Будет ли фармацевтика будущего в руках крупнейших фармацевтических холдингов или человечество придумает когда-либо способ сохранять здоровье и излечиваться от болезней без безумных расходов на лекарства и врачей?

Ответ на этот вопрос пока нельзя узнать, что можно узнать так это то что активно в мире развивается движение под названием "open source medicine". Как развитие открытых исследований сопровождаемых публикацией исходных кодов. Организация Medicines for Malaria Ventures финансирует проекты по открытым исследованиям [1], а проект Open Source Malaria [2] привлекает сотни ученых по всему миру к поиску открытого лекарства от малярии. Подробнее можно прочитать в научной статье "Open Source Drug Discovery: Highly Potent Antimalarial Compounds Derived from the Tres Cantos Arylpyrroles".

Structural Genomics Consortium [4] публикует структуры молекул для стимуляции последующих исследований. А CO-ADD The Community for Open Antimicrobial Drug Discovery [5] формирует сообщество по поиску новых антибиотиков.

Это, безусловно, не единственные проекты в этой области, и в то же время именно такие проекты формируют будущее медицины и поиска новых лекарств.

Ссылки:
[1] https://www.mmv.org/research-development/open-source-research
[2] https://opensourcemalaria.org/
[3] https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acscentsci.6b00086
[4] https://www.thesgc.org/
[5] https://www.co-add.org/

#opensource #health #opendrugdiscovery

Stuff That Works [1] израильский стартап превращающий данные личного опыта в здоровье в анализ мер и формулировку рекомендаций.

Продукт позволяет пользователю выбрать его состояние и заполнить подробную анкету по развитию этого состояния, информацию о себе, курсе(-а) лечения и результате. Авторы декларируют подход на основе искусственного интеллекта, правда, непонятно где он там.

Финансирование в $9 миллионов стартап получил в июле 2020 года от трёх венчурных фондов [2].

Общая картина. Stuff That Works не первый стартап в этой области, ранее были CrowdMed [3], SickWeather [4], PatientsLikeMe [5] и другие. Главная проблема таких проектов в объективности тех кто описывает свои случаи. Врачебное сообщество, как правило, выступает против рекомендаций в таких проектах что видно, в первую очередь, и в том что за ними и в их командах нет врачей или врачебных институциональных организацией которые бы подтверждали что такой подход имеет право на существование.

Ссылки:
[1] https://www.stuffthatworks.health
[2] https://www.crunchbase.com/organization/stuff-that-works
[3] https://www.crowdmed.com
[4] https://www.sickweather.com/
[5] https://www.patientslikeme.com/

#health #crowd #data

В США опубликовали официальные данные по загрузке больниц во время эпидемии COVID-19 [1] с гранулярностью до каждой больницы и по неделям начиная с 31 июля 2020 года.

Также можно обратить внимание что на этом же портале HealthData.gov раскрывается 188 наборов данных связанных с COVID-19 [2] и 4634 по системе здравоохранения в целом [3], причём не менее половины данных поступает из систем здравоохранения отдельных штатов, а сам портал создан U.S. Department of Health которые также ведут HHS Protect Public Data Hub [4] где публикуются дашборды статистики, но сами данные, обязательно, публикуются на HealthData.gov, а уже оттуда транслируются на другие официальные государственные ресурсы.

Ссылки:
[1] https://healthdata.gov/dataset/covid-19-reported-patient-impact-and-hospital-capacity-facility
[2] https://healthdata.gov/search/type/dataset?query=covid-19&sort_by=changed&sort_order=DESC
[3] https://healthdata.gov/search/type/dataset
[4] https://protect-public.hhs.gov/

#opendata #data #covid19 #usa #health

Один из важных вопросов в том какая политика в отношении открытости будет у Администрации Байдена, в США. Тот же Дональд Трамп сразу после прихода в Белый Дом отменил многие инициативы Барака Обамы (но не все) по открытости собственной администрации. И пока мы не знаем будет ли перезапуск открытости в США, CODE (Center of Open Data Enterprise) опубликовали доклад о необходимо открывать данные о COVID-19 и системе здравоохранения [1]. CODE - это НКО из Вашингтона (лоббисты и консультанты в общем). Среди их рекомендаций раскрытие сведений о социальных определяющих здоровья и установление информационно-координационного центра / клиринговый центр (clearinghouse) по обмену данными.

Очень похоже на модель Data Trusts в Европейском Союзе и в других странах. Похоже что в следующем году будет много интересного в области регулирования данных в мире. Во всяком случае лоббисты уже работают во всю.

Доклад в PDF можно прочитать по ссылке [2].

Ссылки:
[1] https://www.fedscoop.com/open-data-critical-tool-new-administrations-covid-19-strategy/
[2] https://healthdatasharing.org/wp-content/uploads/2020/12/COVID-SDOH-Summary-Report-Final.pdf

#opendata #data #health #usa

В рубрике как это устроено у них есть большая тема про доступность данных которую никак не уложить в короткий текст да и длинных текстов понадобится немало. Про инфраструктуру открытых данных в медицине, тесно переплетённую с идеей открытого доступа в науке.

Сразу всё сложно, можно подступиться к к отдельным её частям.

...
Значительная часть открытых данных связанных с медицинскими исследованиями в мире публикуется благодаря политике Национального института здравоохранения США (NIH). И связано это с тем что у NIH есть последовательная политика:
1. Вначале предпочтительности, а далее обязательности открытого доступа для всех финансируемых им исследований.
2. Последовательная политика поощрения создания и создания собственных репозиториев данных и иных результатов научной деятельности.
3. Прямые инвестиции в инфраструктуру создания, обработки, визуализации и систематизации данных научных исследований.

Примеры реализации этих политик в виде каталога репозиториев данных поддерживаемых NIH [1] причём эти репозитории разделяются на Generalist и Domain Specific. Первые - это репозитории данных как датасетов, такие как Zenodo или OSF. Вторые - это специализированные репозитории данных где единицей измерения/учёта/записи являются, как правило, не датасеты, а объекты научной деятельности к которым привязаны данные. Это могут быть репозитории исследований (studies), репозитории геномов (genomes) и так далее. Как правило эти репозитории содержат существенное число метаданных связанных с медициной/биоинформатикой/генетикой и перевязаны между собой кросс ссылками.

По мере нарастания критической массы разных проектов, а там реально очень много проектов на данных у NIH есть Common Fund Data Ecosystem (CFDE) [2] по интеграции существующих дата порталов и иных дата проектов общими правилами и конвейерами обработки данных. А сама эта инициатива существует в рамках The Common Fund в рамках которого как раз финансируется общая инфраструктура, важная для всех направлений исследований [3].

Медицина и, более широко, биоинформатика формируют собственную сложную экосистему репозиториев данных, инструментов, ключевых понятий и онтологий чем многие другие.

Реальные объёмы данных, количественные и качественные там поражают и одновременно, это область весьма замкнутого применения. Она как бы полностью в себе, как и большая часть научных дисциплин. Во всяком случае так это выглядит со стороны человека не вовлеченного в них напрямую.
...

Ссылки:
[1] https://www.nlm.nih.gov/NIHbmic/domain_specific_repositories.html
[2] https://commonfund.nih.gov/dataecosystem
[3] https://commonfund.nih.gov/current-programs

#opendata #medicine #openaccess #health #data