллельных вычислений
🔑 работу с Jupyter, Colab, Visual Studio Code
🔑 модули для биоинформатики: Biopython, Prody, Pybedtools
🔑 датасайнс с Numpy, Pandas, Matplotlib, Seaborn

В чем фишки?
🐞 курс для естественников
🙂 практика на реальных кейсах из молекулярной и структурной биологии
🖥 распределенный вечерний формат
💯 полноценный онлайн с интерактивами, вопросами и обсуждениями

Факты про Python подчеркивают не только технические достоинства языка, но и неповторимую культуру и сообщество вокруг него. Даже принцип «простое лучше, чем сложное» из «Дзена Python» намекает, что этот язык создан для удобства и доступности решения, казалось бы, труднейших задач. Сложите это со всем известной поддержкой от Blastim, где вы не просто учитесь, а становитесь частью огромной биоинформатической семьи, и приготовьтесь к открытию удивительных возможностей! 💫

🐍 Клик: clck.ru/38q9YM

Огромное спасибо Blastim за то, что вы есть!) Отдельное спасибо за проведение конкурсов на розыгрыш мест обучения — это очень классная инициатива, которая редко встречается в наше время!) Радует, что биоинформационное сообщество нашей страны расширяется за счет таких ребят, как вы!) Желаю, как и прежде процветания и появления новых курсов и преподавателей)

© Никита

Друзья! У нас на сайте по питону появился отзыв Никиты, о том, как здорово, что на Бластим есть розыгрыши на обучение. Почитайте его и другие!

Мы рады, что вам нравится, и сегодня хотим предложить принять участие в новой классной акции! Условия просты: репостните наш пост про мифы и правду о питоне в свой публичный канал в телеграме или на страничку вк и/или поделитесь своей мотивацией изучать питон в комментариях к посту. Если и то, и другое, шансы выиграть увеличиваются в 2️⃣ раза

🎰 В четверг 22 февраля с помощью генератора случайных чисел мы определим победителя, который получит 5️⃣0️⃣🔤 скидку на курс. Но подарки гарантированы абсолютно всем участникам.

Ждем вашу активность! ❤️‍🔥

🔤🔤 года 🎂

Ровно столько исполняется сегодня питону! Именно 20 февраля 1991 программист Гвидо ван Россум опубликовал первый выпуск Python, и так началась великая история ⭐️

В честь Дня рождения любимого языка программирования и большого интереса аудитории мы решили поделиться с вами записью недавно прошедшего у нас вебинара по GPT-4. Видео снабжено таймкодом, в описании к ролику есть ссылки на Jupyter, так что вы сможете повторить весь пайплайн!

Почему еще стоит смотреть: вы услышите о профессии промпт-инженера, познакомитесь с single cell данными и инструментом для их анализа на питоне — scanpy, а также узнаете, как вообще складывается дружба ИИ с биологией.

И если вдруг после просмотра вы захотите научиться кодить как Дмитрий и упростить свою работу с помощью скриптов и чат-ботов, то мы рекомендуем пойти на курс питон для новичков, где вы быстро освоите основы программирования и, главное, разовьете биоинформатическое мышление на нескучных задачках.

👉 Ссылка на ютуб

Подписывайтесь на канал Бластима!

⚡️Друзья, итоги розыгрыша!

Мы собрали все ваши активности в табличку по хронологии, и присвоили им случайные номера. Далее генератор сделал выбор — смотрите на видео! А еще у нас приятная новость: в связи с огромным ажиотажем мы разыграли сразу ТРИ промокода на 50%-скидку на питон! Искренне поздравляем победителей, которыми стали: Мяудицина, Юлия Буланович и Алексей Кузнецов! 🎉

❗️Все остальные участники также не остаются без подарков и получают от Бластим 20%-скидку на курс и шаблон кода для обработки данных дифэкспресии генов!

Мы свяжемся со всеми участниками в ближайшее время. Но вы можете написать нам сами на почту [email protected] или в личные сообщения, чтобы поскорее забрать заслуженные призы!

С любовью, команда Бластима ❤️

Alexa, а что там p53?

Ученые представили виртуального помощника Melvin, который дает возможность запрашивать разнообразную информацию по геномике рака голосом!

🧬 Секвенирование позволило собрать обширные объемы данных по онкогеномике, однако их использование в клинике затруднено. Врачи, многие из которых не знают биоинформатики, хотят иметь под рукой интуитивно понятные инструменты, без погружения в технические нюансы. Все привыкли к графическим интерфейсам, однако вбивать руками запросы тоже непросто. Поэтому лаборатория Джейсона Питта из Национального университета Сингапура разработала голосовой интерфейс, который позволяет спрашивать о геномике рака на естественном языке и в ходе диалога получать оперативные ответы.

К Melvin можно обратиться через любое устройство «умного дома», поддерживающее Amazon Alexa. Он содержит информацию о 33 типах рака из базы данных Атласа генома рака (TCGA) и другие дополнительные наборы. Melvin оперирует тремя атрибутами: ген, тип рака, тип данных. Пользователи могут задавать вопросы о соматических мутациях, вариациях числа копий, уровнях экспрессии генов.

💬 Понятно, что одним предложением сформулировать вопрос о геномике и мутациях невозможно. Поэтому Melvin поддерживает диалоговый процесс и «натренирован» постепенно уточнять интересующие вещи — он запоминает контекст. Например, можно попросить: «Расскажи мне о мутациях». Потом: «Покажи мне рак молочной железы». Затем: «Какова частота мутаций PIK3CA?» Melvin отвечает голосом, выводит статистику на экран, рисует понятные графики (кстати, не без помощи Python). И, если надо, мгновенно отправит результаты на электронную почту. А еще создатели предусмотрели краудсорсинговый веб-портал, где каждый может добавлять аудио со своим произношением названий генов для улучшения качества распознавания речи.

Диалоговый агент Melvin призван облегчить работу исследователей и онкологов по интерпретации данных секвенирования опухолей. Буквально: скоро будем слушать о геномике из каждого утюга! 🗣

#бластим_технологии

Друзья! Вас в понедельник тоже накрыло обязательствами, делами и дедлайнами? 🌊🐟

Возможно, пора что-то оптимизировать! Вот и мы на Бластим обновили страничку Учебного центра: теперь там есть разделение программ на уровни, удобный календарь курсов, главные принципы эффективного обучения, ответы на самые частые вопросы и ссылки на бесплатные материалы. Всё, что нужно, чтобы начать менять карьеру, жизнь и успевать.

👉 Зацените удобный красивый сайт: clck.ru/394KRC