🐙 Хотите поохотиться по-осьминожьи?

Осьминоги давно служат объектом восхищения ученых и инженеров. Наблюдение за охотой моллюсков вдохновило китайских робототехников на разработку робо-щупальца E-SOAM.

Когда осьминог в природе ловит жертву, его конечность изгибается около туловища, далее точка изгиба распространяется центробежно по направлению к добыче. После того, как присоски на щупальцах касаются объекта, запускается сильный обхват жертвы дистальной частью щупальца, в чем задействуется много присосок. Наконец, жертва подтягивается ко рту осьминога. Кушать подано! 🍽

Кинетика щупалец головоногого на первый взгляд проста. Но создать робота, воспроизводящего движения, трудно. У щупалец живого спрута бесконечное число степеней свободы, а в случае машины управлять такой системой архисложно. Кроме того, в робота нужно интегрировать сенсор, который должен быть устойчив к серьезному растяжению.

Китайские исследователи в статье в Science Robotics описывают, как они справились с челленджами и создали потрясающего мягкого робота, начиненного гибкой электроникой. Робо-щупальце состоит из шести сегментов: 5-членной рукоятки и дистальной части, куда встроена растяжимая электросхема на основе жидкого металла! Именно терминальный сегмент фиксирует, обрабатывает и передает сигналы по беспроводной связи оператору. Датчик функционирует в условиях высокой деформации, но воспринимает информацию нескольких модальностей: изгиб, температуру, присасывание. Дистальная часть служит и для крепкого обхвата предметов.

Человек управляет роботом дистанционно и всего одним пальцем посредством напальчника, передающего тактильные ощущения! Робот приводится в движение с помощью 16 пневмоприводов. В экспериментах робо-щупальце справилось с захватом различных предметов как в воде, так и на суше. Например, 🦈 игрушечной акулы или цветочного горшка 🪴

Робо-щупальце — яркий пример биомиметики. E-SOAM может пригодиться для проектирования роботов-хирургов, машин для обследования морского дна и бионических конечностей 💯

#выходные_у_бластим

🔔 Биотех-итоги года вместе с Бластимом

Друзья, уже в этот четверг в ламповом предновогоднем эфире основатели нашей компании Вита Степанова и Юрий Пеков:

⭐️ подведут итоги уходящего года
⭐️ анонсируют планы на год грядущий
⭐️ обсудят новости индустрии
⭐️ ответят на вопросы из зала
⭐️ зададут вопросы залу
⭐️ и, конечно, разыграют призы! 🎁

Приглашаем на стрим всех, а особенно студентов и выпускников курсов Бластима!

Прямой эфир пройдет 28 декабря в 19:30 по Москве

☃️ Не пропустите долгожданное событие, записывайтесь и оставляйте любые вопросы и пожелания на страничке: bit.ly/3TH7Wsr

Ближе к встрече мы пришлем ссылку для подключения! 🎩

🥶 P.S. Если вы вдруг осознали, что совершенно ничегошеньки не знаете о Бластиме, подписывайтесь на нашу рассылку, где мы рассказываем историю компании!

❓Какие научные источники используют ученые в биотехе?

Как и везде, ученые в биотехе ищут публикации. Первое, куда можно отправиться, чтобы собрать библиотеку статей по интересующей теме — это портал NCBI, на котором великое множество полезных БД для биоинформатиков и биологов. Например, литературная БД по биомедицине PubMed, где есть абстракты статей. Еще статьи можно искать в ScienceDirect, Google Scholar, ResearchGate (это вообще целая соцсеть для ученых). А препринты публикаций лежат здесь: bioRxiv, chemRxiv

Чтобы проверить цитирования и библиометрию стоит воспользоваться Web of Science, Scopus, elibrary.ru, ORCID или istina.msu.ru.

❓Что, кроме статей и монографий, нужно исследователям в биотехе? Дата-сеты, базы с химическими формулами?

В своей работе ученые из биотеха используют не только публикации, но еще и многочисленные базы данных и различные программы. К счастью, очень много информации доступно в открытом доступе и ее может изучать любой желающий. Такая традиция началась еще c The Human Genome Project, когда было решено выложить прочитанный геном человека в общий доступ, а не патентовать.

Например, сегодня востребованы БД: нуклеотидные последовательности хранятся в GenBank (архив, куда ученые загружают данные секвенирования перед публикациями статей), а также в курируемой БД Refseq, аннотации геномов лежат в Ensembl, белковые последовательности — UniProt, 3D структуры белков — PDB, мутации — dbSNP, эпигенетика — ENCODE, онкология — TCGA, химические соединения — PubChem, метаболические пути — KEGG, клинические исследования — clinical.trials.gov. Мы привели лишь малую толику самых известных баз данных, еще больше можно найти тут.

Помимо информации из баз данных нужны различные инструменты для их обработки. Это могут быть веб-приложения (например, биоинформатический калькулятор protpi.ch), десктопные программы (Jmol, VMD, Origin, clustal, gnuplot). Или пакеты на R (например, pagoda, deseq2, больше тут) или библиотеки Python (matplotlib, seaborn и еще примеры) и других языках, которые биоинформатики запускают из командной строки. Есть крутые вещи на основе ИИ — к примеру, автоматический анализатор изображений CellProfiler.

❓С какими сложностями при поиске научных публикаций и данных сталкиваются исследователи в биотехе?

Многие базы данных, например, генов или геномов, никак не курируются экспертами и туда попадает непроверенная информация. Другая проблема — нехватка данных: пропущенные значения в датасетах, наличие информации только для модельных организмов (допустим, есть FlyBase для дрозофилы, но она не годится для других насекомых), данные разношерстные — их трудно интегрировать. Кроме того, многие геномы до сих пор не полностью собраны и хранятся в виде контиг, что затрудняет их активное использование.

К тому же, в статьях часто плохо описаны и поэтому невоспроизводимы протоколы экспериментальных методов.

Еще проблема — отсутствие публикаций в свободном доступе, тогда их нужно искать. Для этого можно использовать Sci-hub (статьи до 2021 года), Nexus Search bot. Отдельный челлендж — систематизировать литературу у себя на компьютере, тут поможет Mendeley.

❓Если ли интересные интернет-сервисы для исследователей в биотехе, которые мы можете посоветовать студентам?

Многие простые тулы доступны в браузере и не требуют навыков программирования. Скажем, легендарный онлайн-инструмент в биоинформатике, тоже поддерживаемый NCBI, — выравниватель BLAST, или геномные браузеры для удобной визуализации и сравнения геномов — UCSC Genome Browser, IGV.

Для упрощения работы и автоматизации можно также применять чат боты, к примеру, Phind для отладки кода, нашумевшие ChatGPT, Bard для автоматизации повседневных задач, или superbio.ai — мощный инструмент для биологов, через который, положим, можно запустить AlphaFold2 и посмотреть на предсказанные компьютером пространственные структуры протеинов!

Еще классная вещь Biorender — для рисования биологической инфографики.

💜 Ответила на вопросы команда канала "Бластим: работа и курсы в биотехе".

👆Друзья, делимся полезным постом об основах поиска информации в биотехе.

На эти вопросы мы ответили в рамках анкеты замечательного канала «Какая-то библиотека». Надеемся, что ссылки пригодятся вам и вашим коллегам! 💜

Ну, а как применять все эти многочисленные базы данных и тулы, извлекать необходимые в вашем проекте данные из интернета, использовать языки программирования для автоматизации биоинформатической работы, Бластим учит на курсе по анализу NGS!

😍 КИБЕРНЕДЕЛЯ НА БЛАСТИМ

Хотите получить навыки, которые могут обеспечить прибавку к зарплате в 40%? 👀

Уже в середине февраля на Бластиме стартует новый поток курса «Машинное обучение на Питон для решения биоинформатических задач». Эта программа, где вы сможете прокачать те самые универсальные, но редкие на рынке скилы, которые сегодня очень хотят видеть работодатели: программирование на Python, разработка и поддержание моделей машинного и глубокого обучения.

Обучение на Бластиме — это максимально комфортное погружение в сферу ИИ в биологии, а также ценный опыт, который может изменить вашу жизнь. Но для достижения высокого результата нужно время. И сейчас прекрасный момент заранее распланировать свое обучение. Поэтому до 1️⃣ января у нас сохраняются цены на курс с праздничными скидками, есть и дополнительные бонусы студентам и аспирантам. После Нового года грядет повышение ✨

На оплату курса действует беспроцентная рассрочка, плюс мы наладили оплату Долями: подробности можно узнать из специальной инструкции в Notion. А если у вас остаются сомнения в том, подходит ли курс вам и хватит ли знаний, то мы рекомендуем пройти классный тест по Python: ссылка на тест Он ни к чему не обязывает, но поможет разобраться.

До 1 января у нас сохраняются выгодные цены и на другие программы из линейки Бластим: NGS, вводный Python, Статистика и R. Успейте записаться на этой чудесной неделе!

P.S. А еще мы изготавливаем подарочные сертификаты на курс. Напишите нам, и вы сможете порадовать друзей, родственников, любимых 💝

Подборка лучших эфиров 2023 года 🟥

У нас в телеграм-канале так много новых друзей, что мы не успеваем поприветствовать всех. Специально для недавно присоединившихся, мы подобрали 8 очень актуальных видео, которые проходили в этом году и передают уютную атмосферу Бластима.

💻 Ключевые навыки программирования для карьеры биолога // кодинг

🎨 Секвенирование единичных клеток: новые горизонты биологических исследований // мокрая биология

💊 Контроль качества по стандартам GxP: особенности нормативных документов // фарма

🥳 Как искать работу кому угодно и где угодно с Витой Степановой // карьера

🐍 Начни программировать на Python: возможности для биологов // кодинг

🧪 Метаболомика: от медицины до растениеводства // мокрая биология

🦠 Потенциал аденоассоциированных вирусов (AAV) // генная терапия

🎠 Виртуальная Ярмарка вакансий 2023 на Бластим // карьера

Да, у нас было много интересного, в 2024 будет еще больше! А завтра Юра и Вита подведут биотех-итоги года. Обязательно приходите на встречу познакомиться! Обещаем призы 🥂

#бластим_рекомендует

⚡️ Внимание, аттеншн: 90% скидка на любой курс Бластим

Друзья и коллеги, и особенно те, кто жалуется, что у нас дорогие курсы! Это сообщение для вас. Прямо сегодня есть реальный и очень высокий шанс выиграть 9️⃣🔠🔣 скидку на любую интересующую вас программу из линейки Бластима 💖

Что нужно сделать? Записаться в гугл-форме и подключиться сегодня в 19:30 мск на наш праздничный стрим с подведением биотех-итогов года с Юрой и Витой. Ссылка для записи: bit.ly/3TYifsv

Гарантируем, вы насыщенно и интересно проведете время. Неделя чудес на Бластим продолжается. До встречи на эфире! 🧦

Бодро врываемся в первую рабочую неделю года с мощной подборкой вакансий в машинном обучении 🥸

🇦🇺Постдок в пространственные омики и ML в UNSW
Обязанности: создание и тестирование ПО для анализа изображений, разработка конвейеров ML для распознавания изменений в экспрессии. Требования: PhD, опыт в омиках, визуализации одиночных молекул, знание Python, MATLAB. ЗП $106k/год. Дедлайн: 14 января

🇬🇧Специалист по ML в Open Targets
Задача: поиск в литературе информации, имеющей отношение к открытию новых лекарств, c помощью NLP. ЗП 3,5k £/мес. Дедлайн: 23 января

🇨🇭PhD-студент в вычислительную биологию в Бернский университет
Разработка машинлернинговых моделей хромосомных инверсий. Требования: сильные знания статистики, ML, популяционной генетики. Дедлайн: 1 февраля

🇳🇱Постдок в области ML в Delta Lab 2
Предстоит создавать, оценивать новые ML-модели, участвовать в конференциях. Требования: степень PhD, знание NumPy, PyTorch. ЗП 3,3k €/мес. Дедлайн: 4 февраля

🇺🇸PhD или постдок в области ИИ и биоинформатики в Университет Флориды
Предстоит применять ML-модели для биомедицинских задач. Требования: степень магистра/PhD, опыт в Python/R, желательно NGS, GWAS, мультиомике. Дедлайн: 2 апреля

🇫🇷Компьютерный генетик в InstaDeep
Задачи: анализ и интерпретация геномных данных с помощью LLM, разработка конвейеров обработки данных. Нужны: степень PhD, знания геномики, опыт в ИИ, навыки программирования на Python, R.

🇬🇧Старший хемоинформатик в BenevolentAI
Предстоит заниматься in silico драг дизайном малых молекул, управлять командой. Нужен опыт в компьютерном моделировании лекарств, навыки программирования, внедрения ML, знакомство с фреймворками глубокого обучения.

🇫🇷Исследователь в области биоинформатики и сравнительной геномики в ATLASea
Предстоит проводить сравнительный анализ геномов морских организмов, в том числе с использованием ИИ. Требования: степень PhD, знание Python, R, владение биоинформатическими тулами.

#бластим_вакансии

Тим Бластим выходит на газон!

Друзья, у нашего курса по анализу NGS-данных появилась полная команда преподавателей. Мы собрали практикующих биоинформатиков, каждый из которых специалист в своей области. Про научные достижения и исследовательские интересы лекторов вы можете узнать на нашем сайте: bit.ly/3TVgGeH

А на занятиях они поделятся знаниями и опытом, фишками и лайфхаками. Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании умных и профессиональных людей.

✅ Если вы еще не уверены, насколько вам подходит курс, Бластим предлагает пройти мини-тест на знание основ секвенирования нового поколения: bit.ly/3Sc76CT

Тоже составляете план на год вперед? А точнее, опять переписываете прошлогодний? 📕

Бластим верит, что если выполнить первые два пункта из списка, то, возможно, третий уже не понадобится. И у нас есть схема, как это сделать: мы разработали необходимую и достаточную программу по искусственному интеллекту и машинному обучению для биологов на Python. Там как раз можно получить релевантные навыки и значительно расширить карьерные возможности. Поспешите записаться 🥰

Ведь сегодня ночью на этот курс грядет повышение цены. Успейте оставить заявку до 0:00 часов мск ❤️

💻 Джи-пи-ти... Уже все наслышаны про модели-трансформеры, прекрасно генерирующие текст. Но сверх классического применения, версия GPT4, как говорят, хорошо помогает в задачах кодинга. Бластим решил это проверить.

19 января 19:00 мск мы проведем эксперимент в реальном времени и посмотрим, сможет ли чат-бот воспроизвести или в точности повторить результат труда биоинформатика. Рабочий кейс — сингл селл колоректального рака. Попробуем цикл от контроля качества до оценки лиганд-рецепторных взаимодействий! Настоящая импровизация шаг за шагом.

Наш спикер Дмитрий Тычинин будет модерировать работу чата и экспертно оценивать преимущества и недостатки ответов на вопросы, возникающие у людей, которые работают с single cell данными. Кроме того, на мастер-классе любые вопросы аудитории получат ответы в двойном объеме: и от ИИ, и от человека!

🚩Онлайн-встреча будет интересна всем: уже знакомым с нашумевшим чат-ботом, тем, кто никогда не прибегал к помощи GPT, работодателям, которые хотят посмотреть на навыки биоинформатика за 10$/месяц 😉

👉 Регистрируйтесь на мастер-класс по ссылке: bit.ly/3TVqOny
И с нетерпением ждем следующую пятницу!

Откладывание дел на потом, известное как прокрастинация, может быть связано с различными факторами, в том числе и со страхом. Один из самых распространенных страхов — возможная неудача. Люди могут бояться, что не справятся с задачей на должном уровне. Это вызывает тревогу, из-за которой дело откладывается. Есть ли у вас такое по отношению к обучению и развитию в биоинформатике? Если да, то мы хотим помочь!

Специально перед курсом по анализу NGS-данных мы решили устроить интенсив «Экспресс Linux для NGS». С помощью него все, кто сомневаются в своих силах, попробуют приручить свои страхи и сделать первые шаги в биоинформатике!

📆 Когда: суббота, 20 января, всего 1 день с 10 до 18 часов, онлайн

❗️Почему это так важно? Потому что здесь вы освоите не только основы Linux и Bash, но и сразу же попробуете себя в анализе NGS данных. Только релевантные навыки и обучение в комфортном темпе.

‼️Почему NGS и биоинформатика? Потому что это не просто направление в биологии, это ключ к перспективам и преимуществам на рынке труда. Работайте в науке удаленно, получайте удовольствие от свободы в исследованиях и от разнообразия задач.

Программа самая добрая:

>> познать основы Linux, работы в терминале и Bash (подсказка: это не так сложно, как кажется! 😉)
>> подружиться с сервером
>> поработать с текстовыми файлами и табличками
>> скачать файлы из интернета
>> разобраться с tmux
>> познакомиться с текстовым редактор vim
>> решить практическую задачку для вашего первого шага в анализе данных NGS

🔗 Больше подробностей здесь: bit.ly/48Tspyw

Пссс ⚡️Начните обучение с курса Linux и, если захотите продолжить, то получите индивидуальную скидку (равную стоимости интенсива) для прохождения полного курса по анализу NGS-данных😏

Не бойтесь быть частью будущего науки! 🐧

Cлишком много лекарств? Избранные новости фармы💊

🌽В 2023 г. Центр оценки и исследований лекарственных средств (CDER) агентства FDA одобрил рекордно много препаратов — 55. Это второй по величине показатель за последние 30 лет (больше было только в 2018 г. — 59 шт). 20 из 55 препаратов — first-in-class, больше половины — от редких заболеваний. По терапевтическим направлениям в лидерах остается онкология (13 препаратов), далее расположилась неврология (9), потом инфекционные заболевания и гематология (по 5). По видам первенство удерживают малые молекулы (34 лекарства), затем идут лекарства на основе белков — 17 шт, замыкают 4 олигонуклеотидных препарата, в том числе второй в истории РНК-аптамер. Кого хочется отметить отдельно? Leqembi — первый в своем роде препарат от болезни Альцгеймера, разрушающий амилоидные бляшки, Litfulo для лечения очаговой алопеции, Zurzuvae для терапии послеродовой депрессии, Veozah — от приливов.

💉От CDER не отставало и другое подразделение FDA — CBER. Оно одобряет вакцины, средства генной и клеточной терапии, препараты крови. Так, в прошлом году этот центр дал зеленый свет первому продукту для редактирования генов на основе CRISPR-Cas9, двум вакцинам против респираторно-синцитиального вируса и самым разным генным терапиям. Также CBER зарегистрировал Vowst для профилактики рецидивов клостридиальной инфекции после антибиотиков. Vowst — первая разрешенная таблетка на основе фекальной микробиоты! ✨

На этом фоне в TIME вышла любопытная заметка про здравоохранение в США. Оказывается, многим пожилым людям выписывают чрезмерное количество лекарств. Это называется полипрагмазия, и она распространяется. Четыре пациента из 10 принимают 5+ препаратов, а 11 миллионов американцев пьют 10 и более веществ! По оценкам экспертов, в следующем десятилетии это приведет к преждевременной смерти 150 тыс. человек. Причина, почему так происходит, кроется в разрозненности. От каждого специалиста пациенты ждут рецепт, и врачи оправдывают ожидания. Кроме того, люди старшего возраста могут посещать несколько докторов одновременно. А медики не консультируются друг с другом.

✍️Пример: женщина 85 лет с легкой амнезией. На первичном осмотре у нее обнаруживается незначительно повышенное давление. Терапевт назначает пациентке препарат от сердечных приступов и инсульта. Его побочный эффект — отек ног. Поэтому кардиолог прописывает диуретики. От них у женщины начинается инконтиненция. Далее, словно по конвейеру, уролог прописывает ей спазмолитик, побочка которого — легкий бред и беспокойство. Пожалуйста, вот подоспел следующий рецепт — на нейролептики! Так, с нуля человек доходит до целой горсти лекарств: список употребляемых средств растет как снежный ком 🤯

⚖️ Надеемся, в дальнейшем, чем больше регуляторы будут одобрять новых классных препаратов, тем меньше пилюль нужно будет принимать каждому человеку.

#выходные_у_бластим

⚡️ Время сессии. Вспомнили универсальный совет, как правильно аргументировать свой ответ на любой билет.

❗️Друзья, важное напоминание: уже в эту субботу 20 января пройдет интенсив Бластим по Линукс

Так сложилось, что Linux — мастхэв для биоинформатики: большинство научных тулов написано под эту операционную систему, а альтернатив на Windows часто просто нет. На первый взгляд может показаться, что команды оболочки выполняют самые элементарные операции, которые мы привыкли делать мышью в пару кликов: переименовать, отсортировать, вырезать. Это правда, однако когда нужно повторить действия с сотнями и тысячами файлов, то без терминала и сервера не обойтись.

Для тех, кто сомневается, нужна ли ему командная строка, мы рекомендуем:

🔤 Видео, где Евгений Герасимов объясняет, почему ученые (кстати, не только биоинформатики) предпочитают Линукс!

🔤 From cell line to command line: история о головокружительной карьере студента из Китая, который переехал в США, перешел из науки в индустрию и из мокрой биологии в биоинформатику!

🔤А еще мы ответили на самые популярные вопросы о программе. Смогут ли пользователи Виндовс пройти интенсив, не устанавливая Линукс? (спойлер: да) Что будет по окончании курса? Можно ли посмотреть занятия в записи?

🐧 Ответы на сайте в разделе FAQ: bit.ly/47Fg3Jg

Знакомьтесь, «Соученый» — возможно, скоро ваш новый напарник в лабе 🧪

В конце 2023 года команда химиков-машинлернеров из университета Карнеги-Меллона представили Coscientist — интеллектуального агента, который может сам гуглить, читать технические руководства, планировать, проводить и анализировать сложные химические эксперименты Нобелевского уровня!

Coscientist работает на основе LLM: фактически его мозг — самая продвинутая на сегодня модель от OpenAI — GPT-4 (хотя тестировались и GPT-3.5, Claude1.3). Разработчики Coscientist поставили перед собой задачу понять, как далеко ИИ может зайти в научном процессе и какой степени автономии вообще можно достичь? Результат впечатляет.

Робот-химик-трансформер состоит из нескольких модулей, которые обмениваются месседжами друг с другом: модуля для поиска в Google, поиска документации, написания кода на Python. И, наконец, он подключается к автоматизированным роботам для выполнения реальных опытов в «облачной лаборатории». Человек пишет ему промпты, а ИИ дальше всё (ну, почти) делает сам 🧑‍💻

Исследователи сначала протестировали каждый модуль отдельно, дав Coscientist соответствующие задачи. Они проверили веб-поисковик, попросив найти и спланировать химический синтез аспирина и ибупрофена. Затем модуль поиска документации искал техническую информацию для взаимодействия с роботами через API. Далее Coscientist поразливал жидкости в 96-луночные планшеты и познакомился со спектрофотометром. Только потом люди объединили модули воедино, поручив ИИ самое сложное — воспроизвести реакцию кросс-сочетания Соногаширы и Сузуки, катализируемую палладием (это очень важная реакция для построения синтетических лекарств и полупроводников, за нее в 2010 году дали Нобелевскую премию). Coscientist ничего подобного не делал — он, как и человек, зашел в Википедию, нашел нужное описание и через 4 минуты разработал протокол с использованием реактивов, которые ему предоставили. Правда, допустил ошибку в коде для нагревателя, но люди немного подсказали. В итоге реакция прошла успешно! ⚗️

Таким образом, косайентист сопоставим по навыкам с неплохим химиком. Специалисты из Карнеги-Меллона надеются, что система поможет сделать химию более доступной: в будущем появятся беспилотные лабы, управляемые дистанционно, где химику достаточно будет набить текст задания на клавиатуре, и машина сама напишет код для роботов, которые проведут синтез. Это позволит значительно бустнуть науку, ведь ИИ и роботам не нужно так долго получать образование, и они не хотят спать 😉

🔬GPT-4 удивляет в химии, а что биоинформатика и сингл-селл? Узнаем на вебинаре в эту пятницу: bit.ly/3U43B2F

#бластим_технологии