Друзья, мы много раз замечали, что всегда, всегда уже после начала курса обязательно приходит кто-то, кто узнал о программе в последний момент. 😅 Поэтому напоминаем, что ровно через неделю, 29 января, стартует курс «Анализ NGS-данных» от Бластим!

И это будет блокбастер, потому что:

🥇 На курсе работает команда из экспертов (Евгений Герасимов, Алексей Зарубин, Даниил Бобровский и другие преподы — известные имена в отрасли). Вы сможете с ними познакомиться лично и, если у вас уже есть свой вопрос по обработке, то на кофе-брейке всегда сможете его спокойно задать

🥈 Спикеры объясняют сложные концепты понятным языком. Например, вы узнаете про преобразование Барроуза-Уилера, хэш-таблицы или матрицы замен. Для чего? Чтобы разобраться, что под капотом у биоинформатических программ, и научиться их применять осознанно

🥉 Перед стартом курса мы дадим все необходимые материалы и ссылки для плавного погружения: по методам секвенирования, R, Линуксу и молекулярке. А во время занятий рядом с вами будут технические ассистенты, которые помогут в кодинге и окажут поддержку.

С занятий вы уйдете с полной последовательностью действий по обработке NGS в голове. 🚀 И главное — после интенсива ничего не закончится! Наоборот, вы начнете свой трек в биоинформатике, получите доступ к чату выпускников и вольетесь в комьюнити. Кроме того, сертификат от Бластим и финальный проект, выполненный для портфолио, откроют для вас новые высокооплачиваемые вакансии.

🔜 Переходите по ссылке и пишите команде Бластима, чтобы принять участие: bit.ly/4aZXoel
Необработанные данные секвенирования только копятся, а биоинформатиков сильно не хватает, так что хороший момент войти в отрасль!

Восстановления справедливости пост

ChatGPT, Claude, Midjourney: в моде генеративный ИИ. Чудесные инструменты для создания изображений, текста, видео или кода. Мы сами много писали про приложения ИИ в химии, биоинформатике, медицине. А как они устроены? Доподлинно неизвестно, поскольку большинство — коммерческие тулы. Хотя если вдуматься 🤔, оказывается, что вирусные проекты были бы невозможны без более низкоуровневых инструментов с открытым исходным кодом, за которыми стоят широкие комьюнити энтузиастов. Не умаляя крутизны джипити, вспомним базу и от подошвы «горы» вскарабкаемся на самую вершину.

Итак. У подножия лежат языки программирования — качественные и удобные для написания кода (Java, C, R и, конечно, Python). Они нужны не только для ИИ, но и ПО в целом. На следующем уровне разместились библиотеки для научных вычислений: инженерные, математические. Например, NumPy (массивы), SciPy (научные алгоритмы), pandas (таблицы). Сюда же можно добавить Jupyter. Поверх них построены уже общие инструменты машинного обучения для разработки приложений ИИ. Для классического машинлернинга есть scikit-learn (деревья решений, градиентный бустинг, метод k-средних). Для нейросетей — PyTorch, TensorFlow. Шагаем выше. Предметно-ориентированное ML — здесь фокусировка на определенных видах данных, будь-то тексты, картинки или аудио. Данные сильно различаются, поэтому под всё нужны свои инструменты. Пример: scikit-image. Это последний уровень, где можно надеяться на открытый исходный код 👀

И вот мы доходим до так называемых «базисных моделей»: GPT, BERT или Stable Diffusion. Их феноменальные свойства проистекают из объединения огромных наборов данных и сложных архитектур. Создать такие под силу компаниям-гигантам. Наконец, на пике — коммерческие тулы, часто платные и прославленные, такие как чат-боты.

Что получается? Множащиеся новинки ИИ безусловно заслуживают внимания, но не стоит забывать углублять знания в фундаменте — языках программирования, научных и ML-библиотеках, благо это Open Source!🔥

#бластим_технологии

✨Подборка PhD-позиций за рубежом

🇸🇪 Биология рака и сосудов, Университет Упсалы (Швеция)
Приглашаются аспиранты в проект по изучению механизмов рекрутирования иммунных клеток при раке и роли аномальных сосудов опухоли в ее прогрессировании. Требования: степень магистра, опыт работы с культурой эндотелиальных клеток и органов ex vivo, опыт scRNA-seq, получения AAV-векторов, конфокальной микроскопии, FACS. Дедлайн: 2 февраля

🇸🇪 Пространственная омика при рассеянном склерозе, Каролинский институт (Швеция)
Проект будет сосредоточен на применении и вычислительном анализе технологий пространственной транскриптомики и эпигеномики для разработки новых методов лечения нейровоспаления и стимулирования ремиелинизации при рассеянном склерозе. Требования: степень магистра, опыт в геномике, анализе данных сингл селл и пространственной омики. Дедлайн: 12 февраля

🇩🇰 Биоинформатический анализ взаимодействия патоген-хозяин, Копенгагенский университет (Дания)
PhD-стипендия по вычислительной биологии и биоинформатике в проект по микробиомике и метаболомике кишечника свиней. Нужны: степень магистра, понимание работы генных сетей, глубокого и машинного обучения, знания Python и C/C++, Unix/Linux. Дедлайн: 12 февраля

🇳🇱 Химия синтетических полимеров, Лейденский университет (Нидерланды)
Предстоит разрабатывать полимеры для доставки мРНК, включая проведение синтезов, разработку рецептур и физико-химическую характеристику продуктов. Требования: степень магистра, опыт синтеза полимеров. ЗП от €2,7 тыс./мес. Дедлайн: 28 февраля

🇩🇪 Комбинированная виро-иммунотерапия в Центр визуализации Вернера Сименса (Германия)
Цель проекта — выяснить механизмы, почему иммунные клетки успешно уничтожают опухолевые клетки при комбинированных подходах иммунотерапии. Нужны знания иммунологии, опыт в доклинической томографии ПЭТ/МРТ/КТ, понимание методов молекулярной и клеточной биологии, работы с мелкими животными. Работа в междисциплинарной среде. Дедлайн: 1 марта

#бластим_вакансии

⚡️ Когда все узнали, что ты работаешь биоинформатиком

P.S. Поздравляем с Днем студенчества и желаем больше биоинформатики в карьере и жизни!

Большие новости микробиологии в нашей маленькой рубрике выходного дня!

🍔 Хронический стресс вредит кишечнику
Синдромом разраженного кишечника страдает уже каждый десятый. Однако по каким именно механизмам мозг может влиять на патогенез заболеваний ЖКТ, было неясно. В недавнем исследовании китайские микро- и нейробиологи попытались раскрыть взаимосвязь психологического стресса и воспаления кишечника на клеточном уровне. Две недели они нервировали мышей, а потом изучили, что стало с животными и их микробиомом. Оказалось, что постоянная активация симпатики привела к размножению лактобацилл, производящих индол-3-ацетат. Эта молекула нарушала дифференцировку стволовых клеток в секреторные, что снижало защитные свойства эпителия. Аналогичное же обогащение лактобациллами задетектировали и у людей с депрессией. А чем «лечиться»? В экспериментах на грызунах, добавка альфа-кетоглутарата в рацион, облегчала вызванное стрессом повреждение эпителия. Кстати, эту же кислоту принимают и некоторые бодибилдеры. Совпадение?

🤢 Раскрыта тайна цвета мочи
На протяжении 125 лет ученые не знали, почему моча желтая. Ну, конечно, было известно, что цвет определяется желтоватым уробилином, который получается из красноватого билирубина — жёлчного пигмента и продукта деградации гема. Но как происходит превращение? Загадка. Сегодня с помощью сравнительной геномики и биохимического анализа специалисты из Университета Мэриленда наконец-то выявили энзим билирубинредуктазу BilR, ответственный за ключевую реакцию. Вырабатывается этот фермент не нами, а кишечными бактериями Firmicutes, в особенности клостридиями! BilR катализирует восстановление красного билирубина в бесцветный уробилиноген, который потом трансформируется уже в желтый уробилин. Это важный процесс для организма: анализ метагеномов показал, что BilR повсеместно распространен у здоровых взрослых людей, тогда как в случае, когда редуцирующих билирубин микробов не хватает, может и желтуха развиться!

😫Хотели как лучше, а получилось...
20 лет исследовательница Хуа Ван из Университета штата Огайо изучает резистом ферментированной пищи. На этот раз ее группа обследовала 4 крафтовых сыра из азиатских лавок и ресторанов, а также 10 видов кимчи — корейского традиционного блюда из соленых и квашеных овощей. Так вот, почти все изделия содержали бактерии, устойчивые к антибиотикам и способные вызвать неприятные кишечные инфекции. Нашелся даже опасный штамм Weissella, который может привести к сепсису. Производители продуктов ручной работы используют непастеризованное молоко и несертифицированные закваски. Более ранние ресечи также говорили, что у людей, которые обогащали свой рацион подобными продуктами, в фекальной микробиоте находится больше генов устойчивости! Особенно опасно это может быть для тех, кто намеренно потребляет много ферментированной пищи с целью восстановить микрофлору после приема антибиотиков. С осторожностью стоит относиться и к другим товарам кустарного производства: квашеной капусте и комбуче.

#выходные_у_бластим

Друзья, всех с понедельником!

🎉 И у нас отличная новость: на Бластим стартовал курс по анализу NGS. Любимый преподаватель Евгений Герасимов уже на месте и начинает с повторения линукса, дальше — контроль качества, снипколлинг, сборка, аннотация, филогенетика... много-много строчек кода и море эмоций от знаний и общения с единомышленниками.

🖐 Приветствуем участников легендарного курса Бластим в 2024 году!

А также мы рады всем, кто заинтересован в совершенствовании биоинформатических & аналитических & программистских скиллов. На горизонте вводный питон для новичков и машинное обучение для более продвинутых. Эти программы дополнят инструментарий ученого и украсят резюме 🔥 Приходите!

Эта картинка должна войти в учебники. Алгоритмы машинного обучения, которые в общем-то ничего не смыслят в человеческом языке и представляет слова лишь в виде векторов, начитавшись горы литературы в ходе обучения, сами приходят к пониманию, что если взять вектор слова «король», вычесть из него «мужчину» и прибавить «женщину», то мы получим вектор, очень близкий к вектору «королева» 👑

Однако это далеко не единственный пример, чем может удивить и вдохновить искусственный интеллект. Мы расскажем вам настоящие фишки по использованию ИИ-технологий в работе успешного ученого и покажем новые любопытные применения.

Но сначала мы хотим понять, какой у вас есть опыт работы с AI и почему эта тема вам интересна. Будем рады, если вы поделитесь своим отношением к сфере искусственного интеллекта и использованию чат-ботов-помощников в мини-интервью с директором Бластима Оксаной Коржавиной!

🔗 Записаться на разговор можно через GoogleФорму

Мы будет признательны, если вы поможете Бластиму стать чуточку лучше, и подарим классный гифт 🎁

⚡️ Ничто не может помешать ученым совершить научные прорывы этой зимой

👆На этой неделе в рубрике #про_карьеру_по_субботам делимся мини-кейсом биоинформатика Вячеслава, который нашел лабораторию (а именно — динамики транскрипционных комплексов ) для выполнения курсовой работы благодаря Бластиму! 🤩

А еще Вячеслав уже 6 лет ведет личный канал Everyday life as a Russian Bio PhD student, где делает остроумные заметки о жизни и науке, сопровождая их собственными фото и мемами. Самые-самые публикации на канале собраны в закрепленном посте. 👉 Рекомендуем его канал: https://t.iss.one/rus_bio_diary

Добрые научные новости украшают ленту на выходных

🥺 Ах, эти карие глаза
Одомашнивание собак началось, возможно, уже 20 тыс. лет назад. Люди отбирали животных дружелюбных и послушных. А такими человеку казались собаки с неотеническими чертами: крупной головой и большими глазами. Еще отбору подвергся цвет глаз. 90% современных пород имеют карие глаза. Японский зоолог-бихевиорист решил проверить, почему. Он раскрасил на фото глаза собак в разные цвета и показал их 142 добровольцам. Люди считали, что у песиков с темной радужкой, глаза кажутся больше, взгляд щенячий, ласковый. У волков радужка имеет желтый цвет, что нужно в дикой природе: так четко видно направление взгляда, который должен демонстрировать доминирование над сородичами. Холодный волчий взор отпугивает человека. Конечно, среди собак есть исключения: например, у хаски глаза голубые. Результаты исследования любопытные, но пока всё же не до конца ясно: люди изначально одомашнили темноглазых питомцев или это следствие того, что заводчики за последние столетия старались строго соответствовать стандартам пород.

🤠 По заветам дядюшки Вентера
Бактерии и дрожжи с синтетическими геномами — таким сегодня никого не удивишь. А как насчет продвинутых организмов? «Пожалуйста!» — говорят ученые и создают первое растение с (частично) искусственной хромосомой. Вообще, за высших эукариот ранее как-то не брались: их геномы огромные, эпигенетика нехилая, транспозонов много. Но китайские биологи смогли заменить внутренний фрагмент короткого плеча 18 хромосомы мха Physcomitrium patens на синтетический. Исследователи специально выбрали мох, а не арабидопсис, потому что с ним проще: достаточно модифицировать одну клетку, чтобы получить целое растение, легче идет интеграция синтетических фрагментов. Ученые удалили из натурального участка хромосомы «мусорную ДНК», восстановили рамки считывания, добавили метки и вернули сокращенную на 56% структуру назад. Полученные растения были нормальным, размножались, а исчезновение транспозонов не помешало функционированию генома! На следующее десятилетие проект, получивший наименование SynMoss, ставит целью полностью сконструировать геном мха и превратить его в фабрику по производству лекарств.

☕️ Почувствуй аберрации на вкус
На арабику приходится 60% рынка кофе. Главный в кофе, как известно, — кофеин, но гурманы могут чувствовать тонкие нотки разных сортов, обусловленные и другими факторами. Недавно коллектив из Италии ресеквенировал с помощью нанопора и глубоко изучил геном Coffea arabica, обнаружив интригующие вещи. Арабика — это гибрид, получившийся в результате скрещивания робусты и еще одного вида кофе. И полиплоид, из-за чего с прародителями он с тех пор не скрещивался. Так получилось, что внутривидовое разнообразие низкое, снипов в геноме мало, и различия в отдельных генах не годятся для объяснения разницы во вкусах. По-видимому, разгадка кроется в недавних хромосомных перестройках: делециях, дупликациях, обменах, а также анеуплоидии. Некоторых хромосом по 3 копии, где-то по 5. Эта генетическая изменчивость ценна производителям: для поиска устойчивых к грибкам растений или даже с разным уровнем кофеина. Благодаря NGS раскрылись новые тайны обожаемого напитка!

#выходные_у_бластим

🗳 Выбор за вами

Друзья, мы готовим совершенно новый курс по применению GPT в науке, где расскажем о нетривиальных вещах и лайфхаках использования AI на реальных тасках. Рабочее название курса «AI для успешного ученого» кажется нам скучноватым, поэтому мы попросили ChatGPT сгенерировать альтернативные.

Проголосуйте за наиболее оригинальное название или предложите свой вариант в комментариях. Ждем ваши креативы!

✅ Если же вы хотите поучаствовать в разработке программы, рассказать о своих успехах или болях во взаимодействии с чат-ботами на вашем рабочем месте, то напоминаем, что у нас открыта GoogleФорма для записи на короткое интервью в удобном для вас формате. Пожалуйста, не стесняйтесь и делитесь вашим видением! За самые ценные советы мы подарим подписку на GPT-4 на месяц 😍

Из студентов в преподы 🎓

Делимся кейсом Игоря Евсюкова. Игорь — выпускник кафедры генетики и биотехнологии Биологического факультета СПбГУ, сейчас биоинформатик, занимается транскриптомикой и биологией рака. На Бластим кто-то знает его как замечательного преподавателя на недавно прошедшем суперинтенсиве экспресс-Линукс, а кто-то знаком с Игорем как с прилежным студентом курса по машинному обучению на Python!

Да, у нас такое возможно: сегодня вы обучаетесь на курсах, подтягиваете знания и становитесь всё профессиональнее, а завтра запросто преподаете и помогаете новым ученикам.

Чтобы найти знания, поддержку и друзей, тоже вливайтесь в комьюнити Бластима 🐝