Подборка лучших эфиров 2023 года 🟥
У нас в телеграм-канале так много новых друзей, что мы не успеваем поприветствовать всех. Специально для недавно присоединившихся, мы подобрали 8 очень актуальных видео, которые проходили в этом году и передают уютную атмосферу Бластима.
💻 Ключевые навыки программирования для карьеры биолога // кодинг
🎨 Секвенирование единичных клеток: новые горизонты биологических исследований // мокрая биология
💊 Контроль качества по стандартам GxP: особенности нормативных документов // фарма
🥳 Как искать работу кому угодно и где угодно с Витой Степановой // карьера
🐍 Начни программировать на Python: возможности для биологов // кодинг
🧪 Метаболомика: от медицины до растениеводства // мокрая биология
🦠 Потенциал аденоассоциированных вирусов (AAV) // генная терапия
🎠 Виртуальная Ярмарка вакансий 2023 на Бластим // карьера
Да, у нас было много интересного, в 2024 будет еще больше! А завтра Юра и Вита подведут биотех-итоги года. Обязательно приходите на встречу познакомиться! Обещаем призы🥂
#бластим_рекомендует
У нас в телеграм-канале так много новых друзей, что мы не успеваем поприветствовать всех. Специально для недавно присоединившихся, мы подобрали 8 очень актуальных видео, которые проходили в этом году и передают уютную атмосферу Бластима.
Да, у нас было много интересного, в 2024 будет еще больше! А завтра Юра и Вита подведут биотех-итоги года. Обязательно приходите на встречу познакомиться! Обещаем призы
#бластим_рекомендует
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥13👍3❤1⚡1
Друзья и коллеги, и особенно те, кто жалуется, что у нас дорогие курсы! Это сообщение для вас. Прямо сегодня есть реальный и очень высокий шанс выиграть
Что нужно сделать? Записаться в гугл-форме и подключиться сегодня в 19:30 мск на наш праздничный стрим с подведением биотех-итогов года с Юрой и Витой. Ссылка для записи: bit.ly/3TYifsv
Гарантируем, вы насыщенно и интересно проведете время. Неделя чудес на Бластим продолжается. До встречи на эфире!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥13👍6🥰2😁2
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
🎉 Все-таки GLP, а не NLP
Может быть, кто-то ожидал ChatGPT и вообще что-то из области обработки естественного языка (NLP), но научным прорывом года журнал Science признал инновационные препараты от ожирения — агонисты рецепторов глюкагоноподобного пептида (GLP-1)! А редакция Nature в свой ежегодный список Nature's 10 внесла сербскую исследовательницу Светлану Мойсов, которая оказалась в забытьи, несмотря на то, что именно она в 1980-е выполнила пионерские работы, показав существование и активность GLP-1 у млекопитающих. Как раз аналоги этого пептида и легли в основу нынешних лекарств-блокбастеров.
💊Но почему эти препараты — прорыв 2023? Возможно, потому, что мы на Бластиме выпускали отличные посты на эту тему! Зачем мировые селебрити подсели на Оземпик и Вегови? Какие побочные эффекты от инъекций могут быть? Насколько безопасны лекарства для подростков? Что такое «оземпическое тело и лицо»? На эти вопросы ищите ответы тут.
В другом посте мы рассказывали о принципе действия и во многом случайной истории обнаружения чудодейственных свойств миметиков инкретинов, а также последствиях внедрения лекарств для экономики здравоохранения и самого отношения к проблеме ожирения.
Тексты вышли в августе, но совершенно не потеряли актуальность! Хотя был ряд апдейтов. Так, ученые продолжают находить дополнительные неожиданные (и положительные) побочные эффекты революционной терапии от ожирения и диабета. Например, сейчас препараты на основе аналогов GLP-1 тестируют для лечения различных зависимостей, а также болезней Альцгеймера и Паркинсона. В ноябре 2023 было лекарство следующего эшелона — тирзепатид от Eli Lilly, который обеспечил снижение веса аж на 21% (это больше, чем семаглутид). Новинка имитирует сразу два пептида!
Сегодня ажиотаж вокруг препаратов не прекращается. О них шутят на церемонии Оскара, почти 2% населения США врачи уже прописали Вегови или Оземпик, а стоимость датской фармкомпании Novo Nordisk превысила ВВП Дании!
Оставайтесь с Бластимом, мы продолжим подсвечивать значимые события биотеха в 2024! 🐲
Может быть, кто-то ожидал ChatGPT и вообще что-то из области обработки естественного языка (NLP), но научным прорывом года журнал Science признал инновационные препараты от ожирения — агонисты рецепторов глюкагоноподобного пептида (GLP-1)! А редакция Nature в свой ежегодный список Nature's 10 внесла сербскую исследовательницу Светлану Мойсов, которая оказалась в забытьи, несмотря на то, что именно она в 1980-е выполнила пионерские работы, показав существование и активность GLP-1 у млекопитающих. Как раз аналоги этого пептида и легли в основу нынешних лекарств-блокбастеров.
💊Но почему эти препараты — прорыв 2023? Возможно, потому, что мы на Бластиме выпускали отличные посты на эту тему! Зачем мировые селебрити подсели на Оземпик и Вегови? Какие побочные эффекты от инъекций могут быть? Насколько безопасны лекарства для подростков? Что такое «оземпическое тело и лицо»? На эти вопросы ищите ответы тут.
В другом посте мы рассказывали о принципе действия и во многом случайной истории обнаружения чудодейственных свойств миметиков инкретинов, а также последствиях внедрения лекарств для экономики здравоохранения и самого отношения к проблеме ожирения.
Тексты вышли в августе, но совершенно не потеряли актуальность! Хотя был ряд апдейтов. Так, ученые продолжают находить дополнительные неожиданные (и положительные) побочные эффекты революционной терапии от ожирения и диабета. Например, сейчас препараты на основе аналогов GLP-1 тестируют для лечения различных зависимостей, а также болезней Альцгеймера и Паркинсона. В ноябре 2023 было лекарство следующего эшелона — тирзепатид от Eli Lilly, который обеспечил снижение веса аж на 21% (это больше, чем семаглутид). Новинка имитирует сразу два пептида!
Сегодня ажиотаж вокруг препаратов не прекращается. О них шутят на церемонии Оскара, почти 2% населения США врачи уже прописали Вегови или Оземпик, а стоимость датской фармкомпании Novo Nordisk превысила ВВП Дании!
Оставайтесь с Бластимом, мы продолжим подсвечивать значимые события биотеха в 2024! 🐲
👍23❤7😁2
Бодро врываемся в первую рабочую неделю года с мощной подборкой вакансий в машинном обучении 🥸
🇦🇺 Постдок в пространственные омики и ML в UNSW
Обязанности: создание и тестирование ПО для анализа изображений, разработка конвейеров ML для распознавания изменений в экспрессии. Требования: PhD, опыт в омиках, визуализации одиночных молекул, знание Python, MATLAB. ЗП $106k/год. Дедлайн: 14 января
🇬🇧 Специалист по ML в Open Targets
Задача: поиск в литературе информации, имеющей отношение к открытию новых лекарств, c помощью NLP. ЗП 3,5k £/мес. Дедлайн: 23 января
🇨🇭 PhD-студент в вычислительную биологию в Бернский университет
Разработка машинлернинговых моделей хромосомных инверсий. Требования: сильные знания статистики, ML, популяционной генетики. Дедлайн: 1 февраля
🇳🇱 Постдок в области ML в Delta Lab 2
Предстоит создавать, оценивать новые ML-модели, участвовать в конференциях. Требования: степень PhD, знание NumPy, PyTorch. ЗП 3,3k €/мес. Дедлайн: 4 февраля
🇺🇸 PhD или постдок в области ИИ и биоинформатики в Университет Флориды
Предстоит применять ML-модели для биомедицинских задач. Требования: степень магистра/PhD, опыт в Python/R, желательно NGS, GWAS, мультиомике. Дедлайн: 2 апреля
🇫🇷 Компьютерный генетик в InstaDeep
Задачи: анализ и интерпретация геномных данных с помощью LLM, разработка конвейеров обработки данных. Нужны: степень PhD, знания геномики, опыт в ИИ, навыки программирования на Python, R.
🇬🇧 Старший хемоинформатик в BenevolentAI
Предстоит заниматься in silico драг дизайном малых молекул, управлять командой. Нужен опыт в компьютерном моделировании лекарств, навыки программирования, внедрения ML, знакомство с фреймворками глубокого обучения.
🇫🇷 Исследователь в области биоинформатики и сравнительной геномики в ATLASea
Предстоит проводить сравнительный анализ геномов морских организмов, в том числе с использованием ИИ. Требования: степень PhD, знание Python, R, владение биоинформатическими тулами.
#бластим_вакансии
Обязанности: создание и тестирование ПО для анализа изображений, разработка конвейеров ML для распознавания изменений в экспрессии. Требования: PhD, опыт в омиках, визуализации одиночных молекул, знание Python, MATLAB. ЗП $106k/год. Дедлайн: 14 января
Задача: поиск в литературе информации, имеющей отношение к открытию новых лекарств, c помощью NLP. ЗП 3,5k £/мес. Дедлайн: 23 января
Разработка машинлернинговых моделей хромосомных инверсий. Требования: сильные знания статистики, ML, популяционной генетики. Дедлайн: 1 февраля
Предстоит создавать, оценивать новые ML-модели, участвовать в конференциях. Требования: степень PhD, знание NumPy, PyTorch. ЗП 3,3k €/мес. Дедлайн: 4 февраля
Предстоит применять ML-модели для биомедицинских задач. Требования: степень магистра/PhD, опыт в Python/R, желательно NGS, GWAS, мультиомике. Дедлайн: 2 апреля
Задачи: анализ и интерпретация геномных данных с помощью LLM, разработка конвейеров обработки данных. Нужны: степень PhD, знания геномики, опыт в ИИ, навыки программирования на Python, R.
Предстоит заниматься in silico драг дизайном малых молекул, управлять командой. Нужен опыт в компьютерном моделировании лекарств, навыки программирования, внедрения ML, знакомство с фреймворками глубокого обучения.
Предстоит проводить сравнительный анализ геномов морских организмов, в том числе с использованием ИИ. Требования: степень PhD, знание Python, R, владение биоинформатическими тулами.
#бластим_вакансии
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤9👍3
Тим Бластим выходит на газон!
Друзья, у нашего курса по анализу NGS-данных появилась полная команда преподавателей. Мы собрали практикующих биоинформатиков, каждый из которых специалист в своей области. Про научные достижения и исследовательские интересы лекторов вы можете узнать на нашем сайте: bit.ly/3TVgGeH
А на занятиях они поделятся знаниями и опытом, фишками и лайфхаками. Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании умных и профессиональных людей.
✅ Если вы еще не уверены, насколько вам подходит курс, Бластим предлагает пройти мини-тест на знание основ секвенирования нового поколения: bit.ly/3Sc76CT
Друзья, у нашего курса по анализу NGS-данных появилась полная команда преподавателей. Мы собрали практикующих биоинформатиков, каждый из которых специалист в своей области. Про научные достижения и исследовательские интересы лекторов вы можете узнать на нашем сайте: bit.ly/3TVgGeH
А на занятиях они поделятся знаниями и опытом, фишками и лайфхаками. Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании умных и профессиональных людей.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤🔥12🔥7
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Тоже составляете план на год вперед? А точнее, опять переписываете прошлогодний? 📕
Бластим верит, что если выполнить первые два пункта из списка, то, возможно, третий уже не понадобится. И у нас есть схема, как это сделать: мы разработали необходимую и достаточную программу по искусственному интеллекту и машинному обучению для биологов на Python. Там как раз можно получить релевантные навыки и значительно расширить карьерные возможности. Поспешите записаться🥰
Ведь сегодня ночью на этот курс грядет повышение цены. Успейте оставить заявку до 0:00 часов мск❤️
Бластим верит, что если выполнить первые два пункта из списка, то, возможно, третий уже не понадобится. И у нас есть схема, как это сделать: мы разработали необходимую и достаточную программу по искусственному интеллекту и машинному обучению для биологов на Python. Там как раз можно получить релевантные навыки и значительно расширить карьерные возможности. Поспешите записаться
Ведь сегодня ночью на этот курс грядет повышение цены. Успейте оставить заявку до 0:00 часов мск
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤7🤣4❤🔥3👍1🥴1
19 января 19:00 мск мы проведем эксперимент в реальном времени и посмотрим, сможет ли чат-бот воспроизвести или в точности повторить результат труда биоинформатика. Рабочий кейс — сингл селл колоректального рака. Попробуем цикл от контроля качества до оценки лиганд-рецепторных взаимодействий! Настоящая импровизация шаг за шагом.
Наш спикер Дмитрий Тычинин будет модерировать работу чата и экспертно оценивать преимущества и недостатки ответов на вопросы, возникающие у людей, которые работают с single cell данными. Кроме того, на мастер-классе любые вопросы аудитории получат ответы в двойном объеме: и от ИИ, и от человека!
И с нетерпением ждем следующую пятницу!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤21👍14❤🔥9🔥1
Откладывание дел на потом, известное как прокрастинация, может быть связано с различными факторами, в том числе и со страхом. Один из самых распространенных страхов — возможная неудача. Люди могут бояться, что не справятся с задачей на должном уровне. Это вызывает тревогу, из-за которой дело откладывается. Есть ли у вас такое по отношению к обучению и развитию в биоинформатике? Если да, то мы хотим помочь!
Специально перед курсом по анализу NGS-данных мы решили устроить интенсив «Экспресс Linux для NGS». С помощью него все, кто сомневаются в своих силах, попробуют приручить свои страхи и сделать первые шаги в биоинформатике!
📆 Когда: суббота, 20 января, всего 1 день с 10 до 18 часов, онлайн
❗️ Почему это так важно? Потому что здесь вы освоите не только основы Linux и Bash, но и сразу же попробуете себя в анализе NGS данных. Только релевантные навыки и обучение в комфортном темпе.
‼️ Почему NGS и биоинформатика? Потому что это не просто направление в биологии, это ключ к перспективам и преимуществам на рынке труда. Работайте в науке удаленно, получайте удовольствие от свободы в исследованиях и от разнообразия задач.
Программа самая добрая:
>> познать основы Linux, работы в терминале и Bash (подсказка: это не так сложно, как кажется! 😉)
>> подружиться с сервером
>> поработать с текстовыми файлами и табличками
>> скачать файлы из интернета
>> разобраться с tmux
>> познакомиться с текстовым редактор vim
>> решить практическую задачку для вашего первого шага в анализе данных NGS
🔗 Больше подробностей здесь: bit.ly/48Tspyw
Пссс ⚡️Начните обучение с курса Linux и, если захотите продолжить, то получите индивидуальную скидку (равную стоимости интенсива) для прохождения полного курса по анализу NGS-данных 😏
Не бойтесь быть частью будущего науки!🐧
Специально перед курсом по анализу NGS-данных мы решили устроить интенсив «Экспресс Linux для NGS». С помощью него все, кто сомневаются в своих силах, попробуют приручить свои страхи и сделать первые шаги в биоинформатике!
Программа самая добрая:
>> познать основы Linux, работы в терминале и Bash (подсказка: это не так сложно, как кажется! 😉)
>> подружиться с сервером
>> поработать с текстовыми файлами и табличками
>> скачать файлы из интернета
>> разобраться с tmux
>> познакомиться с текстовым редактор vim
>> решить практическую задачку для вашего первого шага в анализе данных NGS
🔗 Больше подробностей здесь: bit.ly/48Tspyw
Пссс ⚡️
Не бойтесь быть частью будущего науки!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥8⚡5👍4
Cлишком много лекарств? Избранные новости фармы💊
🌽 В 2023 г. Центр оценки и исследований лекарственных средств (CDER) агентства FDA одобрил рекордно много препаратов — 55. Это второй по величине показатель за последние 30 лет (больше было только в 2018 г. — 59 шт). 20 из 55 препаратов — first-in-class, больше половины — от редких заболеваний. По терапевтическим направлениям в лидерах остается онкология (13 препаратов), далее расположилась неврология (9), потом инфекционные заболевания и гематология (по 5). По видам первенство удерживают малые молекулы (34 лекарства), затем идут лекарства на основе белков — 17 шт, замыкают 4 олигонуклеотидных препарата, в том числе второй в истории РНК-аптамер. Кого хочется отметить отдельно? Leqembi — первый в своем роде препарат от болезни Альцгеймера, разрушающий амилоидные бляшки, Litfulo для лечения очаговой алопеции, Zurzuvae для терапии послеродовой депрессии, Veozah — от приливов.
💉 От CDER не отставало и другое подразделение FDA — CBER. Оно одобряет вакцины, средства генной и клеточной терапии, препараты крови. Так, в прошлом году этот центр дал зеленый свет первому продукту для редактирования генов на основе CRISPR-Cas9, двум вакцинам против респираторно-синцитиального вируса и самым разным генным терапиям. Также CBER зарегистрировал Vowst для профилактики рецидивов клостридиальной инфекции после антибиотиков. Vowst — первая разрешенная таблетка на основе фекальной микробиоты! ✨
На этом фоне в TIME вышла любопытная заметка про здравоохранение в США. Оказывается, многим пожилым людям выписывают чрезмерное количество лекарств. Это называется полипрагмазия, и она распространяется. Четыре пациента из 10 принимают 5+ препаратов, а 11 миллионов американцев пьют 10 и более веществ! По оценкам экспертов, в следующем десятилетии это приведет к преждевременной смерти 150 тыс. человек. Причина, почему так происходит, кроется в разрозненности. От каждого специалиста пациенты ждут рецепт, и врачи оправдывают ожидания. Кроме того, люди старшего возраста могут посещать несколько докторов одновременно. А медики не консультируются друг с другом.
✍️ Пример: женщина 85 лет с легкой амнезией. На первичном осмотре у нее обнаруживается незначительно повышенное давление. Терапевт назначает пациентке препарат от сердечных приступов и инсульта. Его побочный эффект — отек ног. Поэтому кардиолог прописывает диуретики. От них у женщины начинается инконтиненция. Далее, словно по конвейеру, уролог прописывает ей спазмолитик, побочка которого — легкий бред и беспокойство. Пожалуйста, вот подоспел следующий рецепт — на нейролептики! Так, с нуля человек доходит до целой горсти лекарств: список употребляемых средств растет как снежный ком 🤯
⚖️ Надеемся, в дальнейшем, чем больше регуляторы будут одобрять новых классных препаратов, тем меньше пилюль нужно будет принимать каждому человеку.
#выходные_у_бластим
На этом фоне в TIME вышла любопытная заметка про здравоохранение в США. Оказывается, многим пожилым людям выписывают чрезмерное количество лекарств. Это называется полипрагмазия, и она распространяется. Четыре пациента из 10 принимают 5+ препаратов, а 11 миллионов американцев пьют 10 и более веществ! По оценкам экспертов, в следующем десятилетии это приведет к преждевременной смерти 150 тыс. человек. Причина, почему так происходит, кроется в разрозненности. От каждого специалиста пациенты ждут рецепт, и врачи оправдывают ожидания. Кроме того, люди старшего возраста могут посещать несколько докторов одновременно. А медики не консультируются друг с другом.
⚖️ Надеемся, в дальнейшем, чем больше регуляторы будут одобрять новых классных препаратов, тем меньше пилюль нужно будет принимать каждому человеку.
#выходные_у_бластим
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥13❤7👍4❤🔥1
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🤣42🔥7❤2👍2😱2
Так сложилось, что Linux — мастхэв для биоинформатики: большинство научных тулов написано под эту операционную систему, а альтернатив на Windows часто просто нет. На первый взгляд может показаться, что команды оболочки выполняют самые элементарные операции, которые мы привыкли делать мышью в пару кликов: переименовать, отсортировать, вырезать. Это правда, однако когда нужно повторить действия с сотнями и тысячами файлов, то без терминала и сервера не обойтись.
Для тех, кто сомневается, нужна ли ему командная строка, мы рекомендуем:
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍6🔥5❤3😢1
Знакомьтесь, «Соученый» — возможно, скоро ваш новый напарник в лабе 🧪
В конце 2023 года команда химиков-машинлернеров из университета Карнеги-Меллона представили Coscientist — интеллектуального агента, который может сам гуглить, читать технические руководства, планировать, проводить и анализировать сложные химические эксперименты Нобелевского уровня!
Coscientist работает на основе LLM: фактически его мозг — самая продвинутая на сегодня модель от OpenAI — GPT-4 (хотя тестировались и GPT-3.5, Claude1.3). Разработчики Coscientist поставили перед собой задачу понять, как далеко ИИ может зайти в научном процессе и какой степени автономии вообще можно достичь? Результат впечатляет.
Робот-химик-трансформер состоит из нескольких модулей, которые обмениваются месседжами друг с другом: модуля для поиска в Google, поиска документации, написания кода на Python. И, наконец, он подключается к автоматизированным роботам для выполнения реальных опытов в «облачной лаборатории». Человек пишет ему промпты, а ИИ дальше всё (ну, почти) делает сам🧑💻
Исследователи сначала протестировали каждый модуль отдельно, дав Coscientist соответствующие задачи. Они проверили веб-поисковик, попросив найти и спланировать химический синтез аспирина и ибупрофена. Затем модуль поиска документации искал техническую информацию для взаимодействия с роботами через API. Далее Coscientist поразливал жидкости в 96-луночные планшеты и познакомился со спектрофотометром. Только потом люди объединили модули воедино, поручив ИИ самое сложное — воспроизвести реакцию кросс-сочетания Соногаширы и Сузуки, катализируемую палладием (это очень важная реакция для построения синтетических лекарств и полупроводников, за нее в 2010 году дали Нобелевскую премию). Coscientist ничего подобного не делал — он, как и человек, зашел в Википедию, нашел нужное описание и через 4 минуты разработал протокол с использованием реактивов, которые ему предоставили. Правда, допустил ошибку в коде для нагревателя, но люди немного подсказали. В итоге реакция прошла успешно! ⚗️
Таким образом, косайентист сопоставим по навыкам с неплохим химиком. Специалисты из Карнеги-Меллона надеются, что система поможет сделать химию более доступной: в будущем появятся беспилотные лабы, управляемые дистанционно, где химику достаточно будет набить текст задания на клавиатуре, и машина сама напишет код для роботов, которые проведут синтез. Это позволит значительно бустнуть науку, ведь ИИ и роботам не нужно так долго получать образование, и они не хотят спать😉
🔬 GPT-4 удивляет в химии, а что биоинформатика и сингл-селл? Узнаем на вебинаре в эту пятницу: bit.ly/3U43B2F
#бластим_технологии
В конце 2023 года команда химиков-машинлернеров из университета Карнеги-Меллона представили Coscientist — интеллектуального агента, который может сам гуглить, читать технические руководства, планировать, проводить и анализировать сложные химические эксперименты Нобелевского уровня!
Coscientist работает на основе LLM: фактически его мозг — самая продвинутая на сегодня модель от OpenAI — GPT-4 (хотя тестировались и GPT-3.5, Claude1.3). Разработчики Coscientist поставили перед собой задачу понять, как далеко ИИ может зайти в научном процессе и какой степени автономии вообще можно достичь? Результат впечатляет.
Робот-химик-трансформер состоит из нескольких модулей, которые обмениваются месседжами друг с другом: модуля для поиска в Google, поиска документации, написания кода на Python. И, наконец, он подключается к автоматизированным роботам для выполнения реальных опытов в «облачной лаборатории». Человек пишет ему промпты, а ИИ дальше всё (ну, почти) делает сам
Исследователи сначала протестировали каждый модуль отдельно, дав Coscientist соответствующие задачи. Они проверили веб-поисковик, попросив найти и спланировать химический синтез аспирина и ибупрофена. Затем модуль поиска документации искал техническую информацию для взаимодействия с роботами через API. Далее Coscientist поразливал жидкости в 96-луночные планшеты и познакомился со спектрофотометром. Только потом люди объединили модули воедино, поручив ИИ самое сложное — воспроизвести реакцию кросс-сочетания Соногаширы и Сузуки, катализируемую палладием (это очень важная реакция для построения синтетических лекарств и полупроводников, за нее в 2010 году дали Нобелевскую премию). Coscientist ничего подобного не делал — он, как и человек, зашел в Википедию, нашел нужное описание и через 4 минуты разработал протокол с использованием реактивов, которые ему предоставили. Правда, допустил ошибку в коде для нагревателя, но люди немного подсказали. В итоге реакция прошла успешно! ⚗️
Таким образом, косайентист сопоставим по навыкам с неплохим химиком. Специалисты из Карнеги-Меллона надеются, что система поможет сделать химию более доступной: в будущем появятся беспилотные лабы, управляемые дистанционно, где химику достаточно будет набить текст задания на клавиатуре, и машина сама напишет код для роботов, которые проведут синтез. Это позволит значительно бустнуть науку, ведь ИИ и роботам не нужно так долго получать образование, и они не хотят спать
#бластим_технологии
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
😐22🔥17❤4😁3⚡2❤🔥1
Приглашаются биоинформатики для разработки ПО по мультимодальной интеграции данных, анализа методов изучения организации хроматина, структурных вариаций. Требования: PhD-степень, свободное владение Linux, Python, R, опыт в git, Docker, slurm, понимание статистики и омиксных технологий. Опыт в эпигенетике как +.
Дедлайн: 22 января
Требуются биоинформатики и вычислительные биологи для изучения противовирусного иммунного ответа. Предстоит собирать и анализировать данные, создавать конвейеры обработки. Квалификация: степень бакалавра в естественной или физмат области, знание статистики, Linux, R, Python. ЗП от $60 тыс./год
Дедлайн: 19 февраля
Предстоит анализировать данные крио-ЭТ и крио-ЭМ методами глубокого обучения. Требования: PhD-степень, опыт в структурной биоинформатике, SPA, STA, большой опыт работы в UNIX/Linux, написания shell-скиптов, знание Python. ЗП €67 тыс./год
Дедлайн: 11 марта
Разыскивается вычислительный биолог с PhD в области геномики, который присоединится к группе в ONT. Предстоит заниматься разнообразной интересной работой в области технологий секвенирования РНК и ДНК. Нужны навыки в молекулярной биологии, подготовке библиотек для нанопора, знание Python и командной строки UNIX.
Предстоит изучать опухоли и их микроокружение с помощью интеграции NGS, scRNAseq и других омик. Требования: знакомство с ключевыми биоинформатическими тулами и БД, знание Python, NumPy, Pandas, Linux, понимание геномики и молекулярной биологии.
#бластим_вакансии
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍13🔥6⚡4🥰2
Если вы еще вдруг не успели записаться, скорее сделайте это и проведите ближайшие часы с максимальной пользой: bit.ly/3U43B2F
Если вы зарегались, но ссылка почему-то не пришла, проверьте спам и напишите нам в чат!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥5👌4❤2⚡2👍2
Обсуждаем новости природы и науки в уикенд
🐟 Электропорацию, как метод привнесения ДНК в клетки, применяют генные инженеры в лаборатории. Но существует ли она в дикой природе? Японские ученые поместили в один аквариум электрического угря, личинок данио-рерио и свободноплавающую ДНК гена GFP. Под воздействием электрических разрядов угря — а они могут достигать напряжения до 860 вольт — некоторые личинки данио, хотя и мозаично и временно, но стали светиться зеленым. То есть получили и начали экспрессировать чужеродные гены! Многое еще неясно, зато исследование заставляет задуматься о принципиальной возможности приобретения сложноорганизованными эукариотами таким способом новых генов, да еще и передачи их потомству.
💀 Это сейчас у животных нарушение числа хромосом в геноме смертельно опасно, а вот во времена становления позвоночных произошло аж две полногеномные дупликации (WGD). Первая — похоже еще до расхождения челюстноротых (это от рыб до нас) и круглоротых (миноги и миксины). Когда же вторая? Непонятно! Недавно прочитанные геномы двух видов миксин дают ответы. Миксины очень нестандартные организмы: без глаз, челюстей, парных плавников, покрыты слизью. Их соматические клетки выбрасывают лишние хромосомы, поэтому собрать полный геном не так-то просто. В связи с этим в последних работах ученые взяли для секвенирования семенники. Анализ геномов подтвердил, что первая полногеномная дупликация произошла очень рано у общего предка всех позвоночных. А вот 50 млн лет спустя геном круглоротых утроился, тогда как остальных позвоночных — только удвоился. Хотя обычно событие WGD сопровождается бурным видообразованием, у миног и миксин такого не случилось, а жаль.
🤖 Ученые из Google Health разработали чат-бот AMIE на основе LLM, который проявляет большую эмпатию и точнее ставит диагнозы при тестовом общении с пациентами (пока ненастоящими), чем живые доктора. Модель обучалась на расшифровках медицинских интервью и электронных медкарточках, однако данных было маловато. Поэтому разработчики попросили LLM самой сыграть роли больного, чуткого доктора и критика, оценивающего диалог медика с пациентом. После этого уже для тестирования чат-бота привлекли 20 актеров, которые симулировали разные недуги. Актеры прошли онлайн-консультации в чате с ИИ и 20 реальными медиками, не зная, с кем переписываются. В итоге бот выспросил у пациентов такой же объем информации, что и сертифицированные врачи, особенно хорошо диагностировав сердечно-сосудистые и респираторные заболевания. Также ИИ превзошел людей по качеству коммуникации: вежливости, честности и приветливости.
#выходные_у_бластим
#выходные_у_бластим
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Science
Jolts from electric eels cause fish to absorb free-floating DNA
Zebrafish larvae took up genes for fluorescent proteins and began to glow after swimming with eels
❤11🔥6👍5🥰4
Друзья, мы много раз замечали, что всегда, всегда уже после начала курса обязательно приходит кто-то, кто узнал о программе в последний момент. 😅 Поэтому напоминаем, что ровно через неделю, 29 января, стартует курс «Анализ NGS-данных» от Бластим!
И это будет блокбастер, потому что:
🥇 На курсе работает команда из экспертов (Евгений Герасимов, Алексей Зарубин, Даниил Бобровский и другие преподы — известные имена в отрасли). Вы сможете с ними познакомиться лично и, если у вас уже есть свой вопрос по обработке, то на кофе-брейке всегда сможете его спокойно задать
🥈 Спикеры объясняют сложные концепты понятным языком. Например, вы узнаете про преобразование Барроуза-Уилера, хэш-таблицы или матрицы замен. Для чего? Чтобы разобраться, что под капотом у биоинформатических программ, и научиться их применять осознанно
🥉 Перед стартом курса мы дадим все необходимые материалы и ссылки для плавного погружения: по методам секвенирования, R, Линуксу и молекулярке. А во время занятий рядом с вами будут технические ассистенты, которые помогут в кодинге и окажут поддержку.
С занятий вы уйдете с полной последовательностью действий по обработке NGS в голове.🚀 И главное — после интенсива ничего не закончится! Наоборот, вы начнете свой трек в биоинформатике, получите доступ к чату выпускников и вольетесь в комьюнити. Кроме того, сертификат от Бластим и финальный проект, выполненный для портфолио, откроют для вас новые высокооплачиваемые вакансии.
🔜 Переходите по ссылке и пишите команде Бластима, чтобы принять участие: bit.ly/4aZXoel
Необработанные данные секвенирования только копятся, а биоинформатиков сильно не хватает, так что хороший момент войти в отрасль!
И это будет блокбастер, потому что:
С занятий вы уйдете с полной последовательностью действий по обработке NGS в голове.
🔜 Переходите по ссылке и пишите команде Бластима, чтобы принять участие: bit.ly/4aZXoel
Необработанные данные секвенирования только копятся, а биоинформатиков сильно не хватает, так что хороший момент войти в отрасль!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥5🥰2❤1
Восстановления справедливости пост
ChatGPT, Claude, Midjourney: в моде генеративный ИИ. Чудесные инструменты для создания изображений, текста, видео или кода. Мы сами много писали про приложения ИИ в химии, биоинформатике, медицине. А как они устроены? Доподлинно неизвестно, поскольку большинство — коммерческие тулы. Хотя если вдуматься🤔 , оказывается, что вирусные проекты были бы невозможны без более низкоуровневых инструментов с открытым исходным кодом, за которыми стоят широкие комьюнити энтузиастов. Не умаляя крутизны джипити, вспомним базу и от подошвы «горы» вскарабкаемся на самую вершину.
Итак. У подножия лежат языки программирования — качественные и удобные для написания кода (Java, C, R и, конечно, Python). Они нужны не только для ИИ, но и ПО в целом. На следующем уровне разместились библиотеки для научных вычислений: инженерные, математические. Например, NumPy (массивы), SciPy (научные алгоритмы), pandas (таблицы). Сюда же можно добавить Jupyter. Поверх них построены уже общие инструменты машинного обучения для разработки приложений ИИ. Для классического машинлернинга есть scikit-learn (деревья решений, градиентный бустинг, метод k-средних). Для нейросетей — PyTorch, TensorFlow. Шагаем выше. Предметно-ориентированное ML — здесь фокусировка на определенных видах данных, будь-то тексты, картинки или аудио. Данные сильно различаются, поэтому под всё нужны свои инструменты. Пример: scikit-image. Это последний уровень, где можно надеяться на открытый исходный код👀
И вот мы доходим до так называемых «базисных моделей»: GPT, BERT или Stable Diffusion. Их феноменальные свойства проистекают из объединения огромных наборов данных и сложных архитектур. Создать такие под силу компаниям-гигантам. Наконец, на пике — коммерческие тулы, часто платные и прославленные, такие как чат-боты.
Что получается? Множащиеся новинки ИИ безусловно заслуживают внимания, но не стоит забывать углублять знания в фундаменте — языках программирования, научных и ML-библиотеках, благо это Open Source!🔥
#бластим_технологии
ChatGPT, Claude, Midjourney: в моде генеративный ИИ. Чудесные инструменты для создания изображений, текста, видео или кода. Мы сами много писали про приложения ИИ в химии, биоинформатике, медицине. А как они устроены? Доподлинно неизвестно, поскольку большинство — коммерческие тулы. Хотя если вдуматься
Итак. У подножия лежат языки программирования — качественные и удобные для написания кода (Java, C, R и, конечно, Python). Они нужны не только для ИИ, но и ПО в целом. На следующем уровне разместились библиотеки для научных вычислений: инженерные, математические. Например, NumPy (массивы), SciPy (научные алгоритмы), pandas (таблицы). Сюда же можно добавить Jupyter. Поверх них построены уже общие инструменты машинного обучения для разработки приложений ИИ. Для классического машинлернинга есть scikit-learn (деревья решений, градиентный бустинг, метод k-средних). Для нейросетей — PyTorch, TensorFlow. Шагаем выше. Предметно-ориентированное ML — здесь фокусировка на определенных видах данных, будь-то тексты, картинки или аудио. Данные сильно различаются, поэтому под всё нужны свои инструменты. Пример: scikit-image. Это последний уровень, где можно надеяться на открытый исходный код
И вот мы доходим до так называемых «базисных моделей»: GPT, BERT или Stable Diffusion. Их феноменальные свойства проистекают из объединения огромных наборов данных и сложных архитектур. Создать такие под силу компаниям-гигантам. Наконец, на пике — коммерческие тулы, часто платные и прославленные, такие как чат-боты.
Что получается? Множащиеся новинки ИИ безусловно заслуживают внимания, но не стоит забывать углублять знания в фундаменте — языках программирования, научных и ML-библиотеках, благо это Open Source!
#бластим_технологии
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍16🥰6❤4🔥3❤🔥1
Приглашаются аспиранты в проект по изучению механизмов рекрутирования иммунных клеток при раке и роли аномальных сосудов опухоли в ее прогрессировании. Требования: степень магистра, опыт работы с культурой эндотелиальных клеток и органов ex vivo, опыт scRNA-seq, получения AAV-векторов, конфокальной микроскопии, FACS. Дедлайн: 2 февраля
Проект будет сосредоточен на применении и вычислительном анализе технологий пространственной транскриптомики и эпигеномики для разработки новых методов лечения нейровоспаления и стимулирования ремиелинизации при рассеянном склерозе. Требования: степень магистра, опыт в геномике, анализе данных сингл селл и пространственной омики. Дедлайн: 12 февраля
PhD-стипендия по вычислительной биологии и биоинформатике в проект по микробиомике и метаболомике кишечника свиней. Нужны: степень магистра, понимание работы генных сетей, глубокого и машинного обучения, знания Python и C/C++, Unix/Linux. Дедлайн: 12 февраля
Предстоит разрабатывать полимеры для доставки мРНК, включая проведение синтезов, разработку рецептур и физико-химическую характеристику продуктов. Требования: степень магистра, опыт синтеза полимеров. ЗП от €2,7 тыс./мес. Дедлайн: 28 февраля
Цель проекта — выяснить механизмы, почему иммунные клетки успешно уничтожают опухолевые клетки при комбинированных подходах иммунотерапии. Нужны знания иммунологии, опыт в доклинической томографии ПЭТ/МРТ/КТ, понимание методов молекулярной и клеточной биологии, работы с мелкими животными. Работа в междисциплинарной среде. Дедлайн: 1 марта
#бластим_вакансии
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍7🥴6❤3⚡1